Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE9510
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE9510, 479 aa
1>>>pF1KE9510 479 - 479 aa - 479 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.0870+/-0.000957; mu= -7.9992+/- 0.058
mean_var=297.0406+/-75.226, 0's: 0 Z-trim(113.5): 175 B-trim: 1561 in 2/52
Lambda= 0.074416
statistics sampled from 13867 (14133) to 13867 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.731), E-opt: 0.2 (0.434), width: 16
Scan time: 3.170
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS44581.1 CHRM4 gene_id:1132|Hs108|chr11 ( 479) 3162 352.8 4.6e-97
CCDS5843.1 CHRM2 gene_id:1129|Hs108|chr7 ( 466) 1744 200.6 3e-51
CCDS10031.1 CHRM5 gene_id:1133|Hs108|chr15 ( 532) 961 116.6 6.8e-26
CCDS1616.1 CHRM3 gene_id:1131|Hs108|chr1 ( 590) 950 115.4 1.7e-25
CCDS8040.1 CHRM1 gene_id:1128|Hs108|chr11 ( 460) 935 113.7 4.2e-25
CCDS13493.1 HRH3 gene_id:11255|Hs108|chr20 ( 445) 502 67.2 4e-11
>>CCDS44581.1 CHRM4 gene_id:1132|Hs108|chr11 (479 aa)
initn: 3162 init1: 3162 opt: 3162 Z-score: 1856.1 bits: 352.8 E(32554): 4.6e-97
Smith-Waterman score: 3162; 100.0% identity (100.0% similar) in 479 aa overlap (1-479:1-479)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MANFTPVNGSSGNQSVRLVTSSSHNRYETVEMVFIATVTGSLSLVTVVGNILVMLSIKVN
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CCDS44 MANFTPVNGSSGNQSVRLVTSSSHNRYETVEMVFIATVTGSLSLVTVVGNILVMLSIKVN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 RQLQTVNNYFLFSLACADLIIGAFSMNLYTVYIIKGYWPLGAVVCDLWLALDYVVSNASV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RQLQTVNNYFLFSLACADLIIGAFSMNLYTVYIIKGYWPLGAVVCDLWLALDYVVSNASV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 MNLLIISFDRYFCVTKPLTYPARRTTKMAGLMIAAAWVLSFVLWAPAILFWQFVVGKRTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MNLLIISFDRYFCVTKPLTYPARRTTKMAGLMIAAAWVLSFVLWAPAILFWQFVVGKRTV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 PDNQCFIQFLSNPAVTFGTAIAAFYLPVVIMTVLYIHISLASRSRVHKHRPEGPKEKKAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PDNQCFIQFLSNPAVTFGTAIAAFYLPVVIMTVLYIHISLASRSRVHKHRPEGPKEKKAK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 TLAFLKSPLMKQSVKKPPPGEAAREELRNGKLEEAPPPALPPPPRPVADKDTSNESSSGS
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CCDS44 TLAFLKSPLMKQSVKKPPPGEAAREELRNGKLEEAPPPALPPPPRPVADKDTSNESSSGS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 ATQNTKERPATELSTTEATTPAMPAPPLQPRALNPASRWSKIQIVTKQTGNECVTAIEIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ATQNTKERPATELSTTEATTPAMPAPPLQPRALNPASRWSKIQIVTKQTGNECVTAIEIV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE9 PATPAGMRPAANVARKFASIARNQVRKKRQMAARERKVTRTIFAILLAFILTWTPYNVMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PATPAGMRPAANVARKFASIARNQVRKKRQMAARERKVTRTIFAILLAFILTWTPYNVMV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KE9 LVNTFCQSCIPDTVWSIGYWLCYVNSTINPACYALCNATFKKTFRHLLLCQYRNIGTAR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LVNTFCQSCIPDTVWSIGYWLCYVNSTINPACYALCNATFKKTFRHLLLCQYRNIGTAR
430 440 450 460 470
>>CCDS5843.1 CHRM2 gene_id:1129|Hs108|chr7 (466 aa)
initn: 1686 init1: 1158 opt: 1744 Z-score: 1033.5 bits: 200.6 E(32554): 3e-51
Smith-Waterman score: 1744; 57.7% identity (79.4% similar) in 480 aa overlap (7-479:1-466)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MANFTPVNGSSGNQSVRLVTSSSHNRYETVEMVFIATVTGSLSLVTVVGNILVMLSIKVN
.:.:..... :. .: :.: :.:::. :.:::::::..::::::.:::::
CCDS58 MNNSTNSSNNSLALTSP---YKTFEVVFIVLVAGSLSLVTIIGNILVMVSIKVN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 RQLQTVNNYFLFSLACADLIIGAFSMNLYTVYIIKGYWPLGAVVCDLWLALDYVVSNASV
:.::::::::::::::::::::.:::::::.: . :::::: ::::::::::::::::::
CCDS58 RHLQTVNNYFLFSLACADLIIGVFSMNLYTLYTVIGYWPLGPVVCDLWLALDYVVSNASV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 MNLLIISFDRYFCVTKPLTYPARRTTKMAGLMIAAAWVLSFVLWAPAILFWQFVVGKRTV
:::::::::::::::::::::..:::::::.::::::::::.:::::::::::.:: :::
CCDS58 MNLLIISFDRYFCVTKPLTYPVKRTTKMAGMMIAAAWVLSFILWAPAILFWQFIVGVRTV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 PDNQCFIQFLSNPAVTFGTAIAAFYLPVVIMTVLYIHISLASRSRVHKHRPEGPKEKKAK
:..:.:::.:: :::::::::::::::.:::::: ::: ::.::..: . : ..
CCDS58 EDGECYIQFFSNAAVTFGTAIAAFYLPVIIMTVLYWHISRASKSRIKKDKKEPVANQDPV
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE9 TLAFLKSPLMKQSVKKPPPGEAAREELRNGKLEEAPPPALPPPPRPVA--DKDTSNESSS
. ..... ..: . .. : .. . :...:.... : : : .:..::.:.:
CCDS58 SPSLVQGRIVKPNNNNMPSSD---DGLEHNKIQNGKAPRDPVTENCVQGEEKESSNDSTS
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE9 GSATQNTKERPATELSTTEATTPAMPAPPLQPRALNPASRWSKIQIVTKQTGNE-CV---
::. :... : : . .. . :. . :.: :: .. :.
CCDS58 VSAV-------ASNMRDDEITQDENTVSTSLGHSKDENSKQTCIRIGTKTPKSDSCTPTN
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE9 TAIEIVPATPAGMRPAAN-VARKFASIARNQVRKKRQMAARERKVTRTIFAILLAFILTW
:..:.: .. . : ::::...... : ::. .::.::::::.:::::::.::
CCDS58 TTVEVVGSSGQNGDEKQNIVARKIVKMTK-QPAKKKPPPSREKKVTRTILAILLAFIITW
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE9 TPYNVMVLVNTFCQSCIPDTVWSIGYWLCYVNSTINPACYALCNATFKKTFRHLLLCQYR
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CCDS58 APYNVMVLINTFCAPCIPNTVWTIGYWLCYINSTINPACYALCNATFKKTFKHLLMCHYK
410 420 430 440 450 460
pF1KE9 NIGTAR
:::..:
CCDS58 NIGATR
>>CCDS10031.1 CHRM5 gene_id:1133|Hs108|chr15 (532 aa)
initn: 1358 init1: 929 opt: 961 Z-score: 578.4 bits: 116.6 E(32554): 6.8e-26
Smith-Waterman score: 1340; 45.7% identity (67.6% similar) in 512 aa overlap (3-467:8-509)
10 20 30 40 50
pF1KE9 MANFTPVNGSSGNQSVRLVTSSSHNRYETVEMVFIATVTGSLSLVTVVGNILVML
: : :::. :.. .:.. :.. ::.::. .::.:.:::.:::.
CCDS10 MEGDSYHNATTVNGTPVNHQ-------PLERHRLWEVITIAAVTAVVSLITIVGNVLVMI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE9 SIKVNRQLQTVNNYFLFSLACADLIIGAFSMNLYTVYIIKGYWPLGAVVCDLWLALDYVV
:.::: ::.:::::.:.:::::::::: :::::::.::. : : ::...::::::::::.
CCDS10 SFKVNSQLKTVNNYYLLSLACADLIIGIFSMNLYTTYILMGRWALGSLACDLWLALDYVA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE9 SNASVMNLLIISFDRYFCVTKPLTYPARRTTKMAGLMIAAAWVLSFVLWAPAILFWQFVV
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CCDS10 SNASVMNLLVISFDRYFSITRPLTYRAKRTPKRAGIMIGLAWLISFILWAPAILCWQYLV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE9 GKRTVPDNQCFIQFLSNPAVTFGTAIAAFYLPVVIMTVLYIHISLASRSRVHKHRP-EGP
:::::: ..: :::::.:..::::::::::.:: .::.:: .: ...:.. .:
CCDS10 GKRTVPLDECQIQFLSEPTITFGTAIAAFYIPVSVMTILYCRIYRETEKRTKDLADLQGS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE9 KE-KKAKTLAFLKSPLMKQSVKKPPPGEAAREE--------LRNGKLEEAPPPALPP---
::. . :... .. : : : ::. :. . : : :
CCDS10 DSVTKAEKRKPAHRALFRSCLRCPRPTLAQRERNQASWSSSRRSTSTTGKPSQATGPSAN
240 250 260 270 280 290
290 300 310
pF1KE9 -------------PPRPVADKDTSNESSSGSATQNTKERPATELST-----------TEA
: :: ... . .. :: :. :.:. ::
CCDS10 WAKAEQLTTCSSYPSSEDEDKPATDPVLQVVYKSQGKESPGEEFSAEETEETFVKAETEK
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350 360
pF1KE9 TTPAMPAPPLQPRALN-PASRWS---KIQIVTKQTGNE-----CVTAIEIVPAT-PAGMR
. : :.: : . : :. :...:.: ::. : ..:.: :.. .
CCDS10 SDYDTPNYLLSPAAAHRPKSQKCVAYKFRLVVKADGNQETNNGC-HKVKIMPCPFPVAKE
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KE9 PAANVARKFASIARNQVRKKRQMAARERKVTRTIFAILLAFILTWTPYNVMVLVNTFCQS
:... : ......:: . ..:::...:. :::::::.::::::.::::.:::..
CCDS10 PSTKGLNPNPS--HQMTKRKRVVLVKERKAAQTLSAILLAFIITWTPYNIMVLVSTFCDK
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470
pF1KE9 CIPDTVWSIGYWLCYVNSTINPACYALCNATFKKTFRHLLLCQYRNIGTAR
:.: :.: .::::::::::.:: :::::: ::.:::. :
CCDS10 CVPVTLWHLGYWLCYVNSTVNPICYALCNRTFRKTFKMLLLCRWKKKKVEEKLYWQGNSK
480 490 500 510 520 530
CCDS10 LP
>>CCDS1616.1 CHRM3 gene_id:1131|Hs108|chr1 (590 aa)
initn: 1390 init1: 949 opt: 950 Z-score: 571.3 bits: 115.4 E(32554): 1.7e-25
Smith-Waterman score: 1276; 45.0% identity (69.4% similar) in 507 aa overlap (7-456:42-547)
10 20 30
pF1KE9 MANFTPVNGSSGNQSVRLVTSSSHNRYETV-EMVFI
:. ..:: : :... .:: ..:::
CCDS16 LFPNISSSWIHSPSDAGLPPGTVTHFGSYNVSRAAGNFSSPDGTTDDPLGGHTVWQVVFI
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KE9 ATVTGSLSLVTVVGNILVMLSIKVNRQLQTVNNYFLFSLACADLIIGAFSMNLYTVYIIK
: .:: :.:::..:::::..:.:::.::.:::::::.::::::::::..::::.:.:::
CCDS16 AFLTGILALVTIIGNILVIVSFKVNKQLKTVNNYFLLSLACADLIIGVISMNLFTTYIIM
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KE9 GYWPLGAVVCDLWLALDYVVSNASVMNLLIISFDRYFCVTKPLTYPARRTTKMAGLMIAA
. : :: ..::::::.:::.:::::::::.::::::: .:.:::: :.:::: ::.::.
CCDS16 NRWALGNLACDLWLAIDYVASNASVMNLLVISFDRYFSITRPLTYRAKRTTKRAGVMIGL
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KE9 AWVLSFVLWAPAILFWQFVVGKRTVPDNQCFIQFLSNPAVTFGTAIAAFYLPVVIMTVLY
:::.:::::::::::::. ::::::: ..:::::::.:..::::::::::.::.:::.::
CCDS16 AWVISFVLWAPAILFWQYFVGKRTVPPGECFIQFLSEPTITFGTAIAAFYMPVTIMTILY
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260
pF1KE9 IHISLASRSRVHKHRPEGPKEKKAKTLAFLKSP----------LMKQSVKKPPPGEAARE
.: ...:... . .:.: :.. :..::.:. . .:
CCDS16 WRIYKETEKRTKELAGLQASGTEAETENFVHPTGSSRSCSSYELQQQSMKRSNRRKYGRC
260 270 280 290 300 310
270 280 290 300
pF1KE9 ELRNGKLEEAPPPALPPPPRPVADK----D---------TSNESSSGSATQ---------
.. : . .:. : .:.: . :: :.
CCDS16 HFWFTTKSWKPSSEQMDQDHSSSDSWNNNDAAASLENSASSDEEDIGSETRAIYSIVLKL
320 330 340 350 360 370
310 320 330 340
pF1KE9 -------NTKERPATE-LSTTEATTPAMP----APPLQP-RALNPASRWSK------IQ-
:. . :... :.. : . : :: .... .. . : ::
CCDS16 PGHSTILNSTKLPSSDNLQVPEEELGMVDLERKADKLQAQKSVDDGGSFPKSFSKLPIQL
380 390 400 410 420 430
350 360 370 380 390
pF1KE9 ---IVTKQTGNECVTAIEIVPATPAGMRPAANVARKFASIARNQVRKKRQMA-ARERKVT
. : .:.. .. . . . : ... :. .:..:: .:.:. :...:. ..:.:..
CCDS16 ESAVDTAKTSDVNSSVGKSTATLPLSFKEAT-LAKRFALKTRSQITKRKRMSLVKEKKAA
440 450 460 470 480 490
400 410 420 430 440 450
pF1KE9 RTIFAILLAFILTWTPYNVMVLVNTFCQSCIPDTVWSIGYWLCYVNSTINPACYALCNAT
.:. :::::::.::::::.::::::::.:::: : :..::::::.:::.::.:::::
CCDS16 QTLSAILLAFIITWTPYNIMVLVNTFCDSCIPKTFWNLGYWLCYINSTVNPVCYALCNKT
500 510 520 530 540 550
460 470
pF1KE9 FKKTFRHLLLCQYRNIGTAR
CCDS16 FRTTFKMLLLCQCDKKKRRKQQYQQRQSVIFHKRAPEQAL
560 570 580 590
>>CCDS8040.1 CHRM1 gene_id:1128|Hs108|chr11 (460 aa)
initn: 1299 init1: 895 opt: 935 Z-score: 564.2 bits: 113.7 E(32554): 4.2e-25
Smith-Waterman score: 1331; 48.4% identity (72.8% similar) in 448 aa overlap (31-472:24-437)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MANFTPVNGSSGNQSVRLVTSSSHNRYETVEMVFIATVTGSLSLVTVVGNILVMLSIKVN
...::. .:: :::.::.::.::..:.:::
CCDS80 MNTSAPPAVSPNITVLAPGKGPWQVAFIGITTGLLSLATVTGNLLVLISFKVN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 RQLQTVNNYFLFSLACADLIIGAFSMNLYTVYIIKGYWPLGAVVCDLWLALDYVVSNASV
.:.:::::::.::::::::::.:::::::.:.. :.: ::...::::::::::.:::::
CCDS80 TELKTVNNYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACDLWLALDYVASNASV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 MNLLIISFDRYFCVTKPLTYPARRTTKMAGLMIAAAWVLSFVLWAPAILFWQFVVGKRTV
::::.::::::: ::.::.: :.:: . :.:::. ::..:::::::::::::..::.:::
CCDS80 MNLLLISFDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGERTV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE9 PDNQCFIQFLSNPAVTFGTAIAAFYLPVVIMTVLYIHISLASRSRVHK----HRPEGPKE
.::.:::::.: .:::::.:::::::..: .:: .: ...:... . : : .
CCDS80 LAGQCYIQFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETENRARELAALQGSETPGK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE9 KKAKTLAFLKSPLMKQSVKKPPPGEAAREELRNGKLEEAPPPALPPPPRPVADKDTSNES
... . .: .. . :::. : : .: .: ... .:.
CCDS80 GGGSSSSSERSQPGAEGSPETPPGRCCRC-CRAPRLLQA---------YSWKEEEEEDEG
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE9 SSGSATQNTKERPATELSTT-EATTPAMPAPPLQPRALNPASRWSKIQIVTKQTGNECVT
: : :.. :.:..:. . : :: :: : : . .. ::. : .
CCDS80 SMESLTSSEGEEPGSEVVIKMPMVDPEAQAPTKQP----PRSSPNTVKRPTKK-GRD---
290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE9 AIEIVPATPAGMRPAANVARKFASIARNQVRKKRQMA-ARERKVTRTIFAILLAFILTWT
. :..: . ..:. :.. .. ..:.:..::. :::::::::::
CCDS80 ------RAGKGQKPRG----------KEQLAKRKTFSLVKEKKAARTLSAILLAFILTWT
340 350 360 370
420 430 440 450 460 470
pF1KE9 PYNVMVLVNTFCQSCIPDTVWSIGYWLCYVNSTINPACYALCNATFKKTFRHLLLCQYRN
:::.::::.:::..:.:.:.: .::::::::::::: :::::: .:. ::: ::::..
CCDS80 PYNIMVLVSTFCKDCVPETLWELGYWLCYVNSTINPMCYALCNKAFRDTFRLLLLCRWDK
380 390 400 410 420 430
pF1KE9 IGTAR
CCDS80 RRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
440 450 460
>>CCDS13493.1 HRH3 gene_id:11255|Hs108|chr20 (445 aa)
initn: 648 init1: 319 opt: 502 Z-score: 313.2 bits: 67.2 E(32554): 4e-11
Smith-Waterman score: 662; 27.1% identity (61.0% similar) in 472 aa overlap (6-473:9-431)
10 20 30 40 50
pF1KE9 MANFTPVNGSSGNQSVRLVTSSSHNRYETVEMVFIATVTGSLSLVTVVGNILVMLSI
:.: .:: . . ..... . .. . .:.. . : ..::.:: ::::..
CCDS13 MERAPPDGPLN-ASGALAGEAAAAGGARGFSAAWTAVLAALMALLIVATVLGNALVMLAF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE9 KVNRQLQTVNNYFLFSLACADLIIGAFSMNLYTVYIIKGYWPLGAVVCDLWLALDYVVSN
.. .:.: ::.::..:: .:...::: . ::. :.. : : .: .: :::..::.. .
CCDS13 VADSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYVPYVLTGRWTFGRGLCKLWLVVDYLLCT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE9 ASVMNLLIISFDRYFCVTKPLTYPARR-TTKMAGLMIAAAWVLSFVLWAPAILFWQFVVG
.:..:...::.::.. ::. ..: :.. :. : . .:::.:.:..:::: :... :
CCDS13 SSAFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRAVRKMLLVWVLAFLLYGPAILSWEYLSG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE9 KRTVPDNQCFIQFLSNPAVTFGTAIAAFYLPVVIMTV--LYIHISLASRSRVHKHRPEGP
..:...:. .:. : . .. :. : . .: : :.... :.:. : .:
CCDS13 GSSIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFLSVTFFNLSIYLNIQRRTRL---RLDGA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE9 KEKKAKTLAFLKSPLMKQSVKKPPPGEAAREELRNGKLEEAPPPALPPPPRPVADKDTSN
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