Result of FASTA (omim) for
pFN21AE9628
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE9628, 882 aa
1>>>pF1KE9628 882 - 882 aa - 882 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8107+/-0.000434; mu= 15.9115+/- 0.027
mean_var=141.4261+/-28.202, 0's: 0 Z-trim(115.5): 49 B-trim: 178 in 2/51
Lambda= 0.107847
statistics sampled from 25885 (25934) to 25885 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.647), E-opt: 0.2 (0.304), width: 16
Scan time: 10.690
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001008496 (OMIM: 610314) piwi-like protein 3 is ( 882) 5913 932.5 0
NP_001242904 (OMIM: 610314) piwi-like protein 3 is ( 873) 3790 602.1 3.6e-171
XP_011537305 (OMIM: 605571) PREDICTED: piwi-like p ( 861) 2902 464.0 1.4e-129
NP_004755 (OMIM: 605571) piwi-like protein 1 isofo ( 861) 2902 464.0 1.4e-129
XP_011537306 (OMIM: 605571) PREDICTED: piwi-like p ( 861) 2902 464.0 1.4e-129
XP_011537304 (OMIM: 605571) PREDICTED: piwi-like p ( 861) 2902 464.0 1.4e-129
NP_001177900 (OMIM: 605571) piwi-like protein 1 is ( 829) 2681 429.6 3e-119
XP_016875718 (OMIM: 605571) PREDICTED: piwi-like p ( 832) 2681 429.6 3e-119
XP_011537307 (OMIM: 605571) PREDICTED: piwi-like p ( 819) 2251 362.7 4.1e-99
NP_060538 (OMIM: 610312) piwi-like protein 2 isofo ( 973) 1791 291.2 1.6e-77
NP_001129193 (OMIM: 610312) piwi-like protein 2 is ( 973) 1791 291.2 1.6e-77
XP_011537308 (OMIM: 605571) PREDICTED: piwi-like p ( 481) 1764 286.7 1.8e-76
NP_689644 (OMIM: 610315) piwi-like protein 4 [Homo ( 852) 1454 238.7 9.1e-62
NP_001317409 (OMIM: 610312) piwi-like protein 2 is ( 937) 1454 238.7 9.8e-62
XP_005273608 (OMIM: 610312) PREDICTED: piwi-like p ( 804) 1247 206.4 4.3e-52
XP_016868806 (OMIM: 606229) PREDICTED: protein arg ( 782) 432 79.6 6.3e-14
XP_011515268 (OMIM: 606229) PREDICTED: protein arg ( 813) 432 79.6 6.5e-14
NP_036286 (OMIM: 606229) protein argonaute-2 isofo ( 859) 432 79.7 6.8e-14
XP_011515267 (OMIM: 606229) PREDICTED: protein arg ( 873) 432 79.7 6.8e-14
XP_011515270 (OMIM: 606229) PREDICTED: protein arg ( 918) 432 79.7 7.1e-14
XP_005270633 (OMIM: 607355) PREDICTED: protein arg ( 585) 412 76.4 4.4e-13
XP_016856017 (OMIM: 607355) PREDICTED: protein arg ( 585) 412 76.4 4.4e-13
XP_016856013 (OMIM: 607355) PREDICTED: protein arg ( 626) 412 76.4 4.6e-13
XP_016856014 (OMIM: 607355) PREDICTED: protein arg ( 626) 412 76.4 4.6e-13
XP_016856016 (OMIM: 607355) PREDICTED: protein arg ( 626) 412 76.4 4.6e-13
NP_803171 (OMIM: 607355) protein argonaute-3 isofo ( 626) 412 76.4 4.6e-13
XP_016856015 (OMIM: 607355) PREDICTED: protein arg ( 626) 412 76.4 4.6e-13
XP_011539184 (OMIM: 607355) PREDICTED: protein arg ( 626) 412 76.4 4.6e-13
XP_011539181 (OMIM: 607355) PREDICTED: protein arg ( 845) 412 76.5 5.8e-13
XP_016856012 (OMIM: 607355) PREDICTED: protein arg ( 860) 412 76.6 5.8e-13
XP_005270632 (OMIM: 607355) PREDICTED: protein arg ( 860) 412 76.6 5.8e-13
NP_079128 (OMIM: 607355) protein argonaute-3 isofo ( 860) 412 76.6 5.8e-13
XP_016856508 (OMIM: 606228) PREDICTED: protein arg ( 706) 397 74.1 2.5e-12
NP_001304052 (OMIM: 606228) protein argonaute-1 is ( 782) 397 74.2 2.7e-12
NP_036331 (OMIM: 606228) protein argonaute-1 isofo ( 857) 397 74.2 2.9e-12
XP_011539538 (OMIM: 606228) PREDICTED: protein arg ( 860) 397 74.2 2.9e-12
NP_001304051 (OMIM: 606228) protein argonaute-1 is ( 891) 397 74.2 3e-12
XP_011539186 (OMIM: 607356) PREDICTED: protein arg ( 660) 295 58.2 1.5e-07
XP_011539185 (OMIM: 607356) PREDICTED: protein arg ( 711) 295 58.3 1.5e-07
XP_005270635 (OMIM: 607356) PREDICTED: protein arg ( 794) 295 58.3 1.7e-07
XP_005270636 (OMIM: 607356) PREDICTED: protein arg ( 794) 295 58.3 1.7e-07
NP_060099 (OMIM: 607356) protein argonaute-4 [Homo ( 861) 295 58.3 1.8e-07
>>NP_001008496 (OMIM: 610314) piwi-like protein 3 isofor (882 aa)
initn: 5913 init1: 5913 opt: 5913 Z-score: 4979.2 bits: 932.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5913; 100.0% identity (100.0% similar) in 882 aa overlap (1-882:1-882)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MPGRARTRARGRARRRESYQQEAPGGPRAPGSATTQEPPQLQSTPRPLQEEVPVVRPLQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MPGRARTRARGRARRRESYQQEAPGGPRAPGSATTQEPPQLQSTPRPLQEEVPVVRPLQP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 RAARGGAGGGAQSQGVKEPGPEAGLHTAPLQERRIGGVFQDLVVNTRQDMKHVKDSKTGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RAARGGAGGGAQSQGVKEPGPEAGLHTAPLQERRIGGVFQDLVVNTRQDMKHVKDSKTGS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 EGTVVQLLANHFRVISRPQWVAYKYNVDYKPDIEDGNLRTILLDQHRRKFGERHIFDGNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EGTVVQLLANHFRVISRPQWVAYKYNVDYKPDIEDGNLRTILLDQHRRKFGERHIFDGNS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 LLLSRPLKERRVEWLSTTKDKNIVKITVEFSKELTPTSPDCLRYYNILFRRTFKLLDFEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLLSRPLKERRVEWLSTTKDKNIVKITVEFSKELTPTSPDCLRYYNILFRRTFKLLDFEQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 VGRNYYTKKKAIQLYRHGTSLEIWLGYVTSVLQYENSITLCADVSHKLLRIETAYDFIKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VGRNYYTKKKAIQLYRHGTSLEIWLGYVTSVLQYENSITLCADVSHKLLRIETAYDFIKR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 TSAQAQTGNIREEVTNKLIGSIVLTKYNNKTYRVDDIDWKQNPEDTFNKSDGSKITYIDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TSAQAQTGNIREEVTNKLIGSIVLTKYNNKTYRVDDIDWKQNPEDTFNKSDGSKITYIDY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE9 YRQQHKEIVTVKKQPLLVSQGRWKKGLTGTQREPILLIPQLCHMTGLTDEICKDYSIVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YRQQHKEIVTVKKQPLLVSQGRWKKGLTGTQREPILLIPQLCHMTGLTDEICKDYSIVKE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE9 LAKHTRLSPRRRHHTLKEFINTLQDNKKVRELLQLWDLKFDTNFLSVPGRVLKNANIVQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LAKHTRLSPRRRHHTLKEFINTLQDNKKVRELLQLWDLKFDTNFLSVPGRVLKNANIVQG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE9 RRMVKANSQGDWSREIRELPLLNAMPLHSWLILYSRSSHREAMSLKGHLQSVTAPMGITM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RRMVKANSQGDWSREIRELPLLNAMPLHSWLILYSRSSHREAMSLKGHLQSVTAPMGITM
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE9 KPAEMIEVDGDANSYIDTLRKYTRPTLQMGMSCLLVFKVICILPNDDKRRYDSIKRYLCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KPAEMIEVDGDANSYIDTLRKYTRPTLQMGMSCLLVFKVICILPNDDKRRYDSIKRYLCT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE9 KCPIPSQCVVKKTLEKVQARTIVTKIAQQMNCKMGGALWKVETDVQRTMFVGIDCFHDIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KCPIPSQCVVKKTLEKVQARTIVTKIAQQMNCKMGGALWKVETDVQRTMFVGIDCFHDIV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE9 NRQKSIAGFVASTNAELTKWYSQCVIQKTGEELVKELEICLKAALDVWCKNESSMPHSVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NRQKSIAGFVASTNAELTKWYSQCVIQKTGEELVKELEICLKAALDVWCKNESSMPHSVI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE9 VYRDGVGDGQLQALLDHEAKKMSTYLKTISPNNFTLAFIVVKKRINTRFFLKHGSNFQNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VYRDGVGDGQLQALLDHEAKKMSTYLKTISPNNFTLAFIVVKKRINTRFFLKHGSNFQNP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE9 PPGTVIDVELTRNEWYDFFIVSQSVQDGTVTPTHYNVIYDTIGLSPDTVQRLTYCLCHMY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PPGTVIDVELTRNEWYDFFIVSQSVQDGTVTPTHYNVIYDTIGLSPDTVQRLTYCLCHMY
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880
pF1KE9 YNLPGIIRVPAPCHYAHKLAYLVGQSIHQEPNRSLSTRLFYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YNLPGIIRVPAPCHYAHKLAYLVGQSIHQEPNRSLSTRLFYL
850 860 870 880
>>NP_001242904 (OMIM: 610314) piwi-like protein 3 isofor (873 aa)
initn: 5837 init1: 3784 opt: 3790 Z-score: 3194.1 bits: 602.1 E(85289): 3.6e-171
Smith-Waterman score: 5823; 99.0% identity (99.0% similar) in 882 aa overlap (1-882:1-873)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MPGRARTRARGRARRRESYQQEAPGGPRAPGSATTQEPPQLQSTPRPLQEEVPVVRPLQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MPGRARTRARGRARRRESYQQEAPGGPRAPGSATTQEPPQLQSTPRPLQEEVPVVRPLQP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 RAARGGAGGGAQSQGVKEPGPEAGLHTAPLQERRIGGVFQDLVVNTRQDMKHVKDSKTGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RAARGGAGGGAQSQGVKEPGPEAGLHTAPLQERRIGGVFQDLVVNTRQDMKHVKDSKTGS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 EGTVVQLLANHFRVISRPQWVAYKYNVDYKPDIEDGNLRTILLDQHRRKFGERHIFDGNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EGTVVQLLANHFRVISRPQWVAYKYNVDYKPDIEDGNLRTILLDQHRRKFGERHIFDGNS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 LLLSRPLKERRVEWLSTTKDKNIVKITVEFSKELTPTSPDCLRYYNILFRRTFKLLDFEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLLSRPLKERRVEWLSTTKDKNIVKITVEFSKELTPTSPDCLRYYNILFRRTFKLLDFEQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 VGRNYYTKKKAIQLYRHGTSLEIWLGYVTSVLQYENSITLCADVSHKLLRIETAYDFIKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VGRNYYTKKKAIQLYRHGTSLEIWLGYVTSVLQYENSITLCADVSHKLLRIETAYDFIKR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 TSAQAQTGNIREEVTNKLIGSIVLTKYNNKTYRVDDIDWKQNPEDTFNKSDGSKITYIDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TSAQAQTGNIREEVTNKLIGSIVLTKYNNKTYRVDDIDWKQNPEDTFNKSDGSKITYIDY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE9 YRQQHKEIVTVKKQPLLVSQGRWKKGLTGTQREPILLIPQLCHMTGLTDEICKDYSIVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YRQQHKEIVTVKKQPLLVSQGRWKKGLTGTQREPILLIPQLCHMTGLTDEICKDYSIVKE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE9 LAKHTRLSPRRRHHTLKEFINTLQDNKKVRELLQLWDLKFDTNFLSVPGRVLKNANIVQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LAKHTRLSPRRRHHTLKEFINTLQDNKKVRELLQLWDLKFDTNFLSVPGRVLKNANIVQG
430 440 450 460 470 480
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pF1KE9 RRMVKANSQGDWSREIRELPLLNAMPLHSWLILYSRSSHREAMSLKGHLQSVTAPMGITM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RRMVKANSQGDWSREIRELPLLNAMPLHSWLILYSRSSHREAMSLKGHLQSVTAPMGITM
490 500 510 520 530 540
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pF1KE9 KPAEMIEVDGDANSYIDTLRKYTRPTLQMGMSCLLVFKVICILPNDDKRRYDSIKRYLCT
::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
NP_001 KPAEMIEVDGDANSYIDTLRKYTRPTLQM---------VICILPNDDKRRYDSIKRYLCT
550 560 570 580 590
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pF1KE9 KCPIPSQCVVKKTLEKVQARTIVTKIAQQMNCKMGGALWKVETDVQRTMFVGIDCFHDIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KCPIPSQCVVKKTLEKVQARTIVTKIAQQMNCKMGGALWKVETDVQRTMFVGIDCFHDIV
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670 680 690 700 710 720
pF1KE9 NRQKSIAGFVASTNAELTKWYSQCVIQKTGEELVKELEICLKAALDVWCKNESSMPHSVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NRQKSIAGFVASTNAELTKWYSQCVIQKTGEELVKELEICLKAALDVWCKNESSMPHSVI
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pF1KE9 VYRDGVGDGQLQALLDHEAKKMSTYLKTISPNNFTLAFIVVKKRINTRFFLKHGSNFQNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VYRDGVGDGQLQALLDHEAKKMSTYLKTISPNNFTLAFIVVKKRINTRFFLKHGSNFQNP
720 730 740 750 760 770
790 800 810 820 830 840
pF1KE9 PPGTVIDVELTRNEWYDFFIVSQSVQDGTVTPTHYNVIYDTIGLSPDTVQRLTYCLCHMY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PPGTVIDVELTRNEWYDFFIVSQSVQDGTVTPTHYNVIYDTIGLSPDTVQRLTYCLCHMY
780 790 800 810 820 830
850 860 870 880
pF1KE9 YNLPGIIRVPAPCHYAHKLAYLVGQSIHQEPNRSLSTRLFYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YNLPGIIRVPAPCHYAHKLAYLVGQSIHQEPNRSLSTRLFYL
840 850 860 870
>>XP_011537305 (OMIM: 605571) PREDICTED: piwi-like prote (861 aa)
initn: 2904 init1: 783 opt: 2902 Z-score: 2447.4 bits: 464.0 E(85289): 1.4e-129
Smith-Waterman score: 2945; 50.5% identity (76.2% similar) in 889 aa overlap (1-882:1-861)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MPGRARTRARGRARRRESYQQEAPGGPRAPGSATTQEPPQLQSTPRPLQEEVPVVRPLQP
: ::::.::::::: .:. : ::...:.: .: :.: :. :
XP_011 MTGRARARARGRARGQETAQLV--------GSTASQQPGYIQPRPQP----PPAEGELFG
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KE9 RA-ARGGAGGGAQSQGVKEPGPEAGLHTAPLQERRIGGV---FQDLVVNTRQDMKHVKDS
:. :: ::: :.:::.. ::.. : :: :: :.:: :::::.. :::.:
XP_011 RGRQRGTAGGTAKSQGLQ---ISAGFQELSLAER--GGRRRDFHDLGVNTRQNLDHVKES
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE9 KTGSEGTVVQLLANHFRVISRPQWVAYKYNVDYKPDIEDGNLRTILLDQHRRKFGERHIF
:::: : .:.: .::::. :::::. :.:..::.: .: ::. :: ::. .:. : :
XP_011 KTGSSGIIVRLSTNHFRLTSRPQWALYQYHIDYNPLMEARRLRSALLFQHEDLIGKCHAF
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE9 DGNSLLLSRPLKERRVEWLSTTKDKNIVKITVEFSKELTPTSPDCLRYYNILFRRTFKLL
::. :.: . :... .: .: :.. . :.::. ...:: :::: ::..:::.::: .:..
XP_011 DGTILFLPKRLQQKVTEVFSKTRNGEDVRITITLTNELPPTSPTCLQFYNIIFRRLLKIM
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE9 DFEQVGRNYYTKKKAIQLYRHGTSLEIWLGYVTSVLQYENSITLCADVSHKLLRIETAYD
...:.:::::. . :.. : : :: :..::.::::::: ::.:::::.:: ::. :
XP_011 NLQQIGRNYYNPNDPIDIPSH--RLVIWPGFTTSILQYENSIMLCTDVSHKVLRSETVLD
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE9 FIKRTSAQAQTGNIREEVTNKLIGSIVLTKYNNKTYRVDDIDWKQNPEDTFNKSDGSKIT
:. :.. ...:.:...::: .::::::::::::::::: :::..::.:.:::...
XP_011 FMFNFYHQTEEHKFQEQVSKELIGLVVLTKYNNKTYRVDDIDWDQNPKSTFKKADGSEVS
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE9 YIDYYRQQHKEIVTVKKQPLLVSQGRWKKGLTGTQREPILLIPQLCHMTGLTDEICKDYS
...:::.:... .: :::.:::: . ..: :: : .:::.::..:::::.. .:..
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