Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE9524
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE9524, 348 aa
1>>>pF1KE9524 348 - 348 aa - 348 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1860+/-0.00105; mu= 16.7003+/- 0.063
mean_var=153.3998+/-59.606, 0's: 0 Z-trim(105.2): 284 B-trim: 999 in 2/45
Lambda= 0.103553
statistics sampled from 7796 (8303) to 7796 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.608), E-opt: 0.2 (0.255), width: 16
Scan time: 2.650
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5806.1 OPN1SW gene_id:611|Hs108|chr7 ( 348) 2387 369.3 2.7e-102
CCDS3063.1 RHO gene_id:6010|Hs108|chr3 ( 348) 1085 174.8 9.8e-44
CCDS83509.1 OPN1MW3 gene_id:101060233|Hs108|chrX ( 364) 1033 167.0 2.2e-41
CCDS35447.1 OPN1MW2 gene_id:728458|Hs108|chrX ( 364) 1033 167.0 2.2e-41
CCDS14743.1 OPN1MW gene_id:2652|Hs108|chrX ( 364) 1033 167.0 2.2e-41
CCDS14742.1 OPN1LW gene_id:5956|Hs108|chrX ( 364) 1027 166.1 4.1e-41
CCDS31072.1 OPN3 gene_id:23596|Hs108|chr1 ( 402) 533 92.4 7e-19
CCDS4923.1 OPN5 gene_id:221391|Hs108|chr6 ( 354) 402 72.7 5.1e-13
CCDS7376.1 OPN4 gene_id:94233|Hs108|chr10 ( 478) 395 71.9 1.2e-12
CCDS3687.1 RRH gene_id:10692|Hs108|chr4 ( 337) 390 70.9 1.7e-12
CCDS3664.1 TACR3 gene_id:6870|Hs108|chr4 ( 465) 390 71.1 2.1e-12
CCDS1958.1 TACR1 gene_id:6869|Hs108|chr2 ( 407) 377 69.1 7.4e-12
CCDS31237.1 OPN4 gene_id:94233|Hs108|chr10 ( 489) 377 69.2 8.1e-12
CCDS46345.1 TACR1 gene_id:6869|Hs108|chr2 ( 311) 368 67.6 1.6e-11
CCDS7293.1 TACR2 gene_id:6865|Hs108|chr10 ( 398) 360 66.5 4.2e-11
>>CCDS5806.1 OPN1SW gene_id:611|Hs108|chr7 (348 aa)
initn: 2387 init1: 2387 opt: 2387 Z-score: 1949.9 bits: 369.3 E(32554): 2.7e-102
Smith-Waterman score: 2387; 100.0% identity (100.0% similar) in 348 aa overlap (1-348:1-348)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MRKMSEEEFYLFKNISSVGPWDGPQYHIAPVWAFYLQAAFMGTVFLIGFPLNAMVLVATL
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CCDS58 MRKMSEEEFYLFKNISSVGPWDGPQYHIAPVWAFYLQAAFMGTVFLIGFPLNAMVLVATL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 RYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVFVASCNGYFVFGRHVCALEGFLGTVAGLV
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CCDS58 RYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVFVASCNGYFVFGRHVCALEGFLGTVAGLV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 TGWSLAFLAFERYIVICKPFGNFRFSSKHALTVVLATWTIGIGVSIPPFFGWSRFIPEGL
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CCDS58 TGWSLAFLAFERYIVICKPFGNFRFSSKHALTVVLATWTIGIGVSIPPFFGWSRFIPEGL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 QCSCGPDWYTVGTKYRSESYTWFLFIFCFIVPLSLICFSYTQLLRALKAVAAQQQESATT
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CCDS58 QCSCGPDWYTVGTKYRSESYTWFLFIFCFIVPLSLICFSYTQLLRALKAVAAQQQESATT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 QKAEREVSRMVVVMVGSFCVCYVPYAAFAMYMVNNRNHGLDLRLVTIPSFFSKSACIYNP
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CCDS58 QKAEREVSRMVVVMVGSFCVCYVPYAAFAMYMVNNRNHGLDLRLVTIPSFFSKSACIYNP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KE9 IIYCFMNKQFQACIMKMVCGKAMTDESDTCSSQKTEVSTVSSTQVGPN
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CCDS58 IIYCFMNKQFQACIMKMVCGKAMTDESDTCSSQKTEVSTVSSTQVGPN
310 320 330 340
>>CCDS3063.1 RHO gene_id:6010|Hs108|chr3 (348 aa)
initn: 1064 init1: 1038 opt: 1085 Z-score: 898.7 bits: 174.8 E(32554): 9.8e-44
Smith-Waterman score: 1085; 45.9% identity (77.5% similar) in 338 aa overlap (9-341:9-346)
10 20 30 40 50
pF1KE9 MRKMSEEEFYL-FKNISSV--GPWDGPQYHIAPVWAFYLQAAFMGTVFLIGFPLNAMVLV
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CCDS30 MNGTEGPNFYVPFSNATGVVRSPFEYPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIVLGFPINFLTLY
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE9 ATLRYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVFVASCNGYFVFGRHVCALEGFLGTVA
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CCDS30 VTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVLGGFTSTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE9 GLVTGWSLAFLAFERYIVICKPFGNFRFSSKHALTVVLATWTIGIGVSIPPFFGWSRFIP
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CCDS30 GEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLAGWSRYIP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE9 EGLQCSCGPDWYTVGTKYRSESYTWFLFIFCFIVPLSLICFSYTQLLRALKAVAAQQQES
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CCDS30 EGLQCSCGIDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFTIPMIIIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQES
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE9 ATTQKAEREVSRMVVVMVGSFCVCYVPYAAFAMYMVNNRNHGLDLRLVTIPSFFSKSACI
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CCDS30 ATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWVPYASVAFYIFTHQGSNFGPIFMTIPAFFAKSAAI
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340
pF1KE9 YNPIIYCFMNKQFQACIMKMVC-GKA-MTDESDTCSSQKTEVSTVSSTQVGPN
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CCDS30 YNPVIYIMMNKQFRNCMLTTICCGKNPLGDDEASATVSKTETSQVAPA
310 320 330 340
>>CCDS83509.1 OPN1MW3 gene_id:101060233|Hs108|chrX (364 aa)
initn: 1052 init1: 963 opt: 1033 Z-score: 856.5 bits: 167.0 E(32554): 2.2e-41
Smith-Waterman score: 1033; 44.3% identity (74.8% similar) in 345 aa overlap (5-347:23-363)
10 20 30 40
pF1KE9 MRKMSEEEFYLFKNISSV-GPWDGPQYHIAPVWAFYLQAAFM
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CCDS83 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWM
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE9 GTVFLIGFPLNAMVLVATLRYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVFVASCNGYFV
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CCDS83 IFVVIASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISVVNQVYGYFV
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE9 FGRHVCALEGFLGTVAGLVTGWSLAFLAFERYIVICKPFGNFRFSSKHALTVVLATWTIG
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CCDS83 LGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWA
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE9 IGVSIPPFFGWSRFIPEGLQCSCGPDWYTVGTKYRS-ESYTWFLFIFCFIVPLSLICFSY
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CCDS83 AVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFS-GSSYPGVQSYMIVLMVTCCITPLSIIVLCY
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE9 TQLLRALKAVAAQQQESATTQKAEREVSRMVVVMVGSFCVCYVPYAAFAMYMVNNRNHGL
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CCDS83 LQVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMVLAFCFCWGPYAFFACFAAANPGYPF
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE9 DLRLVTIPSFFSKSACIYNPIIYCFMNKQFQACIMKMVCGKAMTDESDTCSSQKTEVSTV
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CCDS83 HPLMAALPAFFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLF-GKKVDDGSELSSASKTEVSSV
300 310 320 330 340 350
pF1KE9 SSTQVGPN
:: :.:
CCDS83 SS--VSPA
360
>>CCDS35447.1 OPN1MW2 gene_id:728458|Hs108|chrX (364 aa)
initn: 1052 init1: 963 opt: 1033 Z-score: 856.5 bits: 167.0 E(32554): 2.2e-41
Smith-Waterman score: 1033; 44.3% identity (74.8% similar) in 345 aa overlap (5-347:23-363)
10 20 30 40
pF1KE9 MRKMSEEEFYLFKNISSV-GPWDGPQYHIAPVWAFYLQAAFM
.. .. . : .:. ::..::.::::: :...: ...:
CCDS35 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWM
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE9 GTVFLIGFPLNAMVLVATLRYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVFVASCNGYFV
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CCDS35 IFVVIASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISVVNQVYGYFV
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE9 FGRHVCALEGFLGTVAGLVTGWSLAFLAFERYIVICKPFGNFRFSSKHALTVVLATWTIG
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CCDS35 LGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWA
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE9 IGVSIPPFFGWSRFIPEGLQCSCGPDWYTVGTKYRS-ESYTWFLFIFCFIVPLSLICFSY
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CCDS35 AVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFS-GSSYPGVQSYMIVLMVTCCITPLSIIVLCY
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE9 TQLLRALKAVAAQQQESATTQKAEREVSRMVVVMVGSFCVCYVPYAAFAMYMVNNRNHGL
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CCDS35 LQVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMVLAFCFCWGPYAFFACFAAANPGYPF
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE9 DLRLVTIPSFFSKSACIYNPIIYCFMNKQFQACIMKMVCGKAMTDESDTCSSQKTEVSTV
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CCDS35 HPLMAALPAFFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLF-GKKVDDGSELSSASKTEVSSV
300 310 320 330 340 350
pF1KE9 SSTQVGPN
:: :.:
CCDS35 SS--VSPA
360
>>CCDS14743.1 OPN1MW gene_id:2652|Hs108|chrX (364 aa)
initn: 1052 init1: 963 opt: 1033 Z-score: 856.5 bits: 167.0 E(32554): 2.2e-41
Smith-Waterman score: 1033; 44.3% identity (74.8% similar) in 345 aa overlap (5-347:23-363)
10 20 30 40
pF1KE9 MRKMSEEEFYLFKNISSV-GPWDGPQYHIAPVWAFYLQAAFM
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CCDS14 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWM
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE9 GTVFLIGFPLNAMVLVATLRYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVFVASCNGYFV
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CCDS14 IFVVIASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISVVNQVYGYFV
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE9 FGRHVCALEGFLGTVAGLVTGWSLAFLAFERYIVICKPFGNFRFSSKHALTVVLATWTIG
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CCDS14 LGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWA
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE9 IGVSIPPFFGWSRFIPEGLQCSCGPDWYTVGTKYRS-ESYTWFLFIFCFIVPLSLICFSY
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CCDS14 AVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFS-GSSYPGVQSYMIVLMVTCCITPLSIIVLCY
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE9 TQLLRALKAVAAQQQESATTQKAEREVSRMVVVMVGSFCVCYVPYAAFAMYMVNNRNHGL
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CCDS14 LQVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMVLAFCFCWGPYAFFACFAAANPGYPF
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE9 DLRLVTIPSFFSKSACIYNPIIYCFMNKQFQACIMKMVCGKAMTDESDTCSSQKTEVSTV
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CCDS14 HPLMAALPAFFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLF-GKKVDDGSELSSASKTEVSSV
300 310 320 330 340 350
pF1KE9 SSTQVGPN
:: :.:
CCDS14 SS--VSPA
360
>>CCDS14742.1 OPN1LW gene_id:5956|Hs108|chrX (364 aa)
initn: 1047 init1: 957 opt: 1027 Z-score: 851.7 bits: 166.1 E(32554): 4.1e-41
Smith-Waterman score: 1027; 43.2% identity (75.7% similar) in 345 aa overlap (5-347:23-363)
10 20 30 40
pF1KE9 MRKMSEEEFYLFKNISSV-GPWDGPQYHIAPVWAFYLQAAFM
.. .. . : .:. ::..::.::::: :...: ...:
CCDS14 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWM
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE9 GTVFLIGFPLNAMVLVATLRYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVFVASCNGYFV
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CCDS14 IFVVTASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISIVNQVSGYFV
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE9 FGRHVCALEGFLGTVAGLVTGWSLAFLAFERYIVICKPFGNFRFSSKHALTVVLATWTIG
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CCDS14 LGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWA
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE9 IGVSIPPFFGWSRFIPEGLQCSCGPDWYTVGTKYRS-ESYTWFLFIFCFIVPLSLICFSY
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CCDS14 AVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFS-GSSYPGVQSYMIVLMVTCCIIPLAIIMLCY
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE9 TQLLRALKAVAAQQQESATTQKAEREVSRMVVVMVGSFCVCYVPYAAFAMYMVNNRNHGL
:. :..::: ::.:: .:::::.::.::::::. ..:::. ::. :: . . : ....
CCDS14 LQVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMIFAYCVCWGPYTFFACFAAANPGYAF
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE9 DLRLVTIPSFFSKSACIYNPIIYCFMNKQFQACIMKMVCGKAMTDESDTCSSQKTEVSTV
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CCDS14 HPLMAALPAYFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLF-GKKVDDGSELSSASKTEVSSV
300 310 320 330 340 350
pF1KE9 SSTQVGPN
:: :.:
CCDS14 SS--VSPA
360
>>CCDS31072.1 OPN3 gene_id:23596|Hs108|chr1 (402 aa)
initn: 470 init1: 180 opt: 533 Z-score: 452.4 bits: 92.4 E(32554): 7e-19
Smith-Waterman score: 533; 30.5% identity (62.4% similar) in 311 aa overlap (19-319:23-325)
10 20 30 40 50
pF1KE9 MRKMSEEEFYLFKNISSVGPWDGPQYHIAPVWA---FYLQAAFMGTVFLIGFPLNA
:: . ::... . : ..:.. :.: :
CCDS31 MYSGNRSGGHGYWDGGGAAGAEGPAPAGTLSPAPLFSPGTYERLALLLGSIGLLGVGNNL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE9 MVLVATLRYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVFVASC--NGYFVFGRHVCALEG
.::: ....:: : . .:::.:.. .:. .:.: .:: :: ::. :. :. .:
CCDS31 LVLVLYYKFQRLRTPTHLLLVNISLSDLLVSLFGVTFTFV-SCLRNGW-VWDTVGCVWDG
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE9 FLGTVAGLVTGWSLAFLAFERYI-VICKPFGNFRFSSKHALTVVLATWTIGIGVSIPPFF
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CCDS31 FSGSLFGIVSIATLTVLAYERYIRVVHARVINFSWAWR-AITYI---WLYSLAWAGAPLL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE9 GWSRFIPEGLQCSCGPDWYTVGTKYRSESYTWFLFIFCFIVPLSLICFSYTQLL---RAL
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CCDS31 GWNRYILDVHGLGCTVDWKSKDAN--DSSFVLFLFLGCLVVPLGVIAHCYGHILYSIRML
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE9 KAVAAQQQ-ESATTQKAEREVSRMVVVMVGSFCVCYVPYAAFAMYMVNNRNHGLDLRLVT
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CCDS36 PTNAIIINLAVTD--IGVSSIGYPMSAASDLYGSWKFGYAGCQVYAGLNIFFGMASIGLL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]