Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6638
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6638, 237 aa
1>>>pF1KE6638 237 - 237 aa - 237 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0719+/-0.000853; mu= 15.3842+/- 0.051
mean_var=63.4242+/-12.671, 0's: 0 Z-trim(106.2): 27 B-trim: 138 in 1/47
Lambda= 0.161045
statistics sampled from 8833 (8860) to 8833 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.655), E-opt: 0.2 (0.272), width: 16
Scan time: 1.610
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41866.1 GALNT9 gene_id:50614|Hs108|chr12 ( 237) 1656 393.2 7.8e-110
CCDS81755.1 GALNT9 gene_id:50614|Hs108|chr12 ( 603) 1656 393.5 1.7e-109
CCDS5540.1 WBSCR17 gene_id:64409|Hs108|chr7 ( 598) 1038 249.9 2.8e-66
CCDS7807.1 GALNT18 gene_id:374378|Hs108|chr11 ( 607) 844 204.8 1e-52
CCDS8533.1 GALNT8 gene_id:26290|Hs108|chr12 ( 637) 757 184.6 1.3e-46
CCDS8813.1 GALNT6 gene_id:11226|Hs108|chr12 ( 622) 386 98.4 1.1e-20
CCDS55860.1 GALNT4 gene_id:100528030|Hs108|chr12 ( 575) 385 98.2 1.3e-20
CCDS53817.1 GALNT4 gene_id:8693|Hs108|chr12 ( 578) 385 98.2 1.3e-20
CCDS6737.1 GALNT12 gene_id:79695|Hs108|chr9 ( 581) 385 98.2 1.3e-20
CCDS2199.1 GALNT13 gene_id:114805|Hs108|chr2 ( 556) 367 94.0 2.2e-19
CCDS77472.1 GALNT13 gene_id:114805|Hs108|chr2 ( 561) 367 94.0 2.2e-19
CCDS11915.1 GALNT1 gene_id:2589|Hs108|chr18 ( 559) 363 93.0 4.2e-19
CCDS58705.1 GALNT14 gene_id:79623|Hs108|chr2 ( 532) 359 92.1 7.8e-19
CCDS1773.2 GALNT14 gene_id:79623|Hs108|chr2 ( 552) 359 92.1 8e-19
CCDS58706.1 GALNT14 gene_id:79623|Hs108|chr2 ( 557) 359 92.1 8.1e-19
CCDS1582.1 GALNT2 gene_id:2590|Hs108|chr1 ( 571) 343 88.4 1.1e-17
CCDS32107.1 GALNT16 gene_id:57452|Hs108|chr14 ( 558) 336 86.8 3.3e-17
CCDS2226.1 GALNT3 gene_id:2591|Hs108|chr2 ( 633) 332 85.9 6.9e-17
CCDS33711.1 GALNT15 gene_id:117248|Hs108|chr3 ( 639) 327 84.7 1.6e-16
CCDS2203.1 GALNT5 gene_id:11227|Hs108|chr2 ( 940) 304 79.5 8.7e-15
CCDS5930.1 GALNT11 gene_id:63917|Hs108|chr7 ( 608) 285 74.9 1.3e-13
CCDS3815.1 GALNT7 gene_id:51809|Hs108|chr4 ( 657) 279 73.6 3.6e-13
CCDS82742.1 GALNT15 gene_id:117248|Hs108|chr3 ( 617) 269 71.2 1.7e-12
CCDS5929.1 GALNTL5 gene_id:168391|Hs108|chr7 ( 443) 257 68.3 9.1e-12
CCDS34104.1 GALNTL6 gene_id:442117|Hs108|chr4 ( 601) 254 67.7 1.9e-11
>>CCDS41866.1 GALNT9 gene_id:50614|Hs108|chr12 (237 aa)
initn: 1656 init1: 1656 opt: 1656 Z-score: 2085.4 bits: 393.2 E(32554): 7.8e-110
Smith-Waterman score: 1656; 100.0% identity (100.0% similar) in 237 aa overlap (1-237:1-237)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MEVLPCSRVAHIERTRKPYNNDIDYYAKRNALRAAEVWMDDFKSHVYMAWNIPMSNPGVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MEVLPCSRVAHIERTRKPYNNDIDYYAKRNALRAAEVWMDDFKSHVYMAWNIPMSNPGVD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 FGDVSERLALRQRLKCRSFKWYLENVYPEMRVYNNTLTYGEVRNSKASAYCLDQGAEDGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FGDVSERLALRQRLKCRSFKWYLENVYPEMRVYNNTLTYGEVRNSKASAYCLDQGAEDGD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 RAILYPCHGMSSQLVRYSADGLLQLGPLGSTAFLPDSKCLVDDGTGRMPTLKKCEDVARP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 RAILYPCHGMSSQLVRYSADGLLQLGPLGSTAFLPDSKCLVDDGTGRMPTLKKCEDVARP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KE6 TQRLWDFTQSGPIVSRATGRCLEVEMSKDANFGLRLVVQRCSGQKWMIRNWIKHARH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TQRLWDFTQSGPIVSRATGRCLEVEMSKDANFGLRLVVQRCSGQKWMIRNWIKHARH
190 200 210 220 230
>>CCDS81755.1 GALNT9 gene_id:50614|Hs108|chr12 (603 aa)
initn: 1656 init1: 1656 opt: 1656 Z-score: 2079.4 bits: 393.5 E(32554): 1.7e-109
Smith-Waterman score: 1656; 100.0% identity (100.0% similar) in 237 aa overlap (1-237:367-603)
10 20 30
pF1KE6 MEVLPCSRVAHIERTRKPYNNDIDYYAKRN
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 GDIGLLDPGMEVYGGENVELGMRVWQCGGSMEVLPCSRVAHIERTRKPYNNDIDYYAKRN
340 350 360 370 380 390
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 ALRAAEVWMDDFKSHVYMAWNIPMSNPGVDFGDVSERLALRQRLKCRSFKWYLENVYPEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 ALRAAEVWMDDFKSHVYMAWNIPMSNPGVDFGDVSERLALRQRLKCRSFKWYLENVYPEM
400 410 420 430 440 450
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 RVYNNTLTYGEVRNSKASAYCLDQGAEDGDRAILYPCHGMSSQLVRYSADGLLQLGPLGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 RVYNNTLTYGEVRNSKASAYCLDQGAEDGDRAILYPCHGMSSQLVRYSADGLLQLGPLGS
460 470 480 490 500 510
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 TAFLPDSKCLVDDGTGRMPTLKKCEDVARPTQRLWDFTQSGPIVSRATGRCLEVEMSKDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 TAFLPDSKCLVDDGTGRMPTLKKCEDVARPTQRLWDFTQSGPIVSRATGRCLEVEMSKDA
520 530 540 550 560 570
220 230
pF1KE6 NFGLRLVVQRCSGQKWMIRNWIKHARH
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 NFGLRLVVQRCSGQKWMIRNWIKHARH
580 590 600
>>CCDS5540.1 WBSCR17 gene_id:64409|Hs108|chr7 (598 aa)
initn: 969 init1: 969 opt: 1038 Z-score: 1303.5 bits: 249.9 E(32554): 2.8e-66
Smith-Waterman score: 1038; 59.7% identity (83.3% similar) in 233 aa overlap (1-233:368-598)
10 20 30
pF1KE6 MEVLPCSRVAHIERTRKPYNNDIDYYAKRN
:::::::::::::: .::::..: .:.:::
CCDS55 GEIGLLDPGMDVYGGENIELGIKVWLCGGSMEVLPCSRVAHIERKKKPYNSNIGFYTKRN
340 350 360 370 380 390
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 ALRAAEVWMDDFKSHVYMAWNIPMSNPGVDFGDVSERLALRQRLKCRSFKWYLENVYPEM
:::.:::::::.:::::.:::.:. :::.:.:::::: :::. :::..:.:::..:::::
CCDS55 ALRVAEVWMDDYKSHVYIAWNLPLENPGIDIGDVSERRALRKSLKCKNFQWYLDHVYPEM
400 410 420 430 440 450
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 RVYNNTLTYGEVRNSKASAYCLDQGAEDGDRAILYPCHGMSSQLVRYSADGLLQLGPLGS
: ::::..:::.::.::. ::::: .. :::::::: . ::.::. .:.:.:: ::.
CCDS55 RRYNNTVAYGELRNNKAKDVCLDQGPLENHTAILYPCHGWGPQLARYTKEGFLHLGALGT
460 470 480 490 500 510
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 TAFLPDSKCLVDDGTGRMPTLKKCEDVARPTQRLWDFTQSGPIVSRATGRCLEVEMSKDA
:..:::..::::.. .:.: : :. : . :.: :.: :....:::::::: :
CCDS55 TTLLPDTRCLVDNSKSRLPQLLDCDKVKSSLYKRWNFIQNGAIMNKGTGRCLEVENRGLA
520 530 540 550 560 570
220 230
pF1KE6 NFGLRLVVQRCSGQKWMIRNWIKHARH
:. :... :.::.: :.: ::
CCDS55 --GIDLILRSCTGQRWTIKNSIK
580 590
>>CCDS7807.1 GALNT18 gene_id:374378|Hs108|chr11 (607 aa)
initn: 803 init1: 653 opt: 844 Z-score: 1059.8 bits: 204.8 E(32554): 1e-52
Smith-Waterman score: 844; 48.7% identity (78.6% similar) in 234 aa overlap (1-233:372-603)
10 20 30
pF1KE6 MEVLPCSRVAHIERTRKPYNNDIDYYAKRN
.:::::::.:::::..:::..:. ...::
CCDS78 QEIGLLDEGMEVYGGENVELGIRVWQCGGSVEVLPCSRIAHIERAHKPYTEDLTAHVRRN
350 360 370 380 390 400
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 ALRAAEVWMDDFKSHVYMAWNIPMSNPGVDFGDVSERLALRQRLKCRSFKWYLENVYPEM
:::.::::::.::::::::::::. . :.:.::.. : :::..:.:..:.::: .:::::
CCDS78 ALRVAEVWMDEFKSHVYMAWNIPQEDSGIDIGDITARKALRKQLQCKTFRWYLVSVYPEM
410 420 430 440 450 460
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 RVYNNTLTYGEVRNSKASAYCLDQGAEDGDRAILYPCHGMSSQLVRYSADGLLQLGPLGS
:.:.. ..:: ..:: . ::::: . . :.: ::::. : : :... ...: :.
CCDS78 RMYSDIIAYGVLQNSLKTDLCLDQGPDTENVPIMYICHGMTPQNVYYTSSQQIHVGILSP
470 480 490 500 510 520
160 170 180 190 200
pF1KE6 TAFLPDSKCLVDDGTGRMPTLKKCEDVARPTQRL-WDFTQSGPIVSRATGRCLEVEMSKD
:. :..:::: .. : : .: . ..: :.:.:.::: .: . ::::.. ..:
CCDS78 TVDDDDNRCLVD--VNSRPRLIECSYAKAKRMKLHWQFSQGGPIQNRKSKRCLELQENSD
530 540 550 560 570
210 220 230
pF1KE6 ANFGLRLVVQRCSGQKWMIRNWIKHARH
.::..::.:.::::.: : : ..
CCDS78 LEFGFQLVLQKCSGQHWSITNVLRSLAS
580 590 600
>>CCDS8533.1 GALNT8 gene_id:26290|Hs108|chr12 (637 aa)
initn: 725 init1: 612 opt: 757 Z-score: 950.2 bits: 184.6 E(32554): 1.3e-46
Smith-Waterman score: 757; 47.0% identity (69.2% similar) in 234 aa overlap (1-233:399-629)
10 20 30
pF1KE6 MEVLPCSRVAHIERTRKPYNNDIDYYAKRN
.:.:::::.::.:: .::: :. :::
CCDS85 GEIGSLDGGMLIYGGENVELSLRVWQCGGKVEILPCSRIAHLERHHKPYALDLTAALKRN
370 380 390 400 410 420
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 ALRAAEVWMDDFKSHVYMAWNIPMSNPGVDFGDVSERLALRQRLKCRSFKWYLENVYPEM
:::.::.:::. : ::.:::::..: :.:::::: :.:::..:::..: :::.:::: .
CCDS85 ALRVAEIWMDEHKHMVYLAWNIPLQNSGIDFGDVSSRMALREKLKCKTFDWYLKNVYPLL
430 440 450 460 470 480
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 RVYNNTLTYGEVRNSKASAYCLDQGAEDGDRAILYPCHGMSSQLVRYSADGLLQLGPLGS
. .. . ::...: ::::: :. :.: :: .::: : : : : .: : .
CCDS85 KPLHTIVGYGRMKNLLDENVCLDQGPVPGNTPIMYYCHEFSSQNVYYHLTGELYVGQLIA
490 500 510 520 530 540
160 170 180 190 200
pF1KE6 TAFLPDSKCLVDDGTGRMPTLKKCEDVARPTQRL-WDFTQSGPIVSRATGRCLEVEMSKD
: : .::.: : .. :::. : .:. .. ::: .: ...: : :::: :.::
CCDS85 EASASD-RCLTDPGKAEKPTLEPCSKAAKNRLHIYWDFKPGGAVINRDTKRCLE--MKKD
550 560 570 580 590 600
210 220 230
pF1KE6 ANFGLRLVVQRCSGQKWMIRNWIKHARH
. ::.: :: : : :.. ..
CCDS85 LLGSHVLVLQTCSTQVWEIQHTVRDWGQTNSQ
610 620 630
>>CCDS8813.1 GALNT6 gene_id:11226|Hs108|chr12 (622 aa)
initn: 340 init1: 190 opt: 386 Z-score: 484.5 bits: 98.4 E(32554): 1.1e-20
Smith-Waterman score: 386; 35.0% identity (63.6% similar) in 217 aa overlap (1-210:397-606)
10 20
pF1KE6 MEVLPCSRVAHIERTRKPYN-NDIDYYAKR
.:..::: :.:. ::..:.. :
CCDS88 EHIGTYDNQMEIWGGENVEMSFRVWQCGGQLEIIPCSVVGHVFRTKSPHTFPKGTSVIAR
370 380 390 400 410 420
30 40 50 60 70 80
pF1KE6 NALRAAEVWMDDFKSHVYMAWNIPMSNPGVD--FGDVSERLALRQRLKCRSFKWYLENVY
: .: ::::::..:. ... :. .. . . :::.:::: ::..:.:..:.:::.:::
CCDS88 NQVRLAEVWMDSYKK-IFYRRNLQAAKMAQEKSFGDISERLQLREQLHCHNFSWYLHNVY
430 440 450 460 470 480
90 100 110 120 130 140
pF1KE6 PEMRVYNNTLT-YGEVRNSKASAYCLDQGAED--GDRAILYPCHGMS-SQLVRYSADGLL
::: : . : : :: ..: .. ::: : .. : :.: :::.. .: .:... :
CCDS88 PEMFVPDLTPTFYGAIKNL-GTNQCLDVGENNRGGKPLIMYSCHGLGGNQYFEYTTQRDL
490 500 510 520 530 540
150 160 170 180 190 200
pF1KE6 QLGPLGSTAFLPDSKCLVDDGTGRMPTLKKCEDVARPTQRLWDFTQSGPIVSRATGRCLE
. . ... : :: . : : : .: : .. :...:. : . ..: ::
CCDS88 RHN-IAKQLCLHVSKGAL--GLGSCHFTGKNSQV--PKDEEWELAQDQLIRNSGSGTCLT
550 560 570 580 590
210 220 230
pF1KE6 VEMSKDANFGLRLVVQRCSGQKWMIRNWIKHARH
. .: :
CCDS88 SQDKKPAMAPCNPSDPHQLWLFV
600 610 620
>>CCDS55860.1 GALNT4 gene_id:100528030|Hs108|chr12 (575 aa)
initn: 309 init1: 153 opt: 385 Z-score: 483.8 bits: 98.2 E(32554): 1.3e-20
Smith-Waterman score: 385; 33.5% identity (59.8% similar) in 209 aa overlap (1-202:349-545)
10 20 30
pF1KE6 MEVLPCSRVAHIERTRKPYNNDIDYYAKRN
.:. :::.:.:. : :: .. .:
CCDS55 QYLGTYDTGMEVWGGENLELSFRVWQCGGKLEIHPCSHVGHVFPKRAPYARP-NFL--QN
320 330 340 350 360 370
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 ALRAAEVWMDDFKSHVYMAWNIPMSNPGVDFGDVSERLALRQRLKCRSFKWYLENVYPEM
. ::::::::..: : : : : . . .::.::: ::.::.:.:: :::.::.:..
CCDS55 TARAAEVWMDEYKEHFY-NRNPPARKEA--YGDISERKLLRERLRCKSFDWYLKNVFPNL
380 390 400 410 420 430
100 110 120 130 140
pF1KE6 RVYNNTLTY-GEVRNSKASAYCLDQGAED----GDRAILYPCHGMS-SQLVRYSADGLLQ
.: .. . : .:. :. ::: .. : : :. :::.. .:. .:... ..
CCDS55 HVPEDRPGWHGAIRSRGISSECLDYNSPDNNPTGANLSLFGCHGQGGNQFFEYTSNKEIR
440 450 460 470 480 490
150 160 170 180 190 200
pF1KE6 LGPLGST-AFLPDSKCLVDDGTGRMPTLKKCEDVARPTQRLWDFTQSGPIVSRATGRCLE
.. . : .:..: : : : . :.. .: : ..: : .: ::
CCDS55 FNSVTELCAEVPEQKNYV--GMQNCPK----DGFPVPANIIWHFKEDGTIFHPHSGLCLS
500 510 520 530 540
210 220 230
pF1KE6 VEMSKDANFGLRLVVQRCSGQKWMIRNWIKHARH
CCDS55 AYRTPEGRPDVQMRTCDALDKNQIWSFEK
550 560 570
>>CCDS53817.1 GALNT4 gene_id:8693|Hs108|chr12 (578 aa)
initn: 309 init1: 153 opt: 385 Z-score: 483.8 bits: 98.2 E(32554): 1.3e-20
Smith-Waterman score: 385; 33.5% identity (59.8% similar) in 209 aa overlap (1-202:352-548)
10 20 30
pF1KE6 MEVLPCSRVAHIERTRKPYNNDIDYYAKRN
.:. :::.:.:. : :: .. .:
CCDS53 QYLGTYDTGMEVWGGENLELSFRVWQCGGKLEIHPCSHVGHVFPKRAPYARP-NFL--QN
330 340 350 360 370
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 ALRAAEVWMDDFKSHVYMAWNIPMSNPGVDFGDVSERLALRQRLKCRSFKWYLENVYPEM
. ::::::::..: : : : : . . .::.::: ::.::.:.:: :::.::.:..
CCDS53 TARAAEVWMDEYKEHFY-NRNPPARKEA--YGDISERKLLRERLRCKSFDWYLKNVFPNL
380 390 400 410 420 430
100 110 120 130 140
pF1KE6 RVYNNTLTY-GEVRNSKASAYCLDQGAED----GDRAILYPCHGMS-SQLVRYSADGLLQ
.: .. . : .:. :. ::: .. : : :. :::.. .:. .:... ..
CCDS53 HVPEDRPGWHGAIRSRGISSECLDYNSPDNNPTGANLSLFGCHGQGGNQFFEYTSNKEIR
440 450 460 470 480 490
150 160 170 180 190 200
pF1KE6 LGPLGST-AFLPDSKCLVDDGTGRMPTLKKCEDVARPTQRLWDFTQSGPIVSRATGRCLE
.. . : .:..: : : : . :.. .: : ..: : .: ::
CCDS53 FNSVTELCAEVPEQKNYV--GMQNCPK----DGFPVPANIIWHFKEDGTIFHPHSGLCLS
500 510 520 530 540
210 220 230
pF1KE6 VEMSKDANFGLRLVVQRCSGQKWMIRNWIKHARH
CCDS53 AYRTPEGRPDVQMRTCDALDKNQIWSFEK
550 560 570
>>CCDS6737.1 GALNT12 gene_id:79695|Hs108|chr9 (581 aa)
initn: 349 init1: 159 opt: 385 Z-score: 483.7 bits: 98.2 E(32554): 1.3e-20
Smith-Waterman score: 385; 30.1% identity (62.8% similar) in 239 aa overlap (1-229:353-577)
10 20 30
pF1KE6 MEVLPCSRVAHIERTRKPYNNDIDYYAKRN
.:. :::.:.:. . ::. . : :
CCDS67 EYLGSYDTGMEVWGGENLEFSFRIWQCGGVLETHPCSHVGHVFPKQAPYSRN---KALAN
330 340 350 360 370
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 ALRAAEVWMDDFKSHVYMAWNIPMSNPGVDFGDVSERLALRQRLKCRSFKWYLENVYPEM
..::::::::.:: : .: ::::.:: ::..:.:..:::.::.::::.
CCDS67 SVRAAEVWMDEFKELYYHRNPRARLEP---FGDVTERKQLRDKLQCKDFKWFLETVYPEL
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100 110 120 130 140
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