Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6459
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6459, 453 aa
1>>>pF1KE6459 453 - 453 aa - 453 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5033+/-0.000736; mu= 13.1067+/- 0.045
mean_var=96.7803+/-19.770, 0's: 0 Z-trim(111.5): 26 B-trim: 488 in 1/52
Lambda= 0.130371
statistics sampled from 12441 (12466) to 12441 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.73), E-opt: 0.2 (0.383), width: 16
Scan time: 2.180
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5685.1 AP4M1 gene_id:9179|Hs108|chr7 ( 453) 2996 573.4 1.6e-163
CCDS43177.1 AP2M1 gene_id:1173|Hs108|chr3 ( 435) 559 115.0 1.5e-25
CCDS43178.1 AP2M1 gene_id:1173|Hs108|chr3 ( 433) 515 106.8 4.6e-23
CCDS82880.1 AP2M1 gene_id:1173|Hs108|chr3 ( 460) 515 106.8 4.9e-23
CCDS46008.1 AP1M1 gene_id:8907|Hs108|chr19 ( 435) 409 86.8 4.6e-17
>>CCDS5685.1 AP4M1 gene_id:9179|Hs108|chr7 (453 aa)
initn: 2996 init1: 2996 opt: 2996 Z-score: 3049.2 bits: 573.4 E(32554): 1.6e-163
Smith-Waterman score: 2996; 100.0% identity (100.0% similar) in 453 aa overlap (1-453:1-453)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MISQFFILSSKGDPLIYKDFRGDSGGRDVAELFYRKLTGLPGDESPVVMHHHGRHFIHIR
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CCDS56 MISQFFILSSKGDPLIYKDFRGDSGGRDVAELFYRKLTGLPGDESPVVMHHHGRHFIHIR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 HSGLYLVVTTSENVSPFSLLELLSRLATLLGDYCGSLGEGTISRNVALVYELLDEVLDYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 HSGLYLVVTTSENVSPFSLLELLSRLATLLGDYCGSLGEGTISRNVALVYELLDEVLDYG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 YVQTTSTEMLRNFIQTEAVVSKPFSLFDLSSVGLFGAETQQSKVAPSSAASRPVLSSRSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 YVQTTSTEMLRNFIQTEAVVSKPFSLFDLSSVGLFGAETQQSKVAPSSAASRPVLSSRSD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 QSQKNEVFLDVVERLSVLIASNGSLLKVDVQGEIRLKSFLPSGSEMRIGLTEEFCVGKSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QSQKNEVFLDVVERLSVLIASNGSLLKVDVQGEIRLKSFLPSGSEMRIGLTEEFCVGKSE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 LRGYGPGIRVDEVSFHSSVNLDEFESHRILRLQPPQGELTVMRYQLSDDLPSPLPFRLFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LRGYGPGIRVDEVSFHSSVNLDEFESHRILRLQPPQGELTVMRYQLSDDLPSPLPFRLFP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 SVQWDRGSGRLQVYLKLRCDLLSKSQALNVRLHLPLPRGVVSLSQELSSPEQKAELAEGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SVQWDRGSGRLQVYLKLRCDLLSKSQALNVRLHLPLPRGVVSLSQELSSPEQKAELAEGA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 LRWDLPRVQGGSQLSGLFQMDVPGPPGPPSHGLSTSASPLGLGPASLSFELPRHTCSGLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LRWDLPRVQGGSQLSGLFQMDVPGPPGPPSHGLSTSASPLGLGPASLSFELPRHTCSGLQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE6 VRFLRLAFRPCGNANPHKWVRHLSHSDAYVIRI
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VRFLRLAFRPCGNANPHKWVRHLSHSDAYVIRI
430 440 450
>>CCDS43177.1 AP2M1 gene_id:1173|Hs108|chr3 (435 aa)
initn: 474 init1: 136 opt: 559 Z-score: 572.2 bits: 115.0 E(32554): 1.5e-25
Smith-Waterman score: 643; 28.9% identity (63.4% similar) in 464 aa overlap (1-452:1-434)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MISQFFILSSKGDPLIYKDFRGDSGGRDVAELFYRKLTGLPGDESPVVMHHHGRHFIHIR
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CCDS43 MIGGLFIYNHKGEVLISRVYRDDIG-RNAVDAFRVNVIHARQQVRSPVTNIARTSFFHVK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 HSGLYLVVTTSENVSPFSLLELLSRLATLLGDYCGSLGEGTISRNVALVYELLDEVLDYG
.:...:...:..::. ..:.: .. ... : :...: .:. : .:.::::::.::.:
CCDS43 RSNIWLAAVTKQNVNAAMVFEFLYKMCDVMAAYFGKISEENIKNNFVLIYELLDEILDFG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 YVQTTSTEMLRNFIQTEAVVSKPFSLFDLSSVGLFGAETQQSKVAPSSAASRPVLSSRSD
: :.. : :..:: ... :. . . :.. :.:. . . : .. :
CCDS43 YPQNSETGALKTFITQQGIKSQHQTKEEQSQI--------TSQVTGQIGWRREGIKYR--
120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KE6 QSQKNEVFLDVVERLSVLIASNGSLLKVDVQGEIRLKSFLPSGSEMRIGLTEEFCV---G
.::.::::.: ...:.. .:..:.. :.:.. .::.: . : ..:..... . :
CCDS43 ---RNELFLDVLESVNLLMSPQGQVLSAHVSGRVVMKSYLSGMPECKFGMNDKIVIEKQG
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 KS---ELRGYGP-GIRVDEVSFHSSVNLDEFESHRILRLQPPQGELTVMRYQLSDDLPSP
:. : : .: .:. .::. : :..:.:.: . . ::.::. .:::. . :.
CCDS43 KGTADETSKSGKQSIAIDDCTFHQCVRLSKFDSERSISFIPPDGEFELMRYRTTKDI--I
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 LPFRLFPSVQWDRGSGRLQVYLKLRCDLLSKSQALNVRLHLPLPRGVVSLSQELSSPEQK
::::..: :. . : .:.: . .. .. . : ......: : .. ... . . :
CCDS43 LPFRVIPLVR-EVGRTKLEVKVVIKSNFKPSLLAQKIEVRIPTPLNTSGVQVICMKGKAK
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 AELAEGALRWDLPRVQGG--SQLSGLFQMDVPGPPGPPSHGLSTSASPLGLGPASLSFEL
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CCDS43 YKASENAIVWKIKRMAGMKESQISAEIELL-------PTNDKKKWARP----PISMNFEV
350 360 370 380 390
420 430 440 450
pF1KE6 PRHTCSGLQVRFLRLAFRPCGNANPH---KWVRHLSHSDAYVIRI
: . :::.::.:.. :.: : . : ::::....: : :
CCDS43 P-FAPSGLKVRYLKV-FEPKLNYSDHDVIKWVRYIGRSGIYETRC
400 410 420 430
>>CCDS43178.1 AP2M1 gene_id:1173|Hs108|chr3 (433 aa)
initn: 474 init1: 136 opt: 515 Z-score: 527.5 bits: 106.8 E(32554): 4.6e-23
Smith-Waterman score: 641; 28.4% identity (64.0% similar) in 464 aa overlap (1-452:1-432)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MISQFFILSSKGDPLIYKDFRGDSGGRDVAELFYRKLTGLPGDESPVVMHHHGRHFIHIR
::. .:: . ::. :: . .: : : :.... : .. . : . :.:..
CCDS43 MIGGLFIYNHKGEVLISRVYRDDIG-RNAVDAFRVNVIHARQQVRSPVTNIARTSFFHVK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 HSGLYLVVTTSENVSPFSLLELLSRLATLLGDYCGSLGEGTISRNVALVYELLDEVLDYG
.:...:...:..::. ..:.: .. ... : :...: .:. : .:.::::::.::.:
CCDS43 RSNIWLAAVTKQNVNAAMVFEFLYKMCDVMAAYFGKISEENIKNNFVLIYELLDEILDFG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 YVQTTSTEMLRNFIQTEAVVSKPFSLFDLSSVGLFGAETQQSKVAPSSAASRPVLSSRSD
: :.. : :..:: ... :. .. .::... :..... ..
CCDS43 YPQNSETGALKTFITQQGIKSQ--------------TKEEQSQIT-SQVTGQIGWRREGI
120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KE6 QSQKNEVFLDVVERLSVLIASNGSLLKVDVQGEIRLKSFLPSGSEMRIGLTEEFCV---G
. ..::.::::.: ...:.. .:..:.. :.:.. .::.: . : ..:..... . :
CCDS43 KYRRNELFLDVLESVNLLMSPQGQVLSAHVSGRVVMKSYLSGMPECKFGMNDKIVIEKQG
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 KS---ELRGYGP-GIRVDEVSFHSSVNLDEFESHRILRLQPPQGELTVMRYQLSDDLPSP
:. : : .: .:. .::. : :..:.:.: . . ::.::. .:::. . :.
CCDS43 KGTADETSKSGKQSIAIDDCTFHQCVRLSKFDSERSISFIPPDGEFELMRYRTTKDI--I
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 LPFRLFPSVQWDRGSGRLQVYLKLRCDLLSKSQALNVRLHLPLPRGVVSLSQELSSPEQK
::::..: :. . : .:.: . .. .. . : ......: : .. ... . . :
CCDS43 LPFRVIPLVR-EVGRTKLEVKVVIKSNFKPSLLAQKIEVRIPTPLNTSGVQVICMKGKAK
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 AELAEGALRWDLPRVQGG--SQLSGLFQMDVPGPPGPPSHGLSTSASPLGLGPASLSFEL
. .:.:. : . :. : ::.:. ... :.. . : : : :..::.
CCDS43 YKASENAIVWKIKRMAGMKESQISAEIELL-------PTNDKKKWARP----PISMNFEV
350 360 370 380 390
420 430 440 450
pF1KE6 PRHTCSGLQVRFLRLAFRPCGNANPH---KWVRHLSHSDAYVIRI
: . :::.::.:.. :.: : . : ::::....: : :
CCDS43 P-FAPSGLKVRYLKV-FEPKLNYSDHDVIKWVRYIGRSGIYETRC
400 410 420 430
>>CCDS82880.1 AP2M1 gene_id:1173|Hs108|chr3 (460 aa)
initn: 488 init1: 136 opt: 515 Z-score: 527.1 bits: 106.8 E(32554): 4.9e-23
Smith-Waterman score: 628; 28.5% identity (62.1% similar) in 488 aa overlap (1-452:1-459)
10 20 30 40
pF1KE6 MISQFFILSSKGDPLIYKDFRGDSGGRDVAELFYRKLTG-LPGD----------ESPVVM
::. .:: . ::. :: . .: : :.:..:. . .: .::. .. :
CCDS82 MIGGLFIYNHKGEVLISRVYRDDIGSRQAADSAVFSSSGPFPGEWLEANRRNAVDAFRVN
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KE6 HHHGRH-------------FIHIRHSGLYLVVTTSENVSPFSLLELLSRLATLLGDYCGS
:.:. :.:...:...:...:..::. ..:.: .. ... : :.
CCDS82 VIHARQQVRSPVTNIARTSFFHVKRSNIWLAAVTKQNVNAAMVFEFLYKMCDVMAAYFGK
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 LGEGTISRNVALVYELLDEVLDYGYVQTTSTEMLRNFIQTEAVVSKPFSLFDLSSVGLFG
..: .:. : .:.::::::.::.:: :.. : :..:: ... :. . . :..
CCDS82 ISEENIKNNFVLIYELLDEILDFGYPQNSETGALKTFITQQGIKSQHQTKEEQSQI----
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 AETQQSKVAPSSAASRPVLSSRSDQSQKNEVFLDVVERLSVLIASNGSLLKVDVQGEIRL
:.:. . . : .. : .::.::::.: ...:.. .:..:.. :.:.. .
CCDS82 ----TSQVTGQIGWRREGIKYR-----RNELFLDVLESVNLLMSPQGQVLSAHVSGRVVM
180 190 200 210 220
220 230 240 250 260
pF1KE6 KSFLPSGSEMRIGLTEEFCV---GKS---ELRGYGP-GIRVDEVSFHSSVNLDEFESHRI
::.: . : ..:..... . ::. : : .: .:. .::. : :..:.:.:
CCDS82 KSYLSGMPECKFGMNDKIVIEKQGKGTADETSKSGKQSIAIDDCTFHQCVRLSKFDSERS
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KE6 LRLQPPQGELTVMRYQLSDDLPSPLPFRLFPSVQWDRGSGRLQVYLKLRCDLLSKSQALN
. . ::.::. .:::. . :. ::::..: :. . : .:.: . .. .. . : .
CCDS82 ISFIPPDGEFELMRYRTTKDI--ILPFRVIPLVR-EVGRTKLEVKVVIKSNFKPSLLAQK
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KE6 VRLHLPLPRGVVSLSQELSSPEQKAELAEGALRWDLPRVQGG--SQLSGLFQMDVPGPPG
.....: : .. ... . . : . .:.:. : . :. : ::.:. ...
CCDS82 IEVRIPTPLNTSGVQVICMKGKAKYKASENAIVWKIKRMAGMKESQISAEIELL------
350 360 370 380 390
390 400 410 420 430 440
pF1KE6 PPSHGLSTSASPLGLGPASLSFELPRHTCSGLQVRFLRLAFRPCGNANPH---KWVRHLS
:.. . : : : :..::.: . :::.::.:.. :.: : . : ::::...
CCDS82 -PTNDKKKWARP----PISMNFEVP-FAPSGLKVRYLKV-FEPKLNYSDHDVIKWVRYIG
400 410 420 430 440 450
450
pF1KE6 HSDAYVIRI
.: : :
CCDS82 RSGIYETRC
460
>>CCDS46008.1 AP1M1 gene_id:8907|Hs108|chr19 (435 aa)
initn: 586 init1: 251 opt: 409 Z-score: 419.7 bits: 86.8 E(32554): 4.6e-17
Smith-Waterman score: 618; 28.1% identity (59.9% similar) in 466 aa overlap (3-452:4-433)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MISQFFILSSKGDPLIYKDFRGDSGGRDVAELFYRKLTGLP--GDESPVVMHHHGRHFI
: ..:. :: :: ...::: .: : :. : : ::. . : : .:.
CCDS46 MSASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEV-EHFMPILMEKEEEGMLSPI-LAHGGVRFM
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 HIRHSGLYLVVTTSENVSPFSLLELLSRLATLLGDYCGSLGEGTISRNVALVYELLDEVL
:.:..::::.:...:. .. .: ... ....: : : .: : ...::::::..
CCDS46 WIKHNNLYLVATSKKNACVSLVFSFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELM
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 DYGYVQTTSTEMLRNFIQTEAVVSKPFSLFDLSSVGLFGAETQQSKVAPSSAASRPVLSS
:.:: :::....:...: : : . . . : .... : :
CCDS46 DFGYPQTTDSKILQEYITQE------------------GHKLETGAPRPPATVTNAV-SW
120 130 140 150
180 190 200 210 220
pF1KE6 RSD--QSQKNEVFLDVVERLSVL------------IASNGSLLKVDVQGEIRLKSFLPSG
::. . .::::::::.: ...: ...::..:. .. : :... :: .
CCDS46 RSEGIKYRKNEVFLDVIESVNLLGKYPGVGWLGHTVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGM
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 SEMRIGLTEEFCVGKSELRGYGPGIRVDEVSFHSSVNLDEFESHRILRLQPPQGELTVMR
:.:.::... .. :: . ......:.::. : :..::. : . . ::.::. .:
CCDS46 PELRLGLNDKVLFDNTG-RGKSKSVELEDVKFHQCVRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMS
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 YQLSDDLPSPLPFRLFPSVQWDRGSGRLQVYLKLRCDLLSKSQALNVRLHLPLPRGVVSL
:.:. . :. . :: .. .:.. ..: . .. .: : ::..:.:.: . :
CCDS46 YRLNTHVK---PLIWIESVIEKHSHSRIEYMIKAKSQFKRRSTANNVEIHIPVPNDADSP
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KE6 SQELSSPEQKAELAEGALRWDLPRVQGGSQLSGLFQMDVPGPPGPPSHGLSTSASPLGLG
. . . : .. . :.. ::.. .. .:. . ..: .:
CCDS46 KFKTTVGSVKWVPENSEIVWSIKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEG-----KP----
340 350 360 370 380
410 420 430 440 450
pF1KE6 PASLSFELPRHTCSGLQVRFLRLAFRPCGNANPHKWVRHLSHSDAYVIRI
: :..::.: : ::.:::.:.. . .: : :::..... : .:
CCDS46 PISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKIIEKSGYQALP--WVRYITQNGDYQLRTQ
390 400 410 420 430
453 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 13:29:57 2016 done: Tue Nov 8 13:29:58 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]