Result of FASTA (omim) for
pFN21AE6739
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6739, 1218 aa
1>>>pF1KE6739 1218 - 1218 aa - 1218 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6410+/-0.000621; mu= 12.1658+/- 0.038
mean_var=285.3604+/-58.886, 0's: 0 Z-trim(114.3): 656 B-trim: 646 in 2/50
Lambda= 0.075924
statistics sampled from 23298 (24038) to 23298 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.609), E-opt: 0.2 (0.282), width: 16
Scan time: 14.490
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000205 (OMIM: 118450,187500,601920) protein jag (1218) 9177 1021.1 0
XP_016883196 (OMIM: 118450,187500,601920) PREDICTE (1059) 8079 900.7 0
NP_002217 (OMIM: 602570) protein jagged-2 isoform (1238) 4815 543.3 3.6e-153
NP_660142 (OMIM: 602570) protein jagged-2 isoform (1200) 2867 329.9 6.1e-89
NP_005609 (OMIM: 606582) delta-like protein 1 prec ( 723) 1771 209.6 6.2e-53
NP_061947 (OMIM: 605185,616589) delta-like protein ( 685) 1714 203.3 4.6e-51
XP_005266991 (OMIM: 606582) PREDICTED: delta-like ( 524) 1641 195.1 1e-48
XP_005259981 (OMIM: 125310,130720,600276,615293) P (2269) 1602 191.7 4.5e-47
XP_011517019 (OMIM: 109730,190198,616028) PREDICTE (2314) 1509 181.6 5.3e-44
NP_060087 (OMIM: 109730,190198,616028) neurogenic (2555) 1509 181.6 5.6e-44
NP_001186930 (OMIM: 102500,600275,610205) neurogen (1235) 1393 168.5 2.5e-40
XP_005270958 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 1393 168.9 3.7e-40
XP_016856862 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 1393 168.9 3.7e-40
XP_011539822 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 1393 168.9 3.7e-40
XP_016856861 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2455) 1393 168.9 3.7e-40
XP_011539821 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2467) 1393 168.9 3.7e-40
NP_077719 (OMIM: 102500,600275,610205) neurogenic (2471) 1393 168.9 3.7e-40
NP_000426 (OMIM: 125310,130720,600276,615293) neur (2321) 1198 147.5 9.6e-34
NP_004548 (OMIM: 164951) neurogenic locus notch ho (2003) 1076 134.0 9.3e-30
XP_016865268 (OMIM: 603745) PREDICTED: slit homolo (1460) 951 120.2 1e-25
NP_003053 (OMIM: 603745) slit homolog 3 protein is (1523) 951 120.2 1e-25
XP_011512212 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1159) 940 118.8 2.1e-25
XP_016864334 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1495) 940 119.0 2.4e-25
XP_011512211 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1499) 940 119.0 2.4e-25
XP_006714049 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1509) 940 119.0 2.4e-25
NP_001276065 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein (1521) 940 119.0 2.4e-25
NP_001276064 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein (1525) 940 119.0 2.4e-25
NP_004778 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein is (1529) 940 119.0 2.4e-25
XP_005248268 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1533) 940 119.0 2.4e-25
NP_001258875 (OMIM: 603745) slit homolog 3 protein (1530) 925 117.3 7.6e-25
NP_001136272 (OMIM: 602772,612424) protein eyes sh (3144) 898 114.8 8.9e-24
NP_001278938 (OMIM: 602772,612424) protein eyes sh (3165) 898 114.8 9e-24
NP_001180569 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) p (1294) 859 110.0 1e-22
NP_003052 (OMIM: 603742) slit homolog 1 protein pr (1534) 844 108.5 3.5e-22
XP_016878159 (OMIM: 612454) PREDICTED: multiple ep (1097) 816 105.2 2.4e-21
XP_016878162 (OMIM: 612454) PREDICTED: multiple ep (1021) 814 104.9 2.7e-21
NP_115821 (OMIM: 612454) multiple epidermal growth (1044) 814 104.9 2.8e-21
XP_016878161 (OMIM: 612454) PREDICTED: multiple ep (1044) 814 104.9 2.8e-21
XP_016878160 (OMIM: 612454) PREDICTED: multiple ep (1092) 814 105.0 2.8e-21
NP_001244895 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) p ( 870) 794 102.6 1.1e-20
NP_699197 (OMIM: 611691) sushi, von Willebrand fac (3571) 802 104.4 1.4e-20
XP_011507669 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) P (1297) 794 102.9 1.4e-20
XP_011507667 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) P (1349) 794 102.9 1.5e-20
NP_957705 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) prot (1406) 794 102.9 1.5e-20
XP_016856341 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) P (1451) 794 103.0 1.5e-20
XP_011509239 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido ( 905) 777 100.8 4.2e-20
XP_016859265 (OMIM: 616634) PREDICTED: sushi, nido (1420) 777 101.1 5.5e-20
NP_620711 (OMIM: 607299) delta and Notch-like epid ( 737) 762 99.0 1.2e-19
NP_001244894 (OMIM: 172870,600105,604210,613835) p (1382) 760 99.2 2e-19
NP_003827 (OMIM: 176290) protein delta homolog 1 i ( 383) 750 97.3 2e-19
>>NP_000205 (OMIM: 118450,187500,601920) protein jagged- (1218 aa)
initn: 9177 init1: 9177 opt: 9177 Z-score: 5453.1 bits: 1021.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 9177; 100.0% identity (100.0% similar) in 1218 aa overlap (1-1218:1-1218)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MRSPRTRGRSGRPLSLLLALLCALRAKVCGASGQFELEILSMQNVNGELQNGNCCGGARN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MRSPRTRGRSGRPLSLLLALLCALRAKVCGASGQFELEILSMQNVNGELQNGNCCGGARN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 PGDRKCTRDECDTYFKVCLKEYQSRVTAGGPCSFGSGSTPVIGGNTFNLKASRGNDRNRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PGDRKCTRDECDTYFKVCLKEYQSRVTAGGPCSFGSGSTPVIGGNTFNLKASRGNDRNRI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 VLPFSFAWPRSYTLLVEAWDSSNDTVQPDSIIEKASHSGMINPSRQWQTLKQNTGVAHFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VLPFSFAWPRSYTLLVEAWDSSNDTVQPDSIIEKASHSGMINPSRQWQTLKQNTGVAHFE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 YQIRVTCDDYYYGFGCNKFCRPRDDFFGHYACDQNGNKTCMEGWMGPECNRAICRQGCSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YQIRVTCDDYYYGFGCNKFCRPRDDFFGHYACDQNGNKTCMEGWMGPECNRAICRQGCSP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 KHGSCKLPGDCRCQYGWQGLYCDKCIPHPGCVHGICNEPWQCLCETNWGGQLCDKDLNYC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KHGSCKLPGDCRCQYGWQGLYCDKCIPHPGCVHGICNEPWQCLCETNWGGQLCDKDLNYC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 GTHQPCLNGGTCSNTGPDKYQCSCPEGYSGPNCEIAEHACLSDPCHNRGSCKETSLGFEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GTHQPCLNGGTCSNTGPDKYQCSCPEGYSGPNCEIAEHACLSDPCHNRGSCKETSLGFEC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 ECSPGWTGPTCSTNIDDCSPNNCSHGGTCQDLVNGFKCVCPPQWTGKTCQLDANECEAKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ECSPGWTGPTCSTNIDDCSPNNCSHGGTCQDLVNGFKCVCPPQWTGKTCQLDANECEAKP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 CVNAKSCKNLIASYYCDCLPGWMGQNCDININDCLGQCQNDASCRDLVNGYRCICPPGYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CVNAKSCKNLIASYYCDCLPGWMGQNCDININDCLGQCQNDASCRDLVNGYRCICPPGYA
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490 500 510 520 530 540
pF1KE6 GDHCERDIDECASNPCLNGGHCQNEINRFQCLCPTGFSGNLCQLDIDYCEPNPCQNGAQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GDHCERDIDECASNPCLNGGHCQNEINRFQCLCPTGFSGNLCQLDIDYCEPNPCQNGAQC
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 YNRASDYFCKCPEDYEGKNCSHLKDHCRTTPCEVIDSCTVAMASNDTPEGVRYISSNVCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YNRASDYFCKCPEDYEGKNCSHLKDHCRTTPCEVIDSCTVAMASNDTPEGVRYISSNVCG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE6 PHGKCKSQSGGKFTCDCNKGFTGTYCHENINDCESNPCRNGGTCIDGVNSYKCICSDGWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PHGKCKSQSGGKFTCDCNKGFTGTYCHENINDCESNPCRNGGTCIDGVNSYKCICSDGWE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE6 GAYCETNINDCSQNPCHNGGTCRDLVNDFYCDCKNGWKGKTCHSRDSQCDEATCNNGGTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GAYCETNINDCSQNPCHNGGTCRDLVNDFYCDCKNGWKGKTCHSRDSQCDEATCNNGGTC
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730 740 750 760 770 780
pF1KE6 YDEGDAFKCMCPGGWEGTTCNIARNSSCLPNPCHNGGTCVVNGESFTCVCKEGWEGPICA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YDEGDAFKCMCPGGWEGTTCNIARNSSCLPNPCHNGGTCVVNGESFTCVCKEGWEGPICA
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pF1KE6 QNTNDCSPHPCYNSGTCVDGDNWYRCECAPGFAGPDCRININECQSSPCAFGATCVDEIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QNTNDCSPHPCYNSGTCVDGDNWYRCECAPGFAGPDCRININECQSSPCAFGATCVDEIN
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pF1KE6 GYRCVCPPGHSGAKCQEVSGRPCITMGSVIPDGAKWDDDCNTCQCLNGRIACSKVWCGPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GYRCVCPPGHSGAKCQEVSGRPCITMGSVIPDGAKWDDDCNTCQCLNGRIACSKVWCGPR
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910 920 930 940 950 960
pF1KE6 PCLLHKGHSECPSGQSCIPILDDQCFVHPCTGVGECRSSSLQPVKTKCTSDSYYQDNCAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PCLLHKGHSECPSGQSCIPILDDQCFVHPCTGVGECRSSSLQPVKTKCTSDSYYQDNCAN
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE6 ITFTFNKEMMSPGLTTEHICSELRNLNILKNVSAEYSIYIACEPSPSANNEIHVAISAED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ITFTFNKEMMSPGLTTEHICSELRNLNILKNVSAEYSIYIACEPSPSANNEIHVAISAED
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1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE6 IRDDGNPIKEITDKIIDLVSKRDGNSSLIAAVAEVRVQRRPLKNRTDFLVPLLSSVLTVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 IRDDGNPIKEITDKIIDLVSKRDGNSSLIAAVAEVRVQRRPLKNRTDFLVPLLSSVLTVA
1030 1040 1050 1060 1070 1080
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pF1KE6 WICCLVTAFYWCLRKRRKPGSHTHSASEDNTTNNVREQLNQIKNPIEKHGANTVPIKDYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 WICCLVTAFYWCLRKRRKPGSHTHSASEDNTTNNVREQLNQIKNPIEKHGANTVPIKDYE
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pF1KE6 NKNSKMSKIRTHNSEVEEDDMDKHQQKARFAKQPAYTLVDREEKPPNGTPTKHPNWTNKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NKNSKMSKIRTHNSEVEEDDMDKHQQKARFAKQPAYTLVDREEKPPNGTPTKHPNWTNKQ
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210
pF1KE6 DNRDLESAQSLNRMEYIV
::::::::::::::::::
NP_000 DNRDLESAQSLNRMEYIV
1210
>>XP_016883196 (OMIM: 118450,187500,601920) PREDICTED: p (1059 aa)
initn: 8079 init1: 8079 opt: 8079 Z-score: 4803.7 bits: 900.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 8079; 100.0% identity (100.0% similar) in 1059 aa overlap (160-1218:1-1059)
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 RSYTLLVEAWDSSNDTVQPDSIIEKASHSGMINPSRQWQTLKQNTGVAHFEYQIRVTCDD
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MINPSRQWQTLKQNTGVAHFEYQIRVTCDD
10 20 30
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 YYYGFGCNKFCRPRDDFFGHYACDQNGNKTCMEGWMGPECNRAICRQGCSPKHGSCKLPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YYYGFGCNKFCRPRDDFFGHYACDQNGNKTCMEGWMGPECNRAICRQGCSPKHGSCKLPG
40 50 60 70 80 90
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 DCRCQYGWQGLYCDKCIPHPGCVHGICNEPWQCLCETNWGGQLCDKDLNYCGTHQPCLNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DCRCQYGWQGLYCDKCIPHPGCVHGICNEPWQCLCETNWGGQLCDKDLNYCGTHQPCLNG
100 110 120 130 140 150
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 GTCSNTGPDKYQCSCPEGYSGPNCEIAEHACLSDPCHNRGSCKETSLGFECECSPGWTGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GTCSNTGPDKYQCSCPEGYSGPNCEIAEHACLSDPCHNRGSCKETSLGFECECSPGWTGP
160 170 180 190 200 210
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 TCSTNIDDCSPNNCSHGGTCQDLVNGFKCVCPPQWTGKTCQLDANECEAKPCVNAKSCKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TCSTNIDDCSPNNCSHGGTCQDLVNGFKCVCPPQWTGKTCQLDANECEAKPCVNAKSCKN
220 230 240 250 260 270
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 LIASYYCDCLPGWMGQNCDININDCLGQCQNDASCRDLVNGYRCICPPGYAGDHCERDID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LIASYYCDCLPGWMGQNCDININDCLGQCQNDASCRDLVNGYRCICPPGYAGDHCERDID
280 290 300 310 320 330
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 ECASNPCLNGGHCQNEINRFQCLCPTGFSGNLCQLDIDYCEPNPCQNGAQCYNRASDYFC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ECASNPCLNGGHCQNEINRFQCLCPTGFSGNLCQLDIDYCEPNPCQNGAQCYNRASDYFC
340 350 360 370 380 390
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 KCPEDYEGKNCSHLKDHCRTTPCEVIDSCTVAMASNDTPEGVRYISSNVCGPHGKCKSQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KCPEDYEGKNCSHLKDHCRTTPCEVIDSCTVAMASNDTPEGVRYISSNVCGPHGKCKSQS
400 410 420 430 440 450
610 620 630 640 650 660
pF1KE6 GGKFTCDCNKGFTGTYCHENINDCESNPCRNGGTCIDGVNSYKCICSDGWEGAYCETNIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GGKFTCDCNKGFTGTYCHENINDCESNPCRNGGTCIDGVNSYKCICSDGWEGAYCETNIN
460 470 480 490 500 510
670 680 690 700 710 720
pF1KE6 DCSQNPCHNGGTCRDLVNDFYCDCKNGWKGKTCHSRDSQCDEATCNNGGTCYDEGDAFKC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DCSQNPCHNGGTCRDLVNDFYCDCKNGWKGKTCHSRDSQCDEATCNNGGTCYDEGDAFKC
520 530 540 550 560 570
730 740 750 760 770 780
pF1KE6 MCPGGWEGTTCNIARNSSCLPNPCHNGGTCVVNGESFTCVCKEGWEGPICAQNTNDCSPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MCPGGWEGTTCNIARNSSCLPNPCHNGGTCVVNGESFTCVCKEGWEGPICAQNTNDCSPH
580 590 600 610 620 630
790 800 810 820 830 840
pF1KE6 PCYNSGTCVDGDNWYRCECAPGFAGPDCRININECQSSPCAFGATCVDEINGYRCVCPPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PCYNSGTCVDGDNWYRCECAPGFAGPDCRININECQSSPCAFGATCVDEINGYRCVCPPG
640 650 660 670 680 690
850 860 870 880 890 900
pF1KE6 HSGAKCQEVSGRPCITMGSVIPDGAKWDDDCNTCQCLNGRIACSKVWCGPRPCLLHKGHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HSGAKCQEVSGRPCITMGSVIPDGAKWDDDCNTCQCLNGRIACSKVWCGPRPCLLHKGHS
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XP_016 SLNRMEYIV
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