Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB3218
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3218, 896 aa
1>>>pF1KB3218 896 - 896 aa - 896 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.0608+/-0.00116; mu= -3.6478+/- 0.069
mean_var=429.7067+/-90.684, 0's: 0 Z-trim(112.7): 49 B-trim: 93 in 1/53
Lambda= 0.061871
statistics sampled from 13365 (13404) to 13365 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.736), E-opt: 0.2 (0.412), width: 16
Scan time: 5.260
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS557.1 EPS15 gene_id:2060|Hs108|chr1 ( 896) 5879 540.1 6.7e-153
CCDS32944.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 ( 864) 1223 124.5 8.4e-28
CCDS58654.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 ( 910) 1223 124.5 8.7e-28
CCDS58653.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 ( 754) 1202 122.6 2.8e-27
CCDS59363.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 ( 601) 1055 109.3 2.1e-23
>>CCDS557.1 EPS15 gene_id:2060|Hs108|chr1 (896 aa)
initn: 5879 init1: 5879 opt: 5879 Z-score: 2858.5 bits: 540.1 E(32554): 6.7e-153
Smith-Waterman score: 5879; 100.0% identity (100.0% similar) in 896 aa overlap (1-896:1-896)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAAAAQLSLTQLSSGNPVYEKYYRQVDTGNTGRVLASDAAAFLKKSGLPDLILGKIWDLA
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CCDS55 MAAAAQLSLTQLSSGNPVYEKYYRQVDTGNTGRVLASDAAAFLKKSGLPDLILGKIWDLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 DTDGKGILNKQEFFVALRLVACAQNGLEVSLSSLNLAVPPPRFHDTSSPLLISGTSAAEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 DTDGKGILNKQEFFVALRLVACAQNGLEVSLSSLNLAVPPPRFHDTSSPLLISGTSAAEL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 PWAVKPEDKAKYDAIFDSLSPVNGFLSGDKVKPVLLNSKLPVDILGRVWELSDIDHDGML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 PWAVKPEDKAKYDAIFDSLSPVNGFLSGDKVKPVLLNSKLPVDILGRVWELSDIDHDGML
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DRDEFAVAMFLVYCALEKEPVPMSLPPALVPPSKRKTWVVSPAEKAKYDEIFLKTDKDMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 DRDEFAVAMFLVYCALEKEPVPMSLPPALVPPSKRKTWVVSPAEKAKYDEIFLKTDKDMD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 GFVSGLEVREIFLKTGLPSTLLAHIWSLCDTKDCGKLSKDQFALAFHLISQKLIKGIDPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GFVSGLEVREIFLKTGLPSTLLAHIWSLCDTKDCGKLSKDQFALAFHLISQKLIKGIDPP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 HVLTPEMIPPSDRASLQKNIIGSSPVADFSAIKELDTLNNEIVDLQREKNNVEQDLKEKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 HVLTPEMIPPSDRASLQKNIIGSSPVADFSAIKELDTLNNEIVDLQREKNNVEQDLKEKE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 DTIKQRTSEVQDLQDEVQRENTNLQKLQAQKQQVQELLDELDEQKAQLEEQLKEVRKKCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 DTIKQRTSEVQDLQDEVQRENTNLQKLQAQKQQVQELLDELDEQKAQLEEQLKEVRKKCA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 EEAQLISSLKAELTSQESQISTYEEELAKAREELSRLQQETAELEESVESGKAQLEPLQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EEAQLISSLKAELTSQESQISTYEEELAKAREELSRLQQETAELEESVESGKAQLEPLQQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 HLQDSQQEISSMQMKLMEMKDLENHNSQLNWCSSPHSILVNGATDYCSLSTSSSETANLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 HLQDSQQEISSMQMKLMEMKDLENHNSQLNWCSSPHSILVNGATDYCSLSTSSSETANLN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 EHVEGQSNLESEPIHQESPARSSPELLPSGVTDENEVTTAVTEKVCSELDNNRHSKEEDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EHVEGQSNLESEPIHQESPARSSPELLPSGVTDENEVTTAVTEKVCSELDNNRHSKEEDP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 FNVDSSSLTGPVADTNLDFFQSDPFVGSDPFKDDPFGKIDPFGGDPFKGSDPFASDCFFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 FNVDSSSLTGPVADTNLDFFQSDPFVGSDPFKDDPFGKIDPFGGDPFKGSDPFASDCFFR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 QSTDPFATSSTDPFSAANNSSITSVETLKHNDPFAPGGTVVAASDSATDPFASVFGNESF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QSTDPFATSSTDPFSAANNSSITSVETLKHNDPFAPGGTVVAASDSATDPFASVFGNESF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 GGGFADFSTLSKVNNEDPFRSATSSSVSNVVITKNVFEETSVKSEDEPPALPPKIGTPTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GGGFADFSTLSKVNNEDPFRSATSSSVSNVVITKNVFEETSVKSEDEPPALPPKIGTPTR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 PCPLPPGKRSINKLDSPDPFKLNDPFQPFPGNDSPKEKDPEIFCDPFTSATTTTNKEADP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 PCPLPPGKRSINKLDSPDPFKLNDPFQPFPGNDSPKEKDPEIFCDPFTSATTTTNKEADP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890
pF1KB3 SNFANFSAYPSEEDMIEWAKRESEREEEQRLARLNQQEQEDLELAIALSKSEISEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SNFANFSAYPSEEDMIEWAKRESEREEEQRLARLNQQEQEDLELAIALSKSEISEA
850 860 870 880 890
>>CCDS32944.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 (864 aa)
initn: 1883 init1: 1049 opt: 1223 Z-score: 612.6 bits: 124.5 E(32554): 8.4e-28
Smith-Waterman score: 2369; 45.7% identity (70.1% similar) in 910 aa overlap (20-848:20-862)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAAAAQLSLTQLSSGNPVYEKYYRQVDTGNTGRVLASDAAAFLKKSGLPDLILGKIWDLA
:.::.::: . :::: ::.:: ::::::: :.:::::::::
CCDS32 MAAPLIPLSQQIPTGNSLYESYYKQVDPAYTGRVGASEAALFLKKSGLSDIILGKIWDLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 DTDGKGILNKQEFFVALRLVACAQNGLEVSLSSLNLAVPPPRFHDTSSPLLISGTSAAEL
: .:::.:.:: :.::::::::::.: ::.::.:::..:::.::::::::... :: :
CCDS32 DPEGKGFLDKQGFYVALRLVACAQSGHEVTLSNLNLSMPPPKFHDTSSPLMVTPPSA-EA
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 PWAVKPEDKAKYDAIFDSLSPVNGFLSGDKVKPVLLNSKLPVDILGRVWELSDIDHDGML
:::. :.:::.:.::.:: :.::.::::::::::.:::::.:.:::::.:::::.:: :
CCDS32 HWAVRVEEKAKFDGIFESLLPINGLLSGDKVKPVLMNSKLPLDVLGRVWDLSDIDKDGHL
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KB3 DRDEFAVAMFLVYCALEKEPVPMSLPPALVPPSKRK------------------------
::::::::: ::: :::::::: .:::.:.::::::
CCDS32 DRDEFAVAMHLVYRALEKEPVPSALPPSLIPPSKRKKTVFPGAVPVLPASPPPKDSLRST
180 190 200 210 220 230
220 230 240
pF1KB3 ----------------------------TWVVSPAEKAKYDEIFLKTDKDMDGFVSGLEV
.::: :.: ..:::::::: :.::.::: ::
CCDS32 PSHGSVSSLNSTGSLSPKHSLKQTQPTVNWVVPVADKMRFDEIFLKTDLDLDGYVSGQEV
240 250 260 270 280 290
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 REIFLKTGLPSTLLAHIWSLCDTKDCGKLSKDQFALAFHLISQKLIKGIDPPHVLTPEMI
.:::...:: ..::::::.: ::.. :::::::::::...:.::. ::::::.::.:.:.
CCDS32 KEIFMHSGLTQNLLAHIWALADTRQTGKLSKDQFALAMYFIQQKVSKGIDPPQVLSPDMV
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 PPSDRASLQKNIIGSSPVADFSAIKELDTLNNEIVDLQREKNNVEQDLKEKEDTIKQRTS
:::.:.. . :: ..:...:::: ...::..::::: ..:::..:::..:.:.::
CCDS32 PPSERGTPGPDSSGSLGSGEFTGVKELDDISQEIAQLQREKYSLEQDIREKEEAIRQKTS
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EVQDLQDEVQRENTNLQKLQAQKQQVQELLDELDEQKAQLEEQLKEVRKKCAEEAQLISS
:::.::....::...::.:.::::..:. :::.:.:::.:...:..::.:: .:.:.:::
CCDS32 EVQELQNDLDRETSSLQELEAQKQDAQDRLDEMDQQKAKLRDMLSDVRQKCQDETQMISS
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 LKAELTSQESQISTYEEELAKAREELSRLQQETAELEESVESGKAQLEPLQQHLQDSQQE
::... ::::.... :..: .:. ::.::::: ..::.:...:..::: . . :...:.:
CCDS32 LKTQIQSQESDLKSQEDDLNRAKSELNRLQQEETQLEQSIQAGRVQLETIIKSLKSTQDE
480 490 500 510 520 530
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 ISSMQMKLMEMKD--LENHNSQLNWCSSPHSILVNGATDYCSLSTSSSETANLNEHVEGQ
:.. . :: .... : : : .. ...:: ..: .. :::.: :
CCDS32 INQARSKLSQLHESRQEAHRSL-----EQYDQVLDGAH-----GASLTDLANLSEGV---
540 550 560 570 580
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 SNLESEPIHQESPARSSPELLPSGVTDENEVTTAVTEKVCSELDNNRHSKEEDPFNVDSS
: : :. :. . :. ..:: . . :::...
CCDS32 ---------------SLAERGSFGAMDDPFKNKALL------FSNNTQELHPDPFQTE--
590 600 610 620
610 620 630 640 650
pF1KB3 SLTGPVADTNLDFFQSDPFVGSDPFKDDPFGK----------IDPFGGDPFKGSDPF---
: :.:::: :.:::: ::: . ::::::::: ::::
CCDS32 -----------DPFKSDPFKGADPFKGDPFQNDPFAEQQTTSTDPFGGDPFKESDPFRGS
630 640 650 660 670
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 ASDCFFRQST--DPFATSSTDPFSAANNSSITSVETLKHNDPFAPGGTVVAASDSATDPF
:.: ::...: ::: ..:::. : : .... .. .:::. . ..:....:::
CCDS32 ATDDFFKKQTKNDPF---TSDPFTK-NPSLPSKLDPFESSDPFSSS----SVSSKGSDPF
680 690 700 710 720
720 730 740 750 760
pF1KB3 ASV--FGNESFGG--GFADFSTLSKVNNEDPFRSATSSSVSNVVITKNVFEETSVKSEDE
... ::. ::.. :::::: .:: :: .::.... .. . : ::...
CCDS32 GTLDPFGSGSFNSAEGFADFSQMSKPPPSGPF----TSSLGGAGFSDDPF-----KSKQD
730 740 750 760 770
770 780 790 800 810
pF1KB3 PPALPPKIGTPTRPCPLPPGKRS-INKLDSPDPFKLNDPFQPFPGNDS--PKEK-----D
:::::: .: :: : : :: . ...: : : . :::::. : :: : .. :
CCDS32 TPALPPKKPAPPRPKP-PSGKSTPVSQLGSADFPEAPDPFQPL-GADSGDPFQSKKGFGD
780 790 800 810 820 830
820 830 840 850 860 870
pF1KB3 PEIFCDPFTSATTTTNKEADPSNFANFSAYPSEEDMIEWAKRESEREEEQRLARLNQQEQ
: :::. .... ..:. :.::.:..
CCDS32 PFSGKDPFVPSSAAKPSKASASGFADFTSVS
840 850 860
>>CCDS58654.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 (910 aa)
initn: 2090 init1: 1049 opt: 1223 Z-score: 612.3 bits: 124.5 E(32554): 8.7e-28
Smith-Waterman score: 2565; 46.5% identity (70.6% similar) in 958 aa overlap (20-896:20-910)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAAAAQLSLTQLSSGNPVYEKYYRQVDTGNTGRVLASDAAAFLKKSGLPDLILGKIWDLA
:.::.::: . :::: ::.:: ::::::: :.:::::::::
CCDS58 MAAPLIPLSQQIPTGNSLYESYYKQVDPAYTGRVGASEAALFLKKSGLSDIILGKIWDLA
10 20 30 40 50 60
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pF1KB3 DTDGKGILNKQEFFVALRLVACAQNGLEVSLSSLNLAVPPPRFHDTSSPLLISGTSAAEL
: .:::.:.:: :.::::::::::.: ::.::.:::..:::.::::::::... :: :
CCDS58 DPEGKGFLDKQGFYVALRLVACAQSGHEVTLSNLNLSMPPPKFHDTSSPLMVTPPSA-EA
70 80 90 100 110
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pF1KB3 PWAVKPEDKAKYDAIFDSLSPVNGFLSGDKVKPVLLNSKLPVDILGRVWELSDIDHDGML
:::. :.:::.:.::.:: :.::.::::::::::.:::::.:.:::::.:::::.:: :
CCDS58 HWAVRVEEKAKFDGIFESLLPINGLLSGDKVKPVLMNSKLPLDVLGRVWDLSDIDKDGHL
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KB3 DRDEFAVAMFLVYCALEKEPVPMSLPPALVPPSKRK------------------------
::::::::: ::: :::::::: .:::.:.::::::
CCDS58 DRDEFAVAMHLVYRALEKEPVPSALPPSLIPPSKRKKTVFPGAVPVLPASPPPKDSLRST
180 190 200 210 220 230
220 230 240
pF1KB3 ----------------------------TWVVSPAEKAKYDEIFLKTDKDMDGFVSGLEV
.::: :.: ..:::::::: :.::.::: ::
CCDS58 PSHGSVSSLNSTGSLSPKHSLKQTQPTVNWVVPVADKMRFDEIFLKTDLDLDGYVSGQEV
240 250 260 270 280 290
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 REIFLKTGLPSTLLAHIWSLCDTKDCGKLSKDQFALAFHLISQKLIKGIDPPHVLTPEMI
.:::...:: ..::::::.: ::.. :::::::::::...:.::. ::::::.::.:.:.
CCDS58 KEIFMHSGLTQNLLAHIWALADTRQTGKLSKDQFALAMYFIQQKVSKGIDPPQVLSPDMV
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 PPSDRASLQKNIIGSSPVADFSAIKELDTLNNEIVDLQREKNNVEQDLKEKEDTIKQRTS
:::.:.. . :: ..:...:::: ...::..::::: ..:::..:::..:.:.::
CCDS58 PPSERGTPGPDSSGSLGSGEFTGVKELDDISQEIAQLQREKYSLEQDIREKEEAIRQKTS
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EVQDLQDEVQRENTNLQKLQAQKQQVQELLDELDEQKAQLEEQLKEVRKKCAEEAQLISS
:::.::....::...::.:.::::..:. :::.:.:::.:...:..::.:: .:.:.:::
CCDS58 EVQELQNDLDRETSSLQELEAQKQDAQDRLDEMDQQKAKLRDMLSDVRQKCQDETQMISS
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 LKAELTSQESQISTYEEELAKAREELSRLQQETAELEESVESGKAQLEPLQQHLQDSQQE
::... ::::.... :..: .:. ::.::::: ..::.:...:..::: . . :...:.:
CCDS58 LKTQIQSQESDLKSQEDDLNRAKSELNRLQQEETQLEQSIQAGRVQLETIIKSLKSTQDE
480 490 500 510 520 530
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 ISSMQMKLMEMKD--LENHNSQLNWCSSPHSILVNGATDYCSLSTSSSETANLNEHVEGQ
:.. . :: .... : : : .. ...:: ..: .. :::.: :
CCDS58 INQARSKLSQLHESRQEAHRSL-----EQYDQVLDGAH-----GASLTDLANLSEGV---
540 550 560 570 580
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 SNLESEPIHQESPARSSPELLPSGVTDENEVTTAVTEKVCSELDNNRHSKEEDPFNVDSS
: : :. :. . :. ..:: . . :::...
CCDS58 ---------------SLAERGSFGAMDDPFKNKALL------FSNNTQELHPDPFQTE--
590 600 610 620
610 620 630 640 650
pF1KB3 SLTGPVADTNLDFFQSDPFVGSDPFKDDPFGK----------IDPFGGDPFKGSDPF---
: :.:::: :.:::: ::: . ::::::::: ::::
CCDS58 -----------DPFKSDPFKGADPFKGDPFQNDPFAEQQTTSTDPFGGDPFKESDPFRGS
630 640 650 660 670
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 ASDCFFRQST--DPFATSSTDPFSAANNSSITSVETLKHNDPFAPGGTVVAASDSATDPF
:.: ::...: ::: ..:::. : : .... .. .:::. . ..:....:::
CCDS58 ATDDFFKKQTKNDPF---TSDPFTK-NPSLPSKLDPFESSDPFSSS----SVSSKGSDPF
680 690 700 710 720
720 730 740 750 760
pF1KB3 ASV--FGNESFGG--GFADFSTLSKVNNEDPFRSATSSSVSNVVITKNVFEETSVKSEDE
... ::. ::.. :::::: .:: :: :. ... : . ::...
CCDS58 GTLDPFGSGSFNSAEGFADFSQMSKPPPSGPFTSSLGGAG---------FSDDPFKSKQD
730 740 750 760 770
770 780 790 800 810
pF1KB3 PPALPPKIGTPTRPCPLPPGKRS-INKLDSPDPFKLNDPFQPFPGNDS--PKEK-----D
:::::: .: :: : : :: . ...: : : . :::::. : :: : .. :
CCDS58 TPALPPKKPAPPRPKP-PSGKSTPVSQLGSADFPEAPDPFQPL-GADSGDPFQSKKGFGD
780 790 800 810 820 830
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pF1KB3 PEIFCDPFTSATTTTNKEADPSNFANFSAYPSEEDMIEWAKRESEREEEQRLARLNQQEQ
: :::. .... ..:. :.::.:... .::... :::::::. :..::::: .:::
CCDS58 PFSGKDPFVPSSAAKPSKASASGFADFTSFGNEEQQLAWAKRESEKAEQERLARLRRQEQ
840 850 860 870 880 890
880 890
pF1KB3 EDLELAIALSKSEISEA
:::::::::::... :
CCDS58 EDLELAIALSKADMPAA
900 910
>>CCDS58653.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 (754 aa)
initn: 1744 init1: 1049 opt: 1202 Z-score: 603.2 bits: 122.6 E(32554): 2.8e-27
Smith-Waterman score: 2195; 47.9% identity (72.2% similar) in 787 aa overlap (20-733:20-750)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAAAAQLSLTQLSSGNPVYEKYYRQVDTGNTGRVLASDAAAFLKKSGLPDLILGKIWDLA
:.::.::: . :::: ::.:: ::::::: :.:::::::::
CCDS58 MAAPLIPLSQQIPTGNSLYESYYKQVDPAYTGRVGASEAALFLKKSGLSDIILGKIWDLA
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70 80 90 100 110 120
pF1KB3 DTDGKGILNKQEFFVALRLVACAQNGLEVSLSSLNLAVPPPRFHDTSSPLLISGTSAAEL
: .:::.:.:: :.::::::::::.: ::.::.:::..:::.::::::::... :: :
CCDS58 DPEGKGFLDKQGFYVALRLVACAQSGHEVTLSNLNLSMPPPKFHDTSSPLMVTPPSA-EA
70 80 90 100 110
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pF1KB3 PWAVKPEDKAKYDAIFDSLSPVNGFLSGDKVKPVLLNSKLPVDILGRVWELSDIDHDGML
:::. :.:::.:.::.:: :.::.::::::::::.:::::.:.:::::.:::::.:: :
CCDS58 HWAVRVEEKAKFDGIFESLLPINGLLSGDKVKPVLMNSKLPLDVLGRVWDLSDIDKDGHL
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