Result of FASTA (omim) for
pFN21AE6701
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6701, 641 aa
1>>>pF1KE6701 641 - 641 aa - 641 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6763+/-0.000438; mu= 16.9244+/- 0.027
mean_var=66.1221+/-13.199, 0's: 0 Z-trim(109.5): 87 B-trim: 118 in 1/49
Lambda= 0.157725
statistics sampled from 17659 (17747) to 17659 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.563), E-opt: 0.2 (0.208), width: 16
Scan time: 5.420
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055104 (OMIM: 300146) calpain-6 [Homo sapiens] ( 641) 4397 1010.1 0
NP_004046 (OMIM: 193235,602537) calpain-5 [Homo sa ( 640) 2070 480.6 7.5e-135
XP_016873712 (OMIM: 193235,602537) PREDICTED: calp ( 676) 2070 480.6 7.9e-135
XP_011543527 (OMIM: 193235,602537) PREDICTED: calp ( 680) 2070 480.6 8e-135
NP_775110 (OMIM: 114240,253600) calpain-3 isoform ( 729) 723 174.1 1.6e-42
NP_005177 (OMIM: 114220,616907) calpain-1 catalyti ( 714) 664 160.7 1.7e-38
XP_006718761 (OMIM: 114220,616907) PREDICTED: calp ( 714) 664 160.7 1.7e-38
XP_011543594 (OMIM: 114220,616907) PREDICTED: calp ( 714) 664 160.7 1.7e-38
NP_001185797 (OMIM: 114220,616907) calpain-1 catal ( 714) 664 160.7 1.7e-38
NP_001185798 (OMIM: 114220,616907) calpain-1 catal ( 714) 664 160.7 1.7e-38
NP_001739 (OMIM: 114230) calpain-2 catalytic subun ( 700) 658 159.3 4.3e-38
XP_006715050 (OMIM: 604822) PREDICTED: calpain-11 ( 650) 634 153.8 1.8e-36
XP_006715048 (OMIM: 604822) PREDICTED: calpain-11 ( 724) 634 153.8 1.9e-36
NP_008989 (OMIM: 604822) calpain-11 [Homo sapiens] ( 739) 634 153.8 2e-36
XP_006715047 (OMIM: 604822) PREDICTED: calpain-11 ( 740) 634 153.8 2e-36
XP_011512577 (OMIM: 604822) PREDICTED: calpain-11 ( 743) 634 153.8 2e-36
XP_011512576 (OMIM: 604822) PREDICTED: calpain-11 ( 744) 634 153.8 2e-36
XP_011542588 (OMIM: 114230) PREDICTED: calpain-2 c ( 447) 627 152.2 3.8e-36
NP_057536 (OMIM: 606401) calpain-9 isoform 2 [Homo ( 664) 627 152.2 5.4e-36
NP_006606 (OMIM: 606401) calpain-9 isoform 1 [Homo ( 690) 627 152.2 5.6e-36
XP_011542320 (OMIM: 606401) PREDICTED: calpain-9 i ( 695) 627 152.2 5.7e-36
XP_011542319 (OMIM: 606401) PREDICTED: calpain-9 i ( 721) 627 152.2 5.9e-36
NP_077320 (OMIM: 114240,253600) calpain-3 isoform ( 815) 617 150.0 3.2e-35
NP_000061 (OMIM: 114240,253600) calpain-3 isoform ( 821) 617 150.0 3.2e-35
NP_001139540 (OMIM: 114230) calpain-2 catalytic su ( 622) 549 134.5 1.1e-30
XP_016855587 (OMIM: 606401) PREDICTED: calpain-9 i ( 693) 546 133.8 2e-30
XP_016855588 (OMIM: 606401) PREDICTED: calpain-9 i ( 495) 527 129.4 3e-29
XP_011542322 (OMIM: 606401) PREDICTED: calpain-9 i ( 526) 527 129.4 3.1e-29
XP_016881854 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 503) 478 118.3 6.8e-26
XP_016881852 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 565) 478 118.3 7.6e-26
XP_016881851 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 590) 478 118.3 7.9e-26
XP_016881850 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 604) 478 118.3 8e-26
XP_016881849 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 652) 478 118.3 8.6e-26
XP_016881848 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 676) 478 118.3 8.9e-26
XP_016881847 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 698) 478 118.3 9.1e-26
XP_016881846 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 699) 478 118.3 9.2e-26
XP_016881845 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 702) 478 118.3 9.2e-26
NP_653292 (OMIM: 608839) calpain-12 [Homo sapiens] ( 719) 478 118.3 9.4e-26
XP_016881844 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 723) 478 118.3 9.4e-26
XP_011531465 (OMIM: 610228) PREDICTED: calpain-13 ( 433) 472 116.9 1.5e-25
XP_016860755 (OMIM: 610228) PREDICTED: calpain-13 ( 665) 472 117.0 2.3e-25
XP_016860753 (OMIM: 610228) PREDICTED: calpain-13 ( 669) 472 117.0 2.3e-25
XP_016860754 (OMIM: 610228) PREDICTED: calpain-13 ( 669) 472 117.0 2.3e-25
XP_011531461 (OMIM: 610228) PREDICTED: calpain-13 ( 669) 472 117.0 2.3e-25
XP_011531463 (OMIM: 610228) PREDICTED: calpain-13 ( 669) 472 117.0 2.3e-25
XP_011531462 (OMIM: 610228) PREDICTED: calpain-13 ( 669) 472 117.0 2.3e-25
NP_653176 (OMIM: 610228) calpain-13 [Homo sapiens] ( 669) 472 117.0 2.3e-25
XP_011531166 (OMIM: 610229) PREDICTED: calpain-14 ( 684) 447 111.3 1.2e-23
XP_011531167 (OMIM: 610229) PREDICTED: calpain-14 ( 684) 447 111.3 1.2e-23
XP_011531165 (OMIM: 610229) PREDICTED: calpain-14 ( 684) 447 111.3 1.2e-23
>>NP_055104 (OMIM: 300146) calpain-6 [Homo sapiens] (641 aa)
initn: 4397 init1: 4397 opt: 4397 Z-score: 5403.6 bits: 1010.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4397; 100.0% identity (100.0% similar) in 641 aa overlap (1-641:1-641)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MGPPLKLFKNQKYQELKQECIKDSRLFCDPTFLPENDSLFYNRLLPGKVVWKRPQDICDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MGPPLKLFKNQKYQELKQECIKDSRLFCDPTFLPENDSLFYNRLLPGKVVWKRPQDICDD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 PHLIVGNISNHQLTQGRLGHKPMVSAFSCLAVQESHWTKTIPNHKEQEWDPQKTEKYAGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PHLIVGNISNHQLTQGRLGHKPMVSAFSCLAVQESHWTKTIPNHKEQEWDPQKTEKYAGI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 FHFRFWHFGEWTEVVIDDLLPTINGDLVFSFSTSMNEFWNALLEKAYAKLLGCYEALDGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FHFRFWHFGEWTEVVIDDLLPTINGDLVFSFSTSMNEFWNALLEKAYAKLLGCYEALDGL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 TITDIIVDFTGTLAETVDMQKGRYTELVEEKYKLFGELYKTFTKGGLICCSIESPNQEEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TITDIIVDFTGTLAETVDMQKGRYTELVEEKYKLFGELYKTFTKGGLICCSIESPNQEEQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 EVETDWGLLKGHTYTMTDIRKIRLGERLVEVFSAEKVYMVRLRNPLGRQEWSGPWSEISE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EVETDWGLLKGHTYTMTDIRKIRLGERLVEVFSAEKVYMVRLRNPLGRQEWSGPWSEISE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 EWQQLTASDRKNLGLVMSDDGEFWMSLEDFCRNFHKLNVCRNVNNPIFGRKELESVLGCW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EWQQLTASDRKNLGLVMSDDGEFWMSLEDFCRNFHKLNVCRNVNNPIFGRKELESVLGCW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 TVDDDPLMNRSGGCYNNRDTFLQNPQYIFTVPEDGHKVIMSLQQKDLRTYRRMGRPDNYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TVDDDPLMNRSGGCYNNRDTFLQNPQYIFTVPEDGHKVIMSLQQKDLRTYRRMGRPDNYI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 IGFELFKVEMNRKFRLHHLYIQERAGTSTYIDTRTVFLSKYLKKGNYVLVPTMFQHGRTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 IGFELFKVEMNRKFRLHHLYIQERAGTSTYIDTRTVFLSKYLKKGNYVLVPTMFQHGRTS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 EFLLRIFSEVPVQLRELTLDMPKMSCWNLARGYPKVVTQITVHSAEDLEKKYANETVNPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EFLLRIFSEVPVQLRELTLDMPKMSCWNLARGYPKVVTQITVHSAEDLEKKYANETVNPY
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 LVIKCGKEEVRSPVQKNTVHAIFDTQAIFYRRTTDIPIIVQVWNSRKFCDQFLGQVTLDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LVIKCGKEEVRSPVQKNTVHAIFDTQAIFYRRTTDIPIIVQVWNSRKFCDQFLGQVTLDA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640
pF1KE6 DPSDCRDLKSLYLRKKGGPTAKVKQGHISFKVISSDDLTEL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 DPSDCRDLKSLYLRKKGGPTAKVKQGHISFKVISSDDLTEL
610 620 630 640
>>NP_004046 (OMIM: 193235,602537) calpain-5 [Homo sapien (640 aa)
initn: 2007 init1: 1187 opt: 2070 Z-score: 2542.0 bits: 480.6 E(85289): 7.5e-135
Smith-Waterman score: 2070; 47.0% identity (75.0% similar) in 640 aa overlap (5-638:5-637)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MGPPLKLFKNQKYQELKQECIKDSRLFCDPTFLPENDSLFYNRLLPGKVV-WKRPQDICD
.: ...:.:. :...: . . :: :: : .:::.: . :: .: ::::. ::.
NP_004 MFSCVKPYEDQNYSALRRDCRRRKVLFEDPLFPATDDSLYY-KGTPGPAVRWKRPKGICE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 DPHLIVGNISNHQLTQGRLGHKPMVSAFSCLAVQESHWTKTIPNHKEQEWDPQKTEKYAG
::.:.: .::.:.: ::..:. .:.: : :: .:: : :.::. :::::::.: . :::
NP_004 DPRLFVDGISSHDLHQGQVGNCWFVAACSSLASRESLWQKVIPDWKEQEWDPEKPNAYAG
60 70 80 90 100 110
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pF1KE6 IFHFRFWHFGEWTEVVIDDLLPTINGDLVFSFSTSMNEFWNALLEKAYAKLLGCYEALDG
::::.::.::::..::::: :::.:..:.. :.: :::: ::.::::::: :::.::::
NP_004 IFHFHFWRFGEWVDVVIDDRLPTVNNQLIYCHSNSRNEFWCALVEKAYAKLAGCYQALDG
120 130 140 150 160 170
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pF1KE6 LTITDIIVDFTGTLAETVDMQKGRYTELVEEKYKLFGELYKTFTKGGLICCSIESPNQEE
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NP_004 GNTADALVDFTGGVSEPIDLTEGDFANDETKRNQLFERMLKVHSRGGLISASIKAVTAAD
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 QEVETDWGLLKGHTYTMTDIRKIRLGERLVEVFSAEKVYMVRLRNPLGRQEWSGPWSEIS
.:.. ::.:::.:..::.::.:::. :. :..::. :.::::: :..::.::::. :
NP_004 MEARLACGLVKGHAYAVTDVRKVRLGHGLLAFFKSEKLDMIRLRNPWGEREWNGPWSDTS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 EEWQQLTASDRKNLGLVMSDDGEFWMSLEDFCRNFHKLNVCRNVNNP---IFGRKELESV
::::... :.:...:....:::::::..:: :: : . :: .:. : : .
NP_004 EEWQKVSKSEREKMGVTVQDDGEFWMTFEDVCRYFTDIIKCRVINTSHLSIHKTWEEARL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 LGCWTVDDDPLMNRSGGCYNNRDTFLQNPQYIFTV--PEDGHKVIMSLQQKDLRTYRRMG
: ::. .:: .::.::: :..:::.::::::: : ::: .:.. .::. :. :: :
NP_004 HGAWTLHEDPRQNRGGGCINHKDTFFQNPQYIFEVKKPED--EVLICIQQRPKRSTRREG
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 RPDNYIIGFELFKVEMNRKFRLHHLYIQERAGTSTYIDTRTVFLSKYLKKGNYVLVPTMF
. .: :::...::: ::..:.: : :..:..: ::..:.::: .: ::..:: :
NP_004 KGENLAIGFDIYKVEENRQYRMHSL--QHKAASSIYINSRSVFLRTDQPEGRYVIIPTTF
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 QHGRTSEFLLRIFSEVPVQLRELTLDMPKMSCWNLARGYPKVVTQITVHSAEDLEKKYAN
. :.:.:::::.:..:: . ::: :: : .::. :::..:::. : .: : : .
NP_004 EPGHTGEFLLRVFTDVPSNCRELRLDEPPHTCWSSLCGYPQLVTQVHVLGAAGL--KDSP
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE6 ETVNPYLVIKCGKEEVRSPVQKNTVHAIFDTQAIFYRRTTDIPIIVQVWNSRKFCDQFLG
.: :..::: ..::: :::.: .....::::. . :: ::::: : . :.:::
NP_004 TGANSYVIIKCEGDKVRSAVQKGTSTPEYNVKGIFYRKKLSQPITVQVWNHRVLKDEFLG
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640
pF1KE6 QVTLDADPSDCRDLKSLYLRKKGGPTAKVKQGHISFKVISSDDLTEL
:: : :::.. . :..:.:: ... . : .. ...:: .:
NP_004 QVHLKADPDNLQALHTLHLRDRNSRQPSNLPGTVAVHILSSTSLMAV
600 610 620 630 640
>>XP_016873712 (OMIM: 193235,602537) PREDICTED: calpain- (676 aa)
initn: 2007 init1: 1187 opt: 2070 Z-score: 2541.6 bits: 480.6 E(85289): 7.9e-135
Smith-Waterman score: 2070; 47.0% identity (75.0% similar) in 640 aa overlap (5-638:41-673)
10 20 30
pF1KE6 MGPPLKLFKNQKYQELKQECIKDSRLFCDPTFLP
.: ...:.:. :...: . . :: :: :
XP_016 CFAPRWPQSPHLRTGVPPPLPGAAATMFSCVKPYEDQNYSALRRDCRRRKVLFEDPLFPA
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 ENDSLFYNRLLPGKVV-WKRPQDICDDPHLIVGNISNHQLTQGRLGHKPMVSAFSCLAVQ
.:::.: . :: .: ::::. ::.::.:.: .::.:.: ::..:. .:.: : :: .
XP_016 TDDSLYY-KGTPGPAVRWKRPKGICEDPRLFVDGISSHDLHQGQVGNCWFVAACSSLASR
80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 ESHWTKTIPNHKEQEWDPQKTEKYAGIFHFRFWHFGEWTEVVIDDLLPTINGDLVFSFST
:: : :.::. :::::::.: . :::::::.::.::::..::::: :::.:..:.. :.
XP_016 ESLWQKVIPDWKEQEWDPEKPNAYAGIFHFHFWRFGEWVDVVIDDRLPTVNNQLIYCHSN
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 SMNEFWNALLEKAYAKLLGCYEALDGLTITDIIVDFTGTLAETVDMQKGRYTELVEEKYK
: :::: ::.::::::: :::.:::: . .: .::::: ..: .:. .: ... .. .
XP_016 SRNEFWCALVEKAYAKLAGCYQALDGGNTADALVDFTGGVSEPIDLTEGDFANDETKRNQ
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE6 LFGELYKTFTKGGLICCSIESPNQEEQEVETDWGLLKGHTYTMTDIRKIRLGERLVEVFS
:: .. :. ..:::: ::.. . ..:.. ::.:::.:..::.::.:::. :. :.
XP_016 LFERMLKVHSRGGLISASIKAVTAADMEARLACGLVKGHAYAVTDVRKVRLGHGLLAFFK
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE6 AEKVYMVRLRNPLGRQEWSGPWSEISEEWQQLTASDRKNLGLVMSDDGEFWMSLEDFCRN
.::. :.::::: :..::.::::. :::::... :.:...:....:::::::..:: ::
XP_016 SEKLDMIRLRNPWGEREWNGPWSDTSEEWQKVSKSEREKMGVTVQDDGEFWMTFEDVCRY
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE6 FHKLNVCRNVNNP---IFGRKELESVLGCWTVDDDPLMNRSGGCYNNRDTFLQNPQYIFT
: . :: .:. : : . : ::. .:: .::.::: :..:::.:::::::
XP_016 FTDIIKCRVINTSHLSIHKTWEEARLHGAWTLHEDPRQNRGGGCINHKDTFFQNPQYIFE
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440
pF1KE6 V--PEDGHKVIMSLQQKDLRTYRRMGRPDNYIIGFELFKVEMNRKFRLHHLYIQERAGTS
: ::: .:.. .::. :. :: :. .: :::...::: ::..:.: : :..:..:
XP_016 VKKPED--EVLICIQQRPKRSTRREGKGENLAIGFDIYKVEENRQYRMHSL--QHKAASS
430 440 450 460 470 480
450 460 470 480 490 500
pF1KE6 TYIDTRTVFLSKYLKKGNYVLVPTMFQHGRTSEFLLRIFSEVPVQLRELTLDMPKMSCWN
::..:.::: .: ::..:: :. :.:.:::::.:..:: . ::: :: : .::.
XP_016 IYINSRSVFLRTDQPEGRYVIIPTTFEPGHTGEFLLRVFTDVPSNCRELRLDEPPHTCWS
490 500 510 520 530 540
510 520 530 540 550 560
pF1KE6 LARGYPKVVTQITVHSAEDLEKKYANETVNPYLVIKCGKEEVRSPVQKNTVHAIFDTQAI
:::..:::. : .: : : . .: :..::: ..::: :::.: .....:
XP_016 SLCGYPQLVTQVHVLGAAGL--KDSPTGANSYVIIKCEGDKVRSAVQKGTSTPEYNVKGI
550 560 570 580 590 600
570 580 590 600 610 620
pF1KE6 FYRRTTDIPIIVQVWNSRKFCDQFLGQVTLDADPSDCRDLKSLYLRKKGGPTAKVKQGHI
:::. . :: ::::: : . :.::::: : :::.. . :..:.:: ... . : .
XP_016 FYRKKLSQPITVQVWNHRVLKDEFLGQVHLKADPDNLQALHTLHLRDRNSRQPSNLPGTV
610 620 630 640 650 660
630 640
pF1KE6 SFKVISSDDLTEL
. ...:: .:
XP_016 AVHILSSTSLMAV
670
>>XP_011543527 (OMIM: 193235,602537) PREDICTED: calpain- (680 aa)
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10 20 30
pF1KE6 MGPPLKLFKNQKYQELKQECIKDSRLFCDPTFLP
.: ...:.:. :...: . . :: :: :
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40 50 60 70 80 90
pF1KE6 ENDSLFYNRLLPGKVV-WKRPQDICDDPHLIVGNISNHQLTQGRLGHKPMVSAFSCLAVQ
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XP_011 TDDSLYY-KGTPGPAVRWKRPKGICEDPRLFVDGISSHDLHQGQVGNCWFVAACSSLASR
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:: : :.::. :::::::.: . :::::::.::.::::..::::: :::.:..:.. :.
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160 170 180 190 200 210
pF1KE6 SMNEFWNALLEKAYAKLLGCYEALDGLTITDIIVDFTGTLAETVDMQKGRYTELVEEKYK
: :::: ::.::::::: :::.:::: . .: .::::: ..: .:. .: ... .. .
XP_011 SRNEFWCALVEKAYAKLAGCYQALDGGNTADALVDFTGGVSEPIDLTEGDFANDETKRNQ
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:: .. :. ..:::: ::.. . ..:.. ::.:::.:..::.::.:::. :. :.
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XP_011 VKKPED--EVLICIQQRPKRSTRREGKGENLAIGFDIYKVEENRQYRMHSL--QHKAASS
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XP_011 IYINSRSVFLRTDQPEGRYVIIPTTFEPGHTGEFLLRVFTDVPSNCRELRLDEPPHTCWS
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pF1KE6 LARGYPKVVTQITVHSAEDLEKKYANETVNPYLVIKCGKEEVRSPVQKNTVHAIFDTQAI
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XP_011 SLCGYPQLVTQVHVLGAAGL--KDSPTGANSYVIIKCEGDKVRSAVQKGTSTPEYNVKGI
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570 580 590 600 610 620
pF1KE6 FYRRTTDIPIIVQVWNSRKFCDQFLGQVTLDADPSDCRDLKSLYLRKKGGPTAKVKQGHI
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XP_011 FYRKKLSQPITVQVWNHRVLKDEFLGQVHLKADPDNLQALHTLHLRDRNSRQPSNLPGTV
610 620 630 640 650 660
630 640
pF1KE6 SFKVISSDDLTEL
. ...:: .:
XP_011 AVHILSSTSLMAV
670 680
>>NP_775110 (OMIM: 114240,253600) calpain-3 isoform c [H (729 aa)
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Smith-Waterman score: 1079; 36.6% identity (65.7% similar) in 505 aa overlap (4-489:52-528)
10 20 30
pF1KE6 MGPPLKLFKNQKYQELKQECIKDSRLFCDPTFL
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40 50 60 70 80 90
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:.. ::::.. .: . ::::: .::..:..:. . . .. ::.:: ...:..::...
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.. . :.. .:.:. :::.. . :.. ::..::.:..: . .. :.
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: ::..: :.. . .:.. :::. .. : .::: : ::: :::: .
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440 450 460 470 480 490
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>>NP_005177 (OMIM: 114220,616907) calpain-1 catalytic su (714 aa)
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10 20 30
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:: :. : :.. . :::: .. ..:..:: . . .. :: :: ...:.. :..
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.: : :: . .:. : : : :.::.::. :. .. ..:.::.:::
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. ::
NP_005 SAGTVELDDQIQANLPDEQVLSEEEIDENFKALFRQLAGEDMEISVKELRTILNRIISKH
520 530 540 550 560 570
>>XP_006718761 (OMIM: 114220,616907) PREDICTED: calpain- (714 aa)
initn: 810 init1: 340 opt: 664 Z-score: 812.1 bits: 160.7 E(85289): 1.7e-38
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10 20 30
pF1KE6 MGPPLKLFKNQKYQELKQECIKDSRLFCDPTFLPEND
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XP_006 NDTLLHRVVP-HGQSFQNG-----YAGIFHFQLWQFGEWVDVVVDDLLPIKDGKLVFVHS
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pF1KE6 TSMNEFWNALLEKAYAKLLGCYEALDGLTITDIIVDFTGTLAETVDMQKGRYTELVEEKY
. ::::.:::::::::. : ::::.: . .. . :::: ..: . :: .
XP_006 AEGNEFWSALLEKAYAKVNGSYEALSGGSTSEGFEDFTGGVTE--------WYELRKAPS
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:. . :.. .:.:. :::. . ..:. : :.:::.:..: ... .
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XP_006 RGQVVSLIRMRNPWGEVEWTGAWSDSSSEWNNVDPYERDQLRVKM-EDGEFWMSFRDFMR
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pF1KE6 NFHKLNVCRNVNNPIFGR--KELESVL--GCWTVDDDPLMNRSGGCYNNRDTFLQNPQYI
.: .:..: . . . .: .. ...: : : . .::: : :: :::.
XP_006 EFTRLEICNLTPDALKSRTIRKWNTTLYEGTWRRG-----STAGGCRNYPATFWVNPQFK
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. . :.: : . ...:.:: : ::.:: : ::: ...: :. .
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. ::
XP_006 SAGTVELDDQIQANLPDEQVLSEEEIDENFKALFRQLAGEDMEISVKELRTILNRIISKH
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>>XP_011543594 (OMIM: 114220,616907) PREDICTED: calpain- (714 aa)
initn: 810 init1: 340 opt: 664 Z-score: 812.1 bits: 160.7 E(85289): 1.7e-38
Smith-Waterman score: 948; 34.0% identity (61.7% similar) in 517 aa overlap (8-497:37-524)
10 20 30
pF1KE6 MGPPLKLFKNQKYQELKQECIKDSRLFCDPTFLPEND
. .: :..:. .:.... :: : .: : .
XP_011 TPVYCTGVSAQVQKQRARELGLGRHENAIKYLGQDYEQLRVRCLQSGTLFRDEAFPPVPQ
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pF1KE6 SLFYNRLLPGK-----VVWKRPQDICDDPHLIVGNISNHQLTQGRLGHKPMVSAFSCLAV
:: :. : :.. . :::: .. ..:..:: . . .. :: :: ...:.. :..
XP_011 SLGYKDLGPNSSKTYGIKWKRPTELLSNPQFIVDGATRTDICQGALGDCWLLAAIASLTL
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pF1KE6 TSMNEFWNALLEKAYAKLLGCYEALDGLTITDIIVDFTGTLAETVDMQKGRYTELVEEKY
. ::::.:::::::::. : ::::.: . .. . :::: ..: . :: .
XP_011 AEGNEFWSALLEKAYAKVNGSYEALSGGSTSEGFEDFTGGVTE--------WYELRKAPS
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XP_011 RGQVVSLIRMRNPWGEVEWTGAWSDSSSEWNNVDPYERDQLRVKM-EDGEFWMSFRDFMR
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pF1KE6 NFHKLNVCRNVNNPIFGR--KELESVL--GCWTVDDDPLMNRSGGCYNNRDTFLQNPQYI
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XP_011 EFTRLEICNLTPDALKSRTIRKWNTTLYEGTWRRG-----STAGGCRNYPATFWVNPQFK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]