Result of FASTA (omim) for
pFN21ASDA1820
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1820, 1640 aa
1>>>pF1KSDA1820 1640 - 1640 aa - 1640 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.2197+/-0.000441; mu= -18.4729+/- 0.027
mean_var=483.9105+/-98.639, 0's: 0 Z-trim(123.1): 24 B-trim: 0 in 0/60
Lambda= 0.058303
statistics sampled from 42202 (42236) to 42202 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.773), E-opt: 0.2 (0.495), width: 16
Scan time: 20.520
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_109590 (OMIM: 182290,607642) retinoic acid-indu (1906) 10906 933.3 0
XP_016879516 (OMIM: 182290,607642) PREDICTED: reti (1967) 10906 933.3 0
XP_016879515 (OMIM: 182290,607642) PREDICTED: reti (1967) 10906 933.3 0
XP_016879517 (OMIM: 182290,607642) PREDICTED: reti (1967) 10906 933.3 0
XP_016879514 (OMIM: 182290,607642) PREDICTED: reti (1967) 10906 933.3 0
XP_011528656 (OMIM: 603107) PREDICTED: transcripti (1938) 793 82.6 3.6e-14
NP_852469 (OMIM: 603107) transcription factor 20 i (1938) 793 82.6 3.6e-14
XP_011528655 (OMIM: 603107) PREDICTED: transcripti (1949) 793 82.7 3.6e-14
XP_006724376 (OMIM: 603107) PREDICTED: transcripti (1960) 793 82.7 3.6e-14
XP_005261779 (OMIM: 603107) PREDICTED: transcripti (1960) 793 82.7 3.6e-14
NP_005641 (OMIM: 603107) transcription factor 20 i (1960) 793 82.7 3.6e-14
>>NP_109590 (OMIM: 182290,607642) retinoic acid-induced (1906 aa)
initn: 10906 init1: 10906 opt: 10906 Z-score: 4972.8 bits: 933.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 10906; 99.9% identity (100.0% similar) in 1598 aa overlap (1-1598:1-1598)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MQSFRERCGFHGKQQNYQQTSQETSRLENYRQPSQAGLSCDRQRLLAKDYYNPQPYPSYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 MQSFRERCGFHGKQQNYQQTSQETSRLENYRQPSQAGLSCDRQRLLAKDYYNPQPYPSYE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD GGAGTPSGTAAAVAADKYHRGSKALPTQQGLQGRPAFPGYGVQDSSPYPGRYAGEESLQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 GGAGTPSGTAAAVAADKYHRGSKALPTQQGLQGRPAFPGYGVQDSSPYPGRYAGEESLQA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD WGAPQPPPPQPQPLPAGVAKYDENLMKKTAVPPSRQYAEQGAQVPFRTHSLHVQQPPPPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 WGAPQPPPPQPQPLPAGVAKYDENLMKKTAVPPSRQYAEQGAQVPFRTHSLHVQQPPPPQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QPLAYPKLQRQKLQNDIASPLPFPQGTHFPQHSQSFPTSSTYSSSVQGGGQGAHSYKSCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 QPLAYPKLQRQKLQNDIASPLPFPQGTHFPQHSQSFPTSSTYSSSVQGGGQGAHSYKSCT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD APTAQPHDRPLTASSSLAPGQRVQNLHAYQSGRLSYDQQQQQQQQQQQQQQALQSRHHAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 APTAQPHDRPLTASSSLAPGQRVQNLHAYQSGRLSYDQQQQQQQQQQQQQQALQSRHHAQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ETLHYQNLAKYQHYGQQGQGYCQPDAAVRTPEQYYQTFSPSSSHSPARSVGRSPSYSSTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 ETLHYQNLAKYQHYGQQGQGYCQPDAAVRTPEQYYQTFSPSSSHSPARSVGRSPSYSSTP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SPLMPNLENFPYSQQPLSTGAFPAGITDHSHFMPLLNPSPTDATSSVDTQAGNCKPLQKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 SPLMPNLENFPYSQQPLSTGAFPAGITDHSHFMPLLNPSPTDATSSVDTQAGNCKPLQKD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD KLPENLLSDLSLQSLTALTSQVENISNTVQQLLLSKAAVPQKKGVKNLVSRTPEQHKSQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 KLPENLLSDLSLQSLTALTSQVENISNTVQQLLLSKAAVPQKKGVKNLVSRTPEQHKSQH
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD CSPEGSGYSAEPAGTPLSEPPSSTPQSTHAEPQEADYLSGSEDPLERSFLYCNQARGSPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 CSPEGSGYSAEPAGTPLSEPPSSTPQSTHAEPQEADYLSGSEDPLERSFLYCNQARGSPA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RVNSNSKAKPESVSTCSVTSPDDMSTKSDDSFQSLHGSLPLDSFSKFVAGERDCPRLLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 RVNSNSKAKPESVSTCSVTSPDDMSTKSDDSFQSLHGSLPLDSFSKFVAGERDCPRLLLS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ALAQEDLASEILGLQEAIGEKADKAWAEAPSLVKDSSKPPFSLENHSACLDSVAKSAWPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 ALAQEDLASEILGLQEAIGEKADKAWAEAPSLVKDSSKPPFSLENHSACLDSVAKSAWPR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD PGEPEALPDSLQLDKGGNAKDFSPGLFEDPSVAFATPDPKKTTGPLSFGTKPTLGVPAPD
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NP_109 PGEPEALPDSLQLDKGGNAKDFSPGLFEDPSVAFATPDPKKTTGPLSFGTKPTLGVPAPD
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD PTTAAFDCFPDTTAASSADSANPFAWPEENLGDACPRWGLHPGELTKGLEQGGKASDGIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 PTTAAFDCFPDTTAASSADSANPFAWPEENLGDACPRWGLHPGELTKGLEQGGKASDGIS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD KGDTHEASACLGFQEEDPPGEKVASLPGDFKQEEVGGVKEEAGGLLQCPEVAKADRWLED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 KGDTHEASACLGFQEEDPPGEKVASLPGDFKQEEVGGVKEEAGGLLQCPEVAKADRWLED
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD SRHCCSTADFGDLPLLPPTSRKEDLEAEEEYSSLCELLGSPEQRPGMQDPLSPKAPLICT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 SRHCCSTADFGDLPLLPPTSRKEDLEAEEEYSSLCELLGSPEQRPGMQDPLSPKAPLICT
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD KEEVEEVLDSKAGWGSPCHLSGESVILLGPTVGTESKVQSWFESSLSHMKPGEEGPDGER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 KEEVEEVLDSKAGWGSPCHLSGESVILLGPTVGTESKVQSWFESSLSHMKPGEEGPDGER
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD APGDSTTSDASLAQKPNKPAVPEAPIAKKEPVPRGKSLRSRRVHRGLPEAEDSPCRAPVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 APGDSTTSDASLAQKPNKPAVPEAPIAKKEPVPRGKSLRSRRVHRGLPEAEDSPCRAPVL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD PKDLLLPESCTGPPQGQMEGAGAPGRGASEGLPRMCTRSLTALSEPRTPGPPGLTTTPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 PKDLLLPESCTGPPQGQMEGAGAPGRGASEGLPRMCTRSLTALSEPRTPGPPGLTTTPAP
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD PDKLGGKQRAAFKSGKRVGKPSPKAASSPSNPAALPVASDSSPMGSKTKETDSPSTPGKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 PDKLGGKQRAAFKSGKRVGKPSPKAASSPSNPAALPVASDSSPMGSKTKETDSPSTPGKD
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD QRSMILRSRTKTQEIFHSKRRRPSEGRLPNCRATKKLLDNSHLPATFKVSSSPQKEGRVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 QRSMILRSRTKTQEIFHSKRRRPSEGRLPNCRATKKLLDNSHLPATFKVSSSPQKEGRVS
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD QRARVPKPGAGSKLSDRPLHALKRKSAFMAPVPTKKRNLVLRSRSSSSSNASGNGGDGKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 QRARVPKPGAGSKLSDRPLHALKRKSAFMAPVPTKKRNLVLRSRSSSSSNASGNGGDGKE
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD ERPEGSPTLFKRMSSPKKAKPTKGNGEPATKLPPPETPDACLKLASRAAFQGAMKTKVLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 ERPEGSPTLFKRMSSPKKAKPTKGNGEPATKLPPPETPDACLKLASRAAFQGAMKTKVLP
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD PRKGRGLKLEAIVQKITSPSLKKFACKAPGASPGNPLSPSLSDKDRGLKGAGGSPVGVEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 PRKGRGLKLEAIVQKITSPSLKKFACKAPGASPGNPLSPSLSDKDRGLKGAGGSPVGVEE
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD GLVNVGTGQKLPTSGADPLCRNPTNRSLKGKLMNSKKLSSTDCFKTEAFTSPEALQPGGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 GLVNVGTGQKLPTSGADPLCRNPTNRSLKGKLMNSKKLSSTDCFKTEAFTSPEALQPGGT
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD ALAPKKRSRKGRAGAHGLSKGPLEKRPYLGPALLLTPRDRASGTQGASEDNSGGGGKKPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 ALAPKKRSRKGRAGAHGLSKGPLEKRPYLGPALLLTPRDRASGTQGASEDNSGGGGKKPK
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KSD MEELGLASQPPEGRPCQPQTRAQKQPGHTNYSSYSKRKRLTRGRAKNTTSSPCKGRAKRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_109 MEELGLASQPPEGRPCQPQTRAQKQPGHTNYSSYSKRKRLTRGRAKNTTSSPCKGRAKRR
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KSD RQQQVLPLDPAEPEIRLKYISSCKRLRSDSRTPAFSPLEPSLGAQNPRSGQNAPPAPADA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
NP_109 RQQQVLPLDPAEPEIRLKYISSCKRLRSDSRTPAFSPFVRVEKRDAFTTICTVVNSPGDA
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640
pF1KSD RPLCTTRDRRAYSAREQGQR
NP_109 PKPHRKPSSSASSSSSSSSFSLDAAGASLATLPGGSILQPRPSLPLSSTMHLGPVVSKAL
1630 1640 1650 1660 1670 1680
>>XP_016879516 (OMIM: 182290,607642) PREDICTED: retinoic (1967 aa)
initn: 10906 init1: 10906 opt: 10906 Z-score: 4972.6 bits: 933.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 10906; 99.9% identity (100.0% similar) in 1598 aa overlap (1-1598:1-1598)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MQSFRERCGFHGKQQNYQQTSQETSRLENYRQPSQAGLSCDRQRLLAKDYYNPQPYPSYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MQSFRERCGFHGKQQNYQQTSQETSRLENYRQPSQAGLSCDRQRLLAKDYYNPQPYPSYE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD GGAGTPSGTAAAVAADKYHRGSKALPTQQGLQGRPAFPGYGVQDSSPYPGRYAGEESLQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GGAGTPSGTAAAVAADKYHRGSKALPTQQGLQGRPAFPGYGVQDSSPYPGRYAGEESLQA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD WGAPQPPPPQPQPLPAGVAKYDENLMKKTAVPPSRQYAEQGAQVPFRTHSLHVQQPPPPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 WGAPQPPPPQPQPLPAGVAKYDENLMKKTAVPPSRQYAEQGAQVPFRTHSLHVQQPPPPQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QPLAYPKLQRQKLQNDIASPLPFPQGTHFPQHSQSFPTSSTYSSSVQGGGQGAHSYKSCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QPLAYPKLQRQKLQNDIASPLPFPQGTHFPQHSQSFPTSSTYSSSVQGGGQGAHSYKSCT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD APTAQPHDRPLTASSSLAPGQRVQNLHAYQSGRLSYDQQQQQQQQQQQQQQALQSRHHAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 APTAQPHDRPLTASSSLAPGQRVQNLHAYQSGRLSYDQQQQQQQQQQQQQQALQSRHHAQ
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pF1KSD ETLHYQNLAKYQHYGQQGQGYCQPDAAVRTPEQYYQTFSPSSSHSPARSVGRSPSYSSTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ETLHYQNLAKYQHYGQQGQGYCQPDAAVRTPEQYYQTFSPSSSHSPARSVGRSPSYSSTP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SPLMPNLENFPYSQQPLSTGAFPAGITDHSHFMPLLNPSPTDATSSVDTQAGNCKPLQKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SPLMPNLENFPYSQQPLSTGAFPAGITDHSHFMPLLNPSPTDATSSVDTQAGNCKPLQKD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD KLPENLLSDLSLQSLTALTSQVENISNTVQQLLLSKAAVPQKKGVKNLVSRTPEQHKSQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KLPENLLSDLSLQSLTALTSQVENISNTVQQLLLSKAAVPQKKGVKNLVSRTPEQHKSQH
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pF1KSD CSPEGSGYSAEPAGTPLSEPPSSTPQSTHAEPQEADYLSGSEDPLERSFLYCNQARGSPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CSPEGSGYSAEPAGTPLSEPPSSTPQSTHAEPQEADYLSGSEDPLERSFLYCNQARGSPA
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pF1KSD RVNSNSKAKPESVSTCSVTSPDDMSTKSDDSFQSLHGSLPLDSFSKFVAGERDCPRLLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RVNSNSKAKPESVSTCSVTSPDDMSTKSDDSFQSLHGSLPLDSFSKFVAGERDCPRLLLS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ALAQEDLASEILGLQEAIGEKADKAWAEAPSLVKDSSKPPFSLENHSACLDSVAKSAWPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ALAQEDLASEILGLQEAIGEKADKAWAEAPSLVKDSSKPPFSLENHSACLDSVAKSAWPR
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pF1KSD PGEPEALPDSLQLDKGGNAKDFSPGLFEDPSVAFATPDPKKTTGPLSFGTKPTLGVPAPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PGEPEALPDSLQLDKGGNAKDFSPGLFEDPSVAFATPDPKKTTGPLSFGTKPTLGVPAPD
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD PTTAAFDCFPDTTAASSADSANPFAWPEENLGDACPRWGLHPGELTKGLEQGGKASDGIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PTTAAFDCFPDTTAASSADSANPFAWPEENLGDACPRWGLHPGELTKGLEQGGKASDGIS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD KGDTHEASACLGFQEEDPPGEKVASLPGDFKQEEVGGVKEEAGGLLQCPEVAKADRWLED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KGDTHEASACLGFQEEDPPGEKVASLPGDFKQEEVGGVKEEAGGLLQCPEVAKADRWLED
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD SRHCCSTADFGDLPLLPPTSRKEDLEAEEEYSSLCELLGSPEQRPGMQDPLSPKAPLICT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SRHCCSTADFGDLPLLPPTSRKEDLEAEEEYSSLCELLGSPEQRPGMQDPLSPKAPLICT
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD KEEVEEVLDSKAGWGSPCHLSGESVILLGPTVGTESKVQSWFESSLSHMKPGEEGPDGER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KEEVEEVLDSKAGWGSPCHLSGESVILLGPTVGTESKVQSWFESSLSHMKPGEEGPDGER
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD APGDSTTSDASLAQKPNKPAVPEAPIAKKEPVPRGKSLRSRRVHRGLPEAEDSPCRAPVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 APGDSTTSDASLAQKPNKPAVPEAPIAKKEPVPRGKSLRSRRVHRGLPEAEDSPCRAPVL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD PKDLLLPESCTGPPQGQMEGAGAPGRGASEGLPRMCTRSLTALSEPRTPGPPGLTTTPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PKDLLLPESCTGPPQGQMEGAGAPGRGASEGLPRMCTRSLTALSEPRTPGPPGLTTTPAP
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD PDKLGGKQRAAFKSGKRVGKPSPKAASSPSNPAALPVASDSSPMGSKTKETDSPSTPGKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PDKLGGKQRAAFKSGKRVGKPSPKAASSPSNPAALPVASDSSPMGSKTKETDSPSTPGKD
1090 1100 1110 1120 1130 1140
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pF1KSD QRSMILRSRTKTQEIFHSKRRRPSEGRLPNCRATKKLLDNSHLPATFKVSSSPQKEGRVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QRSMILRSRTKTQEIFHSKRRRPSEGRLPNCRATKKLLDNSHLPATFKVSSSPQKEGRVS
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD QRARVPKPGAGSKLSDRPLHALKRKSAFMAPVPTKKRNLVLRSRSSSSSNASGNGGDGKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QRARVPKPGAGSKLSDRPLHALKRKSAFMAPVPTKKRNLVLRSRSSSSSNASGNGGDGKE
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD ERPEGSPTLFKRMSSPKKAKPTKGNGEPATKLPPPETPDACLKLASRAAFQGAMKTKVLP
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XP_016 ERPEGSPTLFKRMSSPKKAKPTKGNGEPATKLPPPETPDACLKLASRAAFQGAMKTKVLP
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