Result of FASTA (omim) for
pFN21AA0584
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0584, 626 aa
1>>>pF1KA0584 626 - 626 aa - 626 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7788+/-0.000392; mu= 22.2618+/- 0.024
mean_var=69.3400+/-14.026, 0's: 0 Z-trim(112.4): 36 B-trim: 523 in 1/48
Lambda= 0.154022
statistics sampled from 21233 (21263) to 21233 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.621), E-opt: 0.2 (0.249), width: 16
Scan time: 7.630
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016870283 (OMIM: 616626) PREDICTED: probable in ( 595) 2152 487.8 4.6e-137
XP_005252092 (OMIM: 616626) PREDICTED: probable in ( 595) 2152 487.8 4.6e-137
XP_011517064 (OMIM: 616626) PREDICTED: probable in ( 595) 2152 487.8 4.6e-137
NP_057258 (OMIM: 616626) probable inactive glycosy ( 595) 2152 487.8 4.6e-137
NP_001273689 (OMIM: 616626) probable inactive glyc ( 517) 1874 426.0 1.6e-118
XP_011517065 (OMIM: 616626) PREDICTED: probable in ( 517) 1874 426.0 1.6e-118
NP_000926 (OMIM: 601865,609220) procollagen-lysine ( 737) 304 77.2 2.2e-13
NP_001075 (OMIM: 603066,612394) procollagen-lysine ( 738) 284 72.8 4.8e-12
NP_000293 (OMIM: 153454,225400) procollagen-lysine ( 727) 283 72.6 5.5e-12
NP_001303249 (OMIM: 153454,225400) procollagen-lys ( 774) 283 72.6 5.8e-12
XP_005247592 (OMIM: 601865,609220) PREDICTED: proc ( 666) 263 68.1 1.1e-10
XP_016862114 (OMIM: 601865,609220) PREDICTED: proc ( 666) 263 68.1 1.1e-10
NP_891988 (OMIM: 601865,609220) procollagen-lysine ( 758) 263 68.1 1.2e-10
>>XP_016870283 (OMIM: 616626) PREDICTED: probable inacti (595 aa)
initn: 2096 init1: 1712 opt: 2152 Z-score: 2581.8 bits: 487.8 E(85289): 4.6e-137
Smith-Waterman score: 2153; 52.8% identity (78.7% similar) in 581 aa overlap (47-626:27-595)
20 30 40 50 60 70
pF1KA0 SSALLREGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVLARNAAHTLPHFLGCLE
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XP_016 DDVRFESNFRGRLERLMEDVEAEKLSWDLIYLGRKQVN-PEKETAVEGLPGLVVAGYSYW
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XP_016 AAPTHYAGDAEWLSDTETSSPWDDDSGRLISW--SGSQKTLRSPRLDLTGSSGHSLQPQ-
540 550 560 570 580 590
620
pF1KA0 SLDTVPSRDEL
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XP_016 -----P-RDEL
>>XP_005252092 (OMIM: 616626) PREDICTED: probable inacti (595 aa)
initn: 2096 init1: 1712 opt: 2152 Z-score: 2581.8 bits: 487.8 E(85289): 4.6e-137
Smith-Waterman score: 2153; 52.8% identity (78.7% similar) in 581 aa overlap (47-626:27-595)
20 30 40 50 60 70
pF1KA0 SSALLREGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVLARNAAHTLPHFLGCLE
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pF1KA0 PTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLESR
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620
pF1KA0 SLDTVPSRDEL
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XP_005 -----P-RDEL
>>XP_011517064 (OMIM: 616626) PREDICTED: probable inacti (595 aa)
initn: 2096 init1: 1712 opt: 2152 Z-score: 2581.8 bits: 487.8 E(85289): 4.6e-137
Smith-Waterman score: 2153; 52.8% identity (78.7% similar) in 581 aa overlap (47-626:27-595)
20 30 40 50 60 70
pF1KA0 SSALLREGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVLARNAAHTLPHFLGCLE
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XP_011 RLDYPRARMALWCATDHNVDNTTEMLQEWLAAVGDDYAAVVWRPEGEPRFYPDEEGPKHW
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pF1KA0 PTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLESR
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XP_011 DDVRFESNFRGRLERLMEDVEAEKLSWDLIYLGRKQVN-PEKETAVEGLPGLVVAGYSYW
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pF1KA0 TLGYVISLEGAQKLVGANPFGKMLPVDEFLPVMYNKHPVAEYKEYYESRDLKAFSAEPLL
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XP_011 TLAYALRLAGARKLLASQPLRRMLPVDEFLPIMFDQHPNEQYKAHFWPRDLVAFSAQPLL
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pF1KA0 IYPTHYTGQPGYLSDTETSTIWDNET-VATDWDRTHAWKSRKQSRIYSNAKNTEALPPPT
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XP_011 AAPTHYAGDAEWLSDTETSSPWDDDSGRLISW--SGSQKTLRSPRLDLTGSSGHSLQPQ-
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620
pF1KA0 SLDTVPSRDEL
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XP_011 -----P-RDEL
>>NP_057258 (OMIM: 616626) probable inactive glycosyltra (595 aa)
initn: 2096 init1: 1712 opt: 2152 Z-score: 2581.8 bits: 487.8 E(85289): 4.6e-137
Smith-Waterman score: 2153; 52.8% identity (78.7% similar) in 581 aa overlap (47-626:27-595)
20 30 40 50 60 70
pF1KA0 SSALLREGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVLARNAAHTLPHFLGCLE
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NP_057 RLDYPRARMALWCATDHNVDNTTEMLQEWLAAVGDDYAAVVWRPEGEPRFYPDEEGPKHW
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pF1KA0 PTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLESR
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pF1KA0 MIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEVKIVEAV
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NP_057 LVDGPRMQASAHVTRPSKRPSKIGFDEVFVISLARRPDRRERMLASLWEMEISGRVVDAV
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pF1KA0 DDVRFEHQFKKKLMKLMDNIDQAQLDWELIYIGRKRMQVKEPEKAVPNVANLVEADYSYW
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pF1KA0 TLGYVISLEGAQKLVGANPFGKMLPVDEFLPVMYNKHPVAEYKEYYESRDLKAFSAEPLL
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NP_057 TLAYALRLAGARKLLASQPLRRMLPVDEFLPIMFDQHPNEQYKAHFWPRDLVAFSAQPLL
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pF1KA0 IYPTHYTGQPGYLSDTETSTIWDNET-VATDWDRTHAWKSRKQSRIYSNAKNTEALPPPT
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NP_057 AAPTHYAGDAEWLSDTETSSPWDDDSGRLISW--SGSQKTLRSPRLDLTGSSGHSLQPQ-
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620
pF1KA0 SLDTVPSRDEL
: ::::
NP_057 -----P-RDEL
>>NP_001273689 (OMIM: 616626) probable inactive glycosyl (517 aa)
initn: 1852 init1: 1468 opt: 1874 Z-score: 2248.7 bits: 426.0 E(85289): 1.6e-118
Smith-Waterman score: 1875; 50.7% identity (77.6% similar) in 527 aa overlap (101-626:1-517)
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pF1KA0 FLGCLERLDYPKSRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVEWRPMDEPESYPDE
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pF1KA0 IGPKHWPTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVA
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pF1KA0 LTFYPPHQDYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQTLQEDIENLI
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pF1KA0 HVQIEAMIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEV
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..:.:::: ::.: .. :....::::.::::.: ::.::.::::::::.:.::. : :
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pF1KA0 SAEPLLIYPTHYTGQPGYLSDTETSTIWDNET-VATDWDRTHAWKSRKQSRIYSNAKNTE
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pF1KA0 ALPPPTSLDTVPSRDEL
.: : : ::::
NP_001 SLQPQ------P-RDEL
510
>>XP_011517065 (OMIM: 616626) PREDICTED: probable inacti (517 aa)
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Smith-Waterman score: 1875; 50.7% identity (77.6% similar) in 527 aa overlap (101-626:1-517)
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pF1KA0 IGPKHWPTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVA
::::: : .:.:.: :: ::. .::::: :.::.::: ::: ::.... .::
XP_011 EGPKHWTKERHQFLMELKQEALTFARNWGADYILFADTDNILTNNQTLRLLMGQGLPVVA
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pF1KA0 PMLESRGLYSNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLIDLRKEASDK
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pF1KA0 LTFYPPHQDYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQTLQEDIENLI
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pF1KA0 ADYSYWTLGYVISLEGAQKLVGANPFGKMLPVDEFLPVMYNKHPVAEYKEYYESRDLKAF
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XP_011 AGYSYWTLAYALRLAGARKLLASQPLRRMLPVDEFLPIMFDQHPNEQYKAHFWPRDLVAF
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XP_011 SAQPLLAAPTHYAGDAEWLSDTETSSPWDDDSGRLISWSGSQ--KTLRSPRLDLTGSSGH
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pF1KA0 ALPPPTSLDTVPSRDEL
.: : : ::::
XP_011 SLQPQ------P-RDEL
510
>>NP_000926 (OMIM: 601865,609220) procollagen-lysine,2-o (737 aa)
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.: . ..:.: : :.. :.
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: ..:. .. . ::.:: : ::::: . .. :: :...: :... ..
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:.::..:: .:. :.::.. .: :.:::: ...: :.: :. :::.: . .:.: . ::
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pF1KA0 MVHSTFLID---LRKEASDKLTFYPPHQDYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYG
.. ...:: ::.: ... : .: .: ... ..:. :. ::. ::...:
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pF1KA0 YLPIPLKPHQTLQEDIENLIHVQIEAMIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLK
:
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.:.... :: .:.:.: : .. : ... : .::.. .
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pF1KA0 AHVMKLRQAALRTAREK-WSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLESRG-LY
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NP_001 SNFWGALSPDEYYARSEDYVELVQRKRVGVWNVPYISQAYVIR-----GDTLRMELPQRD
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pF1KA0 -YTWT-FDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQTLQEDIENLIHVQIEAM
.. . : ..: : :. :: ..: :....: : : . : :.: : .. .
NP_001 VFSGSDTDPDMAFCKSFRDKGIFLHLSNQHEFGRL------LATSRYDTEHL-HPDLWQI
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pF1KA0 IDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEVKIVEAVD
.: : ::.
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NP_000 KHMRLFIH-NHEQHHKAQV-EEFLAQHGSEYQSVKL------------VGPE----VRMA
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pF1KA0 HVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLESRG-LYSN
.. ..: ... : . .:.: ::.:..: ::: .::...::.. .: :.::
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pF1KA0 FWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLID---LRKEASDKLTFYPPHQ
:: ... :.: :. :::.: . .:.: . ::.. . .:: :: : ... :. :.
NP_000 FWGALSADGYYARSEDYVDIVQGRRVGVWNVPYISNIYLIKGSALRGELQSSDLFH--HS
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pF1KA0 DYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQT--LQEDIENLIHVQIEA
.: ..: . :: . :.: ::. :.: . : ..: :..:.
NP_000 ----KLDPDMAFCANIRQQDVFMFLTNRHTLGHL-LSLDSYRTTHLHNDLWEVFSNPEDW
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pF1KA0 MIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEVKIVEAV
NP_000 KEKYIHQNYTKALAGKLVETPCPDVYWFPIFTEVACDELVEEMEHFGQWSLGNNKDNRIQ
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>>NP_001303249 (OMIM: 153454,225400) procollagen-lysine, (774 aa)
initn: 271 init1: 138 opt: 283 Z-score: 335.8 bits: 72.6 E(85289): 5.8e-12
Smith-Waterman score: 315; 28.8% identity (59.6% similar) in 260 aa overlap (53-306:333-567)
30 40 50 60 70 80
pF1KA0 EGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVLARNAAHTLPHFLGCLERLDYPK
:::::.:. .. . . :. : :: ::.
NP_001 YIPRFWTFETGCTVCDEGLRSLKGIGDEALPTVLVGVFIEQPTPFVSLFFQRLLRLHYPQ
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pF1KA0 SRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVEWRPMDEPESYPDEIGPKHWPTSRFA
..: .. .:. . ... .:.: . :. :. .::. :.:
NP_001 KHMRLFIH-NHEQHHKAQV-EEFLAQHGSEYQSVKL------------VGPE----VRMA
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150 160 170 180 190 200
pF1KA0 HVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLESRG-LYSN
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NP_001 NADARNMGADLCRQDRSCTYYFSVDADVALTEPNSLRLLIQQNKNVIAPLMTRHGRLWSN
410 420 430 440 450 460
210 220 230 240 250
pF1KA0 FWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLID---LRKEASDKLTFYPPHQ
:: ... :.: :. :::.: . .:.: . ::.. . .:: :: : ... :. :.
NP_001 FWGALSADGYYARSEDYVDIVQGRRVGVWNVPYISNIYLIKGSALRGELQSSDLFH--HS
470 480 490 500 510 520
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pF1KA0 DYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQT--LQEDIENLIHVQIEA
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NP_001 ----KLDPDMAFCANIRQQDVFMFLTNRHTLGHL-LSLDSYRTTHLHNDLWEVFSNPEDW
530 540 550 560 570
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pF1KA0 MIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEVKIVEAV
NP_001 KEKYIHQNYTKALAGKLVETPCPDVYWFPIFTEVACDELVEEMEHFGQWSLGNNKDNRIQ
580 590 600 610 620 630
626 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Wed Nov 2 19:21:13 2016 done: Wed Nov 2 19:21:14 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]