Result of FASTA (omim) for
pFN21AA1402
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1402, 772 aa
1>>>pF1KA1402 772 - 772 aa - 772 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3445+/-0.000378; mu= 2.0940+/- 0.024
mean_var=196.7096+/-39.851, 0's: 0 Z-trim(120.3): 30 B-trim: 405 in 1/53
Lambda= 0.091445
statistics sampled from 35237 (35267) to 35237 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.728), E-opt: 0.2 (0.413), width: 16
Scan time: 13.660
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_061888 (OMIM: 608037) chondroitin sulfate glucu ( 772) 5229 702.7 1.5e-201
NP_001271224 (OMIM: 608037) chondroitin sulfate gl ( 764) 5104 686.2 1.4e-196
NP_078812 (OMIM: 610405) chondroitin sulfate synth ( 775) 2330 320.2 2.1e-86
NP_001182660 (OMIM: 610405) chondroitin sulfate sy ( 613) 2028 280.3 1.7e-74
XP_011510140 (OMIM: 610405) PREDICTED: chondroitin ( 484) 1495 210.0 2e-53
NP_055733 (OMIM: 605282,608183) chondroitin sulfat ( 802) 486 76.9 3.6e-13
NP_787052 (OMIM: 609963) chondroitin sulfate synth ( 882) 444 71.4 1.8e-11
XP_011541665 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 573) 329 56.2 4.7e-07
XP_011519666 (OMIM: 605282,608183) PREDICTED: chon ( 830) 242 44.8 0.0018
XP_005272040 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 363) 231 43.1 0.0025
XP_005272039 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 377) 231 43.1 0.0026
XP_011541667 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 397) 231 43.2 0.0027
XP_016864924 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 449) 231 43.2 0.003
XP_011513755 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363) 226 42.5 0.0039
NP_064541 (OMIM: 610555) glycoprotein-N-acetylgala ( 363) 226 42.5 0.0039
XP_016867933 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363) 226 42.5 0.0039
XP_011513757 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363) 226 42.5 0.0039
XP_016867937 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363) 226 42.5 0.0039
XP_016867935 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363) 226 42.5 0.0039
XP_016867931 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363) 226 42.5 0.0039
XP_016867934 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363) 226 42.5 0.0039
XP_016867932 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363) 226 42.5 0.0039
XP_011513758 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363) 226 42.5 0.0039
XP_016867936 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363) 226 42.5 0.0039
XP_005249869 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 371) 226 42.5 0.004
>>NP_061888 (OMIM: 608037) chondroitin sulfate glucurony (772 aa)
initn: 5229 init1: 5229 opt: 5229 Z-score: 3739.4 bits: 702.7 E(85289): 1.5e-201
Smith-Waterman score: 5229; 100.0% identity (100.0% similar) in 772 aa overlap (1-772:1-772)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLLVAVLTSRATLSTLAVAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLLVAVLTSRATLSTLAVAV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 NRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADYDWFFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADYDWFFI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 MQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRAEEFIGAGEQARYCHGGFGYLLSRSLLLRLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRAEEFIGAGEQARYCHGGFGYLLSRSLLLRLR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 PHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDPEKEGSSAFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDPEKEGSSAFL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 SAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGEAGLSWPVGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGEAGLSWPVGL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 PAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 RLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRPLSRVEILPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 RLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRPLSRVEILPM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 PYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 PFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 PEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPI
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 GGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770
pF1KA1 EPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 EPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST
730 740 750 760 770
>>NP_001271224 (OMIM: 608037) chondroitin sulfate glucur (764 aa)
initn: 5080 init1: 5080 opt: 5104 Z-score: 3650.3 bits: 686.2 E(85289): 1.4e-196
Smith-Waterman score: 5104; 98.4% identity (98.8% similar) in 767 aa overlap (6-772:1-764)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
.:.: :: :: .: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MLSLARPPLP---PTGLRTSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLLVAVLTSRATLSTLAVAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLLVAVLTSRATLSTLAVAV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 NRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADYDWFFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADYDWFFI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 MQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRAEEFIGAGEQARYCHGGFGYLLSRSLLLRLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRAEEFIGAGEQARYCHGGFGYLLSRSLLLRLR
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 PHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDPEKEGSSAFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDPEKEGSSAFL
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 SAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGEAGLSWPVGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGEAGLSWPVGL
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 PAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQP
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 RLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRPLSRVEILPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRPLSRVEILPM
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 PYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPD
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 PFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPG
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 PEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPI
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 GGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAV
660 670 680 690 700 710
730 740 750 760 770
pF1KA1 EPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST
720 730 740 750 760
>>NP_078812 (OMIM: 610405) chondroitin sulfate synthase (775 aa)
initn: 2695 init1: 1003 opt: 2330 Z-score: 1672.3 bits: 320.2 E(85289): 2.1e-86
Smith-Waterman score: 2869; 56.9% identity (78.7% similar) in 795 aa overlap (1-772:1-775)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQ---GEGE----DPCVEAVGERGGPQ
:: : ::..:::: :. .:.::: .:::: :.:.. : : : . :. .. .
NP_078 MRASLLLSVLRPAGPVAVGISLGFTLSLLSVTWVEEPCGPGPPQPGDSELPPRGNTNAAR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KA1 NPDS------RARLDQSD---EDFKPRIVPYY-RDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLL
:.: : . .. :...::..::. .:.. ::..:::::.:::: :.:::
NP_078 RPNSVQPGAEREKPGAGEGAGENWEPRVLPYHPAQPGQAAKKAVRTRYISTELGIRQRLL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KA1 VAVLTSRATLSTLAVAVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSET
::::::..:: ::.::::::..:.. :....:: :: ::: :: ::. :.::: . .
NP_078 VAVLTSQTTLPTLGVAVNRTLGHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTLGEERPIGHLHLA
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KA1 LRHLHTHFGADYDWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQ--DLYLGRAEEFIGAGEQA-
:::: . : :.::::.. : ::..: :: :.::::. . ::::: ..::: :: .
NP_078 LRHLLEQHGDDFDWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIG-GEPTP
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KA1 -RYCHGGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ
:::::::: :::: :: .:::::.:::.::.:::::::::::..:. ::::...:.: .
NP_078 GRYCHGGFGVLLSRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVH
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KA1 YRSFELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQ
: .::. . .: .::. : ::...::: . . ::.::: :. ::::.:.::..:: .
NP_078 YSHLELSPG-EPVQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWE
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KA1 IRNLTVLTPEGEAGLSWPVGLPAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGAS
:.: . :. .:. . .::::.::: : :::::: ::::::::.::::::.:.:::.::.
NP_078 IQNTSHLAVDGDRAAAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGAD
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KA1 RADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHR
::::.:.: ::::.:::::.: ::.:::.:.:::::::::::::::::: :: .: .: :
NP_078 RADVADVLGTALEELNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGR
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KA1 RALARRVSLLRPLSRVEILPMPYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPRE
: :.:::.::::::::::::.::::::.:. ..::: .:: ::.::::::. .::: .
NP_078 RPLTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGD
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
pF1KA1 HAL-LTLLLVYGPREGGRGA-PDPFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLM
: :::::.: ::.. : : : : ::: .::::::.::.:. ::.:.. ::: .:::
NP_078 AAAALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLM
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KA1 DVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPP
:..:::::.::::.:. : :. ::::::.::::::::::.::: :.::..: ..:
NP_078 DLLSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGP-
600 610 620 630 640 650
640 650 660 670 680 690
pF1KA1 GPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEE
::: : : :::::::..:.::::.::.:::.:::. :...:::
NP_078 GPPELGRDT---------------GRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAA--ASEQEEE
660 670 680 690 700
700 710 720 730 740 750
pF1KA1 ALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRA
::.:.:...::.::.::..:::::.:.:.. . :: ::::.::::: : :::::.:.
NP_078 LLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRT
710 720 730 740 750 760
760 770
pF1KA1 QLAMALFEQEQANST
:::: ::::::.:::
NP_078 QLAMLLFEQEQGNST
770
>>NP_001182660 (OMIM: 610405) chondroitin sulfate syntha (613 aa)
initn: 2302 init1: 1003 opt: 2028 Z-score: 1458.6 bits: 280.3 E(85289): 1.7e-74
Smith-Waterman score: 2462; 59.7% identity (80.6% similar) in 633 aa overlap (146-772:1-613)
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 LAVAVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADY
: ::. :.::: . .:::: . : :.
NP_001 MAVVTLGEERPIGHLHLALRHLLEQHGDDF
10 20 30
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 DWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQ--DLYLGRAEEFIGAGEQA--RYCHGGFGYLL
::::.. : ::..: :: :.::::. . ::::: ..::: :: . :::::::: ::
NP_001 DWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIG-GEPTPGRYCHGGFGVLL
40 50 60 70 80
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 SRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDP
:: :: .:::::.:::.::.:::::::::::..:. ::::...:.: .: .::. . .:
NP_001 SRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVHYSHLELSPG-EP
90 100 110 120 130 140
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 EKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGE
.::. : ::...::: . . ::.::: :. ::::.:.::..:: .:.: . :. .:.
NP_001 VQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQNTSHLAVDGD
150 160 170 180 190 200
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 AGLSWPVGLPAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETAL
. .::::.::: : :::::: ::::::::.::::::.:.:::.::.::::.:.: :::
NP_001 RAAAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRADVADVLGTAL
210 220 230 240 250 260
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 EQLNRRYQPRLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRP
:.:::::.: ::.:::.:.:::::::::::::::::: :: .: .: :: :.:::.::::
NP_001 EELNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRPLTRRVQLLRP
270 280 290 300 310 320
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 LSRVEILPMPYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHAL-LTLLLVYG
::::::::.::::::.:. ..::: .:: ::.::::::. .::: . : :::::.:
NP_001 LSRVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAAAALTLLLLYE
330 340 350 360 370 380
540 550 560 570 580
pF1KA1 PREGGRGA-PDPFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTL
::.. : : : : ::: .::::::.::.:. ::.:.. ::: .::::..:::::.:::
NP_001 PRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDLLSKKHPLDTL
390 400 410 420 430 440
590 600 610 620 630 640
pF1KA1 FFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSP
:.:. : :. ::::::.::::::::::.::: :.::..: ..: ::: : :
NP_001 FLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGP-GPPELGRDT---
450 460 470 480 490 500
650 660 670 680 690 700
pF1KA1 PGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFL
:::::::..:.::::.::.:::.:::. :...::: ::.:.:...::
NP_001 ------------GRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAA--ASEQEEELLESLDVYELFL
510 520 530 540 550
710 720 730 740 750 760
pF1KA1 RFSGLHLFRAVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQA
.::.::..:::::.:.:.. . :: ::::.::::: : :::::.:.:::: ::::::.
NP_001 HFSSLHVLRAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQG
560 570 580 590 600 610
770
pF1KA1 NST
:::
NP_001 NST
>>XP_011510140 (OMIM: 610405) PREDICTED: chondroitin sul (484 aa)
initn: 1788 init1: 993 opt: 1495 Z-score: 1080.1 bits: 210.0 E(85289): 2e-53
Smith-Waterman score: 1929; 60.1% identity (81.2% similar) in 499 aa overlap (276-772:5-484)
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 CRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAV
:: .: .::. . .: .::. : ::...
XP_011 MLEIQGVHYSHLELSPG-EPVQEGDPHFRSALTA
10 20 30
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 HPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGEAGLSWPVGLPAPFT
::: . . ::.::: :. ::::.:.::..:: .:.: . :. .:. . .::::.:::
XP_011 HPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQNTSHLAVDGDQAAAWPVGIPAPSR
40 50 60 70 80 90
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 PHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQ
: :::::: ::::::::.::::::.:.:::.::.::::.:.: ::::.:::::.: ::.:
XP_011 PASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRADVADVLGTALEELNRRYHPALRLQ
100 110 120 130 140 150
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 KQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRPLSRVEILPMPYVTE
::.:.:::::::::::::::::: :: .: .: :: :.:::.::::::::::::.:::::
XP_011 KQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRPLTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTE
160 170 180 190 200 210
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 ATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHAL-LTLLLVYGPREGGRGA-PDPFL
:.:. ..::: .:: ::.::::::. .::: . : :::::.: ::.. : : : :
XP_011 ASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAAAALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFA
220 230 240 250 260 270
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 GVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPGPEV
::: .::::::.::.:. ::.:.. ::: .::::..:::::.::::.:. : :.
XP_011 PVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDLLSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDF
280 290 300 310 320 330
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 LNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPIGGR
::::::.::::::::::.::: :.::..: ..: ::: : : ::
XP_011 LNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGP-GPPELGRDT---------------GR
340 350 360 370
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 FDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAVEPG
:::::..:.::::.::.:::.:::. :...::: ::.:.:...::.::.::..:::::.
XP_011 FDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAA--ASEQEEELLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPA
380 390 400 410 420 430
730 740 750 760 770
pF1KA1 LVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST
:.:.. . :: ::::.::::: : :::::.:.:::: ::::::.:::
XP_011 LLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQGNST
440 450 460 470 480
>>NP_055733 (OMIM: 605282,608183) chondroitin sulfate sy (802 aa)
initn: 328 init1: 152 opt: 486 Z-score: 357.4 bits: 76.9 E(85289): 3.6e-13
Smith-Waterman score: 684; 25.3% identity (53.0% similar) in 834 aa overlap (8-766:8-784)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
: : : :.::. :. : : :.: .. : . : :.: : :.:
NP_055 MAARGRRAWLSVLLGLVLGFVLASRLVLPRASELKRAGPRRRASPEGCRSG-QAAASQAG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KA1 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRER--LLVAVLTSRATLSTLAV
..: .. : ::. : :.: :.:.:.:.. :.: ::
NP_055 GARGDAR-GAQLWPPGSDPDG---------------GPRDRNFLFVGVMTAQKYLQTRAV
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 AVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVV-------SHGDERPAWLMSETLRHLHTHF
:. :: .. .: . : ...:. . . . :: :. .. ...: :...: :.
NP_055 AAYRTWSKTIPGKVQFFSSEGSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMM---LKYMHDHY
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KA1 GADYDWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRA----EEFIG--AGEQAR-YCH
:.::. .::.:... :: . :. .. :.::.. : .: : : .. .:
NP_055 LDKYEWFMRADDDVYIKGDRLENFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPGENFCM
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KA1 GGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ--YRS
:: : ..:: .: :. ::. : .. ... : .:::. :: :: ... :: :..
NP_055 GGPGVIMSREVLRRMVPHIGKCLREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQLFYEN
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KA1 FELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQI-R
.: :. . .: . .:...:: .. .::::. . : : ::... :. :
NP_055 YEQNKKGYIRDLHNSKIHQAITLHPNKNPPYQYRLHSYM----LSRKISELRHRTIQLHR
290 300 310 320 330
350 360 370 380 390
pF1KA1 NLTVLTPEGEAGL---SWPVGLPAPFT---PHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAP-KCP
...... ... . . .:.: : :..: :.: :...: .. .: .:: : .
NP_055 EIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPPSFMRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRG
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KA1 LQGASRADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQK-QRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECV
...:.: . : . ..:..: . : :. ... :::: .: : :: :::::
NP_055 MDSAQREALDDIVMQVMEMINANAKTRGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYK
400 410 420 430 440 450
460 470 480 490
pF1KA1 TQRGHRRALA--RRVSLLRPLSRVEILP-------------------MPYVTEATR--VQ
..:.. .. :.. : . .:..... . ..... . :
NP_055 KHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKIQFVEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVP
460 470 480 490 500 510
500 510 520 530
pF1KA1 LVLP---------------LLVAEAAAAPAFLE---AFAANVLEPREHALLTLLLVYGPR
. :: .:. .. :.. : . : : ... :..::
NP_055 FQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPLSGRFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLF----
520 530 540 550 560 570
540 550 560 570 580
pF1KA1 EGGRGAPDPFLGVKAAAAELER----RYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDT
.. . :: :: .:: : .:: . . : : .: :.. ..: :.. ..
NP_055 -NSDSNPD-----KAKQVELMRDYRIKYPKADMQILPVSGEF-SRALALEVGSSQFNNES
580 590 600 610 620
590 600 610 620 630 640
pF1KA1 LFFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPS
:.:. : : :.::: :.. : : .::. :....: . .: : .
NP_055 LLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIFSQYDPKIVY---------SGKVPSD
630 640 650 660 670
650 660 670 680 690 700
pF1KA1 PPGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAG-ELAGQEEEEALEGLEVMDV
: .. : . . . :.:..: . :..: ... : ::: .:.
NP_055 NHFAFTQKT----GFWRNYGFGITCIYKGDLV----RVGGFDVSIQGW-----GLEDVDL
680 690 700 710 720
710 720 730 740 750 760
pF1KA1 FLRF--SGLHLFRAVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFE
: . .::. ::. : :.:. :.: :. . :. : :. :. ::: .:
NP_055 FNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWLE
730 740 750 760 770 780
770
pF1KA1 QEQANST
.
NP_055 KNDPSYSKSSNNNGSVRTA
790 800
>>NP_787052 (OMIM: 609963) chondroitin sulfate synthase (882 aa)
initn: 466 init1: 147 opt: 444 Z-score: 326.8 bits: 71.4 E(85289): 1.8e-11
Smith-Waterman score: 665; 24.5% identity (55.6% similar) in 738 aa overlap (99-766:170-871)
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 KPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLLVAVLTSRATLSTLAVAVNRTVAHHF
:. : :.:.:.. :.. :.:..:: :. .
NP_787 GAAGQRRDGRPGSSHNGSGDGGAAAPSARPRDFLYVGVMTAQKYLGSRALAAQRTWARFI
140 150 160 170 180 190
130 140 150 160 170
pF1KA1 P-RLLYFTGQRGARA---PAGMQVV-------SHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADYDW
: :. .:..:. : : . :. :. .. ...: ....: :. :.:
NP_787 PGRVEFFSSQQPPNAGQPPPPLPVIALPGVDDSYPPQKKSFMM---IKYMHDHYLDKYEW
200 210 220 230 240 250
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 FFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRA-----EEF--IGAGEQARYCHGGFGYL
:. .::.:... .: . :. .. ::::.. ::. .: .: :: :..
NP_787 FMRADDDVYIKGDKLEEFLRSLNSSKPLYLGQTGLGNIEELGKLGLEPGENFCMGGPGMI
260 270 280 290 300 310
240 250 260 270 280
pF1KA1 LSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ--YRSFELAKN
.:: .: :. ::. : .. ... : .:::. :. :: ... :: ....: ..
NP_787 FSREVLRRMVPHIGECLREMYTTHEDVEVGRCVRRFGGTQCVWSYEMQQLFHENYEHNRK
320 330 340 350 360 370
290 300 310 320 330 340
pF1KA1 RDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQI-RNLTVLT
. .: . .:...:: .. . .::::. . : : ::.. :. :. ....
NP_787 GYIQDLHNSKIHAAITLHPNKRPAYQYRLHNYM----LSRKISELRYRTIQLHRESALMS
380 390 400 410 420 430
350 360 370 380 390 400
pF1KA1 PEGEAGLS---WPVG-LPA--PFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAP-KCPLQGASR
... .: .: .:. : :. : ::. :...: . .: :.. : . :.. :
NP_787 KLSNTEVSKEDQQLGVIPSFNHFQPRERNEVIEWEFLTGKLLYSAAENQPPRQSLSSILR
440 450 460 470 480 490
410 420 430 440 450
pF1KA1 ADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQK-QRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHR
. . :.. ..:..:. . : :. ... :::: .: .:.:: ::::: ..:..
NP_787 TALDDTVLQVMEMINENAKSRGRLIDFKEIQYGYRRVNPMHGVEYILDLLLLYKRHKGRK
500 510 520 530 540 550
460 470 480
pF1KA1 RAL-ARRVSLL-----RPLSR-VEILPMPYVTEAT-------------------------
.. .:: . : .:. : .: : . ..:.
NP_787 LTVPVRRHAYLQQLFSKPFFRETEELDVNSLVESINSETQSFSFISNSLKILSSFQGAKE
560 570 580 590 600 610
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 -------RVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPD
.:....:: ... :.: : : :.... :...: :..:. .
NP_787 MGGHNEKKVHILVPL-IGRYDIFLRFMENFENMCLIPKQNVKLVIILF--SRDSGQDSSK
620 630 640 650 660
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 PFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPG
. .:. . .:: .... . ...: . : ...: . :::... :
NP_787 HIELIKG----YQNKYPKAEMTLIPMKGEFSRGLGL-EMASAQFDNDTLLLFCDVDLIFR
670 680 690 700 710 720
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 PEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPI
. :.::: :.:.: :...:. :....: .. : .::. :. .
NP_787 EDFLQRCRDNTIQGQQVYYPIIFSQYDPKVT----------NGGNPPTDDYFIFSKKT--
730 740 750 760 770
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pF1KA1 GGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLR--FSGLHLFR
: . . . :.:..: :.: .: . ::: .:.. . .:::. ::
NP_787 -GFWRDYGYGITCIYKSDLLGA--------GGFDTSIQGWGLEDVDLYNKVILSGLRPFR
780 790 800 810 820
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 AVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST
. : :.:. : :.: :. . :. : :. ... ::: .:.
NP_787 SQEVGVVHIFHPVHCDPNLDPKQYKMCLGSKASTFASTMQLAELWLEKHLGVRYNRTLS
830 840 850 860 870 880
>>XP_011541665 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin sul (573 aa)
initn: 353 init1: 131 opt: 329 Z-score: 247.7 bits: 56.2 E(85289): 4.7e-07
Smith-Waterman score: 491; 24.1% identity (54.7% similar) in 594 aa overlap (225-766:2-562)
200 210 220 230 240 250
pF1KA1 LAGHLSINQDLYLGRAEEFIGAGEQARYCHGGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSAR
:: :...:: .: :. ::. : .. ...
XP_011 MGGPGMIFSREVLRRMVPHIGECLREMYTTH
10 20 30
260 270 280 290 300 310
pF1KA1 PDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ--YRSFELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGT
: .:::. :. :: ... :: ....: .. . .: . .:...:: .. .
XP_011 EDVEVGRCVRRFGGTQCVWSYEMQQLFHENYEHNRKGYIQDLHNSKIHAAITLHPNKRPA
40 50 60 70 80 90
320 330 340 350 360
pF1KA1 LMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQI-RNLTVLTPEGEAGLS---WPVG-LPA--PFT
.::::. . : : ::.. :. :. .... ... .: .: .:. :
XP_011 YQYRLHNYM----LSRKISELRYRTIQLHRESALMSKLSNTEVSKEDQQLGVIPSFNHFQ
100 110 120 130 140
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 PHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAP-KCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQPRLRF
:. : ::. :...: . .: :.. : . :.. :. . :.. ..:..:. . : :.
XP_011 PRERNEVIEWEFLTGKLLYSAAENQPPRQSLSSILRTALDDTVLQVMEMINENAKSRGRL
150 160 170 180 190 200
430 440 450 460 470
pF1KA1 QK-QRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRAL-ARRVSLL-----RPLSR-VE
... :::: .: .:.:: ::::: ..:.. .. .:: . : .:. : .:
XP_011 IDFKEIQYGYRRVNPMHGVEYILDLLLLYKRHKGRKLTVPVRRHAYLQQLFSKPFFRETE
210 220 230 240 250 260
480 490 500
pF1KA1 ILPMPYVTEAT--------------------------------RVQLVLPLLVAEAAAAP
: . ..:. .:....:: ...
XP_011 ELDVNSLVESINSETQSFSFISNSLKILSSFQGAKEMGGHNEKKVHILVPL-IGRYDIFL
270 280 290 300 310 320
510 520 530 540 550 560
pF1KA1 AFLEAFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPDPFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWL
:.: : : :.... :...: :..:. . . .:. . .:: .... .
XP_011 RFMENFENMCLIPKQNVKLVIILF--SRDSGQDSSKHIELIKG----YQNKYPKAEMTLI
330 340 350 360 370 380
570 580 590 600 610 620
pF1KA1 AVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQ
...: . : ...: . :::... : . :.::: :.:.: :...:. :.
XP_011 PMKGEFSRGLGL-EMASAQFDNDTLLLFCDVDLIFREDFLQRCRDNTIQGQQVYYPIIFS
390 400 410 420 430
630 640 650 660 670 680
pF1KA1 EFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAARA
...: .. : .::. :. . : . . . :.:..: :.:
XP_011 QYDPKVT----------NGGNPPTDDYFIFSKKT---GFWRDYGYGITCIYKSDLLGA--
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]