Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6437
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6437, 558 aa
1>>>pF1KE6437 558 - 558 aa - 558 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7243+/-0.00103; mu= 15.7208+/- 0.061
mean_var=66.0398+/-13.732, 0's: 0 Z-trim(103.3): 30 B-trim: 408 in 1/47
Lambda= 0.157823
statistics sampled from 7315 (7326) to 7315 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.593), E-opt: 0.2 (0.225), width: 16
Scan time: 2.380
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1295.1 FMO4 gene_id:2329|Hs108|chr1 ( 558) 3795 873.5 0
CCDS1293.2 FMO2 gene_id:2327|Hs108|chr1 ( 535) 2032 472.1 7.6e-133
CCDS1292.1 FMO3 gene_id:2328|Hs108|chr1 ( 532) 2016 468.4 9.4e-132
CCDS926.1 FMO5 gene_id:2330|Hs108|chr1 ( 533) 1908 443.8 2.4e-124
CCDS1294.1 FMO1 gene_id:2326|Hs108|chr1 ( 532) 1884 438.4 1.1e-122
CCDS44209.1 FMO5 gene_id:2330|Hs108|chr1 ( 464) 1631 380.7 2e-105
CCDS60351.1 FMO1 gene_id:2326|Hs108|chr1 ( 469) 1344 315.4 9.7e-86
CCDS44210.1 FMO5 gene_id:2330|Hs108|chr1 ( 285) 1183 278.7 6.7e-75
>>CCDS1295.1 FMO4 gene_id:2329|Hs108|chr1 (558 aa)
initn: 3795 init1: 3795 opt: 3795 Z-score: 4667.6 bits: 873.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3795; 100.0% identity (100.0% similar) in 558 aa overlap (1-558:1-558)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MAKKVAVIGAGVSGLSSIKCCVDEDLEPTCFERSDDIGGLWKFTESSKDGMTRVYKSLVT
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CCDS12 MAKKVAVIGAGVSGLSSIKCCVDEDLEPTCFERSDDIGGLWKFTESSKDGMTRVYKSLVT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 NVCKEMSCYSDFPFHEDYPNFMNHEKFWDYLQEFAEHFDLLKYIQFKTTVCSITKRPDFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NVCKEMSCYSDFPFHEDYPNFMNHEKFWDYLQEFAEHFDLLKYIQFKTTVCSITKRPDFS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 ETGQWDVVTETEGKQNRAVFDAVMVCTGHFLNPHLPLEAFPGIHKFKGQILHSQEYKIPE
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CCDS12 ETGQWDVVTETEGKQNRAVFDAVMVCTGHFLNPHLPLEAFPGIHKFKGQILHSQEYKIPE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 GFQGKRVLVIGLGNTGGDIAVELSRTAAQVLLSTRTGTWVLGRSSDWGYPYNMMVTRRCC
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CCDS12 GFQGKRVLVIGLGNTGGDIAVELSRTAAQVLLSTRTGTWVLGRSSDWGYPYNMMVTRRCC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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CCDS12 SFIAQVLPSRFLNWIQERKLNKRFNHEDYGLSITKGKKAKFIVNDELPNCILCGAITMKT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 SVIEFTETSAVFEDGTVEENIDVVIFTTGYTFSFPFFEEPLKSLCTKKIFLYKQVFPLNL
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CCDS12 SVIEFTETSAVFEDGTVEENIDVVIFTTGYTFSFPFFEEPLKSLCTKKIFLYKQVFPLNL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 ERATLAIIGLIGLKGSILSGTELQARWVTRVFKGLCKIPPSQKLMMEATEKEQLIKRGVF
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CCDS12 ERATLAIIGLIGLKGSILSGTELQARWVTRVFKGLCKIPPSQKLMMEATEKEQLIKRGVF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 KDTSKDKFDYIAYMDDIAACIGTKPSIPLLFLKDPRLAWEVFFGPCTPYQYRLMGPGKWD
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CCDS12 KDTSKDKFDYIAYMDDIAACIGTKPSIPLLFLKDPRLAWEVFFGPCTPYQYRLMGPGKWD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 GARNAILTQWDRTLKPLKTRIVPDSSKPASMSHYLKAWGAPVLLASLLLICKSSLFLKLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GARNAILTQWDRTLKPLKTRIVPDSSKPASMSHYLKAWGAPVLLASLLLICKSSLFLKLV
490 500 510 520 530 540
550
pF1KE6 RDKLQDRMSPYLVSLWRG
::::::::::::::::::
CCDS12 RDKLQDRMSPYLVSLWRG
550
>>CCDS1293.2 FMO2 gene_id:2327|Hs108|chr1 (535 aa)
initn: 1995 init1: 1209 opt: 2032 Z-score: 2498.5 bits: 472.1 E(32554): 7.6e-133
Smith-Waterman score: 2032; 55.5% identity (82.1% similar) in 537 aa overlap (1-532:1-531)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MAKKVAVIGAGVSGLSSIKCCVDEDLEPTCFERSDDIGGLWKFTESSKDGMTRVYKSLVT
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CCDS12 MAKKVAVIGAGVSGLISLKCCVDEGLEPTCFERTEDIGGVWRFKENVEDGRASIYQSVVT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 NVCKEMSCYSDFPFHEDYPNFMNHEKFWDYLQEFAEHFDLLKYIQFKTTVCSITKRPDFS
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CCDS12 NTSKEMSCFSDFPMPEDFPNFLHNSKLLEYFRIFAKKFDLLKYIQFQTTVLSVRKCPDFS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 ETGQWDVVTETEGKQNRAVFDAVMVCTGHFLNPHLPLEAFPGIHKFKGQILHSQEYKIPE
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CCDS12 SSGQWKVVTQSNGKEQSAVFDAVMVCSGHHILPHIPLKSFPGMERFKGQYFHSRQYKHPD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 GFQGKRVLVIGLGNTGGDIAVELSRTAAQVLLSTRTGTWVLGRSSDWGYPYNMMVTRRCC
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CCDS12 GFEGKRILVIGMGNSGSDIAVELSKNAAQVFISTRHGTWVMSRISEDGYPWDSVFHTRFR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KE6 SFIAQVLPSRFLNWIQERKLNKRFNHEDYGLSITKGKKAKF-IVNDELPNCILCGAITMK
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CCDS12 SMLRNVLPRTAVKWMIEQQMNRWFNHENYGLEPQNKYIMKEPVLNDDVPSRLLCGAIKVK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 TSVIEFTETSAVFEDGTVEENIDVVIFTTGYTFSFPFFEEPLKSLCTKKIFLYKQVFPLN
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CCDS12 STVKELTETSAIFEDGTVEENIDVIIFATGYSFSFPFLEDSLVKVENNMVSLYKYIFPAH
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 LERATLAIIGLIGLKGSILSGTELQARWVTRVFKGLCKIPPSQKLMMEATEKEQLIKR-G
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CCDS12 LDKSTLACIGLIQPLGSIFPTAELQARWVTRVFKGLCSLPSERTMMMDIIKRNE--KRID
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 VFKDTSKDKF--DYIAYMDDIAACIGTKPSIPLLFLKDPRLAWEVFFGPCTPYQYRLMGP
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CCDS12 LFGESQSQTLQTNYVDYLDELALEIGAKPDFCSLLFKDPKLAVRLYFGPCNSYQYRLVGP
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 GKWDGARNAILTQWDRTLKPLKTRIVPDSSKPASMSHYLKAWGAPVLLASLL-LICKSSL
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CCDS12 GQWEGARNAIFTQKQRILKPLKTRALKDSSN-FSVSFLLKILG---LLAVVVAFFCQLQW
480 490 500 510 520 530
540 550
pF1KE6 FLKLVRDKLQDRMSPYLVSLWRG
CCDS12 S
>>CCDS1292.1 FMO3 gene_id:2328|Hs108|chr1 (532 aa)
initn: 1891 init1: 1472 opt: 2016 Z-score: 2478.8 bits: 468.4 E(32554): 9.4e-132
Smith-Waterman score: 2016; 52.5% identity (80.6% similar) in 531 aa overlap (1-530:1-530)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MAKKVAVIGAGVSGLSSIKCCVDEDLEPTCFERSDDIGGLWKFTESSKDGMTRVYKSLVT
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CCDS12 MGKKVAIIGAGVSGLASIRSCLEEGLEPTCFEKSNDIGGLWKFSDHAEEGRASIYKSVFS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 NVCKEMSCYSDFPFHEDYPNFMNHEKFWDYLQEFAEHFDLLKYIQFKTTVCSITKRPDFS
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CCDS12 NSSKEMMCFPDFPFPDDFPNFMHNSKIQEYIIAFAKEKNLLKYIQFKTFVSSVNKHPDFA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 ETGQWDVVTETEGKQNRAVFDAVMVCTGHFLNPHLPLEAFPGIHKFKGQILHSQEYKIPE
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CCDS12 TTGQWDVTTERDGKKESAVFDAVMVCSGHHVYPNLPKESFPGLNHFKGKCFHSRDYKEPG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 GFQGKRVLVIGLGNTGGDIAVELSRTAAQVLLSTRTGTWVLGRSSDWGYPYNMMVTRRCC
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CCDS12 VFNGKRVLVVGLGNSGCDIATELSRTAEQVMISSRSGSWVMSRVWDNGYPWDMLLVTRFG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KE6 SFIAQVLPSRFLNWIQERKLNKRFNHEDYGLSITKGK-KAKFIVNDELPNCILCGAITMK
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CCDS12 TFLKNNLPTAISDWLYVKQMNARFKHENYGLMPLNGVLRKEPVFNDELPASILCGIVSVK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 TSVIEFTETSAVFEDGTVEENIDVVIFTTGYTFSFPFFEEPLKSLCTKKIFLYKQVFPLN
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CCDS12 PNVKEFTETSAIFEDGTIFEGIDCVIFATGYSFAYPFLDESIIKSRNNEIILFKGVFPPL
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 LERATLAIIGLIGLKGSILSGTELQARWVTRVFKGLCKIPPSQKLMMEATEKEQLIKRGV
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CCDS12 LEKSTIAVIGFVQSLGAAIPTVDLQSRWAAQVIKGTCTLPSMEDMMNDINEKMEK-KRKW
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 FKDTSKDKFDYIAYMDDIAACIGTKPSIPLLFLKDPRLAWEVFFGPCTPYQYRLMGPGKW
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CCDS12 FGKSETIQTDYIVYMDELSSFIGAKPNIPWLFLTDPKLAMEVYFGPCSPYQFRLVGPGQW
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 DGARNAILTQWDRTLKPLKTRIVPDSSKPASMSHYLKAWGAPVLLASLLLICKSSLFLKL
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CCDS12 PGARNAILTQWDRSLKPMQTRVVGRLQKPCFFFHWLKLFAIPILLIAVFLVLT
480 490 500 510 520 530
540 550
pF1KE6 VRDKLQDRMSPYLVSLWRG
>>CCDS926.1 FMO5 gene_id:2330|Hs108|chr1 (533 aa)
initn: 1895 init1: 1339 opt: 1908 Z-score: 2345.9 bits: 443.8 E(32554): 2.4e-124
Smith-Waterman score: 1908; 53.9% identity (80.2% similar) in 510 aa overlap (3-510:4-512)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MAKKVAVIGAGVSGLSSIKCCVDEDLEPTCFERSDDIGGLWKFTESSKDGMTRVYKSLV
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CCDS92 MTKKRIAVIGGGVSGLSSIKCCVEEGLEPVCFERTDDIGGLWRFQENPEEGRASIYKSVI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 TNVCKEMSCYSDFPFHEDYPNFMNHEKFWDYLQEFAEHFDLLKYIQFKTTVCSITKRPDF
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CCDS92 INTSKEMMCFSDYPIPDHYPNFMHNAQVLEYFRMYAKEFDLLKYIRFKTTVCSVKKQPDF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 SETGQWDVVTETEGKQNRAVFDAVMVCTGHFLNPHLPLEAFPGIHKFKGQILHSQEYKIP
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CCDS92 ATSGQWEVVTESEGKKEMNVFDGVMVCTGHHTNAHLPLESFPGIEKFKGQYFHSRDYKNP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 EGFQGKRVLVIGLGNTGGDIAVELSRTAAQVLLSTRTGTWVLGRSSDWGYPYNMMVTRRC
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CCDS92 EGFTGKRVIIIGIGNSGGDLAVEISQTAKQVFLSTRRGAWILNRVGDYGYPADVLFSSRL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 CSFIAQVLPSRFLNWIQERKLNKRFNHEDYGLSITKGKKAKF-IVNDELPNCILCGAITM
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CCDS92 THFIWKICGQSLANKYLEKKINQRFDHEMFGLKPKHRALSQHPTLNDDLPNRIISGLVKV
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 KTSVIEFTETSAVFEDGTVEENIDVVIFTTGYTFSFPFFEEPLKSLCTKKIFLYKQVFPL
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CCDS92 KGNVKEFTETAAIFEDGSREDDIDAVIFATGYSFDFPFLEDSVK-VVKNKISLYKKVFPP
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 NLERATLAIIGLIGLKGSILSGTELQARWVTRVFKGLCKIPPSQKLMMEATE-KEQLIKR
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CCDS92 NLERPTLAIIGLIQPLGAIMPISELQGRWATQVFKGLKTLPSQSEMMAEISKAQEEIDKR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 GVFKDTSKDKFDYIAYMDDIAACIGTKPSIPLLFLKDPRLAWEVFFGPCTPYQYRLMGPG
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CCDS92 YVESQRHTIQGDYIDTMEELADLVGVRPNLLSLAFTDPKLALHLLLGPCTPIHYRVQGPG
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 KWDGARNAILTQWDRTLKPLKTRIVPDSSKPASMSHYLKAWGAPVLLASLLLICKSSLFL
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CCDS92 KWDGARKAILTTDDRIRKPLMTRVVERSSSMTSTMTIGKFMLALAFFAIIIAYF
480 490 500 510 520 530
540 550
pF1KE6 KLVRDKLQDRMSPYLVSLWRG
>>CCDS1294.1 FMO1 gene_id:2326|Hs108|chr1 (532 aa)
initn: 1874 init1: 1159 opt: 1884 Z-score: 2316.4 bits: 438.4 E(32554): 1.1e-122
Smith-Waterman score: 1884; 51.4% identity (77.9% similar) in 533 aa overlap (1-530:1-530)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MAKKVAVIGAGVSGLSSIKCCVDEDLEPTCFERSDDIGGLWKFTESSKDGMTRVYKSLVT
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CCDS12 MAKRVAIVGAGVSGLASIKCCLEEGLEPTCFERSDDLGGLWRFTEHVEEGRASLYKSVVS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 NVCKEMSCYSDFPFHEDYPNFMNHEKFWDYLQEFAEHFDLLKYIQFKTTVCSITKRPDFS
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CCDS12 NSCKEMSCYSDFPFPEDYPNYVPNSQFLEYLKMYANHFDLLKHIQFKTKVCSVTKCSDSA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 ETGQWDVVTETEGKQNRAVFDAVMVCTGHFLNPHLPLEAFPGIHKFKGQILHSQEYKIPE
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CCDS12 VSGQWEVVTMHEEKQESAIFDAVMVCTGFLTNPYLPLDSFPGINAFKGQYFHSRQYKHPD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 GFQGKRVLVIGLGNTGGDIAVELSRTAAQVLLSTRTGTWVLGRSSDWGYPYNMMVTRRCC
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CCDS12 IFKDKRVLVIGMGNSGTDIAVEASHLAEKVFLSTTGGGWVISRIFDSGYPWDMVFMTRFQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KE6 SFIAQVLPSRFLNWIQERKLNKRFNHEDYGLSITKGKKAK-FIVNDELPNCILCGAITMK
... . ::. ...:..:::.:. .:: .::: . : :..:::::. :. : . ..
CCDS12 NMLRNSLPTPIVTWLMERKINNWLNHANYGLIPEDRTQLKEFVLNDELPGRIITGKVFIR
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 TSVIEFTETSAVFEDGTVEENIDVVIFTTGYTFSFPFFEEPLKSLCTKKIFLYKQVFPLN
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CCDS12 PSIKEVKENSVIFNNTSKEEPIDIIVFATGYTFAFPFLDESVVKVEDGQASLYKYIFPAH
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 LERATLAIIGLIGLKGSILSGTELQARWVTRVFKGLCKIPPSQKLMMEATEKEQLIKRGV
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CCDS12 LQKPTLAIIGLIKPLGSMIPTGETQARWAVRVLKGVNKLPPPS-VMIEEINARKENKPSW
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 FK--DTSKDKFDYIAYMDDIAACIGTKPSIPLLFLKDPRLAWEVFFGPCTPYQYRLMGPG
: . . :::.:.:.. . :..::.. ..: ::.:: ::::::.:::.:: :::
CCDS12 FGLCYCKALQSDYITYIDELLTYINAKPNLFSMLLTDPHLALTVFFGPCSPYQFRLTGPG
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 KWDGARNAILTQWDRTLKPLKTRIVPDSSKPASMSHYLKAWGAPVLLASLLLICKSSLFL
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CCDS12 KWEGARNAIMTQWDRTFKVIKARVVQES--PSPFESFLKVFSFLALLVAIFLIFL
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540 550
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10 20 30 40 50
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. : ..: :. : . :
CCDS44 LTMRKTSDKPKLKNILQIPDYLKTVKIINKESLRNCPGIKGPKET
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60 70 80 90 100 110
pF1KE6 TNVCKEMSCYSDFPFHEDYPNFMNHEKFWDYLQEFAEHFDLLKYIQFKTTVCSITKRPDF
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CCDS44 INTSKEMMCFSDYPIPDHYPNFMHNAQVLEYFRMYAKEFDLLKYIRFKTTVCSVKKQPDF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 SETGQWDVVTETEGKQNRAVFDAVMVCTGHFLNPHLPLEAFPGIHKFKGQILHSQEYKIP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]