Result of FASTA (omim) for
pFN21AA0660
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0660, 482 aa
1>>>pF1KA0660 482 - 482 aa - 482 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5976+/-0.000392; mu= -2.9628+/- 0.025
mean_var=390.3486+/-80.762, 0's: 0 Z-trim(123.9): 21 B-trim: 2572 in 1/59
Lambda= 0.064915
statistics sampled from 44526 (44569) to 44526 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.808), E-opt: 0.2 (0.523), width: 16
Scan time: 8.800
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016864412 (OMIM: 608431) PREDICTED: ras GTPase- ( 466) 1600 163.6 1.1e-39
XP_006714812 (OMIM: 608431) PREDICTED: ras GTPase- ( 466) 1600 163.6 1.1e-39
XP_016864411 (OMIM: 608431) PREDICTED: ras GTPase- ( 466) 1600 163.6 1.1e-39
NP_005745 (OMIM: 608431) ras GTPase-activating pro ( 466) 1600 163.6 1.1e-39
NP_938405 (OMIM: 608431) ras GTPase-activating pro ( 466) 1600 163.6 1.1e-39
XP_006714813 (OMIM: 608431) PREDICTED: ras GTPase- ( 466) 1600 163.6 1.1e-39
>>XP_016864412 (OMIM: 608431) PREDICTED: ras GTPase-acti (466 aa)
initn: 1595 init1: 860 opt: 1600 Z-score: 833.4 bits: 163.6 E(85289): 1.1e-39
Smith-Waterman score: 1981; 65.4% identity (80.3% similar) in 482 aa overlap (1-471:1-461)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MVMEKPSPLLVGREFVRQYYTLLNKAPEYLHRFYGRNSSYVHGGVDASGKPQEAVYGQND
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XP_016 MVMEKPSPLLVGREFVRQYYTLLNQAPDMLHRFYGKNSSYVHGGLDSNGKPADAVYGQKE
10 20 30 40 50 60
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XP_016 IHRKVMSQNFTNCHTKIRHVDAHATLNDGVVVQVMGLLSNNNQALRRFMQTFVLAPEGSV
70 80 90 100 110 120
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pF1KA0 PNKFYVHNDMFRYEDEVFGDSEPELDEESEDEVEEEQEERQPSPEPVQENANSGYYEAHP
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XP_016 ANKFYVHNDIFRYQDEVFGGFVTEPQEESEEEVEEP-EERQQTPEVVPDDSGT-FYDQAV
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190 200 210 220 230
pF1KA0 VTNGIEEPLEESSHEPEPEPESETKTE------ELKPQ-VEEKNLEELEEKSTTPPPAEP
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pF1KA0 REQRPRE-RPGFPP-RGPRPGRGDMEQNDSDNRRIIRYPDSHQLFVGNLPHDIDENELKE
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410 420 430 440 450 460
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420 430 440 450
470 480
pF1KA0 TGQMEGRFTGQRR
:
XP_016 RGLAPRQ
460
>>XP_006714812 (OMIM: 608431) PREDICTED: ras GTPase-acti (466 aa)
initn: 1595 init1: 860 opt: 1600 Z-score: 833.4 bits: 163.6 E(85289): 1.1e-39
Smith-Waterman score: 1981; 65.4% identity (80.3% similar) in 482 aa overlap (1-471:1-461)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MVMEKPSPLLVGREFVRQYYTLLNKAPEYLHRFYGRNSSYVHGGVDASGKPQEAVYGQND
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XP_006 MVMEKPSPLLVGREFVRQYYTLLNQAPDMLHRFYGKNSSYVHGGLDSNGKPADAVYGQKE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 IHHKVLSLNFSECHTKIRHVDAHATLSDGVVVQVMGLLSNSGQPERKFMQTFVLAPEGSV
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XP_006 IHRKVMSQNFTNCHTKIRHVDAHATLNDGVVVQVMGLLSNNNQALRRFMQTFVLAPEGSV
70 80 90 100 110 120
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pF1KA0 PNKFYVHNDMFRYEDEVFGDSEPELDEESEDEVEEEQEERQPSPEPVQENANSGYYEAHP
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XP_006 ANKFYVHNDIFRYQDEVFGGFVTEPQEESEEEVEEP-EERQQTPEVVPDDSGT-FYDQAV
130 140 150 160 170
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pF1KA0 VTNGIEEPLEESSHEPEPEPESETKTE------ELKPQ-VEEKNLEELEEKSTTPPPAEP
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XP_006 VSNDMEEHLEEPVAEPEPDPEPEPEQEPVSEIQEEKPEPVLEETAPEDAQKSSSPAPADI
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pF1KA0 VSLPQEPPKAFSWASVTSKNLPPSGTVSSSGIPPHV-KAPVSQPRVEAKPEVQSQPPRV-
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pF1KA0 REQRPRE-RPGFPP-RGPRPGRGDMEQNDSDNRRIIRYPDSHQLFVGNLPHDIDENELKE
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pF1KA0 TGQMEGRFTGQRR
:
XP_006 RGLAPRQ
460
>>XP_016864411 (OMIM: 608431) PREDICTED: ras GTPase-acti (466 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MVMEKPSPLLVGREFVRQYYTLLNKAPEYLHRFYGRNSSYVHGGVDASGKPQEAVYGQND
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XP_016 RGLAPRQ
460
>>NP_005745 (OMIM: 608431) ras GTPase-activating protein (466 aa)
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NP_005 RGLAPRQ
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>>NP_938405 (OMIM: 608431) ras GTPase-activating protein (466 aa)
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:
NP_938 RGLAPRQ
460
>>XP_006714813 (OMIM: 608431) PREDICTED: ras GTPase-acti (466 aa)
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Smith-Waterman score: 1981; 65.4% identity (80.3% similar) in 482 aa overlap (1-471:1-461)
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pF1KA0 MVMEKPSPLLVGREFVRQYYTLLNKAPEYLHRFYGRNSSYVHGGVDASGKPQEAVYGQND
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