FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA1313, 1101 aa 1>>>pF1KA1313 1101 - 1101 aa - 1101 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2710+/-0.000466; mu= 16.7104+/- 0.029 mean_var=87.8124+/-18.081, 0's: 0 Z-trim(111.4): 408 B-trim: 369 in 1/50 Lambda= 0.136866 statistics sampled from 19544 (19958) to 19544 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.582), E-opt: 0.2 (0.234), width: 16 Scan time: 14.850 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001098713 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1101) 7206 1434.0 0 NP_065817 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 i (1100) 7189 1430.7 0 XP_011529299 (OMIM: 300088,300460) PREDICTED: prot (1147) 4617 922.8 0 NP_001171809 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1148) 4617 922.8 0 NP_001287757 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isofo (1134) 1997 405.5 9.2e-112 NP_061908 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isoform (1135) 1996 405.3 1.1e-111 XP_016863800 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 915) 1844 375.2 9.5e-103 XP_006714302 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 916) 1843 375.0 1.1e-102 NP_114089 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is ( 884) 1838 374.0 2.1e-102 NP_061722 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is (1007) 1838 374.1 2.3e-102 NP_115267 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 811) 1685 343.8 2.4e-93 NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 931) 1685 343.8 2.7e-93 NP_115782 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 871) 1684 343.6 2.9e-93 NP_061751 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 938) 1684 343.6 3.1e-93 NP_114442 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 851) 1682 343.2 3.8e-93 NP_061740 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 962) 1682 343.3 4.2e-93 NP_114480 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 837) 1647 336.3 4.5e-91 NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 935) 1647 336.3 4.9e-91 NP_115272 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 808) 1646 336.1 5e-91 NP_061750 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 929) 1646 336.1 5.6e-91 NP_113689 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 816) 1645 335.9 5.8e-91 NP_061731 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 936) 1645 335.9 6.5e-91 NP_113688 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 798) 1636 334.1 1.9e-90 NP_061730 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 947) 1636 334.2 2.3e-90 NP_114062 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 814) 1628 332.6 5.9e-90 NP_061734 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 950) 1628 332.6 6.8e-90 NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 1624 331.8 1.1e-89 NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 1624 331.8 1.2e-89 NP_114036 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 803) 1623 331.6 1.2e-89 NP_061732 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 950) 1623 331.6 1.3e-89 NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 1622 331.4 1.4e-89 NP_114478 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 828) 1622 331.4 1.4e-89 NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 1622 331.4 1.5e-89 NP_061744 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 932) 1622 331.4 1.5e-89 NP_114067 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 810) 1617 330.4 2.7e-89 NP_061725 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 949) 1617 330.4 3e-89 NP_061739 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 932) 1616 330.2 3.4e-89 NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 818) 1615 330.0 3.5e-89 NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 932) 1615 330.0 3.9e-89 NP_114071 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 807) 1613 329.6 4.6e-89 NP_061727 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 950) 1613 329.6 5.3e-89 NP_114400 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 829) 1610 329.0 7.1e-89 NP_114477 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 932) 1610 329.0 7.8e-89 NP_115783 (OMIM: 606306) protocadherin gamma-C5 is ( 878) 1608 328.6 9.8e-89 NP_061752 (OMIM: 606306) protocadherin gamma-C5 is ( 944) 1608 328.6 1e-88 NP_114040 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 789) 1606 328.2 1.2e-88 NP_061733 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 937) 1606 328.2 1.4e-88 NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 810) 1605 328.0 1.4e-88 NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927) 1605 328.0 1.5e-88 NP_113684 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 808) 1604 327.8 1.6e-88 >>NP_001098713 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 is (1101 aa) initn: 7206 init1: 7206 opt: 7206 Z-score: 7686.4 bits: 1434.0 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 7206; 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NP_061 VNSFDYEKFREFFVTVEAQDKGSPPLSSTVTANVYVVDMNDHAPHILYPTSTNSSAAFEM 540 550 560 570 580 590 580 590 600 610 620 630 pF1KA1 IPRNSGIGYLVTVVKAEDYDEGENGRVTYDMTE-GDRGFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSK .::.. ::::: : : : : :.:. . : ... .: .:... .::.:::: .:. : NP_061 VPRTAPAGYLVTKVIAMDSDSGQNAWLFYHLAQTSDLDLFKVELHTGEIRTTRKMGDESG 600 610 620 630 640 650 640 650 660 670 680 pF1KA1 SSYELIVVAHDHGKTSLSASALVLI----YLSPAL-DAQESMGS----VNLSLIFIIALG :...: ::..:.:. :::::. . . .: : :.:. . : ...: .::::. NP_061 STFNLTVVVRDNGEPSLSASVAITVAVVDRVSKILPDTQRHVKSPRTYSEITLYLIIALS 660 670 680 690 700 710 690 700 710 720 730 740 pF1KA1 SIAGILFVTMIFVAI-KCKRDNKEIRTYN---CRIAEYSYGHQKKSSKKKKISK--NDIR ... :...:.:...: :: : . . : . : : .. :..... .. . .. NP_061 TVSFIFLLTIIILSIIKCYRYTAYGTACCGGFCGVRERSPAELYKQANNNIDARIPHGLK 720 730 740 750 760 770 750 760 770 780 pF1KA1 LVPR--DVEETDKMNVVSC-------SSLTSSLNYFDYHQQTLP--LGCRRSESTFLNVE . :. .:. . ... . : .: .... ... :: : : . . . :. NP_061 VQPHFIEVRGNGSLTKTYCYKACLTAGSGSDTFMFYNTGAQTGPGPSGAQAAVTDSRNLT 780 790 800 810 820 830 790 800 810 820 830 840 pF1KA1 NQNTRNTSANHIYHHSFNSQG-PQQPDLIINGVPLPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSST .:. .:.. : .. ::. :.::. NP_061 GQSGQNAGNLIILKNEAVSQNEPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPD 840 850 860 870 880 890 1101 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Thu Nov 3 19:58:16 2016 done: Thu Nov 3 19:58:18 2016 Total Scan time: 14.850 Total Display time: 0.520 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]