Result of FASTA (omim) for
pFN21AB3717
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3717, 478 aa
1>>>pF1KB3717 478 - 478 aa - 478 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8649+/-0.000473; mu= 19.7621+/- 0.029
mean_var=59.2383+/-12.477, 0's: 0 Z-trim(107.7): 28 B-trim: 790 in 1/49
Lambda= 0.166638
statistics sampled from 15744 (15761) to 15744 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.543), E-opt: 0.2 (0.185), width: 16
Scan time: 6.170
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005497 (OMIM: 254900,602257) lysosome membrane ( 478) 3193 776.7 0
NP_001191184 (OMIM: 254900,602257) lysosome membra ( 335) 1652 406.2 7.4e-113
NP_001076428 (OMIM: 601040,610762) scavenger recep ( 506) 996 248.6 3.1e-65
NP_005496 (OMIM: 601040,610762) scavenger receptor ( 509) 985 245.9 1.9e-64
XP_005250771 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) P ( 472) 957 239.2 1.9e-62
XP_005250770 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) P ( 472) 957 239.2 1.9e-62
XP_005250772 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) P ( 472) 957 239.2 1.9e-62
NP_001120916 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 472) 957 239.2 1.9e-62
NP_001001547 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 472) 957 239.2 1.9e-62
NP_000063 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) plat ( 472) 957 239.2 1.9e-62
NP_001120915 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 472) 957 239.2 1.9e-62
NP_001001548 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 472) 957 239.2 1.9e-62
NP_001276840 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 396) 819 205.9 1.6e-52
NP_001276838 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 412) 616 157.2 8.3e-38
NP_001276837 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 433) 426 111.5 4.8e-24
>>NP_005497 (OMIM: 254900,602257) lysosome membrane prot (478 aa)
initn: 3193 init1: 3193 opt: 3193 Z-score: 4147.1 bits: 776.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3193; 100.0% identity (100.0% similar) in 478 aa overlap (1-478:1-478)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKPPLPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKPPLPV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 YTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNKAYVFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 YTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNKAYVFE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 RDQSVGDPKIDLIRTLNIPVLTVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTVDELLWGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 RDQSVGDPKIDLIRTLNIPVLTVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTVDELLWGY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 KDEILSLIHVFRPDISPYFGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVEWNGKTSLDWW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KDEILSLIHVFRPDISPYFGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVEWNGKTSLDWW
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 ITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGLPAFRYKVPAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGLPAFRYKVPAE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 ILANTSDNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADERFVSAIEGMHPNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ILANTSDNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADERFVSAIEGMHPNQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFPVMYLNESVHIDKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFPVMYLNESVHIDKE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB3 TASRLKSMINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDEGTADERAPLIRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 TASRLKSMINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDEGTADERAPLIRT
430 440 450 460 470
>>NP_001191184 (OMIM: 254900,602257) lysosome membrane p (335 aa)
initn: 1671 init1: 1641 opt: 1652 Z-score: 2147.1 bits: 406.2 E(85289): 7.4e-113
Smith-Waterman score: 1953; 70.1% identity (70.1% similar) in 478 aa overlap (1-478:1-335)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKPPLPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKPPLPV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 YTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNKAYVFE
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYR----------------------------
70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 RDQSVGDPKIDLIRTLNIPVLTVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTVDELLWGY
NP_001 ------------------------------------------------------------
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 KDEILSLIHVFRPDISPYFGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVEWNGKTSLDWW
:::::
NP_001 -------------------------------------------------------SLDWW
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 ITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGLPAFRYKVPAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGLPAFRYKVPAE
100 110 120 130 140 150
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 ILANTSDNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADERFVSAIEGMHPNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ILANTSDNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADERFVSAIEGMHPNQ
160 170 180 190 200 210
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFPVMYLNESVHIDKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFPVMYLNESVHIDKE
220 230 240 250 260 270
430 440 450 460 470
pF1KB3 TASRLKSMINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDEGTADERAPLIRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TASRLKSMINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDEGTADERAPLIRT
280 290 300 310 320 330
>>NP_001076428 (OMIM: 601040,610762) scavenger receptor (506 aa)
initn: 623 init1: 321 opt: 996 Z-score: 1292.2 bits: 248.6 E(85289): 3.1e-65
Smith-Waterman score: 996; 34.0% identity (66.9% similar) in 465 aa overlap (10-465:15-471)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEK
:. .:: : .....: . . . :.. :.. . .. .:. :..
NP_001 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIV--MVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 PPLPVYTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNK
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NP_001 IPIPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITF-NNNDTVSFLEYR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 AYVFERDQSVGDPKIDLIRTLNIPVL--TVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTV
.. :. ..: :. . : : :: :: .:. .. :. :. . . .. :...::
NP_001 TFQFQPSKSHGSES-DYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 DELLWGYKDEILSLIHVFRPDISPY---FGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVE
:..::::: ...::. . : . :. :::: : :....: .. .:: .. . . .
NP_001 GEIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 WNGKTSLDWWITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGL
::: ...:.: .:.:::::::.:. . :..: . : . . :::. . ... .:.
NP_001 WNGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB3 PAFRYKVPAEILANTS---DNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADE
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NP_001 PTYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFC-P---CLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADP
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 RFVSAIEGMHPNQEDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFP
.. :. :.::::: : :.::.:.::: .. . ..:...:.:.. . .:: :. .:.:
NP_001 VLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLP
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 VMYLNESVHIDKETASRLKS-MINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDE
.... :: .. :: . . .. .. :...::: . :: . ..:: :
NP_001 LLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQGPEDT
420 430 440 450 460 470
470
pF1KB3 GTADERAPLIRT
NP_001 VSQPGLAAGPDRPPSPYTPLLPDSPSGQPPSPTA
480 490 500
>>NP_005496 (OMIM: 601040,610762) scavenger receptor cla (509 aa)
initn: 623 init1: 321 opt: 985 Z-score: 1277.9 bits: 245.9 E(85289): 1.9e-64
Smith-Waterman score: 985; 34.3% identity (67.5% similar) in 452 aa overlap (10-452:15-458)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEK
:. .:: : .....: . . . :.. :.. . .. .:. :..
NP_005 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIV--MVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 PPLPVYTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNK
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NP_005 IPIPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDT-VSFLEYR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 AYVFERDQSVGDPKIDLIRTLNIPVL--TVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTV
.. :. ..: :. . : : :: :: .:. .. :. :. . . .. :...::
NP_005 TFQFQPSKSHGSES-DYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 DELLWGYKDEILSLIHVFRPDISPY---FGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVE
:..::::: ...::. . : . :. :::: : :....: .. .:: .. . . .
NP_005 GEIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 WNGKTSLDWWITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGL
::: ...:.: .:.:::::::.:. . :..: . : . . :::. . ... .:.
NP_005 WNGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB3 PAFRYKVPAEILANTS---DNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADE
:..:. .: ..:: : : ::: : :: ::. ::: :. .::...: ::: .::
NP_005 PTYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFC-P---CLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADP
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 RFVSAIEGMHPNQEDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFP
.. :. :.::::: : :.::.:.::: .. . ..:...:.:.. . .:: :. .:.:
NP_005 VLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLP
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 VMYLNESVHIDKETASRLKS-MINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDE
.... :: .. :: . . .. .. :...::: . ::
NP_005 LLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQEKCYL
420 430 440 450 460 470
470
pF1KB3 GTADERAPLIRT
NP_005 FWSSSKKGSKDKEAIQAYSESLMTSAPKGSVLQEAKL
480 490 500
>>XP_005250771 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) PREDI (472 aa)
initn: 772 init1: 268 opt: 957 Z-score: 1242.0 bits: 239.2 E(85289): 1.9e-62
Smith-Waterman score: 957; 33.8% identity (68.6% similar) in 477 aa overlap (1-461:1-469)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MG--RCCFYTAGTL--SLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKP
:: : : ::.. ..: . .. . :. .. ....:.:..::..:: :: .: :
XP_005 MGCDRNCGLIAGAVIGAVLAVFGGILMPVGDLL---IQKTIKKQVVLEEGTIAFKNWVKT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 PLPVYTQFYFFNVTNPEEILRGETP-RVEEVGPYTYR-ELRNKANIQFGDNGTTISAVSN
:: ::..:.: ::.:.. . . .:.. :::::: .. : :. . .:.: ..
XP_005 GTEVYRQFWIFDVQNPQEVMMNSSNIQVKQRGPYTYRVRFLAKENVTQDAEDNTVSFLQP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 KAYVFERDQSVGDPKIDLIRTLNIPVLTVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTVD
.. .:: . ::: . : . .::. : .. . : .:.. :...... ....: ..:.
XP_005 NGAIFEPSLSVGT-EADNFTVLNLAVAAASHIYQNQFVQMILNSLINKSKSSMFQVRTLR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 ELLWGYKDEILSLIHVFRPDISPYFGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVEWNGK
::::::.: .:::. : .. :::: :.: :: : ..:.:. . . : ..::
XP_005 ELLWGYRDPFLSLVP--YP-VTTTVGLFYPYNNTADGVYKVFNGKDNISKVAIIDTYKGK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 TSLDWWITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGLPAFR
.:..: ..:.::::::. :: :.. :..:: : ::.:::.: .: . ...:.:..:
XP_005 RNLSYW-ESHCDMINGTDAASFPPFVEKSQVLQFFSSDICRSIYAVFESDVNLKGIPVYR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB3 YKVPAEILAN---TSDNAGFC---IPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADER
. .:.. .:. . :: :: : :: . :::..: ::.: :. .:.::: :.
XP_005 FVLPSKAFASPVENPDNYCFCTEKIISKNCTSYGVLDISKCKEGRPVYISLPHFLYASPD
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 FVSAIEGMHPNQEDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDI-RTMVFP
:.:..::.:.:.:..::.:.::. :. :::.:.:. :: . . .. :... :
XP_005 VSEPIDGLNPNEEEHRTYLDIEPITGFTLQFAKRLQVNLLVKPSEKIQVLKNLKRNYIVP
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 VMYLNESVHIDKETASRLKSMINTTLIITN-IPYIIMALGV--FFGLVFTWLACKGQGSM
...:::. : : :. ..:... . . . : .:....:: : ...... ::...
XP_005 ILWLNETGTIGDEKANMFRSQVTGKINLLGLIEMILLSVGVVMFVAFMISYCACRSKTIK
420 430 440 450 460 470
470
pF1KB3 DEGTADERAPLIRT
>>XP_005250770 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) PREDI (472 aa)
initn: 772 init1: 268 opt: 957 Z-score: 1242.0 bits: 239.2 E(85289): 1.9e-62
Smith-Waterman score: 957; 33.8% identity (68.6% similar) in 477 aa overlap (1-461:1-469)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MG--RCCFYTAGTL--SLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKP
:: : : ::.. ..: . .. . :. .. ....:.:..::..:: :: .: :
XP_005 MGCDRNCGLIAGAVIGAVLAVFGGILMPVGDLL---IQKTIKKQVVLEEGTIAFKNWVKT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
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