Result of FASTA (omim) for
pFN21AB3279
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3279, 950 aa
1>>>pF1KB3279 950 - 950 aa - 950 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3232+/-0.000427; mu= 6.7964+/- 0.026
mean_var=149.6451+/-30.429, 0's: 0 Z-trim(115.3): 406 B-trim: 120 in 1/53
Lambda= 0.104844
statistics sampled from 25215 (25641) to 25215 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.643), E-opt: 0.2 (0.301), width: 16
Scan time: 13.480
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_114063 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 iso ( 950) 6201 950.6 0
NP_061730 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 947) 5205 800.0 0
NP_054724 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 iso ( 842) 5156 792.6 0
NP_061729 (OMIM: 606309) protocadherin alpha-3 iso ( 950) 5120 787.1 0
NP_061727 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 950) 5011 770.6 0
NP_061723 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 950) 5006 769.9 0
NP_061732 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 950) 4986 766.9 0
NP_061734 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 950) 4959 762.8 0
NP_061724 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 948) 4952 761.7 0
NP_061728 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 948) 4910 755.4 3.1e-217
NP_061725 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 949) 4876 750.2 1.1e-215
NP_061733 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 937) 4505 694.1 8.6e-199
NP_114040 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 789) 4477 689.8 1.4e-197
NP_113688 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 798) 4160 641.9 3.8e-183
NP_113685 (OMIM: 606309) protocadherin alpha-3 iso ( 824) 4075 629.0 2.9e-179
NP_114071 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 807) 3969 613.0 1.9e-174
NP_113598 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 807) 3961 611.8 4.4e-174
NP_114036 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 803) 3943 609.1 2.9e-173
NP_114062 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 814) 3915 604.8 5.6e-172
NP_061731 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 936) 3916 605.0 5.7e-172
NP_114065 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 844) 3907 603.6 1.3e-171
NP_113689 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 816) 3888 600.8 9.5e-171
NP_113684 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 808) 3865 597.3 1e-169
NP_113683 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 824) 3865 597.3 1.1e-169
NP_114067 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 810) 3831 592.1 3.7e-168
NP_061726 (OMIM: 606318) protocadherin alpha-12 is ( 941) 3823 590.9 9.8e-168
NP_114070 (OMIM: 606318) protocadherin alpha-12 is ( 792) 3803 587.9 6.8e-167
NP_114066 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 685) 2614 408.0 8.3e-113
NP_113599 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 686) 2605 406.7 2.1e-112
NP_114037 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 686) 2575 402.1 5e-111
NP_002579 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 934) 2031 319.9 3.8e-86
NP_115778 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 863) 1993 314.1 1.9e-84
NP_115783 (OMIM: 606306) protocadherin gamma-C5 is ( 878) 1953 308.1 1.3e-82
NP_003727 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 923) 1947 307.2 2.5e-82
NP_061752 (OMIM: 606306) protocadherin gamma-C5 is ( 944) 1947 307.2 2.6e-82
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 1938 305.8 6.6e-82
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 1937 305.7 6.7e-82
NP_114476 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 817) 1925 303.8 2.3e-81
NP_061743 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 932) 1925 303.9 2.6e-81
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 1912 301.9 8.9e-81
NP_114442 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 851) 1912 301.9 9.2e-81
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 1912 301.9 1e-80
NP_061747 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 929) 1907 301.1 1.7e-80
NP_061740 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 962) 1904 300.7 2.4e-80
NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927) 1896 299.5 5.3e-80
NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 810) 1892 298.8 7.2e-80
NP_114089 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is ( 884) 1889 298.4 1.1e-79
NP_061738 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 932) 1889 298.4 1.1e-79
NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 935) 1888 298.3 1.2e-79
NP_114398 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 823) 1882 297.3 2.1e-79
>>NP_114063 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 isoform (950 aa)
initn: 6201 init1: 6201 opt: 6201 Z-score: 5076.3 bits: 950.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6201; 100.0% identity (100.0% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-950)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950
pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
910 920 930 940 950
>>NP_061730 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 isoform (947 aa)
initn: 5204 init1: 4152 opt: 5205 Z-score: 4262.1 bits: 800.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5205; 84.5% identity (92.5% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-947)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
: .: . :.. ::: ::.:: : .:.::::::: :::.::::::::::::::::::::
NP_061 MEFSWGSGQESRRLLLLLLLLAAWEAGNGQLHYSVSEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
::::.. ::::: ::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::
NP_061 PRLFRVASKGRGGLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCRRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
:::.:::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :
NP_061 VEVRDINDNPPVFPATQKNLSIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
. : ... :: :::.::: :::::.::. :.::::::::::::::::::::::: :::::
NP_061 EKPPDDELVKGLGLILRKSLDREEAPEIFLVLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDANDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
.::::.: :.: ::: :::::. :::::::::::::.::::.:.::..:::::.::..:
NP_061 AFDRTIYKVRLLENVPNGTLVIKLNASDLDEGLNGDIVYSFSNDISPNVKSKFHIDPITG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
: : :..:::::....: ::..::: ::.::: ..::: : :::.:.: .:.::.:..
NP_061 QIIVKGYIDFEESKSYEIIVEGIDKGQLPLSGHCRVIVEVEDNNDNVPDLEFKSLSLPIR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
::: :::::::::: : : .:: :::::: :::::::::.::::::::: :::::::::
NP_061 EDAPLGTVIALISVSDKDMGVNGLVTCSLTSHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::: ::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
NP_061 YELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAW
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
::::::::::::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
NP_061 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVTARDA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
::::::::::::::::::::::::::.:: :: :::::.: :::.: ::.::::::::
NP_061 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRAGGTGGAVSELVPWSVGVGHVVAKVRAVDAD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
::::::::::::: :..: :::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::
NP_061 SGYNAWLSYELQPGTGGARIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRHRLLVLVKDHGEPALT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
:::::::::::::::::.:::: :::.::...:::::::::::::::::::::::::::.
NP_061 ATATVLVSLVESGQAPKASSRALVGAVGPDAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
:::::.:::: :::::::::::::::::::::::: ::::::: :::::::::.: :
NP_061 LRCSALPTEGACAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRPRVCSGEGPPKTDLMAFSPSL-P--
730 740 750 760 770
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
: .: . ... .: .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DSRDREDQLQTTEESFAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
780 790 800 810 820 830
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
840 850 860 870 880 890
910 920 930 940 950
pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
900 910 920 930 940
>>NP_054724 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 isoform (842 aa)
initn: 5156 init1: 5156 opt: 5156 Z-score: 4222.8 bits: 792.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5156; 100.0% identity (100.0% similar) in 798 aa overlap (1-798:1-798)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::.. :: .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
NP_061 PRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVE
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::::::::: :::: . :::::.::: ::: :::::::::: :.:::: :. .::: :
NP_061 VEVKDINDNAPVFPMAVKNLFISESRQPGSRFSLEGASDADIGTNSLLTYSLDSTEYFTL
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:: .....: :::::.: :.::.::. .::.:: ::::::::::.:: ::::: :::::
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.:.::.: :.: ::. ::::. ::.:::::.: :: :::..:.: :: ::::.::..:
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:.: :..:::::....: :::.::: ::.. :::.:.:.::.:::.:.:.:..::.::
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::. :.:::::::: : :. .:::::::::::::::::::.::::::::: ::::::::
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::::::::::::::::::: :::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::: ::. : :::::.: :::::: ::.::::::::
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::::::::::::: :..: ::::::::::::::::::::.::::.::::::::::::.::
NP_061 SGYNAWLSYELQPGTGGARIPFRVGLYTGEISTTRALDEVDAPRHRLLVLVKDHGEPSLT
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:::::::::::::::::.::.::.::::::..:::::::::.:::::::::::::::::.
NP_061 ATATVLVSLVESGQAPKASSQASAGATGPEAALVDVNVYLIVAICAVSSLLVLTLLLYTA
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pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
::::: ::::.:.:::::::::::::::::::::.:::::::: :::::::::.: ::
NP_061 LRCSAPPTEGDCGPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRQQRVCSGEGLPKTDLMAFSPSLPPCP
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: .: . ... : ..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ISRDREEKQDVDVDLSAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
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NP_061 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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NP_061 PRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVE
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pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
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NP_061 VKVRDINDNPPIFPESKKRIIIAESRPPETRFPLDGASDADIGVNSALTYRLDPNDYFTL
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pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
:. .: .:.. :.::::: ::::: : :::::.::::::::::::::::.:: :::::
NP_061 DAQNSLEQMSSLSLVLRKTLDREEIQEHSLLLTASDGGKPELTGTVQLLITILDVNDNAP
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pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
: ...: : . ::. :::::. ::.: :.: ::::.::: : : . : ..: .:
NP_061 EFYQSVYKVTVLENAFNGTLVIKLNATDPDDGTNGDIVYSFRRPVWPAVVYAFTINPNNG
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pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
: . :..::::.. ..: ::::::: :.::::::::::.:::::::..:: .::.:..
NP_061 EIRTKGKLDFEEKKLYEISVEAVDKGNIPMAGHCTLLVEVLDVNDNAPEVTITSLSLPIR
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pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
::.: ...:::::: : :. .::::::.:::::::::::::::::::::: :::::::::
NP_061 EDTQPSAIIALISVSDRDSGSNGQVTCTLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDSALDRESVSA
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pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::: ::: ::::::::::::: :::::::::::::::::::::.
NP_061 YELVVTARDGGSPSLWATASVSVGVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAQ
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pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
::::::::::::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
NP_061 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDS
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pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
:::::::::::::::::::::::::::: .. :.:::.. :::::: ::.::::::::
NP_061 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPGAGSAGGTVSELMPRSVGAGHVVAKVRAVDAD
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pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
:::::::::::: ...: :::::::::::::::: :::.:::..:::::::::::::::
NP_061 SGYNAWLSYELQLAAVGARIPFRVGLYTGEISTTRPLDEVDAPHHRLLVLVKDHGEPALT
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pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
::::::.:::::::::..:::::.::.:::..:::::::::::::::::::::::::::.
NP_061 ATATVLLSLVESGQAPQASSRASAGAVGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
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pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
::::: :::: :::::::::::::.:::::::::: ::::::: .:::::::::.: ::
NP_061 LRCSAPPTEGACAPGKPTLVCSSAAGSWSYSQQRRPRVCSGEGPHKTDLMAFSPSLPPCL
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pF1KB3 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
::.: ::. .:. .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GSAEGTGQREEDSECLKEPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
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pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>NP_061723 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 isoform (950 aa)
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pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
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NP_061 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAELV
10 20 30 40 50 60
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pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
::::.. :: . :::::::::::::::::::::::: :::::::::.:.:::::::::.
NP_061 PRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHVE
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pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
:.::::::::::: . .. .:: ::: :.::::.:::.::::: :::::: :::..:: :
NP_061 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
:: .:.. : : : ::: ::::::::::::::::::::::: :::.::::::: :::::
NP_061 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
190 200 210 220 230 240
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pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
.::...: :.: :... :::: :::: :::.::....::.: .: ::. ::..: ::
NP_061 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
: .: ..:.::.....: :.::::: ::...:: .::.:.:::::::.:.. .: .:..
NP_061 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
310 320 330 340 350 360
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pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
::: :.::::::.: : :. ::::::::: ::::::::::.::::::::: ::::::.:.
NP_061 EDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLSV
370 380 390 400 410 420
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pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
NP_061 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
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pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
::::::::::::::::::.:::.::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
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::::::::::::::::::::::::::.::. :: :::::.: : :::: ::.::::::::
NP_061 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLVGAGHVVAKVRAVDAD
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pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
::::::::::::: ...: ::::::::::::::::.:::.: : :::::::::::::::
NP_061 SGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRYRLLVLVKDHGEPALT
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::::. :::: .:::::::::::.:::: ::::::::::.:: :::::::::::::
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...::. .: :. : .:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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NP_061 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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:... . : ::: ::.:: : ::::::::::::::.::::::::::::::::::::
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::::.. :: : ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PRLFRMASKDREDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
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:: .... : .::.:.: :::::.: .:.::::::::::::::::::.:::: :::::
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.:... : :.. ::.. :: ::. :::: ::: :: : :::.: :. . ..: .: .:
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:.. :..:::. .:: ..:.::: ::.:::::.::...: :::.:.... .::.::.
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NP_061 YELVVTARDGGSPSLWATASLSVEVADMNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
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::::::::::::: ..:: .:::::::::::::::.:::.:.::.:::::::::::::::
NP_061 SGYNAWLSYELQPPASSARFPFRVGLYTGEISTTRVLDEADSPRHRLLVLVKDHGEPALT
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NP_061 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGAAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
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pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
::::: :::: :. :::::::::::::::::::::::::::: : :::::::.::::
NP_061 LRCSAPPTEGACTADKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGPPKMDLMAFSPSLSPCP
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.. . . . : .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 IMMGKAENQDLNEDHDAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
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NP_061 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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NP_061 EIVIRGNLDFEQENLYKILIDATDKGHPPMAGHCTVLVRILDKNDNVPEIALTSLSLPVR
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::::::::::::: ..: ::::::::::::::::.:::.:.::.:::::::::::::::
NP_061 SGYNAWLSYELQPAASSPRIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADSPRHRLLVLVKDHGEPALT
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NP_061 ATATVLVSLVESGQAPKASSRQSAGVLGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
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pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
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NP_061 LRCSALPTEGGCRAGKPTLVCSSAVGSWSYSQQQPQRVCSGEGPPKTDLMAFSPCLPPDL
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NP_061 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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NP_061 QRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSVECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
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NP_061 VEVKDINDNPPRFSVTEQKLSIPESRLLDSRFPLEGASDADVGENALLTYKLSPNEYFVL
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pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
:. ..... : :::::::::::.:.:.::::::::::::.::.:.::: ::: :::::
NP_061 DIINKKDKDKFPVLVLRKLLDREENPQLKLLLTATDGGKPEFTGSVSLLILVLDANDNAP
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pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
.::: .: ::. :: ::::. :::: :::.: ...::::: : : :. :: .. .:
NP_061 IFDRPVYEVKMYENQVNQTLVIRLNASDSDEGINKEMMYSFSSLVPPTIRRKFWINERTG
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: : .:::.: ...: :...::: ::..::::.:::..: :::.:.. . .::.:::
NP_061 EIKVNDAIDFEDSNTYEIHVDVTDKGNPPMVGHCTVLVELLDENDNSPEVIVTSLSLPVK
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::::.::::::::: : :. :::::::::::::::::::::::::::::: ::::: :::
NP_061 EDAQVGTVIALISVSDHDSGANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDSALDRERVSA
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pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::: ::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 YELVVTARDGGSPPLWATASVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAW
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pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
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NP_061 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDG
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pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
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NP_061 GVPPLGSNLTLQVFVLDENDNAPALLASPAGSAGGAVSELVLRSVVAGHVVAKVRAVDAD
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pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
:::::::::::: ...: ::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.::
NP_061 SGYNAWLSYELQSAAVGARIPFRVGLYTGEISTTRALDETDSPRQRLLVLVKDHGEPSLT
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pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
:::::::::::..::::.:::::::.. :::.:::::::::::::::::::::::::::.
NP_061 ATATVLVSLVEGSQAPKASSRASVGVA-PEVALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
660 670 680 690 700 710
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pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
::::: :::: :.: :::::::::::::::::::::::::::: :.:::::::.: ::
NP_061 LRCSAAPTEGACGPVKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGLPKADLMAFSPSLPPCP
720 730 740 750 760 770
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pF1KB3 GSTERTGEP-SASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQW
.. :: : ..: . ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 -MVDVDGEDQSIGGDHSRKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQW
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pF1KB3 PTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISI
840 850 860 870 880 890
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pF1KB3 RQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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NP_061 RQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
900 910 920 930 940
>>NP_061728 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 isoform (948 aa)
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Smith-Waterman score: 4910; 80.9% identity (91.8% similar) in 936 aa overlap (15-950:15-948)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
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NP_061 DIQANDELSESLSLVLGKSLDREETAEVNLLLVATDGGKPELTGTVQILIKVLDVNDNEP
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NP_061 TFAQSVYKVKLLENTANGTLVVKLNASDADEGPNSEIVYSLGSDVSSTIQTKFTIDPISG
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NP_061 EIRTKGKLDYEEAKSYEIQVTATDKGTPSMSGHCKISLKLVDINDNTPEVSITSLSLPIS
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NP_061 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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NP_061 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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950 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 12:42:03 2016 done: Thu Nov 3 12:42:05 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]