Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB4270
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4270, 419 aa
1>>>pF1KB4270 419 - 419 aa - 419 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8211+/-0.00106; mu= 15.1933+/- 0.064
mean_var=169.0784+/-67.477, 0's: 0 Z-trim(105.4): 283 B-trim: 557 in 1/48
Lambda= 0.098635
statistics sampled from 8024 (8424) to 8024 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.612), E-opt: 0.2 (0.259), width: 16
Scan time: 2.680
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5036.1 GPR63 gene_id:81491|Hs108|chr6 ( 419) 2774 407.8 1e-113
CCDS2066.1 GPR45 gene_id:11250|Hs108|chr2 ( 372) 1361 206.6 3.2e-53
CCDS34273.2 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 360) 381 67.2 3e-11
CCDS34271.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 378) 381 67.2 3.1e-11
CCDS34270.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 387) 381 67.2 3.1e-11
CCDS4291.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 388) 381 67.2 3.1e-11
CCDS75353.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 411) 381 67.2 3.2e-11
CCDS34272.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 428) 381 67.3 3.3e-11
>>CCDS5036.1 GPR63 gene_id:81491|Hs108|chr6 (419 aa)
initn: 2774 init1: 2774 opt: 2774 Z-score: 2155.2 bits: 407.8 E(32554): 1e-113
Smith-Waterman score: 2774; 99.8% identity (100.0% similar) in 419 aa overlap (1-419:1-419)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MVFSAVLTAFHTGTSNTTFVMYENTYMNITLPPPFQHPDLSPLLRYSFETMAPTGLSSLT
::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 MVFSAVLTAFHTGTSNTTFVVYENTYMNITLPPPFQHPDLSPLLRYSFETMAPTGLSSLT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 VNSTAVPTTPAAFKSLNLPLQITLSAIMIFILFVSFLGNLVVCLMVYQKAAMRSAINILL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 VNSTAVPTTPAAFKSLNLPLQITLSAIMIFILFVSFLGNLVVCLMVYQKAAMRSAINILL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 ASLAFADMLLAVLNMPFALVTILTTRWIFGKFFCRVSAMFFWLFVIEGVAILLIISIDRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 ASLAFADMLLAVLNMPFALVTILTTRWIFGKFFCRVSAMFFWLFVIEGVAILLIISIDRF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 LIIVQRQDKLNPYRAKVLIAVSWATSFCVAFPLAVGNPDLQIPSRAPQCVFGYTTNPGYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 LIIVQRQDKLNPYRAKVLIAVSWATSFCVAFPLAVGNPDLQIPSRAPQCVFGYTTNPGYQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 AYVILISLISFFIPFLVILYSFMGILNTLRHNALRIHSYPEGICLSQASKLGLMSLQRPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 AYVILISLISFFIPFLVILYSFMGILNTLRHNALRIHSYPEGICLSQASKLGLMSLQRPF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 QMSIDMGFKTRAFTTILILFAVFIVCWAPFTTYSLVATFSKHFYYQHNFFEISTWLLWLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 QMSIDMGFKTRAFTTILILFAVFIVCWAPFTTYSLVATFSKHFYYQHNFFEISTWLLWLC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB4 YLKSALNPLIYYWRIKKFHDACLDMMPKSFKFLPQLPGHTKRRIRPSAVYVCGEHRTVV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 YLKSALNPLIYYWRIKKFHDACLDMMPKSFKFLPQLPGHTKRRIRPSAVYVCGEHRTVV
370 380 390 400 410
>>CCDS2066.1 GPR45 gene_id:11250|Hs108|chr2 (372 aa)
initn: 1382 init1: 1360 opt: 1361 Z-score: 1069.0 bits: 206.6 E(32554): 3.2e-53
Smith-Waterman score: 1361; 55.2% identity (83.4% similar) in 344 aa overlap (76-419:29-372)
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 YSFETMAPTGLSSLTVNSTAVPTTPAAFKSLNLPLQITLSAIMIFILFVSFLGNLVVCLM
: ::.:.:. .:... :.:::: :::..
CCDS20 MACNSTSLEAYTYLLLNTSNASDSGSTQLPAPLRISLAIVMLLMTVVGFLGNTVVCII
10 20 30 40 50
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 VYQKAAMRSAINILLASLAFADMLLAVLNMPFALVTILTTRWIFGKFFCRVSAMFFWLFV
:::. :::::::.:::.:::.:..:.. :::. ::..:.:: :: :::.:: ..:.::
CCDS20 VYQRPAMRSAINLLLATLAFSDIMLSLCCMPFTAVTLITVRWHFGDHFCRLSATLYWFFV
60 70 80 90 100 110
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 IEGVAILLIISIDRFLIIVQRQDKLNPYRAKVLIAVSWATSFCVAFPLAVGNPDLQIPSR
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CCDS20 LEGVAILLIISVDRFLIIVQRQDKLNPRRAKVIIAVSWVLSFCIAGPSLTGWTLVEVPAR
120 130 140 150 160 170
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 APQCVFGYTTNPGYQAYVILISLISFFIPFLVILYSFMGILNTLRHNALRIHSYPEGICL
:::::.::: :. .:::. . . :: :: :.: ..: ::::.:.::.:.:. ... :
CCDS20 APQCVLGYTELPADRAYVVTLVVAVFFAPFGVMLCAYMCILNTVRKNAVRVHNQSDSLDL
180 190 200 210 220 230
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 SQASKLGLMSLQRPFQMSIDMGFKTRAFTTILILFAVFIVCWAPFTTYSLVATFSKHFYY
: .. :: ::: :.:.:..:::.:::::::::. : .:: : ..:::...::..::
CCDS20 RQLTRAGLRRLQRQQQVSVDLSFKTKAFTTILILFVGFSLCWLPHSVYSLLSVFSQRFYC
240 250 260 270 280 290
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 QHNFFEISTWLLWLCYLKSALNPLIYYWRIKKFHDACLDMMPKSFKFLPQLPGHTKRRIR
.:. :: .::: ::::..::..: ::::::..::....:..:..::..: . .:::.
CCDS20 GSSFYATSTCVLWLSYLKSVFNPIVYCWRIKKFREACIELLPQTFQILPKVPERIRRRIQ
300 310 320 330 340 350
410
pF1KB4 PSAVYVCGEHRTVV
::.::::.:....:
CCDS20 PSTVYVCNENQSAV
360 370
>>CCDS34273.2 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 (360 aa)
initn: 274 init1: 172 opt: 381 Z-score: 315.5 bits: 67.2 E(32554): 3e-11
Smith-Waterman score: 428; 28.0% identity (59.3% similar) in 322 aa overlap (81-386:19-327)
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 MAPTGLSSLTVNSTAVPTTPAAFKSLNLPLQITLSAIMIFILFVSFLGNLVVCLMVYQKA
...: ... ......::::.: . :
CCDS34 MDKLDANVSSEEGFGSVEKVVLLTFLSTVILMAILGNLLVMVAVCWDR
10 20 30 40
120 130 140 150 160
pF1KB4 AMRSA-INILLASLAFADMLLAVLNMPFALVTILTTRWIFGKFFCRVSAMFFWLFVIEGV
.:. : ...::::::.:..:: :::. . .. ::.:. :: : . . :.. ..
CCDS34 QLRKIKTNYFIVSLAFADLLVSVLVMPFGAIELVQDIWIYGEVFCLVRTSLDVLLTTASI
50 60 70 80 90 100
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 AILLIISIDRFLIIVQR----QDKLNPYRAKVLIAVSWATSFCVAF-PLAVGNPDLQIPS
: ::.::. : . ..:..: : .... :. ..: :. : .. : .
CCDS34 FHLCCISLDRYYAICCQPLVYRNKMTPLRIALMLGGCWVIPTFISFLPIMQGWNNIGIID
110 120 130 140 150 160
230 240 250 260 270
pF1KB4 RAPQCVFGYTTNPGY------QAYVILISLISFFIPFLVILYSFMGILNTLRHNALRIHS
. :. ..: : . :.: :...:.::::... ... : : ...: .:.
CCDS34 LIEKRKFNQNSNSTYCVFMVNKPYAITCSVVAFYIPFLLMVLAYYRIYVTAKEHAHQIQ-
170 180 190 200 210 220
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 YPEGICLSQASKLGLMSLQRPF---QMSID-MGFKTRAFTTILILFAVFIVCWAPFTTYS
. .. : : .:: : : : .:.: :. :... : .::::: . .
CCDS34 --------MLQRAGASSESRPQSADQHSTHRMRTETKAAKTLCIIMGCFCLCWAPFFVTN
230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 LVATFSKHFYYQHNFFEISTWLLWLCYLKSALNPLIYYWRIKKFHDACLDMMPKSFKFLP
.: : . .. : .::: :..:.:::..: . :.:. : : ..
CCDS34 IVDPFIDYTVPG----QVWTAFLWLGYINSGLNPFLYAFLNKSFRRAFLIILCCDDERYR
280 290 300 310 320 330
400 410
pF1KB4 QLPGHTKRRIRPSAVYVCGEHRTVV
CCDS34 RPSILGQTVPCSTTTINGSTHVLRF
340 350 360
>>CCDS34271.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 (378 aa)
initn: 274 init1: 172 opt: 381 Z-score: 315.3 bits: 67.2 E(32554): 3.1e-11
Smith-Waterman score: 428; 28.0% identity (59.3% similar) in 322 aa overlap (81-386:19-327)
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 MAPTGLSSLTVNSTAVPTTPAAFKSLNLPLQITLSAIMIFILFVSFLGNLVVCLMVYQKA
...: ... ......::::.: . :
CCDS34 MDKLDANVSSEEGFGSVEKVVLLTFLSTVILMAILGNLLVMVAVCWDR
10 20 30 40
120 130 140 150 160
pF1KB4 AMRSA-INILLASLAFADMLLAVLNMPFALVTILTTRWIFGKFFCRVSAMFFWLFVIEGV
.:. : ...::::::.:..:: :::. . .. ::.:. :: : . . :.. ..
CCDS34 QLRKIKTNYFIVSLAFADLLVSVLVMPFGAIELVQDIWIYGEVFCLVRTSLDVLLTTASI
50 60 70 80 90 100
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 AILLIISIDRFLIIVQR----QDKLNPYRAKVLIAVSWATSFCVAF-PLAVGNPDLQIPS
: ::.::. : . ..:..: : .... :. ..: :. : .. : .
CCDS34 FHLCCISLDRYYAICCQPLVYRNKMTPLRIALMLGGCWVIPTFISFLPIMQGWNNIGIID
110 120 130 140 150 160
230 240 250 260 270
pF1KB4 RAPQCVFGYTTNPGY------QAYVILISLISFFIPFLVILYSFMGILNTLRHNALRIHS
. :. ..: : . :.: :...:.::::... ... : : ...: .:.
CCDS34 LIEKRKFNQNSNSTYCVFMVNKPYAITCSVVAFYIPFLLMVLAYYRIYVTAKEHAHQIQ-
170 180 190 200 210 220
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 YPEGICLSQASKLGLMSLQRPF---QMSID-MGFKTRAFTTILILFAVFIVCWAPFTTYS
. .. : : .:: : : : .:.: :. :... : .::::: . .
CCDS34 --------MLQRAGASSESRPQSADQHSTHRMRTETKAAKTLCIIMGCFCLCWAPFFVTN
230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 LVATFSKHFYYQHNFFEISTWLLWLCYLKSALNPLIYYWRIKKFHDACLDMMPKSFKFLP
.: : . .. : .::: :..:.:::..: . :.:. : : ..
CCDS34 IVDPFIDYTVPG----QVWTAFLWLGYINSGLNPFLYAFLNKSFRRAFLIILCCDDERYR
280 290 300 310 320 330
400 410
pF1KB4 QLPGHTKRRIRPSAVYVCGEHRTVV
CCDS34 RPSILGQTVPCSTTTINGSTHVLSGCSPVSSFLLLFCNRPVPV
340 350 360 370
>>CCDS34270.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 (387 aa)
initn: 274 init1: 172 opt: 381 Z-score: 315.2 bits: 67.2 E(32554): 3.1e-11
Smith-Waterman score: 428; 28.0% identity (59.3% similar) in 322 aa overlap (81-386:19-327)
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 MAPTGLSSLTVNSTAVPTTPAAFKSLNLPLQITLSAIMIFILFVSFLGNLVVCLMVYQKA
...: ... ......::::.: . :
CCDS34 MDKLDANVSSEEGFGSVEKVVLLTFLSTVILMAILGNLLVMVAVCWDR
10 20 30 40
120 130 140 150 160
pF1KB4 AMRSA-INILLASLAFADMLLAVLNMPFALVTILTTRWIFGKFFCRVSAMFFWLFVIEGV
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CCDS34 QLRKIKTNYFIVSLAFADLLVSVLVMPFGAIELVQDIWIYGEVFCLVRTSLDVLLTTASI
50 60 70 80 90 100
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 AILLIISIDRFLIIVQR----QDKLNPYRAKVLIAVSWATSFCVAF-PLAVGNPDLQIPS
: ::.::. : . ..:..: : .... :. ..: :. : .. : .
CCDS34 FHLCCISLDRYYAICCQPLVYRNKMTPLRIALMLGGCWVIPTFISFLPIMQGWNNIGIID
110 120 130 140 150 160
230 240 250 260 270
pF1KB4 RAPQCVFGYTTNPGY------QAYVILISLISFFIPFLVILYSFMGILNTLRHNALRIHS
. :. ..: : . :.: :...:.::::... ... : : ...: .:.
CCDS34 LIEKRKFNQNSNSTYCVFMVNKPYAITCSVVAFYIPFLLMVLAYYRIYVTAKEHAHQIQ-
170 180 190 200 210 220
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 YPEGICLSQASKLGLMSLQRPF---QMSID-MGFKTRAFTTILILFAVFIVCWAPFTTYS
. .. : : .:: : : : .:.: :. :... : .::::: . .
CCDS34 --------MLQRAGASSESRPQSADQHSTHRMRTETKAAKTLCIIMGCFCLCWAPFFVTN
230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 LVATFSKHFYYQHNFFEISTWLLWLCYLKSALNPLIYYWRIKKFHDACLDMMPKSFKFLP
.: : . .. : .::: :..:.:::..: . :.:. : : ..
CCDS34 IVDPFIDYTVPG----QVWTAFLWLGYINSGLNPFLYAFLNKSFRRAFLIILCCDDERYR
280 290 300 310 320 330
400 410
pF1KB4 QLPGHTKRRIRPSAVYVCGEHRTVV
CCDS34 RPSILGQTVPCSTTTINGSTHVLRYTVLHRGHHQELEKLPIHNDPESLESCF
340 350 360 370 380
>>CCDS4291.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 (388 aa)
initn: 274 init1: 172 opt: 381 Z-score: 315.2 bits: 67.2 E(32554): 3.1e-11
Smith-Waterman score: 428; 28.0% identity (59.3% similar) in 322 aa overlap (81-386:19-327)
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 MAPTGLSSLTVNSTAVPTTPAAFKSLNLPLQITLSAIMIFILFVSFLGNLVVCLMVYQKA
...: ... ......::::.: . :
CCDS42 MDKLDANVSSEEGFGSVEKVVLLTFLSTVILMAILGNLLVMVAVCWDR
10 20 30 40
120 130 140 150 160
pF1KB4 AMRSA-INILLASLAFADMLLAVLNMPFALVTILTTRWIFGKFFCRVSAMFFWLFVIEGV
.:. : ...::::::.:..:: :::. . .. ::.:. :: : . . :.. ..
CCDS42 QLRKIKTNYFIVSLAFADLLVSVLVMPFGAIELVQDIWIYGEVFCLVRTSLDVLLTTASI
50 60 70 80 90 100
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 AILLIISIDRFLIIVQR----QDKLNPYRAKVLIAVSWATSFCVAF-PLAVGNPDLQIPS
: ::.::. : . ..:..: : .... :. ..: :. : .. : .
CCDS42 FHLCCISLDRYYAICCQPLVYRNKMTPLRIALMLGGCWVIPTFISFLPIMQGWNNIGIID
110 120 130 140 150 160
230 240 250 260 270
pF1KB4 RAPQCVFGYTTNPGY------QAYVILISLISFFIPFLVILYSFMGILNTLRHNALRIHS
. :. ..: : . :.: :...:.::::... ... : : ...: .:.
CCDS42 LIEKRKFNQNSNSTYCVFMVNKPYAITCSVVAFYIPFLLMVLAYYRIYVTAKEHAHQIQ-
170 180 190 200 210 220
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 YPEGICLSQASKLGLMSLQRPF---QMSID-MGFKTRAFTTILILFAVFIVCWAPFTTYS
. .. : : .:: : : : .:.: :. :... : .::::: . .
CCDS42 --------MLQRAGASSESRPQSADQHSTHRMRTETKAAKTLCIIMGCFCLCWAPFFVTN
230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 LVATFSKHFYYQHNFFEISTWLLWLCYLKSALNPLIYYWRIKKFHDACLDMMPKSFKFLP
.: : . .. : .::: :..:.:::..: . :.:. : : ..
CCDS42 IVDPFIDYTVPG----QVWTAFLWLGYINSGLNPFLYAFLNKSFRRAFLIILCCDDERYR
280 290 300 310 320 330
400 410
pF1KB4 QLPGHTKRRIRPSAVYVCGEHRTVV
CCDS42 RPSILGQTVPCSTTTINGSTHVLRDAVECGGQWESQCHPPATSPLVAAQPSDT
340 350 360 370 380
>>CCDS75353.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 (411 aa)
initn: 274 init1: 172 opt: 381 Z-score: 314.9 bits: 67.2 E(32554): 3.2e-11
Smith-Waterman score: 428; 28.0% identity (59.3% similar) in 322 aa overlap (81-386:19-327)
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 MAPTGLSSLTVNSTAVPTTPAAFKSLNLPLQITLSAIMIFILFVSFLGNLVVCLMVYQKA
...: ... ......::::.: . :
CCDS75 MDKLDANVSSEEGFGSVEKVVLLTFLSTVILMAILGNLLVMVAVCWDR
10 20 30 40
120 130 140 150 160
pF1KB4 AMRSA-INILLASLAFADMLLAVLNMPFALVTILTTRWIFGKFFCRVSAMFFWLFVIEGV
.:. : ...::::::.:..:: :::. . .. ::.:. :: : . . :.. ..
CCDS75 QLRKIKTNYFIVSLAFADLLVSVLVMPFGAIELVQDIWIYGEVFCLVRTSLDVLLTTASI
50 60 70 80 90 100
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pF1KB4 AILLIISIDRFLIIVQR----QDKLNPYRAKVLIAVSWATSFCVAF-PLAVGNPDLQIPS
: ::.::. : . ..:..: : .... :. ..: :. : .. : .
CCDS75 FHLCCISLDRYYAICCQPLVYRNKMTPLRIALMLGGCWVIPTFISFLPIMQGWNNIGIID
110 120 130 140 150 160
230 240 250 260 270
pF1KB4 RAPQCVFGYTTNPGY------QAYVILISLISFFIPFLVILYSFMGILNTLRHNALRIHS
. :. ..: : . :.: :...:.::::... ... : : ...: .:.
CCDS75 LIEKRKFNQNSNSTYCVFMVNKPYAITCSVVAFYIPFLLMVLAYYRIYVTAKEHAHQIQ-
170 180 190 200 210 220
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 YPEGICLSQASKLGLMSLQRPF---QMSID-MGFKTRAFTTILILFAVFIVCWAPFTTYS
. .. : : .:: : : : .:.: :. :... : .::::: . .
CCDS75 --------MLQRAGASSESRPQSADQHSTHRMRTETKAAKTLCIIMGCFCLCWAPFFVTN
230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 LVATFSKHFYYQHNFFEISTWLLWLCYLKSALNPLIYYWRIKKFHDACLDMMPKSFKFLP
.: : . .. : .::: :..:.:::..: . :.:. : : ..
CCDS75 IVDPFIDYTVPG----QVWTAFLWLGYINSGLNPFLYAFLNKSFRRAFLIILCCDDERYR
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