Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6629
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6629, 290 aa
1>>>pF1KE6629 290 - 290 aa - 290 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9963+/-0.000739; mu= 11.6178+/- 0.045
mean_var=70.9476+/-14.337, 0's: 0 Z-trim(109.0): 24 B-trim: 240 in 1/52
Lambda= 0.152267
statistics sampled from 10557 (10580) to 10557 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.705), E-opt: 0.2 (0.325), width: 16
Scan time: 2.100
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6174.1 CA8 gene_id:767|Hs108|chr8 ( 290) 1989 445.7 1.8e-125
CCDS10821.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 ( 264) 738 170.9 8.9e-43
CCDS6239.1 CA2 gene_id:760|Hs108|chr8 ( 260) 696 161.7 5.3e-40
CCDS6237.1 CA1 gene_id:759|Hs108|chr8 ( 261) 673 156.6 1.8e-38
CCDS6236.1 CA13 gene_id:377677|Hs108|chr8 ( 262) 645 150.5 1.3e-36
CCDS6238.1 CA3 gene_id:761|Hs108|chr8 ( 260) 640 149.4 2.7e-36
CCDS14171.1 CA5B gene_id:11238|Hs108|chrX ( 317) 620 145.0 6.7e-35
CCDS42173.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 ( 208) 612 143.2 1.5e-34
CCDS10965.1 CA5A gene_id:763|Hs108|chr16 ( 305) 607 142.1 4.7e-34
CCDS10186.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 343) 498 118.2 8.4e-27
CCDS10185.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 354) 498 118.2 8.7e-27
CCDS947.1 CA14 gene_id:23632|Hs108|chr1 ( 337) 478 113.8 1.7e-25
CCDS6585.1 CA9 gene_id:768|Hs108|chr9 ( 459) 475 113.2 3.6e-25
CCDS32684.1 CA10 gene_id:56934|Hs108|chr17 ( 328) 468 111.6 7.8e-25
CCDS2895.1 PTPRG gene_id:5793|Hs108|chr3 (1445) 447 107.2 7.4e-23
CCDS12729.1 CA11 gene_id:770|Hs108|chr19 ( 328) 430 103.3 2.5e-22
CCDS30578.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 308) 424 101.9 6e-22
CCDS57970.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 313) 424 101.9 6.1e-22
CCDS11624.1 CA4 gene_id:762|Hs108|chr17 ( 312) 398 96.2 3.2e-20
CCDS76767.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 283) 393 95.1 6.2e-20
CCDS56505.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7 (1448) 395 95.8 2e-19
CCDS34740.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7 (2315) 395 95.8 3.1e-19
CCDS57971.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 248) 325 80.2 1.7e-15
>>CCDS6174.1 CA8 gene_id:767|Hs108|chr8 (290 aa)
initn: 1989 init1: 1989 opt: 1989 Z-score: 2366.0 bits: 445.7 E(32554): 1.8e-125
Smith-Waterman score: 1989; 100.0% identity (100.0% similar) in 290 aa overlap (1-290:1-290)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MADLSFIEDTVAFPEKEEDEEEEEEGVEWGYEEGVEWGLVFPDANGEYQSPINLNSREAR
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CCDS61 MADLSFIEDTVAFPEKEEDEEEEEEGVEWGYEEGVEWGLVFPDANGEYQSPINLNSREAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 YDPSLLDVRLSPNYVVCRDCEVTNDGHTIQVILKSKSVLSGGPLPQGHEFELYEVRFHWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 YDPSLLDVRLSPNYVVCRDCEVTNDGHTIQVILKSKSVLSGGPLPQGHEFELYEVRFHWG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 RENQRGSEHTVNFKAFPMELHLIHWNSTLFGSIDEAVGKPHGIAIIALFVQIGKEHVGLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 RENQRGSEHTVNFKAFPMELHLIHWNSTLFGSIDEAVGKPHGIAIIALFVQIGKEHVGLK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 AVTEILQDIQYKGKSKTIPCFNPNTLLPDPLLRDYWVYEGSLTIPPCSEGVTWILFRYPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 AVTEILQDIQYKGKSKTIPCFNPNTLLPDPLLRDYWVYEGSLTIPPCSEGVTWILFRYPL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KE6 TISQLQIEEFRRLRTHVKGAELVEGCDGILGDNFRPTQPLSDRVIRAAFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 TISQLQIEEFRRLRTHVKGAELVEGCDGILGDNFRPTQPLSDRVIRAAFQ
250 260 270 280 290
>>CCDS10821.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 (264 aa)
initn: 712 init1: 332 opt: 738 Z-score: 881.4 bits: 170.9 E(32554): 8.9e-43
Smith-Waterman score: 738; 41.8% identity (71.6% similar) in 268 aa overlap (29-290:7-263)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MADLSFIEDTVAFPEKEEDEEEEEEGVEWGY--EEG-VEWGLVFPDANGEYQSPINLNSR
::: ..: .: ..: :.:. :::::. :
CCDS10 MTGHHGWGYGQDDGPSHWHKLYPIAQGDRQSPINIISS
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 EARYDPSLLDVRLSPNYVVCRDCEVTNDGHTIQVILKS---KSVLSGGPLPQGHEFELYE
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CCDS10 QAVYSPSLQPLELS--YEACMSLSITNNGHSVQVDFNDSDDRTVVTGGPL-EG-PYRLKQ
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 VRFHWGRENQRGSEHTVNFKAFPMELHLIHWNSTLFGSIDEAVGKPHGIAIIALFVQIGK
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CCDS10 FHFHWGKKHDVGSEHTVDGKSFPSELHLVHWNAKKYSTFGEAASAPDGLAVVGVFLETGD
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 EHVGLKAVTEILQDIQYKGKSKTIPCFNPNTLLPDPLLRDYWVYEGSLTIPPCSEGVTWI
:: ... .:. : ...:: . . ::::. ::: : ::.: :::: :: ::.::::
CCDS10 EHPSMNRLTDALYMVRFKGTKAQFSCFNPKCLLPAS--RHYWTYPGSLTTPPLSESVTWI
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 LFRYPLTISQLQIEEFRRLRTHVKGAELVEGCDGILGDNFRPTQPLSDRVIRAAFQ
..: :. ::. :. .:: : . : .. . .:::: :::. ::..:.:.
CCDS10 VLREPICISERQMGKFRSLLFTSEDDERIH-----MVNNFRPPQPLKGRVVKASFRA
220 230 240 250 260
>>CCDS6239.1 CA2 gene_id:760|Hs108|chr8 (260 aa)
initn: 527 init1: 174 opt: 696 Z-score: 831.7 bits: 161.7 E(32554): 5.3e-40
Smith-Waterman score: 696; 41.4% identity (71.6% similar) in 268 aa overlap (29-290:5-260)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MADLSFIEDTVAFPEKEEDEEEEEEGVEWGY--EEGVE-WGLVFPDANGEYQSPINLNSR
::: ..: : : :: :.:: :::......
CCDS62 MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTH
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 EARYDPSLLDVRLSPNYVVCRDCEVTNDGHTIQVIL---KSKSVLSGGPLPQGHEFELYE
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CCDS62 TAKYDPSLKP--LSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPL-DG-TYRLIQ
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 VRFHWGRENQRGSEHTVNFKAFPMELHLIHWNSTLFGSIDEAVGKPHGIAIIALFVQIGK
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CCDS62 FHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWN-TKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGS
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 EHVGLKAVTEILQDIQYKGKSKTIPCFNPNTLLPDPLLRDYWVYEGSLTIPPCSEGVTWI
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CCDS62 AKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESL--DYWTYPGSLTTPPLLECVTWI
160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 LFRYPLTISQLQIEEFRRLRTHVKGAELVEGCDGILGDNFRPTQPLSDRVIRAAFQ
... :...:. :. .::.: . .: . .. ::.::.:::..: :.:.:.
CCDS62 VLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEP-----EELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK
210 220 230 240 250 260
>>CCDS6237.1 CA1 gene_id:759|Hs108|chr8 (261 aa)
initn: 569 init1: 303 opt: 673 Z-score: 804.4 bits: 156.6 E(32554): 1.8e-38
Smith-Waterman score: 673; 39.2% identity (70.9% similar) in 268 aa overlap (28-289:5-261)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MADLSFIEDTVAFPEKEEDEEEEEEGVEWGYEE--GVE-WGLVFPDANGEYQSPINLNSR
.:::.. : : :. ..: :::. :::.....
CCDS62 MASPDWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTS
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 EARYDPSLLDVRLSPNYVVCRDCEVTNDGHTIQVILK---SKSVLSGGPLPQGHEFELYE
:...: :: . .: : .. . :. : ::...: .. ..:::.:::. .. ..:..
CCDS62 ETKHDTSLKPISVSYNPATAK--EIINVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDS--YRLFQ
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 VRFHWGRENQRGSEHTVNFKAFPMELHLIHWNSTLFGSIDEAVGKPHGIAIIALFVQIGK
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CCDS62 FHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELHVAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGE
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 EHVGLKAVTEILQDIQYKGKSKTIPCFNPNTLLPDPLLRDYWVYEGSLTIPPCSEGVTWI
. :. : . :: :. ::: . :.:.::::. : :.:.: :::: :: :.::::
CCDS62 ANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNFDPSTLLPSSL--DFWTYPGSLTHPPLYESVTWI
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 LFRYPLTISQLQIEEFRRLRTHVKGAELVEGCDGILGDNFRPTQPLSDRVIRAAFQ
. . ...:. :. .:: : ..:.: . : . : ::::::. :..::.:
CCDS62 ICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAVP-----MQHNNRPTQPLKGRTVRASF
220 230 240 250 260
>>CCDS6236.1 CA13 gene_id:377677|Hs108|chr8 (262 aa)
initn: 627 init1: 274 opt: 645 Z-score: 771.1 bits: 150.5 E(32554): 1.3e-36
Smith-Waterman score: 645; 38.5% identity (69.3% similar) in 270 aa overlap (29-290:6-262)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MADLSFIEDTVAFPEKEEDEEEEEEGVEWGYEEG---VEWGLVFPDANGEYQSPINLNSR
:::.: ..: :: :.:. ::::.....
CCDS62 MSRLSWGYREHNGPIHWKEFFPIADGDQQSPIEIKTK
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 EARYDPSL--LDVRLSPNYVVCRDCEVTNDGHTIQVIL---KSKSVLSGGPLPQGHEFEL
:..:: :: :... .:. . ..:.::...: . ..:::: :::: . ..:
CCDS62 EVKYDSSLRPLSIKYDPSSAKI----ISNSGHSFNVDFDDTENKSVLRGGPLTGS--YRL
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 YEVRFHWGRENQRGSEHTVNFKAFPMELHLIHWNSTLFGSIDEAVGKPHGIAIIALFVQI
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CCDS62 RQVHLHWGSADDHGSEHIVDGVSYAAELHVVHWNSDKYPSFVEAAHEPDGLAVLGVFLQI
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 GKEHVGLKAVTEILQDIQYKGKSKTIPCFNPNTLLPDPLLRDYWVYEGSLTIPPCSEGVT
:. . :. .:. :..:. :::. . :. .::: :::.: ::::.:: :.::
CCDS62 GEPNSQLQKITDTLDSIKEKGKQTRFTNFDLLSLLPPSW--DYWTYPGSLTVPPLLESVT
160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 WILFRYPLTISQLQIEEFRRLRTHVKGAELVEGCDGILGDNFRPTQPLSDRVIRAAFQ
::... :..::. :. .:: : ..: ..: .: :: :::. : .::.:.
CCDS62 WIVLKQPINISSQQLAKFRSLLCTAEGE-----AAAFLVSNHRPPQPLKGRKVRASFH
210 220 230 240 250 260
>>CCDS6238.1 CA3 gene_id:761|Hs108|chr8 (260 aa)
initn: 566 init1: 173 opt: 640 Z-score: 765.2 bits: 149.4 E(32554): 2.7e-36
Smith-Waterman score: 640; 37.2% identity (68.4% similar) in 269 aa overlap (28-290:4-260)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MADLSFIEDTVAFPEKEEDEEEEEEGVEWGY--EEGVE-WGLVFPDANGEYQSPINLNSR
:::: ..: . : .::.:.:: :::..:...
CCDS62 MAKEWGYASHNGPDHWHELFPNAKGENQSPVELHTK
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 EARYDPSLLDVRLSPNYVVCRDCEVTNDGHTIQVILKS---KSVLSGGPLPQGHEFELYE
. :.:::: .: . . . :.:.: .:.. . .:.: ::::: ..: .
CCDS62 DIRHDPSLQPWSVSYDGGSAKT--ILNNGKTCRVVFDDTYDRSMLRGGPLPG--PYRLRQ
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 VRFHWGRENQRGSEHTVNFKAFPMELHLIHWNSTLFGSIDEAVGKPHGIAIIALFVQIGK
..::: ...::::::. . ::::.::: .... ::. . :::.:..:..::.
CCDS62 FHLHWGSSDDHGSEHTVDGVKYAAELHLVHWNPK-YNTFKEALKQRDGIAVIGIFLKIGH
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 EHVGLKAVTEILQDIQYKGKSKTIPCFNPNTLLPDPLLRDYWVYEGSLTIPPCSEGVTWI
:. .. . :. :. ::: . :.:. :.: ::::.:.::.: ::: : ..:.
CCDS62 ENGEFQIFLDALDKIKTKGKEAPFTKFDPSCLFPA--CRDYWTYQGSFTTPPCEECIVWL
160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 LFRYPLTISQLQIEEFRRLRTHVKGAELVEGCDGILGDNFRPTQPLSDRVIRAAFQ
:.. :.:.:. :. ..: : . ... : : .:.:: ::...::.::.:.
CCDS62 LLKEPMTVSSDQMAKLRSLLSSAENEPPVP-----LVSNWRPPQPINNRVVRASFK
210 220 230 240 250 260
>>CCDS14171.1 CA5B gene_id:11238|Hs108|chrX (317 aa)
initn: 587 init1: 292 opt: 620 Z-score: 740.0 bits: 145.0 E(32554): 6.7e-35
Smith-Waterman score: 620; 39.4% identity (69.9% similar) in 249 aa overlap (46-290:61-297)
20 30 40 50 60 70
pF1KE6 KEEDEEEEEEGVEWGYEEGVEWGLVFPDANGEYQSPINLNSREARYDPSLLDVRLSPNYV
:. :::::. :.. :::.: . .: . .
CCDS14 ARPCSLYTCTYKTRNRALHPLWESVDLVPGGDRQSPINIRWRDSVYDPGLKPLTISYDPA
40 50 60 70 80 90
80 90 100 110 120 130
pF1KE6 VCRDCEVTNDGHTIQVILKS---KSVLSGGPLPQGHEFELYEVRFHWGRENQRGSEHTVN
.: .: :.:... : ... :::..:::: :...: . .:::: . ::::::.
CCDS14 TC--LHVWNNGYSFLVEFEDSTDKSVIKGGPLE--HNYRLKQFHFHWGAIDAWGSEHTVD
100 110 120 130 140
140 150 160 170 180 190
pF1KE6 FKAFPMELHLIHWNSTLFGSIDEAVGKPHGIAIIALFVQIGKEHVGLKAVTEILQDIQYK
: :: ::::.:::.. : ....:. . .:.:.:..:...::.: :. ... : .:..:
CCDS14 SKCFPAELHLVHWNAVRFENFEDAALEENGLAVIGVFLKLGKHHKELQKLVDTLPSIKHK
150 160 170 180 190 200
200 210 220 230 240 250
pF1KE6 GKSKTIPCFNPNTLLPD-PLLRDYWVYEGSLTIPPCSEGVTWILFRYPLTISQLQIEEFR
. :.:. :.: : :::.: :::: :: ::.::::. . :. ... :.:.::
CCDS14 DALVEFGSFDPSCLMPTCP---DYWTYSGSLTTPPLSESVTWIIKKQPVEVDHDQLEQFR
210 220 230 240 250 260
260 270 280 290
pF1KE6 RLRTHVKGAELVEGCDGILGDNFRPTQPLSDRVIRAAFQ
: .: . . . ::::: ::: .:..:..:.
CCDS14 TLLFTSEGEK-----EKRMVDNFRPLQPLMNRTVRSSFRHDYVLNVQAKPKPATSQATP
270 280 290 300 310
>>CCDS42173.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 (208 aa)
initn: 624 init1: 332 opt: 612 Z-score: 733.6 bits: 143.2 E(32554): 1.5e-34
Smith-Waterman score: 612; 42.0% identity (73.1% similar) in 212 aa overlap (82-290:5-207)
60 70 80 90 100
pF1KE6 INLNSREARYDPSLLDVRLSPNYVVCRDCEVTNDGHTIQVILKS---KSVLSGGPLPQGH
.::.::..:: ... ..:..:::: .:
CCDS42 MSLSITNNGHSVQVDFNDSDDRTVVTGGPL-EG-
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 EFELYEVRFHWGRENQRGSEHTVNFKAFPMELHLIHWNSTLFGSIDEAVGKPHGIAIIAL
..: . .::::.... ::::::. :.:: ::::.:::. .... ::.. : :.:....
CCDS42 PYRLKQFHFHWGKKHDVGSEHTVDGKSFPSELHLVHWNAKKYSTFGEAASAPDGLAVVGV
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 FVQIGKEHVGLKAVTEILQDIQYKGKSKTIPCFNPNTLLPDPLLRDYWVYEGSLTIPPCS
:.. : :: ... .:. : ...:: . . ::::. ::: : ::.: :::: :: :
CCDS42 FLETGDEHPSMNRLTDALYMVRFKGTKAQFSCFNPKCLLPAS--RHYWTYPGSLTTPPLS
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 EGVTWILFRYPLTISQLQIEEFRRLRTHVKGAELVEGCDGILGDNFRPTQPLSDRVIRAA
:.::::..: :. ::. :. .:: : . : .. . .:::: :::. ::..:.
CCDS42 ESVTWIVLREPICISERQMGKFRSLLFTSEDDERIH-----MVNNFRPPQPLKGRVVKAS
160 170 180 190 200
290
pF1KE6 FQ
:.
CCDS42 FRA
>>CCDS10965.1 CA5A gene_id:763|Hs108|chr16 (305 aa)
initn: 582 init1: 302 opt: 607 Z-score: 724.9 bits: 142.1 E(32554): 4.7e-34
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10 20 30 40 50 60
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250 260 270 280 290
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CCDS10 PSQLSAFRTLLFSALGEE-----EKMMVNNYRPLQPLMNRKVWASFQATNEGTRS
260 270 280 290 300
>>CCDS10186.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 (343 aa)
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: .: : .: . :. .:. .: ::::.:
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....::: :. .::::::. . : :::..:.:: :. . . : .: .:.:..:.....
CCDS10 QLHLHWGNPNDPHGSEHTVSGQHFAAELHIVHYNSDLYPDASTASNKSEGLAVLAVLIEM
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]