Result of FASTA (omim) for
pFN21AE9629
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE9629, 1001 aa
1>>>pF1KE9629 1001 - 1001 aa - 1001 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3084+/-0.000376; mu= 13.3697+/- 0.024
mean_var=140.2534+/-27.642, 0's: 0 Z-trim(117.9): 23 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.108297
statistics sampled from 30210 (30230) to 30210 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.696), E-opt: 0.2 (0.354), width: 16
Scan time: 13.760
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004609 (OMIM: 601243) DNA topoisomerase 3-alpha (1001) 6931 1095.2 0
NP_001307688 (OMIM: 601243) DNA topoisomerase 3-al ( 906) 6225 984.8 0
XP_011522303 (OMIM: 601243) PREDICTED: DNA topoiso ( 531) 3755 598.8 2.6e-170
XP_016884527 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 727) 1392 229.7 4.5e-59
XP_005261868 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 862) 1392 229.7 5.2e-59
XP_006724412 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 862) 1392 229.7 5.2e-59
XP_006724413 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 862) 1392 229.7 5.2e-59
NP_003926 (OMIM: 603582) DNA topoisomerase 3-beta- ( 862) 1392 229.7 5.2e-59
NP_001269041 (OMIM: 603582) DNA topoisomerase 3-be ( 862) 1392 229.7 5.2e-59
XP_011528784 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 862) 1392 229.7 5.2e-59
NP_001269042 (OMIM: 603582) DNA topoisomerase 3-be ( 862) 1392 229.7 5.2e-59
XP_016884530 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 594) 1097 183.5 2.9e-45
XP_016884529 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 594) 1097 183.5 2.9e-45
XP_005261870 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 726) 1097 183.6 3.4e-45
XP_016884528 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 726) 1097 183.6 3.4e-45
>>NP_004609 (OMIM: 601243) DNA topoisomerase 3-alpha iso (1001 aa)
initn: 6931 init1: 6931 opt: 6931 Z-score: 5856.6 bits: 1095.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6931; 100.0% identity (100.0% similar) in 1001 aa overlap (1-1001:1-1001)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MIFPVARYALRWLRRPEDRAFSRAAMEMALRGVRKVLCVAEKNDAAKGIADLLSNGRMRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MIFPVARYALRWLRRPEDRAFSRAAMEMALRGVRKVLCVAEKNDAAKGIADLLSNGRMRR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 REGLSKFNKIYEFDYHLYGQNVTMVMTSVSGHLLAHDFQMQFRKWQSCNPLVLFEAEIEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 REGLSKFNKIYEFDYHLYGQNVTMVMTSVSGHLLAHDFQMQFRKWQSCNPLVLFEAEIEK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 YCPENFVDIKKTLERETRQCQALVIWTDCDREGENIGFEIIHVCKAVKPNLQVLRARFSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 YCPENFVDIKKTLERETRQCQALVIWTDCDREGENIGFEIIHVCKAVKPNLQVLRARFSE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 ITPHAVRTACENLTEPDQRVSDAVDVRQELDLRIGAAFTRFQTLRLQRIFPEVLAEQLIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ITPHAVRTACENLTEPDQRVSDAVDVRQELDLRIGAAFTRFQTLRLQRIFPEVLAEQLIS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 YGSCQFPTLGFVVERFKAIQAFVPEIFHRIKVTHDHKDGIVEFNWKRHRLFNHTACLVLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 YGSCQFPTLGFVVERFKAIQAFVPEIFHRIKVTHDHKDGIVEFNWKRHRLFNHTACLVLY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 QLCVEDPMATVVEVRSKPKSKWRPQALDTVELEKLASRKLRINAKETMRIAEKLYTQGYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QLCVEDPMATVVEVRSKPKSKWRPQALDTVELEKLASRKLRINAKETMRIAEKLYTQGYI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE9 SYPRTETNIFPRDLNLTVLVEQQTPDPRWGAFAQSILERGGPTPRNGNKSDQAHPPIHPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SYPRTETNIFPRDLNLTVLVEQQTPDPRWGAFAQSILERGGPTPRNGNKSDQAHPPIHPT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE9 KYTNNLQGDEQRLYEFIVRHFLACCSQDAQGQETTVEIDIAQERFVAHGLMILARNYLDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KYTNNLQGDEQRLYEFIVRHFLACCSQDAQGQETTVEIDIAQERFVAHGLMILARNYLDV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE9 YPYDHWSDKILPVYEQGSHFQPSTVEMVDGETSPPKLLTEADLIALMEKHGIGTDATHAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 YPYDHWSDKILPVYEQGSHFQPSTVEMVDGETSPPKLLTEADLIALMEKHGIGTDATHAE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE9 HIETIKARMYVGLTPDKRFLPGHLGMGLVEGYDSMGYEMSKPDLRAELEADLKLICDGKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 HIETIKARMYVGLTPDKRFLPGHLGMGLVEGYDSMGYEMSKPDLRAELEADLKLICDGKK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE9 DKFVVLRQQVQKYKQVFIEAVAKAKKLDEALAQYFGNGTELAQQEDIYPAMPEPIRKCPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DKFVVLRQQVQKYKQVFIEAVAKAKKLDEALAQYFGNGTELAQQEDIYPAMPEPIRKCPQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE9 CNKDMVLKTKKNGGFYLSCMGFPECRSAVWLPDSVLEASRDSSVCPVCQPHPVYRLKLKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 CNKDMVLKTKKNGGFYLSCMGFPECRSAVWLPDSVLEASRDSSVCPVCQPHPVYRLKLKF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE9 KRGSLPPTMPLEFVCCIGGCDDTLREILDLRFSGGPPRASQPSGRLQANQSLNRMDNSQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KRGSLPPTMPLEFVCCIGGCDDTLREILDLRFSGGPPRASQPSGRLQANQSLNRMDNSQH
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE9 PQPADSRQTGSSKALAQTLPPPTAAGESNSVTCNCGQEAVLLTVRKEGPNRGRQFFKCNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PQPADSRQTGSSKALAQTLPPPTAAGESNSVTCNCGQEAVLLTVRKEGPNRGRQFFKCNG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE9 GSCNFFLWADSPNPGAGGPPALAYRPLGASLGCPPGPGIHLGGFGNPGDGSGSGTSCLCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GSCNFFLWADSPNPGAGGPPALAYRPLGASLGCPPGPGIHLGGFGNPGDGSGSGTSCLCS
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE9 QPSVTRTVQKDGPNKGRQFHTCAKPREQQCGFFQWVDENTAPGTSGAPSWTGDRGRTLES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QPSVTRTVQKDGPNKGRQFHTCAKPREQQCGFFQWVDENTAPGTSGAPSWTGDRGRTLES
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000
pF1KE9 EARSKRPRASSSDMGSTAKKPRKCSLCHQPGHTRPFCPQNR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EARSKRPRASSSDMGSTAKKPRKCSLCHQPGHTRPFCPQNR
970 980 990 1000
>>NP_001307688 (OMIM: 601243) DNA topoisomerase 3-alpha (906 aa)
initn: 6225 init1: 6225 opt: 6225 Z-score: 5261.1 bits: 984.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6225; 100.0% identity (100.0% similar) in 896 aa overlap (106-1001:11-906)
80 90 100 110 120 130
pF1KE9 HLYGQNVTMVMTSVSGHLLAHDFQMQFRKWQSCNPLVLFEAEIEKYCPENFVDIKKTLER
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MNLIIICMARQSCNPLVLFEAEIEKYCPENFVDIKKTLER
10 20 30 40
140 150 160 170 180 190
pF1KE9 ETRQCQALVIWTDCDREGENIGFEIIHVCKAVKPNLQVLRARFSEITPHAVRTACENLTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ETRQCQALVIWTDCDREGENIGFEIIHVCKAVKPNLQVLRARFSEITPHAVRTACENLTE
50 60 70 80 90 100
200 210 220 230 240 250
pF1KE9 PDQRVSDAVDVRQELDLRIGAAFTRFQTLRLQRIFPEVLAEQLISYGSCQFPTLGFVVER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PDQRVSDAVDVRQELDLRIGAAFTRFQTLRLQRIFPEVLAEQLISYGSCQFPTLGFVVER
110 120 130 140 150 160
260 270 280 290 300 310
pF1KE9 FKAIQAFVPEIFHRIKVTHDHKDGIVEFNWKRHRLFNHTACLVLYQLCVEDPMATVVEVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FKAIQAFVPEIFHRIKVTHDHKDGIVEFNWKRHRLFNHTACLVLYQLCVEDPMATVVEVR
170 180 190 200 210 220
320 330 340 350 360 370
pF1KE9 SKPKSKWRPQALDTVELEKLASRKLRINAKETMRIAEKLYTQGYISYPRTETNIFPRDLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SKPKSKWRPQALDTVELEKLASRKLRINAKETMRIAEKLYTQGYISYPRTETNIFPRDLN
230 240 250 260 270 280
380 390 400 410 420 430
pF1KE9 LTVLVEQQTPDPRWGAFAQSILERGGPTPRNGNKSDQAHPPIHPTKYTNNLQGDEQRLYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LTVLVEQQTPDPRWGAFAQSILERGGPTPRNGNKSDQAHPPIHPTKYTNNLQGDEQRLYE
290 300 310 320 330 340
440 450 460 470 480 490
pF1KE9 FIVRHFLACCSQDAQGQETTVEIDIAQERFVAHGLMILARNYLDVYPYDHWSDKILPVYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FIVRHFLACCSQDAQGQETTVEIDIAQERFVAHGLMILARNYLDVYPYDHWSDKILPVYE
350 360 370 380 390 400
500 510 520 530 540 550
pF1KE9 QGSHFQPSTVEMVDGETSPPKLLTEADLIALMEKHGIGTDATHAEHIETIKARMYVGLTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QGSHFQPSTVEMVDGETSPPKLLTEADLIALMEKHGIGTDATHAEHIETIKARMYVGLTP
410 420 430 440 450 460
560 570 580 590 600 610
pF1KE9 DKRFLPGHLGMGLVEGYDSMGYEMSKPDLRAELEADLKLICDGKKDKFVVLRQQVQKYKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DKRFLPGHLGMGLVEGYDSMGYEMSKPDLRAELEADLKLICDGKKDKFVVLRQQVQKYKQ
470 480 490 500 510 520
620 630 640 650 660 670
pF1KE9 VFIEAVAKAKKLDEALAQYFGNGTELAQQEDIYPAMPEPIRKCPQCNKDMVLKTKKNGGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VFIEAVAKAKKLDEALAQYFGNGTELAQQEDIYPAMPEPIRKCPQCNKDMVLKTKKNGGF
530 540 550 560 570 580
680 690 700 710 720 730
pF1KE9 YLSCMGFPECRSAVWLPDSVLEASRDSSVCPVCQPHPVYRLKLKFKRGSLPPTMPLEFVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YLSCMGFPECRSAVWLPDSVLEASRDSSVCPVCQPHPVYRLKLKFKRGSLPPTMPLEFVC
590 600 610 620 630 640
740 750 760 770 780 790
pF1KE9 CIGGCDDTLREILDLRFSGGPPRASQPSGRLQANQSLNRMDNSQHPQPADSRQTGSSKAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CIGGCDDTLREILDLRFSGGPPRASQPSGRLQANQSLNRMDNSQHPQPADSRQTGSSKAL
650 660 670 680 690 700
800 810 820 830 840 850
pF1KE9 AQTLPPPTAAGESNSVTCNCGQEAVLLTVRKEGPNRGRQFFKCNGGSCNFFLWADSPNPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AQTLPPPTAAGESNSVTCNCGQEAVLLTVRKEGPNRGRQFFKCNGGSCNFFLWADSPNPG
710 720 730 740 750 760
860 870 880 890 900 910
pF1KE9 AGGPPALAYRPLGASLGCPPGPGIHLGGFGNPGDGSGSGTSCLCSQPSVTRTVQKDGPNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AGGPPALAYRPLGASLGCPPGPGIHLGGFGNPGDGSGSGTSCLCSQPSVTRTVQKDGPNK
770 780 790 800 810 820
920 930 940 950 960 970
pF1KE9 GRQFHTCAKPREQQCGFFQWVDENTAPGTSGAPSWTGDRGRTLESEARSKRPRASSSDMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GRQFHTCAKPREQQCGFFQWVDENTAPGTSGAPSWTGDRGRTLESEARSKRPRASSSDMG
830 840 850 860 870 880
980 990 1000
pF1KE9 STAKKPRKCSLCHQPGHTRPFCPQNR
::::::::::::::::::::::::::
NP_001 STAKKPRKCSLCHQPGHTRPFCPQNR
890 900
>>XP_011522303 (OMIM: 601243) PREDICTED: DNA topoisomera (531 aa)
initn: 3755 init1: 3755 opt: 3755 Z-score: 3178.8 bits: 598.8 E(85289): 2.6e-170
Smith-Waterman score: 3755; 100.0% identity (100.0% similar) in 531 aa overlap (471-1001:1-531)
450 460 470 480 490 500
pF1KE9 FLACCSQDAQGQETTVEIDIAQERFVAHGLMILARNYLDVYPYDHWSDKILPVYEQGSHF
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MILARNYLDVYPYDHWSDKILPVYEQGSHF
10 20 30
510 520 530 540 550 560
pF1KE9 QPSTVEMVDGETSPPKLLTEADLIALMEKHGIGTDATHAEHIETIKARMYVGLTPDKRFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QPSTVEMVDGETSPPKLLTEADLIALMEKHGIGTDATHAEHIETIKARMYVGLTPDKRFL
40 50 60 70 80 90
570 580 590 600 610 620
pF1KE9 PGHLGMGLVEGYDSMGYEMSKPDLRAELEADLKLICDGKKDKFVVLRQQVQKYKQVFIEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PGHLGMGLVEGYDSMGYEMSKPDLRAELEADLKLICDGKKDKFVVLRQQVQKYKQVFIEA
100 110 120 130 140 150
630 640 650 660 670 680
pF1KE9 VAKAKKLDEALAQYFGNGTELAQQEDIYPAMPEPIRKCPQCNKDMVLKTKKNGGFYLSCM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VAKAKKLDEALAQYFGNGTELAQQEDIYPAMPEPIRKCPQCNKDMVLKTKKNGGFYLSCM
160 170 180 190 200 210
690 700 710 720 730 740
pF1KE9 GFPECRSAVWLPDSVLEASRDSSVCPVCQPHPVYRLKLKFKRGSLPPTMPLEFVCCIGGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GFPECRSAVWLPDSVLEASRDSSVCPVCQPHPVYRLKLKFKRGSLPPTMPLEFVCCIGGC
220 230 240 250 260 270
750 760 770 780 790 800
pF1KE9 DDTLREILDLRFSGGPPRASQPSGRLQANQSLNRMDNSQHPQPADSRQTGSSKALAQTLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DDTLREILDLRFSGGPPRASQPSGRLQANQSLNRMDNSQHPQPADSRQTGSSKALAQTLP
280 290 300 310 320 330
810 820 830 840 850 860
pF1KE9 PPTAAGESNSVTCNCGQEAVLLTVRKEGPNRGRQFFKCNGGSCNFFLWADSPNPGAGGPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PPTAAGESNSVTCNCGQEAVLLTVRKEGPNRGRQFFKCNGGSCNFFLWADSPNPGAGGPP
340 350 360 370 380 390
870 880 890 900 910 920
pF1KE9 ALAYRPLGASLGCPPGPGIHLGGFGNPGDGSGSGTSCLCSQPSVTRTVQKDGPNKGRQFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ALAYRPLGASLGCPPGPGIHLGGFGNPGDGSGSGTSCLCSQPSVTRTVQKDGPNKGRQFH
400 410 420 430 440 450
930 940 950 960 970 980
pF1KE9 TCAKPREQQCGFFQWVDENTAPGTSGAPSWTGDRGRTLESEARSKRPRASSSDMGSTAKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TCAKPREQQCGFFQWVDENTAPGTSGAPSWTGDRGRTLESEARSKRPRASSSDMGSTAKK
460 470 480 490 500 510
990 1000
pF1KE9 PRKCSLCHQPGHTRPFCPQNR
:::::::::::::::::::::
XP_011 PRKCSLCHQPGHTRPFCPQNR
520 530
>>XP_016884527 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoisomera (727 aa)
initn: 1252 init1: 425 opt: 1392 Z-score: 1181.5 bits: 229.7 E(85289): 4.5e-59
Smith-Waterman score: 1452; 37.1% identity (62.5% similar) in 728 aa overlap (33-738:1-717)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 FPVARYALRWLRRPEDRAFSRAAMEMALRGVRKVLCVAEKNDAAKGIADLLSNGRMRRRE
.. :: :::: . :..:: .:: : . ..
XP_016 MKTVLMVAEKPSLAQSIAKILSRGSLSSHK
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 GLSKFNKIYEFDYHLYGQNVTMVMTSVSGHLLAHDFQMQFRKWQSCNPLVLF-EAEIEKY
::. ...:. . :: : . :::: ::... :: .. ::.. .: :: .: ::
XP_016 GLNGACSVHEYTGTFAGQPVRFKMTSVCGHVMTLDFLGKYNKWDKVDPAELFSQAPTEKK
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KE9 CPENFVDIKKTLERETRQCQALVIWTDCDREGENIGFEIIHVC-----KAVKPNLQVLRA
. ... : :. : : :. .:.: :::.::::: ::.. . :: . :.::
XP_016 EANPKLNMVKFLQVEGRGCDYIVLWLDCDKEGENICFEVLDAVLPVMNKAHGGEKTVFRA
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE9 RFSEITPHAVRTACENLTEPDQRVSDAVDVRQELDLRIGAAFTRFQTLRLQRIFPEVLAE
::: :: . .: : :::. . .::.::::::::: ::::::: .: . . :
XP_016 RFSSITDTDICNAMACLGEPDHNEALSVDARQELDLRIGCAFTRFQTKYFQGKYGD-LDS
160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KE9 QLISYGSCQFPTLGFVVERFKAIQAFVPEIFH--RIKVTHDHKDGIVEFNWKRHRLFNHT
.:::.: :: ::::: ::: ::.: :: . . ::. : :: . ..: : :.:..
XP_016 SLISFGPCQTPTLGFCVERHDKIQSFKPETYWVLQAKVNTD-KDRSLLLDWDRVRVFDRE
210 220 230 240 250 260
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