Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6418
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6418, 623 aa
1>>>pF1KE6418 623 - 623 aa - 623 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5958+/-0.00095; mu= 18.8702+/- 0.058
mean_var=85.3864+/-16.652, 0's: 0 Z-trim(106.5): 69 B-trim: 6 in 1/50
Lambda= 0.138797
statistics sampled from 8944 (9010) to 8944 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.637), E-opt: 0.2 (0.277), width: 16
Scan time: 2.230
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5923.1 ABCF2 gene_id:10061|Hs108|chr7 ( 623) 4156 842.5 0
CCDS5922.1 ABCF2 gene_id:10061|Hs108|chr7 ( 634) 4156 842.5 0
CCDS3254.1 ABCF3 gene_id:55324|Hs108|chr3 ( 709) 1442 299.1 1.4e-80
CCDS34381.1 ABCF1 gene_id:23|Hs108|chr6 ( 807) 1419 294.5 3.7e-79
CCDS34380.1 ABCF1 gene_id:23|Hs108|chr6 ( 845) 1404 291.5 3e-78
>>CCDS5923.1 ABCF2 gene_id:10061|Hs108|chr7 (623 aa)
initn: 4156 init1: 4156 opt: 4156 Z-score: 4498.2 bits: 842.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4156; 100.0% identity (100.0% similar) in 623 aa overlap (1-623:1-623)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MPSDLAKKKAAKKKEAAKARQRPRKGHEENGDVVTEPQVAEKNEANGRETTEVDLLTKEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MPSDLAKKKAAKKKEAAKARQRPRKGHEENGDVVTEPQVAEKNEANGRETTEVDLLTKEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 EDFEMKKAAARAVTGVLASHPNSTDVHIINLSLTFHGQELLSDTKLELNSGRRYGLIGLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 EDFEMKKAAARAVTGVLASHPNSTDVHIINLSLTFHGQELLSDTKLELNSGRRYGLIGLN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 GIGKSMLLSAIGKREVPIPEHIDIYHLTREMPPSDKTPLHCVMEVDTERAMLEKEAERLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 GIGKSMLLSAIGKREVPIPEHIDIYHLTREMPPSDKTPLHCVMEVDTERAMLEKEAERLA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 HEDAECEKLMELYERLEELDADKAEMRASRILHGLGFTPAMQRKKLKDFSGGWRMRVALA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 HEDAECEKLMELYERLEELDADKAEMRASRILHGLGFTPAMQRKKLKDFSGGWRMRVALA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 RALFIRPFMLLLDEPTNHLDLDACVWLEEELKTFKRILVLVSHSQDFLNGVCTNIIHMHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 RALFIRPFMLLLDEPTNHLDLDACVWLEEELKTFKRILVLVSHSQDFLNGVCTNIIHMHN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 KKLKYYTGNYDQYVKTRLELEENQMKRFHWEQDQIAHMKNYIARFGHGSAKLARQAQSKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 KKLKYYTGNYDQYVKTRLELEENQMKRFHWEQDQIAHMKNYIARFGHGSAKLARQAQSKE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 KTLQKMMASGLTERVVSDKTLSFYFPPCGKIPPPVIMVQNVSFKYTKDGPCIYNNLEFGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 KTLQKMMASGLTERVVSDKTLSFYFPPCGKIPPPVIMVQNVSFKYTKDGPCIYNNLEFGI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 DLDTRVALVGPNGAGKSTLLKLLTGELLPTDGMIRKHSHVKIGRYHQHLQEQLDLDLSPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 DLDTRVALVGPNGAGKSTLLKLLTGELLPTDGMIRKHSHVKIGRYHQHLQEQLDLDLSPL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 EYMMKCYPEIKEKEEMRKIIGRYGLTGKQQVSPIRNLSDGQKCRVCLAWLAWQNPHMLFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 EYMMKCYPEIKEKEEMRKIIGRYGLTGKQQVSPIRNLSDGQKCRVCLAWLAWQNPHMLFL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 DEPTNHLDIETIDALADAINEFEGGMMLVSHDFRLIQQVAQEIWVCEKQTITKWPGDILA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 DEPTNHLDIETIDALADAINEFEGGMMLVSHDFRLIQQVAQEIWVCEKQTITKWPGDILA
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KE6 YKEHLKSKLVDEEPQLTKRTHNV
:::::::::::::::::::::::
CCDS59 YKEHLKSKLVDEEPQLTKRTHNV
610 620
>>CCDS5922.1 ABCF2 gene_id:10061|Hs108|chr7 (634 aa)
initn: 4156 init1: 4156 opt: 4156 Z-score: 4498.1 bits: 842.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4156; 100.0% identity (100.0% similar) in 623 aa overlap (1-623:1-623)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MPSDLAKKKAAKKKEAAKARQRPRKGHEENGDVVTEPQVAEKNEANGRETTEVDLLTKEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MPSDLAKKKAAKKKEAAKARQRPRKGHEENGDVVTEPQVAEKNEANGRETTEVDLLTKEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 EDFEMKKAAARAVTGVLASHPNSTDVHIINLSLTFHGQELLSDTKLELNSGRRYGLIGLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 EDFEMKKAAARAVTGVLASHPNSTDVHIINLSLTFHGQELLSDTKLELNSGRRYGLIGLN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 GIGKSMLLSAIGKREVPIPEHIDIYHLTREMPPSDKTPLHCVMEVDTERAMLEKEAERLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 GIGKSMLLSAIGKREVPIPEHIDIYHLTREMPPSDKTPLHCVMEVDTERAMLEKEAERLA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 HEDAECEKLMELYERLEELDADKAEMRASRILHGLGFTPAMQRKKLKDFSGGWRMRVALA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 HEDAECEKLMELYERLEELDADKAEMRASRILHGLGFTPAMQRKKLKDFSGGWRMRVALA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 RALFIRPFMLLLDEPTNHLDLDACVWLEEELKTFKRILVLVSHSQDFLNGVCTNIIHMHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 RALFIRPFMLLLDEPTNHLDLDACVWLEEELKTFKRILVLVSHSQDFLNGVCTNIIHMHN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 KKLKYYTGNYDQYVKTRLELEENQMKRFHWEQDQIAHMKNYIARFGHGSAKLARQAQSKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 KKLKYYTGNYDQYVKTRLELEENQMKRFHWEQDQIAHMKNYIARFGHGSAKLARQAQSKE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 KTLQKMMASGLTERVVSDKTLSFYFPPCGKIPPPVIMVQNVSFKYTKDGPCIYNNLEFGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 KTLQKMMASGLTERVVSDKTLSFYFPPCGKIPPPVIMVQNVSFKYTKDGPCIYNNLEFGI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 DLDTRVALVGPNGAGKSTLLKLLTGELLPTDGMIRKHSHVKIGRYHQHLQEQLDLDLSPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 DLDTRVALVGPNGAGKSTLLKLLTGELLPTDGMIRKHSHVKIGRYHQHLQEQLDLDLSPL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 EYMMKCYPEIKEKEEMRKIIGRYGLTGKQQVSPIRNLSDGQKCRVCLAWLAWQNPHMLFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 EYMMKCYPEIKEKEEMRKIIGRYGLTGKQQVSPIRNLSDGQKCRVCLAWLAWQNPHMLFL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 DEPTNHLDIETIDALADAINEFEGGMMLVSHDFRLIQQVAQEIWVCEKQTITKWPGDILA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 DEPTNHLDIETIDALADAINEFEGGMMLVSHDFRLIQQVAQEIWVCEKQTITKWPGDILA
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KE6 YKEHLKSKLVDEEPQLTKRTHNV
:::::::::::::::::::::::
CCDS59 YKEHLKSKLVDEEPQLTKRTHNVCTLTLASLPRP
610 620 630
>>CCDS3254.1 ABCF3 gene_id:55324|Hs108|chr3 (709 aa)
initn: 1143 init1: 570 opt: 1442 Z-score: 1560.4 bits: 299.1 E(32554): 1.4e-80
Smith-Waterman score: 1442; 41.7% identity (70.9% similar) in 563 aa overlap (60-612:151-706)
30 40 50 60 70 80
pF1KE6 NGDVVTEPQVAEKNEANGRETTEVDLLTKELEDFEMKKAAARAVTGVLASHPN-STDVHI
::. ..:..: . . .: : : ::.:
CCDS32 KKLEKAEARLKAKQEKRSEKDTLKTSNPLVLEEASASQAGSRKESRLESSGKNKSYDVRI
130 140 150 160 170 180
90 100 110 120 130 140
pF1KE6 INLSLTFHGQELLSDTKLELNSGRRYGLIGLNGIGKSMLLSAIGKREVPIPEHIDIYHLT
:....: . ::. . ..: ::::::.: ::.::. ::. .. : . .: ::.. :.
CCDS32 ENFDVSFGDRVLLAGADVNLAWGRRYGLVGRNGLGKTTLLKMLATRSLRVPAHISLLHVE
190 200 210 220 230 240
150 160 170 180 190 200
pF1KE6 REMPPSDKTPLHCVMEVDTERA-MLEKEAERLAH------EDAECEKLMELYERLEELDA
.:. .: :. :.: :. : .:..: : :. : .: .: :.: .:::..:
CCDS32 QEVAGDDTPALQSVLESDSVREDLLRRERELTAQIAAGRAEGSEAAELAEIYAKLEEIEA
250 260 270 280 290 300
210 220 230 240 250 260
pF1KE6 DKAEMRASRILHGLGFTPAMQRKKLKDFSGGWRMRVALARALFIRPFMLLLDEPTNHLDL
::: ::: :: :::::: ::.. ..::::::::.::::::: :: .:::::::: ::.
CCDS32 DKAPARASVILAGLGFTPKMQQQPTREFSGGWRMRLALARALFARPDLLLLDEPTNMLDV
310 320 330 340 350 360
270 280 290 300 310 320
pF1KE6 DACVWLEEELKTFKRILVLVSHSQDFLNGVCTNIIHMHNKKLKYYTGNYDQYVKTRLELE
: .:::. :.:. ...:::...:::.. :.:::.:...: : :... ..:.. :
CCDS32 RAILWLENYLQTWPSTILVVSHDRNFLNAIATDIIHLHSQRLDGYRGDFETFIKSKQERL
370 380 390 400 410 420
330 340 350 360 370 380
pF1KE6 ENQMKRFHWEQDQIAHMKNYIARFGHGSAKLARQAQSKEKTLQKMMASGLTERVVSDKTL
::..... .:. :.. .: :: . .:. : :.::: : :.:. ... :. ..
CCDS32 LNQQREYEAQQQYRQHIQVFIDRFRY-NANRASQVQSKLKMLEKLPELKPVDKE-SEVVM
430 440 450 460 470
390 400 410 420 430
pF1KE6 SFYFPPCG--KIPPPVIMVQNVSFKYTKDGPCIYNNLEFGIDLDTRVALVGPNGAGKSTL
.: : : :. ::......:.: : :.. : . ::..:. .:: :::::::.
CCDS32 KF---PDGFEKFSPPILQLDEVDFYYDPKH-VIFSRLSVSADLESRICVVGENGAGKSTM
480 490 500 510 520 530
440 450 460 470 480 490
pF1KE6 LKLLTGELLPTDGMIRKHSHVKIGRYHQHLQEQLDLDLSPLEYMMKCYPEIKEKEEMRKI
:::: :.: :. :. . : ..::: . :: :::::..: .: . . .: . .::.:.
CCDS32 LKLLLGDLAPVRGIRHAHRNLKIGYFSQHHVEQLDLNVSAVELLARKFPG-RPEEEYRHQ
540 550 560 570 580 590
500 510 520 530 540 550
pF1KE6 IGRYGLTGKQQVSPIRNLSDGQKCRVCLAWLAWQNPHMLFLDEPTNHLDIETIDALADAI
.::::..:. . :. .:: ::: :: .: .. :.. .:::::::::.:::.::. :.
CCDS32 LGRYGISGELAMRPLASLSGGQKSRVAFAQMTMPCPNFYILDEPTNHLDMETIEALGRAL
600 610 620 630 640 650
560 570 580 590 600 610
pF1KE6 NEFEGGMMLVSHDFRLIQQVAQEIWVCEKQTITKWPGDILAYKEHLKSKLVDEEPQLTKR
:.:.::..::::: :.:. : .:.:::: .:. : . :. :. .. :
CCDS32 NNFRGGVILVSHDERFIRLVCRELWVCEGGGVTRVEGGFDQYRALLQEQFRREGFL
660 670 680 690 700
620
pF1KE6 THNV
>>CCDS34381.1 ABCF1 gene_id:23|Hs108|chr6 (807 aa)
initn: 1383 init1: 525 opt: 1419 Z-score: 1534.7 bits: 294.5 E(32554): 3.7e-79
Smith-Waterman score: 1419; 38.8% identity (70.5% similar) in 614 aa overlap (5-605:196-793)
10 20 30
pF1KE6 MPSDLAKKKAAKKKEAAKARQRPRKGHEENGDVV
: ... :..: : .. :..:.:.
CCDS34 SEEQQPALKGKKGKEEKSKGKAKPQNKFAALDNEEEDKEEEIIKEKEPPKQGKEKA----
170 180 190 200 210 220
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 TEPQVAEKNEANGRETTEVDLLTKELEDFEMKKAAARAVTGVLASHPNSTDVHIINLSLT
. ::. : . :... . . .:: ...: . ..: :..:... ..:..
CCDS34 ---KKAEQMEYE-RQVASLKAANAAENDFSVSQAEMSSRQAMLE---NASDIKLEKFSIS
230 240 250 260 270
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 FHGQELLSDTKLELNSGRRYGLIGLNGIGKSMLLSAIGKREVPIPEHIDIYHLTREMPPS
::.::. .. : . .::::::.: :: ::. ::. :..: . :: .::. .:. .
CCDS34 AHGKELFVNADLYIVAGRRYGLVGPNGKGKTTLLKHIANRALSIPPNIDVLLCEQEVV-A
280 290 300 310 320 330
160 170 180 190 200
pF1KE6 DKTP-LHCVMEVDTERAMLEKEAERLAHE-----DAECEKLMELYERLEELDADKAEMRA
:.:: .. :...::.: : .: .:: . :. :.: ..::.:. : :: .:
CCDS34 DETPAVQAVLRADTKRLKLLEEERRLQGQLEQGDDTAAERLEKVYEELRATGAAAAEAKA
340 350 360 370 380 390
210 220 230 240 250 260
pF1KE6 SRILHGLGFTPAMQRKKLKDFSGGWRMRVALARALFIRPFMLLLDEPTNHLDLDACVWLE
::: :::: : :: . . :::::::::.::::::..: .:.::::::::::.: .::.
CCDS34 RRILAGLGFDPEMQNRPTQKFSGGWRMRVSLARALFMEPTLLMLDEPTNHLDLNAVIWLN
400 410 420 430 440 450
270 280 290 300 310 320
pF1KE6 EELKTFKRILVLVSHSQDFLNGVCTNIIHMHNKKLKYYTGNYDQYVKTRLELEENQMKRF
. :. ... :..:::.: ::. :::.:::. ..:.:: ::: . : . ... .:..
CCDS34 NYLQGWRKTLLIVSHDQGFLDDVCTDIIHLDAQRLHYYRGNYMTFKKMYQQKQKELLKQY
460 470 480 490 500 510
330 340 350 360 370 380
pF1KE6 HWEQDQIAHMK--NYIARFGHGSAK--LARQAQS---KEKTLQKMMASGLTERVVSDKTL
. .. .. ..: . .. .. ..: :.:. :. :.. ... : : .: .. :.
CCDS34 EKQEKKLKELKAGGKSTKQAEKQTKEALTRKQQKCRRKNQDEESQEAPELLKRP-KEYTV
520 530 540 550 560 570
390 400 410 420 430 440
pF1KE6 SFYFPPCGKIPPPVIMVQNVSFKYTKDGPCIYNNLEFGIDLDTRVALVGPNGAGKSTLLK
: :: . :::. ...:.: : . : ...::.::::.:.:. .:::::.::::::
CCDS34 RFTFPDPPPLSPPVLGLHGVTFGYQGQKP-LFKNLDFGIDMDSRICIVGPNGVGKSTLLL
580 590 600 610 620 630
450 460 470 480 490 500
pF1KE6 LLTGELLPTDGMIRKHSHVKIGRYHQHLQEQLDLDLSPLEYMMKCYPEIKEKEEMRKIIG
::::.: :: : .::. ..::: ..:. ::: .. .: ::... . .. :: .:
CCDS34 LLTGKLTPTHGEMRKNHRLKIGFFNQQYAEQLRMEETPTEYLQRGFNL--PYQDARKCLG
640 650 660 670 680
510 520 530 540 550 560
pF1KE6 RYGLTGKQQVSPIRNLSDGQKCRVCLAWLAWQNPHMLFLDEPTNHLDIETIDALADAINE
:.:: .. .. : .:: ::: :: .: :: ..: .:.::::::.::::.::::..::::
CCDS34 RFGLESHAHTIQICKLSGGQKARVVFAELACREPDVLILDEPTNNLDIESIDALGEAINE
690 700 710 720 730 740
570 580 590 600 610 620
pF1KE6 FEGGMMLVSHDFRLIQQVAQEIWVCEKQTITKWPGDILAYKEHLKSKLVDEEPQLTKRTH
..:....:::: ::: .. ..:: :.:.... ::. ::...
CCDS34 YKGAVIVVSHDARLITETNCQLWVVEEQSVSQIDGDFEDYKREVLEALGEVMVSRPRE
750 760 770 780 790 800
pF1KE6 NV
>>CCDS34380.1 ABCF1 gene_id:23|Hs108|chr6 (845 aa)
initn: 1383 init1: 525 opt: 1404 Z-score: 1518.2 bits: 291.5 E(32554): 3e-78
Smith-Waterman score: 1413; 38.1% identity (70.5% similar) in 627 aa overlap (2-605:213-831)
10 20 30
pF1KE6 MPSDLAKKKAAKKKEAAKARQRPRKGHEENG
: .:.:: : ..... . . .. .::.:
CCDS34 SKGKAKPQNKFAALDNEEEDKEEEIIKEKEPPKQGKEKAKKAEQGSEEEGEGEEEEEEGG
190 200 210 220 230 240
40 50 60 70 80
pF1KE6 DV-VTEP--QVAEKNEANGRETTEVDLLTKELE-------DFEMKKAAARAVTGVLASHP
. . .: ....:.. . .. : . . :. :: ...: . ..:
CCDS34 ESKADDPYAHLSKKEKKKLKKQMEYERQVASLKAANAAENDFSVSQAEMSSRQAML---E
250 260 270 280 290
90 100 110 120 130 140
pF1KE6 NSTDVHIINLSLTFHGQELLSDTKLELNSGRRYGLIGLNGIGKSMLLSAIGKREVPIPEH
:..:... ..:.. ::.::. .. : . .::::::.: :: ::. ::. :..: . :: .
CCDS34 NASDIKLEKFSISAHGKELFVNADLYIVAGRRYGLVGPNGKGKTTLLKHIANRALSIPPN
300 310 320 330 340 350
150 160 170 180 190
pF1KE6 IDIYHLTREMPPSDKTP-LHCVMEVDTERAMLEKEAERLAHE-----DAECEKLMELYER
::. .:. .:.:: .. :...::.: : .: .:: . :. :.: ..::.
CCDS34 IDVLLCEQEVV-ADETPAVQAVLRADTKRLKLLEEERRLQGQLEQGDDTAAERLEKVYEE
360 370 380 390 400 410
200 210 220 230 240 250
pF1KE6 LEELDADKAEMRASRILHGLGFTPAMQRKKLKDFSGGWRMRVALARALFIRPFMLLLDEP
:. : :: .: ::: :::: : :: . . :::::::::.::::::..: .:.::::
CCDS34 LRATGAAAAEAKARRILAGLGFDPEMQNRPTQKFSGGWRMRVSLARALFMEPTLLMLDEP
420 430 440 450 460 470
260 270 280 290 300 310
pF1KE6 TNHLDLDACVWLEEELKTFKRILVLVSHSQDFLNGVCTNIIHMHNKKLKYYTGNYDQYVK
::::::.: .::.. :. ... :..:::.: ::. :::.:::. ..:.:: ::: . :
CCDS34 TNHLDLNAVIWLNNYLQGWRKTLLIVSHDQGFLDDVCTDIIHLDAQRLHYYRGNYMTFKK
480 490 500 510 520 530
320 330 340 350 360
pF1KE6 TRLELEENQMKRFHWEQDQIAHMK--NYIARFGHGSAK--LARQAQS---KEKTLQKMMA
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CCDS34 MYQQKQKELLKQYEKQEKKLKELKAGGKSTKQAEKQTKEALTRKQQKCRRKNQDEESQEA
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