Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB3644
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3644, 379 aa
1>>>pF1KB3644 379 - 379 aa - 379 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5936+/-0.000907; mu= 14.3579+/- 0.054
mean_var=57.8867+/-11.560, 0's: 0 Z-trim(103.9): 27 B-trim: 16 in 1/49
Lambda= 0.168572
statistics sampled from 7631 (7656) to 7631 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.614), E-opt: 0.2 (0.235), width: 16
Scan time: 2.770
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1193.1 KCNJ10 gene_id:3766|Hs108|chr1 ( 379) 2452 604.8 4e-173
CCDS13656.1 KCNJ15 gene_id:3772|Hs108|chr21 ( 375) 1484 369.4 2.9e-102
CCDS8477.1 KCNJ1 gene_id:3758|Hs108|chr11 ( 372) 1181 295.7 4.4e-80
CCDS8476.1 KCNJ1 gene_id:3758|Hs108|chr11 ( 391) 1181 295.7 4.7e-80
CCDS11219.1 KCNJ12 gene_id:3768|Hs108|chr17 ( 433) 946 238.6 8.2e-63
CCDS74015.1 KCNJ18 gene_id:100134444|Hs108|chr17 ( 433) 938 236.6 3.2e-62
CCDS1194.1 KCNJ9 gene_id:3765|Hs108|chr1 ( 393) 922 232.7 4.3e-61
CCDS2200.1 KCNJ3 gene_id:3760|Hs108|chr2 ( 501) 914 230.8 2.1e-60
CCDS42927.1 KCNJ6 gene_id:3763|Hs108|chr21 ( 423) 903 228.1 1.1e-59
CCDS11688.1 KCNJ2 gene_id:3759|Hs108|chr17 ( 427) 901 227.6 1.6e-59
CCDS8479.1 KCNJ5 gene_id:3762|Hs108|chr11 ( 419) 896 226.4 3.6e-59
CCDS12721.1 KCNJ14 gene_id:3770|Hs108|chr19 ( 436) 894 225.9 5.3e-59
CCDS31436.1 KCNJ11 gene_id:3767|Hs108|chr11 ( 390) 888 224.4 1.3e-58
CCDS2498.1 KCNJ13 gene_id:3769|Hs108|chr2 ( 360) 881 222.7 4e-58
CCDS8692.1 KCNJ8 gene_id:3764|Hs108|chr12 ( 424) 828 209.9 3.5e-54
CCDS11687.1 KCNJ16 gene_id:3773|Hs108|chr17 ( 418) 775 197.0 2.6e-50
CCDS74141.1 KCNJ16 gene_id:3773|Hs108|chr17 ( 453) 775 197.0 2.8e-50
CCDS53606.1 KCNJ11 gene_id:3767|Hs108|chr11 ( 303) 731 186.2 3.2e-47
CCDS13971.1 KCNJ4 gene_id:3761|Hs108|chr22 ( 445) 716 182.6 5.8e-46
CCDS58733.1 KCNJ3 gene_id:3760|Hs108|chr2 ( 235) 582 150.0 2.1e-36
>>CCDS1193.1 KCNJ10 gene_id:3766|Hs108|chr1 (379 aa)
initn: 2452 init1: 2452 opt: 2452 Z-score: 3221.5 bits: 604.8 E(32554): 4e-173
Smith-Waterman score: 2452; 100.0% identity (100.0% similar) in 379 aa overlap (1-379:1-379)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MTSVAKVYYSQTTQTESRPLMGPGIRRRRVLTKDGRSNVRMEHIADKRFLYLKDLWTTFI
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CCDS11 MTSVAKVYYSQTTQTESRPLMGPGIRRRRVLTKDGRSNVRMEHIADKRFLYLKDLWTTFI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 DMQWRYKLLLFSATFAGTWFLFGVVWYLVAVAHGDLLELDPPANHTPCVVQVHTLTGAFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DMQWRYKLLLFSATFAGTWFLFGVVWYLVAVAHGDLLELDPPANHTPCVVQVHTLTGAFL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 FSLESQTTIGYGFRYISEECPLAIVLLIAQLVLTTILEIFITGTFLAKIARPKKRAETIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 FSLESQTTIGYGFRYISEECPLAIVLLIAQLVLTTILEIFITGTFLAKIARPKKRAETIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 FSQHAVVASHNGKPCLMIRVANMRKSLLIGCQVTGKLLQTHQTKEGENIRLNQVNVTFQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 FSQHAVVASHNGKPCLMIRVANMRKSLLIGCQVTGKLLQTHQTKEGENIRLNQVNVTFQV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 DTASDSPFLILPLTFYHVVDETSPLKDLPLRSGEGDFELVLILSGTVESTSATCQVRTSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DTASDSPFLILPLTFYHVVDETSPLKDLPLRSGEGDFELVLILSGTVESTSATCQVRTSY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LPEEILWGYEFTPAISLSASGKYIADFSLFDQVVKVASPSGLRDSTVRYGDPEKLKLEES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LPEEILWGYEFTPAISLSASGKYIADFSLFDQVVKVASPSGLRDSTVRYGDPEKLKLEES
310 320 330 340 350 360
370
pF1KB3 LREQAEKEGSALSVRISNV
:::::::::::::::::::
CCDS11 LREQAEKEGSALSVRISNV
370
>>CCDS13656.1 KCNJ15 gene_id:3772|Hs108|chr21 (375 aa)
initn: 1453 init1: 1143 opt: 1484 Z-score: 1949.3 bits: 369.4 E(32554): 2.9e-102
Smith-Waterman score: 1484; 62.9% identity (82.3% similar) in 372 aa overlap (17-379:10-375)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MTSVAKVYYSQTTQTESRPLM----GPGIR--RRRVLTKDGRSNVRMEHIADKRFLYLKD
: ::. : :.. : ::..:.:.::::.... .:::.:
CCDS13 MDAIHIGMSSTPLVKHTAGAGLKANRPRVMSKSGHSNVRIDKVDGIYLLYLQD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 LWTTFIDMQWRYKLLLFSATFAGTWFLFGVVWYLVAVAHGDLLELDPPANHTPCVVQVHT
:::: :::.::::: ::.:::. :::::::..: .: :::: .: .:::::...: .
CCDS13 LWTTVIDMKWRYKLTLFAATFVMTWFLFGVIYYAIAFIHGDLEPGEPISNHTPCIMKVDS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 LTGAFLFSLESQTTIGYGFRYISEECPLAIVLLIAQLVLTTILEIFITGTFLAKIARPKK
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CCDS13 LTGAFLFSLESQTTIGYGVRSITEECPHAIFLLVAQLVITTLIEIFITGTFLAKIARPKK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 RAETIRFSQHAVVASHNGKPCLMIRVANMRKSLLIGCQVTGKLLQTHQTKEGENIRLNQV
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CCDS13 RAETIKFSHCAVITKQNGKLCLVIQVANMRKSLLIQCQLSGKLLQTHVTKEGERILLNQA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 NVTFQVDTASDSPFLILPLTFYHVVDETSPLKDL-PLRSGEGDFELVLILSGTVESTSAT
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CCDS13 TVKFHVDSSSESPFLILPMTFYHVLDETSPLRDLTPQNLKEKEFELVVLLNATVESTSAV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 CQVRTSYLPEEILWGYEFTPAISLSASGKYIADFSLFDQVVKVASPSGLRDSTVRYGDPE
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CCDS13 CQSRTSYIPEEIYWGFEFVPVVSLSKNGKYVADFSQFEQIRK--SP----DCTFYCADSE
300 310 320 330 340
360 370
pF1KB3 KLKLEESLRE--QAEKEGSALSVRISNV
: .:::. :. : :.: .: .. :::
CCDS13 KQQLEEKYRQEDQRERELRTLLLQQSNV
350 360 370
>>CCDS8477.1 KCNJ1 gene_id:3758|Hs108|chr11 (372 aa)
initn: 1132 init1: 862 opt: 1181 Z-score: 1551.1 bits: 295.7 E(32554): 4.4e-80
Smith-Waterman score: 1181; 53.4% identity (82.9% similar) in 322 aa overlap (20-339:13-334)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MTSVAKVYYSQTTQTESRPLMGPGIRRRRVLTKDGRSNVRMEHI-ADKRFLYLKDLWTTF
..: . .: :...:::: :... .. :..::... :.:::
CCDS84 MFKHLRKWVVTRFFGHSRQRARLVSKDGRCNIEFGNVEAQSRFIFFVDIWTTV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 IDMQWRYKLLLFSATFAGTWFLFGVVWYLVAVAHGDLLELDPPANHTPCVVQVHTLTGAF
.:..::::. .: ..: :.::.::..:: :: : :: :. : ::::::: ... ::.::
CCDS84 LDLKWRYKMTIFITAFLGSWFFFGLLWYAVAYIHKDLPEFHPSANHTPCVENINGLTSAF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 LFSLESQTTIGYGFRYISEECPLAIVLLIAQLVLTTILEIFITGTFLAKIARPKKRAETI
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CCDS84 LFSLETQVTIGYGFRCVTEQCATAIFLLIFQSILGVIINSFMCGAILAKISRPKKRAKTI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 RFSQHAVVASHNGKPCLMIRVANMRKSLLIGCQVTGKLLQTHQTKEGENIRLNQVNVTFQ
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CCDS84 TFSKNAVISKRGGKLCLLIRVANLRKSLLIGSHIYGKLLKTTVTPEGETIILDQININFV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 VDTASDSPFLILPLTFYHVVDETSPLKDLPLRSG-EGDFELVLILSGTVESTSATCQVRT
::..... :.: :::.:::.:..::. . .. . :::::..:.::::::::::::::
CCDS84 VDAGNENLFFISPLTIYHVIDHNSPFFHMAAETLLQQDFELVVFLDGTVESTSATCQVRT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 SYLPEEILWGYEFTPAISLSASGKYIADFSLFDQVVKVASPSGLRDSTVRYGDPEKLKLE
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CCDS84 SYVPEEVLWGYRFAPIVSKTKEGKYRVDFHNFSKTVEVETPHCAMCLYNEKDVRARMKRG
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KB3 ESLREQAEKEGSALSVRISNV
CCDS84 YDNPNFILSEVNETDDTKM
360 370
>>CCDS8476.1 KCNJ1 gene_id:3758|Hs108|chr11 (391 aa)
initn: 1132 init1: 862 opt: 1181 Z-score: 1550.8 bits: 295.7 E(32554): 4.7e-80
Smith-Waterman score: 1181; 53.4% identity (82.9% similar) in 322 aa overlap (20-339:32-353)
10 20 30 40
pF1KB3 MTSVAKVYYSQTTQTESRPLMGPGIRRRRVLTKDGRSNVRMEHI-ADKR
..: . .: :...:::: :... .. :..:
CCDS84 NASSRNVFDTLIRVLTESMFKHLRKWVVTRFFGHSRQRARLVSKDGRCNIEFGNVEAQSR
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 FLYLKDLWTTFIDMQWRYKLLLFSATFAGTWFLFGVVWYLVAVAHGDLLELDPPANHTPC
:... :.::: .:..::::. .: ..: :.::.::..:: :: : :: :. : ::::::
CCDS84 FIFFVDIWTTVLDLKWRYKMTIFITAFLGSWFFFGLLWYAVAYIHKDLPEFHPSANHTPC
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 VVQVHTLTGAFLFSLESQTTIGYGFRYISEECPLAIVLLIAQLVLTTILEIFITGTFLAK
: ... ::.:::::::.:.::::::: ..:.: :: ::: : .: .:.. :. :..:::
CCDS84 VENINGLTSAFLFSLETQVTIGYGFRCVTEQCATAIFLLIFQSILGVIINSFMCGAILAK
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 IARPKKRAETIRFSQHAVVASHNGKPCLMIRVANMRKSLLIGCQVTGKLLQTHQTKEGEN
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CCDS84 ISRPKKRAKTITFSKNAVISKRGGKLCLLIRVANLRKSLLIGSHIYGKLLKTTVTPEGET
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 IRLNQVNVTFQVDTASDSPFLILPLTFYHVVDETSPLKDLPLRSG-EGDFELVLILSGTV
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CCDS84 IILDQININFVVDAGNENLFFISPLTIYHVIDHNSPFFHMAAETLLQQDFELVVFLDGTV
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 ESTSATCQVRTSYLPEEILWGYEFTPAISLSASGKYIADFSLFDQVVKVASPSGLRDSTV
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CCDS84 ESTSATCQVRTSYVPEEVLWGYRFAPIVSKTKEGKYRVDFHNFSKTVEVETPHCAMCLYN
310 320 330 340 350 360
350 360 370
pF1KB3 RYGDPEKLKLEESLREQAEKEGSALSVRISNV
CCDS84 EKDVRARMKRGYDNPNFILSEVNETDDTKM
370 380 390
>>CCDS11219.1 KCNJ12 gene_id:3768|Hs108|chr17 (433 aa)
initn: 551 init1: 551 opt: 946 Z-score: 1241.2 bits: 238.6 E(32554): 8.2e-63
Smith-Waterman score: 946; 45.0% identity (76.4% similar) in 313 aa overlap (27-338:43-353)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MTSVAKVYYSQTTQTESRPLMGPGIRRRRVLTKDGRSNVRMEHIADKRFLYLKDLW
: : . :.:. :... .. .: :: :..
CCDS11 VSSEEDGLHLVTMSGANGFGNGKVHTRRRCRNRFVKKNGQCNIEFANMDEKSQRYLADMF
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 TTFIDMQWRYKLLLFSATFAGTWFLFGVVWYLVAVAHGDLLELDPPANHTPCVVQVHTLT
:: .:..::: ::.:: .: ..:.:::......::::::: : ..::::.::: .
CCDS11 TTCVDIRWRYMLLIFSLAFLASWLLFGIIFWVIAVAHGDL-EPAEGRGRTPCVMQVHGFM
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 GAFLFSLESQTTIGYGFRYISEECPLAIVLLIAQLVLTTILEIFITGTFLAKIARPKKRA
.:::::.:.:::::::.: ..::::.:. ...:: .. :.. :. :...::.:::::::
CCDS11 AAFLFSIETQTTIGYGLRCVTEECPVAVFMVVAQSIVGCIIDSFMIGAIMAKMARPKKRA
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 ETIRFSQHAVVASHNGKPCLMIRVANMRKSLLIGCQVTGKLLQTHQTKEGENIRLNQVNV
.:. ::..:::: ..:: ::: ::.:.::: .. .: ..:.. . :.::: : :.:...
CCDS11 QTLLFSHNAVVALRDGKLCLMWRVGNLRKSHIVEAHVRAQLIKPRVTEEGEYIPLDQIDI
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 TFQVDTASDSPFLILPLTFYHVVDETSPLKDLPLRSGE-GDFELVLILSGTVESTSATCQ
: . : ::. :.:. : .::.::: . .. : :::.:.:: : ::.:. : :
CCDS11 DVGFDKGLDRIFLVSPITILHEIDEASPLFGISRQDLETDDFEIVVILEGMVEATAMTTQ
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 VRTSYLPEEILWGYEFTPAISLSASGKYIADFSLFDQVVKVASPSGLRDSTVRYGDPEKL
.:.::: .:::::..: :.. . ...: :.: : .. .: :
CCDS11 ARSSYLANEILWGHRFEPVL-FEEKNQYKIDYSHFHKTYEVPSTPRCSAKDLVENKFLLP
320 330 340 350 360 370
360 370
pF1KB3 KLEESLREQAEKEGSALSVRISNV
CCDS11 SANSFCYENELAFLSRDEEDEADGDQDGRSRDGLSPQARHDFDRLQAGGGVLEQRPYRRE
380 390 400 410 420 430
>>CCDS74015.1 KCNJ18 gene_id:100134444|Hs108|chr17 (433 aa)
initn: 537 init1: 537 opt: 938 Z-score: 1230.6 bits: 236.6 E(32554): 3.2e-62
Smith-Waterman score: 938; 45.1% identity (75.6% similar) in 315 aa overlap (27-338:43-353)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MTSVAKVYYSQTTQTESRPLMGPGIRRRRVLTKDGRSNVRMEHIADKRFLYLKDLW
: : . :.:. :. . .. .: :: :..
CCDS74 VSLEEDGLHLVTMSGANGFGNGKVHTRRRCRNRFVKKNGQCNIAFANMDEKSQRYLADMF
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 TTFIDMQWRYKLLLFSATFAGTWFLFGVVWYLVAVAHGDLLELDPPANH--TPCVVQVHT
:: .:..::: ::.:: .: ..:.::::.....::::::: .: .: ::::.:::
CCDS74 TTCVDIRWRYMLLIFSLAFLASWLLFGVIFWVIAVAHGDL---EPAEGHGRTPCVMQVHG
80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 LTGAFLFSLESQTTIGYGFRYISEECPLAIVLLIAQLVLTTILEIFITGTFLAKIARPKK
. .:::::.:.:::::::.: ..::: .:. ...:: .. :.. :. :...::.:::::
CCDS74 FMAAFLFSIETQTTIGYGLRCVTEECLVAVFMVVAQSIVGCIIDSFMIGAIMAKMARPKK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 RAETIRFSQHAVVASHNGKPCLMIRVANMRKSLLIGCQVTGKLLQTHQTKEGENIRLNQV
::.:. ::..:::: ..:: ::: ::.:.::: .. .: ..:.. . :.::: : :.:.
CCDS74 RAQTLLFSHNAVVALRDGKLCLMWRVGNLRKSHIVEAHVRAQLIKPRVTEEGEYIPLDQI
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 NVTFQVDTASDSPFLILPLTFYHVVDETSPLKDLPLRSGE-GDFELVLILSGTVESTSAT
.. : . : ::. :.:. : .::.::: . .. : :::.:.:: : ::.:. :
CCDS74 DIDVGFDKGLDRIFLVSPITILHEIDEASPLFGISRQDLETDDFEIVVILEGMVEATAMT
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 CQVRTSYLPEEILWGYEFTPAISLSASGKYIADFSLFDQVVKVASPSGLRDSTVRYGDPE
:.:.::: .:::::..: :.. . ...: :.: : .. .: :
CCDS74 TQARSSYLANEILWGHRFEPVL-FEEKNQYKIDYSHFHKTYEVPSTPRCSAKDLVENKFL
310 320 330 340 350 360
360 370
pF1KB3 KLKLEESLREQAEKEGSALSVRISNV
CCDS74 LPSANSFCYENELAFLSRDEEDEADGDQDGRSRDGLSPQARHDFDRLQAGGGVLEQRPYR
370 380 390 400 410 420
>>CCDS1194.1 KCNJ9 gene_id:3765|Hs108|chr1 (393 aa)
initn: 711 init1: 495 opt: 922 Z-score: 1210.3 bits: 232.7 E(32554): 4.3e-61
Smith-Waterman score: 922; 41.3% identity (75.4% similar) in 349 aa overlap (27-370:21-366)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MTSVAKVYYSQTTQTESRPLMGPGIRRRRVLTKDGRSNVRMEHIADKRFLYLKDLWTTFI
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::.:..:::::: : :...:: .::::. : .: .... :..: ...::..:.::: :.
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