Result of FASTA (omim) for
pFN21AA0599
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0599, 1340 aa
1>>>pF1KA0599 1340 - 1340 aa - 1340 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.6204+/-0.000386; mu= -2.3784+/- 0.024
mean_var=265.0501+/-53.149, 0's: 0 Z-trim(121.5): 332 B-trim: 0 in 0/60
Lambda= 0.078779
statistics sampled from 37863 (38207) to 37863 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.752), E-opt: 0.2 (0.448), width: 16
Scan time: 19.110
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016882640 (OMIM: 611893,616763) PREDICTED: plec (1371) 1151 145.2 3.1e-33
XP_016882639 (OMIM: 611893,616763) PREDICTED: plec (1374) 1128 142.6 1.9e-32
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XP_006723397 (OMIM: 611893,616763) PREDICTED: plec (1327) 1100 139.4 1.7e-31
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XP_011509579 (OMIM: 605216) PREDICTED: rho guanine ( 483) 487 69.5 6.8e-11
XP_005263746 (OMIM: 605216) PREDICTED: rho guanine ( 483) 487 69.5 6.8e-11
XP_011509578 (OMIM: 605216) PREDICTED: rho guanine ( 483) 487 69.5 6.8e-11
XP_005263744 (OMIM: 605216) PREDICTED: rho guanine ( 567) 487 69.5 7.8e-11
NP_127462 (OMIM: 605216) rho guanine nucleotide ex ( 670) 487 69.5 9e-11
NP_056135 (OMIM: 605216) rho guanine nucleotide ex ( 690) 487 69.5 9.2e-11
XP_011509576 (OMIM: 605216) PREDICTED: rho guanine (1870) 487 69.8 2.1e-10
XP_005263738 (OMIM: 605216) PREDICTED: rho guanine (1876) 487 69.8 2.1e-10
XP_016884869 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 305) 441 64.1 1.7e-09
NP_001166950 (OMIM: 300429,300607) rho guanine nuc ( 463) 445 64.7 1.8e-09
XP_016884868 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 344) 441 64.1 1.9e-09
XP_016884867 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 362) 441 64.2 2e-09
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XP_016884865 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 375) 441 64.2 2.1e-09
XP_016884864 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 385) 441 64.2 2.1e-09
XP_011529194 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 456) 441 64.2 2.4e-09
NP_001317424 (OMIM: 300429,300607) rho guanine nuc ( 495) 441 64.2 2.6e-09
XP_016884856 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 495) 441 64.2 2.6e-09
XP_005262308 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 495) 441 64.2 2.6e-09
XP_005262307 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 495) 441 64.2 2.6e-09
XP_016884857 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 495) 441 64.2 2.6e-09
NP_056000 (OMIM: 300429,300607) rho guanine nucleo ( 516) 441 64.2 2.7e-09
XP_016884855 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 516) 441 64.2 2.7e-09
XP_016884854 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 516) 441 64.2 2.7e-09
XP_011529192 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 516) 441 64.2 2.7e-09
XP_016884852 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 521) 441 64.2 2.7e-09
XP_016884853 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 521) 441 64.2 2.7e-09
XP_005262306 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 523) 441 64.2 2.7e-09
XP_016865292 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (2612) 456 66.3 3.2e-09
XP_016865291 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (2880) 456 66.4 3.5e-09
XP_011512412 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (3038) 456 66.4 3.7e-09
XP_011512411 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (3048) 456 66.4 3.7e-09
XP_011512410 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (3058) 456 66.4 3.7e-09
XP_011512409 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (3076) 456 66.4 3.7e-09
XP_016865290 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (3093) 456 66.4 3.7e-09
NP_009049 (OMIM: 601893,617061) triple functional (3097) 456 66.4 3.7e-09
NP_001166951 (OMIM: 300429,300607) rho guanine nuc ( 414) 431 63.1 4.9e-09
XP_016884862 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho ( 414) 431 63.1 4.9e-09
NP_001273724 (OMIM: 613324) spermatogenesis-associ ( 574) 434 63.5 5.1e-09
NP_001273723 (OMIM: 613324) spermatogenesis-associ ( 596) 434 63.5 5.3e-09
NP_694568 (OMIM: 613324) spermatogenesis-associate ( 652) 434 63.5 5.7e-09
NP_001273722 (OMIM: 613324) spermatogenesis-associ ( 512) 425 62.4 9.5e-09
NP_001159743 (OMIM: 613324) spermatogenesis-associ (1277) 434 63.7 1e-08
>>XP_016882640 (OMIM: 611893,616763) PREDICTED: pleckstr (1371 aa)
initn: 1133 init1: 441 opt: 1151 Z-score: 717.6 bits: 145.2 E(85289): 3.1e-33
Smith-Waterman score: 1304; 29.3% identity (53.5% similar) in 1341 aa overlap (27-1230:29-1332)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MPVSTSLHQDGSQERPVSLTSTTSSSGSSCDSRSAMEEPSSSEAPAKNGAGSLRSRHL
:. :..:.: :.. . :.:: :
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10 20 30 40 50
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:. ..: . :: .. .. :. . : : ::.:::::::: :
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60 70 80 90 100 110
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:.:::::::::: ..: : :. :::..::.:::.:: ..:.::.::.. .:. ..:
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:::.::..::::: :: :::.:.: : : . : ....:: :.::::: :.::::
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:::::::::::::..::. : : :.::.:: .:: ::::::::::..:::.::::.
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: : .: ::.:...:::::::.:: :.:. :: .:::.. ::..:.:: ...:
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::.: : .: . :: :: : : :. :... .:::. :::: : : ..::..::: :
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.:: :::...:: : .:.: : : .: . . . . :::..::.:
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.. ..:. :.::::: : : .:: . . :: : : . . ::
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: ...... : .:. :. . : :. : :::::.::.: .
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560 570 580 590 600 610
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:. . : : .:. . : . : . : . . : : : : :. ..
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:: . ..: : : .: . : ..:: : . . . :.. ..
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: :: : : :: :.:: .. . .:... . . . .: :
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: . : ... : . :: : :. ..:.. . :: :. : . : : .:.
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. . . ... : : ..:. : : .:.: : . ..:. ..
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pF1KA0 YENAEHH-DAGFSVRRRESLSYIPKGLVRNSIS-RFNSLPRPDPEPV--------PPVGS
:.. : .: . .. .: .. . . ..::. : . : :.
XP_016 LTCAQESVPLGPAVWVQAAIPLSKQGGSPDGQGLHVSNLPKQDLPGIHVSAATLLPEQGG
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.:.: . :.. : . :: . .:: :.. : .. . . : . :
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pF1KA0 GKGPGQGQANGFDLHEPLFILEEHELGA-ITEESATASPESSSPTEGRSPAHL-------
. : ::. :.: : .:. . .: .: :.. . ...::...
XP_016 AFCPEQGHCA--DIHVPTTPALPKEICSDFTVSVTTPVPKQEGHLDSESPTNIPLTKQGG
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1010 1020 1030 1040
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.:... . .. :: :: . :. . :: .. .:. . ::..
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.:. : .:... . .. .. : . : . : .. : ..:. : . :
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:: . . . .. ..:. . : : : : .: .. : . .: ... .
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.::: .. : :.: .. . :.. : : ..: :.. ::: : :
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: : :: :..:. : : . . :: . :.. ... . : ::
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XP_016 NHPALLASTQESMGLHRAQGAPDAPFHM
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>>XP_016882639 (OMIM: 611893,616763) PREDICTED: pleckstr (1374 aa)
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..:. ... :.::::: : : .:: . . :: : : . .
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:: : ...... : .:. :. . : :. : :::::.::.:
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. :. . : : .:. . : . : . : . . : : : : :.
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.. :: . ..: : : .: . : ..:: : . . . :.. .
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: : . : ... : . :: : :. ..:.. . :: :. : . : : .:.
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. . . ... : : ..:. : : .:.: : . ..:. ..
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:.. : .: . .. .: .. . . ..::. : . :
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:..:.: . :.. : . :: . .:: :.. : .. . . : .
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: . : ::. :.: : .:. . .: .: :.. . ...::...
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:: . . . .. ..:. . : : : : .: .. : . .: ...
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XP_005 GGRLRPAKAQVRLNHPALLASTQESMGLHRAQGAPDAPFHM
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XP_011 CKKDLLRRDVLYYKGRLDMDGLEVVDLEDGKDRDLHVSIKNAFRLHRGATGDSHLLCTRK
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XP_011 PEQKQRW---LKAFAREREQVQLDQETGFSITELQRKQAMLNASKQQVTGKPKAVGRPCY
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440 450 460 470 480 490
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1340 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]