Result of FASTA (omim) for
pFN21AE9638
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE9638, 1828 aa
1>>>pF1KE9638 1828 - 1828 aa - 1828 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.6750+/-0.000484; mu= -0.0324+/- 0.030
mean_var=315.7014+/-63.591, 0's: 0 Z-trim(119.6): 257 B-trim: 491 in 1/56
Lambda= 0.072183
statistics sampled from 33433 (33715) to 33433 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.696), E-opt: 0.2 (0.395), width: 16
Scan time: 18.690
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001262 (OMIM: 602119,615369) chromodomain-helic (1828) 12296 1296.0 0
XP_005271923 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomai (1798) 5068 543.3 8.1e-153
XP_005271924 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomai (1710) 4987 534.8 2.7e-150
NP_001261 (OMIM: 602118) chromodomain-helicase-DNA (1710) 4987 534.8 2.7e-150
XP_011541414 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomai (1552) 4952 531.1 3.1e-149
NP_001036037 (OMIM: 602119,615369) chromodomain-he ( 501) 3351 364.0 2e-99
XP_016864480 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomai ( 869) 1839 206.8 7.8e-52
XP_016864481 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomai ( 869) 1839 206.8 7.8e-52
XP_016885240 (OMIM: 300012) PREDICTED: probable gl (1036) 1468 168.2 3.8e-40
XP_006724845 (OMIM: 300012) PREDICTED: probable gl (1042) 1468 168.2 3.8e-40
XP_016885239 (OMIM: 300012) PREDICTED: probable gl (1042) 1468 168.2 3.8e-40
NP_001269804 (OMIM: 300012) probable global transc (1058) 1468 168.2 3.9e-40
NP_001005273 (OMIM: 602120) chromodomain-helicase- (2000) 1468 168.4 6.3e-40
XP_016879553 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2055) 1468 168.4 6.4e-40
NP_001005271 (OMIM: 602120) chromodomain-helicase- (2059) 1468 168.4 6.4e-40
XP_006721486 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2114) 1468 168.4 6.6e-40
XP_016879558 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (1888) 1456 167.1 1.4e-39
XP_016879555 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2036) 1456 167.2 1.5e-39
XP_016879557 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2036) 1456 167.2 1.5e-39
XP_016879556 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2045) 1456 167.2 1.5e-39
XP_016879554 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2047) 1456 167.2 1.5e-39
XP_016879559 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2050) 1456 167.2 1.5e-39
XP_016879552 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2056) 1456 167.2 1.5e-39
XP_005256486 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2060) 1456 167.2 1.5e-39
XP_016879551 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2105) 1456 167.2 1.6e-39
XP_016879550 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2109) 1456 167.2 1.6e-39
XP_006721487 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2111) 1456 167.2 1.6e-39
XP_005256484 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2115) 1456 167.2 1.6e-39
NP_005843 (OMIM: 602120) chromodomain-helicase-DNA (1966) 1447 166.2 2.8e-39
XP_006721491 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2025) 1447 166.2 2.9e-39
XP_005256485 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2080) 1447 166.2 3e-39
NP_003592 (OMIM: 603375) SWI/SNF-related matrix-as (1052) 1435 164.8 4.2e-39
XP_016874217 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1911) 1418 163.2 2.2e-38
XP_016874216 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1912) 1418 163.2 2.2e-38
XP_006719023 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1914) 1418 163.2 2.3e-38
XP_016874223 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1892) 1416 163.0 2.6e-38
XP_016874222 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1893) 1416 163.0 2.6e-38
XP_016874221 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1895) 1416 163.0 2.6e-38
XP_016874220 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1899) 1416 163.0 2.6e-38
XP_016874219 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1900) 1416 163.0 2.6e-38
XP_006719025 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1902) 1416 163.0 2.6e-38
XP_005253725 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1905) 1416 163.0 2.6e-38
NP_001284482 (OMIM: 603277,617159) chromodomain-he (1905) 1416 163.0 2.6e-38
XP_016874218 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1906) 1416 163.0 2.6e-38
XP_006719024 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1908) 1416 163.0 2.6e-38
NP_001264 (OMIM: 603277,617159) chromodomain-helic (1912) 1416 163.0 2.6e-38
XP_016874215 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1913) 1416 163.0 2.6e-38
XP_016874214 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1914) 1416 163.0 2.6e-38
XP_006719022 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1915) 1416 163.0 2.6e-38
XP_006719021 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1940) 1395 160.8 1.2e-37
>>NP_001262 (OMIM: 602119,615369) chromodomain-helicase- (1828 aa)
initn: 12296 init1: 12296 opt: 12296 Z-score: 6932.4 bits: 1296.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 12296; 100.0% identity (100.0% similar) in 1828 aa overlap (1-1828:1-1828)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MMRNKDKSQEEDSSLHSNASSHSASEEASGSDSGSQSESEQGSDPGSGHGSESNSSSESS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MMRNKDKSQEEDSSLHSNASSHSASEEASGSDSGSQSESEQGSDPGSGHGSESNSSSESS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 ESQSESESESAGSKSQPVLPEAKEKPASKKERIADVKKMWEEYPDVYGVRRSNRSRQEPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ESQSESESESAGSKSQPVLPEAKEKPASKKERIADVKKMWEEYPDVYGVRRSNRSRQEPS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 RFNIKEEASSGSESGSPKRRGQRQLKKQEKWKQEPSEDEQEQGTSAESEPEQKKVKARRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RFNIKEEASSGSESGSPKRRGQRQLKKQEKWKQEPSEDEQEQGTSAESEPEQKKVKARRP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 VPRRTVPKPRVKKQPKTQRGKRKKQDSSDEDDDDDEAPKRQTRRRAAKNVSYKEDDDFET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VPRRTVPKPRVKKQPKTQRGKRKKQDSSDEDDDDDEAPKRQTRRRAAKNVSYKEDDDFET
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 DSDDLIEMTGEGVDEQQDNSETIEKVLDSRLGKKGATGASTTVYAIEANGDPSGDFDTEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DSDDLIEMTGEGVDEQQDNSETIEKVLDSRLGKKGATGASTTVYAIEANGDPSGDFDTEK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 DEGEIQYLIKWKGWSYIHSTWESEESLQQQKVKGLKKLENFKKKEDEIKQWLGKVSPEDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DEGEIQYLIKWKGWSYIHSTWESEESLQQQKVKGLKKLENFKKKEDEIKQWLGKVSPEDV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE9 EYFNCQQELASELNKQYQIVERVIAVKTSKSTLGQTDFPAHSRKPAPSNEPEYLCKWMGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EYFNCQQELASELNKQYQIVERVIAVKTSKSTLGQTDFPAHSRKPAPSNEPEYLCKWMGL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE9 PYSECSWEDEALIGKKFQNCIDSFHSRNNSKTIPTRECKALKQRPRFVALKKQPAYLGGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PYSECSWEDEALIGKKFQNCIDSFHSRNNSKTIPTRECKALKQRPRFVALKKQPAYLGGE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE9 NLELRDYQLEGLNWLAHSWCKNNSVILADEMGLGKTIQTISFLSYLFHQHQLYGPFLIVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NLELRDYQLEGLNWLAHSWCKNNSVILADEMGLGKTIQTISFLSYLFHQHQLYGPFLIVV
490 500 510 520 530 540
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PLSTLTSWQREFEIWAPEINVVVYIGDLMSRNTIREYEWIHSQTKRLKFNALITTYEILL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE9 KDKTVLGSINWAFLGVDEAHRLKNDDSLLYKTLIDFKSNHRLLITGTPLQNSLKELWSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KDKTVLGSINWAFLGVDEAHRLKNDDSLLYKTLIDFKSNHRLLITGTPLQNSLKELWSLL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HFIMPEKFEFWEDFEEDHGKGRENGYQSLHKVLEPFLLRRVKKDVEKSLPAKVEQILRVE
670 680 690 700 710 720
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pF1KE9 MSALQKQYYKWILTRNYKALAKGTRGSTSGFLNIVMELKKCCNHCYLIKPPEENERENGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSALQKQYYKWILTRNYKALAKGTRGSTSGFLNIVMELKKCCNHCYLIKPPEENERENGQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EILLSLIRSSGKLILLDKLLTRLRERGNRVLIFSQMVRMLDILAEYLTIKHYPFQRLDGS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IKGEIRKQALDHFNADGSEDFCFLLSTRAGGLGINLASADTVVIFDSDWNPQNDLQAQAR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AHRIGQKKQVNIYRLVTKGTVEEEIIERAKKKMVLDHLVIQRMDTTGRTILENNSGRSNS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NPFNKEELTAILKFGAEDLFKELEGEESEPQEMDIDEILRLAETRENEVSTSATDELLSQ
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pF1KE9 FKVANFATMEDEEELEERPHKDWDEIIPEEQRKKVEEEERQKELEEIYMLPRIRSSTKKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QTNDSDSDTESKRQAQRSSASESETEDSDDDKKPKRRGRPRSVRKDLVEGFTDAEIRRFI
1090 1100 1110 1120 1130 1140
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pF1KE9 KAYKKFGLPLERLECIARDAELVDKSVADLKRLGELIHNSCVSAMQEYEEQLKENASEGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KAYKKFGLPLERLECIARDAELVDKSVADLKRLGELIHNSCVSAMQEYEEQLKENASEGK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GPGKRRGPTIKISGVQVNVKSIIQHEEEFEMLHKSIPVDPEEKKKYCLTCRVKAAHFDVE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WGVEDDSRLLLGIYEHGYGNWELIKTDPELKLTDKILPVETDKKPQGKQLQTRADYLLKL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LRKGLEKKGAVTGGEEAKLKKRKPRVKKENKVPRLKEEHGIELSSPRHSDNPSEEGEVKD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DGLEKSPMKKKQKKKENKENKEKQMSSRKDKEGDKERKKSKDKKEKPKSGDAKSSSKSKR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQGPVHITAGSEPVPIGEDEDDDLDQETFSICKERMRPVKKALKQLDKPDKGLNVQEQLE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HTRNCLLKIGDRIAECLKAYSDQEHIKLWRRNLWIFVSKFTEFDARKLHKLYKMAHKKRS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QEEEEQKKKDDVTGGKKPFRPEASGSSRDSLISQSHTSHNLHPQKPHLPASHGPQMHGHP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RDNYNHPNKRHFSNADRGDWQRERKFNYGGGNNNPPWGSDRHHQYEQHWYKDHHYGDRRH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MDAHRSGSYRPNNMSRKRPYDQYSSDRDHRGHRDYYDRHHHDSKRRRSDEFRPQNYHQQD
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1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KE9 FRRMSDHRPAMGYHGQGPSDHYRSFHTDKLGEYKQPLPPLHPAVSDPRSPPSQKSPHDSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FRRMSDHRPAMGYHGQGPSDHYRSFHTDKLGEYKQPLPPLHPAVSDPRSPPSQKSPHDSK
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1810 1820
pF1KE9 SPLDHRSPLERSLEQKNNPDYNWNVRKT
::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SPLDHRSPLERSLEQKNNPDYNWNVRKT
1810 1820
>>XP_005271923 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomain-he (1798 aa)
initn: 5128 init1: 3063 opt: 5068 Z-score: 2864.5 bits: 543.3 E(85289): 8.1e-153
Smith-Waterman score: 6639; 56.9% identity (77.8% similar) in 1886 aa overlap (20-1828:2-1798)
10 20 30 40 50
pF1KE9 MMRNKDKSQEEDSSLHSNASSHSASEEASGSDSG--SQSESEQGSDPGSGHGSESNSSSE
..:: .::. ..:: :::....:: ::: :: :.:::.
XP_005 MNGHS-DEESVRNSSGESSQSDDDSGSASGSGSGSSSGSSSD
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE9 SSESQS-ESESES---AGSKSQPVLPEAKEKPASKKERIADVKKMWEEYPDVYGVRRS--
.: ::: :.:.: .::.:. ..:. .. : .: ..:. :.. .:.::
XP_005 GSSSQSGSSDSDSGSESGSQSESESDTSRENKVQAKPPKVDGAEFWKSSPSILAVQRSAI
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::.. . .: .. :.:.:. ::. :
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..:.. :: ....: .:. : ::. :..::::::..:::::.: :...:::
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1370 1380 1390 1400 1410
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.::::::::::::: ::::::.:.:::. .:::::::.::.::::.:.:::: :.. :.:
XP_005 KTFSICKERMRPVKAALKQLDRPEKGLSEREQLEHTRQCLIKIGDHITECLKEYTNPEQI
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: ::.:::::::::::::::::::::: : ::: .:.....: ... .: .
XP_005 KQWRKNLWIFVSKFTEFDARKLHKLYKHAIKKR----QESQQNSDQNSNLNPHVIRNPDV
1480 1490 1500 1510 1520
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: . .:.:. . . : :.: : .: :: ... . . .:.: .
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. ...:... : :.. ....:.:.. .:..: ::: ..: : . .
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::.: ::.. :.. : : .: :.:. :... : :.: ::.. :: :
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: :::: .:.::. :.::..: :.:.:..:...:.
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:: ::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::.::..::::
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NP_001 RKT
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810 820 830 840 850 860
pF1KE9 VLIFSQMVRMLDILAEYLTIKHYPFQRLDGSIKGEIRKQALDHFNADGSEDFCFLLSTRA
:::::::::::::::::: ...::::::::::::.::::::::::.:::::::::::::
XP_011 VLIFSQMVRMLDILAEYLKYRQFPFQRLDGSIKGELRKQALDHFNAEGSEDFCFLLSTRA
810 820 830 840 850 860
870 880 890 900 910 920
pF1KE9 GGLGINLASADTVVIFDSDWNPQNDLQAQARAHRIGQKKQVNIYRLVTKGTVEEEIIERA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:.:::
XP_011 GGLGINLASADTVVIFDSDWNPQNDLQAQARAHRIGQKKQVNIYRLVTKGSVEEDILERA
870 880 890 900 910 920
930 940 950 960 970 980
pF1KE9 KKKMVLDHLVIQRMDTTGRTILENNSGRSNSNPFNKEELTAILKFGAEDLFKELEGEESE
::::::::::::::::::.:.:...:. :.:.:::::::.::::::::.:::: ::::.:
XP_011 KKKMVLDHLVIQRMDTTGKTVLHTGSAPSSSTPFNKEELSAILKFGAEELFKEPEGEEQE
930 940 950 960 970 980
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pF1KE9 PQEMDIDEILRLAETRENEVST-SATDELLSQFKVANFATM-EDEEELE-ERPHKDWDEI
::::::::::. :::.::: . .. ::::::::::::..: ::. ::: :: :.:.::
XP_011 PQEMDIDEILKRAETHENEPGPLTVGDELLSQFKVANFSNMDEDDIELEPERNSKNWEEI
990 1000 1010 1020 1030 1040
1050 1060 1070 1080 1090 1100
pF1KE9 IPEEQRKKVEEEERQKELEEIYMLPRIRSSTKKAQTNDSDSDTESKRQAQRSSASESETE
:::.::...:::::::::::::::::.:. .:. . : :.. . ...: :.:.:..
XP_011 IPEDQRRRLEEEERQKELEEIYMLPRMRNCAKQISFNGSEG---RRSRSRRYSGSDSDS-
1050 1060 1070 1080 1090 1100
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pF1KE9 DSDDDKKPKRRGRPRSVRKDLVEGFTDAEIRRFIKAYKKFGLPLERLECIARDAELVDKS
.. :.::.:::::.. .. ..::.:::::::::.::::: :::::. :::::::::::
XP_011 -ISEGKRPKKRGRPRTIPRENIKGFSDAEIRRFIKSYKKFGGPLERLDAIARDAELVDKS
1110 1120 1130 1140 1150 1160
1170 1180 1190 1200 1210 1220
pF1KE9 VADLKRLGELIHNSCVSAMQEYEEQLKENASEGKGPGKRRGPTIKISGVQVNVKSIIQHE
.::.:::::.::.:..:... ... : :: .:::..:::::::.: .:.::
XP_011 ETDLRRLGELVHNGCIKALKDSSSGTERT---GGRLGKVKGPTFRISGVQVNAKLVISHE
1170 1180 1190 1200 1210
1230 1240 1250 1260 1270 1280
pF1KE9 EEFEMLHKSIPVDPEEKKKYCLTCRVKAAHFDVEWGVEDDSRLLLGIYEHGYGNWELIKT
::. :::::: ::::.:.: . :..::::::..:: :::: ::.::::.:::.::.::
XP_011 EELIPLHKSIPSDPEERKQYTIPCHTKAAHFDIDWGKEDDSNLLIGIYEYGYGSWEMIKM
1220 1230 1240 1250 1260 1270
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pF1KE9 DPELKLTDKILPVETDKKPQGKQLQTRADYLLKLLRKGLEKKGAVTGGEEAKLKKRKPRV
::.:.:: :::: . :::::.::::::::::.::: . : :: :..:. .: .:: :.
XP_011 DPDLSLTHKILPDDPDKKPQAKQLQTRADYLIKLLSRDLAKKEALSGAGSSK--RRKARA
1280 1290 1300 1310 1320 1330
1350 1360 1370 1380 1390 1400
pF1KE9 KKENKVPRLKEEHGIELSSPRHSDNPSEEGEVKDDGLEKSPMKKKQKKKENKENKEKQMS
::.. . .: .. :.:.: .::. :
XP_011 KKNKAMKSIKVKE-----------------EIKSD---SSPLP----------------S
1340 1350 1360
1410 1420 1430 1440 1450 1460
pF1KE9 SRKDKEGDKERKKSKDKKEKPKSGDAKSSSKSKRSQGPVHITAGSEPVPIGEDEDDDLDQ
..:.. :: ....: .:. : ::. :..::::::..:::::.: :...:::
XP_011 EKSDEDDDKLSESKSDGRERSK--------KSSVSDAPVHITASGEPVPISE-ESEELDQ
1370 1380 1390 1400 1410
1470 1480 1490 1500 1510 1520
pF1KE9 ETFSICKERMRPVKKALKQLDKPDKGLNVQEQLEHTRNCLLKIGDRIAECLKAYSDQEHI
.::::::::::::: ::::::.:.:::. .:::::::.::.::::.:.:::: :.. :.:
XP_011 KTFSICKERMRPVKAALKQLDRPEKGLSEREQLEHTRQCLIKIGDHITECLKEYTNPEQI
1420 1430 1440 1450 1460 1470
1530 1540 1550 1560 1570 1580
pF1KE9 KLWRRNLWIFVSKFTEFDARKLHKLYKMAHKKRSQEEEEQKKKDDVTGGKKPFRPEASGS
: ::.:::::::::::::::::::::: : ::: :: .... ... . . :. . .
XP_011 KQWRKNLWIFVSKFTEFDARKLHKLYKHAIKKR-QESQQNSDQNSNLNPHVIRNPDITVT
1480 1490 1500 1510 1520 1530
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pF1KE9 SRDSLISQSHTSHNLHPQKPHLPASHGPQMHGHPRDNYNHPNKRHFSNADRGDWQRERKF
:..
XP_011 ERNTENWMITGVEITGQIWKEV
1540 1550
>>NP_001036037 (OMIM: 602119,615369) chromodomain-helica (501 aa)
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MMRNKDKSQEEDSSLHSNASSHSASEEASGSDSGSQSESEQGSDPGSGHGSESNSSSESS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ESQSESESESAGSKSQPVLPEAKEKPASKKERIADVKKMWEEYPDVYGVRRSNRSRQEPS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RFNIKEEASSGSESGSPKRRGQRQLKKQEKWKQEPSEDEQEQGTSAESEPEQKKVKARRP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VPRRTVPKPRVKKQPKTQRGKRKKQDSSDEDDDDDEAPKRQTRRRAAKNVSYKEDDDFET
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DSDDLIEMTGEGVDEQQDNSETIEKVLDSRLGKKGATGASTTVYAIEANGDPSGDFDTEK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DEGEIQYLIKWKGWSYIHSTWESEESLQQQKVKGLKKLENFKKKEDEIKQWLGKVSPEDV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EYFNCQQELASELNKQYQIVERVIAVKTSKSTLGQTDFPAHSRKPAPSNEPEYLCKWMGL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PYSECSWEDEALIGKKFQNCIDSFHSRNNSKTIPTRECKALKQRPRFVALKKQPAYLGGE
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:::::::::::::::::::::
NP_001 NLELRDYQLEGLNWLAHSWCK
490 500
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:::::::::::::::.:.:...:. :.:.:
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::::::.::::::::.:::: ::::.:::::::::::. :::.::: . .. :::::::
XP_016 FNKEELSAILKFGAEELFKEPEGEEQEPQEMDIDEILKRAETHENEPGPLTVGDELLSQF
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pF1KE9 KVANFATM-EDEEELE-ERPHKDWDEIIPEEQRKKVEEEERQKELEEIYMLPRIRSSTKK
:::::..: ::. ::: :: :.:.:::::.::...:::::::::::::::::.:. .:.
XP_016 KVANFSNMDEDDIELEPERNSKNWEEIIPEDQRRRLEEEERQKELEEIYMLPRMRNCAKQ
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pF1KE9 AQTNDSDSDTESKRQAQRSSASESETEDSDDDKKPKRRGRPRSVRKDLVEGFTDAEIRRF
. : :.. . ...: :.:.:.. .. :.::.:::::.. .. ..::.:::::::
XP_016 ISFNGSEG---RRSRSRRYSGSDSDS--ISEGKRPKKRGRPRTIPRENIKGFSDAEIRRF
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pF1KE9 IKAYKKFGLPLERLECIARDAELVDKSVADLKRLGELIHNSCVSAMQEYEEQLKENASEG
::.::::: :::::. ::::::::::: .::.:::::.::.:..:... ... :
XP_016 IKSYKKFGGPLERLDAIARDAELVDKSETDLRRLGELVHNGCIKALKDSSSGTERT---G
210 220 230 240 250 260
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pF1KE9 KGPGKRRGPTIKISGVQVNVKSIIQHEEEFEMLHKSIPVDPEEKKKYCLTCRVKAAHFDV
:: .:::..:::::::.: .:.::::. :::::: ::::.:.: . :..::::::.
XP_016 GRLGKVKGPTFRISGVQVNAKLVISHEEELIPLHKSIPSDPEERKQYTIPCHTKAAHFDI
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pF1KE9 EWGVEDDSRLLLGIYEHGYGNWELIKTDPELKLTDKILPVETDKKPQGKQLQTRADYLLK
.:: :::: ::.::::.:::.::.:: ::.:.:: :::: . :::::.::::::::::.:
XP_016 DWGKEDDSNLLIGIYEYGYGSWEMIKMDPDLSLTHKILPDDPDKKPQAKQLQTRADYLIK
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pF1KE9 LLRKGLEKKGAVTGGEEAKLKKRKPRVKKENKVPRLKEE-----------------HGIE
:: . : :: :..:. .: .: . . .: : ..::: :
XP_016 LLSRDLAKKEALSGAGSSKRRKARAKKNKAMKSIKVKEEIKSDSSPLPSEKSDEDDDKDE
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pF1KE9 LSSPRH------SDNPSEEGEVKDDGLEKSPMKKKQ-KKKENKENKEKQMSSRKDKEGDK
.:: .: .. ::: : ..: : .:.. :.::::.. ..... ..::. :
XP_016 ISSVKHPNKKIKTERDSEEKPEPDVYIKKEPEEKREAKEKENKKELKREIKEKEDKKDIK
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1420 1430 1440 1450
pF1KE9 ER--------------KKSKDKKEKP----KSGDAKSSSKSKRSQGPVHITAGSEPVPIG
:. .: :: ::. :: . :.::. :..::::::..:::::.
XP_016 EKDFKEKRENKVKEAIQKEKDIKEEKLSESKSDGRERSKKSSVSDAPVHITASGEPVPIS
510 520 530 540 550 560
1460 1470 1480 1490 1500 1510
pF1KE9 EDEDDDLDQETFSICKERMRPVKKALKQLDKPDKGLNVQEQLEHTRNCLLKIGDRIAECL
: :...:::.::::::::::::: ::::::.:.:::. .:::::::.::.::::.:.:::
XP_016 E-ESEELDQKTFSICKERMRPVKAALKQLDRPEKGLSEREQLEHTRQCLIKIGDHITECL
570 580 590 600 610 620
1520 1530 1540 1550 1560 1570
pF1KE9 KAYSDQEHIKLWRRNLWIFVSKFTEFDARKLHKLYKMAHKKRSQEEEEQKKKDDVTGGKK
: :.. :.:: ::.:::::::::::::::::::::: : ::: .:.....: ... .
XP_016 KEYTNPEQIKQWRKNLWIFVSKFTEFDARKLHKLYKHAIKKR----QESQQNSDQNSNLN
630 640 650 660 670
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pF1KE9 PFRPEASGSSRDSLISQSHTSHNLHPQKPHLPASHGPQMHGHPRDNYNHPNKRHFSNADR
: . : . .:.:. . . : :.: : .: :: ... .
XP_016 PHVIRNPDVER----LKENTNHDDSSRDSYSSDRHLTQYHDHHKD-------RHQGDSYK
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1640 1650 1660 1670 1680 1690
pF1KE9 GDWQRERKFN-YGGGNNNPPWGSDRHHQYEQHWYKDHHYGDRRHMDAHRSGSYRPNNMSR
. .:.: .. ...:... : :.. ....:.:.. .:..: ::: ..: :
XP_016 KSDSRKRPYSSFSNGKDHRDWD---HYKQDSRYYSDRE--KHRKLDDHRSRDHRSN----
730 740 750 760 770
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pF1KE9 KRPYDQYSSDRDHRGHRDYYDRHHHDSKRRRSDEFRPQNYHQQDFRRMSDHRPAMGYHGQ
. .::.: ::.. :.. : : .: :.:. :... : :.: ::..
XP_016 ---LEGSLKDRSHSDHRSHSDHRLH-SDHRSSSEYT----HHKSSR---DYR----YHSD
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pF1KE9 GPSDHYRSFHTDKLGEYKQPLPPLHPAVSDPRSPPSQKSPHDSKSPLDHRSPLERSLEQK
:: : : :::: .:.::. :.::..: :.:.:
XP_016 WQMDHRAS-------------------SSGPRSPLDQRSPYGSRSPFEH------SVEHK
830 840 850
1820
pF1KE9 NNPDYNWNVRKT
..:...:. :::
XP_016 STPEHTWSSRKT
860
>>XP_016864481 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomain-he (869 aa)
initn: 1852 init1: 655 opt: 1839 Z-score: 1051.6 bits: 206.8 E(85289): 7.8e-52
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910 920 930 940 950 960
pF1KE9 RIGQKKQVNIYRLVTKGTVEEEIIERAKKKMVLDHLVIQRMDTTGRTILENNSGRSNSNP
:::::::::::::::.:.:...:. :.:.:
XP_016 MVLDHLVIQRMDTTGKTVLHTGSAPSSSTP
10 20 30
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE9 FNKEELTAILKFGAEDLFKELEGEESEPQEMDIDEILRLAETRENEVST-SATDELLSQF
::::::.::::::::.:::: ::::.:::::::::::. :::.::: . .. :::::::
XP_016 FNKEELSAILKFGAEELFKEPEGEEQEPQEMDIDEILKRAETHENEPGPLTVGDELLSQF
40 50 60 70 80 90
1030 1040 1050 1060 1070
pF1KE9 KVANFATM-EDEEELE-ERPHKDWDEIIPEEQRKKVEEEERQKELEEIYMLPRIRSSTKK
:::::..: ::. ::: :: :.:.:::::.::...:::::::::::::::::.:. .:.
XP_016 KVANFSNMDEDDIELEPERNSKNWEEIIPEDQRRRLEEEERQKELEEIYMLPRMRNCAKQ
100 110 120 130 140 150
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pF1KE9 AQTNDSDSDTESKRQAQRSSASESETEDSDDDKKPKRRGRPRSVRKDLVEGFTDAEIRRF
. : :.. . ...: :.:.:.. .. :.::.:::::.. .. ..::.:::::::
XP_016 ISFNGSEG---RRSRSRRYSGSDSDS--ISEGKRPKKRGRPRTIPRENIKGFSDAEIRRF
160 170 180 190 200
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pF1KE9 IKAYKKFGLPLERLECIARDAELVDKSVADLKRLGELIHNSCVSAMQEYEEQLKENASEG
::.::::: :::::. ::::::::::: .::.:::::.::.:..:... ... :
XP_016 IKSYKKFGGPLERLDAIARDAELVDKSETDLRRLGELVHNGCIKALKDSSSGTERT---G
210 220 230 240 250 260
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pF1KE9 KGPGKRRGPTIKISGVQVNVKSIIQHEEEFEMLHKSIPVDPEEKKKYCLTCRVKAAHFDV
:: .:::..:::::::.: .:.::::. :::::: ::::.:.: . :..::::::.
XP_016 GRLGKVKGPTFRISGVQVNAKLVISHEEELIPLHKSIPSDPEERKQYTIPCHTKAAHFDI
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1260 1270 1280 1290 1300 1310
pF1KE9 EWGVEDDSRLLLGIYEHGYGNWELIKTDPELKLTDKILPVETDKKPQGKQLQTRADYLLK
.:: :::: ::.::::.:::.::.:: ::.:.:: :::: . :::::.::::::::::.:
XP_016 DWGKEDDSNLLIGIYEYGYGSWEMIKMDPDLSLTHKILPDDPDKKPQAKQLQTRADYLIK
330 340 350 360 370 380
1320 1330 1340 1350 1360
pF1KE9 LLRKGLEKKGAVTGGEEAKLKKRKPRVKKENKVPRLKEE-----------------HGIE
:: . : :: :..:. .: .: . . .: : ..::: :
XP_016 LLSRDLAKKEALSGAGSSKRRKARAKKNKAMKSIKVKEEIKSDSSPLPSEKSDEDDDKDE
390 400 410 420 430 440
1370 1380 1390 1400 1410
pF1KE9 LSSPRH------SDNPSEEGEVKDDGLEKSPMKKKQ-KKKENKENKEKQMSSRKDKEGDK
.:: .: .. ::: : ..: : .:.. :.::::.. ..... ..::. :
XP_016 ISSVKHPNKKIKTERDSEEKPEPDVYIKKEPEEKREAKEKENKKELKREIKEKEDKKDIK
450 460 470 480 490 500
1420 1430 1440 1450
pF1KE9 ER--------------KKSKDKKEKP----KSGDAKSSSKSKRSQGPVHITAGSEPVPIG
:. .: :: ::. :: . :.::. :..::::::..:::::.
XP_016 EKDFKEKRENKVKEAIQKEKDIKEEKLSESKSDGRERSKKSSVSDAPVHITASGEPVPIS
510 520 530 540 550 560
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pF1KE9 EDEDDDLDQETFSICKERMRPVKKALKQLDKPDKGLNVQEQLEHTRNCLLKIGDRIAECL
: :...:::.::::::::::::: ::::::.:.:::. .:::::::.::.::::.:.:::
XP_016 E-ESEELDQKTFSICKERMRPVKAALKQLDRPEKGLSEREQLEHTRQCLIKIGDHITECL
570 580 590 600 610 620
1520 1530 1540 1550 1560 1570
pF1KE9 KAYSDQEHIKLWRRNLWIFVSKFTEFDARKLHKLYKMAHKKRSQEEEEQKKKDDVTGGKK
: :.. :.:: ::.:::::::::::::::::::::: : ::: .:.....: ... .
XP_016 KEYTNPEQIKQWRKNLWIFVSKFTEFDARKLHKLYKHAIKKR----QESQQNSDQNSNLN
630 640 650 660 670
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: . : . .:.:. . . : :.: : .: :: ... .
XP_016 PHVIRNPDVER----LKENTNHDDSSRDSYSSDRHLTQYHDHHKD-------RHQGDSYK
680 690 700 710 720
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]