Result of FASTA (omim) for
pFN21AE6474
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6474, 470 aa
1>>>pF1KE6474 470 - 470 aa - 470 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9213+/-0.000515; mu= 19.8706+/- 0.032
mean_var=68.2984+/-14.531, 0's: 0 Z-trim(106.9): 60 B-trim: 728 in 1/50
Lambda= 0.155192
statistics sampled from 14902 (14962) to 14902 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.51), E-opt: 0.2 (0.175), width: 16
Scan time: 6.260
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011521740 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 515) 877 206.3 1.7e-52
XP_011521736 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 515) 877 206.3 1.7e-52
XP_011521735 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 515) 877 206.3 1.7e-52
NP_003974 (OMIM: 605641) Y+L amino acid transporte ( 515) 877 206.3 1.7e-52
NP_001070253 (OMIM: 605641) Y+L amino acid transpo ( 515) 877 206.3 1.7e-52
NP_055085 (OMIM: 220100,604144) B(0,+)-type amino ( 487) 863 203.1 1.4e-51
XP_011524704 (OMIM: 220100,604144) PREDICTED: B(0, ( 487) 863 203.1 1.4e-51
NP_001229965 (OMIM: 220100,604144) B(0,+)-type ami ( 487) 863 203.1 1.4e-51
NP_001119807 (OMIM: 220100,604144) B(0,+)-type ami ( 487) 863 203.1 1.4e-51
NP_062823 (OMIM: 607959) asc-type amino acid trans ( 523) 835 196.9 1.2e-49
XP_011535601 (OMIM: 222700,603593) PREDICTED: Y+L ( 511) 832 196.2 1.8e-49
NP_001119578 (OMIM: 222700,603593) Y+L amino acid ( 511) 832 196.2 1.8e-49
XP_006720365 (OMIM: 222700,603593) PREDICTED: Y+L ( 511) 832 196.2 1.8e-49
NP_001119577 (OMIM: 222700,603593) Y+L amino acid ( 511) 832 196.2 1.8e-49
XP_011535600 (OMIM: 222700,603593) PREDICTED: Y+L ( 511) 832 196.2 1.8e-49
NP_036376 (OMIM: 604235) large neutral amino acids ( 535) 808 190.8 7.7e-48
XP_016879224 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 509) 781 184.8 4.9e-46
NP_055146 (OMIM: 607933) cystine/glutamate transpo ( 501) 780 184.5 5.7e-46
NP_003477 (OMIM: 600182) large neutral amino acids ( 507) 772 182.7 2e-45
XP_011530104 (OMIM: 607933) PREDICTED: cystine/glu ( 506) 768 181.8 3.7e-45
XP_016881719 (OMIM: 220100,604144) PREDICTED: B(0, ( 399) 700 166.5 1.2e-40
XP_006723347 (OMIM: 607959) PREDICTED: asc-type am ( 444) 677 161.4 4.5e-39
XP_011525421 (OMIM: 607959) PREDICTED: asc-type am ( 660) 587 141.4 7.1e-33
XP_016879340 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 382) 558 134.7 4.2e-31
XP_011521741 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 307) 533 129.1 1.7e-29
NP_001253965 (OMIM: 604235) large neutral amino ac ( 430) 529 128.3 4.2e-29
NP_877392 (OMIM: 604235) large neutral amino acids ( 332) 495 120.6 6.7e-27
XP_006723055 (OMIM: 220100,604144) PREDICTED: B(0, ( 260) 478 116.7 7.8e-26
XP_016879226 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 332) 479 117.0 8e-26
XP_006721349 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 352) 470 115.0 3.4e-25
XP_016879225 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 467) 443 109.1 2.8e-23
NP_001253966 (OMIM: 604235) large neutral amino ac ( 311) 404 100.2 8.7e-21
XP_011525422 (OMIM: 607959) PREDICTED: asc-type am ( 633) 369 92.6 3.4e-18
NP_066000 (OMIM: 615720,615725) probable cationic ( 771) 234 62.4 5e-09
NP_004164 (OMIM: 603752) cationic amino acid trans ( 635) 203 55.4 5.3e-07
XP_005273667 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658) 171 48.3 7.8e-05
NP_001008539 (OMIM: 601872) cationic amino acid tr ( 658) 171 48.3 7.8e-05
XP_005273669 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658) 171 48.3 7.8e-05
XP_016869235 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658) 171 48.3 7.8e-05
XP_005273668 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658) 171 48.3 7.8e-05
NP_001158243 (OMIM: 601872) cationic amino acid tr ( 698) 171 48.3 8.1e-05
XP_011541890 (OMIM: 600840) PREDICTED: solute carr ( 628) 140 41.3 0.0092
>>XP_011521740 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino acid (515 aa)
initn: 505 init1: 390 opt: 877 Z-score: 1063.5 bits: 206.3 E(85289): 1.7e-52
Smith-Waterman score: 877; 35.2% identity (71.2% similar) in 437 aa overlap (5-436:37-465)
10 20 30
pF1KE6 MDRGEKIQLKRVFGYWWGTSFLLINIIGAGIFVS
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40 50 60 70 80 90
pF1KE6 PKGVLAYSCMNVGVSLCVWAGCAILAMTSTLCSAEISISFPCSGAQYYFLKRYFGSTVAF
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100 110 120 130 140 150
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160 170 180 190 200 210
pF1KE6 RGVKEVTWLQIASSVLKVSILSFISLTGVVFLIRGKKENVERFQNAFDAELPDISHLIQA
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XP_011 AYVKWGTRVQDTFTYAKVVALIAIIVMGLVKLCQGHSEH---FQDAFEGSSWDMGNLSLA
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pF1KE6 IFQGYFAYSGGACFTLIAGELKKPRTTIPKCIFTALPLMTVVYLLVNISYLTVLTPREIL
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390 400 410 420 430 440
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XP_011 RPLKLSVFFPIVFCICSVFLVIVPLF-TDTINSLIGIGIALSGVPFYFMGVYLPESRRPL
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450 460 470
pF1KE6 EKMTCYLQLLFNICLPDVSEE
XP_011 FIRNVLAAITRGTQQLCFCVLTELDVAEEKKDERKTD
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>>XP_011521736 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino acid (515 aa)
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Smith-Waterman score: 877; 35.2% identity (71.2% similar) in 437 aa overlap (5-436:37-465)
10 20 30
pF1KE6 MDRGEKIQLKRVFGYWWGTSFLLINIIGAGIFVS
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pF1KE6 IFQGYFAYSGGACFTLIAGELKKPRTTIPKCIFTALPLMTVVYLLVNISYLTVLTPREIL
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450 460 470
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>>XP_011521735 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino acid (515 aa)
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Smith-Waterman score: 877; 35.2% identity (71.2% similar) in 437 aa overlap (5-436:37-465)
10 20 30
pF1KE6 MDRGEKIQLKRVFGYWWGTSFLLINIIGAGIFVS
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450 460 470
pF1KE6 EKMTCYLQLLFNICLPDVSEE
XP_011 FIRNVLAAITRGTQQLCFCVLTELDVAEEKKDERKTD
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>>NP_003974 (OMIM: 605641) Y+L amino acid transporter 2 (515 aa)
initn: 505 init1: 390 opt: 877 Z-score: 1063.5 bits: 206.3 E(85289): 1.7e-52
Smith-Waterman score: 877; 35.2% identity (71.2% similar) in 437 aa overlap (5-436:37-465)
10 20 30
pF1KE6 MDRGEKIQLKRVFGYWWGTSFLLINIIGAGIFVS
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130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 RGVKEVTWLQIASSVLKVSILSFISLTGVVFLIRGKKENVERFQNAFDAELPDISHLIQA
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::::::.:.::..: ..: .:.:.. : :..: ::: ::: ....:.::.:: :.. .
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450 460 470
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.:... :. . :
NP_001 MLMEVVPPEEDPE
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pF1KE6 LLFNICLPDVSEE
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NP_001 MLMEVVPPEEDPE
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NP_062 FLLLWSAVLIMYPTSLAVISMTFSNYVLQPVFPNCIPPTTASRVLSMACLMLLTWVNSSS
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NP_062 VRWATRIQDMFTGGKLLALSLIIGVGLLQIFQGHFEEL-RPSNAFAFWMTPSVGHLALAF
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