Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE9564
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE9564, 402 aa
1>>>pF1KE9564 402 - 402 aa - 402 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6136+/-0.000664; mu= 17.5407+/- 0.041
mean_var=102.9202+/-22.882, 0's: 0 Z-trim(113.8): 48 B-trim: 1625 in 2/49
Lambda= 0.126422
statistics sampled from 14327 (14379) to 14327 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.763), E-opt: 0.2 (0.442), width: 16
Scan time: 3.580
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12309.1 PTGER1 gene_id:5731|Hs108|chr19 ( 402) 2678 498.4 4.8e-141
CCDS30759.1 PTGFR gene_id:5737|Hs108|chr1 ( 297) 528 106.1 4.3e-23
CCDS686.1 PTGFR gene_id:5737|Hs108|chr1 ( 359) 528 106.2 4.9e-23
CCDS3930.1 PTGER4 gene_id:5734|Hs108|chr5 ( 488) 456 93.2 5.5e-19
CCDS42467.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 ( 343) 428 88.0 1.5e-17
CCDS54198.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 ( 407) 428 88.0 1.7e-17
CCDS44160.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 365) 406 84.0 2.5e-16
CCDS652.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 374) 406 84.0 2.5e-16
CCDS658.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 388) 406 84.0 2.6e-16
CCDS656.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 390) 406 84.0 2.6e-16
CCDS657.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 390) 406 84.0 2.6e-16
CCDS655.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 418) 406 84.0 2.7e-16
CCDS12686.1 PTGIR gene_id:5739|Hs108|chr19 ( 386) 331 70.3 3.4e-12
CCDS9708.1 PTGER2 gene_id:5732|Hs108|chr14 ( 358) 329 69.9 4.2e-12
>>CCDS12309.1 PTGER1 gene_id:5731|Hs108|chr19 (402 aa)
initn: 2678 init1: 2678 opt: 2678 Z-score: 2645.6 bits: 498.4 E(32554): 4.8e-141
Smith-Waterman score: 2678; 100.0% identity (100.0% similar) in 402 aa overlap (1-402:1-402)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MSPCGPLNLSLAGEATTCAAPWVPNTSAVPPSGASPALPIFSMTLGAVSNLLALALLAQA
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CCDS12 MSPCGPLNLSLAGEATTCAAPWVPNTSAVPPSGASPALPIFSMTLGAVSNLLALALLAQA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 AGRLRRRRSAATFLLFVASLLATDLAGHVIPGALVLRLYTAGRAPAGGACHFLGGCMVFF
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CCDS12 AGRLRRRRSAATFLLFVASLLATDLAGHVIPGALVLRLYTAGRAPAGGACHFLGGCMVFF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 GLCPLLLGCGMAVERCVGVTRPLLHAARVSVARARLALAAVAAVALAVALLPLARVGRYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GLCPLLLGCGMAVERCVGVTRPLLHAARVSVARARLALAAVAAVALAVALLPLARVGRYE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 LQYPGTWCFIGLGPPGGWRQALLAGLFASLGLVALLAALVCNTLSGLALLRARWRRRSRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LQYPGTWCFIGLGPPGGWRQALLAGLFASLGLVALLAALVCNTLSGLALLRARWRRRSRR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 PPPASGPDSRRRWGAHGPRSASASSASSIASASTFFGGSRSSGSARRARAHDVEMVGQLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PPPASGPDSRRRWGAHGPRSASASSASSIASASTFFGGSRSSGSARRARAHDVEMVGQLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 GIMVVSCICWSPMLVLVALAVGGWSSTSLQRPLFLAVRLASWNQILDPWVYILLRQAVLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GIMVVSCICWSPMLVLVALAVGGWSSTSLQRPLFLAVRLASWNQILDPWVYILLRQAVLR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KE9 QLLRLLPPRAGAKGGPAGLGLTPSAWEASSLRSSRHSGLSHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QLLRLLPPRAGAKGGPAGLGLTPSAWEASSLRSSRHSGLSHF
370 380 390 400
>>CCDS30759.1 PTGFR gene_id:5737|Hs108|chr1 (297 aa)
initn: 524 init1: 369 opt: 528 Z-score: 528.0 bits: 106.1 E(32554): 4.3e-23
Smith-Waterman score: 560; 32.9% identity (61.0% similar) in 313 aa overlap (7-314:1-266)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MSPCGPLNLSLAGEATTCAAPWVPNTSAVPPSGASPALPIFSMTLGAVSNLLALALLAQA
.... . . .. :: . ::. . : . .. ::.: .:: ::.:.: .:
CCDS30 MSMNNSKQLVSPAAALLSNTTCQTENRLSVFFSVIFMTVGILSNSLAIAILMKA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE9 AGRLRRRRSAATFLLFVASLLATDLAGHVIPGALVLRLYTAGRA-----PAGGACHFLGG
:.:.. : :.:::....:. ::. ::.: ::... .:.. . .. : ..:
CCDS30 YQRFRQK-SKASFLLLASGLVITDFFGHLINGAIAVFVYASDKEWIRFDQSNVLCSIFGI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE9 CMVFFGLCPLLLGCGMAVERCVGVTRPLLHAARVSVARARLALAAVAAVALAVALLPLAR
:::: :::::::: ::.:::.:::.:..:..... .... :..: :. .::::.
CCDS30 CMVFSGLCPLLLGSVMAIERCIGVTKPIFHSTKITSKHVKMMLSGVCLFAVFIALLPILG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE9 VGRYELQYPGTWCFIGLGPPGGWRQALLAGLFASLGLVALLAALVCNTLSGLALLRARWR
:..: :::: . :.. . ::. :::.:: ..:.::...:..:::....
CCDS30 HRDYKIQASRTWCFYNTEDIKDWEDRFYLLLFSFLGLLALGVSLLCNAITGITLLRVKFK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE9 RRSRRPPPASGPDSRRRWGAHGPRSASASSASSIASASTFFGGSRSSGSARRARAHDVEM
: . :..:.: .::
CCDS30 ----------------------------------------------SQQHRQGRSHHLEM
240
300 310 320 330 340 350
pF1KE9 VGQLVGIMVVSCICWSPMLVLVALAVGGWSSTSLQRPLFLAVRLASWNQILDPWVYILLR
: ::..:: ::::::::.:
CCDS30 VIQLLAIMCVSCICWSPFLGYRIILNGKEKYKVYEEQSDFLHRLQWPTLE
250 260 270 280 290
>>CCDS686.1 PTGFR gene_id:5737|Hs108|chr1 (359 aa)
initn: 785 init1: 369 opt: 528 Z-score: 527.0 bits: 106.2 E(32554): 4.9e-23
Smith-Waterman score: 739; 34.3% identity (62.2% similar) in 394 aa overlap (7-394:1-341)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MSPCGPLNLSLAGEATTCAAPWVPNTSAVPPSGASPALPIFSMTLGAVSNLLALALLAQA
.... . . .. :: . ::. . : . .. ::.: .:: ::.:.: .:
CCDS68 MSMNNSKQLVSPAAALLSNTTCQTENRLSVFFSVIFMTVGILSNSLAIAILMKA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE9 AGRLRRRRSAATFLLFVASLLATDLAGHVIPGALVLRLYTAGRA-----PAGGACHFLGG
:.:.. : :.:::....:. ::. ::.: ::... .:.. . .. : ..:
CCDS68 YQRFRQK-SKASFLLLASGLVITDFFGHLINGAIAVFVYASDKEWIRFDQSNVLCSIFGI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE9 CMVFFGLCPLLLGCGMAVERCVGVTRPLLHAARVSVARARLALAAVAAVALAVALLPLAR
:::: :::::::: ::.:::.:::.:..:..... .... :..: :. .::::.
CCDS68 CMVFSGLCPLLLGSVMAIERCIGVTKPIFHSTKITSKHVKMMLSGVCLFAVFIALLPILG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE9 VGRYELQYPGTWCFIGLGPPGGWRQALLAGLFASLGLVALLAALVCNTLSGLALLRARWR
:..: :::: . :.. . ::. :::.:: ..:.::...:..:::....
CCDS68 HRDYKIQASRTWCFYNTEDIKDWEDRFYLLLFSFLGLLALGVSLLCNAITGITLLRVKFK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE9 RRSRRPPPASGPDSRRRWGAHGPRSASASSASSIASASTFFGGSRSSGSARRARAHDVEM
: . :..:.: .::
CCDS68 ----------------------------------------------SQQHRQGRSHHLEM
240
300 310 320 330 340 350
pF1KE9 VGQLVGIMVVSCICWSPMLVLVA-LAVGGWSSTSLQRPLFLAVRLASWNQILDPWVYILL
: ::..:: ::::::::.:: .: ....: : . ..:.:.:.:::::::::::::
CCDS68 VIQLLAIMCVSCICWSPFLVTMANIGINGNHSLETCETTLFALRMATWNQILDPWVYILL
250 260 270 280 290 300
360 370 380 390 400
pF1KE9 RQAVLRQLLRLLPPRAGAKGGPAGLGLTPSAWEASSLRSSRHSGLSHF
:.:::..: .: :.. .. :: ::...:
CCDS68 RKAVLKNLYKLASQCCGVHV------ISLHIWELSSIKNSLKVAAISESPVAEKSAST
310 320 330 340 350
>>CCDS3930.1 PTGER4 gene_id:5734|Hs108|chr5 (488 aa)
initn: 343 init1: 161 opt: 456 Z-score: 454.3 bits: 93.2 E(32554): 5.5e-19
Smith-Waterman score: 467; 30.9% identity (60.9% similar) in 353 aa overlap (19-361:2-339)
10 20 30 40 50
pF1KE9 MSPCGPLNLSLAGEATTCAAPWVPNTSAVPPSG-ASPA-LPIFSMTLGAVSNLLALALLA
..: : ..... :. ::. .: . .:.:.::.:...:
CCDS39 MSTPGVNSSASLSPDRLNSPVTIPAVMFIFGVVGNLVAIVVLC
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE9 QAAGRLRRRRSAATFLLFVASLLATDLAGHVIPGALVLRLYTAGRAPAGGA-CHFLGGCM
.. :.... .:: .: .: .::: : .. . ... : :. :.: :.. .
CCDS39 KS----RKEQKETTFYTLVCGLAVTDLLGTLLVSPVTIATYMKGQWPGGQPLCEYSTFIL
50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KE9 VFFGLCPLLLGCGMAVERCVGVTRPLLHAARVSVARARLALAAVAAVALAVALLPLARVG
.::.: : . :.:.::: ..... ... :. : :.: :: : . :: .:
CCDS39 LFFSLSGLSIICAMSVERYLAINHAYFYSHYVDKRLAGLTLFAVYASNVLFCALPNMGLG
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE9 RYELQYPGTWCFIGLGPPGGWRQALLAGLFASLGLVALLAALVCNTLSGLALLRARWRRR
.:::: ::::: . .: . ..:... .::...::.: :::: . :.
CCDS39 SSRLQYPDTWCFIDW-TTNVTAHAAYSYMYAGFSSFLILATVLCNVLVCGALLRMH-RQF
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE9 SRRPPPASGPDSRRRWGAHGPRSASASSASSIASASTF--FGGSRSSGSARRARAHDVEM
:: . : ... :. .::..: . :.. .. .. : : :: . ...:
CCDS39 MRR--TSLGTEQH-----HAAAAASVASRGHPAASPALPRLSDFRRRRSFRRIAGAEIQM
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE9 VGQLVGIMVVSCICWSPMLVLVALAVGGWSSTSLQR-----PLFLAVRLASWNQILDPWV
: :.. .: :: :..: : :. . ::.: : . :.:.:: : :::::.
CCDS39 VILLIATSLVVLICSIPLVVRVF--VNQLYQPSLEREVSKNPDLQAIRIASVNPILDPWI
280 290 300 310 320
360 370 380 390 400
pF1KE9 YILLRQAVLRQLLRLLPPRAGAKGGPAGLGLTPSAWEASSLRSSRHSGLSHF
:::::..:: .
CCDS39 YILLRKTVLSKAIEKIKCLFCRIGGSRRERSGQHCSDSQRTSSAMSGHSRSFISRELKEI
330 340 350 360 370 380
>>CCDS42467.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 (343 aa)
initn: 571 init1: 292 opt: 428 Z-score: 428.7 bits: 88.0 E(32554): 1.5e-17
Smith-Waterman score: 640; 34.9% identity (58.0% similar) in 407 aa overlap (1-392:8-343)
10 20 30 40 50
pF1KE9 MSPC-GPLNLSLAGEATTCAAPWVPNTSAVPPSGASPALPIFSMTLGAVSNLL
..:: : :..: : :.:: . : .: .::::
CCDS42 MWPNGSSLGPCFRPTNITLE-ERRLIASPWFAASFCV---------------VGLASNLL
10 20 30 40
60 70 80 90 100
pF1KE9 ALALLAQAAGRLRRRRSAATFLLFVASLLATDLAGHVIPGALVLRLYTA-----GRAPAG
::..:: : . :: .:: :. .:. ::. : .. :..:. ..: . :.
CCDS42 ALSVLAGARQGGSHTRS--SFLTFLCGLVLTDFLGLLVTGTIVVSQHAALFEWHAVDPGC
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KE9 GACHFLGGCMVFFGLCPLLLGCGMAVERCVGVTRPLLHAARVSVARARLALAAVAAVALA
:.:.: :.:::: ::::: .:: :: .:.:::. . : .: :: ... : :.:::
CCDS42 RLCRFMGVVMIFFGLSPLLLGAAMASERYLGITRPFSRPAVASQRRAWATVGLVWAAALA
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KE9 VALLPLARVGRYELQYPGTWCFIGLGPPGGWRQALLAGLFASLGLVALLAALVCNTLSGL
..:::: :::: .::::.:::. :: .: .. .. ::. :: ... ... ::.:
CCDS42 LGLLPLLGVGRYTVQYPGSWCFLTLGAESG--DVAFGLLFSMLGGLSVGLSFLLNTVSVA
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE9 ALLRARWRRRSRRPPPASGPDSRRRWGAHGPRSASASSASSIASASTFFGGSRSSGSARR
.: .. :: ..:. .:
CCDS42 TLCHVY----------------------HGQEAAQ-----------------------QR
230
290 300 310 320 330
pF1KE9 ARAHDVEMVGQLVGIMVVSCICWSPMLVLVALAV---------GGWSSTSLQRPLFLAVR
: .:::..::.:::::. .:: :.::..: .: .: : . .. :.. .:
CCDS42 PRDSEVEMMAQLLGIMVVASVCWLPLLVFIAQTVLRNPPAMSPAGQLSRTTEKELLIYLR
240 250 260 270 280 290
340 350 360 370 380 390
pF1KE9 LASWNQILDPWVYILLRQAVLRQLLRLLPPRAGAKGGPAGLGLTPSAWEASSLRSSRHSG
.:.::::::::::::.:.::::.: :: ... : .:.: :. . :.:.
CCDS42 VATWNQILDPWVYILFRRAVLRRL----QPRLSTR--PRSLSLQPQLTQRSGLQ
300 310 320 330 340
400
pF1KE9 LSHF
>>CCDS54198.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 (407 aa)
initn: 571 init1: 292 opt: 428 Z-score: 427.7 bits: 88.0 E(32554): 1.7e-17
Smith-Waterman score: 624; 35.4% identity (57.6% similar) in 384 aa overlap (1-369:8-326)
10 20 30 40 50
pF1KE9 MSPC-GPLNLSLAGEATTCAAPWVPNTSAVPPSGASPALPIFSMTLGAVSNLL
..:: : :..: : :.:: . : .: .::::
CCDS54 MWPNGSSLGPCFRPTNITLE-ERRLIASPWFAASFCV---------------VGLASNLL
10 20 30 40
60 70 80 90 100
pF1KE9 ALALLAQAAGRLRRRRSAATFLLFVASLLATDLAGHVIPGALVLRLYTA-----GRAPAG
::..:: : . :: .:: :. .:. ::. : .. :..:. ..: . :.
CCDS54 ALSVLAGARQGGSHTRS--SFLTFLCGLVLTDFLGLLVTGTIVVSQHAALFEWHAVDPGC
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KE9 GACHFLGGCMVFFGLCPLLLGCGMAVERCVGVTRPLLHAARVSVARARLALAAVAAVALA
:.:.: :.:::: ::::: .:: :: .:.:::. . : .: :: ... : :.:::
CCDS54 RLCRFMGVVMIFFGLSPLLLGAAMASERYLGITRPFSRPAVASQRRAWATVGLVWAAALA
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KE9 VALLPLARVGRYELQYPGTWCFIGLGPPGGWRQALLAGLFASLGLVALLAALVCNTLSGL
..:::: :::: .::::.:::. :: .: .. .. ::. :: ... ... ::.:
CCDS54 LGLLPLLGVGRYTVQYPGSWCFLTLGAESG--DVAFGLLFSMLGGLSVGLSFLLNTVSVA
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE9 ALLRARWRRRSRRPPPASGPDSRRRWGAHGPRSASASSASSIASASTFFGGSRSSGSARR
.: .. :: ..:. .:
CCDS54 TLCHVY----------------------HGQEAAQ-----------------------QR
230
290 300 310 320 330
pF1KE9 ARAHDVEMVGQLVGIMVVSCICWSPMLVLVALAV---------GGWSSTSLQRPLFLAVR
: .:::..::.:::::. .:: :.::..: .: .: : . .. :.. .:
CCDS54 PRDSEVEMMAQLLGIMVVASVCWLPLLVFIAQTVLRNPPAMSPAGQLSRTTEKELLIYLR
240 250 260 270 280 290
340 350 360 370 380 390
pF1KE9 LASWNQILDPWVYILLRQAVLRQLLRLLPPRAGAKGGPAGLGLTPSAWEASSLRSSRHSG
.:.::::::::::::.:.::::.: : :
CCDS54 VATWNQILDPWVYILFRRAVLRRLQPRLSTRPRRSLTLWPSLEYSGTISAHCNLRLPGSS
300 310 320 330 340 350
400
pF1KE9 LSHF
CCDS54 DSRASASRAAGITGVSHCARPCMLFDPEFDLLAGVQLLPFEPPTGKALSRKD
360 370 380 390 400
>>CCDS44160.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 (365 aa)
initn: 527 init1: 216 opt: 406 Z-score: 406.6 bits: 84.0 E(32554): 2.5e-16
Smith-Waterman score: 543; 33.6% identity (55.8% similar) in 387 aa overlap (4-362:14-357)
10 20 30 40
pF1KE9 MSPCGPLNLSLAGE-ATTCAAPWVPNTSAVPPSG-----ASPALPIFSMT
: :: : .: : .: : . : :: .: :.:: .
CCDS44 MKETRGYGGDAPFCTRLNHSYTGMWAPERSAEARGNLTRPPGSGEDCGSVSVAFPITMLL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE9 LGAVSNLLALALLAQAAGRLRRRRSAATFLLFVASLLATDLAGHVIPGALVLRLYTAGRA
: :.: ::. ::.. . : :. . .::: .. : :::.:... .:. .: . .
CCDS44 TGFVGNALAM-LLVSRSYRRRESKRKKSFLLCIGWLALTDLVGQLLTTPVVIVVYLSKQR
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KE9 -----PAGGACHFLGGCMVFFGLCPLLLGCGMAVERCVGVTRPLLHAARVSVARARLALA
:.: : :.: :. ::: :... .::::: ... : .:..... .: .:
CCDS44 WEHIDPSGRLCTFFGLTMTVFGLSSLFIASAMAVERALAIRAPHWYASHMKTRATRAVLL
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE9 AVAAVALAVALLPLARVGRYELQYPGTWCFIGLGPPGG-------WRQALLAGLFASLGL
.: ..:: ::::. ::.: .:.:::::::. : :. : . ..:. :: :::
CCDS44 GVWLAVLAFALLPVLGVGQYTVQWPGTWCFISTGRGGNGTSSSHNWGNLFFASAFAFLGL
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE9 VALLAALVCNTLSGLALLRARWRRRSRRPPPASGPDSRRRWGAHGPRSASASSASSIASA
.:: ... :: :: ..: :: :.. .: .:: .. ..:
CCDS44 LALTVTFSCN----LATIKALV---SRCRAKATASQSSAQWG-------RITTETAI---
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::.::: : .::::.:... . . .:
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CCDS65 SLSNEIIQTEA
380
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160 170 180 190 200 210
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402 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]