Result of FASTA (ccds) for
pFN21ASDA0293
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0293, 1486 aa
1>>>pF1KSDA0293 1486 - 1486 aa - 1486 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.0334+/-0.00101; mu= 1.9740+/- 0.061
mean_var=394.2047+/-80.325, 0's: 0 Z-trim(116.5): 21 B-trim: 479 in 1/53
Lambda= 0.064597
statistics sampled from 17116 (17131) to 17116 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.781), E-opt: 0.2 (0.526), width: 16
Scan time: 5.790
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41837.1 CUX2 gene_id:23316|Hs108|chr12 (1486) 9830 931.2 0
CCDS56498.1 CUX1 gene_id:1523|Hs108|chr7 (1516) 1208 127.7 2.6e-28
CCDS5720.1 CUX1 gene_id:1523|Hs108|chr7 ( 678) 1162 123.1 2.9e-27
CCDS47672.1 CUX1 gene_id:1523|Hs108|chr7 ( 676) 1161 123.0 3.1e-27
CCDS5721.1 CUX1 gene_id:1523|Hs108|chr7 (1505) 1048 112.8 8e-24
CCDS59071.1 CUX1 gene_id:1523|Hs108|chr7 ( 639) 889 97.6 1.3e-19
CCDS56500.1 CUX1 gene_id:1523|Hs108|chr7 ( 662) 828 92.0 6.6e-18
>>CCDS41837.1 CUX2 gene_id:23316|Hs108|chr12 (1486 aa)
initn: 9830 init1: 9830 opt: 9830 Z-score: 4964.4 bits: 931.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 9830; 99.9% identity (100.0% similar) in 1486 aa overlap (1-1486:1-1486)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAANVGSMFQYWKRFDLRRLQKELNSVASELSARQEESEHSHKHLIELRREFKKNVPEEI
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CCDS41 MAANVGSMFQYWKRFDLRRLQKELNSVASELSARQEESEHSHKHLIELRREFKKNVPEEI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD REMVAPVLKSFQAEVVALSKRSQEAEAAFLSVYKQLIEAPDPVPVFEAARSLDDRLQPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 REMVAPVLKSFQAEVVALSKRSQEAEAAFLSVYKQLIEAPDPVPVFEAARSLDDRLQPPS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FDPSGQPRRDLHTSWKRNPELLSPKEQREGTSPAGPTLTEGSRLPGIPGKALLTETLLQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FDPSGQPRRDLHTSWKRNPELLSPKEQREGTSPAGPTLTEGSRLPGIPGKALLTETLLQR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD NEAEKQKGLQEVQITLAARLGEAEEKIKVLHSALKATQAELLELRRKYDEEAASKADEVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NEAEKQKGLQEVQITLAARLGEAEEKIKVLHSALKATQAELLELRRKYDEEAASKADEVG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LIMTNLEKANQRAEAAQREVESLREQLASVNSSIRLACCSPQGPSGDKVNFTLCSGPRLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LIMTNLEKANQRAEAAQREVESLREQLASVNSSIRLACCSPQGPSGDKVNFTLCSGPRLE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD AALASKDREILRLLKDVQHLQSSLQELEEASANQIADLERQLTAKSEAIEKLEEKLQAQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 AALASKDREILRLLKDVQHLQSSLQELEEASANQIADLERQLTAKSEAIEKLEEKLQAQS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD DYEEIKTELSILKAMKLASSTCSLPQGMAKPEDSLLIAKEAFFPTQKFLLEKPSLLASPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DYEEIKTELSILKAMKLASSTCSLPQGMAKPEDSLLIAKEAFFPTQKFLLEKPSLLASPE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD EDPSEDDSIKDSLGTEQSYPSPQQLPPPPGPEDPLSPSPGQPLLGPSLGPDGTRTFSLSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EDPSEDDSIKDSLGTEQSYPSPQQLPPPPGPEDPLSPSPGQPLLGPSLGPDGTRTFSLSP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD FPSLASGERLMMPPAAFKGEAGGLLVFPPAFYGAKPPTAPATPAPGPEPLGGPEPADGGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FPSLASGERLMMPPAAFKGEAGGLLVFPPAFYGAKPPTAPATPAPGPEPLGGPEPADGGG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD GGAAGPGAEEEQLDTAEIAFQVKEQLLKHNIGQRVFGHYVLGLSQGSVSEILARPKPWRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GGAAGPGAEEEQLDTAEIAFQVKEQLLKHNIGQRVFGHYVLGLSQGSVSEILARPKPWRK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD LTVKGKEPFIKMKQFLSDEQNVLALRTIQVRQRGSITPRIRTPETGSDDAIKSILEQAKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LTVKGKEPFIKMKQFLSDEQNVLALRTIQVRQRGSITPRIRTPETGSDDAIKSILEQAKK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD EIESQKGGEPKTSVAPLSIANGTTPASTSEDAIKSILEQARREMQAQQQALLEMEVAPRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EIESQKGGEPKTSVAPLSIANGTTPASTSEDAIKSILEQARREMQAQQQALLEMEVAPRG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD RSVPPSPPERPSLATASQNGAPALVKQEEGSGGPAQAPLPVLSPAAFVQSIIRKVKSEIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 RSVPPSPPERPSLATASQNGAPALVKQEEGSGGPAQAPLPVLSPAAFVQSIIRKVKSEIG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD DAGYFDHHWASDRGLLSRPYASVSPSLSSSSSSGYSGQPNGRAWPRGDEAPVPPEDEAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DAGYFDHHWASDRGLLSRPYASVSPSLSSSSSSGYSGQPNGRAWPRGDEAPVPPEDEAAA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GAEDEPPRTGELKAEGATAEAGARLPYYPAYVPRTLKPTVPPLTPEQYELYMYREVDTLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GAEDEPPRTGELKAEGATAEAGARLPYYPAYVPRTLKPTVPPLTPEQYELYMYREVDTLE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD LTRQVKEKLAKNGICQRIFGEKVLGLSQGSVSDMLSRPKPWSKLTQKGREPFIRMQLWLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LTRQVKEKLAKNGICQRIFGEKVLGLSQGSVSDMLSRPKPWSKLTQKGREPFIRMQLWLS
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD DQLGQAVGQQPGASQASPTEPRSSPSPPPSPTEPEKSSQEPLSLSLESSKENQQPEGRSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DQLGQAVGQQPGASQASPTEPRSSPSPPPSPTEPEKSSQEPLSLSLESSKENQQPEGRSS
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD SSLSGKMYSGSQAPGGIQEIVAMSPELDTYSITKRVKEVLTDNNLGQRLFGESILGLTQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SSLSGKMYSGSQAPGGIQEIVAMSPELDTYSITKRVKEVLTDNNLGQRLFGESILGLTQG
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD SVSDLLSRPKPWHKLSLKGREPFVRMQLWLNDPHNVEKLRDMKKLEKKAYLKRRYGLIST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SVSDLLSRPKPWHKLSLKGREPFVRMQLWLNDPHNVEKLRDMKKLEKKAYLKRRYGLIST
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD GSDSESPATRSECPSPCLQPQDLSLLQIKKPRVVLAPEEKEALRKAYQLEPYPSQQTIEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GSDSESPATRSECPSPCLQPQDLSLLQIKKPRVVLAPEEKEALRKAYQLEPYPSQQTIEL
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD LSFQLNLKTNTVINWFHNYRSRMRREMLVEGTQDEPDLDPSGGPGILPPGHSHPDPTPQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LSFQLNLKTNTVINWFHNYRSRMRREMLVEGTQDEPDLDPSGGPGILPPGHSHPDPTPQS
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD PDSETEDQKPTVKELELQEGPEENSTPLTTQDKAQVRIKQEQMEEDAEEEAGSQPQDSGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 PDSETEDQKPTVKELELQEGPEENSTPLTTQDKAQVRIKQEQMEEDAEEEAGSQPQDSGE
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD LDKGQGPPKEEHPDPPGNDGLPKVAPGPLLPGGSTPDCPSLHPQQESEAGERLHPDPLSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LDKGQGPPKEEHPDPPGNDGLPKVAPGPLLPGGSTPDCPSLHPQQESEAGERLHPDPLSF
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD KSASESSRCSLEVSLNSPSAASSPGLMMSVSPVPSSSAPISPSPPGAPPAKVPSASPTAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KSASESSRCSLEVSLNSPSAASSPGLMMSVSPVPSSSAPISPSPPGAPPAKVPSASPTAD
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480
pF1KSD MAGALHPSAKVNPNLQRRHEKMANLNNIIYRLERAANREEALEWEF
:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS41 MAGALHPSAKVNPNLQRRHEKMANLNNIIYRVERAANREEALEWEF
1450 1460 1470 1480
>>CCDS56498.1 CUX1 gene_id:1523|Hs108|chr7 (1516 aa)
initn: 2691 init1: 693 opt: 1208 Z-score: 621.7 bits: 127.7 E(32554): 2.6e-28
Smith-Waterman score: 3724; 45.6% identity (67.7% similar) in 1596 aa overlap (1-1486:1-1516)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAANVGSMFQYWKRFDLRRLQKELNSVASELSARQEESEHSHKHLIELRREFKKNVPEEI
:::::::::::::::::..::.::...:. :. ::.:::.:.:.::: ::::::.::..
CCDS56 MAANVGSMFQYWKRFDLQQLQRELDATATVLANRQDESEQSRKRLIEQSREFKKNTPEDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KSD REMVAPVLKSFQAEVVALSKRSQEAEAAFLSVYKQLIEAPDPVPVFEAARSLDDRLQP-P
:..:::.:::::.:. ::::::.:::::::.:::.::..:::::... ...:. ..:
CCDS56 RKQVAPLLKSFQGEIDALSKRSKEAEAAFLNVYKRLIDVPDPVPALDLGQQLQLKVQRLH
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD SFDPSGQPRRDLHTSWKRNPELLSPKEQREGTSPAGPTLTEGSRLPGIPGK--ALLTETL
... .: :. : . : :. :.:. . . : . .. :: :
CCDS56 DIETENQKLRE--TLEEYNKEFAEVKNQEVTIKALKEKIREYEQTLKNQAETIALEKEQK
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LQRNEAEKQKGLQEVQITLAARLGEAEEKIKVLHSALKATQAELLELRRKYDEEAASKAD
:: . :::.. :::.:.. ...: :::.:.. :..::. :..::..:. :::::...:::
CCDS56 LQNDFAEKERKLQETQMSTTSKLEEAEHKVQSLQTALEKTRTELFDLKTKYDEETTAKAD
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD EVGLIMTNLEKANQRAEAAQREVESLREQLASVNSSIRLACCSPQGPSGDKVNFTLCSGP
:. .:::.::.::::::.::::.:.:::::.:.: :..:: ..:. ... .: .
CCDS56 EIEMIMTDLERANQRAEVAQREAETLREQLSSANHSLQLASQIQKAPDVEQAIEVL-TRS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD RLEAALASKDREILRLLKDVQHLQSSLQELEEASANQIADLERQLTAKSEAIEKLEEKLQ
::. ::.:.::: .:..:::.::.:: .:.: ::.::..::.::.::. ....:::::.
CCDS56 SLEVELAAKEREIAQLVEDVQRLQASLTKLRENSASQISQLEQQLSAKNSTLKQLEEKLK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD AQSDYEEIKTELSILKAMKLASSTCSLPQGMAKPEDSLLIAKEAFFPTQKFLLE-KPSLL
.:.::::.: ::.:::.:..: : . : ::: . ::. :. . ... :. . : :
CCDS56 GQADYEEVKKELNILKSMEFAPSEGAGTQDAAKPLEVLLLEKNRSLQSENAALRISNSDL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD ASPEEDPSEDDSIKDSLGTEQSYPSPQQLPPPPGPEDPLSPSPGQPLLGPS-LGPDGTRT
.. . ..:. . :. . : :.::: :: . : . : ..:. :. : .
CCDS56 SGSARRKGKDQPESRRPGSLPA-PPPSQLPRNPGEQA--SNTNGTHQFSPAGLSQDFFSS
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520
pF1KSD FSLSP-FPSLASG--------ERLMMPPAAFKG--EAGGL-LVFPPAFYGAKPPTAPATP
:: .: ..: .: .: :. :::. ..: . :... .. .
CCDS56 SLASPSLPLASTGKFALNSLLQRQLMQSFYSKAMQEAGSTSMIFSTGPYSTNSISSQSPL
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KSD APGPEPLG-GPEPADGGGGGAAGPGAEEEQLDTAEIAFQVKEQLLKHNIGQRVFGHYVLG
.:. : .: :... ..:... : :..:::::: ::::::.:::::::.:::::::
CCDS56 QQSPDVNGMAPSPSQSESAGSVSEG---EEMDTAEIARQVKEQLIKHNIGQRIFGHYVLG
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630
pF1KSD LSQGSVSEILARPKPWRKLTVKGKEPFIKMKQFLSDEQNVLALRTIQVRQR---------
:::::::::::::::: ::::.::::: :::::::::::.::::.:: :::
CCDS56 LSQGSVSEILARPKPWNKLTVRGKEPFHKMKQFLSDEQNILALRSIQGRQRENPGQSLNR
600 610 620 630 640 650
640 650 660 670 680
pF1KSD -------------GSITPRIRTPETGSDDAIKSILEQAKKEIESQKGGEPKTSVAPLSIA
:.:: :::. :::::.::::::::::.:.. :: .:: : : :
CCDS56 LFQEVPKRRNGSEGNITTRIRASETGSDEAIKSILEQAKRELQVQKTAEP----AQPSSA
660 670 680 690 700
690 700 710 720
pF1KSD NGTTPASTSEDAIKSILEQARREMQAQQQAL---LEME---------VAPRGRSVPPSPP
.:. ..:.:::.:::.::::::.::: :: :.. ..:. :. : :
CCDS56 SGS---GNSDDAIRSILQQARREMEAQQAALDPALKQAPLSQSDITILTPKLLSTSPMPT
710 720 730 740 750 760
730 740 750 760 770
pF1KSD --ERPSLA-------TASQNGAPALVKQEEGSGGPAQAP-LPVLSPAAFVQSIIRKVKSE
: :: .: . :: :: . . .:: : . : .:...:.::.:
CCDS56 VSSYPPLAISLKKPSAAPEAGASALPNPPALKKEAQDAPGLDPQGAADCAQGVLRQVKNE
770 780 790 800 810 820
780 790 800 810 820 830
pF1KSD IGDAGYFDHHWASDRGLLSRPYASVSPSLSSSSSSGY---SGQPNGRAWPRGDEAPV--P
.: .: . :: : : :: . . ...: :: .: . ::.... . :
CCDS56 VGRSGAWKDHWWSAVQPERRNAASSEEAKAEETGGGKEKGSGGSGGGSQPRAERSQLQGP
830 840 850 860 870 880
840 850 860 870 880
pF1KSD PEDE---AAAGAEDEPPRTGELKAEGAT---AEAGARLPYYPAYVP--RTLKPTVPPLTP
.: .::. ...::. ::. . .. :: : :: . ::.::::::
CCDS56 SSSEYWKEWPSAESPYSQSSELSLTGASRSETPQNSPLPSSPI-VPMSKPTKPSVPPLTP
890 900 910 920 930 940
890 900 910 920 930 940
pF1KSD EQYELYMYREVDTLELTRQVKEKLAKNGICQRIFGEKVLGLSQGSVSDMLSRPKPWSKLT
::::.:::.::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 EQYEVYMYQEVDTIELTRQVKEKLAKNGICQRIFGEKVLGLSQGSVSDMLSRPKPWSKLT
950 960 970 980 990 1000
950 960 970 980
pF1KSD QKGREPFIRMQLWLSDQLGQAV----GQQPG------ASQASPTE---------PRSSPS
::::::::::::::. .:::.: ::: : .: .: . :..: :
CCDS56 QKGREPFIRMQLWLNGELGQGVLPVQGQQQGPVLHSVTSLQDPLQQGCVSSESTPKTSAS
1010 1020 1030 1040 1050 1060
990 1000 1010 1020 1030
pF1KSD PPPSPTEPEKSSQEPLSLS---------LESSKENQQPEGR----SSSSLSGKMYSGSQA
:.: : .::. ::. .:.::... :: :.:. . . ....
CCDS56 CSPAPESPMSSSESVKSLTELVQQPCPPIEASKDSKPPEPSDPPASDSQPTTPLPLSGHS
1070 1080 1090 1100 1110 1120
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KSD PGGIQEIVAMSPELDTYSITKRVKEVLTDNNLGQRLFGESILGLTQGSVSDLLSRPKPWH
.:::.::::::::::.:::::::::::::::::::::.:::::::::::::.::::::
CCDS56 ALSIQELVAMSPELDTYGITKRVKEVLTDNNLGQRLFGETILGLTQGSVSDLLARPKPWH
1130 1140 1150 1160 1170 1180
1100 1110 1120 1130 1140 1150
pF1KSD KLSLKGREPFVRMQLWLNDPHNVEKLRDMKKLEKKAYLKRRYGLISTGSDSESPAT---R
::::::::::::::::::::.::::: :::..:::::.:::.. .: .. : :..
CCDS56 KLSLKGREPFVRMQLWLNDPNNVEKLMDMKRMEKKAYMKRRHSSVSDSQPCEPPSVGTEY
1190 1200 1210 1220 1230 1240
1160 1170 1180 1190 1200 1210
pF1KSD SECPSPCLQPQDLSLLQIKKPRVVLAPEEKEALRKAYQLEPYPSQQTIELLSFQLNLKTN
:. :: ::: :.:::::::::::::::..::: .:::: .::: :. ::::::.
CCDS56 SQGASP--QPQH----QLKKPRVVLAPEEKEALKRAYQQKPYPSPKTIEDLATQLNLKTS
1250 1260 1270 1280 1290
1220 1230 1240 1250 1260 1270
pF1KSD TVINWFHNYRSRMRREMLVEGTQDEPDLDPSGGPGILPPGHSHPDPTPQSPDSETEDQKP
::::::::::::.:::...: : .:. : : : .:. .: . ..
CCDS56 TVINWFHNYRSRIRRELFIEEIQ-------AGSQG--QAGASD-SPSARSGRAAPSSEGD
1300 1310 1320 1330 1340
1280 1290 1300 1310 1320 1330
pF1KSD TVKELELQEGPEENSTPLTTQDKAQVRIKQEQMEEDAEEEAGSQPQDSGELDKGQGPPKE
. .: ::: .. : . :.: . ..:.. . ::. ..: :: ::
CCDS56 SCDGVEATEGP---GSADTEEPKSQGEAEREEVPRPAEQ---TEPPPSGT----PGPDDA
1350 1360 1370 1380 1390
1340 1350 1360 1370 1380 1390
pF1KSD EHPDPPGNDGLPKVAPGPLLPGGSTPDCPSLHPQQESEAGERLHPDPLSFKSASESSRCS
. : ..: : .:::: :: : . . .. :. . ..:. ..
CCDS56 RDDD---HEGGPVEGPGPL---------PS--PASATATAAPAAPEDAATSAAAAPGE--
1400 1410 1420 1430 1440
1400 1410 1420 1430 1440 1450
pF1KSD LEVSLNSPSAASSPGLMMSVSPVPSSSAPISPSPPGAPPAKVPSASPTADMAGALHPSAK
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1460 1470 1480
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