Result of FASTA (omim) for
pFN21AB3523
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3523, 858 aa
1>>>pF1KB3523 858 - 858 aa - 858 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0949+/-0.000346; mu= 17.9130+/- 0.022
mean_var=96.5756+/-20.012, 0's: 0 Z-trim(116.8): 114 B-trim: 682 in 1/54
Lambda= 0.130509
statistics sampled from 28154 (28331) to 28154 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.695), E-opt: 0.2 (0.332), width: 16
Scan time: 13.440
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001092006 (OMIM: 601447) ubiquitin carboxyl-ter ( 858) 5821 1106.8 0
NP_003472 (OMIM: 601447) ubiquitin carboxyl-termin ( 835) 4236 808.4 0
NP_003931 (OMIM: 603591) ubiquitin carboxyl-termin ( 863) 3301 632.3 2.8e-180
XP_016862914 (OMIM: 603591) PREDICTED: ubiquitin c ( 833) 3148 603.5 1.3e-171
XP_016862915 (OMIM: 603591) PREDICTED: ubiquitin c ( 821) 2950 566.2 2.1e-160
XP_016862916 (OMIM: 603591) PREDICTED: ubiquitin c ( 711) 2851 547.5 7.8e-155
XP_011511571 (OMIM: 603591) PREDICTED: ubiquitin c ( 854) 2712 521.4 6.8e-147
NP_006528 (OMIM: 604728) ubiquitin carboxyl-termin ( 520) 260 59.6 4.4e-08
XP_016878252 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 498) 221 52.2 6.9e-06
XP_016878253 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 498) 221 52.2 6.9e-06
XP_016878254 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 498) 221 52.2 6.9e-06
XP_011543392 (OMIM: 616378) PREDICTED: UBX domain- ( 181) 188 45.7 0.00023
NP_001273006 (OMIM: 616378) UBX domain-containing ( 297) 188 45.9 0.00034
XP_016873363 (OMIM: 616378) PREDICTED: UBX domain- ( 297) 188 45.9 0.00034
NP_056937 (OMIM: 616378) UBX domain-containing pro ( 312) 188 45.9 0.00035
XP_005274090 (OMIM: 616378) PREDICTED: UBX domain- ( 312) 188 45.9 0.00035
XP_016878256 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 435) 185 45.4 0.00068
XP_016878255 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 435) 185 45.4 0.00068
NP_001243631 (OMIM: 604728) ubiquitin carboxyl-ter ( 476) 185 45.4 0.00073
>>NP_001092006 (OMIM: 601447) ubiquitin carboxyl-termina (858 aa)
initn: 5821 init1: 5821 opt: 5821 Z-score: 5921.8 bits: 1106.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5821; 100.0% identity (100.0% similar) in 858 aa overlap (1-858:1-858)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVER
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 HFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 FSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRET
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 GYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 IFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 IGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 QRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 QVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDIS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 QLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLDESVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLDESVI
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 IQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHIDDLDAEAAMDISEGRSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHIDDLDAEAAMDISEGRSA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 ADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCAS
790 800 810 820 830 840
850
pF1KB3 EKPPKDLGYIYFYQRVAS
::::::::::::::::::
NP_001 EKPPKDLGYIYFYQRVAS
850
>>NP_003472 (OMIM: 601447) ubiquitin carboxyl-terminal h (835 aa)
initn: 4284 init1: 4236 opt: 4236 Z-score: 4309.1 bits: 808.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5592; 97.2% identity (97.3% similar) in 858 aa overlap (1-858:1-835)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVER
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 HFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 FSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRET
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 GYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 IFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 IGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 QRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 QVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDIS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 QLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLDESVI
:::::::::::::::::::::::::::: .::::::::
NP_003 QLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPK-----------------------APMLDESVI
610 620 630
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 IQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA
640 650 660 670 680 690
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHIDDLDAEAAMDISEGRSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHIDDLDAEAAMDISEGRSA
700 710 720 730 740 750
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 ADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCAS
760 770 780 790 800 810
850
pF1KB3 EKPPKDLGYIYFYQRVAS
::::::::::::::::::
NP_003 EKPPKDLGYIYFYQRVAS
820 830
>>NP_003931 (OMIM: 603591) ubiquitin carboxyl-terminal h (863 aa)
initn: 3463 init1: 1583 opt: 3301 Z-score: 3357.5 bits: 632.3 E(85289): 2.8e-180
Smith-Waterman score: 3598; 60.6% identity (84.0% similar) in 862 aa overlap (7-858:26-863)
10 20 30 40
pF1KB3 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEG
: :. .::::::..::::.:.:::::.:.:.:::
NP_003 MQRRGALFGMPGGSGGRKMAAGDIGELLVPHMPTIRVPRSGDRVYKNECAFSYDSPNSEG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 GLYICMNTFLGFGKQYVERHFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAI
:::.::::::.::...::::: :::: ::.::.: : : . :.: : :... ... .
NP_003 GLYVCMNTFLAFGREHVERHFRKTGQSVYMHLKRHVREKVRG-ASG-GALPKRRNSKIFL
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 GVEGGFDLSEEKFELDEDVKIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSAS
.. ::. . .: ....:.::.::. ::: .. :: .: : : .:.::. :
NP_003 DLDTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDHYEIALPNIEELPALV----TIACDAVLSSKSPY
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 RKQEVQAWDGEVRQVSKHAFSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGR
:::. ..:..:. :::.: .: :::: .:::: ::::..::.::::::::::::.:::.
NP_003 RKQDPDTWENEL-PVSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGK
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 RYFDGSGGNNHAVEHYRETGYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGI
.::.::::.::.::::. ::::::::::::::::::::..:.. :::: ::.::.::::
NP_003 WFFDSSGGNGHALEHYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGI
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 DMLKMQKTDKTMTELEIDMNQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVV
:::.:. :.. . . :.. :..:::.:::::. :::..::::::..::::::::.::.
NP_003 DMLHMHGTENGLQ--DNDIKLRVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVM
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 QVLFSIPDFQRKYVDKLEKIFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGER
:..::::.::: :: .: .::. .: ::::::.::..:::::::::.:::: .: :.
NP_003 QAIFSIPEFQRAYVGNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQ
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KB3 V--PEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNE
: :.: :.::.::::::...:.:::::.:::::::::::::.:.:::: .::::..
NP_003 VMKEEHKPQQNGISPRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSD
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 VFRFLVEEKIKCLATEKVKYTQRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMAL
::::::::.:.: :.::.::.::::.::::: :.:: ::.::. :: .:.:: .. :
NP_003 VFRFLVEERIQCCQTRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPL
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 PELVRAQVPFSSCLEAYGAPEQVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFG
::::::..:::.::.:.. ::.::::::.::::::..:::.::::::.:::.::::::::
NP_003 PELVRAKIPFSACLQAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFG
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KB3 LDWVPKKLDVSIEMPEELDISQLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDE
:::::::.::::.::. :::..::. ::::::::::::.::.: ::. : : :.
NP_003 LDWVPKKFDVSIDMPDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRLM---NQLI
600 610 620 630 640
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 DSFCSPHFSSPTSPMLDESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDP
: :.. .::: ..::.:::::..:::::::.::: :::.:.::.. ::..:
NP_003 D---------PSD--IDESSVMQLAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEP
650 660 670 680 690
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 DFANPLILPGSSGPGSTSAAA-------DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSL
:::.:: .:: .: .:..:.. . :::. :. :.::::.:.::..:::::::.:
NP_003 DFAEPLTMPGYGGAASAGASVFGASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNL
700 710 720 730 740 750
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 ERAVDWIFSHID-DLDAEAAMDISEGRSAADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMG
:::.:::::: . . :.. .... :. . :. :::. : ::.:.:: : :.:::::::::
NP_003 ERALDWIFSHPEFEEDSDFVIEM-ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMG
760 770 780 790 800 810
820 830 840 850
pF1KB3 TSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCASEKPPKDLGYIYFYQRVAS
:::: :::.::::::::::::::.::::::.:::::::.:::.:. :
NP_003 TSTMSGHYICHIKKEGRWVIYNDHKVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
820 830 840 850 860
>>XP_016862914 (OMIM: 603591) PREDICTED: ubiquitin carbo (833 aa)
initn: 3298 init1: 1583 opt: 3148 Z-score: 3202.0 bits: 603.5 E(85289): 1.3e-171
Smith-Waterman score: 3445; 60.5% identity (83.7% similar) in 830 aa overlap (39-858:28-833)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 LLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVERHFNKTGQR
::::::.::::::.::...::::: ::::
XP_016 MKYKSSLFRTARCRSFASSAGQSAGRNSEGGLYVCMNTFLAFGREHVERHFRKTGQS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 VYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDVKIVILPDY
::.::.: : : . :.: : :... ... . .. ::. . .: ....:.::.::.
XP_016 VYMHLKRHVREKVRG-ASG-GALPKRRNSKIFLDLDTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDH
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 LEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHAFSLKQLDN
::: .. :: . :: : .:.::. : :::. ..:..:. :::.: .: ::::
XP_016 YEIALPNIEELPAL----VTIACDAVLSSKSPYRKQDPDTWENEL-PVSKYANNLTQLDN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 PARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRETGYPLAVKL
.:::: ::::..::.::::::::::::.:::. .::.::::.::.::::. ::::::::
XP_016 GVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGKWFFDSSGGNGHALEHYRDMGYPLAVKL
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 GTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDMNQRIGEWE
::::::::::::..:.. :::: ::.::.:::::::.:. :.. . . .: . :..:::
XP_016 GTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGIDMLHMHGTENGLQDNDIKL--RVSEWE
240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEKIFQNAPTD
.:::::. :::..::::::..::::::::.::.:..::::.::: :: .: .::. .: :
XP_016 VIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVMQAIFSIPEFQRAYVGNLPRIFDYSPLD
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 PTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERV--PEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHP
:::::.::..:::::::::.:::: .: :.: :.: :.::.::::::...:.::
XP_016 PTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQVMKEEHKPQQNGISPRMFKAFVSKSHP
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 EFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYTQRVDYI
:::.:::::::::::::.:.:::: .::::..::::::::.:.: :.::.::.::::.
XP_016 EFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSDVFRFLVEERIQCCQTRKVRYTERVDYL
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 MQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPEQVDDFW
::::: :.:: ::.::. :: .:.:: .. :::::::..:::.::.:.. ::.:::::
XP_016 MQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPLPELVRAKIPFSACLQAFSEPENVDDFW
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 STALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDISQLRGTG
:.::::::..:::.::::::.:::.:::::::::::::::.::::.::. :::..::. :
XP_016 SSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFGLDWVPKKFDVSIDMPDLLDINHLRARG
530 540 550 560 570 580
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 LQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLDESVIIQLVEM
:::::::::::.::.: ::. : : :. : :.. .::: ..::.::
XP_016 LQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRLM---NQLID---------PSD--IDESSVMQLAEM
590 600 610 620 630
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 GFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA------
:::..:::::::.::: :::.:.::.. ::..::::.:: .:: .: .:..:..
XP_016 GFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEPDFAEPLTMPGYGGAASAGASVFGASGL
640 650 660 670 680 690
730 740 750 760 770
pF1KB3 -DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHID-DLDAEAAMDISEGR
. :::. :. :.::::.:.::..:::::::.::::.:::::: . . :.. .... :.
XP_016 DNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNLERALDWIFSHPEFEEDSDFVIEM-ENN
700 710 720 730 740 750
780 790 800 810 820 830
pF1KB3 SAADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVC
. :. :::. : ::.:.:: : :.::::::::::::: :::.::::::::::::::.:::
XP_016 ANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMGTSTMSGHYICHIKKEGRWVIYNDHKVC
760 770 780 790 800 810
840 850
pF1KB3 ASEKPPKDLGYIYFYQRVAS
:::.:::::::.:::.:. :
XP_016 ASERPPKDLGYMYFYRRIPS
820 830
>>XP_016862915 (OMIM: 603591) PREDICTED: ubiquitin carbo (821 aa)
initn: 3259 init1: 1583 opt: 2950 Z-score: 3000.6 bits: 566.2 E(85289): 2.1e-160
Smith-Waterman score: 3305; 57.2% identity (79.8% similar) in 862 aa overlap (7-858:26-821)
10 20 30 40
pF1KB3 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEG
: :. .::::::..::::.:.:::::.:.:. .:
XP_016 MQRRGALFGMPGGSGGRKMAAGDIGELLVPHMPTIRVPRSGDRVYKNECAFSYDSPKVRG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 GLYICMNTFLGFGKQYVERHFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAI
:.: : :... ... .
XP_016 -------------------------------------------ASG-GALPKRRNSKIFL
70
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 GVEGGFDLSEEKFELDEDVKIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSAS
.. ::. . .: ....:.::.::. ::: .. :: .: : : .:.::. :
XP_016 DLDTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDHYEIALPNIEELPALV----TIACDAVLSSKSPY
80 90 100 110 120 130
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 RKQEVQAWDGEVRQVSKHAFSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGR
:::. ..:..:. :::.: .: :::: .:::: ::::..::.::::::::::::.:::.
XP_016 RKQDPDTWENEL-PVSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGK
140 150 160 170 180 190
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 RYFDGSGGNNHAVEHYRETGYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGI
.::.::::.::.::::. ::::::::::::::::::::..:.. :::: ::.::.::::
XP_016 WFFDSSGGNGHALEHYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGI
200 210 220 230 240 250
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 DMLKMQKTDKTMTELEIDMNQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVV
:::.:. :.. . . :.. :..:::.:::::. :::..::::::..::::::::.::.
XP_016 DMLHMHGTENGLQ--DNDIKLRVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVM
260 270 280 290 300
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pF1KB3 QVLFSIPDFQRKYVDKLEKIFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGER
:..::::.::: :: .: .::. .: ::::::.::..:::::::::.:::: .: :.
XP_016 QAIFSIPEFQRAYVGNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQ
310 320 330 340 350 360
410 420 430 440 450
pF1KB3 V--PEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNE
: :.: :.::.::::::...:.:::::.:::::::::::::.:.:::: .::::..
XP_016 VMKEEHKPQQNGISPRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSD
370 380 390 400 410 420
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pF1KB3 VFRFLVEEKIKCLATEKVKYTQRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMAL
::::::::.:.: :.::.::.::::.::::: :.:: ::.::. :: .:.:: .. :
XP_016 VFRFLVEERIQCCQTRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPL
430 440 450 460 470 480
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 PELVRAQVPFSSCLEAYGAPEQVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFG
::::::..:::.::.:.. ::.::::::.::::::..:::.::::::.:::.::::::::
XP_016 PELVRAKIPFSACLQAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFG
490 500 510 520 530 540
580 590 600 610 620 630
pF1KB3 LDWVPKKLDVSIEMPEELDISQLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDE
:::::::.::::.::. :::..::. ::::::::::::.::.: ::. : : :.
XP_016 LDWVPKKFDVSIDMPDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRLM---NQLI
550 560 570 580 590 600
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 DSFCSPHFSSPTSPMLDESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDP
: :.. .::: ..::.:::::..:::::::.::: :::.:.::.. ::..:
XP_016 D---------PSD--IDESSVMQLAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEP
610 620 630 640 650
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 DFANPLILPGSSGPGSTSAAA-------DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSL
:::.:: .:: .: .:..:.. . :::. :. :.::::.:.::..:::::::.:
XP_016 DFAEPLTMPGYGGAASAGASVFGASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNL
660 670 680 690 700 710
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 ERAVDWIFSHID-DLDAEAAMDISEGRSAADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMG
:::.:::::: . . :.. .... :. . :. :::. : ::.:.:: : :.:::::::::
XP_016 ERALDWIFSHPEFEEDSDFVIEM-ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMG
720 730 740 750 760 770
820 830 840 850
pF1KB3 TSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCASEKPPKDLGYIYFYQRVAS
:::: :::.::::::::::::::.::::::.:::::::.:::.:. :
XP_016 TSTMSGHYICHIKKEGRWVIYNDHKVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
780 790 800 810 820
>>XP_016862916 (OMIM: 603591) PREDICTED: ubiquitin carbo (711 aa)
initn: 3018 init1: 1583 opt: 2851 Z-score: 2900.7 bits: 547.5 E(85289): 7.8e-155
Smith-Waterman score: 3148; 62.9% identity (85.5% similar) in 723 aa overlap (146-858:7-711)
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 LDEDVKIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQ
.:: : .:.::. : :::. ..:..:.
XP_016 MRMALCQVTIACDAVLSSKSPYRKQDPDTWENEL-P
10 20 30
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 VSKHAFSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVE
:::.: .: :::: .:::: ::::..::.::::::::::::.:::. .::.::::.::.:
XP_016 VSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGKWFFDSSGGNGHALE
40 50 60 70 80 90
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 HYRETGYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTE
:::. ::::::::::::::::::::..:.. :::: ::.::.:::::::.:. :.. . .
XP_016 HYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGIDMLHMHGTENGLQD
100 110 120 130 140 150
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 LEIDMNQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYV
.: . :..:::.:::::. :::..::::::..::::::::.::.:..::::.::: ::
XP_016 NDIKL--RVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVMQAIFSIPEFQRAYV
160 170 180 190 200 210
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 DKLEKIFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERV--PEQKEVQDGIA
.: .::. .: ::::::.::..:::::::::.:::: .: :.: :.: :.::.
XP_016 GNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQVMKEEHKPQQNGIS
220 230 240 250 260 270
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 PRMFKALIGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLA
::::::...:.:::::.:::::::::::::.:.:::: .::::..::::::::.:.:
XP_016 PRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSDVFRFLVEERIQCCQ
280 290 300 310 320 330
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 TEKVKYTQRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCL
:.::.::.::::.::::: :.:: ::.::. :: .:.:: .. :::::::..:::.::
XP_016 TRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPLPELVRAKIPFSACL
340 350 360 370 380 390
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 EAYGAPEQVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEM
.:.. ::.::::::.::::::..:::.::::::.:::.:::::::::::::::.::::.:
XP_016 QAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFGLDWVPKKFDVSIDM
400 410 420 430 440 450
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 PEELDISQLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSP
:. :::..::. ::::::::::::.::.: ::. : : :. : :..
XP_016 PDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRL---MNQLID---------PSD-
460 470 480 490 500
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 MLDESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGP
.::: ..::.:::::..:::::::.::: :::.:.::.. ::..::::.:: .:: .:
XP_016 -IDESSVMQLAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEPDFAEPLTMPGYGGA
510 520 530 540 550
720 730 740 750 760
pF1KB3 GSTSAAA-------DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHID-D
.:..:.. . :::. :. :.::::.:.::..:::::::.::::.:::::: . .
XP_016 ASAGASVFGASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNLERALDWIFSHPEFE
560 570 580 590 600 610
770 780 790 800 810 820
pF1KB3 LDAEAAMDISEGRSAADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKK
:.. .... :. . :. :::. : ::.:.:: : :.::::::::::::: :::.:::::
XP_016 EDSDFVIEM-ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMGTSTMSGHYICHIKK
620 630 640 650 660 670
830 840 850
pF1KB3 EGRWVIYNDQKVCASEKPPKDLGYIYFYQRVAS
:::::::::.::::::.:::::::.:::.:. :
XP_016 EGRWVIYNDHKVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
680 690 700 710
>>XP_011511571 (OMIM: 603591) PREDICTED: ubiquitin carbo (854 aa)
initn: 2999 init1: 1585 opt: 2712 Z-score: 2758.2 bits: 521.4 E(85289): 6.8e-147
Smith-Waterman score: 3582; 60.3% identity (83.5% similar) in 862 aa overlap (7-858:26-854)
10 20 30 40
pF1KB3 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEG
: :. .::::::..::::.:.:::::.:.:.:::
XP_011 MQRRGALFGMPGGSGGRKMAAGDIGELLVPHMPTIRVPRSGDRVYKNECAFSYDSPNSEG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 GLYICMNTFLGFGKQYVERHFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAI
:::.::::::.::...::::: :::: ::.::.: : : . :.: : :... ... .
XP_011 GLYVCMNTFLAFGREHVERHFRKTGQSVYMHLKRHVREKVRG-ASG-GALPKRRNSKIFL
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 GVEGGFDLSEEKFELDEDVKIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSAS
.. ::. . .: ....:.::.::. ::: .. :: .: : : .:.::. :
XP_011 DLDTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDHYEIALPNIEELPALV----TIACDAVLSSKSPY
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 RKQEVQAWDGEVRQVSKHAFSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGR
:::. ..:..:. :::.: .: :::: .:::: ::::..::.::::::::::::.:::.
XP_011 RKQDPDTWENEL-PVSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGK
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 RYFDGSGGNNHAVEHYRETGYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGI
.::.::::.::.::::. ::::::::::::::::::::..:.. :::: ::.::.::::
XP_011 WFFDSSGGNGHALEHYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGI
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 DMLKMQKTDKTMTELEIDMNQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVV
:::.:. :.. . . :.. :..:::.:::::. :::..::::::..::::::::.::.
XP_011 DMLHMHGTENGLQ--DNDIKLRVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVM
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 QVLFSIPDFQRKYVDKLEKIFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGER
:..::::.::: :: .: .::. .: ::::::.::..:::::::::.:::: .: :.
XP_011 QAIFSIPEFQRAYVGNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQ
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KB3 V--PEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNE
: :.: :.::.::::::...:.:::::.:::::::::::::.:.:::: .::::..
XP_011 VMKEEHKPQQNGISPRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSD
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 VFRFLVEEKIKCLATEKVKYTQRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMAL
::::::::.:.: :.::.::.::::.::::: :.:: ::.::. :: .:.:: .. :
XP_011 VFRFLVEERIQCCQTRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPL
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 PELVRAQVPFSSCLEAYGAPEQVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFG
::::::..:::.::.:.. ::.::::::.::::::..:::.::::::.:::.::::::::
XP_011 PELVRAKIPFSACLQAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFG
540 550 560 570 580 590
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pF1KB3 LDWVPKKLDVSIEMPEELDISQLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDE
:::::::.::::.::. :::..::. ::::::::::::.::.: ::. :.: :
XP_011 LDWVPKKFDVSIDMPDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKAS-------D-
600 610 620 630 640
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 DSFCSPHFSSPTSPMLDESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDP
.::: ..::.:::::..:::::::.::: :::.:.::.. ::..:
XP_011 ---------------IDESSVMQLAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEP
650 660 670 680
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 DFANPLILPGSSGPGSTSAAA-------DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSL
:::.:: .:: .: .:..:.. . :::. :. :.::::.:.::..:::::::.:
XP_011 DFAEPLTMPGYGGAASAGASVFGASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNL
690 700 710 720 730 740
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 ERAVDWIFSHID-DLDAEAAMDISEGRSAADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMG
:::.:::::: . . :.. .... :. . :. :::. : ::.:.:: : :.:::::::::
XP_011 ERALDWIFSHPEFEEDSDFVIEM-ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMG
750 760 770 780 790 800
820 830 840 850
pF1KB3 TSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCASEKPPKDLGYIYFYQRVAS
:::: :::.::::::::::::::.::::::.:::::::.:::.:. :
XP_011 TSTMSGHYICHIKKEGRWVIYNDHKVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
810 820 830 840 850
>>NP_006528 (OMIM: 604728) ubiquitin carboxyl-terminal h (520 aa)
initn: 327 init1: 104 opt: 260 Z-score: 266.1 bits: 59.6 E(85289): 4.4e-08
Smith-Waterman score: 289; 23.1% identity (49.3% similar) in 533 aa overlap (188-662:15-500)
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 DSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHAFSLKQLDNPARIP---PCGWKCSKCDMRENLWLNLTD
. :..: : .: :: : .. :. ::
NP_006 MECPHLSSSVCIAPDSAKFPNGSPSSWCCSVCRSNKSPWVCLTC
10 20 30 40
220 230 240 250 260
pF1KB3 GSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRETGYPLAVKLGTITPDGAD-----------VYSYDE
.:. ::: : .: :: .::... ::. . . : .. .: :
NP_006 SSVHCGR-YVNG-----HAKKHYEDAQVPLTNHKKSEKQDKVQHTVCMDCSSYSTYCYRC
50 60 70 80 90
270 280 290 300 310 320
pF1KB3 DDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM--NQRIGEWELIQESGVPLKPLF
::.:.. . ..:. .::. . . .:: . .: . .:...: . : :
NP_006 DDFVVNDT------KLGL----VQKVREHLQNLENSAFTADRHKKRKLLENSTLNSKLLK
100 110 120 130 140
330 340 350 360 370
pF1KB3 GPGYT------GIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEKI-FQNAPTDPTQDFS
: : :.:::::.:..:...: : .: .: : .: . ..:. : . .
NP_006 VNGSTTAICATGLRNLGNTCFMNAILQSLSNIEQFC-CYFKELPAVELRNGKTAGRRTYH
150 160 170 180 190 200
380 390 400 410 420 430
pF1KB3 TQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHPEFSTNRQQ
:. .. : :. : . .: : ...:. . .. : :.: .::
NP_006 TRSQGDNNVSLVEEFRKTLCALWQGS--------QTAFSPESLFYVVWKIMPNFRGYQQQ
210 220 230 240 250
440 450 460
pF1KB3 DAQEFF------LHL-----INMVERNCRSSENPN-----------------EVFRFLVE
::.::. ::: .: : :. .:: . .: ...
NP_006 DAHEFMRYLLDHLHLELQGGFNGVSRSAILQENSTLSASNKCCINGASTVVTAIFGGILQ
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470 480 490 500 510 520
pF1KB3 EKIKCL--ATEKVKYTQRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVR
....:: .::. :. .: ...: . ..::. ..:. . :
NP_006 NEVNCLICGTESRKFDPFLDLSLDIPSQF-------------RSKRSKNQENGPVCSL--
320 330 340 350 360
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 AQVPFSSCLEAYGAPEQVDD---FWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLD
.::... :..:. . . :. ..: . ..: : ...:.: .
NP_006 -----RDCLRSFTDLEELDETELYMCHKCKKKQKSTKKFWIQKLPKVLCLHLKRFHW-TA
370 380 390 400 410
590 600 610 620 630
pF1KB3 WVPKKLDVSIEMPEE-LDISQLRGTGLQPGEEE-LPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDE
.. .:.:. .:.: . ::.. . : : : :.: .: :: : :
NP_006 YLRNKVDTYVEFPLRGLDMKCYLLEPENSGPESCLYDLAAVVVHHGSGVGS-GHYTAYAT
420 430 440 450 460 470
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 DSFCSPHFSSPTSPMLDESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDP
::.. : . :: ....
NP_006 HEGRWFHFNDSTVTLTDEETVVKAKAYILFYVEHQAKAGSDKL
480 490 500 510 520
>>XP_016878252 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin carbo (498 aa)
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Smith-Waterman score: 250; 22.5% identity (49.0% similar) in 516 aa overlap (202-662:10-478)
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 EVRQVSKHAFSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNN
: .. :. :: .:. ::: : .:
XP_016 MQSPPHLAVCRSNKSPWVCLTCSSVHCGR-YVNG-----
10 20 30
240 250 260 270 280
pF1KB3 HAVEHYRETGYPLAVKLGTITPDGAD-----------VYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFG
:: .::... ::. . . : .. .: : ::.:.. . ..:
XP_016 HAKKHYEDAQVPLTNHKKSEKQDKVQHTVCMDCSSYSTYCYRCDDFVVNDT------KLG
40 50 60 70 80
290 300 310 320 330
pF1KB3 IDMLKMQKTDKTMTELEIDM--NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYT------GIRNLG
. .::. . . .:: . .: . .:...: . : : : : :.::::
XP_016 L----VQKVREHLQNLENSAFTADRHKKRKLLENSTLNSKLLKVNGSTTAICATGLRNLG
90 100 110 120 130 140
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 NSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEKI-FQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSK
:.:..:...: : .: .: : .: . ..:. : . . :. .. : :. :
XP_016 NTCFMNAILQSLSNIEQFC-CYFKELPAVELRNGKTAGRRTYHTRSQGDNNVSLVEEFRK
150 160 170 180 190 200
400 410 420 430 440
pF1KB3 PVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHPEFSTNRQQDAQEFF------LHL--
. .: : ...:. . .. : :.: .::::.::. :::
XP_016 TLCALWQGS--------QTAFSPESLFYVVWKIMPNFRGYQQQDAHEFMRYLLDHLHLEL
210 220 230 240 250
450 460 470 480
pF1KB3 ---INMVERNCRSSENPN-----------------EVFRFLVEEKIKCL--ATEKVKYTQ
.: : :. .:: . .: .......:: .::. :.
XP_016 QGGFNGVSRSAILQENSTLSASNKCCINGASTVVTAIFGGILQNEVNCLICGTESRKFDP
260 270 280 290 300 310
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pF1KB3 RVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPEQ
.: ..: .: ... :. . .:. . . .::... :.
XP_016 FLD--LSLDIPS----------QFRSKRSKNQENGPV--------CSLRDCLRSFTDLEE
320 330 340 350
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pF1KB3 VDD---FWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEE-L
.:. . . :. ..: . ..: : ...:.: . .. .:.:. .:.: . :
XP_016 LDETELYMCHKCKKKQKSTKKFWIQKLPKVLCLHLKRFHW-TAYLRNKVDTYVEFPLRGL
360 370 380 390 400 410
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 DISQLRGTGLQPGEEE-LPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLD
:.. . : : : :.: .: :: : : ::.. : . :
XP_016 DMKCYLLEPENSGPESCLYDLAAVVVHHGSGVGS-GHYTAYATHEGRWFHFNDSTVTLTD
420 430 440 450 460 470
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 ESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGST
: ....
XP_016 EETVVKAKAYILFYVEHQAKAGSDKL
480 490
>>XP_016878253 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin carbo (498 aa)
initn: 285 init1: 104 opt: 221 Z-score: 226.7 bits: 52.2 E(85289): 6.9e-06
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180 190 200 210 220 230
pF1KB3 EVRQVSKHAFSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNN
: .. :. :: .:. ::: : .:
XP_016 MQSPPHLAVCRSNKSPWVCLTCSSVHCGR-YVNG-----
10 20 30
240 250 260 270 280
pF1KB3 HAVEHYRETGYPLAVKLGTITPDGAD-----------VYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFG
:: .::... ::. . . : .. .: : ::.:.. . ..:
XP_016 HAKKHYEDAQVPLTNHKKSEKQDKVQHTVCMDCSSYSTYCYRCDDFVVNDT------KLG
40 50 60 70 80
290 300 310 320 330
pF1KB3 IDMLKMQKTDKTMTELEIDM--NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYT------GIRNLG
. .::. . . .:: . .: . .:...: . : : : : :.::::
XP_016 L----VQKVREHLQNLENSAFTADRHKKRKLLENSTLNSKLLKVNGSTTAICATGLRNLG
90 100 110 120 130 140
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 NSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEKI-FQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSK
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XP_016 NTCFMNAILQSLSNIEQFC-CYFKELPAVELRNGKTAGRRTYHTRSQGDNNVSLVEEFRK
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400 410 420 430 440
pF1KB3 PVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHPEFSTNRQQDAQEFF------LHL--
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XP_016 TLCALWQGS--------QTAFSPESLFYVVWKIMPNFRGYQQQDAHEFMRYLLDHLHLEL
210 220 230 240 250
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XP_016 QGGFNGVSRSAILQENSTLSASNKCCINGASTVVTAIFGGILQNEVNCLICGTESRKFDP
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XP_016 FLD--LSLDIPS----------QFRSKRSKNQENGPV--------CSLRDCLRSFTDLEE
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pF1KB3 VDD---FWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEE-L
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XP_016 LDETELYMCHKCKKKQKSTKKFWIQKLPKVLCLHLKRFHW-TAYLRNKVDTYVEFPLRGL
360 370 380 390 400 410
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pF1KB3 DISQLRGTGLQPGEEE-LPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLD
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XP_016 DMKCYLLEPENSGPESCLYDLAAVVVHHGSGVGS-GHYTAYATHEGRWFHFNDSTVTLTD
420 430 440 450 460 470
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pF1KB3 ESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGST
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XP_016 EETVVKAKAYILFYVEHQAKAGSDKL
480 490
858 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 13:29:48 2016 done: Thu Nov 3 13:29:50 2016
Total Scan time: 13.440 Total Display time: 0.260
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]