Result of FASTA (omim) for
pFN21AB3831
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3831, 701 aa
1>>>pF1KB3831 701 - 701 aa - 701 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.6812+/-0.000366; mu= 23.5542+/- 0.023
mean_var=66.5809+/-13.414, 0's: 0 Z-trim(113.3): 51 B-trim: 52 in 1/50
Lambda= 0.157181
statistics sampled from 22559 (22610) to 22559 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.617), E-opt: 0.2 (0.265), width: 16
Scan time: 12.210
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_071325 (OMIM: 167030,610130) sulfate anion tran ( 701) 4598 1052.0 0
NP_998778 (OMIM: 167030,610130) sulfate anion tran ( 701) 4598 1052.0 0
NP_000103 (OMIM: 222600,226900,256050,600972,60671 ( 739) 2140 494.7 5.5e-139
XP_016864680 (OMIM: 222600,226900,256050,600972,60 ( 739) 2140 494.7 5.5e-139
NP_602297 (OMIM: 167030,610130) sulfate anion tran ( 224) 1298 303.3 6.9e-82
NP_000432 (OMIM: 274600,600791,605646) pendrin [Ho ( 780) 1293 302.6 3.8e-81
XP_005250482 (OMIM: 274600,600791,605646) PREDICTE ( 780) 1293 302.6 3.8e-81
XP_011514169 (OMIM: 126650,214700) PREDICTED: chlo ( 764) 1180 277.0 1.9e-73
NP_000102 (OMIM: 126650,214700) chloride anion exc ( 764) 1180 277.0 1.9e-73
NP_996766 (OMIM: 604943,613865) prestin isoform b ( 685) 993 234.5 1e-60
NP_945350 (OMIM: 604943,613865) prestin isoform a ( 744) 993 234.6 1.1e-60
XP_011514472 (OMIM: 604943,613865) PREDICTED: pres ( 744) 993 234.6 1.1e-60
NP_001035544 (OMIM: 610068) solute carrier family ( 738) 990 233.9 1.7e-60
NP_602298 (OMIM: 610068) solute carrier family 26 ( 740) 990 233.9 1.7e-60
NP_599025 (OMIM: 610068) solute carrier family 26 ( 758) 990 233.9 1.8e-60
NP_075062 (OMIM: 610068) solute carrier family 26 ( 759) 990 233.9 1.8e-60
XP_016867807 (OMIM: 274600,600791,605646) PREDICTE ( 754) 924 218.9 5.7e-56
XP_006716088 (OMIM: 274600,600791,605646) PREDICTE ( 423) 912 216.0 2.4e-55
NP_996767 (OMIM: 604943,613865) prestin isoform c ( 516) 849 201.8 5.7e-51
NP_001161434 (OMIM: 604943,613865) prestin isoform ( 712) 802 191.2 1.2e-47
XP_011507424 (OMIM: 608481) PREDICTED: solute carr ( 627) 783 186.9 2.1e-46
XP_011507423 (OMIM: 608481) PREDICTED: solute carr ( 702) 783 186.9 2.3e-46
NP_443166 (OMIM: 608481) solute carrier family 26 ( 791) 783 187.0 2.5e-46
NP_599152 (OMIM: 608481) solute carrier family 26 ( 887) 783 187.0 2.7e-46
NP_001268662 (OMIM: 610068) solute carrier family ( 651) 778 185.8 4.7e-46
NP_001268661 (OMIM: 610068) solute carrier family ( 723) 766 183.1 3.4e-45
NP_443193 (OMIM: 606766,608480) testis anion trans ( 970) 764 182.7 5.7e-45
NP_001180405 (OMIM: 606766,608480) testis anion tr ( 970) 764 182.7 5.7e-45
XP_016865724 (OMIM: 606766,608480) PREDICTED: test ( 970) 764 182.7 5.7e-45
NP_001308716 (OMIM: 604943,613865) prestin isoform ( 653) 742 177.6 1.4e-43
NP_439897 (OMIM: 608479) anion exchange transporte ( 656) 741 177.4 1.6e-43
NP_001269285 (OMIM: 608479) anion exchange transpo ( 656) 741 177.4 1.6e-43
NP_599028 (OMIM: 608479) anion exchange transporte ( 663) 741 177.4 1.6e-43
XP_011507426 (OMIM: 608481) PREDICTED: solute carr ( 466) 633 152.7 2.9e-36
NP_619732 (OMIM: 606766,608480) testis anion trans ( 865) 464 114.7 1.6e-24
NP_001269286 (OMIM: 608479) anion exchange transpo ( 355) 439 108.6 4.2e-23
NP_996768 (OMIM: 604943,613865) prestin isoform d ( 335) 390 97.5 8.8e-20
XP_011522956 (OMIM: 610117) PREDICTED: sodium-inde ( 441) 263 68.8 5.1e-11
XP_011522955 (OMIM: 610117) PREDICTED: sodium-inde ( 441) 263 68.8 5.1e-11
XP_011522954 (OMIM: 610117) PREDICTED: sodium-inde ( 465) 263 68.8 5.3e-11
NP_775897 (OMIM: 610117) sodium-independent sulfat ( 606) 244 64.6 1.3e-09
NP_001159821 (OMIM: 610117) sodium-independent sul ( 606) 244 64.6 1.3e-09
NP_001159820 (OMIM: 610117) sodium-independent sul ( 606) 244 64.6 1.3e-09
NP_001159819 (OMIM: 610117) sodium-independent sul ( 606) 244 64.6 1.3e-09
XP_016879996 (OMIM: 610117) PREDICTED: sodium-inde ( 630) 244 64.6 1.3e-09
XP_006721896 (OMIM: 610117) PREDICTED: sodium-inde ( 630) 244 64.6 1.3e-09
XP_016879995 (OMIM: 610117) PREDICTED: sodium-inde ( 677) 244 64.7 1.4e-09
XP_016879994 (OMIM: 610117) PREDICTED: sodium-inde ( 696) 244 64.7 1.4e-09
XP_011512596 (OMIM: 606766,608480) PREDICTED: test ( 944) 200 54.8 1.8e-06
>>NP_071325 (OMIM: 167030,610130) sulfate anion transpor (701 aa)
initn: 4598 init1: 4598 opt: 4598 Z-score: 5628.9 bits: 1052.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4598; 100.0% identity (100.0% similar) in 701 aa overlap (1-701:1-701)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MDESPEPLQQGRGPVPVRRQRPAPRGLREMLKARLWCSCSCSVLCVRALVQDLLPATRWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 MDESPEPLQQGRGPVPVRRQRPAPRGLREMLKARLWCSCSCSVLCVRALVQDLLPATRWL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 RQYRPREYLAGDVMSGLVIGIILVPQAIAYSLLAGLQPIYSLYTSFFANLIYFLMGTSRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 RQYRPREYLAGDVMSGLVIGIILVPQAIAYSLLAGLQPIYSLYTSFFANLIYFLMGTSRH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VSVGIFSLLCLMVGQVVDRELQLAGFDPSQDGLQPGANSSTLNGSAAMLDCGRDCYAIRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 VSVGIFSLLCLMVGQVVDRELQLAGFDPSQDGLQPGANSSTLNGSAAMLDCGRDCYAIRV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 ATALTLMTGLYQVLMGVLRLGFVSAYLSQPLLDGFAMGASVTILTSQLKHLLGVRIPRHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 ATALTLMTGLYQVLMGVLRLGFVSAYLSQPLLDGFAMGASVTILTSQLKHLLGVRIPRHQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 GPGMVVLTWLSLLRGAGQANVCDVVTSTVCLAVLLAAKELSDRYRHRLRVPLPTELLVIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 GPGMVVLTWLSLLRGAGQANVCDVVTSTVCLAVLLAAKELSDRYRHRLRVPLPTELLVIV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 VATLVSHFGQLHKRFGSSVAGDIPTGFMPPQVPEPRLMQRVALDAVALALVAAAFSISLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 VATLVSHFGQLHKRFGSSVAGDIPTGFMPPQVPEPRLMQRVALDAVALALVAAAFSISLA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EMFARSHGYSVRANQELLAVGCCNVLPAFLHCFATSAALAKSLVKTATGCRTQLSSVVSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 EMFARSHGYSVRANQELLAVGCCNVLPAFLHCFATSAALAKSLVKTATGCRTQLSSVVSA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 TVVLLVLLALAPLFHDLQRSVLACVIVVSLRGALRKVWDLPRLWRMSPADALVWAGTAAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 TVVLLVLLALAPLFHDLQRSVLACVIVVSLRGALRKVWDLPRLWRMSPADALVWAGTAAT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 CMLVSTEAGLLAGVILSLLSLAGRTQRPRTALLARIGDTAFYEDATEFEGLVPEPGVRVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 CMLVSTEAGLLAGVILSLLSLAGRTQRPRTALLARIGDTAFYEDATEFEGLVPEPGVRVF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 RFGGPLYYANKDFFLQSLYSLTGLDAGCMAARRKEGGSETGVGEGGPAQGEDLGPVSTRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 RFGGPLYYANKDFFLQSLYSLTGLDAGCMAARRKEGGSETGVGEGGPAQGEDLGPVSTRA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 ALVPAAAGFHTVVIDCAPLLFLDAAGVSTLQDLRRDYGALGISLLLACCSPPVRDILSRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 ALVPAAAGFHTVVIDCAPLLFLDAAGVSTLQDLRRDYGALGISLLLACCSPPVRDILSRG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KB3 GFLGEGPGDTAEEEQLFLSVHDAVQTARARHRELEATDAHL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 GFLGEGPGDTAEEEQLFLSVHDAVQTARARHRELEATDAHL
670 680 690 700
>>NP_998778 (OMIM: 167030,610130) sulfate anion transpor (701 aa)
initn: 4598 init1: 4598 opt: 4598 Z-score: 5628.9 bits: 1052.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4598; 100.0% identity (100.0% similar) in 701 aa overlap (1-701:1-701)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MDESPEPLQQGRGPVPVRRQRPAPRGLREMLKARLWCSCSCSVLCVRALVQDLLPATRWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_998 MDESPEPLQQGRGPVPVRRQRPAPRGLREMLKARLWCSCSCSVLCVRALVQDLLPATRWL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 RQYRPREYLAGDVMSGLVIGIILVPQAIAYSLLAGLQPIYSLYTSFFANLIYFLMGTSRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_998 RQYRPREYLAGDVMSGLVIGIILVPQAIAYSLLAGLQPIYSLYTSFFANLIYFLMGTSRH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VSVGIFSLLCLMVGQVVDRELQLAGFDPSQDGLQPGANSSTLNGSAAMLDCGRDCYAIRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_998 VSVGIFSLLCLMVGQVVDRELQLAGFDPSQDGLQPGANSSTLNGSAAMLDCGRDCYAIRV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 ATALTLMTGLYQVLMGVLRLGFVSAYLSQPLLDGFAMGASVTILTSQLKHLLGVRIPRHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_998 ATALTLMTGLYQVLMGVLRLGFVSAYLSQPLLDGFAMGASVTILTSQLKHLLGVRIPRHQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 GPGMVVLTWLSLLRGAGQANVCDVVTSTVCLAVLLAAKELSDRYRHRLRVPLPTELLVIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_998 GPGMVVLTWLSLLRGAGQANVCDVVTSTVCLAVLLAAKELSDRYRHRLRVPLPTELLVIV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 VATLVSHFGQLHKRFGSSVAGDIPTGFMPPQVPEPRLMQRVALDAVALALVAAAFSISLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_998 VATLVSHFGQLHKRFGSSVAGDIPTGFMPPQVPEPRLMQRVALDAVALALVAAAFSISLA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EMFARSHGYSVRANQELLAVGCCNVLPAFLHCFATSAALAKSLVKTATGCRTQLSSVVSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_998 EMFARSHGYSVRANQELLAVGCCNVLPAFLHCFATSAALAKSLVKTATGCRTQLSSVVSA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 TVVLLVLLALAPLFHDLQRSVLACVIVVSLRGALRKVWDLPRLWRMSPADALVWAGTAAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_998 TVVLLVLLALAPLFHDLQRSVLACVIVVSLRGALRKVWDLPRLWRMSPADALVWAGTAAT
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490 500 510 520 530 540
pF1KB3 CMLVSTEAGLLAGVILSLLSLAGRTQRPRTALLARIGDTAFYEDATEFEGLVPEPGVRVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_998 CMLVSTEAGLLAGVILSLLSLAGRTQRPRTALLARIGDTAFYEDATEFEGLVPEPGVRVF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 RFGGPLYYANKDFFLQSLYSLTGLDAGCMAARRKEGGSETGVGEGGPAQGEDLGPVSTRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_998 RFGGPLYYANKDFFLQSLYSLTGLDAGCMAARRKEGGSETGVGEGGPAQGEDLGPVSTRA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 ALVPAAAGFHTVVIDCAPLLFLDAAGVSTLQDLRRDYGALGISLLLACCSPPVRDILSRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_998 ALVPAAAGFHTVVIDCAPLLFLDAAGVSTLQDLRRDYGALGISLLLACCSPPVRDILSRG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KB3 GFLGEGPGDTAEEEQLFLSVHDAVQTARARHRELEATDAHL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_998 GFLGEGPGDTAEEEQLFLSVHDAVQTARARHRELEATDAHL
670 680 690 700
>>NP_000103 (OMIM: 222600,226900,256050,600972,606718) s (739 aa)
initn: 2183 init1: 1450 opt: 2140 Z-score: 2616.2 bits: 494.7 E(85289): 5.5e-139
Smith-Waterman score: 2160; 48.4% identity (78.5% similar) in 678 aa overlap (17-687:56-719)
10 20 30 40
pF1KB3 MDESPEPLQQGRGPVPVRRQRPAPRGLREMLKARLWCSCSCSVLCV
..::. . ...:.. .: .:.:: .
NP_000 GIHLELQRESSTDFKQFETNDQCRPYHRILIERQEKSDTNFKEFVIKKLQKNCQCSPAKA
30 40 50 60 70 80
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 RALVQDLLPATRWLRQYRPREYLAGDVMSGLVIGIILVPQAIAYSLLAGLQPIYSLYTSF
. .. .::. .:: .: .. . :::::::..::.::::.:::::::: .:.:.:::::
NP_000 KNMILGFLPVLQWLPKYDLKKNILGDVMSGLIVGILLVPQSIAYSLLAGQEPVYGLYTSF
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 FANLIYFLMGTSRHVSVGIFSLLCLMVGQVVDRELQLAGFDPSQDGLQPG--ANSSTLNG
::..::::.:::::.:::::..::::.:..:::::: ::.: .... . : .:.::: .
NP_000 FASIIYFLLGTSRHISVGIFGVLCLMIGETVDRELQKAGYDNAHSAPSLGMVSNGSTLLN
150 160 170 180 190 200
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 SAAMLDCGRDCYAIRVATALTLMTGLYQVLMGVLRLGFVSAYLSQPLLDGFAMGASVTIL
.. : ..:::: :....:...:.::: :: ...::::.:::. ::.::. ::: :::
NP_000 HTSDRICDKSCYAIMVGSTVTFIAGVYQVAMGFFQVGFVSVYLSDALLSGFVTGASFTIL
210 220 230 240 250 260
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 TSQLKHLLGVRIPRHQGPGMVVLTWLSLLRGAGQANVCDVVTSTVCLAVLLAAKELSDRY
::: :.:::. .:: .: : .. ::. ..:. ..:.::..:: .:: ::: .:::....
NP_000 TSQAKYLLGLNLPRTNGVGSLITTWIHVFRNIHKTNLCDLITSLLCLLVLLPTKELNEHF
270 280 290 300 310 320
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 RHRLRVPLPTELLVIVVATLVSHFGQLHKRFGSSVAGDIPTGFMPPQVPEPRLMQRVALD
. .:..:.: ::.:.:.:::.::::.::. ..::.:: ::::::::.::: :. ::.:
NP_000 KSKLKAPIPIELVVVVAATLASHFGKLHENYNSSIAGHIPTGFMPPKVPEWNLIPSVAVD
330 340 350 360 370 380
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 AVALALVAAAFSISLAEMFARSHGYSVRANQELLAVGCCNVLPAFLHCFATSAALAKSLV
:.:..... :...::.::::..:::.:.::::. :.: ::..:.:.:::.:::::::.::
NP_000 AIAISIIGFAITVSLSEMFAKKHGYTVKANQEMYAIGFCNIIPSFFHCFTTSAALAKTLV
390 400 410 420 430 440
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 KTATGCRTQLSSVVSATVVLLVLLALAPLFHDLQRSVLACVIVVSLRGALRKVWDLPRLW
: .:::.::::.::.: :.:::::..::::..::.:::. . .:.::::::: :::..:
NP_000 KESTGCHTQLSGVVTALVLLLVLLVIAPLFYSLQKSVLGVITIVNLRGALRKFRDLPKMW
450 460 470 480 490 500
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 RMSPADALVWAGTAATCMLVSTEAGLLAGVILSLLSLAGRTQRPRTALLARIGDTAFYED
.: :...: : . :.::: :::.:: .:.. . :::.:...::. . .. .:.
NP_000 SISRMDTVIWFVTMLSSALLSTEIGLLVGVCFSIFCVILRTQKPKSSLLGLVEESEVFES
510 520 530 540 550 560
530 540 550 560 570
pF1KB3 ATEFEGLVPEPGVRVFRFGGPLYYANKDFFLQSLYSLTGLD-----AGCMAARRKEGGSE
.. ...: .::...::: .:::: ::. : ..::. : : ::.:: .:
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700
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pF1KB3 HL
XP_016 NGLSLSSD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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XP_005 TFFLTVHDAILYLQNQVKSQEGQGSILETITLIQDCKDTLELIETELTEEELDVQDEAMR
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XP_011 TVLSGIIQLAFGILRIGFVVIYLSESLISGFTTAAAVHVLVSQLKFIFQLTVPSHTDPVS
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XP_011 IFKVLYSVFSQIEKTNIADLVTALIVLLVVSIVKEINQRFKDKLPVPIPIEFIMTVIAAG
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.:.::.. :. ::.:::: . . .:.: : . .. :::: . : :.: : ...
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. :: :.: ..::... ::: :. . :: :: : .:.. .. . ::..:: .
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:.:.:: :: ..: . .: : : :. . .. :. . :
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. :.: :..: :: . .:....: . . :::.
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..: :... ... . ... .. . . :.: :. :: .. .::..:::
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690 700
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:
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: :::: .. .: .:.: . :: :: .
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:...:. :. .:.::.::: :::. :..::. .:.: .:.:::: .. . .: : :
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. . :.. ..:. :.::. . : :. .::...:.. .: ::.: :... :.:.
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::. ....:: .:.::. ::.:: .:. . .: .. : ..:.:: : ..:.: ...
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pF1KB3 VQTARARHRELEATDAHL
:
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>>NP_996766 (OMIM: 604943,613865) prestin isoform b [Hom (685 aa)
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..: ..:::::.:.: :... ::.: :. : . :. : . ::. ..: ::. :
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NP_996 YLFGVKTKRYSGIFSVVYSTVAVLQNVKNLNVCSLGVGLMVFGLLLGGKEFNERFKEKLP
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NP_996 IVGFSVTISMAKTLANKHGYQVDGNQELIALGLCNSIGSLFQTFSISCSLSRSLVQEGTG
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]