Result of FASTA (omim) for
pFN21ASDA1445
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1445, 1151 aa
1>>>pF1KSDA1445 1151 - 1151 aa - 1151 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8010+/-0.00042; mu= 21.0796+/- 0.026
mean_var=124.5166+/-24.337, 0's: 0 Z-trim(116.4): 424 B-trim: 200 in 1/51
Lambda= 0.114937
statistics sampled from 27117 (27611) to 27117 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.672), E-opt: 0.2 (0.324), width: 16
Scan time: 12.040
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001243275 (OMIM: 609298) semaphorin-5B isoform (1151) 8212 1374.2 0
NP_001026872 (OMIM: 609298) semaphorin-5B isoform (1151) 8212 1374.2 0
NP_001243276 (OMIM: 609298) semaphorin-5B isoform (1205) 8212 1374.3 0
XP_016862127 (OMIM: 609298) PREDICTED: semaphorin- (1117) 6993 1172.1 0
NP_001243277 (OMIM: 609298) semaphorin-5B isoform (1057) 6033 1012.9 0
XP_016862128 (OMIM: 609298) PREDICTED: semaphorin- ( 794) 5475 920.2 0
XP_006714570 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1074) 4734 797.5 0
XP_011512460 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1074) 4734 797.5 0
NP_003957 (OMIM: 609297) semaphorin-5A precursor [ (1074) 4734 797.5 0
XP_006714569 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1074) 4734 797.5 0
XP_011512458 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1074) 4734 797.5 0
XP_011512459 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1074) 4734 797.5 0
XP_011512457 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1074) 4734 797.5 0
XP_011512461 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1027) 4509 760.1 1.5e-218
XP_016865505 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- ( 917) 4220 712.2 3.7e-204
XP_011508177 (OMIM: 607292,610282,610283) PREDICTE ( 662) 910 163.2 5e-39
XP_011508178 (OMIM: 607292,610282,610283) PREDICTE ( 662) 910 163.2 5e-39
XP_011508180 (OMIM: 607292,610282,610283) PREDICTE ( 662) 910 163.2 5e-39
XP_011508176 (OMIM: 607292,610282,610283) PREDICTE ( 662) 910 163.2 5e-39
XP_011508173 (OMIM: 607292,610282,610283) PREDICTE ( 723) 910 163.2 5.3e-39
XP_011508175 (OMIM: 607292,610282,610283) PREDICTE ( 761) 910 163.2 5.5e-39
XP_016857545 (OMIM: 607292,610282,610283) PREDICTE ( 761) 910 163.2 5.5e-39
XP_011508174 (OMIM: 607292,610282,610283) PREDICTE ( 761) 910 163.2 5.5e-39
NP_001180229 (OMIM: 607292,610282,610283) semaphor ( 761) 910 163.2 5.5e-39
NP_071762 (OMIM: 607292,610282,610283) semaphorin- ( 761) 910 163.2 5.5e-39
NP_001180230 (OMIM: 607292,610282,610283) semaphor ( 761) 910 163.2 5.5e-39
NP_079242 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 6 p ( 476) 881 158.2 1.1e-37
NP_705872 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 5 p ( 597) 881 158.3 1.3e-37
XP_011520383 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- ( 998) 881 158.5 1.8e-37
NP_705869 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 2 p ( 998) 881 158.5 1.8e-37
XP_016878110 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- ( 998) 881 158.5 1.8e-37
NP_001185928 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform (1011) 881 158.5 1.9e-37
NP_065909 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 1 p (1011) 881 158.5 1.9e-37
XP_011520382 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1011) 881 158.5 1.9e-37
XP_011520381 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1017) 881 158.5 1.9e-37
XP_016878109 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1017) 881 158.5 1.9e-37
NP_705870 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 3 p (1017) 881 158.5 1.9e-37
XP_011520380 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1030) 881 158.6 1.9e-37
XP_016878108 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1030) 881 158.6 1.9e-37
XP_005254746 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1054) 881 158.6 1.9e-37
XP_011520379 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1054) 881 158.6 1.9e-37
XP_016878107 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1067) 881 158.6 1.9e-37
XP_011520378 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1067) 881 158.6 1.9e-37
NP_705871 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 4 p (1073) 881 158.6 1.9e-37
XP_005254744 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1073) 881 158.6 1.9e-37
XP_016878106 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1086) 881 158.6 2e-37
XP_005254742 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1086) 881 158.6 2e-37
XP_005254743 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1086) 881 158.6 2e-37
XP_011520377 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1086) 881 158.6 2e-37
XP_011525943 (OMIM: 608873) PREDICTED: semaphorin- ( 578) 851 153.3 4e-36
>>NP_001243275 (OMIM: 609298) semaphorin-5B isoform 1 [H (1151 aa)
initn: 8212 init1: 8212 opt: 8212 Z-score: 7362.5 bits: 1374.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 8212; 99.7% identity (99.7% similar) in 1151 aa overlap (1-1151:1-1151)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MPCGFSPSPVAHHLVPGPPDTPAQQLRCGWTVGGWLLSLVRGLLPCLPPGARTAEGPIMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MPCGFSPSPVAHHLVPGPPDTPAQQLRCGWTVGGWLLSLVRGLLPCLPPGARTAEGPIMV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LAGPLAVSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVSSEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LAGPLAVSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVSSEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD PGARDFSQLALDPSGNQLIVGARNYLFRLSLANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGARDFSQLALDPSGNQLIVGARNYLFRLSLANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD ECQNYVRVLIVAGRKVFMCGTNAFSPMCTSRQVGNLSRTTEKINGVARCPYDPRHNSTAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
NP_001 ECQNYVRVLIVAGRKVFMCGTNAFSPMCTSRQVGNLSRTIEKINGVARCPYDPRHNSTAV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD ISSQGELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGSGPPLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ISSQGELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGSGPPLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LRENAVEHDCGRTVYSRVARVCKNDVGGRFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LRENAVEHDCGRTVYSRVARVCKNDVGGRFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SAFHLPEQDLIYGVFTTNVNSIAASAVCAFNLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAFHLPEQDLIYGVFTTNVNSIAASAVCAFNLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PNFQCGTLPETGPNENLTERSLQDAQRLFLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PNFQCGTLPETGPNENLTERSLQDAQRLFLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQ
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pF1KSD AKDTLYHVLYIGTESGTILKALSTASRSLHGCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AKDTLYHVLYIGTESGTILKALSTASRSLHGCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARAL
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pF1KSD FVGLRDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGARDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FVGLRDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGARDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITA
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610 620 630 640 650 660
pF1KSD CPVRNVTRDGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CPVRNVTRDGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIAN
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670 680 690 700 710 720
pF1KSD CSRNGAWTPWSSWALCSTSCGIGFQVRQRSCSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CSRNGAWTPWSSWALCSTSCGIGFQVRQRSCSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCP
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730 740 750 760 770 780
pF1KSD VPIFWASWGSWSKCSSNCGGGMQSRRRACENGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VPIFWASWGSWSKCSSNCGGGMQSRRRACENGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWT
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pF1KSD PWLPVNVTQGGARQEQRFRFTCRAPLADPHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVED
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PWLPVNVTQGGARQEQRFRFTCRAPLADPHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEV
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pF1KSD LLRSGSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRDCELGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLRSGSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRDCELGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQ
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pF1KSD DCNPQACPVRGAWSCWTSWSPCSASCGGGHYQRTRSCTSPAPSPGEDICLGLHTEEALCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DCNPQACPVRGAWSCWTSWSPCSASCGGGHYQRTRSCTSPAPSPGEDICLGLHTEEALCA
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pF1KSD TQACPEGWSPWSEWSKCTDDGAQSRSRHCEELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSEIPVILPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TQACPEGWSPWSEWSKCTDDGAQSRSRHCEELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSEIPVILPA
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pF1KSD SSMEEATGCAGFNLIHLVATGISCFLGSGLLTLAVYLSCQHCQRQSQESTLVHPATPNHL
::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSMEEATDCAGFNLIHLVATGISCFLGSGLLTLAVYLSCQHCQRQSQESTLVHPATPNHL
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pF1KSD HYKGGGTPKNEKYTPMEFKTLNKNNLIPDDRANFYPLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HYKGGGTPKNEKYTPMEFKTLNKNNLIPDDRANFYPLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPE
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150
pF1KSD ASPGQRCFPNS
:::::::::::
NP_001 ASPGQRCFPNS
1150
>>NP_001026872 (OMIM: 609298) semaphorin-5B isoform 1 [H (1151 aa)
initn: 8212 init1: 8212 opt: 8212 Z-score: 7362.5 bits: 1374.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 8212; 99.7% identity (99.7% similar) in 1151 aa overlap (1-1151:1-1151)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MPCGFSPSPVAHHLVPGPPDTPAQQLRCGWTVGGWLLSLVRGLLPCLPPGARTAEGPIMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MPCGFSPSPVAHHLVPGPPDTPAQQLRCGWTVGGWLLSLVRGLLPCLPPGARTAEGPIMV
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD LAGPLAVSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVSSEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LAGPLAVSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVSSEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTY
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pF1KSD PGARDFSQLALDPSGNQLIVGARNYLFRLSLANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGARDFSQLALDPSGNQLIVGARNYLFRLSLANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEE
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pF1KSD ECQNYVRVLIVAGRKVFMCGTNAFSPMCTSRQVGNLSRTTEKINGVARCPYDPRHNSTAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
NP_001 ECQNYVRVLIVAGRKVFMCGTNAFSPMCTSRQVGNLSRTIEKINGVARCPYDPRHNSTAV
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pF1KSD ISSQGELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGSGPPLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ISSQGELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGSGPPLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFF
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pF1KSD LRENAVEHDCGRTVYSRVARVCKNDVGGRFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LRENAVEHDCGRTVYSRVARVCKNDVGGRFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQ
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pF1KSD SAFHLPEQDLIYGVFTTNVNSIAASAVCAFNLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAFHLPEQDLIYGVFTTNVNSIAASAVCAFNLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPI
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pF1KSD PNFQCGTLPETGPNENLTERSLQDAQRLFLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PNFQCGTLPETGPNENLTERSLQDAQRLFLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQ
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pF1KSD AKDTLYHVLYIGTESGTILKALSTASRSLHGCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AKDTLYHVLYIGTESGTILKALSTASRSLHGCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARAL
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pF1KSD FVGLRDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGARDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FVGLRDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGARDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITA
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pF1KSD CPVRNVTRDGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CPVRNVTRDGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIAN
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CSRNGAWTPWSSWALCSTSCGIGFQVRQRSCSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCP
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pF1KSD VPIFWASWGSWSKCSSNCGGGMQSRRRACENGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VPIFWASWGSWSKCSSNCGGGMQSRRRACENGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWT
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pF1KSD PWLPVNVTQGGARQEQRFRFTCRAPLADPHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVED
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PWLPVNVTQGGARQEQRFRFTCRAPLADPHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEV
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pF1KSD LLRSGSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRDCELGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLRSGSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRDCELGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQ
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910 920 930 940 950 960
pF1KSD DCNPQACPVRGAWSCWTSWSPCSASCGGGHYQRTRSCTSPAPSPGEDICLGLHTEEALCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DCNPQACPVRGAWSCWTSWSPCSASCGGGHYQRTRSCTSPAPSPGEDICLGLHTEEALCA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD TQACPEGWSPWSEWSKCTDDGAQSRSRHCEELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSEIPVILPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TQACPEGWSPWSEWSKCTDDGAQSRSRHCEELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSEIPVILPA
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD SSMEEATGCAGFNLIHLVATGISCFLGSGLLTLAVYLSCQHCQRQSQESTLVHPATPNHL
::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSMEEATDCAGFNLIHLVATGISCFLGSGLLTLAVYLSCQHCQRQSQESTLVHPATPNHL
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD HYKGGGTPKNEKYTPMEFKTLNKNNLIPDDRANFYPLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HYKGGGTPKNEKYTPMEFKTLNKNNLIPDDRANFYPLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPE
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150
pF1KSD ASPGQRCFPNS
:::::::::::
NP_001 ASPGQRCFPNS
1150
>>NP_001243276 (OMIM: 609298) semaphorin-5B isoform 2 [H (1205 aa)
initn: 8212 init1: 8212 opt: 8212 Z-score: 7362.3 bits: 1374.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 8212; 99.7% identity (99.7% similar) in 1151 aa overlap (1-1151:55-1205)
10 20 30
pF1KSD MPCGFSPSPVAHHLVPGPPDTPAQQLRCGW
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FGRGHSTGTGKQKRRDRVSGSSWCLACVSWMPCGFSPSPVAHHLVPGPPDTPAQQLRCGW
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KSD TVGGWLLSLVRGLLPCLPPGARTAEGPIMVLAGPLAVSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVSSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TVGGWLLSLVRGLLPCLPPGARTAEGPIMVLAGPLAVSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVSSE
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100 110 120 130 140 150
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTYPGARDFSQLALDPSGNQLIVGARNYLFRLS
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160 170 180 190 200 210
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEEECQNYVRVLIVAGRKVFMCGTNAFSPMCTS
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220 230 240 250 260 270
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::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RQVGNLSRTIEKINGVARCPYDPRHNSTAVISSQGELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGSGP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFFLRENAVEHDCGRTVYSRVARVCKNDVGGRF
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340 350 360 370 380 390
pF1KSD LLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSAFHLPEQDLIYGVFTTNVNSIAASAVCAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSAFHLPEQDLIYGVFTTNVNSIAASAVCAF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPIPNFQCGTLPETGPNENLTERSLQDAQRLFL
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460 470 480 490 500 510
pF1KSD MSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQAKDTLYHVLYIGTESGTILKALSTASRSLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQAKDTLYHVLYIGTESGTILKALSTASRSLH
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520 530 540 550 560 570
pF1KSD GCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARALFVGLRDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGARD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARALFVGLRDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGARD
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pF1KSD PYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVRNVTRDGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVRNVTRDGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSG
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640 650 660 670 680 690
pF1KSD SCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIANCSRNGAWTPWSSWALCSTSCGIGFQVRQRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIANCSRNGAWTPWSSWALCSTSCGIGFQVRQRS
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pF1KSD CSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCPVPIFWASWGSWSKCSSNCGGGMQSRRRACE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCPVPIFWASWGSWSKCSSNCGGGMQSRRRACE
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pF1KSD NGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWTPWLPVNVTQGGARQEQRFRFTCRAPLADPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWTPWLPVNVTQGGARQEQRFRFTCRAPLADPH
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pF1KSD GLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEDLLRSGSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRDCE
::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEVLLRSGSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRDCE
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pF1KSD LGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQDCNPQACPVRGAWSCWTSWSPCSASCGGGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQDCNPQACPVRGAWSCWTSWSPCSASCGGGH
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pF1KSD YQRTRSCTSPAPSPGEDICLGLHTEEALCATQACPEGWSPWSEWSKCTDDGAQSRSRHCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YQRTRSCTSPAPSPGEDICLGLHTEEALCATQACPEGWSPWSEWSKCTDDGAQSRSRHCE
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pF1KSD ELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSEIPVILPASSMEEATGCAGFNLIHLVATGISCFLGSGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
NP_001 ELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSEIPVILPASSMEEATDCAGFNLIHLVATGISCFLGSGL
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pF1KSD LTLAVYLSCQHCQRQSQESTLVHPATPNHLHYKGGGTPKNEKYTPMEFKTLNKNNLIPDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LTLAVYLSCQHCQRQSQESTLVHPATPNHLHYKGGGTPKNEKYTPMEFKTLNKNNLIPDD
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pF1KSD RANFYPLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPEASPGQRCFPNS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RANFYPLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPEASPGQRCFPNS
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>>XP_016862127 (OMIM: 609298) PREDICTED: semaphorin-5B i (1117 aa)
initn: 6993 init1: 6993 opt: 6993 Z-score: 6270.3 bits: 1172.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7712; 97.6% identity (97.6% similar) in 1117 aa overlap (59-1151:1-1117)
30 40 50 60 70 80
pF1KSD GWTVGGWLLSLVRGLLPCLPPGARTAEGPIMVLAGPLAVSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVS
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MVLAGPLAVSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVS
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pF1KSD SEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTYPGARDFSQLALDPSGNQLIVGARNYLFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTYPGARDFSQLALDPSGNQLIVGARNYLFR
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pF1KSD LSLANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTE------------------------EECQN
::::::::::::::::::::::::::::::: :::::
XP_016 LSLANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEWCEREISSIAPGELCCLLLSFLPQEECQN
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pF1KSD YVRVLIVAGRKVFMCGTNAFSPMCTSRQVGNLSRTTEKINGVARCPYDPRHNSTAVISSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::
XP_016 YVRVLIVAGRKVFMCGTNAFSPMCTSRQVGNLSRTIEKINGVARCPYDPRHNSTAVISSQ
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pF1KSD GELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGSGPPLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFFLREN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGSGPPLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFFLREN
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pF1KSD AVEHDCGRTVYSRVARVCKNDVGGRFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSAFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AVEHDCGRTVYSRVARVCKNDVGGRFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSAFH
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pF1KSD LPEQDLIYGVFTTNVNSIAASAVCAFNLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPIPNFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LPEQDLIYGVFTTNVNSIAASAVCAFNLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPIPNFQ
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pF1KSD CGTLPETGPNENLTERSLQDAQRLFLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQAKDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CGTLPETGPNENLTERSLQDAQRLFLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQAKDT
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pF1KSD LYHVLYIGTESGTILKALSTASRSLHGCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARALFVGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LYHVLYIGTESGTILKALSTASRSLHGCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARALFVGL
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pF1KSD RDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGARDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGARDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVR
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pF1KSD NVTRDGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIANCSRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NVTRDGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIANCSRN
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pF1KSD GAWTPWSSWALCSTSCGIGFQVRQRSCSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCPVPIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GAWTPWSSWALCSTSCGIGFQVRQRSCSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCPVPIF
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pF1KSD WASWGSWSKCSSNCGGGMQSRRRACENGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWTPWLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 WASWGSWSKCSSNCGGGMQSRRRACENGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWTPWLP
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pF1KSD VNVTQGGARQEQRFRFTCRAPLADPHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEDLLRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
XP_016 VNVTQGGARQEQRFRFTCRAPLADPHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEVLLRS
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pF1KSD GSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRDCELGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQDCNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRDCELGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQDCNP
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pF1KSD QACPVRGAWSCWTSWSPCSASCGGGHYQRTRSCTSPAPSPGEDICLGLHTEEALCATQAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QACPVRGAWSCWTSWSPCSASCGGGHYQRTRSCTSPAPSPGEDICLGLHTEEALCATQAC
880 890 900 910 920 930
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pF1KSD PEGWSPWSEWSKCTDDGAQSRSRHCEELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSEIPVILPASSME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PEGWSPWSEWSKCTDDGAQSRSRHCEELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSEIPVILPASSME
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pF1KSD EATGCAGFNLIHLVATGISCFLGSGLLTLAVYLSCQHCQRQSQESTLVHPATPNHLHYKG
::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EATDCAGFNLIHLVATGISCFLGSGLLTLAVYLSCQHCQRQSQESTLVHPATPNHLHYKG
1000 1010 1020 1030 1040 1050
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pF1KSD GGTPKNEKYTPMEFKTLNKNNLIPDDRANFYPLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPEASPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GGTPKNEKYTPMEFKTLNKNNLIPDDRANFYPLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPEASPG
1060 1070 1080 1090 1100 1110
1150
pF1KSD QRCFPNS
:::::::
XP_016 QRCFPNS
>>NP_001243277 (OMIM: 609298) semaphorin-5B isoform 3 pr (1057 aa)
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30 40 50 60 70 80
pF1KSD GWTVGGWLLSLVRGLLPCLPPGARTAEGPIMVLAGPLAVSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVS
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MVLAGPLAVSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVS
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pF1KSD SEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTYPGARDFSQLALDPSGNQLIVGARNYLFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTYPGARDFSQLALDPSGNQLIVGARNYLFR
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pF1KSD LSLANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEEECQNYVRVLIVAGRKVFMCGTNAFSPMC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LSLANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEEECQNYVRVLIVAGRKVFMCGTNAFSPMC
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pF1KSD TSRQVGNLSRTTEKINGVARCPYDPRHNSTAVISSQGELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGS
::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TSRQVGNLSRTIEKINGVARCPYDPRHNSTAVISSQGELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGS
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pF1KSD GPPLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFFLRENAVEHDCGRTVYSRVARVCKNDVGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GPPLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFFLRENAVEHDCGRTVYSRVARVCKNDVGG
220 230 240 250 260 270
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pF1KSD RFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSAFHLPEQDLIYGVFTTNVNSIAASAVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSAFHLPEQDLIYGVFTTNVNSIAASAVC
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pF1KSD AFNLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPIPNFQCGTLPETGPNENLTERSLQDAQRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AFNLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPIPNFQCGTLPETGPNENLTERSLQDAQRL
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pF1KSD FLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQAKDTLYHVLYIGTESGTILKALSTASRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQAKDTLYHVLYIGTESGTILKALSTASRS
400 410 420 430 440 450
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pF1KSD LHGCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARALFVGLRDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LHGCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARALFVGLRDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGA
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pF1KSD RDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVRNVTRDGGFGPWSPWQPCEHLDGDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVRNVTRDGGFGPWSPWQPCEHLDGDN
520 530 540 550 560 570
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pF1KSD SGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIANCSRNGAWTPWSSWALCSTSCGIGFQVRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIANCSRNGAWTPWSSWALCSTSCGIGFQVRQ
580 590 600 610 620 630
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pF1KSD RSCSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCPVPIFWASWGSWSKCSSNCGGGMQSRRRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RSCSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCPVPIFWASWGSWSKCSSNCGGGMQSRRRA
640 650 660 670 680 690
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pF1KSD CENGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWTPWLPVNVTQGGARQEQRFRFTCRAPLAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CENGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWTPWLPVNVTQGGARQEQRFRFTCRAPLAD
700 710 720 730 740 750
810 820 830 840 850 860
pF1KSD PHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEDLLRSGSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRD
::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEVLLRSGSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRD
760 770 780 790 800 810
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CELGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQDCNPQACP--------------------
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
NP_001 CEELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSEIPVILPASSMEEATDCAGFNLIHLVATGISCFLGS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GLLTLAVYLSCQHCQRQSQESTLVHPATPNHLHYKGGGTPKNEKYTPMEFKTLNKNNLIP
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DDRANFYPLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPEASPGQRCFPNS
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XP_016 SEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTYPGARDFSQLALDPSGNQLIVGARNYLFR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KSD PHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEDLLRSGSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRD
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::..::. ..:.::::::::::.: ..::.::.:: .: :...: ::::..::::::.:
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::.:.: ..: ::::::.:.::.:...::.. ..:.:.:::::.:.:::::.... :::
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::::..:: ::::::::::: :::::::::::::::::::..:::: :.:::.::::::
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::::.::.::.:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :::
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pF1KSD LPETGPNENLTERSLQDAQRLFLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQAKDTLYH
. . : :::::.:::::...:: :.::::: : .:. ::::..::.::....: :
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..:..:. ::: :. ... .: :::....: ::::.:::.:::: .::::::.
XP_006 IIYLATDYGTIKKVRVPLNQTSSSCLLEEIELFPERRREPIRSLQILHSQSVLFVGLREH
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pF1KSD VLRVPLERCAAYRSQGACLGARDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVRNVT
:...::.:: ::....:.::.::::::: ...:..::.: .:. : :.:.:::.::.:
XP_006 VVKIPLKRCQFYRTRSTCIGAQDPYCGWDVVMKKCTSLEESLSMTQWEQSISACPTRNLT
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pF1KSD RDGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIANCSRNGAW
:: :: :::: :: : ::. ::::::.:::::: :.::: .: ::...::::::::.:
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:::.::. :::.:::::::::::::::.::::::.:::..::::.:::. :: .::..
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:: : .:...::::.:.::: :::: .: ::.::...:: . :::....:::::: :::.
XP_006 WGPWERCTAQCGGGIQARRRICENGPDCAGCNVEYQSCNTNPCPELKKTTPWTPWTPVNI
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pF1KSD TQGGARQEQRFRFTCRAPLADPHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEDLLRSGST
...:.. :::::.::.: ::::. :. ::.: : : : .::...:.::.: :.::.:
XP_006 SDNGGHYEQRFRYTCKARLADPNLLEVGRQRIEMRYCSSDGTSGCSTDGLSGDFLRAGRY
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pF1KSD SPHTVSGGWAAWGPWSSCSRDCELGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQDCNPQAC
: :::.:.:.:: ::.::::: :.: :::.:.::::. ::.::.: . :::.:: :
XP_006 SAHTVNGAWSAWTSWSQCSRDCSRGIRNRKRVCNNPEPKYGGMPCLGPSLEYQECNILPC
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pF1KSD PVRGAWSCWTSWSPCSASCGGGHYQRTRSCTSPAPSPGEDICLGLHTEEALCATQACPEG
:: :.::::. :. :::.::::::.:::::..:::. : ::::::::::::: :: :::.
XP_006 PVDGVWSCWSPWTKCSATCGGGHYMRTRSCSNPAPAYGGDICLGLHTEEALCNTQPCPES
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XP_006 WSEWSDWSECEASGVQVRARQCILLFPMGSQCSGNTTESRPCVFDSNFIPEVSVARSSSV
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:: :. ::..:..:.:.: . . :::: :: ::. :.::...:..::..: :. .
XP_006 EEKR-CGEFNMFHMIAVGLSSSILGCLLTLLVYTYCQRYQQQSHDATVIHPVSPAPLNTS
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pF1KSD -GGGTPKNEKYTPME-FKTLNKNNLIPDDRANFY-PLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPE
. : .:: .: .:..:::::: ..: ... : ..:...:. . ::..
XP_006 ITNHINKLDKYDSVEAIKAFNKNNLILEERNKYFNPHLTGKTYSNAYF-TDLNNYDEY
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pF1KSD ASPGQRCFPNS
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pF1KSD SLLLPSLTLLVSHLSSSQDVSSEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTYPGARDFS
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XP_011 MKGTCVIAWLFSSLGLWRLAHPEAQGTTQCQRTEHPVISYKEIGPWLREFRAKNAVDFS
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pF1KSD QLALDPSGNQLIVGARNYLFRLSLANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEEECQNYVR
::..::. ..:.::::::::::.: ..::.::.:: .: :...: ::::..::::::.:
XP_011 QLTFDPGQKELVVGARNYLFRLQLEDLSLIQAVEWECDEATKKACYSKGKSKEECQNYIR
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pF1KSD VLIVAGRKVFMCGTNAFSPMCTSRQVGNLSRTTEKINGVARCPYDPRHNSTAVISSQGEL
::.:.: ..: ::::::.:.::.:...::.. ..:.:.:::::.:.:::::.... :::
XP_011 VLLVGGDRLFTCGTNAFTPVCTNRSLSNLTEIHDQISGMARCPYSPQHNSTALLTAGGEL
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pF1KSD YAATVIDFSGRDPAIYRSLGSGPPLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFFLRENAVE
::::..:: ::::::::::: :::::::::::::::::::..:::: :.:::.::::::
XP_011 YAATAMDFPGRDPAIYRSLGILPPLRTAQYNSKWLNEPNFVSSYDIGNFTYFFFRENAVE
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::::.::.::.:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :::
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pF1KSD QDLIYGVFTTNVNSIAASAVCAFNLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPIPNFQCGT
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pF1KSD LPETGPNENLTERSLQDAQRLFLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQAKDTLYH
. . : :::::.:::::...:: :.::::: : .:. ::::..::.::....: :
XP_011 V-DQGLYVNLTERNLQDAQKFILMHEVVQPVTTVPSFMEDNSRFSHVAVDVVQGREALVH
360 370 380 390 400 410
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pF1KSD VLYIGTESGTILKALSTASRSLHGCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARALFVGLRDG
..:..:. ::: :. ... .: :::....: ::::.:::.:::: .::::::.
XP_011 IIYLATDYGTIKKVRVPLNQTSSSCLLEEIELFPERRREPIRSLQILHSQSVLFVGLREH
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pF1KSD VLRVPLERCAAYRSQGACLGARDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVRNVT
:...::.:: ::....:.::.::::::: ...:..::.: .:. : :.:.:::.::.:
XP_011 VVKIPLKRCQFYRTRSTCIGAQDPYCGWDVVMKKCTSLEESLSMTQWEQSISACPTRNLT
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pF1KSD RDGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIANCSRNGAW
:: :: :::: :: : ::. ::::::.:::::: :.::: .: ::...::::::::.:
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pF1KSD TPWSSWALCSTSCGIGFQVRQRSCSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCPVPIFWAS
:::.::. :::.:::::::::::::::.::::::.:::..::::.:::. :: .::..
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:: : .:...::::.:.::: :::: .: ::.::...:: . :::....:::::: :::.
XP_011 WGPWERCTAQCGGGIQARRRICENGPDCAGCNVEYQSCNTNPCPELKKTTPWTPWTPVNI
660 670 680 690 700 710
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pF1KSD TQGGARQEQRFRFTCRAPLADPHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEDLLRSGST
...:.. :::::.::.: ::::. :. ::.: : : : .::...:.::.: :.::.:
XP_011 SDNGGHYEQRFRYTCKARLADPNLLEVGRQRIEMRYCSSDGTSGCSTDGLSGDFLRAGRY
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pF1KSD SPHTVSGGWAAWGPWSSCSRDCELGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQDCNPQAC
: :::.:.:.:: ::.::::: :.: :::.:.::::. ::.::.: . :::.:: :
XP_011 SAHTVNGAWSAWTSWSQCSRDCSRGIRNRKRVCNNPEPKYGGMPCLGPSLEYQECNILPC
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:: :.::::. :. :::.::::::.:::::..:::. : ::::::::::::: :: :::.
XP_011 PVDGVWSCWSPWTKCSATCGGGHYMRTRSCSNPAPAYGGDICLGLHTEEALCNTQPCPES
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pF1KSD WSPWSEWSKCTDDGAQSRSRHCEELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSE--IPVILPA--SSM
:: ::.::.: .:.: :.:.: :.: .: :.::...:::: .. :: . : ::.
XP_011 WSEWSDWSECEASGVQVRARQCILLFPMGSQCSGNTTESRPCVFDSNFIPEVSVARSSSV
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NP_003 ITNHINKLDKYDSVEAIKAFNKNNLILEERNKYFNPHLTGKTYSNAYF-TDLNNYDEY
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1150
pF1KSD ASPGQRCFPNS
>>XP_006714569 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin-5A i (1074 aa)
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pF1KSD WSPWSEWSKCTDDGAQSRSRHCEELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSE--IPVILPA--SSM
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pF1KSD ASPGQRCFPNS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]