Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE9535
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE9535, 699 aa
1>>>pF1KE9535 699 - 699 aa - 699 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9780+/-0.00127; mu= 11.8233+/- 0.075
mean_var=219.6467+/-71.494, 0's: 0 Z-trim(104.7): 165 B-trim: 898 in 2/49
Lambda= 0.086539
statistics sampled from 7835 (8056) to 7835 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.592), E-opt: 0.2 (0.247), width: 16
Scan time: 3.400
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1842.1 LHCGR gene_id:3973|Hs108|chr2 ( 699) 4608 589.9 4.3e-168
CCDS1843.1 FSHR gene_id:2492|Hs108|chr2 ( 695) 2284 299.7 9.5e-81
CCDS1844.2 FSHR gene_id:2492|Hs108|chr2 ( 669) 2023 267.1 6e-71
CCDS9872.1 TSHR gene_id:7253|Hs108|chr14 ( 764) 1586 212.6 1.7e-54
CCDS61195.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 ( 835) 690 100.8 8.5e-21
CCDS61194.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 ( 883) 690 100.8 8.8e-21
CCDS9000.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 ( 907) 690 100.9 9e-21
CCDS30972.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1 ( 828) 577 86.7 1.5e-16
CCDS1424.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1 ( 915) 565 85.3 4.5e-16
CCDS30971.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1 ( 967) 565 85.3 4.7e-16
CCDS32131.1 TSHR gene_id:7253|Hs108|chr14 ( 253) 541 81.5 1.7e-15
CCDS55935.1 TSHR gene_id:7253|Hs108|chr14 ( 274) 541 81.6 1.7e-15
CCDS31449.1 LGR4 gene_id:55366|Hs108|chr11 ( 951) 531 81.0 8.7e-15
CCDS75205.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 626) 462 72.2 2.7e-12
CCDS58930.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 724) 462 72.3 2.9e-12
CCDS43276.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 757) 462 72.3 3e-12
CCDS75204.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 784) 462 72.3 3e-12
CCDS58929.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 709) 447 70.4 1.1e-11
CCDS9342.1 RXFP2 gene_id:122042|Hs108|chr13 ( 754) 428 68.0 5.6e-11
>>CCDS1842.1 LHCGR gene_id:3973|Hs108|chr2 (699 aa)
initn: 4608 init1: 4608 opt: 4608 Z-score: 3131.3 bits: 589.9 E(32554): 4.3e-168
Smith-Waterman score: 4608; 100.0% identity (100.0% similar) in 699 aa overlap (1-699:1-699)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MKQRFSALQLLKLLLLLQPPLPRALREALCPEPCNCVPDGALRCPGPTAGLTRLSLAYLP
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CCDS18 MKQRFSALQLLKLLLLLQPPLPRALREALCPEPCNCVPDGALRCPGPTAGLTRLSLAYLP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 VKVIPSQAFRGLNEVIKIEISQIDSLERIEANAFDNLLNLSEILIQNTKNLRYIEPGAFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 VKVIPSQAFRGLNEVIKIEISQIDSLERIEANAFDNLLNLSEILIQNTKNLRYIEPGAFI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 NLPRLKYLSICNTGIRKFPDVTKVFSSESNFILEICDNLHITTIPGNAFQGMNNESVTLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 NLPRLKYLSICNTGIRKFPDVTKVFSSESNFILEICDNLHITTIPGNAFQGMNNESVTLK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 LYGNGFEEVQSHAFNGTTLTSLELKENVHLEKMHNGAFRGATGPKTLDISSTKLQALPSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 LYGNGFEEVQSHAFNGTTLTSLELKENVHLEKMHNGAFRGATGPKTLDISSTKLQALPSY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 GLESIQRLIATSSYSLKKLPSRETFVNLLEATLTYPSHCCAFRNLPTKEQNFSHSISENF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 GLESIQRLIATSSYSLKKLPSRETFVNLLEATLTYPSHCCAFRNLPTKEQNFSHSISENF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 SKQCESTVRKVNNKTLYSSMLAESELSGWDYEYGFCLPKTPRCAPEPDAFNPCEDIMGYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 SKQCESTVRKVNNKTLYSSMLAESELSGWDYEYGFCLPKTPRCAPEPDAFNPCEDIMGYD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE9 FLRVLIWLINILAIMGNMTVLFVLLTSRYKLTVPRFLMCNLSFADFCMGLYLLLIASVDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 FLRVLIWLINILAIMGNMTVLFVLLTSRYKLTVPRFLMCNLSFADFCMGLYLLLIASVDS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE9 QTKGQYYNHAIDWQTGSGCSTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWHTITYAIHLDQKLRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 QTKGQYYNHAIDWQTGSGCSTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWHTITYAIHLDQKLRL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE9 RHAILIMLGGWLFSSLIAMLPLVGVSNYMKVSICFPMDVETTLSQVYILTILILNVVAFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 RHAILIMLGGWLFSSLIAMLPLVGVSNYMKVSICFPMDVETTLSQVYILTILILNVVAFF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE9 IICACYIKIYFAVRNPELMATNKDTKIAKKMAILIFTDFTCMAPISFFAISAAFKVPLIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 IICACYIKIYFAVRNPELMATNKDTKIAKKMAILIFTDFTCMAPISFFAISAAFKVPLIT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE9 VTNSKVLLVLFYPINSCANPFLYAIFTKTFQRDFFLLLSKFGCCKRRAELYRRKDFSAYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 VTNSKVLLVLFYPINSCANPFLYAIFTKTFQRDFFLLLSKFGCCKRRAELYRRKDFSAYT
610 620 630 640 650 660
670 680 690
pF1KE9 SNCKNGFTGSNKPSQSTLKLSTLHCQGTALLDKTRYTEC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 SNCKNGFTGSNKPSQSTLKLSTLHCQGTALLDKTRYTEC
670 680 690
>>CCDS1843.1 FSHR gene_id:2492|Hs108|chr2 (695 aa)
initn: 2331 init1: 1538 opt: 2284 Z-score: 1563.2 bits: 299.7 E(32554): 9.5e-81
Smith-Waterman score: 2290; 53.0% identity (79.7% similar) in 681 aa overlap (7-670:2-674)
10 20 30 40 50
pF1KE9 MKQRFSALQLLKLLLLLQPPLPRALREALCPEPCN-----CVPDGALRCPG--PTAGLTR
:: :..:: .:. : . .. .: :. : . . . :. : .. .
CCDS18 MALLLVSLLAFLS--LGSGCHHRICH--CSNRVFLCQESKVTEIPSDLPRNAI-E
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE9 LSLAYLPVKVIPSQAFRGLNEVIKIEISQIDSLERIEANAFDNLLNLSEILIQNTKNLRY
: .. ..:: . :: :.... :::::: : :: :::..:.:: .: :: :....:: :
CCDS18 LRFVLTKLRVIQKGAFSGFGDLEKIEISQNDVLEVIEADVFSNLPKLHEIRIEKANNLLY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE9 IEPGAFINLPRLKYLSICNTGIRKFPDVTKVFSSESNFILEICDNLHITTIPGNAFQGMN
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CCDS18 INPEAFQNLPNLQYLLISNTGIKHLPDVHKIHSLQK-VLLDIQDNINIHTIERNSFVGLS
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE9 NESVTLKLYGNGFEEVQSHAFNGTTLTSLELKENVHLEKMHNGAFRGATGPKTLDISSTK
::: : : ::..:... ::::: : :.:..: .::.. : .:.::.:: :::: :.
CCDS18 FESVILWLNKNGIQEIHNCAFNGTQLDELNLSDNNNLEELPNDVFHGASGPVILDISRTR
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE9 LQALPSYGLESIQRLIATSSYSLKKLPSRETFVNLLEATLTYPSHCCAFRNLPTKEQNFS
...:::::::....: : :.:.:::::. : .: :.::.:::::::::: : . ...
CCDS18 IHSLPSYGLENLKKLRARSTYNLKKLPTLEKLVALMEASLTYPSHCCAFANWRRQISELH
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KE9 HSISENFSKQCESTVRKVNNKTLYSSMLAESELS---GWD-----YEYGFCLPKTP-RCA
.... .: . . .. .. ::. ..: : :.: ..: .: . :.
CCDS18 PICNKSILRQEVDYMTQARGQR--SSLAEDNESSYSRGFDMTYTEFDYDLCNEVVDVTCS
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE9 PEPDAFNPCEDIMGYDFLRVLIWLINILAIMGNMTVLFVLLTSRYKLTVPRFLMCNLSFA
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CCDS18 PKPDAFNPCEDIMGYNILRVLIWFISILAITGNIIVLVILTTSQYKLTVPRFLMCNLAFA
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE9 DFCMGLYLLLIASVDSQTKGQYYNHAIDWQTGSGCSTAGFFTVFASELSVYTLTVITLER
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CCDS18 DLCIGIYLLLIASVDIHTKSQYHNYAIDWQTGAGCDAAGFFTVFASELSVYTLTAITLER
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KE9 WHTITYAIHLDQKLRLRHAILIMLGGWLFSSLIAMLPLVGVSNYMKVSICFPMDVETTLS
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CCDS18 WHTITHAMQLDCKVQLRHAASVMVMGWIFAFAAALFPIFGISSYMKVSICLPMDIDSPLS
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KE9 QVYILTILILNVVAFFIICACYIKIYFAVRNPELMATNKDTKIAKKMAILIFTDFTCMAP
:.:....:.:::.:: .::.:::.::..::::.......::.:::.::.:::::: ::::
CCDS18 QLYVMSLLVLNVLAFVVICGCYIHIYLTVRNPNIVSSSSDTRIAKRMAMLIFTDFLCMAP
530 540 550 560 570 580
590 600 610 620 630 640
pF1KE9 ISFFAISAAFKVPLITVTNSKVLLVLFYPINSCANPFLYAIFTKTFQRDFFLLLSKFGCC
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CCDS18 ISFFAISASLKVPLITVSKAKILLVLFHPINSCANPFLYAIFTKNFRRDFFILLSKCGCY
590 600 610 620 630 640
650 660 670 680 690
pF1KE9 KRRAELYRRKDFSA-YTSNCKNGFTGSNKPSQSTLKLSTLHCQGTALLDKTRYTEC
. .:..:: . :. .... .:: .:
CCDS18 EMQAQIYRTETSSTVHNTHPRNGHCSSAPRVTSGSTYILVPLSHLAQN
650 660 670 680 690
>>CCDS1844.2 FSHR gene_id:2492|Hs108|chr2 (669 aa)
initn: 2262 init1: 1538 opt: 2023 Z-score: 1387.3 bits: 267.1 E(32554): 6e-71
Smith-Waterman score: 2169; 51.2% identity (76.9% similar) in 681 aa overlap (7-670:2-648)
10 20 30 40 50
pF1KE9 MKQRFSALQLLKLLLLLQPPLPRALREALCPEPCN-----CVPDGALRCPG--PTAGLTR
:: :..:: .:. : . .. .: :. : . . . :. : .. .
CCDS18 MALLLVSLLAFLS--LGSGCHHRICH--CSNRVFLCQESKVTEIPSDLPRNAI-E
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE9 LSLAYLPVKVIPSQAFRGLNEVIKIEISQIDSLERIEANAFDNLLNLSEILIQNTKNLRY
: .. ..:: . :: :.... :::::: : :: :::..:.:: .: :: :....:: :
CCDS18 LRFVLTKLRVIQKGAFSGFGDLEKIEISQNDVLEVIEADVFSNLPKLHEIRIEKANNLLY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE9 IEPGAFINLPRLKYLSICNTGIRKFPDVTKVFSSESNFILEICDNLHITTIPGNAFQGMN
:.: :: ::: :.:: : ::::...::: :. : ..
CCDS18 INPEAFQNLPNLQYLLISNTGIKHLPDVHKIHSLQK------------------------
120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KE9 NESVTLKLYGNGFEEVQSHAFNGTTLTSLELKENVHLEKMHNGAFRGATGPKTLDISSTK
: : : ::..:... ::::: : :.:..: .::.. : .:.::.:: :::: :.
CCDS18 ---VLLWLNKNGIQEIHNCAFNGTQLDELNLSDNNNLEELPNDVFHGASGPVILDISRTR
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KE9 LQALPSYGLESIQRLIATSSYSLKKLPSRETFVNLLEATLTYPSHCCAFRNLPTKEQNFS
...:::::::....: : :.:.:::::. : .: :.::.:::::::::: : . ...
CCDS18 IHSLPSYGLENLKKLRARSTYNLKKLPTLEKLVALMEASLTYPSHCCAFANWRRQISELH
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340
pF1KE9 HSISENFSKQCESTVRKVNNKTLYSSMLAESELS---GWD-----YEYGFCLPKTP-RCA
.... .: . . .. .. ::. ..: : :.: ..: .: . :.
CCDS18 PICNKSILRQEVDYMTQARGQR--SSLAEDNESSYSRGFDMTYTEFDYDLCNEVVDVTCS
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390 400
pF1KE9 PEPDAFNPCEDIMGYDFLRVLIWLINILAIMGNMTVLFVLLTSRYKLTVPRFLMCNLSFA
:.:::::::::::::..::::::.:.:::: ::. :: .: ::.:::::::::::::.::
CCDS18 PKPDAFNPCEDIMGYNILRVLIWFISILAITGNIIVLVILTTSQYKLTVPRFLMCNLAFA
330 340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KE9 DFCMGLYLLLIASVDSQTKGQYYNHAIDWQTGSGCSTAGFFTVFASELSVYTLTVITLER
:.:.:.::::::::: .::.::.:.:::::::.::..:::::::::::::::::.:::::
CCDS18 DLCIGIYLLLIASVDIHTKSQYHNYAIDWQTGAGCDAAGFFTVFASELSVYTLTAITLER
390 400 410 420 430 440
470 480 490 500 510 520
pF1KE9 WHTITYAIHLDQKLRLRHAILIMLGGWLFSSLIAMLPLVGVSNYMKVSICFPMDVETTLS
:::::.:..:: :..:::: .:. ::.:. :..:. :.:.:::::::.:::... ::
CCDS18 WHTITHAMQLDCKVQLRHAASVMVMGWIFAFAAALFPIFGISSYMKVSICLPMDIDSPLS
450 460 470 480 490 500
530 540 550 560 570 580
pF1KE9 QVYILTILILNVVAFFIICACYIKIYFAVRNPELMATNKDTKIAKKMAILIFTDFTCMAP
:.:....:.:::.:: .::.:::.::..::::.......::.:::.::.:::::: ::::
CCDS18 QLYVMSLLVLNVLAFVVICGCYIHIYLTVRNPNIVSSSSDTRIAKRMAMLIFTDFLCMAP
510 520 530 540 550 560
590 600 610 620 630 640
pF1KE9 ISFFAISAAFKVPLITVTNSKVLLVLFYPINSCANPFLYAIFTKTFQRDFFLLLSKFGCC
::::::::..:::::::...:.:::::.::::::::::::::::.:.::::.:::: ::
CCDS18 ISFFAISASLKVPLITVSKAKILLVLFHPINSCANPFLYAIFTKNFRRDFFILLSKCGCY
570 580 590 600 610 620
650 660 670 680 690
pF1KE9 KRRAELYRRKDFSA-YTSNCKNGFTGSNKPSQSTLKLSTLHCQGTALLDKTRYTEC
. .:..:: . :. .... .:: .:
CCDS18 EMQAQIYRTETSSTVHNTHPRNGHCSSAPRVTSGSTYILVPLSHLAQN
630 640 650 660
>>CCDS9872.1 TSHR gene_id:7253|Hs108|chr14 (764 aa)
initn: 2057 init1: 1574 opt: 1586 Z-score: 1091.8 bits: 212.6 E(32554): 1.7e-54
Smith-Waterman score: 2238; 52.3% identity (75.8% similar) in 681 aa overlap (33-652:28-707)
10 20 30 40 50
pF1KE9 QRFSALQLLKLLLLLQPPLPRALREALCPEPCNCVPDGALR--C------PGPTAGLTRL
::.: . .: : :. . :
CCDS98 MRPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPSTQTL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE9 SLAYLPVKVIPSQAFRGLNEVIKIEISQID-SLERIEANAFDNLLNLSEILIQNTKNLRY
.: ...:::.:: .: .. .: .: :: .:...:...: :: ....: :.::.:: :
CCDS98 KLIETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVS-IDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE9 IEPGAFINLPRLKYLSICNTGIRKFPDVTKVFSSESNFILEICDNLHITTIPGNAFQGMN
:.: :. .:: ::.:.: :::.. :::.:::.:.. ::::: :: ..:.:: :::::.
CCDS98 IDPDALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLC
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE9 NESVTLKLYGNGFEEVQSHAFNGTTLTSLELKENVHLEKMHNGAFRGA-TGPKTLDISST
::..:::::.::: ::..::::: : .. :..: .: . . :: :. .::. ::.:.:
CCDS98 NETLTLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLDVSQT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE9 KLQALPSYGLESIQRLIATSSYSLKKLPSRETFVNLLEATLTYPSHCCAFRN--------
.. :::: ::: ...::: ....::::: .:..: .: :.::::::::.:
CCDS98 SVTALPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGIL
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320
pF1KE9 --LPTKE--------------------QNFSHSISENFSKQCE-STVRKVNNKTLYSSML
: .: :.. ....... : : . ..:.. : ..
CCDS98 ESLMCNESSMQSLRQRKSVNALNSPLHQEYEENLGDSIVGYKEKSKFQDTHNNAHYYVFF
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360
pF1KE9 AESE-----------------LSGWD--YEYGFCLPKTPR-CAPEPDAFNPCEDIMGYDF
:.: :...: :.: .: . :.:. : :::::::::: :
CCDS98 EEQEDEIIGFGQELKNPQEETLQAFDSHYDYTICGDSEDMVCTPKSDEFNPCEDIMGYKF
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KE9 LRVLIWLINILAIMGNMTVLFVLLTSRYKLTVPRFLMCNLSFADFCMGLYLLLIASVDSQ
::...:....::..::. ::..::::.:::.:::::::::.:::::::.:::::::::
CCDS98 LRIVVWFVSLLALLGNVFVLLILLTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLLIASVDLY
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470 480
pF1KE9 TKGQYYNHAIDWQTGSGCSTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWHTITYAIHLDQKLRLR
:...::::::::::: ::.:::::::::::::::::::::::::..::.:..::.:.:::
CCDS98 THSEYYNHAIDWQTGPGCNTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWYAITFAMRLDRKIRLR
480 490 500 510 520 530
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CCDS98 HACAIMVGGWVCCFLLALLPLVGISSYAKVSICLPMDTETPLALAYIVFVLTLNIVAFVI
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550 560 570 580 590 600
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CCDS98 VCCCYVKIYITVRNPQYNPGDKDTKIAKRMAVLIFTDFICMAPISFYALSAILNKPLITV
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610 620 630 640 650 660
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CCDS98 SNSKILLVLFYPLNSCANPFLYAIFTKAFQRDVFILLSKFGICKRQAQAYRGQRVPPKNS
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670 680 690
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CCDS98 TDIQVQKVTHEMRQGLHNMEDVYELIENSHLTPKKQGQISEEYMQTVL
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10 20
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: . . . .: .: :.: : . .:. :.: :... .. . .
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.... : .:: . : : : :. : .... .:: .::.:. :.. ... : .:::.
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: . . :: .. .:. ::.. . : .. . . :: :: :
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CCDS61 EIYEIKVDTFQQLLSLRSLNLAWN-KIAIIHPNAFSTLPSLIKLDLSSNLLSSFPITGLH
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.. .: :....:..: : :.: .: . : .:::: .: ...::....:
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.:.. ...: ..... : .: . :.: . .. .:.: : :.::: ..
CCDS61 DNSSMDDLHKKDAGMFQAQ-DERDLEDFLLDFEEDLKALHSVQCSPSPGPFKPCEHLLDG
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..:. .: : .::. : : ... : .. ..:. .. ... :. ..:.::
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. : :.. :. :..: :: . ::...:::: ::. ::. .::: .. :. ... :
CCDS61 AFTFGSFARHGAWWENGVGCHVIGFLSIFASESSVFLLTLAALERGFSVKYSAKFETKAP
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. .:.: :.. .: .::.: :.: .:.:. .. :......:: . :
CCDS61 FSSLKVIILLCALLALTMAAVPLLGGSKYGASPLCLPLPFGEPSTMGYMVALILLNSLCF
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... : :.: . . .: . : ...:..:.:.::. :..:...:. ... .:
CCDS61 LMMTIAYTKLYCNLDKGDL-ENIWDCSMVKHIALLLFTNCILNCPVAFLSFSSLINLTFI
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. : .:.. :. .: ::.:: .:. :..:. :
CCDS61 SPEVIKFILLVVVPLPACLNPLLYILFNPHFKEDLVSLRKQTYVWTRSKHPSLMSINSDD
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CCDS61 VEKQSCDSTQALVTFTSSSITYDLPPSSVPSPAYPVTESCHLSSVAFVPCL
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. :: :: : . :.. .:. .: ::.: : .. .: .:: . :
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.: ...::....: .:.. ...: ..... : .: . :.: . .. .:
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.: : :.::: .. ..:. .: : .::. : : ... : .. ..:. ..
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... :. ..:.::. : :.. :. :..: :: . ::...:::: ::. ::. .::
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CCDS61 RGFSVKYSAKFETKAPFSSLKVIILLCALLALTMAAVPLLGGSKYGASPLCLPLPFGEPS
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.. :......:: . :... : :.: . . .: : ...:..:.:.::.
CCDS61 TMGYMVALILLNSLCFLMMTIAYTKLYCNLDKGDLENI-WDCSMVKHIALLLFTNCILNC
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CCDS61 PVAFLSFSSLINLTFISPEVIKFILLVVVPLPACLNPLLYILFNPHFKEDLVSLRKQTYV
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...::....: .:.. ...: ..... : .: . :.: . .. .:.: :
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.....:: . :... : :.: . . .: . : ...:..:.:.::. :..:.
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10 20 30
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:. :. ....: :: . ::.....: .:: :: ....: .. .:.. :..
CCDS30 LSWNA-IRSIHPEAFSTLHSLVKLDLTDNQLTTLPLAGLGGLMHLKLKGNLALSQAFSKD
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.: .: . : .:: :. : . : .:. ::. . . :...:.
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:.. : : .: : . :. . .:.: : :.::: .. .:. .: : .:..
CCDS30 -YDQDLDELQLEMEDSK-----PHPSVQCSPTPGPFKPCEYLFESWGIRLAVWAIVLLSV
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pF1KE9 MGNMTVLFVLLTSRYKLTVP--RFLMCNLSFADFCMGLYLLLIASVDSQTKGQYYNHAID
. : ::...... . .: .:.. .. :. :. :.::::. : ::. ...
CCDS30 LCNGLVLLTVFAGG-PVPLPPVKFVVGAIAGANTLTGISCGLLASVDALTFGQFSEYGAR
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CCDS30 WETGLGCRATGFLAVLGSEASVLLLTLAAVQCSVSVSCVRAYGKSPSLGSVRAGVLGCLA
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CCDS30 VLPLPACLNPLLYLLFNPHFRDDLRRLRPRAGDSGPLAYAAAGELEKSSCDSTQALVAFS
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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]