Result of FASTA (omim) for
pFN21ASDA1341
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1341, 600 aa
1>>>pF1KSDA1341 600 - 600 aa - 600 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5658+/-0.000462; mu= 18.2798+/- 0.029
mean_var=308.4265+/-66.470, 0's: 0 Z-trim(119.3): 192 B-trim: 240 in 1/51
Lambda= 0.073030
statistics sampled from 33024 (33249) to 33024 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.721), E-opt: 0.2 (0.39), width: 16
Scan time: 9.840
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005959 (OMIM: 160994) heterogeneous nuclear rib ( 730) 1512 173.7 1.9e-42
XP_005272536 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 712) 1491 171.5 8.5e-42
XP_016882312 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 697) 1471 169.4 3.6e-41
XP_005272535 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 715) 1423 164.4 1.2e-39
XP_005272538 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 610) 1235 144.4 1e-33
XP_016882315 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 592) 1214 142.2 4.7e-33
XP_016882316 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 577) 1194 140.1 2e-32
NP_001284347 (OMIM: 160994) heterogeneous nuclear ( 595) 1146 135.0 6.8e-31
XP_005272540 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 571) 938 113.1 2.6e-24
NP_112480 (OMIM: 160994) heterogeneous nuclear rib ( 691) 938 113.2 2.9e-24
XP_016882318 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 553) 917 110.9 1.2e-23
XP_016882313 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 673) 917 111.0 1.3e-23
XP_016882319 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 538) 897 108.7 5.1e-23
XP_016882314 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 658) 897 108.9 5.7e-23
XP_016882317 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 556) 849 103.7 1.7e-21
XP_005272537 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 676) 849 103.8 1.9e-21
XP_016882321 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 453) 581 75.3 5e-13
XP_016882320 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 468) 581 75.3 5.1e-13
NP_001317177 (OMIM: 605372) heterogeneous nuclear ( 356) 278 43.2 0.0018
NP_001317176 (OMIM: 605372) heterogeneous nuclear ( 356) 278 43.2 0.0018
NP_001317178 (OMIM: 605372) heterogeneous nuclear ( 378) 278 43.2 0.0019
NP_919223 (OMIM: 605372) heterogeneous nuclear rib ( 378) 278 43.2 0.0019
XP_011518157 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487) 275 43.1 0.0026
XP_016872610 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487) 275 43.1 0.0026
XP_016872605 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487) 275 43.1 0.0026
XP_016872607 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487) 275 43.1 0.0026
XP_011518150 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487) 275 43.1 0.0026
XP_016872612 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487) 275 43.1 0.0026
XP_016872609 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487) 275 43.1 0.0026
XP_011518158 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487) 275 43.1 0.0026
XP_011518156 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487) 275 43.1 0.0026
XP_011518160 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487) 275 43.1 0.0026
XP_016872611 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487) 275 43.1 0.0026
XP_016872604 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487) 275 43.1 0.0026
XP_011518159 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487) 275 43.1 0.0026
XP_016872608 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487) 275 43.1 0.0026
XP_016872606 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487) 275 43.1 0.0026
XP_016872590 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 514) 275 43.2 0.0027
XP_011518154 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 514) 275 43.2 0.0027
NP_001317201 (OMIM: 601074) CUGBP Elav-like family ( 514) 275 43.2 0.0027
XP_016872592 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 514) 275 43.2 0.0027
XP_016872593 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 514) 275 43.2 0.0027
NP_001313267 (OMIM: 602538) CUGBP Elav-like family ( 397) 273 42.8 0.0027
XP_016871051 (OMIM: 602538) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 397) 273 42.8 0.0027
XP_016871052 (OMIM: 602538) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 397) 273 42.8 0.0027
XP_016872623 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 483) 274 43.0 0.0028
XP_011518161 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 483) 274 43.0 0.0028
XP_016872622 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 483) 274 43.0 0.0028
NP_941989 (OMIM: 601074) CUGBP Elav-like family me ( 483) 274 43.0 0.0028
XP_016872597 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 510) 274 43.0 0.0029
>>NP_005959 (OMIM: 160994) heterogeneous nuclear ribonuc (730 aa)
initn: 1944 init1: 1074 opt: 1512 Z-score: 883.2 bits: 173.7 E(85289): 1.9e-42
Smith-Waterman score: 1550; 53.4% identity (75.4% similar) in 491 aa overlap (37-520:19-481)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD AEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSN--GVKMENDESAKEEK
: :. : :... : : :... :..::
NP_005 MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLMREKV
:::. .. .:::.::.. .: :.::.:::.:.:::..:::..:::
NP_005 R--KEKNI-KRGGNRFEPYANP----------TKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKV
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGENARR
::::::::. :::::::::.::::: :: .::: :..::..::::::..:::::::.:::
NP_005 GEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFKMEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARR
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KSD ALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANLDFKV
:.:.. .. : . : :....::::::::::: :.: :::::::::.::::::.::
NP_005 AMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANLDYKV
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFDRPMH
::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
NP_005 GWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMH
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KSD VKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLGPGGM
::::....:. .. . . :::.::::::::::::::::.:..:: : :::.::.::
NP_005 VKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAGM
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KSD GMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGG---VGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
::.: ::: .:..:: : ::: .:..:: ::. .::..:. .:. ::
NP_005 GMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALK--------RG
340 350 360 370 380
430 440 450 460 470
pF1KSD DIGINRGFGDSFGRL-GSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMGLDR
.: ..: : . : . : .: :.:...: .:.:.. :: ..: ::. .::
NP_005 EIIAKQGGGGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDR
390 400 410 420 430 440
480 490 500 510 520 530
pF1KSD MSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKL
:.: .::: :: . ..: . . ::. : :::::
NP_005 MGS-VERMGSGIERMGPLGLDHMASSIER-MGQTM-ERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAP
450 460 470 480 490 500
540 550 560 570 580 590
pF1KSD KEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRN
NP_005 IDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGA
510 520 530 540 550 560
>--
initn: 592 init1: 454 opt: 578 Z-score: 351.4 bits: 75.3 E(85289): 7.8e-13
Smith-Waterman score: 600; 41.1% identity (66.4% similar) in 280 aa overlap (330-600:482-730)
300 310 320 330 340 350
pF1KSD DRPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNL
:. .: :.: : . ..: .: .. .
NP_005 SGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERM
460 470 480 490 500 510
360 370 380 390 400 410
pF1KSD GPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGR
: : : ::. ..:.: . .: : : .:. ::: .. :....:: .:
NP_005 GSGVERM-GPA---IERMGLS-----MERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER-MGA
520 530 540 550 560
420 430 440 450 460 470
pF1KSD GDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMG
... :..: ..:. :.: .: :. . :::. :: ..: :
NP_005 NNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------ALGAG
570 580 590 600
480 490 500 510 520 530
pF1KSD LDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIFVRNL
..::. . :: : :: ..:.:.:.:: ..: . :: : .. :. :::::::
NP_005 IERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNL
610 620 630 640 650 660
540 550 560 570 580 590
pF1KSD PFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGR
:::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:.:::
NP_005 PFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGR
670 680 690 700 710 720
600
pF1KSD EIDVRLDRNA
:::::.::::
NP_005 EIDVRIDRNA
730
>>XP_005272536 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneous n (712 aa)
initn: 1923 init1: 1074 opt: 1491 Z-score: 871.4 bits: 171.5 E(85289): 8.5e-42
Smith-Waterman score: 1562; 53.9% identity (75.0% similar) in 503 aa overlap (37-519:19-501)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD AEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSN--GVKMENDESAKEEK
: :. : :... : : :... :..::
XP_005 MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLMREKV
:::. .. .:::.::.. .: :.::.:::.:.:::..:::..:::
XP_005 R--KEKNI-KRGGNRFEPYANP----------TKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKV
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGENARR
::::::::. :::::::::.::::: :: .::: :..::..::::::..:::::::.:::
XP_005 GEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFKMEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARR
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KSD ALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANLDFKV
:.:.. .. : . : :....::::::::::: :.: :::::::::.::::::.::
XP_005 AMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANLDYKV
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFDRPMH
::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
XP_005 GWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMH
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KSD VKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLGPGGM
::::....:. .. . . :::.::::::::::::::::.:..:: : :::.::.::
XP_005 VKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAGM
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KSD GMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTS--SMER---DFG
::.: ::: .:..:: : ::: .:..:: ::. ::.. :. : ..:: .
XP_005 GMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINGGGGGSVPGIERMGPGID
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460
pF1KSD R-GDIGINR---GFGDSFGRLGSAM--IGGFAGRIGSSNMGPVGSGIS--G--GMGSMNS
: : :..: :.: .. :.:: . .: :.:: . .:::: : :. : :
XP_005 RLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVER--MGSGIERMGPLGLDHMAS
400 410 420 430 440
470 480 490 500 510 520
pF1KSD VTGGMGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILER-SIDMDR-GFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIF
::. ..:..:. .::: :.: ::: . .:: : ::::. ::.:
XP_005 SIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSGV-ERMGPAIERMG
450 460 470 480 490 500
530 540 550 560 570 580
pF1KSD VRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIK
XP_005 LSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMGA
510 520 530 540 550 560
>--
initn: 519 init1: 454 opt: 562 Z-score: 342.4 bits: 73.6 E(85289): 2.5e-12
Smith-Waterman score: 562; 45.1% identity (70.1% similar) in 224 aa overlap (386-600:511-712)
360 370 380 390 400 410
pF1KSD MGNLGPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMER
.: : : .:. ::: .. :....::
XP_005 APIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER
490 500 510 520 530
420 430 440 450 460 470
pF1KSD DFGRGDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGG
.: ... :..: ..:. :.: .: :. . :::. :: .
XP_005 -MGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------A
540 550 560 570 580
480 490 500 510 520
pF1KSD MGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIF
.: :..::. . :: : :: ..:.:.:.:: ..: . :: : .. :. :::
XP_005 LGAGIERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIF
590 600 610 620 630
530 540 550 560 570 580
pF1KSD VRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIK
:::::::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:
XP_005 VRNLPFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMK
640 650 660 670 680 690
590 600
pF1KSD ISGREIDVRLDRNA
.::::::::.::::
XP_005 LSGREIDVRIDRNA
700 710
>>XP_016882312 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneous n (697 aa)
initn: 1840 init1: 1062 opt: 1471 Z-score: 860.1 bits: 169.4 E(85289): 3.6e-41
Smith-Waterman score: 1508; 52.9% identity (74.0% similar) in 493 aa overlap (37-519:19-486)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD AEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSN--GVKMENDESAKEEK
: :. : :... : : :... :..::
XP_016 MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLMREKV
:::. .. .:::.::.. .: :.::.:::.:.:::..:::..:::
XP_016 R--KEKNI-KRGGNRFEPYANP----------TKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKV
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGENARR
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XP_016 GEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFKMEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARR
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KSD ALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANLDFKV
:.:.. .. : . : :....::::::::::: :.: :::::::::.::::::.::
XP_016 AMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANLDYKV
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFDRPMH
::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
XP_016 GWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMH
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KSD VKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLGPGGM
::::....:. .. . . :::.::::::::::::::::.:..:: : :::.::.:
XP_016 VKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAG-
280 290 300 310 320 330
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pF1KSD GMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGRGDIGI
:.:: :::. .: ::. :. ..: :: : . . : : ...: : : .
XP_016 -MEGPFGGGMENMGR---FGSGMNMGRING-GGGGSVPGIER--MGPGIDRLGGAGMERM
340 350 360 370 380
430 440 450 460 470
pF1KSD NRGFGDSFGRLGSAM--IGGFAGRIGSSNMGPVGSGIS--G--GMGSMNSVTGGMGMGLD
. :.: .. :.:: . .: :.:: . .:::: : :. : : ::. ..
XP_016 GAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVER--MGSGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTME
390 400 410 420 430 440
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pF1KSD RMSSSFDRMGPGIGAILER-SIDMDR-GFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTW
:..:. .::: :.: ::: . .:: : ::::. ::.:
XP_016 RIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSGV-ERMGPAIERMGLSMERMVPAG
450 460 470 480 490 500
540 550 560 570 580 590
pF1KSD QKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRL
XP_016 MGAGLERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMGANSLERMGPAM
510 520 530 540 550 560
>--
initn: 519 init1: 454 opt: 562 Z-score: 342.5 bits: 73.6 E(85289): 2.5e-12
Smith-Waterman score: 562; 45.1% identity (70.1% similar) in 224 aa overlap (386-600:496-697)
360 370 380 390 400 410
pF1KSD MGNLGPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMER
.: : : .:. ::: .. :....::
XP_016 APIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER
470 480 490 500 510 520
420 430 440 450 460 470
pF1KSD DFGRGDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGG
.: ... :..: ..:. :.: .: :. . :::. :: .
XP_016 -MGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------A
530 540 550 560
480 490 500 510 520
pF1KSD MGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIF
.: :..::. . :: : :: ..:.:.:.:: ..: . :: : .. :. :::
XP_016 LGAGIERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIF
570 580 590 600 610 620
530 540 550 560 570 580
pF1KSD VRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIK
:::::::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:
XP_016 VRNLPFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMK
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590 600
pF1KSD ISGREIDVRLDRNA
.::::::::.::::
XP_016 LSGREIDVRIDRNA
690
>>XP_005272535 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneous n (715 aa)
initn: 1852 init1: 1074 opt: 1423 Z-score: 832.6 bits: 164.4 E(85289): 1.2e-39
Smith-Waterman score: 1509; 52.0% identity (73.2% similar) in 508 aa overlap (37-519:19-504)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD AEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSN--GVKMENDESAKEEK
: :. : :... : : :... :..::
XP_005 MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEK
10 20 30 40
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pF1KSD SDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLMREKV
:::. .. .:::.::.. .: :.::.:::.:.:::..:::..:::
XP_005 R--KEKNI-KRGGNRFEPYANP----------TKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKV
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGENARR
::::::::. :::::::::.::::: :: .::: :..::..::::::..:::::::.:::
XP_005 GEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFKMEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARR
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pF1KSD ALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANLDFKV
:.:.. .. : . : :....::::::::::: :.: :::::::::.::::::.::
XP_005 AMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANLDYKV
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::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
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pF1KSD VKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLGPGGM
::::....:. .. . . :::.::::::::::::::::.:..:: : :::.::.:
XP_005 VKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAG-
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:.:: ::: :.:.:.:...: . : . ..:: :: : . . : :
XP_005 -MEGP-FGGGMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALKRGEIIAKQGGGGGGGSVPGIER--M
340 350 360 370 380
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pF1KSD TSSMERDFGRGDIGINRGFGDSFGRLGSAM--IGGFAGRIGSSNMGPVGSGIS--G--GM
...: : : .. :.: .. :.:: . .: :.:: . .:::: : :.
XP_005 GPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVER--MGSGIERMGPLGL
390 400 410 420 430 440
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pF1KSD GSMNSVTGGMGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILER-SIDMDR-GFLSGPMGSGMRERIGSK
: : ::. ..:..:. .::: :.: ::: . .:: : ::::. ::.:
XP_005 DHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSGV-ERMGPA
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530 540 550 560 570 580
pF1KSD GNQIFVRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRI
XP_005 IERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGANSLERMGL
510 520 530 540 550 560
>--
initn: 519 init1: 454 opt: 562 Z-score: 342.4 bits: 73.6 E(85289): 2.5e-12
Smith-Waterman score: 562; 45.1% identity (70.1% similar) in 224 aa overlap (386-600:514-715)
360 370 380 390 400 410
pF1KSD MGNLGPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMER
.: : : .:. ::: .. :....::
XP_005 APIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER
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pF1KSD DFGRGDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGG
.: ... :..: ..:. :.: .: :. . :::. :: .
XP_005 -MGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------A
550 560 570 580
480 490 500 510 520
pF1KSD MGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIF
.: :..::. . :: : :: ..:.:.:.:: ..: . :: : .. :. :::
XP_005 LGAGIERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIF
590 600 610 620 630 640
530 540 550 560 570 580
pF1KSD VRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIK
:::::::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:
XP_005 VRNLPFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMK
650 660 670 680 690 700
590 600
pF1KSD ISGREIDVRLDRNA
.::::::::.::::
XP_005 LSGREIDVRIDRNA
710
>>XP_005272538 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneous n (610 aa)
initn: 1697 init1: 802 opt: 1235 Z-score: 726.2 bits: 144.4 E(85289): 1e-33
Smith-Waterman score: 1240; 54.7% identity (76.3% similar) in 375 aa overlap (151-520:2-361)
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pF1KSD REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
:: .::: :..::..::::::..:::::::
XP_005 MEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGE
10 20 30
190 200 210 220 230 240
pF1KSD NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
.::::.:.. .. : . : :....::::::::::: :.: :::::::::.:::::
XP_005 HARRAMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANL
40 50 60 70 80 90
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pF1KSD DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
:.::::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::
XP_005 DYKVGWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFD
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pF1KSD RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
::::::::....:. .. . . :::.::::::::::::::::.:..:: : :::.:
XP_005 RPMHVKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIG
160 170 180 190 200 210
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pF1KSD PGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGG---VGRMGELYRGAMTSSMERD
:.::::.: ::: .:..:: : ::: .:..:: ::. .::..:. .:.
XP_005 PAGMGMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALK------
220 230 240 250 260
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pF1KSD FGRGDIGINRGFGDSFGRL-GSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGM
::.: ..: : . : . : .: :.:...: .:.:.. :: ..: ::.
XP_005 --RGEIIAKQGGGGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGL
270 280 290 300 310
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pF1KSD GLDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLT
.:::.: .::: :: . ..: . . ::. : :::::
XP_005 VMDRMGS-VERMGSGIERMGPLGLDHMASSIER-MGQTM-ERIGSGVERMGAGMGFGLER
320 330 340 350 360 370
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pF1KSD WQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVR
XP_005 MAAPIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLE
380 390 400 410 420 430
>--
initn: 592 init1: 454 opt: 578 Z-score: 352.1 bits: 75.2 E(85289): 7.2e-13
Smith-Waterman score: 600; 41.1% identity (66.4% similar) in 280 aa overlap (330-600:362-610)
300 310 320 330 340 350
pF1KSD DRPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNL
:. .: :.: : . ..: .: .. .
XP_005 SGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERM
340 350 360 370 380 390
360 370 380 390 400 410
pF1KSD GPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGR
: : : ::. ..:.: . .: : : .:. ::: .. :....:: .:
XP_005 GSGVERM-GPA---IERMGLS-----MERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER-MGA
400 410 420 430 440
420 430 440 450 460 470
pF1KSD GDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMG
... :..: ..:. :.: .: :. . :::. :: ..: :
XP_005 NNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------ALGAG
450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KSD LDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIFVRNL
..::. . :: : :: ..:.:.:.:: ..: . :: : .. :. :::::::
XP_005 IERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNL
490 500 510 520 530 540
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pF1KSD PFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGR
:::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:.:::
XP_005 PFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGR
550 560 570 580 590 600
600
pF1KSD EIDVRLDRNA
:::::.::::
XP_005 EIDVRIDRNA
610
>>XP_016882315 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneous n (592 aa)
initn: 1716 init1: 802 opt: 1214 Z-score: 714.3 bits: 142.2 E(85289): 4.7e-33
Smith-Waterman score: 1252; 55.3% identity (75.7% similar) in 387 aa overlap (151-519:2-381)
130 140 150 160 170 180
pF1KSD REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
:: .::: :..::..::::::..:::::::
XP_016 MEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGE
10 20 30
190 200 210 220 230 240
pF1KSD NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
.::::.:.. .. : . : :....::::::::::: :.: :::::::::.:::::
XP_016 HARRAMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANL
40 50 60 70 80 90
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pF1KSD DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
:.::::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::
XP_016 DYKVGWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFD
100 110 120 130 140 150
310 320 330 340 350 360
pF1KSD RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
::::::::....:. .. . . :::.::::::::::::::::.:..:: : :::.:
XP_016 RPMHVKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIG
160 170 180 190 200 210
370 380 390 400 410
pF1KSD PGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTS--SMER--
:.::::.: ::: .:..:: : ::: .:..:: ::. ::.. :. : ..::
XP_016 PAGMGMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINGGGGGSVPGIERMG
220 230 240 250 260
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pF1KSD -DFGR-GDIGINR---GFGDSFGRLGSAM--IGGFAGRIGSSNMGPVGSGIS--G--GMG
. : : :..: :.: .. :.:: . .: :.:: . .:::: : :.
XP_016 PGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVER--MGSGIERMGPLGLD
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pF1KSD SMNSVTGGMGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILER-SIDMDR-GFLSGPMGSGMRERIGSKG
: : ::. ..:..:. .::: :.: ::: . .:: : ::::. ::.:
XP_016 HMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSGV-ERMGPAI
330 340 350 360 370 380
530 540 550 560 570 580
pF1KSD NQIFVRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIM
XP_016 ERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGANSLERMGLE
390 400 410 420 430 440
>--
initn: 519 init1: 454 opt: 562 Z-score: 343.1 bits: 73.5 E(85289): 2.3e-12
Smith-Waterman score: 562; 45.1% identity (70.1% similar) in 224 aa overlap (386-600:391-592)
360 370 380 390 400 410
pF1KSD MGNLGPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMER
.: : : .:. ::: .. :....::
XP_016 APIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD DFGRGDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGG
.: ... :..: ..:. :.: .: :. . :::. :: .
XP_016 -MGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------A
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520
pF1KSD MGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIF
.: :..::. . :: : :: ..:.:.:.:: ..: . :: : .. :. :::
XP_016 LGAGIERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIF
470 480 490 500 510
530 540 550 560 570 580
pF1KSD VRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIK
:::::::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:
XP_016 VRNLPFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMK
520 530 540 550 560 570
590 600
pF1KSD ISGREIDVRLDRNA
.::::::::.::::
XP_016 LSGREIDVRIDRNA
580 590
>>XP_016882316 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneous n (577 aa)
initn: 1580 init1: 802 opt: 1194 Z-score: 703.0 bits: 140.1 E(85289): 2e-32
Smith-Waterman score: 1198; 54.1% identity (74.5% similar) in 377 aa overlap (151-519:2-366)
130 140 150 160 170 180
pF1KSD REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
:: .::: :..::..::::::..:::::::
XP_016 MEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGE
10 20 30
190 200 210 220 230 240
pF1KSD NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
.::::.:.. .. : . : :....::::::::::: :.: :::::::::.:::::
XP_016 HARRAMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANL
40 50 60 70 80 90
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
:.::::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::
XP_016 DYKVGWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFD
100 110 120 130 140 150
310 320 330 340 350 360
pF1KSD RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
::::::::....:. .. . . :::.::::::::::::::::.:..:: : :::.:
XP_016 RPMHVKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIG
160 170 180 190 200 210
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
:.:: .:: :::. .: ::. :. ..: :: : . . : : ...: : :
XP_016 PAGM--EGPFGGGMENMGR---FGSGMNMGRINGGGG-GSVPGIER--MGPGIDRLGGAG
220 230 240 250 260
430 440 450 460 470
pF1KSD DIGINRGFGDSFGRLGSAM--IGGFAGRIGSSNMGPVGSGIS--G--GMGSMNSVTGGMG
.. :.: .. :.:: . .: :.:: . .:::: : :. : : ::
XP_016 MERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVER--MGSGIERMGPLGLDHMASSIERMG
270 280 290 300 310 320
480 490 500 510 520 530
pF1KSD MGLDRMSSSFDRMGPGIGAILER-SIDMDR-GFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPF
. ..:..:. .::: :.: ::: . .:: : ::::. ::.:
XP_016 QTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSGV-ERMGPAIERMGLSMERM
330 340 350 360 370
540 550 560 570 580 590
pF1KSD DLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREI
XP_016 VPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMGANSLERM
380 390 400 410 420 430
>--
initn: 519 init1: 454 opt: 562 Z-score: 343.2 bits: 73.5 E(85289): 2.2e-12
Smith-Waterman score: 562; 45.1% identity (70.1% similar) in 224 aa overlap (386-600:376-577)
360 370 380 390 400 410
pF1KSD MGNLGPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMER
.: : : .:. ::: .. :....::
XP_016 APIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KSD DFGRGDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGG
.: ... :..: ..:. :.: .: :. . :::. :: .
XP_016 -MGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------A
410 420 430 440
480 490 500 510 520
pF1KSD MGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIF
.: :..::. . :: : :: ..:.:.:.:: ..: . :: : .. :. :::
XP_016 LGAGIERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIF
450 460 470 480 490 500
530 540 550 560 570 580
pF1KSD VRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIK
:::::::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:
XP_016 VRNLPFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMK
510 520 530 540 550 560
590 600
pF1KSD ISGREIDVRLDRNA
.::::::::.::::
XP_016 LSGREIDVRIDRNA
570
>>NP_001284347 (OMIM: 160994) heterogeneous nuclear ribo (595 aa)
initn: 1605 init1: 802 opt: 1146 Z-score: 675.6 bits: 135.0 E(85289): 6.8e-31
Smith-Waterman score: 1199; 52.8% identity (73.5% similar) in 392 aa overlap (151-519:2-384)
130 140 150 160 170 180
pF1KSD REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
:: .::: :..::..::::::..:::::::
NP_001 MEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGE
10 20 30
190 200 210 220 230 240
pF1KSD NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
.::::.:.. .. : . : :....::::::::::: :.: :::::::::.:::::
NP_001 HARRAMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANL
40 50 60 70 80 90
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
:.::::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::
NP_001 DYKVGWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFD
100 110 120 130 140 150
310 320 330 340 350 360
pF1KSD RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
::::::::....:. .. . . :::.::::::::::::::::.:..:: : :::.:
NP_001 RPMHVKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIG
160 170 180 190 200 210
370 380 390 400
pF1KSD PGGMGMDGPGFGG----MNRIGGGIGFGGL-----------EAMNSMGGFGGVGRMGELY
:.: :.:: ::: :.:.:.:...: . : . ..:: :: : . .
NP_001 PAG--MEGP-FGGGMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALKRGEIIAKQGGGGGGGSVPGIE
220 230 240 250 260
410 420 430 440 450 460
pF1KSD RGAMTSSMERDFGRGDIGINRGFGDSFGRLGSAM--IGGFAGRIGSSNMGPVGSGIS--G
: : ...: : : .. :.: .. :.:: . .: :.:: . .:::: :
NP_001 R--MGPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVER--MGSGIERMG
270 280 290 300 310 320
470 480 490 500 510
pF1KSD --GMGSMNSVTGGMGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILER-SIDMDR-GFLSGPMGSGMRER
:. : : ::. ..:..:. .::: :.: ::: . .:: : ::::. ::
NP_001 PLGLDHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSGV-ER
330 340 350 360 370 380
520 530 540 550 560 570
pF1KSD IGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEK
.:
NP_001 MGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGANSLE
390 400 410 420 430 440
>--
initn: 519 init1: 454 opt: 562 Z-score: 343.1 bits: 73.5 E(85289): 2.3e-12
Smith-Waterman score: 562; 45.1% identity (70.1% similar) in 224 aa overlap (386-600:394-595)
360 370 380 390 400 410
pF1KSD MGNLGPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMER
.: : : .:. ::: .. :....::
NP_001 APIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KSD DFGRGDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGG
.: ... :..: ..:. :.: .: :. . :::. :: .
NP_001 -MGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------A
430 440 450 460
480 490 500 510 520
pF1KSD MGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIF
.: :..::. . :: : :: ..:.:.:.:: ..: . :: : .. :. :::
NP_001 LGAGIERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIF
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KSD VRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIK
:::::::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:
NP_001 VRNLPFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMK
530 540 550 560 570 580
590 600
pF1KSD ISGREIDVRLDRNA
.::::::::.::::
NP_001 LSGREIDVRIDRNA
590
>>XP_005272540 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneous n (571 aa)
initn: 1372 init1: 502 opt: 938 Z-score: 557.3 bits: 113.1 E(85289): 2.6e-24
Smith-Waterman score: 1033; 49.9% identity (69.1% similar) in 375 aa overlap (151-520:2-322)
130 140 150 160 170 180
pF1KSD REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
:: .::: :..::..::::::..:::::::
XP_005 MEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGE
10 20 30
190 200 210 220 230 240
pF1KSD NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
.::::.:. :::::::.:::::
XP_005 HARRAMQK---------------------------------------AGRLGSTVFVANL
40 50
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
:.::::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::
XP_005 DYKVGWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFD
60 70 80 90 100 110
310 320 330 340 350 360
pF1KSD RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
::::::::....:. .. . . :::.::::::::::::::::.:..:: : :::.:
XP_005 RPMHVKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIG
120 130 140 150 160 170
370 380 390 400 410
pF1KSD PGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGG---VGRMGELYRGAMTSSMERD
:.::::.: ::: .:..:: : ::: .:..:: ::. .::..:. .:.
XP_005 PAGMGMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALK------
180 190 200 210 220
420 430 440 450 460 470
pF1KSD FGRGDIGINRGFGDSFGRL-GSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGM
::.: ..: : . : . : .: :.:...: .:.:.. :: ..: ::.
XP_005 --RGEIIAKQGGGGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGL
230 240 250 260 270 280
480 490 500 510 520 530
pF1KSD GLDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLT
.:::.: .::: :: . ..: . . ::. : :::::
XP_005 VMDRMGS-VERMGSGIERMGPLGLDHMASSIER-MGQTM-ERIGSGVERMGAGMGFGLER
290 300 310 320 330
540 550 560 570 580 590
pF1KSD WQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVR
XP_005 MAAPIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLE
340 350 360 370 380 390
>--
initn: 592 init1: 454 opt: 578 Z-score: 352.3 bits: 75.2 E(85289): 6.9e-13
Smith-Waterman score: 600; 41.1% identity (66.4% similar) in 280 aa overlap (330-600:323-571)
300 310 320 330 340 350
pF1KSD DRPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNL
:. .: :.: : . ..: .: .. .
XP_005 SGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERM
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD GPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGR
: : : ::. ..:.: . .: : : .:. ::: .. :....:: .:
XP_005 GSGVERM-GPA---IERMGLS-----MERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER-MGA
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KSD GDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMG
... :..: ..:. :.: .: :. . :::. :: ..: :
XP_005 NNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------ALGAG
410 420 430 440
480 490 500 510 520 530
pF1KSD LDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIFVRNL
..::. . :: : :: ..:.:.:.:: ..: . :: : .. :. :::::::
XP_005 IERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNL
450 460 470 480 490 500
540 550 560 570 580 590
pF1KSD PFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGR
:::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:.:::
XP_005 PFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGR
510 520 530 540 550 560
600
pF1KSD EIDVRLDRNA
:::::.::::
XP_005 EIDVRIDRNA
570
>>NP_112480 (OMIM: 160994) heterogeneous nuclear ribonuc (691 aa)
initn: 1307 init1: 502 opt: 938 Z-score: 556.6 bits: 113.2 E(85289): 2.9e-24
Smith-Waterman score: 1343; 49.7% identity (69.9% similar) in 491 aa overlap (37-520:19-442)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD AEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSN--GVKMENDESAKEEK
: :. : :... : : :... :..::
NP_112 MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLMREKV
:::. .. .:::.::.. .: :.::.:::.:.:::..:::..:::
NP_112 R--KEKNI-KRGGNRFEPYANP----------TKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKV
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGENARR
::::::::. :::::::::.::::: :: .::: :..::..::::::..:::::::.:::
NP_112 GEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFKMEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARR
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KSD ALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANLDFKV
:.:. :::::::.::::::.::
NP_112 AMQK---------------------------------------AGRLGSTVFVANLDYKV
160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFDRPMH
::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
NP_112 GWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMH
180 190 200 210 220 230
310 320 330 340 350 360
pF1KSD VKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLGPGGM
::::....:. .. . . :::.::::::::::::::::.:..:: : :::.::.::
NP_112 VKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAGM
240 250 260 270 280 290
370 380 390 400 410 420
pF1KSD GMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGG---VGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
::.: ::: .:..:: : ::: .:..:: ::. .::..:. .:. ::
NP_112 GMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALK--------RG
300 310 320 330 340
430 440 450 460 470
pF1KSD DIGINRGFGDSFGRL-GSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMGLDR
.: ..: : . : . : .: :.:...: .:.:.. :: ..: ::. .::
NP_112 EIIAKQGGGGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDR
350 360 370 380 390 400
480 490 500 510 520 530
pF1KSD MSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKL
:.: .::: :: . ..: . . ::. : :::::
NP_112 MGS-VERMGSGIERMGPLGLDHMASSIER-MGQTM-ERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAP
410 420 430 440 450 460
540 550 560 570 580 590
pF1KSD KEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRN
NP_112 IDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGA
470 480 490 500 510 520
>--
initn: 592 init1: 454 opt: 578 Z-score: 351.6 bits: 75.3 E(85289): 7.6e-13
Smith-Waterman score: 600; 41.1% identity (66.4% similar) in 280 aa overlap (330-600:443-691)
300 310 320 330 340 350
pF1KSD DRPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNL
:. .: :.: : . ..: .: .. .
NP_112 SGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERM
420 430 440 450 460 470
360 370 380 390 400 410
pF1KSD GPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGR
: : : ::. ..:.: . .: : : .:. ::: .. :....:: .:
NP_112 GSGVERM-GPA---IERMGLS-----MERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER-MGA
480 490 500 510 520
420 430 440 450 460 470
pF1KSD GDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMG
... :..: ..:. :.: .: :. . :::. :: ..: :
NP_112 NNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------ALGAG
530 540 550 560
480 490 500 510 520 530
pF1KSD LDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIFVRNL
..::. . :: : :: ..:.:.:.:: ..: . :: : .. :. :::::::
NP_112 IERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNL
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:::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:.:::
NP_112 PFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGR
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:::::.::::
NP_112 EIDVRIDRNA
690
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