Result of FASTA (omim) for
pFN21AE6465
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6465, 539 aa
1>>>pF1KE6465 539 - 539 aa - 539 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2188+/-0.000386; mu= 19.4870+/- 0.024
mean_var=74.6221+/-15.067, 0's: 0 Z-trim(112.3): 60 B-trim: 1186 in 1/51
Lambda= 0.148471
statistics sampled from 21127 (21189) to 21127 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.612), E-opt: 0.2 (0.248), width: 16
Scan time: 8.040
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001138760 (OMIM: 605583,607557) vesicular gluta ( 539) 3632 787.8 0
NP_647480 (OMIM: 605583,607557) vesicular glutamat ( 589) 2081 455.6 2e-127
NP_065079 (OMIM: 607563) vesicular glutamate trans ( 582) 1531 337.7 5.7e-92
NP_064705 (OMIM: 605208) vesicular glutamate trans ( 560) 1434 317.0 9.9e-86
XP_011513122 (OMIM: 182308) PREDICTED: sodium-depe ( 463) 741 168.5 4.1e-41
XP_011534052 (OMIM: 269920,604322,604369) PREDICTE ( 397) 598 137.8 6.1e-32
XP_005248768 (OMIM: 269920,604322,604369) PREDICTE ( 429) 598 137.8 6.5e-32
XP_005248767 (OMIM: 269920,604322,604369) PREDICTE ( 478) 598 137.8 7.1e-32
NP_036566 (OMIM: 269920,604322,604369) sialin [Hom ( 495) 598 137.8 7.3e-32
XP_016865649 (OMIM: 611049) PREDICTED: sodium-depe ( 356) 481 112.7 2e-24
NP_001273054 (OMIM: 611049) sodium-dependent phosp ( 398) 481 112.7 2.1e-24
XP_006715014 (OMIM: 611049) PREDICTED: sodium-depe ( 398) 481 112.7 2.1e-24
NP_005826 (OMIM: 611049) sodium-dependent phosphat ( 436) 481 112.7 2.3e-24
XP_006715013 (OMIM: 611049) PREDICTED: sodium-depe ( 455) 481 112.8 2.4e-24
XP_016865648 (OMIM: 611049) PREDICTED: sodium-depe ( 455) 481 112.8 2.4e-24
XP_006715012 (OMIM: 611049) PREDICTED: sodium-depe ( 478) 481 112.8 2.5e-24
XP_005248841 (OMIM: 611049) PREDICTED: sodium-depe ( 478) 481 112.8 2.5e-24
NP_001273052 (OMIM: 611049) sodium-dependent phosp ( 478) 481 112.8 2.5e-24
XP_016865639 (OMIM: 604216) PREDICTED: probable sm ( 388) 456 107.4 8.6e-23
XP_011512513 (OMIM: 604216) PREDICTED: probable sm ( 443) 456 107.4 9.5e-23
NP_001273050 (OMIM: 604216) probable small intesti ( 443) 456 107.4 9.5e-23
NP_005486 (OMIM: 604216) probable small intestine ( 497) 456 107.4 1e-22
XP_011512517 (OMIM: 604216) PREDICTED: probable sm ( 333) 453 106.7 1.2e-22
XP_011512516 (OMIM: 604216) PREDICTED: probable sm ( 375) 453 106.7 1.3e-22
NP_005065 (OMIM: 182308) sodium-dependent phosphat ( 467) 443 104.6 6.8e-22
XP_011513120 (OMIM: 182308) PREDICTED: sodium-depe ( 499) 443 104.6 7.2e-22
XP_016866688 (OMIM: 182308) PREDICTED: sodium-depe ( 517) 443 104.7 7.4e-22
XP_016866690 (OMIM: 182308) PREDICTED: sodium-depe ( 517) 443 104.7 7.4e-22
XP_016866689 (OMIM: 182308) PREDICTED: sodium-depe ( 517) 443 104.7 7.4e-22
XP_016866691 (OMIM: 182308) PREDICTED: sodium-depe ( 489) 441 104.2 9.6e-22
XP_011513123 (OMIM: 182308) PREDICTED: sodium-depe ( 396) 432 102.2 3.1e-21
XP_016866220 (OMIM: 269920,604322,604369) PREDICTE ( 364) 423 100.3 1.1e-20
XP_016866219 (OMIM: 269920,604322,604369) PREDICTE ( 364) 423 100.3 1.1e-20
NP_001091956 (OMIM: 611034,612671) sodium-dependen ( 498) 414 98.4 5.3e-20
XP_016865640 (OMIM: 604216) PREDICTED: probable sm ( 250) 384 91.8 2.7e-18
XP_011512520 (OMIM: 604216) PREDICTED: probable sm ( 289) 370 88.8 2.4e-17
XP_011512519 (OMIM: 604216) PREDICTED: probable sm ( 321) 370 88.9 2.6e-17
XP_011512521 (OMIM: 604216) PREDICTED: probable sm ( 267) 366 88.0 4.1e-17
NP_006623 (OMIM: 611034,612671) sodium-dependent p ( 420) 348 84.2 8.4e-16
XP_011513121 (OMIM: 182308) PREDICTED: sodium-depe ( 488) 288 71.4 7e-12
NP_001289572 (OMIM: 612107,616063) solute carrier ( 430) 276 68.8 3.8e-11
NP_071365 (OMIM: 612107,616063) solute carrier fam ( 436) 276 68.8 3.8e-11
XP_011512515 (OMIM: 604216) PREDICTED: probable sm ( 419) 265 66.5 1.9e-10
NP_001157752 (OMIM: 232220,232240,602671) glucose- ( 429) 178 47.8 7.8e-05
NP_001458 (OMIM: 232220,232240,602671) glucose-6-p ( 429) 178 47.8 7.8e-05
NP_001157749 (OMIM: 232220,232240,602671) glucose- ( 429) 178 47.8 7.8e-05
NP_001157750 (OMIM: 232220,232240,602671) glucose- ( 451) 178 47.9 8.1e-05
XP_011527280 (OMIM: 612107,616063) PREDICTED: solu ( 316) 159 43.7 0.001
>>NP_001138760 (OMIM: 605583,607557) vesicular glutamate (539 aa)
initn: 3632 init1: 3632 opt: 3632 Z-score: 4204.8 bits: 787.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3632; 100.0% identity (100.0% similar) in 539 aa overlap (1-539:1-539)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MPFKAFDTFKEKILKPGKEGVKNAVGDSLGILQRKIDGTTEEEDNIELNEEGRPVQTSRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MPFKAFDTFKEKILKPGKEGVKNAVGDSLGILQRKIDGTTEEEDNIELNEEGRPVQTSRP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 SPPLCDCHCCGLPKRYIIAIMSGLGFCISFGIRCNLGVAIVEMVNNSTVYVDGKPEIQTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SPPLCDCHCCGLPKRYIIAIMSGLGFCISFGIRCNLGVAIVEMVNNSTVYVDGKPEIQTA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 QFNWDPETVGLIHGSFFWGYIMTQIPGGFISNKFAANRVFGAAIFLTSTLNMFIPSAARV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QFNWDPETVGLIHGSFFWGYIMTQIPGGFISNKFAANRVFGAAIFLTSTLNMFIPSAARV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 HYGCVMCVRILQGLVEGVTYPACHGMWSKWAPPLERSRLATTSFCGSYAGAVVAMPLAGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HYGCVMCVRILQGLVEGVTYPACHGMWSKWAPPLERSRLATTSFCGSYAGAVVAMPLAGV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 LVQYIGWSSVFYIYGMFGIIWYMFWLLQAYECPAAHPTISNEEKTYIETSIGEGANVVSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LVQYIGWSSVFYIYGMFGIIWYMFWLLQAYECPAAHPTISNEEKTYIETSIGEGANVVSL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 SVGLLSAVPHMVMTIVVPIGGQLADYLRSRQILTTTAVRKIMNCGGFGMEATLLLVVGFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SVGLLSAVPHMVMTIVVPIGGQLADYLRSRQILTTTAVRKIMNCGGFGMEATLLLVVGFS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 HTKGVAISFLVLAVGFSGFAISGFNVNHLDIAPRYASILMGISNGVGTLSGMVCPLIVGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HTKGVAISFLVLAVGFSGFAISGFNVNHLDIAPRYASILMGISNGVGTLSGMVCPLIVGA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 MTRHKTREEWQNVFLIAALVHYSGVIFYGVFASGEKQEWADPENLSEEKCGIIDQDELAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MTRHKTREEWQNVFLIAALVHYSGVIFYGVFASGEKQEWADPENLSEEKCGIIDQDELAE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KE6 EIELNHESFASPKKKMSYGATSQNCEVQKKEWKGQRGATLDEEELTSYQNEERNFSTIS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EIELNHESFASPKKKMSYGATSQNCEVQKKEWKGQRGATLDEEELTSYQNEERNFSTIS
490 500 510 520 530
>>NP_647480 (OMIM: 605583,607557) vesicular glutamate tr (589 aa)
initn: 3618 init1: 2081 opt: 2081 Z-score: 2408.8 bits: 455.6 E(85289): 2e-127
Smith-Waterman score: 3413; 91.2% identity (91.2% similar) in 571 aa overlap (1-521:1-571)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MPFKAFDTFKEKILKPGKEGVKNAVGDSLGILQRKIDGTTEEEDNIELNEEGRPVQTSRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_647 MPFKAFDTFKEKILKPGKEGVKNAVGDSLGILQRKIDGTTEEEDNIELNEEGRPVQTSRP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 SPPLCDCHCCGLPKRYIIAIMSGLGFCISFGIRCNLGVAIVEMVNNSTVYVDGKPEIQTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_647 SPPLCDCHCCGLPKRYIIAIMSGLGFCISFGIRCNLGVAIVEMVNNSTVYVDGKPEIQTA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 QFNWDPETVGLIHGSFFWGYIMTQIPGGFISNKFAANRVFGAAIFLTSTLNMFIPSAARV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_647 QFNWDPETVGLIHGSFFWGYIMTQIPGGFISNKFAANRVFGAAIFLTSTLNMFIPSAARV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 HYGCVMCVRILQGLVEGVTYPACHGMWSKWAPPLERSRLATTSFCGSYAGAVVAMPLAGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_647 HYGCVMCVRILQGLVEGVTYPACHGMWSKWAPPLERSRLATTSFCGSYAGAVVAMPLAGV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 LVQYIGWSSVFYIYGMFGIIWYMFWLLQAYECPAAHPTISNEEKTYIETSIGEGANVVSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_647 LVQYIGWSSVFYIYGMFGIIWYMFWLLQAYECPAAHPTISNEEKTYIETSIGEGANVVSL
250 260 270 280 290 300
310
pF1KE6 S--------------------------------------------------VGLLSAVPH
: :::::::::
NP_647 SKFSTPWKRFFTSLPVYAIIVANFCRSWTFYLLLISQPAYFEEVFGFAISKVGLLSAVPH
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360 370
pF1KE6 MVMTIVVPIGGQLADYLRSRQILTTTAVRKIMNCGGFGMEATLLLVVGFSHTKGVAISFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_647 MVMTIVVPIGGQLADYLRSRQILTTTAVRKIMNCGGFGMEATLLLVVGFSHTKGVAISFL
370 380 390 400 410 420
380 390 400 410 420 430
pF1KE6 VLAVGFSGFAISGFNVNHLDIAPRYASILMGISNGVGTLSGMVCPLIVGAMTRHKTREEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_647 VLAVGFSGFAISGFNVNHLDIAPRYASILMGISNGVGTLSGMVCPLIVGAMTRHKTREEW
430 440 450 460 470 480
440 450 460 470 480 490
pF1KE6 QNVFLIAALVHYSGVIFYGVFASGEKQEWADPENLSEEKCGIIDQDELAEEIELNHESFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_647 QNVFLIAALVHYSGVIFYGVFASGEKQEWADPENLSEEKCGIIDQDELAEEIELNHESFA
490 500 510 520 530 540
500 510 520 530
pF1KE6 SPKKKMSYGATSQNCEVQKKEWKGQRGATLDEEELTSYQNEERNFSTIS
:::::::::::::::::::::::::::::::
NP_647 SPKKKMSYGATSQNCEVQKKEWKGQRGATLDEEELTSYQNEERNFSTIS
550 560 570 580
>>NP_065079 (OMIM: 607563) vesicular glutamate transport (582 aa)
initn: 2593 init1: 1531 opt: 1531 Z-score: 1772.2 bits: 337.7 E(85289): 5.7e-92
Smith-Waterman score: 2496; 67.2% identity (81.3% similar) in 561 aa overlap (7-513:2-559)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MPFKAFDTFKEKILKPGKEGVKNAVGDSLGILQRKIDGTTEEEDNIELNEEGRPVQTSRP
.. :..:: :::::.:: .: ::: . : .. . ..:::.:.:.:... .
NP_065 MESVKQRILAPGKEGLKNFAGKSLGQIYRVLEKKQDTGETIELTEDGKPLEVPER
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 SPPLCDCHCCGLPKRYIIAIMSGLGFCISFGIRCNLGVAIVEMVNNSTVYVDGKPEIQTA
. ::::: : :::.:::::::::::::::::::::::::::.::::::.. :: . :
NP_065 KAPLCDCTCFGLPRRYIIAIMSGLGFCISFGIRCNLGVAIVDMVNNSTIHRGGKVIKEKA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 QFNWDPETVGLIHGSFFWGYIMTQIPGGFISNKFAANRVFGAAIFLTSTLNMFIPSAARV
.:::::::::.::::::::::.::::::.:....::::::::::.:::::::.:::::::
NP_065 KFNWDPETVGMIHGSFFWGYIITQIPGGYIASRLAANRVFGAAILLTSTLNMLIPSAARV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 HYGCVMCVRILQGLVEGVTYPACHGMWSKWAPPLERSRLATTSFCGSYAGAVVAMPLAGV
:::::. ::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.::::::.
NP_065 HYGCVIFVRILQGLVEGVTYPACHGIWSKWAPPLERSRLATTSFCGSYAGAVIAMPLAGI
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 LVQYIGWSSVFYIYGMFGIIWYMFWLLQAYECPAAHPTISNEEKTYIETSIGEGANVVSL
:::: :::::::.:: ::..::::::: .:: :: ::::..::. ::: ::::.::...
NP_065 LVQYTGWSSVFYVYGSFGMVWYMFWLLVSYESPAKHPTITDEERRYIEESIGESANLLGA
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 ---------------------------------------------------SVGLLSAVP
.::.:::::
NP_065 MEKFKTPWRKFFTSMPVYAIIVANFCRSWTFYLLLISQPAYFEEVFGFEISKVGMLSAVP
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 HMVMTIVVPIGGQLADYLRSRQILTTTAVRKIMNCGGFGMEATLLLVVGFSHTKGVAISF
:.::::.::::::.::.:::.:::.::.:::::::::::::::::::::.:::.::::::
NP_065 HLVMTIIVPIGGQIADFLRSKQILSTTTVRKIMNCGGFGMEATLLLVVGYSHTRGVAISF
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 LVLAVGFSGFAISGFNVNHLDIAPRYASILMGISNGVGTLSGMVCPLIVGAMTRHKTREE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::..:.:::
NP_065 LVLAVGFSGFAISGFNVNHLDIAPRYASILMGISNGVGTLSGMVCPIIVGAMTKNKSREE
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 WQNVFLIAALVHYSGVIFYGVFASGEKQEWADPENLSEEKCGIIDQDELAEE---IELNH
:: ::::::::::.:::::..::::::: :::::. ::::::.: .::: :: : :.
NP_065 WQYVFLIAALVHYGGVIFYAIFASGEKQPWADPEETSEEKCGFIHEDELDEETGDITQNY
480 490 500 510 520 530
490 500 510 520 530
pF1KE6 ESFASPKKKMSYGATSQNCEVQKKEWKGQRGATLDEEELTSYQNEERNFSTIS
.... : :::::.: . :.
NP_065 INYGTTK---SYGATTQANGGWPSGWEKKEEFVQGEVQDSHSYKDRVDYS
540 550 560 570 580
>>NP_064705 (OMIM: 605208) vesicular glutamate transport (560 aa)
initn: 2461 init1: 1434 opt: 1434 Z-score: 1660.1 bits: 317.0 E(85289): 9.9e-86
Smith-Waterman score: 2382; 67.8% identity (80.7% similar) in 540 aa overlap (18-501:5-544)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MPFKAFDTFKEKILKPGKEGVKNAVGDSLGILQRKIDGTTEEEDNIELNEEGRPVQTSRP
.: .. .: .:: :.: .. : ...::. .:::: :.
NP_064 MEFRQEEFRKLAGRALGKLHRLLEKRQEGAETLELSADGRPVTTQTR
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 SPPLCDCHCCGLPKRYIIAIMSGLGFCISFGIRCNLGVAIVEMVNNSTVYVDGKPEIQTA
.::. :: : :::.::::::::::::::::::::::::::: ::::::.. :. .: :
NP_064 DPPVVDCTCFGLPRRYIIAIMSGLGFCISFGIRCNLGVAIVSMVNNSTTHRGGHVVVQKA
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 QFNWDPETVGLIHGSFFWGYIMTQIPGGFISNKFAANRVFGAAIFLTSTLNMFIPSAARV
::.::::::::::::::::::.:::::::: .::::::::: :: ::::::.:::::::
NP_064 QFSWDPETVGLIHGSFFWGYIVTQIPGGFICQKFAANRVFGFAIVATSTLNMLIPSAARV
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 HYGCVMCVRILQGLVEGVTYPACHGMWSKWAPPLERSRLATTSFCGSYAGAVVAMPLAGV
:::::. ::::::::::::::::::.::::::::::::::::.:::::::::::::::::
NP_064 HYGCVIFVRILQGLVEGVTYPACHGIWSKWAPPLERSRLATTAFCGSYAGAVVAMPLAGV
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KE6 LVQYIGWSSVFYIYGMFGIIWYMFWLLQAYECPAAHPTISNEEKTYIETSIGEGANVVS-
:::: :::::::.:: :::.::.:::: .:: :: ::.::.::. ::: .:::.:....
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300
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:. :::.::.:
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310 320 330 340 350 360
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:.::::.::::::.::.::::.:..:: :::.:::::::::::::::::.::.:::::::
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370 380 390 400 410 420
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NP_064 LVLAVGFSGFAISGFNVNHLDIAPRYASILMGISNGVGTLSGMVCPIIVGAMTKHKTREE
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430 440 450 460 470 480
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:: :::::.::::.:::::::::::::: ::.::..::::::.. .:.:: .. :.. :
NP_064 WQYVFLIASLVHYGGVIFYGVFASGEKQPWAEPEEMSEEKCGFVGHDQLAGSDDSEMEDE
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490 500 510 520 530
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. : : :::::
NP_064 AEPPGAPPAPPPSYGATHSTFQPPRPPPPVRDY
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: ::.: : . : : :....: :::.. . : :. :.. ..:
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.:: ::::.: : ..:.. :. : :: :: :: :: .:. . :
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.::..:.. : ..:::.:.. .:.::.. ::::... .:: . : . . . . : :
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. ::.:: . ..: ..: .: ::::::: ... . :. .: ..:.. ..: .
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.. . : ..:.. : .. .:.::: . :..: :.::
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.:. . . : : ::. :: :: .:.
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470
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