Result of FASTA (omim) for
pFN21AE6636
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6636, 286 aa
1>>>pF1KE6636 286 - 286 aa - 286 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.3186+/-0.000402; mu= 21.4098+/- 0.025
mean_var=69.4203+/-14.043, 0's: 0 Z-trim(112.4): 23 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.153933
statistics sampled from 21361 (21379) to 21361 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.616), E-opt: 0.2 (0.251), width: 16
Scan time: 3.830
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_079119 (OMIM: 605745) cytochrome b reductase 1 ( 286) 1897 430.3 2.1e-120
NP_001243838 (OMIM: 605745) cytochrome b reductase ( 228) 1460 333.1 3e-91
NP_001017917 (OMIM: 600019) cytochrome b561 isofor ( 251) 592 140.4 3.4e-33
NP_001017916 (OMIM: 600019) cytochrome b561 isofor ( 251) 592 140.4 3.4e-33
NP_001906 (OMIM: 600019) cytochrome b561 isoform 1 ( 251) 592 140.4 3.4e-33
XP_005257148 (OMIM: 600019) PREDICTED: cytochrome ( 251) 592 140.4 3.4e-33
NP_001317350 (OMIM: 600019) cytochrome b561 isofor ( 258) 592 140.4 3.4e-33
XP_016879751 (OMIM: 600019) PREDICTED: cytochrome ( 318) 592 140.5 4e-33
XP_016879750 (OMIM: 600019) PREDICTED: cytochrome ( 227) 450 108.8 9.8e-24
NP_001120855 (OMIM: 605745) cytochrome b reductase ( 157) 448 108.2 1e-23
NP_008953 (OMIM: 607068) cytochrome b561 domain-co ( 222) 159 44.2 0.00028
NP_001278213 (OMIM: 607068) cytochrome b561 domain ( 222) 159 44.2 0.00028
>>NP_079119 (OMIM: 605745) cytochrome b reductase 1 isof (286 aa)
initn: 1897 init1: 1897 opt: 1897 Z-score: 2282.6 bits: 430.3 E(85289): 2.1e-120
Smith-Waterman score: 1897; 99.7% identity (100.0% similar) in 286 aa overlap (1-286:1-286)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVTGFVF
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NP_079 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVTGFVF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 IQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANMYSLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 IQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANMYSLH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 SWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALMGLTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 SWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALMGLTE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 KLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILHPNGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 KLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILHPNGG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KE6 TEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAARKRNLALDEAGQRSTM
:::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
NP_079 TEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNSEVAARKRNLALDEAGQRSTM
250 260 270 280
>>NP_001243838 (OMIM: 605745) cytochrome b reductase 1 i (228 aa)
initn: 1460 init1: 1460 opt: 1460 Z-score: 1759.3 bits: 333.1 E(85289): 3e-91
Smith-Waterman score: 1460; 98.7% identity (99.6% similar) in 225 aa overlap (62-286:4-228)
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 LHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVTGFVFIQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNA
.: :::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MLDEGEAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNA
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 VAAILAIISVVAVFENHNVNNIANMYSLHSWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VAAILAIISVVAVFENHNVNNIANMYSLHSWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSL
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 RAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALMGLTEKLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALMGLTEKLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVF
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KE6 GALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILHPNGGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::
NP_001 GALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILHPNGGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNSEVAAR
160 170 180 190 200 210
280
pF1KE6 KRNLALDEAGQRSTM
:::::::::::::::
NP_001 KRNLALDEAGQRSTM
220
>>NP_001017917 (OMIM: 600019) cytochrome b561 isoform 1 (251 aa)
initn: 543 init1: 306 opt: 592 Z-score: 717.0 bits: 140.4 E(85289): 3.4e-33
Smith-Waterman score: 592; 42.2% identity (71.6% similar) in 218 aa overlap (18-235:22-235)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVT
:.:. : .. .:. :: :..:. : :.:: ::. ::
NP_001 MEGGAAAATPTALPYYVAFSQLLGLTLVAMTGAWLGLYRGGIAWE-SDLQFNAHPLCMVI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 GFVFIQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANM
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NP_001 GLIFLQGNALLVYRV--FRNEAKRTTKVLHGLLHIFALVIALVGLVAVFDYHRKKGYADL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 YSLHSWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALM
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NP_001 YSLHSWCGILVFVLYFVQWLVGFSFFLFPGASFSLRSRYRPQHIFFGATIFLLSVGTALL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 GLTEKLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILH
:: : :.:.: ::.: ::::..:.::::. ::. ...:.:: .::::.. . :
NP_001 GLKEALLFNL-GGKYSAFEPEGVLANVLGLLLACFGGAVLYILTRADWKRPSQAEEQALS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE6 PNGGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAARKRNLALDEAGQRSTM
NP_001 MDFKTLTEGDSPGSQ
240 250
>>NP_001017916 (OMIM: 600019) cytochrome b561 isoform 1 (251 aa)
initn: 543 init1: 306 opt: 592 Z-score: 717.0 bits: 140.4 E(85289): 3.4e-33
Smith-Waterman score: 592; 42.2% identity (71.6% similar) in 218 aa overlap (18-235:22-235)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVT
:.:. : .. .:. :: :..:. : :.:: ::. ::
NP_001 MEGGAAAATPTALPYYVAFSQLLGLTLVAMTGAWLGLYRGGIAWE-SDLQFNAHPLCMVI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 GFVFIQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANM
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NP_001 GLIFLQGNALLVYRV--FRNEAKRTTKVLHGLLHIFALVIALVGLVAVFDYHRKKGYADL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 YSLHSWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALM
:::::: :... . :..: : ::: ::.: : .:::. : :.. : .:: ..:::.
NP_001 YSLHSWCGILVFVLYFVQWLVGFSFFLFPGASFSLRSRYRPQHIFFGATIFLLSVGTALL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 GLTEKLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILH
:: : :.:.: ::.: ::::..:.::::. ::. ...:.:: .::::.. . :
NP_001 GLKEALLFNL-GGKYSAFEPEGVLANVLGLLLACFGGAVLYILTRADWKRPSQAEEQALS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE6 PNGGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAARKRNLALDEAGQRSTM
NP_001 MDFKTLTEGDSPGSQ
240 250
>>NP_001906 (OMIM: 600019) cytochrome b561 isoform 1 [Ho (251 aa)
initn: 543 init1: 306 opt: 592 Z-score: 717.0 bits: 140.4 E(85289): 3.4e-33
Smith-Waterman score: 592; 42.2% identity (71.6% similar) in 218 aa overlap (18-235:22-235)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVT
:.:. : .. .:. :: :..:. : :.:: ::. ::
NP_001 MEGGAAAATPTALPYYVAFSQLLGLTLVAMTGAWLGLYRGGIAWE-SDLQFNAHPLCMVI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 GFVFIQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANM
:..:.:: :..:::. . .: : .:. :. : ..:....::::. : .. :..
NP_001 GLIFLQGNALLVYRV--FRNEAKRTTKVLHGLLHIFALVIALVGLVAVFDYHRKKGYADL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 YSLHSWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALM
:::::: :... . :..: : ::: ::.: : .:::. : :.. : .:: ..:::.
NP_001 YSLHSWCGILVFVLYFVQWLVGFSFFLFPGASFSLRSRYRPQHIFFGATIFLLSVGTALL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 GLTEKLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILH
:: : :.:.: ::.: ::::..:.::::. ::. ...:.:: .::::.. . :
NP_001 GLKEALLFNL-GGKYSAFEPEGVLANVLGLLLACFGGAVLYILTRADWKRPSQAEEQALS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE6 PNGGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAARKRNLALDEAGQRSTM
NP_001 MDFKTLTEGDSPGSQ
240 250
>>XP_005257148 (OMIM: 600019) PREDICTED: cytochrome b561 (251 aa)
initn: 543 init1: 306 opt: 592 Z-score: 717.0 bits: 140.4 E(85289): 3.4e-33
Smith-Waterman score: 592; 42.2% identity (71.6% similar) in 218 aa overlap (18-235:22-235)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVT
:.:. : .. .:. :: :..:. : :.:: ::. ::
XP_005 MEGGAAAATPTALPYYVAFSQLLGLTLVAMTGAWLGLYRGGIAWE-SDLQFNAHPLCMVI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 GFVFIQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANM
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XP_005 GLIFLQGNALLVYRV--FRNEAKRTTKVLHGLLHIFALVIALVGLVAVFDYHRKKGYADL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 YSLHSWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALM
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XP_005 YSLHSWCGILVFVLYFVQWLVGFSFFLFPGASFSLRSRYRPQHIFFGATIFLLSVGTALL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 GLTEKLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILH
:: : :.:.: ::.: ::::..:.::::. ::. ...:.:: .::::.. . :
XP_005 GLKEALLFNL-GGKYSAFEPEGVLANVLGLLLACFGGAVLYILTRADWKRPSQAEEQALS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE6 PNGGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAARKRNLALDEAGQRSTM
XP_005 MDFKTLTEGDSPGSQ
240 250
>>NP_001317350 (OMIM: 600019) cytochrome b561 isoform 2 (258 aa)
initn: 543 init1: 306 opt: 592 Z-score: 716.8 bits: 140.4 E(85289): 3.4e-33
Smith-Waterman score: 592; 42.2% identity (71.6% similar) in 218 aa overlap (18-235:29-242)
10 20 30 40
pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNW
:.:. : .. .:. :: :..:. : :.::
NP_001 MSSVCLSMEGGAAAATPTALPYYVAFSQLLGLTLVAMTGAWLGLYRGGIAWE-SDLQFNA
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE6 HPVLMVTGFVFIQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHN
::. :: :..:.:: :..:::. . .: : .:. :. : ..:....::::. :
NP_001 HPLCMVIGLIFLQGNALLVYRV--FRNEAKRTTKVLHGLLHIFALVIALVGLVAVFDYHR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 VNNIANMYSLHSWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIFGT
.. :..:::::: :... . :..: : ::: ::.: : .:::. : :.. : .::
NP_001 KKGYADLYSLHSWCGILVFVLYFVQWLVGFSFFLFPGASFSLRSRYRPQHIFFGATIFLL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 VIATALMGLTEKLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRPKE
..:::.:: : :.:.: ::.: ::::..:.::::. ::. ...:.:: .::::..
NP_001 SVGTALLGLKEALLFNL-GGKYSAFEPEGVLANVLGLLLACFGGAVLYILTRADWKRPSQ
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 PNSTILHPNGGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAARKRNLALDEAGQRSTM
. :
NP_001 AEEQALSMDFKTLTEGDSPGSQ
240 250
>>XP_016879751 (OMIM: 600019) PREDICTED: cytochrome b561 (318 aa)
initn: 543 init1: 306 opt: 592 Z-score: 715.7 bits: 140.5 E(85289): 4e-33
Smith-Waterman score: 592; 42.2% identity (71.6% similar) in 218 aa overlap (18-235:89-302)
10 20 30 40
pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEF
:.:. : .. .:. :: :..:. : :.:
XP_016 PQDDGVCLSMEGGAAAATPTALPYYVAFSQLLGLTLVAMTGAWLGLYRGGIAWE-SDLQF
60 70 80 90 100 110
50 60 70 80 90 100
pF1KE6 NWHPVLMVTGFVFIQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFEN
: ::. :: :..:.:: :..:::. . .: : .:. :. : ..:....::::.
XP_016 NAHPLCMVIGLIFLQGNALLVYRV--FRNEAKRTTKVLHGLLHIFALVIALVGLVAVFDY
120 130 140 150 160 170
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 HNVNNIANMYSLHSWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIF
: .. :..:::::: :... . :..: : ::: ::.: : .:::. : :.. : .::
XP_016 HRKKGYADLYSLHSWCGILVFVLYFVQWLVGFSFFLFPGASFSLRSRYRPQHIFFGATIF
180 190 200 210 220 230
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 GTVIATALMGLTEKLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRP
..:::.:: : :.:.: ::.: ::::..:.::::. ::. ...:.:: .::::
XP_016 LLSVGTALLGLKEALLFNL-GGKYSAFEPEGVLANVLGLLLACFGGAVLYILTRADWKRP
240 250 260 270 280 290
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 KEPNSTILHPNGGTEQGARGSMPAYSGNNMDKSDSELNNEVAARKRNLALDEAGQRSTM
.. . :
XP_016 SQAEEQALSMDFKTLTEGDSPGSQ
300 310
>>XP_016879750 (OMIM: 600019) PREDICTED: cytochrome b561 (227 aa)
initn: 384 init1: 269 opt: 450 Z-score: 547.1 bits: 108.8 E(85289): 9.8e-24
Smith-Waterman score: 450; 41.4% identity (71.0% similar) in 169 aa overlap (18-186:22-187)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVT
:.:. : .. .:. :: :..:. : :.:: ::. ::
XP_016 MEGGAAAATPTALPYYVAFSQLLGLTLVAMTGAWLGLYRGGIAWE-SDLQFNAHPLCMVI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 GFVFIQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANM
:..:.:: :..:::. . .: : .:. :. : ..:....::::. : .. :..
XP_016 GLIFLQGNALLVYRV--FRNEAKRTTKVLHGLLHIFALVIALVGLVAVFDYHRKKGYADL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 YSLHSWVGLIAVICYLLQLLSGFSVFLLPWAPLSLRAFLMPIHVYSGIVIFGTVIATALM
:::::: :... . :..: : ::: ::.: : .:::. : :.. : .:: ..:::.
XP_016 YSLHSWCGILVFVLYFVQWLVGFSFFLFPGASFSLRSRYRPQHIFFGATIFLLSVGTALL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 GLTEKLIFSLRDPAYSTFPPEGVFVNTLGLLILVFGALIFWIVTRPQWKRPKEPNSTILH
:: : :.:.:
XP_016 GLKEALLFNLGFSLPLTPAGASIAHLSPRVSWPTCWACCWPASVGRCSTS
180 190 200 210 220
>>NP_001120855 (OMIM: 605745) cytochrome b reductase 1 i (157 aa)
initn: 448 init1: 448 opt: 448 Z-score: 546.6 bits: 108.2 E(85289): 1e-23
Smith-Waterman score: 448; 100.0% identity (100.0% similar) in 65 aa overlap (1-65:1-65)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVTGFVF
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NP_001 MAMEGYWRFLALLGSALLVGFLSVIFALVWVLHYREGLGWDGSALEFNWHPVLMVTGFVF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 IQGIAIIVYRLPWTWKCSKLLMKSIHAGLNAVAAILAIISVVAVFENHNVNNIANMYSLH
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NP_001 IQGIASFRFFSLSASMGSAFSPSISHAHTCLFWNCHLWNSDCNSTYGIDRETDFFPERSC
70 80 90 100 110 120
286 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]