Result of FASTA (omim) for
pFN21AB5184
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5184, 606 aa
1>>>pF1KB5184 606 - 606 aa - 606 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3846+/-0.000412; mu= 5.5163+/- 0.026
mean_var=178.5268+/-35.207, 0's: 0 Z-trim(117.5): 127 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.095989
statistics sampled from 29352 (29480) to 29352 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.683), E-opt: 0.2 (0.346), width: 16
Scan time: 12.010
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055414 (OMIM: 300470,300971) melanoma-associate ( 606) 3842 544.7 3.3e-154
NP_957516 (OMIM: 300470,300971) melanoma-associate ( 606) 3842 544.7 3.3e-154
NP_803182 (OMIM: 300470,300971) melanoma-associate ( 606) 3842 544.7 3.3e-154
XP_016885257 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1387) 1431 211.1 2.1e-53
XP_011529116 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1387) 1431 211.1 2.1e-53
NP_001034794 (OMIM: 300132) trophinin isoform 5 [H (1431) 1431 211.1 2.2e-53
XP_011529115 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 1431 211.1 2.2e-53
XP_011529111 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 1431 211.1 2.2e-53
XP_006724663 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 1431 211.1 2.2e-53
XP_016885256 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 1431 211.1 2.2e-53
XP_011529113 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 1431 211.1 2.2e-53
XP_011529110 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 1431 211.1 2.2e-53
XP_011529114 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 1431 211.1 2.2e-53
NP_001258113 (OMIM: 300132) trophinin isoform 7 [H (1034) 1368 202.2 7e-51
XP_016885262 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i ( 662) 1273 189.0 4.5e-47
XP_016885261 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i ( 662) 1273 189.0 4.5e-47
XP_016885259 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i ( 706) 1273 189.0 4.7e-47
NP_057241 (OMIM: 300132) trophinin isoform 2 [Homo ( 706) 1273 189.0 4.7e-47
XP_016885258 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i ( 706) 1273 189.0 4.7e-47
XP_016885260 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i ( 706) 1273 189.0 4.7e-47
NP_808224 (OMIM: 300132) trophinin isoform 2 [Homo ( 706) 1273 189.0 4.7e-47
NP_808225 (OMIM: 300132) trophinin isoform 4 [Homo ( 309) 1210 180.0 1e-44
NP_008917 (OMIM: 300224) melanoma-associated antig ( 778) 1208 180.0 2.6e-44
XP_011529137 (OMIM: 300224) PREDICTED: melanoma-as ( 778) 1208 180.0 2.6e-44
XP_016885469 (OMIM: 300224) PREDICTED: melanoma-as ( 778) 1208 180.0 2.6e-44
XP_016885468 (OMIM: 300224) PREDICTED: melanoma-as ( 778) 1208 180.0 2.6e-44
XP_016885467 (OMIM: 300224) PREDICTED: melanoma-as ( 778) 1208 180.0 2.6e-44
NP_001005332 (OMIM: 300224) melanoma-associated an ( 778) 1208 180.0 2.6e-44
NP_001005333 (OMIM: 300224) melanoma-associated an ( 834) 1208 180.0 2.8e-44
NP_001258112 (OMIM: 300132) trophinin isoform 6 [H ( 962) 1179 176.1 5e-43
XP_016885365 (OMIM: 300765) PREDICTED: melanoma-as ( 739) 1073 161.3 1.1e-38
NP_001092270 (OMIM: 300702) melanoma-associated an ( 739) 1073 161.3 1.1e-38
XP_011529124 (OMIM: 300765) PREDICTED: melanoma-as ( 739) 1073 161.3 1.1e-38
NP_803881 (OMIM: 300765) melanoma-associated antig ( 739) 1073 161.3 1.1e-38
NP_803879 (OMIM: 300765) melanoma-associated antig ( 741) 1073 161.3 1.1e-38
NP_001258991 (OMIM: 300702) melanoma-associated an ( 741) 1073 161.3 1.1e-38
NP_110428 (OMIM: 300765) melanoma-associated antig ( 741) 1073 161.3 1.1e-38
NP_001258992 (OMIM: 300702) melanoma-associated an ( 741) 1073 161.3 1.1e-38
XP_006724670 (OMIM: 300765) PREDICTED: melanoma-as ( 741) 1073 161.3 1.1e-38
XP_006724671 (OMIM: 300765) PREDICTED: melanoma-as ( 741) 1073 161.3 1.1e-38
XP_011529125 (OMIM: 300765) PREDICTED: melanoma-as ( 647) 784 121.2 1.1e-26
NP_001258990 (OMIM: 300702) melanoma-associated an ( 757) 785 121.4 1.1e-26
NP_001229291 (OMIM: 300765) melanoma-associated an ( 757) 785 121.4 1.1e-26
NP_619649 (OMIM: 608243) non-structural maintenanc ( 304) 739 114.8 4.4e-25
NP_071432 (OMIM: 609267) melanoma-associated antig ( 307) 737 114.5 5.3e-25
NP_061939 (OMIM: 176270,605283,615547) MAGE-like p (1249) 686 107.9 2.2e-22
NP_065983 (OMIM: 300759) melanoma-associated antig ( 957) 670 105.6 8.3e-22
NP_002478 (OMIM: 176270,602117) necdin [Homo sapie ( 321) 650 102.5 2.3e-21
NP_872312 (OMIM: 300761) melanoma-associated antig ( 347) 627 99.3 2.3e-20
NP_002358 (OMIM: 300153) melanoma-associated antig ( 346) 609 96.8 1.3e-19
>>NP_055414 (OMIM: 300470,300971) melanoma-associated an (606 aa)
initn: 3842 init1: 3842 opt: 3842 Z-score: 2889.4 bits: 544.7 E(85289): 3.3e-154
Smith-Waterman score: 3842; 100.0% identity (100.0% similar) in 606 aa overlap (1-606:1-606)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSDTSESGAGLTRFQAEASEKDSSSMMQTLLTVTQNVEVPETPKASKALEVSEDVKVSKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MSDTSESGAGLTRFQAEASEKDSSSMMQTLLTVTQNVEVPETPKASKALEVSEDVKVSKA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 SGVSKATEVSKTPEAREAPATQASSTTQLTDTQVLAAENKSLAADTKKQNADPQAVTMPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SGVSKATEVSKTPEAREAPATQASSTTQLTDTQVLAAENKSLAADTKKQNADPQAVTMPA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TETKKVSHVADTKVNTKAQETEAAPSQAPADEPEPESAAAQSQENQDTRPKVKAKKARKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TETKKVSHVADTKVNTKAQETEAAPSQAPADEPEPESAAAQSQENQDTRPKVKAKKARKV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 KHLDGEEDGSSDQSQASGTTGGRRVSKALMASMARRASRGPIAFWARRASRTRLAAWARR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KHLDGEEDGSSDQSQASGTTGGRRVSKALMASMARRASRGPIAFWARRASRTRLAAWARR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 ALLSLRSPKARRGKARRRAAKLQSSQEPEAPPPRDVALLQGRANDLVKYLLAKDQTKIPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ALLSLRSPKARRGKARRRAAKLQSSQEPEAPPPRDVALLQGRANDLVKYLLAKDQTKIPI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 KRSDMLKDIIKEYTDVYPEIIERAGYSLEKVFGIQLKEIDKNDHLYILLSTLEPTDAGIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KRSDMLKDIIKEYTDVYPEIIERAGYSLEKVFGIQLKEIDKNDHLYILLSTLEPTDAGIL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 GTTKDSPKLGLLMVLLSIIFMNGNRSSEAVIWEVLRKLGLRPGIHHSLFGDVKKLITDEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GTTKDSPKLGLLMVLLSIIFMNGNRSSEAVIWEVLRKLGLRPGIHHSLFGDVKKLITDEF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 VKQKYLDYARVPNSNPPEYEFFWGLRSYYETSKMKVLKFACKVQKKDPKEWAAQYREAME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VKQKYLDYARVPNSNPPEYEFFWGLRSYYETSKMKVLKFACKVQKKDPKEWAAQYREAME
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490 500 510 520 530 540
pF1KB5 ADLKAAAEAAAEAKARAEIRARMGIGLGSENAAGPCNWDEADIGPWAKARIQAGAEAKAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ADLKAAAEAAAEAKARAEIRARMGIGLGSENAAGPCNWDEADIGPWAKARIQAGAEAKAK
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550 560 570 580 590 600
pF1KB5 AQESGSASTGASTSTNNSASASASTSGGFSAGASLTATLTFGLFAGLGGAGASTSGSSGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 AQESGSASTGASTSTNNSASASASTSGGFSAGASLTATLTFGLFAGLGGAGASTSGSSGA
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 CGFSYK
::::::
NP_055 CGFSYK
>>NP_957516 (OMIM: 300470,300971) melanoma-associated an (606 aa)
initn: 3842 init1: 3842 opt: 3842 Z-score: 2889.4 bits: 544.7 E(85289): 3.3e-154
Smith-Waterman score: 3842; 100.0% identity (100.0% similar) in 606 aa overlap (1-606:1-606)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSDTSESGAGLTRFQAEASEKDSSSMMQTLLTVTQNVEVPETPKASKALEVSEDVKVSKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 MSDTSESGAGLTRFQAEASEKDSSSMMQTLLTVTQNVEVPETPKASKALEVSEDVKVSKA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 SGVSKATEVSKTPEAREAPATQASSTTQLTDTQVLAAENKSLAADTKKQNADPQAVTMPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 SGVSKATEVSKTPEAREAPATQASSTTQLTDTQVLAAENKSLAADTKKQNADPQAVTMPA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TETKKVSHVADTKVNTKAQETEAAPSQAPADEPEPESAAAQSQENQDTRPKVKAKKARKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 TETKKVSHVADTKVNTKAQETEAAPSQAPADEPEPESAAAQSQENQDTRPKVKAKKARKV
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190 200 210 220 230 240
pF1KB5 KHLDGEEDGSSDQSQASGTTGGRRVSKALMASMARRASRGPIAFWARRASRTRLAAWARR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 KHLDGEEDGSSDQSQASGTTGGRRVSKALMASMARRASRGPIAFWARRASRTRLAAWARR
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250 260 270 280 290 300
pF1KB5 ALLSLRSPKARRGKARRRAAKLQSSQEPEAPPPRDVALLQGRANDLVKYLLAKDQTKIPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 ALLSLRSPKARRGKARRRAAKLQSSQEPEAPPPRDVALLQGRANDLVKYLLAKDQTKIPI
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310 320 330 340 350 360
pF1KB5 KRSDMLKDIIKEYTDVYPEIIERAGYSLEKVFGIQLKEIDKNDHLYILLSTLEPTDAGIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 KRSDMLKDIIKEYTDVYPEIIERAGYSLEKVFGIQLKEIDKNDHLYILLSTLEPTDAGIL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 GTTKDSPKLGLLMVLLSIIFMNGNRSSEAVIWEVLRKLGLRPGIHHSLFGDVKKLITDEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 GTTKDSPKLGLLMVLLSIIFMNGNRSSEAVIWEVLRKLGLRPGIHHSLFGDVKKLITDEF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 VKQKYLDYARVPNSNPPEYEFFWGLRSYYETSKMKVLKFACKVQKKDPKEWAAQYREAME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 VKQKYLDYARVPNSNPPEYEFFWGLRSYYETSKMKVLKFACKVQKKDPKEWAAQYREAME
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490 500 510 520 530 540
pF1KB5 ADLKAAAEAAAEAKARAEIRARMGIGLGSENAAGPCNWDEADIGPWAKARIQAGAEAKAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 ADLKAAAEAAAEAKARAEIRARMGIGLGSENAAGPCNWDEADIGPWAKARIQAGAEAKAK
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pF1KB5 AQESGSASTGASTSTNNSASASASTSGGFSAGASLTATLTFGLFAGLGGAGASTSGSSGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 AQESGSASTGASTSTNNSASASASTSGGFSAGASLTATLTFGLFAGLGGAGASTSGSSGA
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 CGFSYK
::::::
NP_957 CGFSYK
>>NP_803182 (OMIM: 300470,300971) melanoma-associated an (606 aa)
initn: 3842 init1: 3842 opt: 3842 Z-score: 2889.4 bits: 544.7 E(85289): 3.3e-154
Smith-Waterman score: 3842; 100.0% identity (100.0% similar) in 606 aa overlap (1-606:1-606)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSDTSESGAGLTRFQAEASEKDSSSMMQTLLTVTQNVEVPETPKASKALEVSEDVKVSKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 MSDTSESGAGLTRFQAEASEKDSSSMMQTLLTVTQNVEVPETPKASKALEVSEDVKVSKA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 SGVSKATEVSKTPEAREAPATQASSTTQLTDTQVLAAENKSLAADTKKQNADPQAVTMPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 SGVSKATEVSKTPEAREAPATQASSTTQLTDTQVLAAENKSLAADTKKQNADPQAVTMPA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TETKKVSHVADTKVNTKAQETEAAPSQAPADEPEPESAAAQSQENQDTRPKVKAKKARKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 TETKKVSHVADTKVNTKAQETEAAPSQAPADEPEPESAAAQSQENQDTRPKVKAKKARKV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 KHLDGEEDGSSDQSQASGTTGGRRVSKALMASMARRASRGPIAFWARRASRTRLAAWARR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 KHLDGEEDGSSDQSQASGTTGGRRVSKALMASMARRASRGPIAFWARRASRTRLAAWARR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 ALLSLRSPKARRGKARRRAAKLQSSQEPEAPPPRDVALLQGRANDLVKYLLAKDQTKIPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 ALLSLRSPKARRGKARRRAAKLQSSQEPEAPPPRDVALLQGRANDLVKYLLAKDQTKIPI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 KRSDMLKDIIKEYTDVYPEIIERAGYSLEKVFGIQLKEIDKNDHLYILLSTLEPTDAGIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 KRSDMLKDIIKEYTDVYPEIIERAGYSLEKVFGIQLKEIDKNDHLYILLSTLEPTDAGIL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 GTTKDSPKLGLLMVLLSIIFMNGNRSSEAVIWEVLRKLGLRPGIHHSLFGDVKKLITDEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 GTTKDSPKLGLLMVLLSIIFMNGNRSSEAVIWEVLRKLGLRPGIHHSLFGDVKKLITDEF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 VKQKYLDYARVPNSNPPEYEFFWGLRSYYETSKMKVLKFACKVQKKDPKEWAAQYREAME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 VKQKYLDYARVPNSNPPEYEFFWGLRSYYETSKMKVLKFACKVQKKDPKEWAAQYREAME
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 ADLKAAAEAAAEAKARAEIRARMGIGLGSENAAGPCNWDEADIGPWAKARIQAGAEAKAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 ADLKAAAEAAAEAKARAEIRARMGIGLGSENAAGPCNWDEADIGPWAKARIQAGAEAKAK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 AQESGSASTGASTSTNNSASASASTSGGFSAGASLTATLTFGLFAGLGGAGASTSGSSGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 AQESGSASTGASTSTNNSASASASTSGGFSAGASLTATLTFGLFAGLGGAGASTSGSSGA
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 CGFSYK
::::::
NP_803 CGFSYK
>>XP_016885257 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin isofo (1387 aa)
initn: 1633 init1: 893 opt: 1431 Z-score: 1079.7 bits: 211.1 E(85289): 2.1e-53
Smith-Waterman score: 1468; 45.8% identity (70.4% similar) in 612 aa overlap (30-605:131-715)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MSDTSESGAGLTRFQAEASEKDSSSMMQTLLTVTQNVEVPETPKASKALEVSEDVKVSK
: ...::...: . ..... . ..: .:
XP_016 VTAKAAQGSQSPTGHEGGTIQLKSPLQVLKLPVISQNIHAPIANESASSQALITSIKPKK
110 120 130 140 150 160
60 70 80 90 100
pF1KB5 AS--------GVSKATEVSKTPEAREAPATQASSTTQLTDTQVLAAENKSLAADTKKQ--
:: ....::::: . : .. .::.. :.. .. .. :: .. :. ..
XP_016 ASKAKKAANKAIASATEVSLAATATHTATTQGQITNETASIHTTAASIRTKKASKARKTI
170 180 190 200 210 220
110 120 130 140 150
pF1KB5 ----NADPQ-----AVTMPATETKKVSHVADTKVNTKAQETEAAPSQAPADEPEPESA--
:.: . :: ::. ..: :: . : .. . : :..: . : :
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60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]