Result of FASTA (ccds) for
pFN21ASDA1034
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1034, 733 aa
1>>>pF1KSDA1034 733 - 733 aa - 733 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4546+/-0.000855; mu= 7.9193+/- 0.053
mean_var=171.9547+/-34.096, 0's: 0 Z-trim(113.5): 10 B-trim: 14 in 1/53
Lambda= 0.097806
statistics sampled from 14128 (14138) to 14128 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.736), E-opt: 0.2 (0.434), width: 16
Scan time: 3.780
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2327.1 SATB2 gene_id:23314|Hs108|chr2 ( 733) 4855 697.1 2.4e-200
CCDS2631.1 SATB1 gene_id:6304|Hs108|chr3 ( 763) 2371 346.7 8.1e-95
CCDS56242.1 SATB1 gene_id:6304|Hs108|chr3 ( 795) 2312 338.3 2.7e-92
>>CCDS2327.1 SATB2 gene_id:23314|Hs108|chr2 (733 aa)
initn: 4855 init1: 4855 opt: 4855 Z-score: 3710.3 bits: 697.1 E(32554): 2.4e-200
Smith-Waterman score: 4855; 100.0% identity (100.0% similar) in 733 aa overlap (1-733:1-733)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MERRSESPCLRDSPDRRSGSPDVKGPPPVKVARLEQNGSPMGARGRPNGAVAKAVGGLMI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 MERRSESPCLRDSPDRRSGSPDVKGPPPVKVARLEQNGSPMGARGRPNGAVAKAVGGLMI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PVFCVVEQLDGSLEYDNREEHAEFVLVRKDVLFSQLVETALLALGYSHSSAAQAQGIIKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 PVFCVVEQLDGSLEYDNREEHAEFVLVRKDVLFSQLVETALLALGYSHSSAAQAQGIIKL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GRWNPLPLSYVTDAPDATVADMLQDVYHVVTLKIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 GRWNPLPLSYVTDAPDATVADMLQDVYHVVTLKIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD ELLKEMNQSTLAKECPLSQSMISSIVNSTYYANVSATKCQEFGRWYKKYKKIKVERVERE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 ELLKEMNQSTLAKECPLSQSMISSIVNSTYYANVSATKCQEFGRWYKKYKKIKVERVERE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD NLSDYCVLGQRPMHLPNMNQLASLGKTNEQSPHSQIHHSTPIRNQVPALQPIMSPGLLSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 NLSDYCVLGQRPMHLPNMNQLASLGKTNEQSPHSQIHHSTPIRNQVPALQPIMSPGLLSP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD QLSPQLVRQQIAMAHLINQQIAVSRLLAHQHPQAINQQFLNHPPIPRAVKPEPTNSSVEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 QLSPQLVRQQIAMAHLINQQIAVSRLLAHQHPQAINQQFLNHPPIPRAVKPEPTNSSVEV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SPDIYQQVRDELKRASVSQAVFARVAFNRTQGLLSEILRKEEDPRTASQSLLVNLRAMQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 SPDIYQQVRDELKRASVSQAVFARVAFNRTQGLLSEILRKEEDPRTASQSLLVNLRAMQN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD FLNLPEVERDRIYQDERERSMNPNVSMVSSASSSPSSSRTPQAKTSTPTTDLPIKVDGAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 FLNLPEVERDRIYQDERERSMNPNVSMVSSASSSPSSSRTPQAKTSTPTTDLPIKVDGAN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD INITAAIYDEIQQEMKRAKVSQALFAKVAANKSQGWLCELLRWKENPSPENRTLWENLCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 INITAAIYDEIQQEMKRAKVSQALFAKVAANKSQGWLCELLRWKENPSPENRTLWENLCT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD IRRFLNLPQHERDVIYEEESRHHHSERMQHVVQLPPEPVQVLHRQQSQPAKESSPPREEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 IRRFLNLPQHERDVIYEEESRHHHSERMQHVVQLPPEPVQVLHRQQSQPAKESSPPREEA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD PPPPPPTEDSCAKKPRSRTKISLEALGILQSFIHDVGLYPDQEAIHTLSAQLDLPKHTII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 PPPPPPTEDSCAKKPRSRTKISLEALGILQSFIHDVGLYPDQEAIHTLSAQLDLPKHTII
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KFFQNQRYHVKHHGKLKEHLGSAVDVAEYKDEELLTESEENDSEEGSEEMYKVEAEEENA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 KFFQNQRYHVKHHGKLKEHLGSAVDVAEYKDEELLTESEENDSEEGSEEMYKVEAEEENA
670 680 690 700 710 720
730
pF1KSD DKSKAAPAEIDQR
:::::::::::::
CCDS23 DKSKAAPAEIDQR
730
>>CCDS2631.1 SATB1 gene_id:6304|Hs108|chr3 (763 aa)
initn: 2339 init1: 1042 opt: 2371 Z-score: 1815.8 bits: 346.7 E(32554): 8.1e-95
Smith-Waterman score: 2873; 62.1% identity (80.4% similar) in 760 aa overlap (1-718:1-748)
10 20 30 40 50
pF1KSD MERRSESPCLRDSPDRRSGSPDVKGPPPVKVARLEQNGSPMGARGRPNGAVAKAVG----
:.. .:. .. . .. : :::: .:.:::::::::.: ::: ... :: :
CCDS26 MDHLNEATQGKEHSEMSNNVSDPKGPP-AKIARLEQNGSPLG-RGRLGSTGAKMQGVPLK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KSD ------------GLMIPVFCVVEQLDGSLEYDNREEHAEFVLVRKDVLFSQLVETALLAL
: :.:::::::. ....::: .::::::::::::.::.::.: :::.:
CCDS26 HSGHLMKTNLRKGTMLPVFCVVEHYENAIEYDCKEEHAEFVLVRKDMLFNQLIEMALLSL
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KSD GYSHSSAAQAQGIIKLGRWNPLPLSYVTDAPDATVADMLQDVYHVVTLKIQLQSCSKLED
::::::::::.:.:..:.:::.::::::::::::::::::::::::::::::.:: ::::
CCDS26 GYSHSSAAQAKGLIQVGKWNPVPLSYVTDAPDATVADMLQDVYHVVTLKIQLHSCPKLED
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KSD LPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQSTLAKECPLSQSMISSIVNSTYYANVSATKCQEFGR
:: :::.:.:::::::.:::.::::.::::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS26 LPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSSLAKECPLSQSMISSIVNSTYYANVSAAKCQEFGR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD WYKKYKKIKVERVERENLSDYCVLGQRPMHLPNMNQLASLGKTNEQSPH-SQIHH-STP-
:::..:: : :: ..::. :.:. . :..: :.: :: : .:. : : :
CCDS26 WYKHFKKTKDMMVEMDSLSE---LSQQGANHVNFGQQPVPGNTAEQPPSPAQLSHGSQPS
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD IRNQVPALQPIMSPGLLSPQLSPQLVRQQIAMAHLINQQIAVSRLLAHQHPQAINQQFLN
.:. .: :.: ::.: .::::: ::..::.:.::: ::.::::.: ..:::.::
CCDS26 VRTPLPNLHP----GLVSTPISPQLVNQQLVMAQLLNQQYAVNRLLAQQ---SLNQQYLN
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KSD HPP-IPRAV-KP--EPTNSSVEVSPDIYQQVRDELKRASVSQAVFARVAFNRTQGLLSEI
::: . :.. :: . .....::: .::: ::::::::..::::::::::::::::::::
CCDS26 HPPPVSRSMNKPLEQQVSTNTEVSSEIYQWVRDELKRAGISQAVFARVAFNRTQGLLSEI
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KSD LRKEEDPRTASQSLLVNLRAMQNFLNLPEVERDRIYQDERERSMNPNVSMVSSASSSPSS
:::::::.:::::::::::::::::.:::.:::::::::::::.: .: . :
CCDS26 LRKEEDPKTASQSLLVNLRAMQNFLQLPEAERDRIYQDERERSLNAASAMGPAPLISTPP
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KSD SRTPQAKTSTPTTDLPIKVDGANINITAAIYDEIQQEMKRAKVSQALFAKVAANKSQGWL
:: ::.::.: .:. : .. ..::.:.::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS26 SRPPQVKTATIATERNGKPENNTMNINASIYDEIQQEMKRAKVSQALFAKVAATKSQGWL
470 480 490 500 510 520
520 530 540 550 560 570
pF1KSD CELLRWKENPSPENRTLWENLCTIRRFLNLPQHERDVIYEEESR--HHHSERMQHVVQLP
::::::::.:::::::::::: :::::.::: :::.:::.:: :::..: :....:
CCDS26 CELLRWKEDPSPENRTLWENLSMIRRFLSLPQPERDAIYEQESNAVHHHGDRPPHIIHVP
530 540 550 560 570 580
580 590 600 610
pF1KSD PEPVQVLHRQQSQPAKESS---PPREEAPP---P--PP--PTEDSCA-------KKPRSR
: .: ..::.: .... ::. . : : :: :: : : .: : :
CCDS26 AEQIQQQQQQQQQQQQQQQAPPPPQPQQQPQTGPRLPPRQPTVASPAESDEENRQKTRPR
590 600 610 620 630 640
620 630 640 650 660 670
pF1KSD TKISLEALGILQSFIHDVGLYPDQEAIHTLSAQLDLPKHTIIKFFQNQRYHVKHHGKLKE
::::.::::::::::.:::::::.:::.::::::::::.:::::::::::..:::::::.
CCDS26 TKISVEALGILQSFIQDVGLYPDEEAIQTLSAQLDLPKYTIIKFFQNQRYYLKHHGKLKD
650 660 670 680 690 700
680 690 700 710 720 730
pF1KSD HLGSAVDVAEYKDEELLTESEENDSEEGSEEMYKVEAEEENADKSKAAPAEIDQR
. : :::::::.:::: . ::. ...... ...:. :::
CCDS26 NSGLEVDVAEYKEEELLKDLEESVQDKNTNTLFSVKLEEELSVEGNTDINTDLKD
710 720 730 740 750 760
>>CCDS56242.1 SATB1 gene_id:6304|Hs108|chr3 (795 aa)
initn: 2744 init1: 1042 opt: 2312 Z-score: 1770.5 bits: 338.3 E(32554): 2.7e-92
Smith-Waterman score: 2820; 59.4% identity (77.4% similar) in 791 aa overlap (1-717:1-779)
10 20 30 40 50
pF1KSD MERRSESPCLRDSPDRRSGSPDVKGPPPVKVARLEQNGSPMGARGRPNGAVAKAVG----
:.. .:. .. . .. : :::: .:.:::::::::.: ::: ... :: :
CCDS56 MDHLNEATQGKEHSEMSNNVSDPKGPP-AKIARLEQNGSPLG-RGRLGSTGAKMQGVPLK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KSD ------------GLMIPVFCVVEQLDGSLEYDNREEHAEFVLVRKDVLFSQLVETALLAL
: :.:::::::. ....::: .::::::::::::.::.::.: :::.:
CCDS56 HSGHLMKTNLRKGTMLPVFCVVEHYENAIEYDCKEEHAEFVLVRKDMLFNQLIEMALLSL
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KSD GYSHSSAAQAQGIIKLGRWNPLPLSYVTDAPDATVADMLQDVYHVVTLKIQLQSCSKLED
::::::::::.:.:..:.:::.::::::::::::::::::::::::::::::.:: ::::
CCDS56 GYSHSSAAQAKGLIQVGKWNPVPLSYVTDAPDATVADMLQDVYHVVTLKIQLHSCPKLED
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KSD LPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQSTLAKECPLSQSMISSIVNSTYYANVSATKCQEFGR
:: :::.:.:::::::.:::.::::.::::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS56 LPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSSLAKECPLSQSMISSIVNSTYYANVSAAKCQEFGR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD WYKKYKKIKVERVERENLSDYCVLGQRPMHLPNMNQLASLGKTNEQSPH-SQIHH-STP-
:::..:: : :: ..::. :.:. . :..: :.: :: : .:. : : :
CCDS56 WYKHFKKTKDMMVEMDSLSE---LSQQGANHVNFGQQPVPGNTAEQPPSPAQLSHGSQPS
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD IRNQVPALQPIMSPGLLSPQLSPQLVRQQIAMAHLINQQIAVSRLLAHQHPQAINQQFLN
.:. .: :.: ::.: .::::: ::..::.:.::: ::.::::. :..:::.::
CCDS56 VRTPLPNLHP----GLVSTPISPQLVNQQLVMAQLLNQQYAVNRLLAQ---QSLNQQYLN
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KSD HPP-IPRAV-KP--EPTNSSVEVSPDIYQQVRDELKRASVSQAVFARVAFNRTQGLLSEI
::: . :.. :: . .....::: .::: ::::::::..::::::::::::::::::::
CCDS56 HPPPVSRSMNKPLEQQVSTNTEVSSEIYQWVRDELKRAGISQAVFARVAFNRTQGLLSEI
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KSD LRKEEDPRTASQSLLVNLRAMQNFLNLPEVERDRIYQDERERSMNPNVSMVSSASSSPSS
:::::::.:::::::::::::::::.:::.:::::::::::::.: .: . :
CCDS56 LRKEEDPKTASQSLLVNLRAMQNFLQLPEAERDRIYQDERERSLNAASAMGPAPLISTPP
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KSD SRTPQAKTSTPTTDLPIKVDGANINITAAIYDEIQQEMKRAKVSQALFAKVAANKSQGWL
:: ::.::.: .:. : .. ..::.:.::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS56 SRPPQVKTATIATERNGKPENNTMNINASIYDEIQQEMKRAKVSQALFAKVAATKSQGWL
470 480 490 500 510 520
520 530 540 550 560 570
pF1KSD CELLRWKENPSPENRTLWENLCTIRRFLNLPQHERDVIYEEESR--HHHSERMQHVVQLP
::::::::.:::::::::::: :::::.::: :::.:::.:: :::..: :....:
CCDS56 CELLRWKEDPSPENRTLWENLSMIRRFLSLPQPERDAIYEQESNAVHHHGDRPPHIIHVP
530 540 550 560 570 580
580 590 600
pF1KSD PEPVQ-----VLHR----------------------QQSQPAKESSPPREEAPPPP----
: .: .: . ::.: .... ...:::::
CCDS56 AEQIQSPSPTTLGKGESRGVFLPGLPTPAPWLGAAPQQQQQQQQQQQQQQQAPPPPQPQQ
590 600 610 620 630 640
610 620 630 640
pF1KSD --------PPTEDSCA----------KKPRSRTKISLEALGILQSFIHDVGLYPDQEAIH
:: . . : .: : :::::.::::::::::.:::::::.:::.
CCDS56 QPQTGPRLPPRQPTVASPAESDEENRQKTRPRTKISVEALGILQSFIQDVGLYPDEEAIQ
650 660 670 680 690 700
650 660 670 680 690 700
pF1KSD TLSAQLDLPKHTIIKFFQNQRYHVKHHGKLKEHLGSAVDVAEYKDEELLTESEENDSEEG
::::::::::.:::::::::::..:::::::.. : :::::::.:::: . ::. ....
CCDS56 TLSAQLDLPKYTIIKFFQNQRYYLKHHGKLKDNSGLEVDVAEYKEEELLKDLEESVQDKN
710 720 730 740 750 760
710 720 730
pF1KSD SEEMYKVEAEEENADKSKAAPAEIDQR
.. ...:. ::
CCDS56 TNTLFSVKLEEELSVEGNTDINTDLKD
770 780 790
733 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 04:41:08 2016 done: Thu Nov 3 04:41:09 2016
Total Scan time: 3.780 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]