FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6731, 1386 aa
1>>>pF1KE6731 1386 - 1386 aa - 1386 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.9188+/-0.000503; mu= -21.0369+/- 0.031
mean_var=708.0598+/-144.927, 0's: 0 Z-trim(123.6): 420 B-trim: 0 in 0/60
Lambda= 0.048199
statistics sampled from 43119 (43588) to 43119 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.771), E-opt: 0.2 (0.511), width: 16
Scan time: 18.390
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_071765 (OMIM: 607313,608630) roundabout homolog (1386) 9556 681.1 1.5e-194
XP_016873611 (OMIM: 607313,608630) PREDICTED: roun (1364) 9234 658.7 8.1e-188
XP_016862478 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1534) 3437 255.7 2e-66
XP_011532283 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1597) 3437 255.7 2e-66
XP_016862483 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1445) 3430 255.2 2.6e-66
XP_011532286 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1447) 3430 255.2 2.6e-66
XP_016862489 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1420) 3429 255.1 2.7e-66
XP_016862477 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1536) 3430 255.2 2.8e-66
XP_011532285 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1538) 3430 255.2 2.8e-66
XP_016862475 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1576) 3429 255.1 2.9e-66
XP_016862484 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1442) 3425 254.8 3.4e-66
XP_016862486 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1438) 3423 254.7 3.7e-66
XP_016862485 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1440) 3423 254.7 3.7e-66
XP_016862488 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1422) 3422 254.6 3.8e-66
XP_016862487 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1424) 3422 254.6 3.8e-66
XP_016862479 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1531) 3423 254.7 3.9e-66
XP_016862492 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1401) 3383 251.9 2.5e-65
NP_001122401 (OMIM: 602431,610878) roundabout homo (1394) 3376 251.4 3.5e-65
NP_002933 (OMIM: 602431,610878) roundabout homolog (1378) 3375 251.3 3.6e-65
XP_016862482 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1469) 3375 251.3 3.8e-65
XP_016862476 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1554) 3372 251.2 4.6e-65
XP_016862490 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1403) 3364 250.6 6.2e-65
XP_011532287 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1405) 3364 250.6 6.2e-65
XP_016862480 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1496) 3364 250.6 6.5e-65
XP_011532284 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1557) 3364 250.6 6.7e-65
XP_016862491 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1402) 3361 250.4 7.2e-65
XP_016862494 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1396) 3357 250.1 8.7e-65
XP_016862493 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1398) 3357 250.1 8.7e-65
NP_001276968 (OMIM: 602431,610878) roundabout homo (1382) 3356 250.0 9.1e-65
XP_016862481 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1489) 3357 250.1 9.1e-65
NP_001276969 (OMIM: 602431,610878) roundabout homo (1443) 3356 250.0 9.3e-65
XP_016862495 (OMIM: 602431,610878) PREDICTED: roun (1379) 3353 249.8 1e-64
XP_011532282 (OMIM: 602430) PREDICTED: roundabout (1590) 3223 240.8 6.1e-62
NP_001139317 (OMIM: 602430) roundabout homolog 1 i (1551) 3222 240.7 6.3e-62
XP_011532280 (OMIM: 602430) PREDICTED: roundabout (1645) 3218 240.5 7.9e-62
NP_598334 (OMIM: 602430) roundabout homolog 1 isof (1606) 3217 240.4 8.2e-62
XP_016862473 (OMIM: 602430) PREDICTED: roundabout (1596) 3213 240.1 9.9e-62
NP_002932 (OMIM: 602430) roundabout homolog 1 isof (1651) 3194 238.8 2.5e-61
XP_016862472 (OMIM: 602430) PREDICTED: roundabout (1612) 3193 238.7 2.6e-61
XP_011532281 (OMIM: 602430) PREDICTED: roundabout (1599) 3172 237.3 7.1e-61
XP_016862471 (OMIM: 602430) PREDICTED: roundabout (1626) 3166 236.9 9.7e-61
XP_011532278 (OMIM: 602430) PREDICTED: roundabout (1654) 3162 236.6 1.2e-60
XP_011532279 (OMIM: 602430) PREDICTED: roundabout (1654) 3162 236.6 1.2e-60
XP_006713340 (OMIM: 602430) PREDICTED: roundabout (1615) 3161 236.5 1.2e-60
XP_016862474 (OMIM: 602430) PREDICTED: roundabout (1535) 2859 215.5 2.5e-54
NP_001276994 (OMIM: 602431,610878) roundabout homo ( 785) 967 83.6 6.1e-15
XP_011541220 (OMIM: 611782) PREDICTED: Down syndro (1977) 663 62.9 2.8e-08
XP_011541219 (OMIM: 611782) PREDICTED: Down syndro (2065) 663 62.9 2.8e-08
NP_065744 (OMIM: 611782) Down syndrome cell adhesi (2113) 663 62.9 2.9e-08
XP_011508343 (OMIM: 603075,608548) PREDICTED: hemi (3132) 658 62.7 4.9e-08
>>NP_071765 (OMIM: 607313,608630) roundabout homolog 3 p (1386 aa)
initn: 9556 init1: 9556 opt: 9556 Z-score: 3613.8 bits: 681.1 E(85289): 1.5e-194
Smith-Waterman score: 9556; 100.0% identity (100.0% similar) in 1386 aa overlap (1-1386:1-1386)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MLRYLLKTLLQMNLFADSLAGDISNSSELLLGFNSSLAALNHTLLPPGDPSLNGSRVGPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 MLRYLLKTLLQMNLFADSLAGDISNSSELLLGFNSSLAALNHTLLPPGDPSLNGSRVGPE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 DAMPRIVEQPPDLLVSRGEPATLPCRAEGRPRPNIEWYKNGARVATVREDPRAHRLLLPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 DAMPRIVEQPPDLLVSRGEPATLPCRAEGRPRPNIEWYKNGARVATVREDPRAHRLLLPS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 GALFFPRIVHGRRARPDEGVYTCVARNYLGAAASRNASLEVAVLRDDFRQSPGNVVVAVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 GALFFPRIVHGRRARPDEGVYTCVARNYLGAAASRNASLEVAVLRDDFRQSPGNVVVAVG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 EPAVLECVPPRGHPEPSVSWRKDGARLKEEEGRITIRGGKLMMSHTLKSDAGMYVCVASN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 EPAVLECVPPRGHPEPSVSWRKDGARLKEEEGRITIRGGKLMMSHTLKSDAGMYVCVASN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 MAGERESAAAEVMVLERPSFLRRPVNQVVLADAPVTFLCEVKGDPPPRLRWRKEDGELPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 MAGERESAAAEVMVLERPSFLRRPVNQVVLADAPVTFLCEVKGDPPPRLRWRKEDGELPT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 GRYEIRSDHSLWIGHVSAEDEGTYTCVAENSVGRAEASGSLSVHVPPQLVTQPQDQMAAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 GRYEIRSDHSLWIGHVSAEDEGTYTCVAENSVGRAEASGSLSVHVPPQLVTQPQDQMAAP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 GESVAFQCETKGNPPPAIFWQKEGSQVLLFPSQSLQPTGRFSVSPRGQLNITAVQRGDAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 GESVAFQCETKGNPPPAIFWQKEGSQVLLFPSQSLQPTGRFSVSPRGQLNITAVQRGDAG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 YYVCQAVSVAGSILAKALLEIKGASLDGLPPVILQGPANQTLVLGSSVWLPCRVTGNPQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 YYVCQAVSVAGSILAKALLEIKGASLDGLPPVILQGPANQTLVLGSSVWLPCRVTGNPQP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 SVRWKKDGQWLQGDDLQFKTMANGTLYIANVQEMDMGFYSCVAKSSTGEATWSGWLKMRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 SVRWKKDGQWLQGDDLQFKTMANGTLYIANVQEMDMGFYSCVAKSSTGEATWSGWLKMRE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 DWGVSPDPPTEPSSPPGAPSQPVVTEITKNSITLTWKPNPQTGAAVTSYVIEAFSPAAGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 DWGVSPDPPTEPSSPPGAPSQPVVTEITKNSITLTWKPNPQTGAAVTSYVIEAFSPAAGN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE6 TWRTVADGVQLETHTVSGLQPNTIYLFLVRAVGAWGLSEPSPVSEPVRTQDSSPSRPVED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 TWRTVADGVQLETHTVSGLQPNTIYLFLVRAVGAWGLSEPSPVSEPVRTQDSSPSRPVED
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE6 PWRGQQGLAEVAVRLQEPIVLGPRTLQVSWTVDGPVQLVQGFRVSWRVAGPEGGSWTMLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 PWRGQQGLAEVAVRLQEPIVLGPRTLQVSWTVDGPVQLVQGFRVSWRVAGPEGGSWTMLD
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE6 LQSPSQQSTVLRGLPPGTQIQIKVQAQGQEGLGAESLSVTRSIPEEAPSGPPQGVAVALG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 LQSPSQQSTVLRGLPPGTQIQIKVQAQGQEGLGAESLSVTRSIPEEAPSGPPQGVAVALG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE6 GDGNSSITVSWEPPLPSQQNGVITEYQIWCLGNESRFHLNRSAAGWARSAMLRGLVPGLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 GDGNSSITVSWEPPLPSQQNGVITEYQIWCLGNESRFHLNRSAAGWARSAMLRGLVPGLL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE6 YRTLVAAATSAGVGVPSAPVLVQLPSPPDLEPGLEVGAGLAVRLARVLREPAFLAGSGAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 YRTLVAAATSAGVGVPSAPVLVQLPSPPDLEPGLEVGAGLAVRLARVLREPAFLAGSGAA
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE6 CGALLLGLCAALYWRRKQRKELSHYTASFAYTPAVSFPHSEGLSGASSRPPMGLGPAPYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 CGALLLGLCAALYWRRKQRKELSHYTASFAYTPAVSFPHSEGLSGASSRPPMGLGPAPYS
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE6 WLADSWPHPSRSPSAQEPRGSCCPSNPDPDDRYYNEAGISLYLAQTARGTAAPGEGPVYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 WLADSWPHPSRSPSAQEPRGSCCPSNPDPDDRYYNEAGISLYLAQTARGTAAPGEGPVYS
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE6 TIDPAGEELQTFHGGFPQHPSGDLGPWSQYAPPEWSQGDSGAKGGKVKLLGKPVQMPSLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 TIDPAGEELQTFHGGFPQHPSGDLGPWSQYAPPEWSQGDSGAKGGKVKLLGKPVQMPSLN
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE6 WPEALPPPPPSCELSCLEGPEEELEGSSEPEEWCPPMPERSHLTEPSSSGGCLVTPSRRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 WPEALPPPPPSCELSCLEGPEEELEGSSEPEEWCPPMPERSHLTEPSSSGGCLVTPSRRE
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KE6 TPSPTPSYGQQSTATLTPSPPDPPQPPTDMPHLHQMPRRVPLGPSSPLSVSQPMLGIREA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 TPSPTPSYGQQSTATLTPSPPDPPQPPTDMPHLHQMPRRVPLGPSSPLSVSQPMLGIREA
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KE6 RPAGLGAGPAASPHLSPSPAPSTASSAPGRTWQGNGEMTPPLQGPRARFRKKPKALPYRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 RPAGLGAGPAASPHLSPSPAPSTASSAPGRTWQGNGEMTPPLQGPRARFRKKPKALPYRR
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KE6 ENSPGDLPPPPLPPPEEEASWALELRAAGSMSSLERERSGERKAVQAVPLAAQRVLHPDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 ENSPGDLPPPPLPPPEEEASWALELRAAGSMSSLERERSGERKAVQAVPLAAQRVLHPDE
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KE6 EAWLPYSRPSFLSRGQGTSTCSTAGSNSSRGSSSSRGSRGPGRSRSRSQSRSQSQRPGQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 EAWLPYSRPSFLSRGQGTSTCSTAGSNSSRGSSSSRGSRGPGRSRSRSQSRSQSQRPGQK
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KE6 RREEPR
::::::
NP_071 RREEPR
>>XP_016873611 (OMIM: 607313,608630) PREDICTED: roundabo (1364 aa)
initn: 9224 init1: 9224 opt: 9234 Z-score: 3492.9 bits: 658.7 E(85289): 8.1e-188
Smith-Waterman score: 9234; 99.2% identity (99.2% similar) in 1350 aa overlap (37-1386:22-1364)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 KTLLQMNLFADSLAGDISNSSELLLGFNSSLAALNHTLLPPGDPSLNGSRVGPEDAMPRI
: :: : : : :::::::::::::
XP_016 MERPEDSLSLWSLNLSPQFPCLNALRHPLSP-------GSRVGPEDAMPRI
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 VEQPPDLLVSRGEPATLPCRAEGRPRPNIEWYKNGARVATVREDPRAHRLLLPSGALFFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VEQPPDLLVSRGEPATLPCRAEGRPRPNIEWYKNGARVATVREDPRAHRLLLPSGALFFP
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 RIVHGRRARPDEGVYTCVARNYLGAAASRNASLEVAVLRDDFRQSPGNVVVAVGEPAVLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RIVHGRRARPDEGVYTCVARNYLGAAASRNASLEVAVLRDDFRQSPGNVVVAVGEPAVLE
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 CVPPRGHPEPSVSWRKDGARLKEEEGRITIRGGKLMMSHTLKSDAGMYVCVASNMAGERE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CVPPRGHPEPSVSWRKDGARLKEEEGRITIRGGKLMMSHTLKSDAGMYVCVASNMAGERE
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 SAAAEVMVLERPSFLRRPVNQVVLADAPVTFLCEVKGDPPPRLRWRKEDGELPTGRYEIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SAAAEVMVLERPSFLRRPVNQVVLADAPVTFLCEVKGDPPPRLRWRKEDGELPTGRYEIR
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 SDHSLWIGHVSAEDEGTYTCVAENSVGRAEASGSLSVHVPPQLVTQPQDQMAAPGESVAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SDHSLWIGHVSAEDEGTYTCVAENSVGRAEASGSLSVHVPPQLVTQPQDQMAAPGESVAF
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 QCETKGNPPPAIFWQKEGSQVLLFPSQSLQPTGRFSVSPRGQLNITAVQRGDAGYYVCQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QCETKGNPPPAIFWQKEGSQVLLFPSQSLQPTGRFSVSPRGQLNITAVQRGDAGYYVCQA
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 VSVAGSILAKALLEIKGASLDGLPPVILQGPANQTLVLGSSVWLPCRVTGNPQPSVRWKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VSVAGSILAKALLEIKGASLDGLPPVILQGPANQTLVLGSSVWLPCRVTGNPQPSVRWKK
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 DGQWLQGDDLQFKTMANGTLYIANVQEMDMGFYSCVAKSSTGEATWSGWLKMREDWGVSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DGQWLQGDDLQFKTMANGTLYIANVQEMDMGFYSCVAKSSTGEATWSGWLKMREDWGVSP
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 DPPTEPSSPPGAPSQPVVTEITKNSITLTWKPNPQTGAAVTSYVIEAFSPAAGNTWRTVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DPPTEPSSPPGAPSQPVVTEITKNSITLTWKPNPQTGAAVTSYVIEAFSPAAGNTWRTVA
530 540 550 560 570 580
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XP_016 DGVQLETHTVSGLQPNTIYLFLVRAVGAWGLSEPSPVSEPVRTQDSSPSRPVEDPWRGQQ
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. . ..:. .... .. :.: :: :
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.:: . . .: .. ::::: :. :: . :. :.. . . ::::.: ..
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.: . .. . : : . ::. :.:::::::::::: . :: . :: .
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. : . : : ::. :: ... :. : : :
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: . :. :.. . . :. :: ::.: ::..::::.::.:.:. ...:.:::::
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...:.:.:::. :. .:: ::.:::::::.:::.. :::.:::.:.:::::: ::
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: . :. :..: :::..:.:: : :.::.:::: :..::.:: .: ..: ..
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.:: :: . :...:.:: .: :. .:::. .: : .: : : :::::.:::
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.:.: :. :: ::.:::.:: :..:::.: ::.:::::::.:::.:... . ::...
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: . .....:. :.: .: :::: .:::.::: : : .:.
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]