Result of FASTA (omim) for
pFN21AB5613
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5613, 501 aa
1>>>pF1KB5613 501 - 501 aa - 501 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.3427+/-0.000453; mu= 23.4516+/- 0.028
mean_var=61.5436+/-12.473, 0's: 0 Z-trim(108.1): 66 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.163487
statistics sampled from 16148 (16214) to 16148 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.546), E-opt: 0.2 (0.19), width: 16
Scan time: 9.130
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055146 (OMIM: 607933) cystine/glutamate transpo ( 501) 3248 775.3 0
XP_011530104 (OMIM: 607933) PREDICTED: cystine/glu ( 506) 3130 747.5 2e-215
NP_003477 (OMIM: 600182) large neutral amino acids ( 507) 1568 379.1 1.6e-104
XP_016879224 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 509) 1546 373.9 6e-103
XP_011521736 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 515) 1509 365.2 2.6e-100
XP_011521735 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 515) 1509 365.2 2.6e-100
XP_011521740 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 515) 1509 365.2 2.6e-100
NP_003974 (OMIM: 605641) Y+L amino acid transporte ( 515) 1509 365.2 2.6e-100
NP_001070253 (OMIM: 605641) Y+L amino acid transpo ( 515) 1509 365.2 2.6e-100
NP_001119577 (OMIM: 222700,603593) Y+L amino acid ( 511) 1492 361.2 4.1e-99
XP_011535600 (OMIM: 222700,603593) PREDICTED: Y+L ( 511) 1492 361.2 4.1e-99
NP_001119578 (OMIM: 222700,603593) Y+L amino acid ( 511) 1492 361.2 4.1e-99
XP_006720365 (OMIM: 222700,603593) PREDICTED: Y+L ( 511) 1492 361.2 4.1e-99
XP_011535601 (OMIM: 222700,603593) PREDICTED: Y+L ( 511) 1492 361.2 4.1e-99
NP_036376 (OMIM: 604235) large neutral amino acids ( 535) 1415 343.0 1.2e-93
XP_011524704 (OMIM: 220100,604144) PREDICTED: B(0, ( 487) 1404 340.4 7e-93
NP_055085 (OMIM: 220100,604144) B(0,+)-type amino ( 487) 1404 340.4 7e-93
NP_001229965 (OMIM: 220100,604144) B(0,+)-type ami ( 487) 1404 340.4 7e-93
NP_001119807 (OMIM: 220100,604144) B(0,+)-type ami ( 487) 1404 340.4 7e-93
NP_062823 (OMIM: 607959) asc-type amino acid trans ( 523) 1357 329.3 1.6e-89
XP_016881719 (OMIM: 220100,604144) PREDICTED: B(0, ( 399) 1137 277.3 5.5e-74
XP_006721349 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 352) 1001 245.2 2.3e-64
XP_016879340 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 382) 985 241.5 3.3e-63
XP_016879226 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 332) 974 238.8 1.8e-62
XP_006723347 (OMIM: 607959) PREDICTED: asc-type am ( 444) 928 228.1 4.1e-59
NP_001253965 (OMIM: 604235) large neutral amino ac ( 430) 918 225.7 2.1e-58
XP_011521741 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 307) 913 224.4 3.7e-58
XP_016879225 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 467) 904 222.5 2.2e-57
NP_877392 (OMIM: 604235) large neutral amino acids ( 332) 846 208.6 2.2e-53
XP_011525421 (OMIM: 607959) PREDICTED: asc-type am ( 660) 812 200.9 9.4e-51
NP_001253966 (OMIM: 604235) large neutral amino ac ( 311) 713 177.2 5.9e-44
XP_006723055 (OMIM: 220100,604144) PREDICTED: B(0, ( 260) 703 174.8 2.7e-43
XP_011525422 (OMIM: 607959) PREDICTED: asc-type am ( 633) 437 112.4 3.9e-24
NP_004164 (OMIM: 603752) cationic amino acid trans ( 635) 263 71.4 8.7e-12
NP_003036 (OMIM: 104615) high affinity cationic am ( 629) 227 62.9 3.1e-09
XP_005266564 (OMIM: 104615) PREDICTED: high affini ( 629) 227 62.9 3.1e-09
XP_016876205 (OMIM: 104615) PREDICTED: high affini ( 629) 227 62.9 3.1e-09
XP_016876202 (OMIM: 104615) PREDICTED: high affini ( 643) 227 62.9 3.2e-09
XP_016876203 (OMIM: 104615) PREDICTED: high affini ( 643) 227 62.9 3.2e-09
XP_016876204 (OMIM: 104615) PREDICTED: high affini ( 643) 227 62.9 3.2e-09
NP_116192 (OMIM: 300443) cationic amino acid trans ( 619) 215 60.1 2.2e-08
NP_001041629 (OMIM: 300443) cationic amino acid tr ( 619) 215 60.1 2.2e-08
XP_016885401 (OMIM: 300443) PREDICTED: cationic am ( 619) 215 60.1 2.2e-08
XP_016869235 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658) 214 59.9 2.7e-08
XP_005273667 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658) 214 59.9 2.7e-08
XP_005273668 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658) 214 59.9 2.7e-08
XP_005273669 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658) 214 59.9 2.7e-08
NP_001008539 (OMIM: 601872) cationic amino acid tr ( 658) 214 59.9 2.7e-08
NP_001158243 (OMIM: 601872) cationic amino acid tr ( 698) 214 59.9 2.8e-08
NP_066000 (OMIM: 615720,615725) probable cationic ( 771) 211 59.2 4.9e-08
>>NP_055146 (OMIM: 607933) cystine/glutamate transporter (501 aa)
initn: 3248 init1: 3248 opt: 3248 Z-score: 4138.9 bits: 775.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3248; 100.0% identity (100.0% similar) in 501 aa overlap (1-501:1-501)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVRKPVVSTISKGGYLQGNVNGRLPSLGNKEPPGQEKVQLKRKVTLLRGVSIIIGTIIGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MVRKPVVSTISKGGYLQGNVNGRLPSLGNKEPPGQEKVQLKRKVTLLRGVSIIIGTIIGA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 GIFISPKGVLQNTGSVGMSLTIWTVCGVLSLFGALSYAELGTTIKKSGGHYTYILEVFGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GIFISPKGVLQNTGSVGMSLTIWTVCGVLSLFGALSYAELGTTIKKSGGHYTYILEVFGP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LPAFVRVWVELLIIRPAATAVISLAFGRYILEPFFIQCEIPELAIKLITAVGITVVMVLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LPAFVRVWVELLIIRPAATAVISLAFGRYILEPFFIQCEIPELAIKLITAVGITVVMVLN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SMSVSWSARIQIFLTFCKLTAILIIIVPGVMQLIKGQTQNFKDAFSGRDSSITRLPLAFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SMSVSWSARIQIFLTFCKLTAILIIIVPGVMQLIKGQTQNFKDAFSGRDSSITRLPLAFY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 YGMYAYAGWFYLNFVTEEVENPEKTIPLAICISMAIVTIGYVLTNVAYFTTINAEELLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 YGMYAYAGWFYLNFVTEEVENPEKTIPLAICISMAIVTIGYVLTNVAYFTTINAEELLLS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 NAVAVTFSERLLGNFSLAVPIFVALSCFGSMNGGVFAVSRLFYVASREGHLPEILSMIHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NAVAVTFSERLLGNFSLAVPIFVALSCFGSMNGGVFAVSRLFYVASREGHLPEILSMIHV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 RKHTPLPAVIVLHPLTMIMLFSGDLDSLLNFLSFARWLFIGLAVAGLIYLRYKCPDMHRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RKHTPLPAVIVLHPLTMIMLFSGDLDSLLNFLSFARWLFIGLAVAGLIYLRYKCPDMHRP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 FKVPLFIPALFSFTCLFMVALSLYSDPFSTGIGFVITLTGVPAYYLFIIWDKKPRWFRIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FKVPLFIPALFSFTCLFMVALSLYSDPFSTGIGFVITLTGVPAYYLFIIWDKKPRWFRIM
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KB5 SEKITRTLQIILEVVPEEDKL
:::::::::::::::::::::
NP_055 SEKITRTLQIILEVVPEEDKL
490 500
>>XP_011530104 (OMIM: 607933) PREDICTED: cystine/glutama (506 aa)
initn: 3130 init1: 3130 opt: 3130 Z-score: 3988.4 bits: 747.5 E(85289): 2e-215
Smith-Waterman score: 3130; 100.0% identity (100.0% similar) in 481 aa overlap (1-481:1-481)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVRKPVVSTISKGGYLQGNVNGRLPSLGNKEPPGQEKVQLKRKVTLLRGVSIIIGTIIGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MVRKPVVSTISKGGYLQGNVNGRLPSLGNKEPPGQEKVQLKRKVTLLRGVSIIIGTIIGA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 GIFISPKGVLQNTGSVGMSLTIWTVCGVLSLFGALSYAELGTTIKKSGGHYTYILEVFGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GIFISPKGVLQNTGSVGMSLTIWTVCGVLSLFGALSYAELGTTIKKSGGHYTYILEVFGP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LPAFVRVWVELLIIRPAATAVISLAFGRYILEPFFIQCEIPELAIKLITAVGITVVMVLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LPAFVRVWVELLIIRPAATAVISLAFGRYILEPFFIQCEIPELAIKLITAVGITVVMVLN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SMSVSWSARIQIFLTFCKLTAILIIIVPGVMQLIKGQTQNFKDAFSGRDSSITRLPLAFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SMSVSWSARIQIFLTFCKLTAILIIIVPGVMQLIKGQTQNFKDAFSGRDSSITRLPLAFY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 YGMYAYAGWFYLNFVTEEVENPEKTIPLAICISMAIVTIGYVLTNVAYFTTINAEELLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YGMYAYAGWFYLNFVTEEVENPEKTIPLAICISMAIVTIGYVLTNVAYFTTINAEELLLS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 NAVAVTFSERLLGNFSLAVPIFVALSCFGSMNGGVFAVSRLFYVASREGHLPEILSMIHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NAVAVTFSERLLGNFSLAVPIFVALSCFGSMNGGVFAVSRLFYVASREGHLPEILSMIHV
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pF1KB5 RKHTPLPAVIVLHPLTMIMLFSGDLDSLLNFLSFARWLFIGLAVAGLIYLRYKCPDMHRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RKHTPLPAVIVLHPLTMIMLFSGDLDSLLNFLSFARWLFIGLAVAGLIYLRYKCPDMHRP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 FKVPLFIPALFSFTCLFMVALSLYSDPFSTGIGFVITLTGVPAYYLFIIWDKKPRWFRIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FKVPLFIPALFSFTCLFMVALSLYSDPFSTGIGFVITLTGVPAYYLFIIWDKKPRWFRIM
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KB5 SEKITRTLQIILEVVPEEDKL
:
XP_011 SVTENTKCRLINTPLFKERVPRVDYP
490 500
>>NP_003477 (OMIM: 600182) large neutral amino acids tra (507 aa)
initn: 1585 init1: 914 opt: 1568 Z-score: 1997.3 bits: 379.1 E(85289): 1.6e-104
Smith-Waterman score: 1568; 48.1% identity (79.0% similar) in 476 aa overlap (26-498:31-506)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MVRKPVVSTISKGGYLQGNVNGRLPSLGNKEPPGQ-EKVQLKRKVTLLRGVSIII
: .. : :. : : :.:..::: ::.::.
NP_003 MAGAGPKRRALAAPAAEEKEEAREKMLAAKSADGSAPAGEGEGVTLQRNITLLNGVAIIV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 GTIIGAGIFISPKGVLQNTGSVGMSLTIWTVCGVLSLFGALSYAELGTTIKKSGGHYTYI
:::::.:::..: :::...:: :..:..:..:::.:. ::: ::::::::.:::: :.:.
NP_003 GTIIGSGIFVTPTGVLKEAGSPGLALVVWAACGVFSIVGALCYAELGTTISKSGGDYAYM
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LEVFGPLPAFVRVWVELLIIRPAATAVISLAFGRYILEPFFIQCEIPELAIKLITAVGIT
:::.: ::::...:.:::::::.. ...:.:. :.:.:.: : .:: : ::.. . .
NP_003 LEVYGSLPAFLKLWIELLIIRPSSQYIVALVFATYLLKPLFPTCPVPEEAAKLVACLCVL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 VVMVLNSMSVSWSARIQIFLTFCKLTAILIIIVPGVMQLIKGQTQNFKDAFS--GRDSSI
.. ..: .::. ..:.: .. :: :. .::. : .:. ::...:. :: : ..
NP_003 LLTAVNCYSVKAATRVQDAFAAAKLLALALIILLGFVQIGKGDVSNLDPNFSFEGTKLDV
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 TRLPLAFYYGMYAYAGWFYLNFVTEEVENPEKTIPLAICISMAIVTIGYVLTNVAYFTTI
. ::.: :..::.:: ::::::::. :: ...:::: ::. :::. :::::.:::::.
NP_003 GNIVLALYSGLFAYGGWNYLNFVTEEMINPYRNLPLAIIISLPIVTLVYVLTNLAYFTTL
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 NAEELLLSNAVAVTFSERLLGNFSLAVPIFVALSCFGSMNGGVFAVSRLFYVASREGHLP
..:..: :.:::: :.. :: .: .:.::.::::::.::..:. ::::.:.:::::::
NP_003 STEQMLSSEAVAVDFGNYHLGVMSWIIPVFVGLSCFGSVNGSLFTSSRLFFVGSREGHLP
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 EILSMIHVRKHTPLPAVIVLHPLTMIMLFSGDLDSLLNFLSFARWLFIGLAVAGLIYLRY
:::::: . ::.:... .:... :: :. :..::.:: :: ..::. :.:.::.
NP_003 SILSMIHPQLLTPVPSLVFTCVMTLLYAFSKDIFSVINFFSFFNWLCVALAIIGMIWLRH
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 KCPDMHRPFKVPLFIPALFSFTCLFMVALSLYSDPFSTGIGFVITLTGVPAYYLFIIWDK
. :...::.:: : .:..: ..:::..:.:... : ::::.: :.:.:.:.. . : .
NP_003 RKPELERPIKVNLALPVFFILACLFLIAVSFWKTPVECGIGFTIILSGLPVYFFGVWWKN
430 440 450 460 470 480
480 490 500
pF1KB5 KPRWFRIMSEKITRTLQIILEVVPEEDKL
::.:. . : : ...:::.:
NP_003 KPKWLLQGIFSTTVLCQKLMQVVPQET
490 500
>>XP_016879224 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutral a (509 aa)
initn: 1563 init1: 892 opt: 1546 Z-score: 1969.2 bits: 373.9 E(85289): 6e-103
Smith-Waterman score: 1546; 49.0% identity (80.2% similar) in 455 aa overlap (26-477:31-485)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MVRKPVVSTISKGGYLQGNVNGRLPSLGNKEPPGQ-EKVQLKRKVTLLRGVSIII
: .. : :. : : :.:..::: ::.::.
XP_016 MAGAGPKRRALAAPAAEEKEEAREKMLAAKSADGSAPAGEGEGVTLQRNITLLNGVAIIV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 GTIIGAGIFISPKGVLQNTGSVGMSLTIWTVCGVLSLFGALSYAELGTTIKKSGGHYTYI
:::::.:::..: :::...:: :..:..:..:::.:. ::: ::::::::.:::: :.:.
XP_016 GTIIGSGIFVTPTGVLKEAGSPGLALVVWAACGVFSIVGALCYAELGTTISKSGGDYAYM
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LEVFGPLPAFVRVWVELLIIRPAATAVISLAFGRYILEPFFIQCEIPELAIKLITAVGIT
:::.: ::::...:.:::::::.. ...:.:. :.:.:.: : .:: : ::.. . .
XP_016 LEVYGSLPAFLKLWIELLIIRPSSQYIVALVFATYLLKPLFPTCPVPEEAAKLVACLCVL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 VVMVLNSMSVSWSARIQIFLTFCKLTAILIIIVPGVMQLIKGQTQNFKDAFS--GRDSSI
.. ..: .::. ..:.: .. :: :. .::. : .:. ::...:. :: : ..
XP_016 LLTAVNCYSVKAATRVQDAFAAAKLLALALIILLGFVQIGKGDVSNLDPNFSFEGTKLDV
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 TRLPLAFYYGMYAYAGWFYLNFVTEEVENPEKTIPLAICISMAIVTIGYVLTNVAYFTTI
. ::.: :..::.:: ::::::::. :: ...:::: ::. :::. :::::.:::::.
XP_016 GNIVLALYSGLFAYGGWNYLNFVTEEMINPYRNLPLAIIISLPIVTLVYVLTNLAYFTTL
250 260 270 280 290 300
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pF1KB5 NAEELLLSNAVAVTFSERLLGNFSLAVPIFVALSCFGSMNGGVFAVSRLFYVASREGHLP
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