Result of FASTA (omim) for
pFN21ASDA1562
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1562, 1135 aa
1>>>pF1KSDA1562 1135 - 1135 aa - 1135 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3580+/-0.000474; mu= 18.2844+/- 0.030
mean_var=107.5970+/-21.639, 0's: 0 Z-trim(111.7): 406 B-trim: 36 in 1/53
Lambda= 0.123644
statistics sampled from 19976 (20385) to 19976 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.583), E-opt: 0.2 (0.239), width: 16
Scan time: 11.840
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_061908 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isoform (1135) 7455 1341.8 0
NP_001287757 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isofo (1134) 7436 1338.4 0
XP_006714302 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 916) 5916 1067.2 0
XP_016863800 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 915) 5897 1063.8 0
NP_065817 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 i (1100) 2003 369.2 7.5e-101
NP_001098713 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1101) 1996 368.0 1.8e-100
XP_011529299 (OMIM: 300088,300460) PREDICTED: prot (1147) 1805 333.9 3.3e-90
NP_001171809 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1148) 1805 333.9 3.3e-90
NP_113598 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 807) 1600 297.3 2.6e-79
NP_061723 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 950) 1600 297.3 2.9e-79
NP_113685 (OMIM: 606309) protocadherin alpha-3 iso ( 824) 1594 296.2 5.5e-79
NP_061729 (OMIM: 606309) protocadherin alpha-3 iso ( 950) 1594 296.2 6.1e-79
NP_114089 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is ( 884) 1571 292.1 9.9e-78
NP_061722 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is (1007) 1571 292.2 1.1e-77
NP_113689 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 816) 1568 291.6 1.4e-77
NP_061731 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 936) 1568 291.6 1.5e-77
NP_113688 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 798) 1558 289.8 4.6e-77
NP_061730 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 947) 1558 289.8 5.2e-77
NP_114062 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 814) 1554 289.1 7.6e-77
NP_061734 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 950) 1554 289.1 8.6e-77
NP_113684 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 808) 1550 288.3 1.2e-76
NP_113683 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 824) 1550 288.3 1.3e-76
NP_061728 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 948) 1550 288.4 1.4e-76
NP_115782 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 871) 1539 286.4 5.1e-76
NP_061751 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 938) 1539 286.4 5.4e-76
NP_114065 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 844) 1537 286.0 6.4e-76
NP_061724 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 948) 1537 286.1 7e-76
NP_114071 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 807) 1528 284.4 1.9e-75
NP_061727 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 950) 1528 284.5 2.1e-75
NP_054724 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 iso ( 842) 1527 284.3 2.2e-75
NP_115783 (OMIM: 606306) protocadherin gamma-C5 is ( 878) 1527 284.3 2.3e-75
NP_061752 (OMIM: 606306) protocadherin gamma-C5 is ( 944) 1527 284.3 2.4e-75
NP_114063 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 iso ( 950) 1527 284.3 2.4e-75
NP_115778 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 863) 1519 282.8 6e-75
NP_057664 (OMIM: 605622) protocadherin-12 precurso (1184) 1521 283.3 6.1e-75
NP_002579 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 934) 1519 282.9 6.4e-75
NP_114040 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 789) 1507 280.7 2.5e-74
NP_114070 (OMIM: 606318) protocadherin alpha-12 is ( 792) 1506 280.5 2.8e-74
NP_061733 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 937) 1507 280.7 2.8e-74
NP_061726 (OMIM: 606318) protocadherin alpha-12 is ( 941) 1506 280.5 3.2e-74
NP_114036 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 803) 1496 278.7 9.8e-74
NP_061732 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 950) 1496 278.8 1.1e-73
NP_065866 (OMIM: 608286) protocadherin-10 isoform ( 896) 1431 267.1 3.3e-70
NP_116586 (OMIM: 608286) protocadherin-10 isoform (1040) 1431 267.2 3.7e-70
XP_011530452 (OMIM: 608286) PREDICTED: protocadher (1057) 1431 267.2 3.8e-70
NP_114067 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 810) 1323 247.8 1.9e-64
NP_061725 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 949) 1323 247.9 2.2e-64
NP_113599 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 686) 1311 245.7 7.4e-64
NP_114066 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 685) 1277 239.6 5e-62
NP_114088 (OMIM: 606320) protocadherin alpha-C1 is ( 818) 1257 236.1 6.8e-61
>>NP_061908 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isoform 1 pr (1135 aa)
initn: 7455 init1: 7455 opt: 7455 Z-score: 7187.4 bits: 1341.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7455; 100.0% identity (100.0% similar) in 1135 aa overlap (1-1135:1-1135)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130
pF1KSD PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
1090 1100 1110 1120 1130
>>NP_001287757 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isoform 2 (1134 aa)
initn: 5345 init1: 5345 opt: 7436 Z-score: 7169.1 bits: 1338.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7436; 99.9% identity (99.9% similar) in 1135 aa overlap (1-1135:1-1134)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
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490 500 510 520 530 540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
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pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
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NP_001 ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
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730 740 750 760 770 780
pF1KSD ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::
NP_001 SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVE-VSQLLSMLHQ
790 800 810 820 830
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
840 850 860 870 880 890
910 920 930 940 950 960
pF1KSD FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
900 910 920 930 940 950
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
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XP_016 KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
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XP_016 ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
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XP_016 SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVE-VSQLLSMLHQ
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XP_016 GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
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:.::. :.:::.:.: . : .::::.:. :::::::::.::: : ...:: :. :.
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.:..:..:: ::...:::.: . :::: .: : ...:: : : : : :. :.:...:::
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::.:.: ...: ... :::: .: .. :::.:::::.::..:::: ..:. . : :.::
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. : .:. .::: . ::.::::.::::::::::::. ..:.:.::: : : ::.:
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..: . . :. : .:::::.:.::::::.. :.: :. :.::. ::. ::..
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. ::::....:.::. :.: :.: :...: ::: :.: ::: :::.. :. ...:::.:
NP_065 GRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTP
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pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
:::. .:.: ::::: ::.:.: :. : . . :::.:.:..: ::::: :.::...
NP_065 GAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKA
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. : : :.::: :. : ::.:: . :.: :::.::. .: : :.:::. ::... :. :
NP_065 FEFKVLAKDGGLPS-LQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLV
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: ..: : : : :.... .. :.. ..: :: . ...:. .. . .:: :. .:
NP_065 TVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHD
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pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSV-SQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVL
.:. .: ...:. .:. : :. . :..:...:.:.::.::.: ..:.: :..
NP_065 HGKTSLSASALV--LIY------LSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIF
650 660 670 680 690
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pF1KSD FATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQ-IHKGDITLVPT-INGTLPIRSHHRS
: .:.:..:. :.::::.:: .: :. : ... : :.:: ::: .. : . :
NP_065 VAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCS
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pF1KSD SPSSSPT-LERGQ----MGSRQSHNSHQSLNSLVT--ISSNHVPENFSLELTHATPAVEQ
: .:: . .. : .: :.:... .... : :.::. . :. . :
NP_065 SLTSSLNYFDYHQQTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYH-------HSFNS--Q
760 770 780 790 800
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pF1KSD VSQLLSMLHQGQYQPRP---SFRGNKY-SRSY---RYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDS
: ... .: :. :: .: ::.. ...:.. ::::::. .:. ::
NP_065 GPQQPDLIINGVPLPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDS
810 820 830 840 850 860
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pF1KSD DYDLGR----DSPIDRLLGEGFSDLF--LTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMP--P
..:. : :. .. .:. . ... . : ... : ::::.:::::.:::: :
NP_065 EHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFH-CREECRILGHSDRCWMPRNP
870 880 890 900 910 920
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pF1KSD LP--SPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQQHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPND
.: : : .. :.. . : . : : : :..:.::::: .:
NP_065 MPIRSKSPEHVRNIIALSIE-----------ATAADVEAYDDCGPTKRTFATFGKDV-SD
930 940 950 960 970
1000 1010 1020 1030 1040
pF1KSD EDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSLDTY-----SECSEVDRSNSLERRKGPLPAK-TV
. . . : :. .: . :.... . : .. .: . :. ::.: .:
NP_065 HPAEERPT---LKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPSV
980 990 1000 1010 1020 1030
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pF1KSD GYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQPSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNH
.: ..: : . . ..: ::
NP_065 SYTIALAPPARDLEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSPILKEGRNKESPGVK
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10 20 30 40 50 60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
:. :: . ... . :::: . ::::.:.::: ...:. .. . :
NP_001 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDP
10 20 30 40 50
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.. ::... . :. .: ..: . :::. ::... .: : ..:.. ...
NP_001 RQASAFRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMS---SSMEI
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pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
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NP_001 CVIKVEIKDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNE
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pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
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NP_001 LFGLEIKTRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSN
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::.:.: ...: ... :::: .: .. :::.:::::.::..:::: ..:. . : :.::
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pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
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NP_001 PHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVI--NLLS
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..: . . :. : .:::::.:.::::::.. :.: :. :.::. ::. ::..
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NP_001 GRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTP
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. : : :.::: :. : ::.:: . :.: :::.::. .: : :.:::. ::... :. :
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: ..: : : : :.... .. :.. ..: :: . ...:. .. . .:: :. .:
NP_001 TVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHD
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.:. .: ...:. .:. : :. . :..:...:.:.::.::.: ..:.: :..
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pF1KSD FATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQ-IHKGDITLVPT-INGTLPIRSHHRS
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NP_001 VAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCS
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: .:: . .. : .: :.:... .... : :.::. . :. . :
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: ... .: :. :: .: ::.. ...:.. ::::::. .:. :
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:..:. : :. .. .:. . ... . : ... : ::::.:::::.::::
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:. . . : :. .: . :.... . : .. .: . :. ::.: .
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XP_011 RQASAFRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMS---SSMEI
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:. :: .: ::.. ...:.. ::::::. .:. ::..:. : :.
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pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
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pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSV-SQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]