Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE9627
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE9627, 861 aa
1>>>pF1KE9627 861 - 861 aa - 861 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3671+/-0.000898; mu= 16.0545+/- 0.054
mean_var=85.5436+/-17.062, 0's: 0 Z-trim(107.5): 24 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.138669
statistics sampled from 9620 (9639) to 9620 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.643), E-opt: 0.2 (0.296), width: 16
Scan time: 4.220
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9268.1 PIWIL1 gene_id:9271|Hs108|chr12 ( 861) 5816 1173.8 0
CCDS33623.1 PIWIL3 gene_id:440822|Hs108|chr22 ( 882) 2902 590.8 3.4e-168
CCDS31656.1 PIWIL4 gene_id:143689|Hs108|chr11 ( 852) 2818 574.0 3.8e-163
CCDS6029.1 PIWIL2 gene_id:55124|Hs108|chr8 ( 973) 2324 475.2 2.4e-133
CCDS83261.1 PIWIL2 gene_id:55124|Hs108|chr8 ( 937) 1949 400.2 8.9e-111
CCDS400.1 AGO3 gene_id:192669|Hs108|chr1 ( 626) 450 100.2 1.2e-20
CCDS399.1 AGO3 gene_id:192669|Hs108|chr1 ( 860) 450 100.3 1.6e-20
CCDS6380.1 AGO2 gene_id:27161|Hs108|chr8 ( 859) 444 99.1 3.6e-20
CCDS81300.1 AGO1 gene_id:26523|Hs108|chr1 ( 782) 433 96.9 1.5e-19
CCDS398.1 AGO1 gene_id:26523|Hs108|chr1 ( 857) 433 96.9 1.6e-19
CCDS397.1 AGO4 gene_id:192670|Hs108|chr1 ( 861) 365 83.3 2e-15
>>CCDS9268.1 PIWIL1 gene_id:9271|Hs108|chr12 (861 aa)
initn: 5816 init1: 5816 opt: 5816 Z-score: 6283.9 bits: 1173.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5816; 100.0% identity (100.0% similar) in 861 aa overlap (1-861:1-861)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MTGRARARARGRARGQETAQLVGSTASQQPGYIQPRPQPPPAEGELFGRGRQRGTAGGTA
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CCDS92 MTGRARARARGRARGQETAQLVGSTASQQPGYIQPRPQPPPAEGELFGRGRQRGTAGGTA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 KSQGLQISAGFQELSLAERGGRRRDFHDLGVNTRQNLDHVKESKTGSSGIIVRLSTNHFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 KSQGLQISAGFQELSLAERGGRRRDFHDLGVNTRQNLDHVKESKTGSSGIIVRLSTNHFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 LTSRPQWALYQYHIDYNPLMEARRLRSALLFQHEDLIGKCHAFDGTILFLPKRLQQKVTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 LTSRPQWALYQYHIDYNPLMEARRLRSALLFQHEDLIGKCHAFDGTILFLPKRLQQKVTE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 VFSKTRNGEDVRITITLTNELPPTSPTCLQFYNIIFRRLLKIMNLQQIGRNYYNPNDPID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 VFSKTRNGEDVRITITLTNELPPTSPTCLQFYNIIFRRLLKIMNLQQIGRNYYNPNDPID
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 IPSHRLVIWPGFTTSILQYENSIMLCTDVSHKVLRSETVLDFMFNFYHQTEEHKFQEQVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 IPSHRLVIWPGFTTSILQYENSIMLCTDVSHKVLRSETVLDFMFNFYHQTEEHKFQEQVS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 KELIGLVVLTKYNNKTYRVDDIDWDQNPKSTFKKADGSEVSFLEYYRKQYNQEITDLKQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 KELIGLVVLTKYNNKTYRVDDIDWDQNPKSTFKKADGSEVSFLEYYRKQYNQEITDLKQP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE9 VLVSQPKRRRGPGGTLPGPAMLIPELCYLTGLTDKMRNDFNVMKDLAVHTRLTPEQRQRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 VLVSQPKRRRGPGGTLPGPAMLIPELCYLTGLTDKMRNDFNVMKDLAVHTRLTPEQRQRE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE9 VGRLIDYIHKNDNVQRELRDWGLSFDSNLLSFSGRILQTEKIHQGGKTFDYNPQFADWSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 VGRLIDYIHKNDNVQRELRDWGLSFDSNLLSFSGRILQTEKIHQGGKTFDYNPQFADWSK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE9 ETRGAPLISVKPLDNWLLIYTRRNYEAANSLIQNLFKVTPAMGMQMRKAIMIEVDDRTEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 ETRGAPLISVKPLDNWLLIYTRRNYEAANSLIQNLFKVTPAMGMQMRKAIMIEVDDRTEA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE9 YLRVLQQKVTADTQIVVCLLSSNRKDKYDAIKKYLCTDCPTPSQCVVARTLGKQQTVMAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 YLRVLQQKVTADTQIVVCLLSSNRKDKYDAIKKYLCTDCPTPSQCVVARTLGKQQTVMAI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE9 ATKIALQMNCKMGGELWRVDIPLKLVMIVGIDCYHDMTAGRRSIAGFVASINEGMTRWFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 ATKIALQMNCKMGGELWRVDIPLKLVMIVGIDCYHDMTAGRRSIAGFVASINEGMTRWFS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE9 RCIFQDRGQELVDGLKVCLQAALRAWNSCNEYMPSRIIVYRDGVGDGQLKTLVNYEVPQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 RCIFQDRGQELVDGLKVCLQAALRAWNSCNEYMPSRIIVYRDGVGDGQLKTLVNYEVPQF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE9 LDCLKSIGRGYNPRLTVIVVKKRVNTRFFAQSGGRLQNPLPGTVIDVEVTRPEWYDFFIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 LDCLKSIGRGYNPRLTVIVVKKRVNTRFFAQSGGRLQNPLPGTVIDVEVTRPEWYDFFIV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE9 SQAVRSGSVSPTHYNVIYDNSGLKPDHIQRLTYKLCHIYYNWPGVIRVPAPCQYAHKLAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 SQAVRSGSVSPTHYNVIYDNSGLKPDHIQRLTYKLCHIYYNWPGVIRVPAPCQYAHKLAF
790 800 810 820 830 840
850 860
pF1KE9 LVGQSIHREPNLSLSNRLYYL
:::::::::::::::::::::
CCDS92 LVGQSIHREPNLSLSNRLYYL
850 860
>>CCDS33623.1 PIWIL3 gene_id:440822|Hs108|chr22 (882 aa)
initn: 2907 init1: 783 opt: 2902 Z-score: 3133.1 bits: 590.8 E(32554): 3.4e-168
Smith-Waterman score: 2945; 50.5% identity (76.2% similar) in 889 aa overlap (1-861:1-882)
10 20 30 40
pF1KE9 MTGRARARARGRARGQETAQLV--------GSTASQQPGYIQPRPQP----PPAEGELFG
: ::::.::::::: .:. : ::...:.: .: :.: :. :
CCDS33 MPGRARTRARGRARRRESYQQEAPGGPRAPGSATTQEPPQLQSTPRPLQEEVPVVRPLQP
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE9 RGRQRGTAGGTAKSQGLQ---ISAGFQELSLAER--GGRRRDFHDLGVNTRQNLDHVKES
:. :: ::: :.:::.. ::.. : :: :: :.:: :::::.. :::.:
CCDS33 RA-ARGGAGGGAQSQGVKEPGPEAGLHTAPLQERRIGGV---FQDLVVNTRQDMKHVKDS
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE9 KTGSSGIIVRLSTNHFRLTSRPQWALYQYHIDYNPLMEARRLRSALLFQHEDLIGKCHAF
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CCDS33 KTGSEGTVVQLLANHFRVISRPQWVAYKYNVDYKPDIEDGNLRTILLDQHRRKFGERHIF
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE9 DGTILFLPKRLQQKVTEVFSKTRNGEDVRITITLTNELPPTSPTCLQFYNIIFRRLLKIM
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CCDS33 DGNSLLLSRPLKERRVEWLSTTKDKNIVKITVEFSKELTPTSPDCLRYYNILFRRTFKLL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE9 NLQQIGRNYYNPNDPIDIPSH--RLVIWPGFTTSILQYENSIMLCTDVSHKVLRSETVLD
...:.:::::. . :.. : : :: :..::.::::::: ::.:::::.:: ::. :
CCDS33 DFEQVGRNYYTKKKAIQLYRHGTSLEIWLGYVTSVLQYENSITLCADVSHKLLRIETAYD
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE9 FMFNFYHQTEEHKFQEQVSKELIGLVVLTKYNNKTYRVDDIDWDQNPKSTFKKADGSEVS
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CCDS33 FIKRTSAQAQTGNIREEVTNKLIGSIVLTKYNNKTYRVDDIDWKQNPEDTFNKSDGSKIT
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE9 FLEYYRKQYNQEITDLKQPVLVSQPKRRRGPGGTLPGPAMLIPELCYLTGLTDKMRNDFN
...:::.:... .: :::.:::: . ..: :: : .:::.::..:::::.. .:..
CCDS33 YIDYYRQQHKEIVTVKKQPLLVSQGRWKKGLTGTQREPILLIPQLCHMTGLTDEICKDYS
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE9 VMKDLAVHTRLTPEQRQREVGRLIDYIHKNDNVQRELRDWGLSFDSNLLSFSGRILQTEK
..:.:: ::::.:..:.. . ..:. .. : .:.. :. : :.::.:.:: ::.:.. .
CCDS33 IVKELAKHTRLSPRRRHHTLKEFINTLQDNKKVRELLQLWDLKFDTNFLSVPGRVLKNAN
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KE9 IHQGGKTFDYNPQFADWSKETRGAPLISVKPLDNWLLIYTRRNYEAANSLIQNLFKVTPA
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CCDS33 IVQGRRMVKANSQ-GDWSREIRELPLLNAMPLHSWLILYSRSSHREAMSLKGHLQSVTAP
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570
pF1KE9 MGMQMRKAIMIEVDDRTEAYLRVLQQKVTADTQI---------VVCLLSSNRKDKYDAIK
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CCDS33 MGITMKPAEMIEVDGDANSYIDTLRKYTRPTLQMGMSCLLVFKVICILPNDDKRRYDSIK
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KE9 KYLCTDCPTPSQCVVARTLGKQQTVMAIATKIALQMNCKMGGELWRVDIPLKLVMIVGID
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CCDS33 RYLCTKCPIPSQCVVKKTLEKVQA-RTIVTKIAQQMNCKMGGALWKVETDVQRTMFVGID
600 610 620 630 640 650
640 650 660 670 680 690
pF1KE9 CYHDMTAGRRSIAGFVASINEGMTRWFSRCIFQDRGQELVDGLKVCLQAALRAWNSCNEY
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CCDS33 CFHDIVNRQKSIAGFVASTNAELTKWYSQCVIQKTGEELVKELEICLKAALDVWCKNESS
660 670 680 690 700 710
700 710 720 730 740 750
pF1KE9 MPSRIIVYRDGVGDGQLKTLVNYEVPQFLDCLKSIGRGYNPRLTVIVVKKRVNTRFFAQS
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CCDS33 MPHSVIVYRDGVGDGQLQALLDHEAKKMSTYLKTISPN-NFTLAFIVVKKRINTRFFLKH
720 730 740 750 760 770
760 770 780 790 800 810
pF1KE9 GGRLQNPLPGTVIDVEVTRPEWYDFFIVSQAVRSGSVSPTHYNVIYDNSGLKPDHIQRLT
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CCDS33 GSNFQNPPPGTVIDVELTRNEWYDFFIVSQSVQDGTVTPTHYNVIYDTIGLSPDTVQRLT
780 790 800 810 820 830
820 830 840 850 860
pF1KE9 YKLCHIYYNWPGVIRVPAPCQYAHKLAFLVGQSIHREPNLSLSNRLYYL
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CCDS33 YCLCHMYYNLPGIIRVPAPCHYAHKLAYLVGQSIHQEPNRSLSTRLFYL
840 850 860 870 880
>>CCDS31656.1 PIWIL4 gene_id:143689|Hs108|chr11 (852 aa)
initn: 2808 init1: 1472 opt: 2818 Z-score: 3042.5 bits: 574.0 E(32554): 3.8e-163
Smith-Waterman score: 2840; 49.1% identity (76.3% similar) in 865 aa overlap (1-861:1-852)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MTGRARARARGRARGQETAQLVGSTASQQPGYIQPRPQPPPAEGELFGRGRQRGTAGGTA
:.::::..::: :: : .. . : :: : : .. . . : : .
CCDS31 MSGRARVKARGIAR---------SPSATEVGRIQASPLPRSVDLSNNEASSSNGFLGTSR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE9 KSQGLQ--ISAGFQELSLAERGGR-RRDFHDLGVNTRQNLDHVKESKTGSSGIIVRLSTN
: . . ::.: .. ::: . ..:: ::.. ::..: ::.. ::::::: :.: ::
CCDS31 ISTNDKYGISSGDAGSTFMERGVKNKQDFMDLSICTREKLAHVRNCKTGSSGIPVKLVTN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE9 HFRLTSRPQWALYQYHIDYNPLMEARRLRSALLFQHEDLIGKCHAFDGTILFLPKRLQQK
: : .: :::::. : : . .:::: :::..: .: .: .::::.:::: ..:..:
CCDS31 LFNLDFPQDWQLYQYHVTYIPDLASRRLRIALLYSHSELSNKAKAFDGAILFLSQKLEEK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE9 VTEVFSKTRNGEDVRITITLTNELPPTSPTCLQFYNIIFRRLLKIMNLQQIGRNYYNPND
:::. :.:. :: ...:::: ::: .::.:.: .:::::..:: ... :::::.:::..
CCDS31 VTELSSETQRGETIKMTITLKRELPSSSPVCIQVFNIIFRKILKKLSMYQIGRNFYNPSE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE9 PIDIPSHRLVIWPGFTTSILQYENSIMLCTDVSHKVLRSETVLDFMFNFYHQTEEHKFQE
:..::.:.: .::::. :. .: .... .:::.::::.::::.:: . ..: : .
CCDS31 PMEIPQHKLSLWPGFAISVSYFERKLLFSADVSYKVLRNETVLEFMTALCQRTGLSCFTQ
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE9 QVSKELIGLVVLTKYNNKTYRVDDIDWDQNPKSTFKKADGSEVSFLEYYRKQYNQEITDL
:.::::.:::.:::.:: .:::::. .: ::.: ::.:.....::..::. ..::
CCDS31 TCEKQLIGLIVLTRYNNRTYSIDDIDWSVKPTHTFQKRDGTEITYVDYYKQQYDITVSDL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE9 KQPVLVSQPKRRRGPGGTLPGPAMLIPELCYLTGLTDKMRNDFNVMKDLAVHTRLTPEQR
.::.::: :..:. . . : ::::::.::::::. .::..:: .: .:::.: :
CCDS31 NQPMLVSLLKKKRNDN-SEAQLAHLIPELCFLTGLTDQATSDFQLMKAVAEKTRLSPSGR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE9 QREVGRLIDYIHKNDNVQRELRDWGLSFDSNLLSFSGRILQTEKIHQGGKTFDYNP-QFA
:....::.: :..: :.. ::. ::: : :.. :..:::. .::: . . . : . :
CCDS31 QQRLARLVDNIQRNTNARFELETWGLHFGSQI-SLTGRIVPSEKILMQDHICQ--PVSAA
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE9 DWSKETRGAPLISVKPLDNWLLIYTRRNYEAANSLIQNLFKVTPAMGMQMRKAIMIEVDD
::::. : ..... :..::.. . :. .:.:... : .:. .::... .:.:..
CCDS31 DWSKDIRTCKILNAQSLNTWLILCSDRTEYVAESFLNCLRRVAGSMGFNVDYPKIIKVQE
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KE9 RTEAYLRVLQQKVTADTQIVVCLLSSNRKDKYDAIKKYLCTDCPTPSQCVVARTLGKQQT
:..:..:: : :.:.:.:.: ::.: ::.::::: .:::.:::::.::::.::
CCDS31 NPAAFVRAIQQYVDPDVQLVMCILPSNQKTYYDSIKKYLSSDCPVPSQCVLARTLNKQGM
530 540 550 560 570 580
600 610 620 630 640 650
pF1KE9 VMAIATKIALQMNCKMGGELWRVDIPLKLVMIVGIDCYHDMTAGRRSIAGFVASINEGMT
.:.::::::.::.::.::::: :.:::: .:.:::: .: . ..: :::.: .:
CCDS31 MMSIATKIAMQMTCKLGGELWAVEIPLKSLMVVGIDVCKDALSKDVMVVGCVASVNPRIT
590 600 610 620 630 640
660 670 680 690 700 710
pF1KE9 RWFSRCIFQDRGQELVDGLKVCLQAALRAWNSCNEYMPSRIIVYRDGVGDGQLKTLVNYE
:::::::.: ...: ::: . .:: : . :. .:.:::::: ::::::::::..::
CCDS31 RWFSRCILQRTMTDVADCLKVFMTGALNKWYKYNHDLPARIIVYRAGVGDGQLKTLIEYE
650 660 670 680 690 700
720 730 740 750 760 770
pF1KE9 VPQFLDCLKSIGRGYNPRLTVIVVKKRVNTRFFAQSGGRLQNPLPGTVIDVEVTRPEWYD
:::.:. . . . . ::.::::.:. :::.. . .::: :::.: :.:: ::::
CCDS31 VPQLLSSVAESSSNTSSRLSVIVVRKKCMPRFFTEMNRTVQNPPLGTVVDSEATRNEWYD
710 720 730 740 750 760
780 790 800 810 820 830
pF1KE9 FFIVSQAVRSGSVSPTHYNVIYDNSGLKPDHIQRLTYKLCHIYYNWPGVIRVPAPCQYAH
:...::.. :.::::.::::::..::::::.::::.::::.::::::.. :::::::::
CCDS31 FYLISQVACRGTVSPTYYNVIYDDNGLKPDHMQRLTFKLCHLYYNWPGIVSVPAPCQYAH
770 780 790 800 810 820
840 850 860
pF1KE9 KLAFLVGQSIHREPNLSLSNRLYYL
::.:::.::::.::.: :.:.:.::
CCDS31 KLTFLVAQSIHKEPSLELANHLFYL
830 840 850
>>CCDS6029.1 PIWIL2 gene_id:55124|Hs108|chr8 (973 aa)
initn: 1806 init1: 690 opt: 2324 Z-score: 2507.5 bits: 475.2 E(32554): 2.4e-133
Smith-Waterman score: 2324; 43.0% identity (74.4% similar) in 763 aa overlap (104-861:216-973)
80 90 100 110 120 130
pF1KE9 LSLAERGGRRRDFHDLGVNTRQNLDHVKESKTGSSGIIVRLSTNHFRLTSRPQWALYQYH
: ::.: :. : .. . . :.::::
CCDS60 SPPALPQSPLHSPDRPLVLTVEHKEKELIVKQGSKGTPQSLGLNLVKIQCHNE-AVYQYH
190 200 210 220 230 240
140 150 160 170 180 190
pF1KE9 IDYNPLMEARRLRSALLFQHEDLIGKCHAFDGTILFLPKRLQQKVTEVFSKTR-NGEDVR
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CCDS39 FRARYHLVDKEHDSAEGSHVSGQSNGRDPQALAKAVQIHQDTLRTMYFA
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:.:: ..:..: :.. . :. .:.:..:
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.:.: ...: .:...:: . .: ....:.: . : .:
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:.... .. . : . : : : :: :. ..:: ::: .. ... :..:.
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. .:. ..: :.. :: .. . . : .: ..: :.. : :.:: .:
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. . : .:. : .::: ... :.:. ... :..: :.::
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CCDS39 LDIRNIDEQPKPLTDSQRVRFTKEIKGLKVEVTHCGQMKRKYRVCNVTRRPASHQTFPLQ
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