Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6748
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6748, 547 aa
1>>>pF1KE6748 547 - 547 aa - 547 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7584+/-0.000995; mu= 15.3086+/- 0.060
mean_var=58.3519+/-11.472, 0's: 0 Z-trim(102.7): 25 B-trim: 5 in 1/48
Lambda= 0.167898
statistics sampled from 7073 (7085) to 7073 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.579), E-opt: 0.2 (0.218), width: 16
Scan time: 2.080
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10934.1 BCO1 gene_id:53630|Hs108|chr16 ( 547) 3679 899.9 0
CCDS41716.1 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 ( 545) 1415 351.5 1.5e-96
CCDS8358.2 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 ( 579) 1415 351.5 1.6e-96
CCDS58182.1 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 ( 539) 1394 346.4 5.1e-95
CCDS643.1 RPE65 gene_id:6121|Hs108|chr1 ( 533) 1374 341.5 1.5e-93
CCDS58183.1 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 ( 474) 924 232.5 8.5e-61
CCDS58181.1 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 ( 506) 416 109.5 9.9e-24
>>CCDS10934.1 BCO1 gene_id:53630|Hs108|chr16 (547 aa)
initn: 3679 init1: 3679 opt: 3679 Z-score: 4810.5 bits: 899.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3679; 99.8% identity (99.8% similar) in 547 aa overlap (1-547:1-547)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MDIIFGRNRKEQLEPVRAKVTGKIPAWLQGTLLRNGPGMHTVGESRYNHWFDGLALLHSF
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CCDS10 MDIIFGRNRKEQLEPVRAKVTGKIPAWLQGTLLRNGPGMHTVGESRYNHWFDGLALLHSF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 TIRDGEVYYRSKYLRSDTYNTNIEANRIVVSEFGTMAYPDPCKNIFSKAFSYLSHTIPDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TIRDGEVYYRSKYLRSDTYNTNIEANRIVVSEFGTMAYPDPCKNIFSKAFSYLSHTIPDF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 TDNCLINIMKCGEDFYATSETNYIRKINPQTLETLEKVDYRKYVAVNLATSHPHYDEAGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TDNCLINIMKCGEDFYATSETNYIRKINPQTLETLEKVDYRKYVAVNLATSHPHYDEAGN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 VLNMGTSIVEKGKTKYVIFKIPATVPEGKKQGKSPWKHTEVFCSIPSRSLLSPSYYHSFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VLNMGTSIVEKGKTKYVIFKIPATVPEGKKQGKSPWKHTEVFCSIPSRSLLSPSYYHSFG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 VTENYVIFLEQPFRLDILKMATAYIRSMSWASCLAFHREEKTYIHIIDQRTRQPVQTKFY
:::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VTENYVIFLEQPFRLDILKMATAYIRRMSWASCLAFHREEKTYIHIIDQRTRQPVQTKFY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 TDAMVVFHHVNAYEEDGCIVFDVIAYEDNSLYQLFYLANLNQDFKENSRLTSVPTLRRFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TDAMVVFHHVNAYEEDGCIVFDVIAYEDNSLYQLFYLANLNQDFKENSRLTSVPTLRRFA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 VPLHVDKNAEVGTNLIKVASTTATALKEEDGQVYCQPEFLYEGLELPRVNYAHNGKQYRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VPLHVDKNAEVGTNLIKVASTTATALKEEDGQVYCQPEFLYEGLELPRVNYAHNGKQYRY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 VFATGVQWSPIPTKIIKYDILTKSSLKWREDDCWPAEPLFVPAPGAKDEDDGVILSAIVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VFATGVQWSPIPTKIIKYDILTKSSLKWREDDCWPAEPLFVPAPGAKDEDDGVILSAIVS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 TDPQKLPFLLILDAKSFTELARASVDVDMHMDLHGLFITDMDWDTKKQAASEEQRDRASD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TDPQKLPFLLILDAKSFTELARASVDVDMHMDLHGLFITDMDWDTKKQAASEEQRDRASD
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 CHGAPLT
:::::::
CCDS10 CHGAPLT
>>CCDS41716.1 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 (545 aa)
initn: 1263 init1: 416 opt: 1415 Z-score: 1846.7 bits: 351.5 E(32554): 1.5e-96
Smith-Waterman score: 1415; 41.5% identity (71.6% similar) in 518 aa overlap (16-518:34-543)
10 20 30 40
pF1KE6 MDIIFGRNRKEQLEPVRAKVTGKIPAWLQGTLLRNGPGMHTVGES
. :.: :..: ::.:.::: ::: :..
CCDS41 TPQKKAVFGQCRGLPCVAPLLTTVEEAPRGISARVWGHFPKWLNGSLLRIGPGKFEFGKD
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE6 RYNHWFDGLALLHSFTIRDGEVYYRSKYLRSDTYNTNIEANRIVVSEFGTMAYPDPCKNI
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CCDS41 KYNHWFDGMALLHQFRMAKGTVTYRSKFLQSDTYKANSAKNRIVISEFGTLALPDPCKNV
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 FSKAFSY--LSHTIPDFTDNCLINIMKCGEDFYATSETNYIRKINPQTLETLEKVDYRKY
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CCDS41 FERFMSRFELPGKAAAMTDNTNVNYVRYKGDYYLCTETNFMNKVDIETLEKTEKVDWSKF
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 VAVNLATSHPHYDEAGNVLNMGTSIVEKGKTKYVIFKIPATVPEGKKQGKSPWKHTEVFC
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CCDS41 IAVNGATAHPHYDLDGTAYNMGNSFGPYGFS-YKVIRVP---PEKVDLGETI-HGVQVIC
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 SIPSRSLLSPSYYHSFGVTENYVIFLEQPFRLDILKMATAYIRSMSWASCLAFHREEKTY
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CCDS41 SIASTEKGKPSYYHSFGMTRNYIIFIEQPLKMNLWKIATSKIRGKAFSDGISWEPQCNTR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 IHIIDQRTRQPVQTKFYTDAMVVFHHVNAYEEDGCIVFDVIAYEDNSLYQLFYLANLNQ-
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CCDS41 FHVVEKRTGQLLPGRYYSKPFVTFHQINAFEDQGCVIIDLCCQDNGRTLEVYQLQNLRKA
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE6 ----DFKENSRLTSVPTLRRFAVPLHVDKNAEVGTNLIKVASTTATALKEEDGQVYCQPE
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CCDS41 GEGLDQVHNSAAKSFP--RRFVLPLNVSLNAPEGDNLSPLSYTSASAVKQADGTIWCSHE
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KE6 FLYE-------GLELPRVNYAH-NGKQYRYVFATGVQWSPIPTKIIKYDILTKSSLKWRE
:.. :.:.:.. : . .::.:.. .. : . . ..:: :...:. :::
CCDS41 NLHQEDLEKEGGIEFPQIYYDRFSGKKYHFFYGCGFR-HLVGDSLIKVDVVNKTLKVWRE
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KE6 DDCWPAEPLFVPAPGAKDEDDGVILSAIVSTDPQKLPFLLILDAKSFTELARASVDVDMH
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CCDS41 DGFYPSEPVFVPAPGTNEEDGGVILSVVITPNQNESNFILVLDAKNFEELGRAEVPVQMP
480 490 500 510 520 530
520 530 540
pF1KE6 MDLHGLFITDMDWDTKKQAASEEQRDRASDCHGAPLT
. .:: ::
CCDS41 YGFHGTFIPI
540
>>CCDS8358.2 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 (579 aa)
initn: 1263 init1: 416 opt: 1415 Z-score: 1846.3 bits: 351.5 E(32554): 1.6e-96
Smith-Waterman score: 1415; 41.5% identity (71.6% similar) in 518 aa overlap (16-518:68-577)
10 20 30 40
pF1KE6 MDIIFGRNRKEQLEPVRAKVTGKIPAWLQGTLLRNGPGMHTVGES
. :.: :..: ::.:.::: ::: :..
CCDS83 TPQKKAVFGQCRGLPCVAPLLTTVEEAPRGISARVWGHFPKWLNGSLLRIGPGKFEFGKD
40 50 60 70 80 90
50 60 70 80 90 100
pF1KE6 RYNHWFDGLALLHSFTIRDGEVYYRSKYLRSDTYNTNIEANRIVVSEFGTMAYPDPCKNI
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CCDS83 KYNHWFDGMALLHQFRMAKGTVTYRSKFLQSDTYKANSAKNRIVISEFGTLALPDPCKNV
100 110 120 130 140 150
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 FSKAFSY--LSHTIPDFTDNCLINIMKCGEDFYATSETNYIRKINPQTLETLEKVDYRKY
: . .: : .::: .: .. :.: .:::.. :.. .::: ::::. :.
CCDS83 FERFMSRFELPGKAAAMTDNTNVNYVRYKGDYYLCTETNFMNKVDIETLEKTEKVDWSKF
160 170 180 190 200 210
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 VAVNLATSHPHYDEAGNVLNMGTSIVEKGKTKYVIFKIPATVPEGKKQGKSPWKHTEVFC
.::: ::.::::: :.. :::.:. : . : ....: :: :.. . ..:.:
CCDS83 IAVNGATAHPHYDLDGTAYNMGNSFGPYGFS-YKVIRVP---PEKVDLGETI-HGVQVIC
220 230 240 250 260 270
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 SIPSRSLLSPSYYHSFGVTENYVIFLEQPFRLDILKMATAYIRSMSWASCLAFHREEKTY
:: : .::::::::.:.::.::.:::..... :.::. ::. .... .... . .:
CCDS83 SIASTEKGKPSYYHSFGMTRNYIIFIEQPLKMNLWKIATSKIRGKAFSDGISWEPQCNTR
280 290 300 310 320 330
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 IHIIDQRTRQPVQTKFYTDAMVVFHHVNAYEEDGCIVFDVIAYEDNSLYQLFYLANLNQ-
.:....:: : . ..:. .:.::..::.:..::...:. ... ... : :: .
CCDS83 FHVVEKRTGQLLPGRYYSKPFVTFHQINAFEDQGCVIIDLCCQDNGRTLEVYQLQNLRKA
340 350 360 370 380 390
350 360 370 380 390
pF1KE6 ----DFKENSRLTSVPTLRRFAVPLHVDKNAEVGTNLIKVASTTATALKEEDGQVYCQPE
: .:: : : :::..::.:. :: : :: .. :.:.:.:. :: ..:. :
CCDS83 GEGLDQVHNSAAKSFP--RRFVLPLNVSLNAPEGDNLSPLSYTSASAVKQADGTIWCSHE
400 410 420 430 440 450
400 410 420 430 440 450
pF1KE6 FLYE-------GLELPRVNYAH-NGKQYRYVFATGVQWSPIPTKIIKYDILTKSSLKWRE
:.. :.:.:.. : . .::.:.. .. : . . ..:: :...:. :::
CCDS83 NLHQEDLEKEGGIEFPQIYYDRFSGKKYHFFYGCGFR-HLVGDSLIKVDVVNKTLKVWRE
460 470 480 490 500
460 470 480 490 500 510
pF1KE6 DDCWPAEPLFVPAPGAKDEDDGVILSAIVSTDPQKLPFLLILDAKSFTELARASVDVDMH
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CCDS83 DGFYPSEPVFVPAPGTNEEDGGVILSVVITPNQNESNFILVLDAKNFEELGRAEVPVQMP
510 520 530 540 550 560
520 530 540
pF1KE6 MDLHGLFITDMDWDTKKQAASEEQRDRASDCHGAPLT
. .:: ::
CCDS83 YGFHGTFIPI
570
>>CCDS58182.1 BCO2 gene_id:83875|Hs108|chr11 (539 aa)
initn: 1249 init1: 416 opt: 1394 Z-score: 1819.3 bits: 346.4 E(32554): 5.1e-95
Smith-Waterman score: 1394; 41.3% identity (71.0% similar) in 518 aa overlap (16-518:34-537)
10 20 30 40
pF1KE6 MDIIFGRNRKEQLEPVRAKVTGKIPAWLQGTLLRNGPGMHTVGES
. :.: :..: ::.:.::: ::: :..
CCDS58 TPQKKAVFGQCRGLPCVAPLLTTVEEAPRGISARVWGHFPKWLNGSLLRIGPGKFEFGKD
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE6 RYNHWFDGLALLHSFTIRDGEVYYRSKYLRSDTYNTNIEANRIVVSEFGTMAYPDPCKNI
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CCDS58 KYNHWFDGMALLHQFRMAKGTVTYRSKFLQSDTYKANSAKNRIVISEFGTLALPDPCKNV
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 FSKAFSY--LSHTIPDFTDNCLINIMKCGEDFYATSETNYIRKINPQTLETLEKVDYRKY
: . .: : .::: .: .. :.: .:::.. :.. .::: ::::. :.
CCDS58 FERFMSRFELPGKAAAMTDNTNVNYVRYKGDYYLCTETNFMNKVDIETLEKTEKVDWSKF
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 VAVNLATSHPHYDEAGNVLNMGTSIVEKGKTKYVIFKIPATVPEGKKQGKSPWKHTEVFC
.::: ::.::::: :.. :::.:. : . : ....: :: :.. . ..:.:
CCDS58 IAVNGATAHPHYDLDGTAYNMGNSFGPYGFS-YKVIRVP---PEKVDLGETI-HGVQVIC
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 SIPSRSLLSPSYYHSFGVTENYVIFLEQPFRLDILKMATAYIRSMSWASCLAFHREEKTY
:: : .::::::::.:.::.::.:::..... :.::. ::. .... .... . .:
CCDS58 SIASTEKGKPSYYHSFGMTRNYIIFIEQPLKMNLWKIATSKIRGKAFSDGISWEPQCNTR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 IHIIDQRTRQPVQTKFYTDAMVVFHHVNAYEEDGCIVFDVIAYEDNSLYQLFYLANLNQ-
.:....:: : . ..:. .:.::..::.:..::...:. ... ... : :: .
CCDS58 FHVVEKRTGQLLPGRYYSKPFVTFHQINAFEDQGCVIIDLCCQDNGRTLEVYQLQNLRKA
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE6 ----DFKENSRLTSVPTLRRFAVPLHVDKNAEVGTNLIKVASTTATALKEEDGQVYCQPE
: .:: : : :::..::.:. :: : :: .. :.:.:.:. :: ..:. :
CCDS58 GEGLDQVHNSAAKSFP--RRFVLPLNVSLNAPEGDNLSPLSYTSASAVKQADGTIWCSHE
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KE6 FLYE-------GLELPRVNYAH-NGKQYRYVFATGVQWSPIPTKIIKYDILTKSSLKWRE
:.. :.:.:.. : . .::.:.. .. : . . ..:: :.. :::
CCDS58 NLHQEDLEKEGGIEFPQIYYDRFSGKKYHFFYGCGFR-HLVGDSLIKVDVV------WRE
420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KE6 DDCWPAEPLFVPAPGAKDEDDGVILSAIVSTDPQKLPFLLILDAKSFTELARASVDVDMH
: .:.::.::::::...:: :::::.... . .. :.:.::::.: ::.:: : :.:
CCDS58 DGFYPSEPVFVPAPGTNEEDGGVILSVVITPNQNESNFILVLDAKNFEELGRAEVPVQMP
470 480 490 500 510 520
520 530 540
pF1KE6 MDLHGLFITDMDWDTKKQAASEEQRDRASDCHGAPLT
. .:: ::
CCDS58 YGFHGTFIPI
530
>>CCDS643.1 RPE65 gene_id:6121|Hs108|chr1 (533 aa)
initn: 1222 init1: 395 opt: 1374 Z-score: 1793.2 bits: 341.5 E(32554): 1.5e-93
Smith-Waterman score: 1374; 39.7% identity (72.1% similar) in 519 aa overlap (10-517:20-530)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MDIIFGRNRKEQLEPVRAKVTGKIPAWLQGTLLRNGPGMHTVGESRYNHW
.: :. :.:::.:: :: :.::: :::. :: . :
CCDS64 MSIQVEHPAGGYKKLFETVEELSSPLTAHVTGRIPLWLTGSLLRCGPGLFEVGSEPFYHL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 FDGLALLHSFTIRDGEVYYRSKYLRSDTYNTNIEANRIVVSEFGTMAYPDPCKNIFSKAF
::: ::::.: ...:.: :. ...:.:.: . .:::..:::: :.:::::::::. :
CCDS64 FDGQALLHKFDFKEGHVTYHRRFIRTDAYVRAMTEKRIVITEFGTCAFPDPCKNIFSRFF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 SYLSHTIPDFTDNCLINIMKCGEDFYATSETNYIRKINPQTLETLEKVDYRKYVAVNLAT
::. . . ::: :.:.. :::.:: .:::.: ::::.::::...:: .::.:: ::
CCDS64 SYFRGV--EVTDNALVNVYPVGEDYYACTETNFITKINPETLETIKQVDLCNYVSVNGAT
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 SHPHYDEAGNVLNMGTSIVEKGKTKYVIFKIPATVPEGKKQGKSPWKHTEVFCSIPSRSL
.::: .. :.: :.:. . .. . : : ::: . . ..: ...:. ..: .
CCDS64 AHPHIENDGTVYNIGNCFGKNFSIAYNIVKIPPL----QADKEDPISKSEIVVQFPCSDR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE6 LSPSYYHSFGVTENYVIFLEQPFRLDILKMATAY-IRSMSWASCLAFHREEKTYIHIIDQ
..::: ::::.: ::..:.: : .....:. ... . . .. .:. .. ...:: :.
CCDS64 FKPSYVHSFGLTPNYIVFVETPVKINLFKFLSSWSLWGANYMDCFESNETMGVWLHIADK
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 RTRQPVQTKFYTDAMVVFHHVNAYEEDGCIVFDVIAYED-NSLYQLFYLANLNQDFKE--
. .. ...:. :. . .:::.:.::..: .. :. .. . .:. .::::: ....:
CCDS64 KRKKYLNNKYRTSPFNLFHHINTYEDNGFLIVDLCCWKGFEFVYNYLYLANLRENWEEVK
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE6 -NSRLTSVPTLRRFAVPLHVDKNAEVGTNLIKVASTTATALKEEDGQVYCQPEFLYEG--
:.: . : .::...::..:: :..: ::. . .:::::. : .. .:: :. :
CCDS64 KNARKAPQPEVRRYVLPLNIDK-ADTGKNLVTLPNTTATAILCSDETIWLEPEVLFSGPR
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE6 --LELPRVNYA-HNGKQYRYVFATGVQWSPIPTKIIKYDILTKSSLKWREDDCWPAEPLF
.:.:..:: . :: : :... :.. .: .. : .. :: . :.: : .:.::.:
CCDS64 QAFEFPQINYQKYCGKPYTYAYGLGLN-HFVPDRLCKLNVKTKETWVWQEPDSYPSEPIF
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510
pF1KE6 VPAPGAKDEDDGVILSAIVSTDP-QKLPFLLILDAKSFTELARASVDVDMHMDLHGLFIT
: : : .:::::.::..:: :: .::::.::...:.::: :.... . .::::
CCDS64 VSHPDALEEDDGVVLSVVVSPGAGQKPAYLLILNAKDLSEVARAEVEINIPVTFHGLFKK
480 490 500 510 520 530
520 530 540
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CCDS58 FHGTFIPI
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547 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]