FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6430, 614 aa
1>>>pF1KE6430 614 - 614 aa - 614 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9215+/-0.00041; mu= 21.4076+/- 0.025
mean_var=65.5445+/-12.974, 0's: 0 Z-trim(110.5): 50 B-trim: 93 in 1/53
Lambda= 0.158419
statistics sampled from 18804 (18827) to 18804 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.586), E-opt: 0.2 (0.221), width: 16
Scan time: 6.260
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004661 (OMIM: 603005,612847) bifunctional 3'-ph ( 614) 4171 962.7 0
NP_001015880 (OMIM: 603005,612847) bifunctional 3' ( 619) 4151 958.1 0
XP_011530702 (OMIM: 603262) PREDICTED: bifunctiona ( 603) 3381 782.1 0
XP_011530703 (OMIM: 603262) PREDICTED: bifunctiona ( 603) 3381 782.1 0
NP_005434 (OMIM: 603262) bifunctional 3'-phosphoad ( 624) 3381 782.2 0
>>NP_004661 (OMIM: 603005,612847) bifunctional 3'-phosph (614 aa)
initn: 4171 init1: 4171 opt: 4171 Z-score: 5148.3 bits: 962.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4171; 100.0% identity (100.0% similar) in 614 aa overlap (1-614:1-614)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MSGIKKQKTENQQKSTNVVYQAHHVSRNKRGQVVGTRGGFRGCTVWLTGLSGAGKTTISF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MSGIKKQKTENQQKSTNVVYQAHHVSRNKRGQVVGTRGGFRGCTVWLTGLSGAGKTTISF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 ALEEYLVSHAIPCYSLDGDNVRHGLNRNLGFSPGDREENIRRIAEVAKLFADAGLVCITS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ALEEYLVSHAIPCYSLDGDNVRHGLNRNLGFSPGDREENIRRIAEVAKLFADAGLVCITS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 FISPFAKDRENARKIHESAGLPFFEIFVDAPLNICESRDVKGLYKRARAGEIKGFTGIDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 FISPFAKDRENARKIHESAGLPFFEIFVDAPLNICESRDVKGLYKRARAGEIKGFTGIDS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 DYEKPETPERVLKTNLSTVSDCVHQVVELLQEQNIVPYTIIKDIHELFVPENKLDHVRAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DYEKPETPERVLKTNLSTVSDCVHQVVELLQEQNIVPYTIIKDIHELFVPENKLDHVRAE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 AETLPSLSITKLDLQWVQVLSEGWATPLKGFMREKEYLQVMHFDTLLDDGVINMSIPIVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AETLPSLSITKLDLQWVQVLSEGWATPLKGFMREKEYLQVMHFDTLLDDGVINMSIPIVL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 PVSAEDKTRLEGCSKFVLAHGGRRVAILRDAEFYEHRKEERCSRVWGTTCTKHPHIKMVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PVSAEDKTRLEGCSKFVLAHGGRRVAILRDAEFYEHRKEERCSRVWGTTCTKHPHIKMVM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 ESGDWLVGGDLQVLEKIRWNDGLDQYRLTPLELKQKCKEMNADAVFAFQLRNPVHNGHAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ESGDWLVGGDLQVLEKIRWNDGLDQYRLTPLELKQKCKEMNADAVFAFQLRNPVHNGHAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 LMQDTRRRLLERGYKHPVLLLHPLGGWTKDDDVPLDWRMKQHAAVLEEGVLDPKSTIVAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LMQDTRRRLLERGYKHPVLLLHPLGGWTKDDDVPLDWRMKQHAAVLEEGVLDPKSTIVAI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 FPSPMLYAGPTEVQWHCRSRMIAGANFYIVGRDPAGMPHPETKKDLYEPTHGGKVLSMAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 FPSPMLYAGPTEVQWHCRSRMIAGANFYIVGRDPAGMPHPETKKDLYEPTHGGKVLSMAP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 GLTSVEIIPFRVAAYNKAKKAMDFYDPARHNEFDFISGTRMRKLAREGENPPDGFMAPKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GLTSVEIIPFRVAAYNKAKKAMDFYDPARHNEFDFISGTRMRKLAREGENPPDGFMAPKA
550 560 570 580 590 600
610
pF1KE6 WKVLTDYYRSLEKN
::::::::::::::
NP_004 WKVLTDYYRSLEKN
610
>>NP_001015880 (OMIM: 603005,612847) bifunctional 3'-pho (619 aa)
initn: 2269 init1: 2269 opt: 4151 Z-score: 5123.5 bits: 958.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4151; 99.2% identity (99.2% similar) in 619 aa overlap (1-614:1-619)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MSGIKKQKTENQQKSTNVVYQAHHVSRNKRGQVVGTRGGFRGCTVWLTGLSGAGKTTISF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSGIKKQKTENQQKSTNVVYQAHHVSRNKRGQVVGTRGGFRGCTVWLTGLSGAGKTTISF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 ALEEYLVSHAIPCYSLDGDNVRHGLNRNLGFSPGDREENIRRIAEVAKLFADAGLVCITS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ALEEYLVSHAIPCYSLDGDNVRHGLNRNLGFSPGDREENIRRIAEVAKLFADAGLVCITS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 FISPFAKDRENARKIHESAGLPFFEIFVDAPLNICESRDVKGLYKRARAGEIKGFTGIDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FISPFAKDRENARKIHESAGLPFFEIFVDAPLNICESRDVKGLYKRARAGEIKGFTGIDS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 DYEKPETPERVLKTNLSTVSDCVHQVVELLQEQNIVPYTIIKDIHELFVPENKLDHVRAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DYEKPETPERVLKTNLSTVSDCVHQVVELLQEQNIVPYTIIKDIHELFVPENKLDHVRAE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KE6 AETLPSLSITKLDLQWVQVLSEGWATPLKGFMREKEYLQVMHFDTLLD-----DGVINMS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::
NP_001 AETLPSLSITKLDLQWVQVLSEGWATPLKGFMREKEYLQVMHFDTLLDGMALPDGVINMS
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 IPIVLPVSAEDKTRLEGCSKFVLAHGGRRVAILRDAEFYEHRKEERCSRVWGTTCTKHPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IPIVLPVSAEDKTRLEGCSKFVLAHGGRRVAILRDAEFYEHRKEERCSRVWGTTCTKHPH
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 IKMVMESGDWLVGGDLQVLEKIRWNDGLDQYRLTPLELKQKCKEMNADAVFAFQLRNPVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IKMVMESGDWLVGGDLQVLEKIRWNDGLDQYRLTPLELKQKCKEMNADAVFAFQLRNPVH
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 NGHALLMQDTRRRLLERGYKHPVLLLHPLGGWTKDDDVPLDWRMKQHAAVLEEGVLDPKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NGHALLMQDTRRRLLERGYKHPVLLLHPLGGWTKDDDVPLDWRMKQHAAVLEEGVLDPKS
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 TIVAIFPSPMLYAGPTEVQWHCRSRMIAGANFYIVGRDPAGMPHPETKKDLYEPTHGGKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TIVAIFPSPMLYAGPTEVQWHCRSRMIAGANFYIVGRDPAGMPHPETKKDLYEPTHGGKV
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KE6 LSMAPGLTSVEIIPFRVAAYNKAKKAMDFYDPARHNEFDFISGTRMRKLAREGENPPDGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LSMAPGLTSVEIIPFRVAAYNKAKKAMDFYDPARHNEFDFISGTRMRKLAREGENPPDGF
550 560 570 580 590 600
600 610
pF1KE6 MAPKAWKVLTDYYRSLEKN
:::::::::::::::::::
NP_001 MAPKAWKVLTDYYRSLEKN
610
>>XP_011530702 (OMIM: 603262) PREDICTED: bifunctional 3' (603 aa)
initn: 3381 init1: 3381 opt: 3381 Z-score: 4172.6 bits: 782.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3381; 78.4% identity (94.0% similar) in 601 aa overlap (13-613:2-602)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MSGIKKQKTENQQKSTNVVYQAHHVSRNKRGQVVGTRGGFRGCTVWLTGLSGAGKTTISF
:..:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.
XP_011 MQRATNVTYQAHHVSRNKRGQVVGTRGGFRGCTVWLTGLSGAGKTTVSM
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 ALEEYLVSHAIPCYSLDGDNVRHGLNRNLGFSPGDREENIRRIAEVAKLFADAGLVCITS
::::::: :.::::.:::::.:.:::.:::::: :::::.::::::::::::::::::::
XP_011 ALEEYLVCHGIPCYTLDGDNIRQGLNKNLGFSPEDREENVRRIAEVAKLFADAGLVCITS
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 FISPFAKDRENARKIHESAGLPFFEIFVDAPLNICESRDVKGLYKRARAGEIKGFTGIDS
::::...::.:::.:::.:.:::::.::::::..::.::::::::.::::::::::::::
XP_011 FISPYTQDRNNARQIHEGASLPFFEVFVDAPLHVCEQRDVKGLYKKARAGEIKGFTGIDS
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 DYEKPETPERVLKTNLSTVSDCVHQVVELLQEQNIVPYTIIKDIHELFVPENKLDHVRAE
.:::::.:: ::::. :.:::.::::::::..::: ...::.:::::: ....
XP_011 EYEKPEAPELVLKTDSCDVNDCVQQVVELLQERDIVPVDASYEVKELYVPENKLHLAKTD
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 AETLPSLSITKLDLQWVQVLSEGWATPLKGFMREKEYLQVMHFDTLLDDGVINMSIPIVL
:::::.:.:.:.:.::::::.:::::::.:::::.:::: .::: ::: ::::.:.::::
XP_011 AETLPALKINKVDMQWVQVLAEGWATPLNGFMREREYLQCLHFDCLLDGGVINLSVPIVL
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 PVSAEDKTRLEGCSKFVLAHGGRRVAILRDAEFYEHRKEERCSRVWGTTCTKHPHIKMVM
.. ::: ::.::. :.: . ::::::::. ::.::::::::.: ::::: .::.:::::
XP_011 TATHEDKERLDGCTAFALMYEGRRVAILRNPEFFEHRKEERCARQWGTTCKNHPYIKMVM
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 ESGDWLVGGDLQVLEKIRWNDGLDQYRLTPLELKQKCKEMNADAVFAFQLRNPVHNGHAL
:.::::.:::::::... :::::::::::: ::::: :.:::::::::::::::::::::
XP_011 EQGDWLIGGDLQVLDRVYWNDGLDQYRLTPTELKQKFKDMNADAVFAFQLRNPVHNGHAL
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 LMQDTRRRLLERGYKHPVLLLHPLGGWTKDDDVPLDWRMKQHAAVLEEGVLDPKSTIVAI
:::::...::::::..::::::::::::::::::: :::::::::::::::.:..:.:::
XP_011 LMQDTHKQLLERGYRRPVLLLHPLGGWTKDDDVPLMWRMKQHAAVLEEGVLNPETTVVAI
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 FPSPMLYAGPTEVQWHCRSRMIAGANFYIVGRDPAGMPHPETKKDLYEPTHGGKVLSMAP
:::::.::::::::::::.::.:::::::::::::::::::: ::::::.::.:::.:::
XP_011 FPSPMMYAGPTEVQWHCRARMVAGANFYIVGRDPAGMPHPETGKDLYEPSHGAKVLTMAP
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 GLTSVEIIPFRVAAYNKAKKAMDFYDPARHNEFDFISGTRMRKLAREGENPPDGFMAPKA
:: ..::.::::::::: :: ::.:: .:..:.::::::::::::::..::.:::::::
XP_011 GLITLEIVPFRVAAYNKKKKRMDYYDSEHHEDFEFISGTRMRKLAREGQKPPEGFMAPKA
530 540 550 560 570 580
610
pF1KE6 WKVLTDYYRSLEKN
: :::.::.::::
XP_011 WTVLTEYYKSLEKA
590 600
>>XP_011530703 (OMIM: 603262) PREDICTED: bifunctional 3' (603 aa)
initn: 3381 init1: 3381 opt: 3381 Z-score: 4172.6 bits: 782.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3381; 78.4% identity (94.0% similar) in 601 aa overlap (13-613:2-602)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MSGIKKQKTENQQKSTNVVYQAHHVSRNKRGQVVGTRGGFRGCTVWLTGLSGAGKTTISF
:..:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.
XP_011 MQRATNVTYQAHHVSRNKRGQVVGTRGGFRGCTVWLTGLSGAGKTTVSM
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 ALEEYLVSHAIPCYSLDGDNVRHGLNRNLGFSPGDREENIRRIAEVAKLFADAGLVCITS
::::::: :.::::.:::::.:.:::.:::::: :::::.::::::::::::::::::::
XP_011 ALEEYLVCHGIPCYTLDGDNIRQGLNKNLGFSPEDREENVRRIAEVAKLFADAGLVCITS
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 FISPFAKDRENARKIHESAGLPFFEIFVDAPLNICESRDVKGLYKRARAGEIKGFTGIDS
::::...::.:::.:::.:.:::::.::::::..::.::::::::.::::::::::::::
XP_011 FISPYTQDRNNARQIHEGASLPFFEVFVDAPLHVCEQRDVKGLYKKARAGEIKGFTGIDS
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 DYEKPETPERVLKTNLSTVSDCVHQVVELLQEQNIVPYTIIKDIHELFVPENKLDHVRAE
.:::::.:: ::::. :.:::.::::::::..::: ...::.:::::: ....
XP_011 EYEKPEAPELVLKTDSCDVNDCVQQVVELLQERDIVPVDASYEVKELYVPENKLHLAKTD
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 AETLPSLSITKLDLQWVQVLSEGWATPLKGFMREKEYLQVMHFDTLLDDGVINMSIPIVL
:::::.:.:.:.:.::::::.:::::::.:::::.:::: .::: ::: ::::.:.::::
XP_011 AETLPALKINKVDMQWVQVLAEGWATPLNGFMREREYLQCLHFDCLLDGGVINLSVPIVL
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 PVSAEDKTRLEGCSKFVLAHGGRRVAILRDAEFYEHRKEERCSRVWGTTCTKHPHIKMVM
.. ::: ::.::. :.: . ::::::::. ::.::::::::.: ::::: .::.:::::
XP_011 TATHEDKERLDGCTAFALMYEGRRVAILRNPEFFEHRKEERCARQWGTTCKNHPYIKMVM
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 ESGDWLVGGDLQVLEKIRWNDGLDQYRLTPLELKQKCKEMNADAVFAFQLRNPVHNGHAL
:.::::.:::::::... :::::::::::: ::::: :.:::::::::::::::::::::
XP_011 EQGDWLIGGDLQVLDRVYWNDGLDQYRLTPTELKQKFKDMNADAVFAFQLRNPVHNGHAL
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 LMQDTRRRLLERGYKHPVLLLHPLGGWTKDDDVPLDWRMKQHAAVLEEGVLDPKSTIVAI
:::::...::::::..::::::::::::::::::: :::::::::::::::.:..:.:::
XP_011 LMQDTHKQLLERGYRRPVLLLHPLGGWTKDDDVPLMWRMKQHAAVLEEGVLNPETTVVAI
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 FPSPMLYAGPTEVQWHCRSRMIAGANFYIVGRDPAGMPHPETKKDLYEPTHGGKVLSMAP
:::::.::::::::::::.::.:::::::::::::::::::: ::::::.::.:::.:::
XP_011 FPSPMMYAGPTEVQWHCRARMVAGANFYIVGRDPAGMPHPETGKDLYEPSHGAKVLTMAP
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 GLTSVEIIPFRVAAYNKAKKAMDFYDPARHNEFDFISGTRMRKLAREGENPPDGFMAPKA
:: ..::.::::::::: :: ::.:: .:..:.::::::::::::::..::.:::::::
XP_011 GLITLEIVPFRVAAYNKKKKRMDYYDSEHHEDFEFISGTRMRKLAREGQKPPEGFMAPKA
530 540 550 560 570 580
610
pF1KE6 WKVLTDYYRSLEKN
: :::.::.::::
XP_011 WTVLTEYYKSLEKA
590 600
>>NP_005434 (OMIM: 603262) bifunctional 3'-phosphoadenos (624 aa)
initn: 3381 init1: 3381 opt: 3381 Z-score: 4172.4 bits: 782.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3381; 78.4% identity (94.0% similar) in 601 aa overlap (13-613:23-623)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MSGIKKQKTENQQKSTNVVYQAHHVSRNKRGQVVGTRGGFRGCTVWLTGL
:..:::.:::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MEIPGSLCKKVKLSNNAQNWGMQRATNVTYQAHHVSRNKRGQVVGTRGGFRGCTVWLTGL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 SGAGKTTISFALEEYLVSHAIPCYSLDGDNVRHGLNRNLGFSPGDREENIRRIAEVAKLF
:::::::.:.::::::: :.::::.:::::.:.:::.:::::: :::::.::::::::::
NP_005 SGAGKTTVSMALEEYLVCHGIPCYTLDGDNIRQGLNKNLGFSPEDREENVRRIAEVAKLF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 ADAGLVCITSFISPFAKDRENARKIHESAGLPFFEIFVDAPLNICESRDVKGLYKRARAG
::::::::::::::...::.:::.:::.:.:::::.::::::..::.::::::::.::::
NP_005 ADAGLVCITSFISPYTQDRNNARQIHEGASLPFFEVFVDAPLHVCEQRDVKGLYKKARAG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 EIKGFTGIDSDYEKPETPERVLKTNLSTVSDCVHQVVELLQEQNIVPYTIIKDIHELFVP
::::::::::.:::::.:: ::::. :.:::.::::::::..::: ...::.::
NP_005 EIKGFTGIDSEYEKPEAPELVLKTDSCDVNDCVQQVVELLQERDIVPVDASYEVKELYVP
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 ENKLDHVRAEAETLPSLSITKLDLQWVQVLSEGWATPLKGFMREKEYLQVMHFDTLLDDG
:::: ....:::::.:.:.:.:.::::::.:::::::.:::::.:::: .::: ::: :
NP_005 ENKLHLAKTDAETLPALKINKVDMQWVQVLAEGWATPLNGFMREREYLQCLHFDCLLDGG
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 VINMSIPIVLPVSAEDKTRLEGCSKFVLAHGGRRVAILRDAEFYEHRKEERCSRVWGTTC
:::.:.:::: .. ::: ::.::. :.: . ::::::::. ::.::::::::.: :::::
NP_005 VINLSVPIVLTATHEDKERLDGCTAFALMYEGRRVAILRNPEFFEHRKEERCARQWGTTC
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 TKHPHIKMVMESGDWLVGGDLQVLEKIRWNDGLDQYRLTPLELKQKCKEMNADAVFAFQL
.::.::::::.::::.:::::::... :::::::::::: ::::: :.:::::::::::
NP_005 KNHPYIKMVMEQGDWLIGGDLQVLDRVYWNDGLDQYRLTPTELKQKFKDMNADAVFAFQL
370 380 390 400 410 420
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]