Result of FASTA (omim) for
pFN21ASDA1195
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1195, 709 aa
1>>>pF1KSDA1195 709 - 709 aa - 709 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0470+/-0.000394; mu= 16.3410+/- 0.024
mean_var=86.1899+/-17.479, 0's: 0 Z-trim(112.7): 36 B-trim: 615 in 1/55
Lambda= 0.138148
statistics sampled from 21714 (21740) to 21714 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.619), E-opt: 0.2 (0.255), width: 16
Scan time: 11.710
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_057382 (OMIM: 609107) F-box only protein 40 [Ho ( 709) 4838 974.8 0
XP_005267216 (OMIM: 609101) PREDICTED: F-box only ( 745) 601 130.4 2.6e-29
XP_011534479 (OMIM: 609101) PREDICTED: F-box only ( 745) 601 130.4 2.6e-29
NP_115521 (OMIM: 609101) F-box only protein 30 [Ho ( 745) 601 130.4 2.6e-29
XP_016866842 (OMIM: 609101) PREDICTED: F-box only ( 745) 601 130.4 2.6e-29
>>NP_057382 (OMIM: 609107) F-box only protein 40 [Homo s (709 aa)
initn: 4838 init1: 4838 opt: 4838 Z-score: 5211.5 bits: 974.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4838; 100.0% identity (100.0% similar) in 709 aa overlap (1-709:1-709)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGKARRSPPGHHRHCEGCFNRHCHIPVEPNTSCLVISCHLLCGATFHMCKEAEHQLLCPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 MGKARRSPPGHHRHCEGCFNRHCHIPVEPNTSCLVISCHLLCGATFHMCKEAEHQLLCPL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EQVPCLNSEYGCPLSMSRHKLAKHLQVCPASVVCCSMEWNRWPNVDSETTLHENIMKETP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 EQVPCLNSEYGCPLSMSRHKLAKHLQVCPASVVCCSMEWNRWPNVDSETTLHENIMKETP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SEECLDTALALQDQKVLFRSLKMVELFPETREATEEEPTMNGETSVEEMGGAVGGVDIGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SEECLDTALALQDQKVLFRSLKMVELFPETREATEEEPTMNGETSVEEMGGAVGGVDIGL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VPHGLSATNGEMAELSQEEREVLAKTKEGMDLVKFGQWENIFSKEHAASALTNSSASCES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 VPHGLSATNGEMAELSQEEREVLAKTKEGMDLVKFGQWENIFSKEHAASALTNSSASCES
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KNKNDSEKEQISSGHNMVEGEGAPKKKEPQENQKQQDVRTAMETTGLAPWQDGVLERLKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 KNKNDSEKEQISSGHNMVEGEGAPKKKEPQENQKQQDVRTAMETTGLAPWQDGVLERLKT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD AVDAKDYNMYLVHNGRMLIHFGQMPACTPKERDFVYGKLEAQEVKTVYTFKVPVSYCGKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 AVDAKDYNMYLVHNGRMLIHFGQMPACTPKERDFVYGKLEAQEVKTVYTFKVPVSYCGKR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD ARLGDAMLSCKPSEHKAVDTSDLGITVEDLPKSDLIKTTLQCALERELKGHVISESRSID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 ARLGDAMLSCKPSEHKAVDTSDLGITVEDLPKSDLIKTTLQCALERELKGHVISESRSID
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD GLFMDFATQTYNFEPEQFSSGTVLADLTAATPGGLHVELHSECVTRRHNKSSSAFTFTCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 GLFMDFATQTYNFEPEQFSSGTVLADLTAATPGGLHVELHSECVTRRHNKSSSAFTFTCN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD KFFRRDEFPLHFKNVHTDIQSCLNGWFQHRCPLAYLGCTFVQNHFRPPGQKAKVIYSQEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 KFFRRDEFPLHFKNVHTDIQSCLNGWFQHRCPLAYLGCTFVQNHFRPPGQKAKVIYSQEL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD KTFAIKPEVAPELSEGRKNNHLLGHGGKSQNSLTSLPLEILKYIAGFLDSVSLAQLSQVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 KTFAIKPEVAPELSEGRKNNHLLGHGGKSQNSLTSLPLEILKYIAGFLDSVSLAQLSQVS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD VLMRNICATLLQERGMVLLQWKKKRYSHGGTSWRVHREIWQFSSLFSKIKSWEFNEVTSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 VLMRNICATLLQERGMVLLQWKKKRYSHGGTSWRVHREIWQFSSLFSKIKSWEFNEVTSM
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KSD SEHLKSCPFNIVEHKTDPILLTSMCQPREQARESLVSTFRIRPRGRYVS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SEHLKSCPFNIVEHKTDPILLTSMCQPREQARESLVSTFRIRPRGRYVS
670 680 690 700
>>XP_005267216 (OMIM: 609101) PREDICTED: F-box only prot (745 aa)
initn: 1544 init1: 578 opt: 601 Z-score: 647.3 bits: 130.4 E(85289): 2.6e-29
Smith-Waterman score: 1462; 35.6% identity (65.4% similar) in 739 aa overlap (11-693:6-733)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGKARRSPPGHHRHCEGCFNRHCHIPVEPNTSCLVISCHLLCGATFHMCKEAEHQLLCPL
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XP_005 MEEELQHSHCVNCVSRRCMTRPEPGISCDLIGCPLVCGAVFHSCKADEHRLLCPF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EQVPCLNSEYGCPLSMSRHKLAKHLQVCPASVVCCSMEWNRWPNVDSETTLHENIMKETP
:.::::::..:::..:.:.:.:.::..::::::::.::::::: .. .::. ...
XP_005 ERVPCLNSDFGCPFTMARNKVAEHLEMCPASVVCCTMEWNRWPVSYADRKSYENLSRDVD
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KSD SEECLDTALALQDQKVLFRSLKMVELFPE-TREATEEEPTMNGETSVEEMGGAVGGVDI-
:: :::::::..:..:::.. .. . : .... . .. ..:: :. : : :..
XP_005 EVAQLDMALALQDQRMLLESLKVATMMSKATDKVSKPREQISVKSSVPEIPHANGLVSVD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KSD ----GLVPHGLSATNGEMAE----LSQEEREV-------------LAKTKEGMDLVKFGQ
: . .. :. .: :. :.. ...:... .. .
XP_005 EESYGALYQATVETTRSLAAALDILNTATRDIGMLNTSVPNDMDEQQNARESLEDQNLKD
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KSD WENIFSKEHAASAL-----TNSSASCESKNKNDSEKEQISSGHNMVE-GEGAPKK----K
.... .: .: . ::..:. :.....: . .:... .: : . .
XP_005 QDHLYEEEIGAVGGIDYNDTNQNAQSEQNGSSDLLCDLNTSSYDTSALCNGFPLENICTQ
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KSD EPQENQKQQ-DVRTAMETTG-LAPWQDGVLERLKT-AVDAKDYNMY---LVHNGRMLIHF
..::. . : . . :.: . .::. . .. :: :. .. . :: ..
XP_005 VIDQNQNLHGDSKQSNLTNGDCVASSDGTSKPSSSLAVAAQLREIIPSSALPNGT--VQH
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KSD GQMPACTPKERDFVYGKLEAQEVKTVYTFKVPVSYCGKRARLGDAMLSCKPSEHKAVDTS
:: : .. . :.. .::.: ... :. . :... : ::.: ::::::
XP_005 ILMPD-DEGEGELCWKKVDLGDVKNVDVLS--FSHAPSFNFLSNSCWS-KPKEDKAVDTS
360 370 380 390 400
390 400 410 420 430
pF1KSD DLGITVED---LPKSDLIKTTLQCALERELKGHVISESRSIDGLFMDFATQTYNFEPEQF
:: .. :: : ::: ..: : :. ::.:: : .: .:::... .
XP_005 DLEVA-EDPMGLQGIDLITAALLFCLGDSPGGRGISDSRMADIYHIDVGTQTFSLPSAIL
410 420 430 440 450 460
440 450 460 470 480
pF1KSD SSGTVLADLTAAT-----------PGG---LHVELHSECVTRRHNKSSSAFTFTCNKFFR
...:.......:. :. : ..: :::.: . :. : :::.:...::
XP_005 ATSTMVGEIASASACDHANPQLSNPSPFQTLGLDLVLECVARYQPKQRSMFTFVCGQLFR
470 480 490 500 510 520
490 500 510 520 530 540
pF1KSD RDEFPLHFKNVHTDIQSCLNGWFQHRCPLAYLGCTFVQNHFRPPGQKAKVIYSQELKTFA
: :: :::::: ::.. ::::...:::::: :::. : .: : : ::.:....:..:.
XP_005 RKEFSSHFKNVHGDIHAGLNGWMEQRCPLAYYGCTYSQRRFCPSIQGAKIIHDRHLRSFG
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550 560 570 580 590 600
pF1KSD IKPEVAPELSEGRKNNHLLGHGGKSQNSLTSLPLEILKYIAGFLDSVSLAQLSQVSVLMR
..: :. : : .: : : .. :.:::.:.:..::::::. :: ::: :: :::
XP_005 VQPCVSTVLVEPARNCVL----GLHNDHLSSLPFEVLQHIAGFLDGFSLCQLSCVSKLMR
590 600 610 620 630 640
610 620 630 640 650 660
pF1KSD NICATLLQERGMVLLQWKKKRYSHGGTSWRVHREIWQFSSLFSKIKSWEFNEVTSMSEHL
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XP_005 DVCGSLLQSRGMVILQWGKRKYPEGNSSWQIKEKVWRFSTAFCSVNEWKFADILSMADHL
650 660 670 680 690 700
670 680 690 700
pF1KSD KSCPFNIVEHKTDPILLTSMCQPREQARESLVSTFRIRPRGRYVS
:.: .:.::.. . : : :: :: ..:
XP_005 KKCSYNVVEKREEAIPLPCMCVTRELTKEGRSLRSVLKPVL
710 720 730 740
>>XP_011534479 (OMIM: 609101) PREDICTED: F-box only prot (745 aa)
initn: 1544 init1: 578 opt: 601 Z-score: 647.3 bits: 130.4 E(85289): 2.6e-29
Smith-Waterman score: 1462; 35.6% identity (65.4% similar) in 739 aa overlap (11-693:6-733)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGKARRSPPGHHRHCEGCFNRHCHIPVEPNTSCLVISCHLLCGATFHMCKEAEHQLLCPL
.: :: .: .:.: ::. :: .:.: :.:::.:: :: ::.::::.
XP_011 MEEELQHSHCVNCVSRRCMTRPEPGISCDLIGCPLVCGAVFHSCKADEHRLLCPF
10 20 30 40 50
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pF1KSD EQVPCLNSEYGCPLSMSRHKLAKHLQVCPASVVCCSMEWNRWPNVDSETTLHENIMKETP
:.::::::..:::..:.:.:.:.::..::::::::.::::::: .. .::. ...
XP_011 ERVPCLNSDFGCPFTMARNKVAEHLEMCPASVVCCTMEWNRWPVSYADRKSYENLSRDVD
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KSD SEECLDTALALQDQKVLFRSLKMVELFPE-TREATEEEPTMNGETSVEEMGGAVGGVDI-
:: :::::::..:..:::.. .. . : .... . .. ..:: :. : : :..
XP_011 EVAQLDMALALQDQRMLLESLKVATMMSKATDKVSKPREQISVKSSVPEIPHANGLVSVD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KSD ----GLVPHGLSATNGEMAE----LSQEEREV-------------LAKTKEGMDLVKFGQ
: . .. :. .: :. :.. ...:... .. .
XP_011 EESYGALYQATVETTRSLAAALDILNTATRDIGMLNTSVPNDMDEQQNARESLEDQNLKD
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KSD WENIFSKEHAASAL-----TNSSASCESKNKNDSEKEQISSGHNMVE-GEGAPKK----K
.... .: .: . ::..:. :.....: . .:... .: : . .
XP_011 QDHLYEEEIGAVGGIDYNDTNQNAQSEQNGSSDLLCDLNTSSYDTSALCNGFPLENICTQ
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KSD EPQENQKQQ-DVRTAMETTG-LAPWQDGVLERLKT-AVDAKDYNMY---LVHNGRMLIHF
..::. . : . . :.: . .::. . .. :: :. .. . :: ..
XP_011 VIDQNQNLHGDSKQSNLTNGDCVASSDGTSKPSSSLAVAAQLREIIPSSALPNGT--VQH
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330 340 350 360 370 380
pF1KSD GQMPACTPKERDFVYGKLEAQEVKTVYTFKVPVSYCGKRARLGDAMLSCKPSEHKAVDTS
:: : .. . :.. .::.: ... :. . :... : ::.: ::::::
XP_011 ILMPD-DEGEGELCWKKVDLGDVKNVDVLS--FSHAPSFNFLSNSCWS-KPKEDKAVDTS
360 370 380 390 400
390 400 410 420 430
pF1KSD DLGITVED---LPKSDLIKTTLQCALERELKGHVISESRSIDGLFMDFATQTYNFEPEQF
:: .. :: : ::: ..: : :. ::.:: : .: .:::... .
XP_011 DLEVA-EDPMGLQGIDLITAALLFCLGDSPGGRGISDSRMADIYHIDVGTQTFSLPSAIL
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440 450 460 470 480
pF1KSD SSGTVLADLTAAT-----------PGG---LHVELHSECVTRRHNKSSSAFTFTCNKFFR
...:.......:. :. : ..: :::.: . :. : :::.:...::
XP_011 ATSTMVGEIASASACDHANPQLSNPSPFQTLGLDLVLECVARYQPKQRSMFTFVCGQLFR
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pF1KSD RDEFPLHFKNVHTDIQSCLNGWFQHRCPLAYLGCTFVQNHFRPPGQKAKVIYSQELKTFA
: :: :::::: ::.. ::::...:::::: :::. : .: : : ::.:....:..:.
XP_011 RKEFSSHFKNVHGDIHAGLNGWMEQRCPLAYYGCTYSQRRFCPSIQGAKIIHDRHLRSFG
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550 560 570 580 590 600
pF1KSD IKPEVAPELSEGRKNNHLLGHGGKSQNSLTSLPLEILKYIAGFLDSVSLAQLSQVSVLMR
..: :. : : .: : : .. :.:::.:.:..::::::. :: ::: :: :::
XP_011 VQPCVSTVLVEPARNCVL----GLHNDHLSSLPFEVLQHIAGFLDGFSLCQLSCVSKLMR
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610 620 630 640 650 660
pF1KSD NICATLLQERGMVLLQWKKKRYSHGGTSWRVHREIWQFSSLFSKIKSWEFNEVTSMSEHL
..:..::: ::::.::: :..: .:..::......:.::. : ... :.: .. ::..::
XP_011 DVCGSLLQSRGMVILQWGKRKYPEGNSSWQIKEKVWRFSTAFCSVNEWKFADILSMADHL
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670 680 690 700
pF1KSD KSCPFNIVEHKTDPILLTSMCQPREQARESLVSTFRIRPRGRYVS
:.: .:.::.. . : : :: :: ..:
XP_011 KKCSYNVVEKREEAIPLPCMCVTRELTKEGRSLRSVLKPVL
710 720 730 740
>>NP_115521 (OMIM: 609101) F-box only protein 30 [Homo s (745 aa)
initn: 1544 init1: 578 opt: 601 Z-score: 647.3 bits: 130.4 E(85289): 2.6e-29
Smith-Waterman score: 1462; 35.6% identity (65.4% similar) in 739 aa overlap (11-693:6-733)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGKARRSPPGHHRHCEGCFNRHCHIPVEPNTSCLVISCHLLCGATFHMCKEAEHQLLCPL
.: :: .: .:.: ::. :: .:.: :.:::.:: :: ::.::::.
NP_115 MEEELQHSHCVNCVSRRCMTRPEPGISCDLIGCPLVCGAVFHSCKADEHRLLCPF
10 20 30 40 50
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pF1KSD EQVPCLNSEYGCPLSMSRHKLAKHLQVCPASVVCCSMEWNRWPNVDSETTLHENIMKETP
:.::::::..:::..:.:.:.:.::..::::::::.::::::: .. .::. ...
NP_115 ERVPCLNSDFGCPFTMARNKVAEHLEMCPASVVCCTMEWNRWPVSYADRKSYENLSRDVD
60 70 80 90 100 110
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pF1KSD SEECLDTALALQDQKVLFRSLKMVELFPE-TREATEEEPTMNGETSVEEMGGAVGGVDI-
:: :::::::..:..:::.. .. . : .... . .. ..:: :. : : :..
NP_115 EVAQLDMALALQDQRMLLESLKVATMMSKATDKVSKPREQISVKSSVPEIPHANGLVSVD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KSD ----GLVPHGLSATNGEMAE----LSQEEREV-------------LAKTKEGMDLVKFGQ
: . .. :. .: :. :.. ...:... .. .
NP_115 EESYGALYQATVETTRSLAAALDILNTATRDIGMLNTSVPNDMDEQQNARESLEDQNLKD
180 190 200 210 220 230
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pF1KSD WENIFSKEHAASAL-----TNSSASCESKNKNDSEKEQISSGHNMVE-GEGAPKK----K
.... .: .: . ::..:. :.....: . .:... .: : . .
NP_115 QDHLYEEEIGAVGGIDYNDTNQNAQSEQNGSSDLLCDLNTSSYDTSALCNGFPLENICTQ
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270 280 290 300 310 320
pF1KSD EPQENQKQQ-DVRTAMETTG-LAPWQDGVLERLKT-AVDAKDYNMY---LVHNGRMLIHF
..::. . : . . :.: . .::. . .. :: :. .. . :: ..
NP_115 VIDQNQNLHGDSKQSNLTNGDCVASSDGTSKPSSSLAVAAQLREIIPSSALPNGT--VQH
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NP_115 ILMPD-DEGEGELCWKKVDLGDVKNVDVLS--FSHAPSFNFLSNSCWS-KPKEDKAVDTS
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pF1KSD DLGITVED---LPKSDLIKTTLQCALERELKGHVISESRSIDGLFMDFATQTYNFEPEQF
:: .. :: : ::: ..: : :. ::.:: : .: .:::... .
NP_115 DLEVA-EDPMGLQGIDLITAALLFCLGDSPGGRGISDSRMADIYHIDVGTQTFSLPSAIL
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pF1KSD SSGTVLADLTAAT-----------PGG---LHVELHSECVTRRHNKSSSAFTFTCNKFFR
...:.......:. :. : ..: :::.: . :. : :::.:...::
NP_115 ATSTMVGEIASASACDHANPQLSNPSPFQTLGLDLVLECVARYQPKQRSMFTFVCGQLFR
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pF1KSD RDEFPLHFKNVHTDIQSCLNGWFQHRCPLAYLGCTFVQNHFRPPGQKAKVIYSQELKTFA
: :: :::::: ::.. ::::...:::::: :::. : .: : : ::.:....:..:.
NP_115 RKEFSSHFKNVHGDIHAGLNGWMEQRCPLAYYGCTYSQRRFCPSIQGAKIIHDRHLRSFG
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550 560 570 580 590 600
pF1KSD IKPEVAPELSEGRKNNHLLGHGGKSQNSLTSLPLEILKYIAGFLDSVSLAQLSQVSVLMR
..: :. : : .: : : .. :.:::.:.:..::::::. :: ::: :: :::
NP_115 VQPCVSTVLVEPARNCVL----GLHNDHLSSLPFEVLQHIAGFLDGFSLCQLSCVSKLMR
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