Result of FASTA (omim) for
pFN21AB1755
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB1755, 1465 aa
1>>>pF1KB1755 1465 - 1465 aa - 1465 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6564+/-0.000654; mu= 11.5674+/- 0.040
mean_var=231.3953+/-48.543, 0's: 0 Z-trim(111.4): 394 B-trim: 416 in 2/52
Lambda= 0.084313
statistics sampled from 19447 (19932) to 19447 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.567), E-opt: 0.2 (0.234), width: 16
Scan time: 13.340
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003961 (OMIM: 603509) myomesin-2 [Homo sapiens] (1465) 9812 1209.3 0
XP_006716300 (OMIM: 603509) PREDICTED: myomesin-2 (1445) 8868 1094.5 0
NP_062830 (OMIM: 603508) myomesin-1 isoform b [Hom (1589) 4109 515.6 1.2e-144
NP_689585 (OMIM: 616832) myomesin-3 [Homo sapiens] (1437) 3541 446.5 7.1e-124
NP_003794 (OMIM: 603508) myomesin-1 isoform a [Hom (1685) 2668 340.4 7.3e-92
XP_016881551 (OMIM: 603508) PREDICTED: myomesin-1 (1673) 2486 318.2 3.3e-85
NP_003310 (OMIM: 188840,600334,603689,604145,60880 (26926) 531 81.8 7.7e-13
XP_016860312 (OMIM: 188840,600334,603689,604145,60 (26973) 531 81.8 7.7e-13
NP_597676 (OMIM: 188840,600334,603689,604145,60880 (27051) 531 81.8 7.8e-13
NP_597681 (OMIM: 188840,600334,603689,604145,60880 (27118) 531 81.8 7.8e-13
XP_016860311 (OMIM: 188840,600334,603689,604145,60 (33101) 531 82.0 8.8e-13
NP_596869 (OMIM: 188840,600334,603689,604145,60880 (33423) 531 82.0 8.9e-13
XP_016860310 (OMIM: 188840,600334,603689,604145,60 (34087) 531 82.0 9e-13
XP_016860309 (OMIM: 188840,600334,603689,604145,60 (34088) 531 82.0 9e-13
NP_001243779 (OMIM: 188840,600334,603689,604145,60 (34350) 531 82.0 9.1e-13
XP_016860308 (OMIM: 188840,600334,603689,604145,60 (35622) 531 82.0 9.3e-13
NP_001254479 (OMIM: 188840,600334,603689,604145,60 (35991) 531 82.0 9.3e-13
NP_000247 (OMIM: 115197,600958,615396) myosin-bind (1274) 412 65.8 2.5e-09
XP_016877727 (OMIM: 601907) PREDICTED: neogenin is (1381) 370 60.7 8.9e-08
XP_016877724 (OMIM: 601907) PREDICTED: neogenin is (1401) 370 60.8 9e-08
XP_016877723 (OMIM: 601907) PREDICTED: neogenin is (1412) 370 60.8 9.1e-08
XP_016877720 (OMIM: 601907) PREDICTED: neogenin is (1434) 370 60.8 9.2e-08
XP_016877721 (OMIM: 601907) PREDICTED: neogenin is (1454) 370 60.8 9.2e-08
XP_011519932 (OMIM: 601907) PREDICTED: neogenin is (1465) 370 60.8 9.3e-08
XP_016877726 (OMIM: 601907) PREDICTED: neogenin is (1394) 366 60.3 1.3e-07
XP_016877725 (OMIM: 601907) PREDICTED: neogenin is (1397) 366 60.3 1.3e-07
NP_001166094 (OMIM: 601907) neogenin isoform 2 pre (1408) 366 60.3 1.3e-07
XP_016877722 (OMIM: 601907) PREDICTED: neogenin is (1417) 366 60.3 1.3e-07
XP_011519935 (OMIM: 601907) PREDICTED: neogenin is (1428) 366 60.3 1.3e-07
XP_011519934 (OMIM: 601907) PREDICTED: neogenin is (1447) 366 60.3 1.3e-07
NP_001166095 (OMIM: 601907) neogenin isoform 3 pre (1450) 366 60.3 1.3e-07
NP_002490 (OMIM: 601907) neogenin isoform 1 precur (1461) 366 60.3 1.3e-07
XP_011519931 (OMIM: 601907) PREDICTED: neogenin is (1470) 366 60.3 1.3e-07
XP_005254465 (OMIM: 601907) PREDICTED: neogenin is (1481) 366 60.3 1.3e-07
XP_011519930 (OMIM: 601907) PREDICTED: neogenin is (1481) 366 60.3 1.3e-07
NP_001073121 (OMIM: 607216) protein sidekick-1 iso ( 679) 342 57.0 6e-07
XP_011523216 (OMIM: 607217) PREDICTED: protein sid (2153) 349 58.4 7e-07
XP_011541173 (OMIM: 607219) PREDICTED: contactin-5 (1026) 326 55.2 3e-06
NP_780775 (OMIM: 607219) contactin-5 isoform 2 pre (1026) 326 55.2 3e-06
NP_001230199 (OMIM: 607219) contactin-5 isoform 1 (1100) 326 55.3 3.2e-06
XP_016873415 (OMIM: 607219) PREDICTED: contactin-5 (1100) 326 55.3 3.2e-06
NP_055176 (OMIM: 607219) contactin-5 isoform 1 pre (1100) 326 55.3 3.2e-06
XP_016861998 (OMIM: 601325) PREDICTED: contactin-3 ( 586) 293 50.9 3.4e-05
XP_016861997 (OMIM: 601325) PREDICTED: contactin-3 ( 970) 293 51.2 4.7e-05
XP_011532070 (OMIM: 601325) PREDICTED: contactin-3 (1028) 293 51.2 4.9e-05
XP_011531597 (OMIM: 607416) PREDICTED: neural cell (1208) 276 49.2 0.00023
XP_016861059 (OMIM: 607416) PREDICTED: neural cell (1208) 276 49.2 0.00023
NP_001240316 (OMIM: 607416) neural cell adhesion m (1208) 276 49.2 0.00023
XP_016861058 (OMIM: 607416) PREDICTED: neural cell (1208) 276 49.2 0.00023
XP_011531596 (OMIM: 607416) PREDICTED: neural cell (1208) 276 49.2 0.00023
>>NP_003961 (OMIM: 603509) myomesin-2 [Homo sapiens] (1465 aa)
initn: 9812 init1: 9812 opt: 9812 Z-score: 6467.3 bits: 1209.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 9812; 99.8% identity (99.9% similar) in 1465 aa overlap (1-1465:1-1465)
10 20 30 40 50 60
pF1KB1 MSLVTVPFYQKRHRHFDQSYRNIQTRYLLDEYASKKRASTQASSQKSLSQRSSSQRASSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MSLVTVPFYQKRHRHFDQSYRNIQTRYLLDEYASKKRASTQASSQKSLSQRSSSQRASSQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB1 TSLGGTICRVCAKRVSTQEDEEQENRSRYQSLVAAYGEAKRQRFLSELAHLEEDVHLARS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TSLGGTICRVCAKRVSTQEDEEQENRSRYQSLVAAYGEAKRQRFLSELAHLEEDVHLARS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB1 QARDKLDKYAIQQMMEDKLAWERHTFEERISRAPEILVRLRSHTVWERMSVKLCFTVQGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QARDKLDKYAIQQMMEDKLAWERHTFEERISRAPEILVRLRSHTVWERMSVKLCFTVQGF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB1 PMPVVQWYKDGSLICQAAEPGKYRIESNYGVHTLEINRADFDDTATYSAVATNAHGQVST
: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PTPVVQWYKDGSLICQAAEPGKYRIESNYGVHTLEINRADFDDTATYSAVATNAHGQVST
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB1 NAAVVVRRFRGDEEPFRSVGLPIGLPLSSMIPYTHFDVQFLEKFGVTFRREGETVTLKCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NAAVVVRRFRGDEEPFRSVGLPIGLPLSSMIPYTHFDVQFLEKFGVTFRREGETVTLKCT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB1 MLVTPDLKRVQPRAEWYRDDVLLKESKWTKMFFGEGQASLSFSHLHKDDEGLYTLRIVSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MLVTPDLKRVQPRAEWYRDDVLLKESKWTKMFFGEGQASLSFSHLHKDDEGLYTLRIVSR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB1 GGVSDHSAFLFVRDADPLVTGAPGAPMDLQCHDANRDYVIVTWKPPNTTTESPVMGYFVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GGVSDHSAFLFVRDADPLVTGAPGAPMDLQCHDANRDYVIVTWKPPNTTTESPVMGYFVD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB1 RCEVGTNNWVQCNDAPVKICKYPVTGLFEGRSYIFRVRAVNSAGISRPSRVSDAVAALDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RCEVGTNNWVQCNDAPVKICKYPVTGLFEGRSYIFRVRAVNSAGISRPSRVSDAVAALDP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB1 LDLRRLQAVHLEGEKEIAIYQDDLEGDAQVPGPPTGVHASEISRNYVVLSWEPPTPRGKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LDLRRLQAVHLEGEKEIAIYQDDLEGDAQVPGPPTGVHASEISRNYVVLSWEPPTPRGKD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB1 PLMYFIEKSVVGSGSWQRVNAQTAVRSPRYAVFDLMEGKSYVFRVLSANRHGLSEPSEIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PLMYFIEKSVVGSGSWQRVNAQTAVRSPRYAVFDLMEGKSYVFRVLSANRHGLSEPSEIT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB1 SPIQAQDVTVVPSAPGRVLASRNTKTSVVVQWDRPKHEEDLLGYYVDCCVAGTNLWEPCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SPIQAQDVTVVPSAPGRVLASRNTKTSVVVQWDRPKHEEDLLGYYVDCCVAGTNLWEPCN
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pF1KB1 HKPIGYNRFVVHGLTTGEQYIFRVKAVNAVGMSENSQESDVIKVQAALTVPSHPYGITLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HKPIGYNRFVVHGLTTGEQYIFRVKAVNAVGMSENSQESDVIKVQAALTVPSHPYGITLL
670 680 690 700 710 720
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pF1KB1 NCDGHSMTLGWKVPKFSGGSPILGYYLDKREVHHKNWHEVNSSPSKPTILTVDGLMEGSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
NP_003 NCDGHSMTLGWKVPKFSGGSPILGYYLDKREVHHKNWHEVNSSPSKPTILTVDGLTEGSL
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pF1KB1 YEFKIAAVNLAGIGEPSDPSEHFKCEAWTMPEPGPAYDLTFCEVRDTSLVMLWKAPVYSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 YEFKIAAVNLAGIGEPSDPSEHFKCEAWTMPEPGPAYDLTFCEVRDTSLVMLWKAPVYSG
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850 860 870 880 890 900
pF1KB1 SSPVSGYFVDFREEDAGEWITVNQTTTASRYLKVSDLQQGKTYVFRVRAVNANGVGKPSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SSPVSGYFVDFREEDAGEWITVNQTTTASRYLKVSDLQQGKTYVFRVRAVNANGVGKPSD
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pF1KB1 TSEPVLVEARPGTKEISAGVDEQGNIYLGFDCQEMTDASQFTWCKSYEEISDDERFKIET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TSEPVLVEARPGTKEISAGVDEQGNIYLGFDCQEMTDASQFTWCKSYEEISDDERFKIET
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pF1KB1 VGDHSKLYLKNPDKEDLGTYSVSVSDTDGVSSSFVLDPEELERLMALSNEIKNPTIPLKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VGDHSKLYLKNPDKEDLGTYSVSVSDTDGVSSSFVLDPEELERLMALSNEIKNPTIPLKS
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB1 ELAYEIFDKGRVRFWLQAEHLSPDASYRFIINDREVSDSEIHRIKCDKATGIIEMVMDRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ELAYEIFDKGRVRFWLQAEHLSPDASYRFIINDREVSDSEIHRIKCDKATGIIEMVMDRF
1030 1040 1050 1060 1070 1080
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pF1KB1 SIENEGTYTVQIHDGKAKSQSSLVLIGDAFKTVLEEAEFQRKEFLRKQGPHFAEYLHWDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SIENEGTYTVQIHDGKAKSQSSLVLIGDAFKTVLEEAEFQRKEFLRKQGPHFAEYLHWDV
1090 1100 1110 1120 1130 1140
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pF1KB1 TEECEVRLVCKVANTKKETVFKWLKDDALYETETLPNLERGICELLIPKLSKKDHGEYKA
:::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TEECEVRLVCKVANTKKETVFKWLKDDVLYETETLPNLERGICELLIPKLSKKDHGEYKA
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB1 TLKDDRGQDVSILEIAGKVYDDMILAMSRVCGKSASPLKVLCTPEGIRLQCFMKYFTDEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TLKDDRGQDVSILEIAGKVYDDMILAMSRVCGKSASPLKVLCTPEGIRLQCFMKYFTDEM
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB1 KVNWCHKDAKISSSEHMRIGGSEEMAWLQICEPTEKDKGKYTFEIFDGKDNHQRSLDLSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KVNWCHKDAKISSSEHMRIGGSEEMAWLQICEPTEKDKGKYTFEIFDGKDNHQRSLDLSG
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB1 QAFDEAFAEFQQFKAAAFAEKNRGRLIGGLPDVVTIMEGKTLNLTCTVFGNPDPEVIWFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QAFDEAFAEFQQFKAAAFAEKNRGRLIGGLPDVVTIMEGKTLNLTCTVFGNPDPEVIWFK
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KB1 NDQDIQLSEHFSVKVEQAKYVSMTIKGVTSEDSGKYSINIKNKYGGEKIDVTVSVYKHGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NDQDIQLSEHFSVKVEQAKYVSMTIKGVTSEDSGKYSINIKNKYGGEKIDVTVSVYKHGE
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460
pF1KB1 KIPDMAPPQQAKPKLIPASASAAGQ
:::::::::::::::::::::::::
NP_003 KIPDMAPPQQAKPKLIPASASAAGQ
1450 1460
>>XP_006716300 (OMIM: 603509) PREDICTED: myomesin-2 isof (1445 aa)
initn: 8868 init1: 8868 opt: 8868 Z-score: 5846.8 bits: 1094.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 9630; 98.4% identity (98.5% similar) in 1465 aa overlap (1-1465:1-1445)
10 20 30 40 50 60
pF1KB1 MSLVTVPFYQKRHRHFDQSYRNIQTRYLLDEYASKKRASTQASSQKSLSQRSSSQRASSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MSLVTVPFYQKRHRHFDQSYRNIQTRYLLDEYASKKRASTQASSQKSLSQRSSSQRASSQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB1 TSLGGTICRVCAKRVSTQEDEEQENRSRYQSLVAAYGEAKRQRFLSELAHLEEDVHLARS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 TSLGGTICRVCAKRVSTQEDEEQENRSRYQSLVAAYGEAKRQRFLSELAHLEEDVHLARS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB1 QARDKLDKYAIQQMMEDKLAWERHTFEERISRAPEILVRLRSHTVWERMSVKLCFTVQGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 QARDKLDKYAIQQMMEDKLAWERHTFEERISRAPEILVRLRSHTVWERMSVKLCFTVQGF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB1 PMPVVQWYKDGSLICQAAEPGKYRIESNYGVHTLEINRADFDDTATYSAVATNAHGQVST
: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PTPVVQWYKDGSLICQAAEPGKYRIESNYGVHTLEINRADFDDTATYSAVATNAHGQVST
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB1 NAAVVVRRFRGDEEPFRSVGLPIGLPLSSMIPYTHFDVQFLEKFGVTFRREGETVTLKCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 NAAVVVRRFRGDEEPFRSVGLPIGLPLSSMIPYTHFDVQFLEKFGVTFRREGETVTLKCT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB1 MLVTPDLKRVQPRAEWYRDDVLLKESKWTKMFFGEGQASLSFSHLHKDDEGLYTLRIVSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MLVTPDLKRVQPRAEWYRDDVLLKESKWTKMFFGEGQASLSFSHLHKDDEGLYTLRIVSR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB1 GGVSDHSAFLFVRDADPLVTGAPGAPMDLQCHDANRDYVIVTWKPPNTTTESPVMGYFVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GGVSDHSAFLFVRDADPLVTGAPGAPMDLQCHDANRDYVIVTWKPPNTTTESPVMGYFVD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB1 RCEVGTNNWVQCNDAPVKICKYPVTGLFEGRSYIFRVRAVNSAGISRPSRVSDAVAALDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 RCEVGTNNWVQCNDAPVKICKYPVTGLFEGRSYIFRVRAVNSAGISRPSRVSDAVAALDP
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XP_006 KIPDMAPPQQAKPKLIPASASAAGQ
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.... . . . ::. ::. : :::.: :. :.....:::: :. . : :.... :
NP_062 KELMMEVCKKIALSATDLKIQSTAEGIQLYSFVTYYVEDLKVNWSHNGSAIRYSDRVKTG
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:::.:..:::::::::.:::.:::::.:.:.: ::: :.::.. . ..: ..: : ..
NP_062 KNRARVLGGLPDVVTIQEGKALNLTCNVWGDPPPEVSWLKNEKALASDDHCNLKFEAGRT
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. .::.::.. :::::.. .:::::.: : ::::.
NP_062 AYFTINGVSTADSGKYGLVVKNKYGSETSDFTVSVFIPEEEARMAALESLKGGKKAK
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pF1KB1 SAAGQ
>>NP_689585 (OMIM: 616832) myomesin-3 [Homo sapiens] (1437 aa)
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pF1KB1 MSLVTVPFYQKRHRHFDQSYRNIQTRYLLDEYASKKRASTQASSQKSLSQRSSSQR---
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NP_689 SAADYALAAALALTASSELSW---EAQLRRQTSAVELEERGQ-KRVGFGNDWERTEIAFL
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NP_689 QTHRLLRQRRDWKTLRRRTEEKVQEAKELRELCYGRGPWFWIPLRSHAVWEHTTVLLTCT
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NP_689 VQASPPPQVTWYKNDTRIDPRLFRAGKYRITNNYGLLSLEIRRCAIEDSATYTVRVKNAH
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pF1KB1 GQVSTNAAVVVRRFRGDEEPFRSVGLPIGLPLSSMIPYTHFDVQFLEKFGVTFRREGETV
::.:. : :.:: . : . : : : . :.. : .:.: . .: :: :
NP_689 GQASSFAKVLVRTYLGKDAGFDS---EI-FKRSTFGP----SVEFTSVLKPVFAREKEPF
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.:.: : . :. .. .:.:: ::. :. :... . ::::. : .:.::::: .
NP_689 SLSC--LFSEDVLDAES-IQWFRDGSLLRSSRRRKILYTDRQASLKVSCTYKEDEGLYMV
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pF1KB1 RIVSRGGVSDHSAFLFVRDADPLVTGAPGAPMDLQCHDANRDYVIVTWKPPNTTTESPVM
:. : : ..:....::::. ::::.:....: :.::: .:.:: ::. : .:.
NP_689 RVPSPFGPREQSTYVLVRDAEAENPGAPGSPLNVRCLDVNRDCLILTWAPPSDTRGNPIT
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pF1KB1 GYFVDRCEVGTNNWVQCNDAPVKICKYPVTGLFEGRSYIFRVRAVNSAGISRPSRVSDAV
.: ..::. ...:. :..:: :. :. :: ::.:: :::::.. .: : ::..:. :
NP_689 AYTIERCQGESGEWIACHEAPGGTCRCPIQGLVEGQSYRFRVRAISRVGSSVPSKASELV
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. : :: . .. ..:.: : .: . .:.:::.:::::: . ::::.:: :.
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:: . :: : .::::.:::.:. ..... :::::.::.:: . ::::::: . :..:::.
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