Result of FASTA (omim) for
pFN21AA1853
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1853, 611 aa
1>>>pF1KA1853 611 - 611 aa - 611 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.4466+/-0.000442; mu= -19.4685+/- 0.028
mean_var=441.1576+/-90.871, 0's: 0 Z-trim(123.6): 224 B-trim: 1205 in 1/60
Lambda= 0.061063
statistics sampled from 43351 (43642) to 43351 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.786), E-opt: 0.2 (0.512), width: 16
Scan time: 14.320
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_919262 (OMIM: 613103) serine/arginine repetitiv ( 611) 4009 367.6 7e-101
XP_005255283 (OMIM: 606032) PREDICTED: serine/argi (2751) 616 69.1 2.3e-10
NP_057417 (OMIM: 606032) serine/arginine repetitiv (2752) 616 69.1 2.3e-10
XP_016855519 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 804) 468 55.7 7e-07
XP_016855520 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 804) 468 55.7 7e-07
XP_016855506 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 848) 468 55.7 7.4e-07
XP_016855509 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 887) 468 55.8 7.6e-07
XP_011538785 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 805) 462 55.2 1e-06
XP_005245779 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 888) 462 55.2 1.1e-06
XP_016855505 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 943) 462 55.2 1.2e-06
XP_016855511 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 872) 430 52.4 7.7e-06
XP_016855521 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 803) 425 51.9 9.7e-06
XP_016855510 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 886) 425 52.0 1.1e-05
XP_016855522 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 791) 420 51.5 1.3e-05
XP_011513272 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre ( 829) 402 49.9 4.1e-05
XP_016866923 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre ( 867) 402 49.9 4.2e-05
XP_016866921 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre ( 867) 402 49.9 4.2e-05
XP_016866922 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre ( 867) 402 49.9 4.2e-05
XP_016866924 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre ( 867) 402 49.9 4.2e-05
XP_016866910 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866920 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
NP_003904 (OMIM: 602338) serine/threonine-protein (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866899 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866907 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866905 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866917 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866902 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866906 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866915 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866901 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866914 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866913 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866900 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866911 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866916 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866904 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866908 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866919 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866909 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866912 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866903 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
XP_016866918 (OMIM: 602338) PREDICTED: serine/thre (1007) 402 50.0 4.8e-05
NP_005617 (OMIM: 601940) serine/arginine-rich spli ( 494) 370 47.0 0.00019
NP_055023 (OMIM: 125420,125485,125490,125500,60559 (1301) 351 45.5 0.0013
XP_011540253 (OMIM: 601940) PREDICTED: serine/argi ( 464) 324 42.9 0.003
NP_115285 (OMIM: 603269) serine/arginine-rich spli ( 282) 312 41.7 0.0041
XP_016872631 (OMIM: 603269) PREDICTED: serine/argi ( 282) 312 41.7 0.0041
>>NP_919262 (OMIM: 613103) serine/arginine repetitive ma (611 aa)
initn: 4009 init1: 4009 opt: 4009 Z-score: 1932.1 bits: 367.6 E(85289): 7e-101
Smith-Waterman score: 4009; 99.8% identity (99.8% similar) in 611 aa overlap (1-611:1-611)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MASVQQGEKQLFEKFWRGTFKAVATPRPESIIVASITARKPLPRTEPQNNPVVPAQDGPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 MASVQQGEKQLFEKFWRGTFKAVATPRPESIIVASITARKPLPRTEPQNNPVVPAQDGPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 EKLGQHLATEPLGTNSWERDKTCRELGATRGHSASHDKDLTPPPSSRGKKKKKKSTRKKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 EKLGQHLATEPLGTNSWERDKTCRELGATRGHSASHDKDLTPPPSSRGKKKKKKSTRKKR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 RRSSSYSPSPVKKKKKKSSKKHKRRRSFSKKRRHSSSSPKSKRRDEKRHKKQSRSRPRKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 RRSSSYSPSPVKKKKKKSSKKHKRRRSFSKKRRHSSSSPKSKRRDEKRHKKQSRSRPRKS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 HRHRHHRCPSRSQSSESRPSSCESRHRGRSPEEGQKSRRRHSRRCSKTLCKDSPEAQSSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 HRHRHHRCPSRSQSSESRPSSCESRHRGRSPEEGQKSRRRHSRRCSKTLCKDSPEAQSSR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 PPSQPLQMLGYLSARGVITGSGSAADLFTKTASPLTTSRGRSQEYDSGNDTSSPPSTQTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 PPSQPLQMLGYLSARGVITGSGSAADLFTKTASPLTTSRGRSQEYDSGNDTSSPPSTQTS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 SARSRGQEKGSPSGGLSKSRELNSGNTSDSGNSFTTSSPQNKGAMLENLSPTSRGRESRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 SARSRGQEKGSPSGGLSKSRELNSGNTSDSGNSFTTSSPQNKGAMLENLSPTSRGRESRG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 FQSPCLECAEVKKSSLVPSTARSSPMKGCSRSSSYASTRSSSHSSRSPNPRASPRYTQSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 FQSPCLECAEVKKSSLVPSTARSSPMKGCSRSSSYASTRSSSHSSRSPNPRASPRYTQSR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 STSSEKRSYSRSPSYSSKSGKRSPPSRSSRSRRSPSYSRYSPSRERDPKYSEKDSQQRER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 STSSEKRSYSRSPSYSSKSGKRSPPSRSSRSRRSPSYSRYSPSRERDPKYSEKDSQQRER
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 ERARRRRRSYSPMRKRRRDSPSHLEARRITSARKRPIPYYRPSPSSSGSLSSTSSWYSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 ERARRRRRSYSPMRKRRRDSPSHLEARRITSARKRPIPYYRPSPSSSGSLSSTSSWYSSS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 SSRSASRSYSRSWSRSRSRRRSRTRTSSSSSSRSPSPGSRSRSRSRSRSRSRSRSQSRSY
:::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_919 SSRSASRSYSRSRSRSRSRRRSRTRTSSSSSSRSPSPGSRSRSRSRSRSRSRSRSQSRSY
550 560 570 580 590 600
610
pF1KA1 SSADSYSSTRR
:::::::::::
NP_919 SSADSYSSTRR
610
>>XP_005255283 (OMIM: 606032) PREDICTED: serine/arginine (2751 aa)
initn: 1124 init1: 248 opt: 616 Z-score: 307.1 bits: 69.1 E(85289): 2.3e-10
Smith-Waterman score: 646; 31.8% identity (57.0% similar) in 551 aa overlap (90-611:169-689)
60 70 80 90 100 110
pF1KA1 SEKLGQHLATEPLGTNSWERDKTCRELGATRGHSASHDKDLTPPPSSRGKKKKKKSTRKK
. .: .... . :. . ::::::. : .
XP_005 FGISDSYVDGSSFDPQRRAREAKQPAPEPPKPYSLVRESSSSRSPTPKQKKKKKKKDRGR
140 150 160 170 180 190
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 RRRSSSYSPSPVKKKKKKSSKKHKRRRSFSKKRRHSSSSPKSKRRDEKRHKKQSRSRPRK
: .::: : ...::.:.::..: .: ::::.: : .:::::... ...:.:::
XP_005 RSESSS----PRRERKKSSKKKKHRSESESKKRKHRSPTPKSKRKSKDKKRKRSRSTTPA
200 210 220 230 240 250
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 SHRHRHHRCPSRSQSSESRPSSCESRHRGRSPEEGQKSRRRHSRRCSKTLCKDSPEAQSS
. .: : :: :..: :: :: :.:: . . :. .: :: :.
XP_005 PKSRRAH----RSTSADSASSSDTSRSRSRSA-----AAKTHTT----ALAGRSPSPASG
260 270 280 290 300
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 R--PPSQPLQMLGYLSARGVITGSGSAADLFTKTASPLTTSRGRSQEYDSGNDTSSPPST
: . :.. : : : :. . : : .: . . .... . : ::
XP_005 RRGEGDAPFSEPGTTS-----TQRPSSPE--TATKQPSSPYEDKDKDKKEKSATRPSPSP
310 320 330 340 350
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 QTSSARSRGQEKGSPSGGLSKSRELNSGNTSDSGNSFTTSSPQNKGAMLENLSPTSRGR-
. ::. : : .:. :.. . . . . : .: .... .. :: . .
XP_005 ERSST---GPEPPAPTPLLAERHGGSPQPLATTPLSQEPVNPPSEASPTRDRSPPKSPEK
360 370 380 390 400 410
360 370 380 390 400
pF1KA1 --ESRGFQS--PCLECAEVKK-SSLVPSTARSSPMKGCSR---SSSYASTRSSSHSSRSP
.: . .: : . ..:.. .: : . . .: : : :: ...:: ....:.
XP_005 LPQSSSSESSPPSPQPTKVSRHASSSPESPKPAPAPGSHREISSSPTSKNRSHGRAKRDK
420 430 440 450 460 470
410 420 430 440 450 460
pF1KA1 NPRASP--RYTQSRSTSSEKR--SYSRSPSYSSKSGKRSPPSRSSRSRRSPSYSRYSPSR
. .: :. .::: .. :: : ::.:. ..: .::: : ::: . . :: ::.:
XP_005 SHSHTPSRRMGRSRSPATAKRGRSRSRTPTKRGHSRSRSPQWRRSRSAQRWGRSR-SPQR
480 490 500 510 520 530
470 480 490 500 510
pF1KA1 E---RDPKYS----EKDSQQRERERARRRRRSYSPMRKRRRDSPSHLEARRITSARKRPI
. :.:. ...:.: : :. :: ::.: : : :. ::: : :.:
XP_005 RGRSRSPQRPGWSRSRNTQRRGRSRSARRGRSHSRSPATRGRSRSRTPARRGRS-RSRT-
540 550 560 570 580
520 530 540 550 560 570
pF1KA1 PYYRPSPSSSGSLSSTSSWYSSSSSRSASRSYSRSWSRSRS--RRRSRTRTSS--SSSSR
: : : : . . . : . .:: ::. .: ::.:: :::::.:. . :. ::
XP_005 PARRRSRSRTPTRRRSRSRTPARRGRSRSRTPARRRSRTRSPVRRRSRSRSPARRSGRSR
590 600 610 620 630 640
580 590 600 610
pF1KA1 SPSPGSRSRSRSRS---RSRSRSRSQSRSYSSADSYSSTRR
: .:. :.:::::. :.:::::. .: . . : . .::
XP_005 SRTPARRGRSRSRTPARRGRSRSRTPARRSGRSRSRTPARRGRSRSRTPRRGRSRSRSLV
650 660 670 680 690 700
XP_005 RRGRSHSRTPQRRGRSGSSSERKNKSRTSQRRSRSNSSPEMKKSRISSRRSRSLSSPRSK
710 720 730 740 750 760
>--
initn: 449 init1: 242 opt: 542 Z-score: 271.8 bits: 62.6 E(85289): 2.1e-08
Smith-Waterman score: 560; 30.4% identity (50.5% similar) in 639 aa overlap (1-610:1459-2033)
10 20 30
pF1KA1 MASVQQGEKQLFEKFWRGTFKAVATPRPES
... . : :.. . :: . ..:.:..
XP_005 DGLPRTPSRRSRSGSSPGLRDGSGTPSRHSLSGSSPGMKDIPRTPSRGRSECDSSPEPKA
1430 1440 1450 1460 1470 1480
40 50 60 70 80
pF1KA1 IIVASITARKPLPRTEPQNNPVVPAQ---DGPSEKLGQH-LATEPLGTNSWERDKTCREL
. . :. : . :: . : .: .. :. .: ::: : :. . .::
XP_005 LP-QTPRPRSRSPSSPELNNKCLTPQRERSGSESSVDQKTVARTPLGQRS--RSGSSQEL
1490 1500 1510 1520 1530 1540
90 100 110 120 130 140
pF1KA1 GATRGHSASHDKDLTPPPSSRGKKKKKKSTRKKRRRSSSYSPSPVKKKKKKSSKKHKRRR
. ::: .. . :: .: : .. ..: ::.: :: .:..
XP_005 DVK--PSAS-PQERSESDSSPDSKAKTRTPLRQRSRSGS---SPEVDSKSR---------
1550 1560 1570 1580 1590
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 SFSKKRRHSSSSP--KSKRRDEKRHKKQSRSRPR-KSHRHRHHRCPSRS-QSSESR-PSS
.: .: .:.::: :.: : : .. : : :. :. : ::: .::..: ::
XP_005 -LSPRRSRSGSSPEVKDKPRAAPRAQSGSDSSPEPKAPAPRALPRRSRSGSSSKGRGPSP
1600 1610 1620 1630 1640
210 220 230 240 250
pF1KA1 CESRHRGRSPEEGQKSR--RRHSRRCS--KTLCKDSPEAQSSRPPSQPLQMLGYLSARGV
: :::. ::: :: :: :: . :. .::: : : . :: :
XP_005 EGSSSTESSPEHPPKSRTARRGSRSSPEPKTKSRTPPRRRSSRS-SPELTRKARLSRR--
1650 1660 1670 1680 1690 1700
260 270 280 290 300 310
pF1KA1 ITGSGSAADLFTKTASPLTTSRGRSQEYDSGNDTSSPPSTQTSSARSRGQEKGSPSGGLS
: :: ..:: : :: .. : . .: :. .. :.: : . .::
XP_005 ---SRSA------SSSPETRSRTPPRHRRSPSVSSPEPAEKSRSSRRR-RSASSPR----
1710 1720 1730 1740 1750
320 330 340 350 360 370
pF1KA1 KSRELNSGNTSDSGNSFTTSSPQNKGAMLENLSPTSRGRESRGFQSPCLECAEVKKSSLV
. .:: : : ::. .: :. :: ...: ... .
XP_005 ------TKTTSRRGRS---PSPKPRG--LQRSRSRSRREKTR----------TTRRRDRS
1760 1770 1780 1790
380 390 400 410 420 430
pF1KA1 PSTARSSPMKGCSRSSSYASTR---SSSHSSRSPNPRASPRYTQSRSTSSEKRSYSRSPS
:. .: . ::: : .. : .:.. :::: : .::..: ..:. ::.:
XP_005 GSSQSTSRRRQRSRSRSRVTRRRRGGSGYHSRSPA-----RQESSRTSSRRRRGRSRTPP
1800 1810 1820 1830 1840
440 450 460 470 480 490
pF1KA1 YSSKSGKR--SP-PSRSSRSRRSPSYSRYSPSRERDPKYSEKDSQQRERERARRRRRSYS
: : .. :: : . :::: ::. : : : : : :.. :..: .::: :: .
XP_005 TSRKRSRSRTSPAPWKRSRSRASPATHRRS--RSRTPLISRRRSRSRTSPVSRRRSRSRT
1850 1860 1870 1880 1890 1900
500 510 520 530 540
pF1KA1 PMRKRRRDSPSHLEARRITSARKRPIPYYRP---SPSSSGSLSSTSSWYSSSSSRSASRS
. .:: : . .:: . .: :. : .:.. : . . ::: .
XP_005 SVTRRRSRSRASPVSRRRSRSRTPPVTRRRSRSRTPTTRRRSRSRTPPVTRRRSRSRTPP
1910 1920 1930 1940 1950 1960
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 YSRSWSRSRS----RRRSRTRTSSSSSSRS---PSPGSRSRSRSRSRSRSRSRSQSRSYS
.: ::::. :::::.::: . :: :: .: :::::. .: ::.::.
XP_005 VTRRRSRSRTSPITRRRSRSRTSPVTRRRSRSRTSPVTRRRSRSRTSPVTRRRSRSRTPP
1970 1980 1990 2000 2010 2020
610
pF1KA1 SADSYSSTRR
. : .:
XP_005 AIRRRSRSRTPLLPRKRSRSRSPLAIRRRSRSRTPRTARGKRSLTRSPPAIRRRSASGSS
2030 2040 2050 2060 2070 2080
>>NP_057417 (OMIM: 606032) serine/arginine repetitive ma (2752 aa)
initn: 1124 init1: 248 opt: 616 Z-score: 307.1 bits: 69.1 E(85289): 2.3e-10
Smith-Waterman score: 646; 31.8% identity (57.0% similar) in 551 aa overlap (90-611:169-689)
60 70 80 90 100 110
pF1KA1 SEKLGQHLATEPLGTNSWERDKTCRELGATRGHSASHDKDLTPPPSSRGKKKKKKSTRKK
. .: .... . :. . ::::::. : .
NP_057 FGISDSYVDGSSFDPQRRAREAKQPAPEPPKPYSLVRESSSSRSPTPKQKKKKKKKDRGR
140 150 160 170 180 190
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pF1KA1 RRRSSSYSPSPVKKKKKKSSKKHKRRRSFSKKRRHSSSSPKSKRRDEKRHKKQSRSRPRK
: .::: : ...::.:.::..: .: ::::.: : .:::::... ...:.:::
NP_057 RSESSS----PRRERKKSSKKKKHRSESESKKRKHRSPTPKSKRKSKDKKRKRSRSTTPA
200 210 220 230 240 250
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 SHRHRHHRCPSRSQSSESRPSSCESRHRGRSPEEGQKSRRRHSRRCSKTLCKDSPEAQSS
. .: : :: :..: :: :: :.:: . . :. .: :: :.
NP_057 PKSRRAH----RSTSADSASSSDTSRSRSRSA-----AAKTHTT----ALAGRSPSPASG
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240 250 260 270 280 290
pF1KA1 R--PPSQPLQMLGYLSARGVITGSGSAADLFTKTASPLTTSRGRSQEYDSGNDTSSPPST
: . :.. : : : :. . : : .: . . .... . : ::
NP_057 RRGEGDAPFSEPGTTS-----TQRPSSPE--TATKQPSSPYEDKDKDKKEKSATRPSPSP
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300 310 320 330 340 350
pF1KA1 QTSSARSRGQEKGSPSGGLSKSRELNSGNTSDSGNSFTTSSPQNKGAMLENLSPTSRGR-
. ::. : : .:. :.. . . . . : .: .... .. :: . .
NP_057 ERSST---GPEPPAPTPLLAERHGGSPQPLATTPLSQEPVNPPSEASPTRDRSPPKSPEK
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360 370 380 390 400
pF1KA1 --ESRGFQS--PCLECAEVKK-SSLVPSTARSSPMKGCSR---SSSYASTRSSSHSSRSP
.: . .: : . ..:.. .: : . . .: : : :: ...:: ....:.
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pF1KA1 NPRASP--RYTQSRSTSSEKR--SYSRSPSYSSKSGKRSPPSRSSRSRRSPSYSRYSPSR
. .: :. .::: .. :: : ::.:. ..: .::: : ::: . . :: ::.:
NP_057 SHSHTPSRRMGRSRSPATAKRGRSRSRTPTKRGHSRSRSPQWRRSRSAQRWGRSR-SPQR
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pF1KA1 E---RDPKYS----EKDSQQRERERARRRRRSYSPMRKRRRDSPSHLEARRITSARKRPI
. :.:. ...:.: : :. :: ::.: : : :. ::: : :.:
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: : : : . . . : . .:: ::. .: ::.:: :::::.:. . :. ::
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: .:. :.:::::. :.:::::. .: . . : . .::
NP_057 SRTPARRGRSRSRTPARRGRSRSRTPARRSGRSRSRTPARRGRSRSRTPRRGRSRSRSLV
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>--
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... . : :.. . :: . ..:.:..
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. . :. : . :: . : .: .. :. .: ::: : :. . .::
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. ::: .. . :: .: : .. ..: ::.: :: .:..
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: :: ..:: : :: .. : . .: :. .. :.: : . .::
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. .:: : : ::. .: :. :: ...: ... .
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:. .: . ::: : .. : .:.. :::: : .::..: ..:. ::.:
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: : .. :: : . :::: ::. : : : : : :.. :..: .::: :: .
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. .:: : . .:: . .: :. : .:.. : . . ::: .
NP_057 SVTRRRSRSRASPVSRRRSRSRTPPVTRRRSRSRTPTTRRRSRSRTPPVTRRRSRSRTPP
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pF1KA1 YSRSWSRSRS----RRRSRTRTSSSSSSRS---PSPGSRSRSRSRSRSRSRSRSQSRSYS
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610
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. : .:
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:: . : .: : . . . . :. .: .:. .:.:.:. ..: ::.: :
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:. : . .. : .. .. .:.. .: .: ... .: . . .: ..
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. : ....: . .. .. .. :. :. ..::::.: .. . . : . ..: :
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:. : .:: . .. .. : :. .: .: .. .:.. :::.: . :
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.: : . : :.:. . ::: : ::::: :::: .: .:: .
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.:: . : .:: ::: ::.. . : : : :: .. : ::
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. ..:: : : .:: . .:. : . ..: :: : :. : : .: .: : :
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pF1KA1 QSRSYSSADSYSSTRR
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:: . : .: : . . . . :. .: .:. .:.:.:. ..: ::.: :
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. .... :. . ::: :..: .: :. .:: :.. : : :::.
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:. : . .. : .. .. .:.. .: .: ... .: . . .: ..
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:. : .:: . .. .. : :. .: .: .. .:.. :::.: . :
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.: : . : :.:. . ::: : ::::: :::: .: .:: .
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.:: . : .:: ::: ::.. . : : : :: .. : ::
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. ..:: : : .:: . .:. : . ..: :: : :. : : .: .: : :
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pF1KA1 QSRSYSSADSYSSTRR
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>>XP_016855506 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/arginine (848 aa)
initn: 347 init1: 133 opt: 468 Z-score: 244.1 bits: 55.7 E(85289): 7.4e-07
Smith-Waterman score: 489; 26.7% identity (51.2% similar) in 570 aa overlap (38-595:138-661)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 EKQLFEKFWRGTFKAVATPRPESIIVASITARKPLPRTEPQNNPVVPAQDGPSEKLGQHL
.:.: : :... .: :: :.
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XP_016 RSPVRRRRRSSASLSGSSSSSSSSRSRSPPKKPPKRTSSPPRKTRRLSPSASPPRRRHRP
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:. : . .. : .. .. .:.. .: .: ... .: . . .: ..
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.:: . : .:: ::: ::.. . : : : :: .. : ::
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XP_016 KHRKGSSPSRSTREARS-PQPNKRHSPSPRPRAPQTSSSPPPVRRGASSSPQRRQSPSPS
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pF1KA1 QSRSYSSADSYSSTRR
XP_016 TRPIRRVSRTPEPKKIKKAASPSPQSVRRVSSSRSVSGSPEPAAKKPPAPPSPVQSQSPS
670 680 690 700 710 720
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10 20 30 40 50 60
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.:.: : :... .: :: :.
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pF1KA1 ATEPLGTNSWERDKTCRELGATRGHSASHDKDLTPPPSSRGKKKKKKSTRKKRRRSSSYS
:: . : .: : . . . . :. .: .:. .:.:.:. ..: ::.: :
XP_016 -KEP---SVQEATSTSDILKVPKPEPIPEPKEPSPEKNSKKEKEKEKTRPRSRSRSKSRS
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pF1KA1 PSPVKKKKKKSSKKHKRRRSFSKKRRHSSSS-PKSKRRDEKRHKKQSRSRPRKSHRHRHH
. .... :. . ::: :..: .: :. .:: :.. : : :::.
XP_016 ----RTRSRSPSHTRPRRRHRSRSRSYSPRRRPSPRRRPSPRRRTPPRRMP-PPPRHRRS
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: : ::..: : :: : :.::: . .: : .. : . :: . ::
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:. : . .. : .. .. .:.. .: .: ... .: . . .: ..
XP_016 SPPATPPPKTRHSPTPQQSNRTRKSRVSVSPGRTSGKVTKHKG-TEKRESPSPAPKPRKV
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. : ....: . .. .. .. :. :. ..::::.: .. . . : . ..: :
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:. : .:: . .. .. : :. .: .: .. .:.. :::.: . :
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.: : . : :.:. . ::: : ::::: :::: .: .:: .
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.:: . : .:: ::: ::.. . : : : :: .. : ::
XP_016 P--------KRRTASPPPPPKRRASPSPPPKRRVSHS---PPPKQRSSPVTKRRSPSLSS
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. ..:: : : .:: . .:. : . ..: :: : :. : : .: .: : :
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pF1KA1 QSRSYSSADSYSSTRR
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XP_011 EQEKLASMKKQDEDKDKRDKEEKESSREKRERSRSPRRTKSRSPSPAPEKKEKTPELPEP
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.. : .. :..:::. :: : . : : : . ::: . .: : . ..::
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:. :: : .: .: ..::: ::..: . . : . : ::. . ::
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pF1KA1 TTSRGRSQEYDSGNDTSSPPSTQTSSARSRGQEKGSPSGGLSKSRELNSGNTSDSGNSFT
.: .... . .... ....: . .: . : . : : :: : . ..
XP_011 ATPPPKTRHSPTPQQSNRTRKSRVSVSPGRTSGKVTKHKGTEK-RESPSPAPKPRKVELS
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: .. : : : .: . : :. . . ..:: :: .: .:
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pF1KA1 YASTRSSSHSSRSPNPRASPRYT-----QSRSTSSEKRSYSRSPSYSSKSGKRSP-PSRS
.. .::.: : :. . ..:::. :: :.: .: :::: .::: :.
XP_011 HSPSRSASPSPRKRQKETSPRMQMGKRWQSPVTKSGRRR--RSPSPPPTRRRRSPSPAPP
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450 460 470 480 490 500
pF1KA1 SRSRRSPSYS--RYSPS---RERDP---KYSEKDSQQRERERARRRRRSYSPMRKRRRDS
: ::.:. : .:: :.:.: .:: ... .:: . : .:: :
XP_011 PRRRRTPTPPPRRRTPSPPPRRRSPSPRRYSPPIQRRYSPSPPPKRRTASPPPPPKRRAS
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510 520 530 540 550 560
pF1KA1 PSHLEARRITSARKRPIPYYRPSPSSSGSLSSTSSWYSSSSSRSASRSYSRSWSRSRSRR
:: ::.. . : : : :: .. : :: . ..:: : : .:: . .:.
XP_011 PSPPPKRRVSHS---PPPKQRSSPVTKRRSPSLSSKHRKGSSPSRSTREARS-PQPNKRH
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: . ..: :: : :. : : .: .: : :
XP_011 SPSPRPRAPQTSSSPPPVRRGASSSPQRRQSPSPSTRPIRRVSRTPEPKKIKKAASPSPQ
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XP_011 SVRRVSSSRSVSGSPEPAAKKPPAPPSPVQSQSPSTNWSPAVPVKKAKSPTPSPSPPRNS
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>>XP_005245779 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/arginine (888 aa)
initn: 347 init1: 133 opt: 462 Z-score: 241.0 bits: 55.2 E(85289): 1.1e-06
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50 60 70 80 90 100
pF1KA1 QNNPVVPAQDGPSEKLGQHLATEPLGTNSWERDKTCRELGATRGHSASHDKDLTPPPSSR
::... :. . : . :. ::
XP_005 EQEKLASMKKQDEDKDKRDKEEKESSREKRERSRSPRRTKSRSPSPAPEKKEKTPELPEP
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pF1KA1 GKKKKKKSTRKKRRRSSSYS---PSPVKKKKKKSSKKHKRRRSFSKKRRHSSSSPKSKRR
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XP_005 SVKVKEPSVQEATSTSDILKVPKPEPIPEPKEPSPEKNSKKEKEKEKTRPRSRS-RSKSR
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pF1KA1 DEKRHKKQSRSRPRKSHRHRHHR-CPSRSQSSESRPSSCESR--HRGRSPEEGQKSRR--
.. : .. :..:::. :: : . : : : . ::: . .: : . ..::
XP_005 SRTRSRSPSHTRPRRRHRSRSRSYSPRRRPSPRRRPSPRRRTPPRRMPPPPRHRRSRSPV
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pF1KA1 RHSRRCSKTLCKDSPEAQSSR---PPSQPLQMLGYLSARGVITGSGSAADLFTK-TASPL
:. :: : .: .: ..::: ::..: . . : . : ::. . ::
XP_005 RRRRRSSASLSGSSSSSSSSRSRSPPKKPPKRTSS-PPRKTRRLSPSASPPRRRHRPSPP
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pF1KA1 TTSRGRSQEYDSGNDTSSPPSTQTSSARSRGQEKGSPSGGLSKSRELNSGNTSDSGNSFT
.: .... . .... ....: . .: . : . : : :: : . ..
XP_005 ATPPPKTRHSPTPQQSNRTRKSRVSVSPGRTSGKVTKHKGTEK-RESPSPAPKPRKVELS
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pF1KA1 TSSPQNKGAMLENLSPTSRGRESRGFQSPCLECAEVKKSSLVPSTARSSPMKG-CSRSSS
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XP_005 ESEEDKGGKMAAADSVQQRRQYRRQNQQSSSDSGS-SSSSEDERPKRSHVKNGEVGRRRR
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.. .::.: : :. . ..:::. :: :.: .: :::: .::: :.
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:: ::.. . : : : :: .. : :: . ..:: : : .:: . .:.
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pF1KA1 QNNPVVPAQDGPSEKLGQHLATEPLGTNSWERDKTCRELGATRGHSASHDKDLTPPPSSR
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XP_016 EQEKLASMKKQDEDKDKRDKEEKESSREKRERSRSPRRTKSRSPSPAPEKKEKTPELPEP
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pF1KA1 GKKKKKKSTRKKRRRSSSYS---PSPVKKKKKKSSKKHKRRRSFSKKRRHSSSSPKSKRR
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XP_016 SVKVKEPSVQEATSTSDILKVPKPEPIPEPKEPSPEKNSKKEKEKEKTRPRSRS-RSKSR
260 270 280 290 300 310
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pF1KA1 DEKRHKKQSRSRPRKSHRHRHHR-CPSRSQSSESRPSSCESR--HRGRSPEEGQKSRR--
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XP_016 SRTRSRSPSHTRPRRRHRSRSRSYSPRRRPSPRRRPSPRRRTPPRRMPPPPRHRRSRSPV
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XP_016 RRRRRSSASLSGSSSSSSSSRSRSPPKKPPKRTSS-PPRKTRRLSPSASPPRRRHRPSPP
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XP_016 ATPPPKTRHSPTPQQSNRTRKSRVSVSPGRTSGKVTKHKGTEK-RESPSPAPKPRKVELS
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XP_016 ESEEDKGGKMAAADSVQQRRQYRRQNQQSSSDSGS-SSSSEDERPKRSHVKNGEVGRRRR
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pF1KA1 YASTRSSSHSSRSPNPRASPRYT-----QSRSTSSEKRSYSRSPSYSSKSGKRSP-PSRS
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XP_016 PSPPPKRRVSHS---PPPKQRSSPVTKRRSPSLSSKHRKGSSPSRSTREARS-PQPNKRH
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]