Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE9615
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE9615, 348 aa
1>>>pF1KE9615 348 - 348 aa - 348 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3697+/-0.000791; mu= 15.8866+/- 0.048
mean_var=64.4380+/-12.754, 0's: 0 Z-trim(107.8): 26 B-trim: 120 in 1/48
Lambda= 0.159773
statistics sampled from 9771 (9791) to 9771 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.676), E-opt: 0.2 (0.301), width: 16
Scan time: 2.760
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1974.1 CAPG gene_id:822|Hs108|chr2 ( 348) 2346 549.3 1.7e-156
CCDS58715.1 CAPG gene_id:822|Hs108|chr2 ( 333) 1419 335.6 3.5e-92
CCDS47545.1 SCIN gene_id:85477|Hs108|chr7 ( 715) 1186 282.1 9.9e-76
CCDS6829.1 GSN gene_id:2934|Hs108|chr9 ( 731) 1168 277.9 1.8e-74
CCDS65118.1 GSN gene_id:2934|Hs108|chr9 ( 739) 1168 277.9 1.8e-74
CCDS48011.1 GSN gene_id:2934|Hs108|chr9 ( 742) 1168 277.9 1.8e-74
CCDS75891.1 GSN gene_id:2934|Hs108|chr9 ( 748) 1168 277.9 1.8e-74
CCDS75890.1 GSN gene_id:2934|Hs108|chr9 ( 767) 1168 277.9 1.9e-74
CCDS6828.1 GSN gene_id:2934|Hs108|chr9 ( 782) 1168 277.9 1.9e-74
CCDS2417.1 VIL1 gene_id:7429|Hs108|chr2 ( 827) 905 217.3 3.5e-56
CCDS8959.1 AVIL gene_id:10677|Hs108|chr12 ( 819) 896 215.3 1.5e-55
CCDS2670.2 VILL gene_id:50853|Hs108|chr3 ( 856) 749 181.4 2.4e-45
CCDS58522.1 FLII gene_id:2314|Hs108|chr17 (1214) 436 109.3 1.7e-23
CCDS58521.1 FLII gene_id:2314|Hs108|chr17 (1258) 436 109.3 1.8e-23
CCDS11192.1 FLII gene_id:2314|Hs108|chr17 (1269) 436 109.3 1.8e-23
CCDS47546.1 SCIN gene_id:85477|Hs108|chr7 ( 468) 418 105.0 1.3e-22
>>CCDS1974.1 CAPG gene_id:822|Hs108|chr2 (348 aa)
initn: 2346 init1: 2346 opt: 2346 Z-score: 2922.9 bits: 549.3 E(32554): 1.7e-156
Smith-Waterman score: 2346; 100.0% identity (100.0% similar) in 348 aa overlap (1-348:1-348)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MYTAIPQSGSPFPGSVQDPGLHVWRVEKLKPVPVAQENQGVFFSGDSYLVLHNGPEEVSH
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CCDS19 MYTAIPQSGSPFPGSVQDPGLHVWRVEKLKPVPVAQENQGVFFSGDSYLVLHNGPEEVSH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 LHLWIGQQSSRDEQGACAVLAVHLNTLLGERPVQHREVQGNESDLFMSYFPRGLKYQEGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 LHLWIGQQSSRDEQGACAVLAVHLNTLLGERPVQHREVQGNESDLFMSYFPRGLKYQEGG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 VESAFHKTSTGAPAAIKKLYQVKGKKNIRATERALNWDSFNTGDCFILDLGQNIFAWCGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 VESAFHKTSTGAPAAIKKLYQVKGKKNIRATERALNWDSFNTGDCFILDLGQNIFAWCGG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 KSNILERNKARDLALAIRDSERQGKAQVEIVTDGEEPAEMIQVLGPKPALKEGNPEEDLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 KSNILERNKARDLALAIRDSERQGKAQVEIVTDGEEPAEMIQVLGPKPALKEGNPEEDLT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 ADKANAQAAALYKVSDATGQMNLTKVADSSPFALELLISDDCFVLDNGLCGKIYIWKGRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 ADKANAQAAALYKVSDATGQMNLTKVADSSPFALELLISDDCFVLDNGLCGKIYIWKGRK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KE9 ANEKERQAALQVAEGFISRMQYAPNTQVEILPQGHESPIFKQFFKDWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 ANEKERQAALQVAEGFISRMQYAPNTQVEILPQGHESPIFKQFFKDWK
310 320 330 340
>>CCDS58715.1 CAPG gene_id:822|Hs108|chr2 (333 aa)
initn: 1417 init1: 1417 opt: 1419 Z-score: 1768.4 bits: 335.6 E(32554): 3.5e-92
Smith-Waterman score: 2212; 95.7% identity (95.7% similar) in 348 aa overlap (1-348:1-333)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MYTAIPQSGSPFPGSVQDPGLHVWRVEKLKPVPVAQENQGVFFSGDSYLVLHNGPEEVSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MYTAIPQSGSPFPGSVQDPGLHVWRVEKLKPVPVAQENQGVFFSGDSYLVLHNGPEEVSH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 LHLWIGQQSSRDEQGACAVLAVHLNTLLGERPVQHREVQGNESDLFMSYFPRGLKYQEGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LHLWIGQQSSRDEQGACAVLAVHLNTLLGERPVQHREVQGNESDLFMSYFPRGLKYQEGG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 VESAFHKTSTGAPAAIKKLYQVKGKKNIRATERALNWDSFNTGDCFILDLGQNIFAWCGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 VESAFHKTSTGAPAAIKKLYQVKGKKNIRATERALNWDSFNTGDCFILDLGQNIFAWCGG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 KSNILERNKARDLALAIRDSERQGKAQVEIVTDGEEPAEMIQVLGPKPALKEGNPEEDLT
:::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::
CCDS58 KSNILERNKARDLALAIRDSERQGKAQV---------------LGPKPALKEGNPEEDLT
190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 ADKANAQAAALYKVSDATGQMNLTKVADSSPFALELLISDDCFVLDNGLCGKIYIWKGRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ADKANAQAAALYKVSDATGQMNLTKVADSSPFALELLISDDCFVLDNGLCGKIYIWKGRK
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340
pF1KE9 ANEKERQAALQVAEGFISRMQYAPNTQVEILPQGHESPIFKQFFKDWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ANEKERQAALQVAEGFISRMQYAPNTQVEILPQGHESPIFKQFFKDWK
290 300 310 320 330
>>CCDS47545.1 SCIN gene_id:85477|Hs108|chr7 (715 aa)
initn: 1210 init1: 806 opt: 1186 Z-score: 1473.1 bits: 282.1 E(32554): 9.9e-76
Smith-Waterman score: 1186; 48.8% identity (78.8% similar) in 340 aa overlap (12-348:10-348)
10 20 30 40 50
pF1KE9 MYTAIPQSGSPFPGSVQDPGLHVWRVEKLKPVPVAQENQGVFFSGDSYLVLHNGPEE---
: . .. ::.:::.:::. ::: : .: :. ::.:::::..
CCDS47 MARELYHEEFARAGKQAGLQVWRIEKLELVPVPQSAHGDFYVGDAYLVLHTAKTSRGF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE9 VSHLHLWIGQQSSRDEQGACAVLAVHLNTLLGERPVQHREVQGNESDLFMSYFPRGLKYQ
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CCDS47 TYHLHFWLGKECSQDESTAAAIFTVQMDDYLGGKPVQNRELQGYESNDFVSYFKGGLKYK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE9 EGGVESAFHKTSTGAPAAIKKLYQVKGKKNIRATERALNWDSFNTGDCFILDLGQNIFAW
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CCDS47 AGGVASGLNHVLTNDLTA-KRLLHVKGRRVVRATEVPLSWDSFNKGDCFIIDLGTEIYQW
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE9 CGGKSNILERNKARDLALAIRDSERQGKAQVEIVTDGEEPAEMIQVLGPKPALKEGNPEE
::.. : :: :: ..: .:: .::.:.... .: .: ::.:.:.::: :: : .:. ..
CCDS47 CGSSCNKYERLKANQVATGIRYNERKGRSELIVVEEGSEPSELIKVLGEKPELPDGGDDD
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE9 DLTADKANAQAAALYKVSDATGQMNLTKVADSSPFALELLISDDCFVLDNGLCGKIYIWK
:. :: .: . : :: ::::.:.: .: ::. .::.. .:.:..::.::.: .:..::
CCDS47 DIIADISNRKMAKLYMVSDASGSMRVTVVAEENPFSMAMLLSEECFILDHGAAKQIFVWK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KE9 GRKANEKERQAALQVAEGFISRMQYAPNTQVEILPQGHESPIFKQFFKDWK
:. :: .::.::...:: :...:.:. :::...::.: :.::::::::::.
CCDS47 GKDANPQERKAAMKTAEEFLQQMNYSKNTQIQVLPEGGETPIFKQFFKDWRDKDQSDGFG
300 310 320 330 340 350
CCDS47 KVYVTEKVAQIKQIPFDASKLHSSPQMAAQHNMVDDGSGKVEIWRVENNGRIQVDQNSYG
360 370 380 390 400 410
>--
initn: 348 init1: 97 opt: 442 Z-score: 546.2 bits: 110.6 E(32554): 4.2e-24
Smith-Waterman score: 442; 29.9% identity (57.0% similar) in 335 aa overlap (21-347:398-710)
10 20 30 40 50
pF1KE9 MYTAIPQSGSPFPGSVQDPGLHVWRVEKLKPVPVAQENQGVFFSGDSYLV
...::::. . : :.. : :..:: :..
CCDS47 IKQIPFDASKLHSSPQMAAQHNMVDDGSGKVEIWRVENNGRIQVDQNSYGEFYGGDCYII
370 380 390 400 410 420
60 70 80 90 100 110
pF1KE9 LHNGPEEVSHLHLWIGQQSSRDEQGACAVLAVHLNTLLGERPVQHREVQGNESDLFMSYF
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CCDS47 LYTYPRG-QIIYTWQGANATRDELTTSAFLTVQLDRSLGGQAVQIRVSQGKEPVHLLSLF
430 440 450 460 470 480
120 130 140 150 160
pF1KE9 P-RGLKYQEGGVESAFHKTSTGAPAAIKKLYQVKGKKNIRATERALNWD----SFNTGDC
. : ..:. : . ::: .:.:: ..:. . : .. : :.:..:
CCDS47 KDKPLIIYKNGTS----KKGGQAPAPPTRLFQV--RRNLASITRIVEVDVDANSLNSNDV
490 500 510 520 530 540
170 180 190 200 210 220
pF1KE9 FILDLGQNI-FAWCGGKSNILERNKARDLALAIRDSERQGKAQVEIVTDGEEPAEMIQVL
:.: : :: . : : .. :.. :. .: .. : .. . .:::: :. . :
CCDS47 FVLKLPQNSGYIWVGKGASQEEEKGAEYVASVL-------KCKTLRIQEGEEPEEFWNSL
550 560 570 580 590
230 240 250 260 270 280
pF1KE9 GPKPALKEGNPEEDLTADKANAQAAALYKVSDATGQMNLTKVADSSPFALELLISDDCFV
: : . .: : .:. . :: :. ::.. . .. . :. . : :: ..
CCDS47 GGKKDYQT-SP---LLETQAEDHPPRLYGCSNKTGRFVIEEIP--GEFTQDDLAEDDVML
600 610 620 630 640
290 300 310 320 330 340
pF1KE9 LDNGLCGKIYIWKGRKANEKERQAALQVAEGFISRMQYAPN--TQVEILPQGHESPIFKQ
:: .:.:: :. ::: :.. .:. :. .. . . : . :. :::: : :
CCDS47 LDAW--EQIFIWIGKDANEVEKKESLKSAKMYLETDPSGRDKRTPIVIIKQGHEPPTFTG
650 660 670 680 690 700
pF1KE9 FFKDWK
.: :
CCDS47 WFLGWDSSKW
710
>>CCDS6829.1 GSN gene_id:2934|Hs108|chr9 (731 aa)
initn: 1146 init1: 416 opt: 1168 Z-score: 1450.5 bits: 277.9 E(32554): 1.8e-74
Smith-Waterman score: 1168; 50.7% identity (77.2% similar) in 337 aa overlap (17-348:13-346)
10 20 30 40 50
pF1KE9 MYTAIPQSGSPFPGSVQDPGLHVWRVEKLKPVPVAQENQGVFFSGDSYLVLH-----NGP
..:::..:::::. ::: . : ::.::.:..:. ::
CCDS68 MVVEHPEFLKAGKEPGLQIWRVEKFDLVPVPTNLYGDFFTGDAYVILKTVQLRNGN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE9 EEVSHLHLWIGQQSSRDEQGACAVLAVHLNTLLGERPVQHREVQGNESDLFMSYFPRGLK
. . :: :.:.. :.::.:: :...:.:. :. : :::::::: :: :..:: :::
CCDS68 LQYD-LHYWLGNECSQDESGAAAIFTVQLDDYLNGRAVQHREVQGFESATFLGYFKSGLK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE9 YQEGGVESAFHKTSTGAPAAIKKLYQVKGKKNIRATERALNWDSFNTGDCFILDLGQNIF
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CCDS68 YKKGGVASGF-KHVVPNEVVVQRLFQVKGRRVVRATEVPVSWESFNNGDCFILDLGNNIH
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE9 AWCGGKSNILERNKARDLALAIRDSERQGKAQVEIVTDGEEPAEMIQVLGPKPALKEGNP
:::..:: :: :: ... .:::.::.:.:.:.. .: :: :.::::::::: :.
CCDS68 QWCGSNSNRYERLKATQVSKGIRDNERSGRARVHVSEEGTEPEAMLQVLGPKPALPAGT-
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE9 EEDLTADKANAQAAALYKVSDATGQMNLTKVADSSPFALELLISDDCFVLDNGLCGKIYI
:. : :: . : :::::...: :... ::: .::: : :.:::.::.: :::..
CCDS68 EDTAKEDAANRKLAKLYKVSNGAGTMSVSLVADENPFAQGALKSEDCFILDHGKDGKIFV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KE9 WKGRKANEKERQAALQVAEGFISRMQYAPNTQVEILPQGHESPIFKQFFKDWK
:::..:: .::.:::..: ::..:.: .::: .::.: :.:.::::::.:.
CCDS68 WKGKQANTEERKAALKTASDFITKMDYPKQTQVSVLPEGGETPLFKQFFKNWRDPDQTDG
300 310 320 330 340 350
CCDS68 LGLSYLSSHIANVERVPFDAATLHTSTAMAAQHGMDDDGTGQKQIWRIEGSNKVPVDPAT
360 370 380 390 400 410
>--
initn: 326 init1: 122 opt: 467 Z-score: 577.2 bits: 116.3 E(32554): 7.9e-26
Smith-Waterman score: 467; 29.8% identity (56.4% similar) in 349 aa overlap (7-347:385-712)
10 20 30
pF1KE9 MYTAIPQSGSPFPGSVQDPGLHVWRVEKLKPVPVAQ
: : :. : ..::.: . :::
CCDS68 GLSYLSSHIANVERVPFDAATLHTSTAMAAQHGMDDDGTGQK---QIWRIEGSNKVPVDP
360 370 380 390 400 410
40 50 60 70 80 90
pF1KE9 ENQGVFFSGDSYLVLHN---GPEEVSHLHLWIGQQSSRDEQGACAVLAVHLNTLLGERPV
. : :..::::..:.: : .. . .. : : ::..:: .: :.:...:. :: ::
CCDS68 ATYGQFYGGDSYIILYNYRHGGRQGQIIYNWQGAQSTQDEVAASAILTAQLDEELGGTPV
420 430 440 450 460 470
100 110 120 130 140 150
pF1KE9 QHREVQGNESDLFMSYFP-RGLKYQEGGVESAFHKTSTGAPAAIKKLYQVKGKKN--IRA
: : :::.: .:: : . . .::. .: :::. . :.::.... ::
CCDS68 QSRVVQGKEPAHLMSLFGGKPMIIYKGGTSREGGQT---APASTR-LFQVRANSAGATRA
480 490 500 510 520
160 170 180 190 200 210
pF1KE9 TERALNWDSFNTGDCFILDLGQNIFAWCGGKSNILERNKARDLALAIRDSERQGKAQVEI
.: . ..:..: :.: . . : : .. :.. :..: ..: ::
CCDS68 VEVLPKAGALNSNDAFVLKTPSAAYLWVGTGASEAEKTGAQELLRVLR-------AQPVQ
530 540 550 560 570 580
220 230 240 250 260 270
pF1KE9 VTDGEEPAEMIQVLGPKPALKEGNPEEDLTADKANAQAAALYKVSDATGQMNLTKVADSS
:..: :: . ..:: : : . .:. : : .:. :. :. :.. . .: .
CCDS68 VAEGSEPDGFWEALGGKAAYRT-SPR--LKDKKMDAHPPRLFACSNKIGRFVIEEV--PG
590 600 610 620 630
280 290 300 310 320
pF1KE9 PFALELLISDDCFVLDNGLCGKIYIWKGRKANEKERQAALQVAEGFISR--MQYAPNTQV
. : : .:: ..::. ....: :. ..:.:. :: :. .: . : .
CCDS68 ELMQEDLATDDVMLLDTW--DQVFVWVGKDSQEEEKTEALTSAKRYIETDPANRDRRTPI
640 650 660 670 680 690
330 340
pF1KE9 EILPQGHESPIFKQFFKDWK
.. :: : : : .: :
CCDS68 TVVKQGFEPPSFVGWFLGWDDDYWSVDPLDRAMAELAA
700 710 720 730
>>CCDS65118.1 GSN gene_id:2934|Hs108|chr9 (739 aa)
initn: 1146 init1: 416 opt: 1168 Z-score: 1450.4 bits: 277.9 E(32554): 1.8e-74
Smith-Waterman score: 1168; 50.7% identity (77.2% similar) in 337 aa overlap (17-348:21-354)
10 20 30 40 50
pF1KE9 MYTAIPQSGSPFPGSVQDPGLHVWRVEKLKPVPVAQENQGVFFSGDSYLVLH----
..:::..:::::. ::: . : ::.::.:..:.
CCDS65 MPLCTPNSMVVEHPEFLKAGKEPGLQIWRVEKFDLVPVPTNLYGDFFTGDAYVILKTVQL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE9 -NGPEEVSHLHLWIGQQSSRDEQGACAVLAVHLNTLLGERPVQHREVQGNESDLFMSYFP
:: . . :: :.:.. :.::.:: :...:.:. :. : :::::::: :: :..::
CCDS65 RNGNLQYD-LHYWLGNECSQDESGAAAIFTVQLDDYLNGRAVQHREVQGFESATFLGYFK
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE9 RGLKYQEGGVESAFHKTSTGAPAAIKKLYQVKGKKNIRATERALNWDSFNTGDCFILDLG
::::..::: :.: : . .....:.::::.. .:::: ..:.:::.:::::::::
CCDS65 SGLKYKKGGVASGF-KHVVPNEVVVQRLFQVKGRRVVRATEVPVSWESFNNGDCFILDLG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE9 QNIFAWCGGKSNILERNKARDLALAIRDSERQGKAQVEIVTDGEEPAEMIQVLGPKPALK
.:: :::..:: :: :: ... .:::.::.:.:.:.. .: :: :.:::::::::
CCDS65 NNIHQWCGSNSNRYERLKATQVSKGIRDNERSGRARVHVSEEGTEPEAMLQVLGPKPALP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE9 EGNPEEDLTADKANAQAAALYKVSDATGQMNLTKVADSSPFALELLISDDCFVLDNGLCG
:. :. : :: . : :::::...: :... ::: .::: : :.:::.::.: :
CCDS65 AGT-EDTAKEDAANRKLAKLYKVSNGAGTMSVSLVADENPFAQGALKSEDCFILDHGKDG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KE9 KIYIWKGRKANEKERQAALQVAEGFISRMQYAPNTQVEILPQGHESPIFKQFFKDWK
::..:::..:: .::.:::..: ::..:.: .::: .::.: :.:.::::::.:.
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CCDS75 VEVLPKAGALNSNDAFVLKTPSAAYLWVGTGASEAEKTGAQELLRVLR-------AQPVQ
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pF1KE9 VTDGEEPAEMIQVLGPKPALKEGNPEEDLTADKANAQAAALYKVSDATGQMNLTKVADSS
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CCDS75 VAEGSEPDGFWEALGGKAAYRT-SPR--LKDKKMDAHPPRLFACSNKIGRFVIEEV--PG
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CCDS75 ELMQEDLATDDVMLLDTW--DQVFVWVGKDSQEEEKTEALTSAKRYIETDPANRDRRTPI
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pF1KE9 EILPQGHESPIFKQFFKDWK
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CCDS75 TVVKQGFEPPSFVGWFLGWDDDYWSVDPLDRAMAELAA
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]