Result of FASTA (ccds) for
pFN21AA1469
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1469, 649 aa
1>>>pF1KA1469 649 - 649 aa - 649 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7812+/-0.00129; mu= 17.3542+/- 0.078
mean_var=107.3470+/-21.264, 0's: 0 Z-trim(103.8): 193 B-trim: 96 in 1/49
Lambda= 0.123788
statistics sampled from 7360 (7577) to 7360 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.597), E-opt: 0.2 (0.233), width: 16
Scan time: 2.900
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13121.1 FLRT3 gene_id:23767|Hs108|chr20 ( 649) 4311 781.7 0
CCDS8057.1 FLRT1 gene_id:23769|Hs108|chr11 ( 674) 2479 454.6 2.1e-127
CCDS9877.1 FLRT2 gene_id:23768|Hs108|chr14 ( 660) 1684 312.6 1.1e-84
CCDS46346.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 590) 457 93.4 9.5e-19
CCDS82475.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 591) 457 93.4 9.5e-19
CCDS46347.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 518) 456 93.2 9.8e-19
CCDS74530.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 519) 456 93.2 9.8e-19
CCDS55601.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 519) 436 89.6 1.2e-17
CCDS55602.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 642) 436 89.7 1.4e-17
CCDS573.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 661) 436 89.7 1.4e-17
CCDS5799.1 LRRC4 gene_id:64101|Hs108|chr7 ( 653) 421 87.0 8.8e-17
CCDS30976.1 FMOD gene_id:2331|Hs108|chr1 ( 376) 400 83.0 8e-16
CCDS33920.1 CPN2 gene_id:1370|Hs108|chr3 ( 545) 401 83.4 9.2e-16
CCDS42595.1 LRRC4B gene_id:94030|Hs108|chr19 ( 713) 399 83.1 1.4e-15
CCDS54226.1 PODNL1 gene_id:79883|Hs108|chr19 ( 510) 395 82.3 1.8e-15
CCDS12300.1 PODNL1 gene_id:79883|Hs108|chr19 ( 512) 395 82.3 1.8e-15
CCDS31464.1 LRRC4C gene_id:57689|Hs108|chr11 ( 640) 392 81.8 3.1e-15
CCDS3306.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 ( 581) 379 79.5 1.5e-14
CCDS46984.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 ( 587) 379 79.5 1.5e-14
CCDS56578.1 ECM2 gene_id:1842|Hs108|chr9 ( 643) 378 79.3 1.8e-14
CCDS6698.1 ECM2 gene_id:1842|Hs108|chr9 ( 699) 378 79.4 1.9e-14
CCDS9037.1 KERA gene_id:11081|Hs108|chr12 ( 352) 365 76.8 5.8e-14
CCDS9465.1 SLITRK5 gene_id:26050|Hs108|chr13 ( 958) 365 77.2 1.2e-13
CCDS12130.1 LRG1 gene_id:116844|Hs108|chr19 ( 347) 359 75.7 1.2e-13
CCDS54225.1 PODNL1 gene_id:79883|Hs108|chr19 ( 421) 359 75.8 1.4e-13
CCDS9039.1 DCN gene_id:1634|Hs108|chr12 ( 359) 356 75.2 1.8e-13
CCDS31726.1 LRTM2 gene_id:654429|Hs108|chr12 ( 370) 349 73.9 4.3e-13
CCDS41903.1 SLITRK6 gene_id:84189|Hs108|chr13 ( 841) 349 74.3 7.8e-13
CCDS14680.1 SLITRK2 gene_id:84631|Hs108|chrX ( 845) 346 73.7 1.1e-12
CCDS44933.1 LRIG3 gene_id:121227|Hs108|chr12 (1059) 342 73.1 2.2e-12
CCDS8960.1 LRIG3 gene_id:121227|Hs108|chr12 (1119) 342 73.1 2.3e-12
CCDS5754.1 LRRN3 gene_id:54674|Hs108|chr7 ( 708) 332 71.2 5.7e-12
CCDS33783.1 LRIG1 gene_id:26018|Hs108|chr3 (1093) 328 70.6 1.3e-11
CCDS14721.1 BGN gene_id:633|Hs108|chrX ( 368) 318 68.4 2e-11
CCDS7957.1 RTN4RL2 gene_id:349667|Hs108|chr11 ( 420) 318 68.4 2.2e-11
CCDS58930.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 724) 321 69.2 2.2e-11
CCDS13777.1 RTN4R gene_id:65078|Hs108|chr22 ( 473) 316 68.1 3.1e-11
CCDS75111.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1521) 322 69.7 3.4e-11
CCDS75110.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1525) 322 69.7 3.4e-11
CCDS58095.1 SHOC2 gene_id:8036|Hs108|chr10 ( 536) 315 68.0 3.8e-11
CCDS3426.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1529) 321 69.5 3.8e-11
CCDS43276.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 757) 316 68.3 4.3e-11
CCDS75204.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 784) 316 68.3 4.4e-11
CCDS75205.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 626) 313 67.7 5.4e-11
CCDS4369.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1523) 318 69.0 5.5e-11
CCDS64311.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1530) 318 69.0 5.6e-11
CCDS47855.1 PXDNL gene_id:137902|Hs108|chr8 (1463) 317 68.8 6.1e-11
CCDS7568.1 SHOC2 gene_id:8036|Hs108|chr10 ( 582) 309 67.0 8.5e-11
CCDS45569.1 RTN4RL1 gene_id:146760|Hs108|chr17 ( 441) 307 66.5 8.9e-11
>>CCDS13121.1 FLRT3 gene_id:23767|Hs108|chr20 (649 aa)
initn: 4311 init1: 4311 opt: 4311 Z-score: 4169.3 bits: 781.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4311; 100.0% identity (100.0% similar) in 649 aa overlap (1-649:1-649)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MISAAWSIFLIGTKIGLFLQVAPLSVMAKSCPSVCRCDAGFIYCNDRFLTSIPTGIPEDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MISAAWSIFLIGTKIGLFLQVAPLSVMAKSCPSVCRCDAGFIYCNDRFLTSIPTGIPEDA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 TTLYLQNNQINNAGIPSDLKNLLKVERIYLYHNSLDEFPTNLPKYVKELHLQENNIRTIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TTLYLQNNQINNAGIPSDLKNLLKVERIYLYHNSLDEFPTNLPKYVKELHLQENNIRTIT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 YDSLSKIPYLEELHLDDNSVSAVSIEEGAFRDSNYLRLLFLSRNHLSTIPWGLPRTIEEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YDSLSKIPYLEELHLDDNSVSAVSIEEGAFRDSNYLRLLFLSRNHLSTIPWGLPRTIEEL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 RLDDNRISTISSPSLQGLTSLKRLVLDGNLLNNHGLGDKVFFNLVNLTELSLVRNSLTAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RLDDNRISTISSPSLQGLTSLKRLVLDGNLLNNHGLGDKVFFNLVNLTELSLVRNSLTAA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 PVNLPGTNLRKLYLQDNHINRVPPNAFSYLRQLYRLDMSNNNLSNLPQGIFDDLDNITQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PVNLPGTNLRKLYLQDNHINRVPPNAFSYLRQLYRLDMSNNNLSNLPQGIFDDLDNITQL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 ILRNNPWYCGCKMKWVRDWLQSLPVKVNVRGLMCQAPEKVRGMAIKDLNAELFDCKDSGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ILRNNPWYCGCKMKWVRDWLQSLPVKVNVRGLMCQAPEKVRGMAIKDLNAELFDCKDSGI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 VSTIQITTAIPNTVYPAQGQWPAPVTKQPDIKNPKLTKDHQTTGSPSRKTITITVKSVTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VSTIQITTAIPNTVYPAQGQWPAPVTKQPDIKNPKLTKDHQTTGSPSRKTITITVKSVTS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 DTIHISWKLALPMTALRLSWLKLGHSPAFGSITETIVTGERSEYLVTALEPDSPYKVCMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DTIHISWKLALPMTALRLSWLKLGHSPAFGSITETIVTGERSEYLVTALEPDSPYKVCMV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 PMETSNLYLFDETPVCIETETAPLRMYNPTTTLNREQEKEPYKNPNLPLAAIIGGAVALV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PMETSNLYLFDETPVCIETETAPLRMYNPTTTLNREQEKEPYKNPNLPLAAIIGGAVALV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 TIALLALVCWYVHRNGSLFSRNCAYSKGRRRKDDYAEAGTKKDNSILEIRETSFQMLPIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TIALLALVCWYVHRNGSLFSRNCAYSKGRRRKDDYAEAGTKKDNSILEIRETSFQMLPIS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640
pF1KA1 NEPISKEEFVIHTIFPPNGMNLYKNNHSESSSNRSYRDSGIPDSDHSHS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NEPISKEEFVIHTIFPPNGMNLYKNNHSESSSNRSYRDSGIPDSDHSHS
610 620 630 640
>>CCDS8057.1 FLRT1 gene_id:23769|Hs108|chr11 (674 aa)
initn: 2568 init1: 1535 opt: 2479 Z-score: 2400.9 bits: 454.6 E(32554): 2.1e-127
Smith-Waterman score: 2479; 58.7% identity (82.2% similar) in 651 aa overlap (6-649:34-674)
10 20 30
pF1KA1 MISAAWSIFLIGTKIGLFLQVAPLSVMAKSCPSVC
: .:: :... .: . . .:::::
CCDS80 AHPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDW-LFLCYGLIAFLTEV----IDSTTCPSVC
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
pF1KA1 RCDAGFIYCNDRFLTSIPTGIPEDATTLYLQNNQINNAGIPSDLKNLLKVERIYLYHNSL
::: :::::::: :::::. ::.::::::::::::::::::.:::. ..:. ::::.:.:
CCDS80 RCDNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDATTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYENDL
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KA1 DEFPTNLPKYVKELHLQENNIRTITYDSLSKIPYLEELHLDDNSVSAVSIEEGAFRDSNY
:::: :::. ..:::::.::.:::. :::..:: ::.:::::::::.::::: :: ::.
CCDS80 DEFPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQ
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KA1 LRLLFLSRNHLSTIPWGLPRTIEELRLDDNRISTISSPSLQGLTSLKRLVLDGNLLNNHG
:.::::::::::.:: :::.:.::::::::::::: ...::.::.::::::::: :.
CCDS80 LKLLFLSRNHLSSIPSGLPHTLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQR
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KA1 LGDKVFFNLVNLTELSLVRNSLTAAPVNLPGTNLRKLYLQDNHINRVPPNAFSYLRQLYR
..: .: : ::::::::::::.: :.:::...:.::::::: :...: :... .:.: :
CCDS80 IADDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELER
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KA1 LDMSNNNLSNLPQGIFDDLDNITQLILRNNPWYCGCKMKWVRDWLQSLPVKVNVRGLMCQ
::.:::::..::.:.:::: :..::.::::::.:::.. :.:::... . :::::::::
CCDS80 LDLSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQ
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KA1 APEKVRGMAIKDLNAELFDCKDSG----IVSTIQITTAIPN-TVYPAQGQWPAPVTKQPD
.:::::::::::...:. .: ..: .... ::: . .. ::. . .:.:
CCDS80 GPEKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPG
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KA1 IKNPKLTKDHQTTGSPSRKTITITVKSVTSDTIHISWKLALPMTALRLSWLKLGHSPAFG
.. : . :. . . . ::..: ::..:.:.:.:.:: .:: ...:::::.:::::: :
CCDS80 LRLPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSPAVG
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KA1 SITETIVTGERSEYLVTALEPDSPYKVCMVPMETSNLYLFDETPVCIETETAPLRMYNPT
:::::.: :...:::.::::: : : .::: ::::: :. :::::: ..::: :.::
CCDS80 SITETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETAD--SYGPT
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560
pF1KA1 TTLNREQEKEPYKNPNLPLAAIIGGAVALVTIAL-LALVCWYVHRNGSLFSRNCAYSKGR
::::.::. :. .::::.::::::::: . : :. .:::::. : :..:. ::..:
CCDS80 TTLNQEQNAGPMA--SLPLAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAYNRGS
540 550 560 570 580 590
570 580 590 600 610 620
pF1KA1 RRKDDYAEAGTKKDNSILEIRETSFQMLPISNEPISKEEFVIHTIFPPNGMNLYKNNHSE
:.:::: :.:::::::::::: ..::::: : .:::.:.::::: :: .: : .:.
CCDS80 RKKDDYMESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPI-NPYRAKEEYVVHTIFPSNGSSLCKATHTI
600 610 620 630 640 650
630 640
pF1KA1 S-SSNRSYRDSGIPDSDHSHS
. ...:.:::.:::: :.:..
CCDS80 GYGTTRGYRDGGIPDIDYSYT
660 670
>>CCDS9877.1 FLRT2 gene_id:23768|Hs108|chr14 (660 aa)
initn: 1873 init1: 1395 opt: 1684 Z-score: 1633.7 bits: 312.6 E(32554): 1.1e-84
Smith-Waterman score: 1989; 47.3% identity (75.3% similar) in 649 aa overlap (15-649:24-660)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MISAAWSIFLIGTKIGLFLQVAPLSVMAKSCPSVCRCDAGFIYCNDRFLTS
.::. ::. : .: :::::::: .:.:::.: :::
CCDS98 MGLQTTKWPSHGAFFLKSWLIISLGLYSQVSKL--LA--CPSVCRCDRNFVYCNERSLTS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KA1 IPTGIPEDATTLYLQNNQINNAGIPSDLKNLLKVERIYLYHNSLDEFPTNLPKYVKELHL
.: :::: .:.:::.::::::::.:..:.:. .:. .::: :.::::: :::: :. :::
CCDS98 VPLGIPEGVTVLYLHNNQINNAGFPAELHNVQSVHTVYLYGNQLDEFPMNLPKNVRVLHL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 QENNIRTITYDSLSKIPYLEELHLDDNSVSAVSIEEGAFRDSNYLRLLFLSRNHLSTIPW
:::::.::. .:... ::::::::::.:.:..:.::::.. :.:::::.::::..:
CCDS98 QENNIQTISRAALAQLLKLEELHLDDNSISTVGVEDGAFREAISLKLLFLSKNHLSSVPV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 GLPRTIEELRLDDNRISTISSPSLQGLTSLKRLVLDGNLLNNHGLGDKVFFNLVNLTELS
::: ..:::.:.:::..::. ..:.::::.::..:::::.:.:... .: .:..: :.:
CCDS98 GLPVDLQELRVDENRIAVISDMAFQNLTSLERLIVDGNLLTNKGIAEGTFSHLTKLKEFS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 LVRNSLTAAPVNLPGTNLRKLYLQDNHINRVPPNAFSYLRQLYRLDMSNNNLSNLPQGIF
.:::::. : .::::.: .::::::.::..: .::: ::.: :::.:::.: : ::.:
CCDS98 IVRNSLSHPPPDLPGTHLIRLYLQDNQINHIPLTAFSNLRKLERLDISNNQLRMLTQGVF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 DDLDNITQLILRNNPWYCGCKMKWVRDWLQSLPVKVNVRGLMCQAPEKVRGMAIKDLNAE
:.:.:. :: :::::.: :..::: .::. .: ..::::.:::.::.:::::...:: .
CCDS98 DNLSNLKQLTARNNPWFCDCSIKWVTEWLKYIPSSLNVRGFMCQGPEQVRGMAVRELNMN
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KA1 LFDCKDS--GIV------STIQITTAIPNTVYPAQGQW---PAPVT-KQPDIKNPKLTKD
:..: . :. :: . :: :. : .. :.:.: : : : :
CCDS98 LLSCPTTTPGLPLFTPAPSTASPTTQPPTLSIPNPSRSYTPPTPTTSKLPTI--PDWDGR
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KA1 HQTTGSPSRKTITITVKSVTSDTIHISWKLALPMTALRLSWLKLGHSPAFGSITETIVTG
...: : . : .... :.. .:..:: . . : .:.:.:.::: . : . : ::.:
CCDS98 ERVT-PPISERIQLSIHFVNDTSIQVSWLSLFTVMAYKLTWVKMGHSLVGGIVQERIVSG
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KA1 ERSEYLVTALEPDSPYKVCMVPMETSNLYLFDETPVCIETETAPLRMYNPTTTLNREQEK
:... .. ::: : :..:.::... : ..: .: :. : . : ..: . ...
CCDS98 EKQHLSLVNLEPRSTYRICLVPLDAFNYRAVEDT-ICSEATTHASYLNNGSNTASSHEQT
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
pF1KA1 EPYK--NPNLPLAAIIGGAVALVTIALLALVCWYVHRNGSLFSRNCAYSKGRRRKDDYAE
.. .: : ::..::::: .: ..::.. ::..:..: :.. :..::: :::: :
CCDS98 TSHSMGSPFL-LAGLIGGAVIFVLVVLLSVFCWHMHKKGRYTSQKWKYNRGRR-KDDYCE
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KA1 AGTKKDNSILEIRETSFQMLPISNEPISKEEFVIHTIFPPNGMNLYKNNHSESSSNRSYR
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CCDS98 AGTKKDNSILEMTETSFQIVSLNNDQLLKGDFRLQPIYTPNGGINYTDCHIP--NNMRYC
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CCDS55 EEEEETR
640
>--
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10 20 30 40 50
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: ::: : :. : . :. : .: .
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60 70 80 90
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100 110 120 130 140 150
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160 170 180 190 200 210
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:. ...:.:: : : .: :: .. .:.: .:.. : ... :.::..: :..: :
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.:
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: :..::. . :: : ...: ... ..::
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:: : :: :.: :.: ::::... :.. :...... .: :...:..: : .: :
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660
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10 20 30 40 50
pF1KA1 MISAAWSIFLIGTKIGLFLQVAPLSVMAKSCPSVCRCDA-GFIYCNDRFLTSIPTGI
: ::: : :. : . :. : .: .
CCDS57 GHSLSPEENEFAEEEPVLVLSPEEPGPGPAAVSCPRDCACSQEGVVDCGGIDLREFPGDL
90 100 110 120 130 140
60 70 80 90
pF1KA1 PEDATTLYLQNNQI--------------------NNA----GIPSD-LKNLLKVERIYLY
:: .. : :::::. :: :.: ...: ... .::
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100 110 120 130 140 150
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210 220 230 240 250 260
160 170 180 190 200 210
pF1KA1 DSNYLRLLFLSRNHLSTIPWGLPRTIEELRLDDNRISTISSPSLQGLTSLKRLVLDGNLL
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270 280 290 300 310 320
220 230 240 250 260 270
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330 340 350 360 370 380
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]