Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6408
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6408, 533 aa
1>>>pF1KE6408 533 - 533 aa - 533 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8563+/-0.000938; mu= 15.4386+/- 0.056
mean_var=67.3598+/-13.787, 0's: 0 Z-trim(104.0): 31 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.156269
statistics sampled from 7657 (7672) to 7657 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.603), E-opt: 0.2 (0.236), width: 16
Scan time: 2.500
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34230.1 P4HA2 gene_id:8974|Hs108|chr5 ( 533) 3567 813.4 0
CCDS4151.1 P4HA2 gene_id:8974|Hs108|chr5 ( 535) 3476 792.9 0
CCDS7320.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 ( 534) 2297 527.1 1.9e-149
CCDS41537.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 ( 534) 2268 520.6 1.8e-147
CCDS44432.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 ( 516) 1673 386.4 4.2e-107
CCDS8230.1 P4HA3 gene_id:283208|Hs108|chr11 ( 544) 1037 243.1 6.4e-64
CCDS73347.1 P4HA3 gene_id:283208|Hs108|chr11 ( 604) 704 168.0 2.8e-41
>>CCDS34230.1 P4HA2 gene_id:8974|Hs108|chr5 (533 aa)
initn: 3567 init1: 3567 opt: 3567 Z-score: 4343.8 bits: 813.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3567; 100.0% identity (100.0% similar) in 533 aa overlap (1-533:1-533)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MKLWVSALLMAWFGVLSCVQAEFFTSIGHMTDLIYAEKELVQSLKEYILVEEAKLSKIKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MKLWVSALLMAWFGVLSCVQAEFFTSIGHMTDLIYAEKELVQSLKEYILVEEAKLSKIKS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 WANKMEALTSKSAADAEGYLAHPVNAYKLVKRLNTDWPALEDLVLQDSAAGFIANLSVQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 WANKMEALTSKSAADAEGYLAHPVNAYKLVKRLNTDWPALEDLVLQDSAAGFIANLSVQR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 QFFPTDEDEIGAAKALMRLQDTYRLDPGTISRGELPGTKYQAMLSVDDCFGMGRSAYNEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QFFPTDEDEIGAAKALMRLQDTYRLDPGTISRGELPGTKYQAMLSVDDCFGMGRSAYNEG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 DYYHTVLWMEQVLKQLDAGEEATTTKSQVLDYLSYAVFQLGDLHRALELTRRLLSLDPSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DYYHTVLWMEQVLKQLDAGEEATTTKSQVLDYLSYAVFQLGDLHRALELTRRLLSLDPSH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 ERAGGNLRYFEQLLEEEREKTLTNQTEAELATPEGIYERPVDYLPERDVYESLCRGEGVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ERAGGNLRYFEQLLEEEREKTLTNQTEAELATPEGIYERPVDYLPERDVYESLCRGEGVK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 LTPRRQKRLFCRYHHGNRAPQLLIAPFKEEDEWDSPHIVRYYDVMSDEEIERIKEIAKPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LTPRRQKRLFCRYHHGNRAPQLLIAPFKEEDEWDSPHIVRYYDVMSDEEIERIKEIAKPK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 LARATVRDPKTGVLTVASYRVSKSSWLEEDDDPVVARVNRRMQHITGLTVKTAELLQVAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LARATVRDPKTGVLTVASYRVSKSSWLEEDDDPVVARVNRRMQHITGLTVKTAELLQVAN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 YGVGGQYEPHFDFSRRPFDSGLKTEGNRLATFLNYMSDVEAGGATVFPDLGAAIWPKKGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 YGVGGQYEPHFDFSRRPFDSGLKTEGNRLATFLNYMSDVEAGGATVFPDLGAAIWPKKGT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KE6 AVFWYNLLRSGEGDYRTRHAACPVLVGCKWVSNKWFHERGQEFLRPCGSTEVD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AVFWYNLLRSGEGDYRTRHAACPVLVGCKWVSNKWFHERGQEFLRPCGSTEVD
490 500 510 520 530
>>CCDS4151.1 P4HA2 gene_id:8974|Hs108|chr5 (535 aa)
initn: 3481 init1: 2866 opt: 3476 Z-score: 4232.9 bits: 792.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3476; 97.8% identity (98.3% similar) in 535 aa overlap (1-533:1-535)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MKLWVSALLMAWFGVLSCVQAEFFTSIGHMTDLIYAEKELVQSLKEYILVEEAKLSKIKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MKLWVSALLMAWFGVLSCVQAEFFTSIGHMTDLIYAEKELVQSLKEYILVEEAKLSKIKS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 WANKMEALTSKSAADAEGYLAHPVNAYKLVKRLNTDWPALEDLVLQDSAAGFIANLSVQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 WANKMEALTSKSAADAEGYLAHPVNAYKLVKRLNTDWPALEDLVLQDSAAGFIANLSVQR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 QFFPTDEDEIGAAKALMRLQDTYRLDPGTISRGELPGTKYQAMLSVDDCFGMGRSAYNEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QFFPTDEDEIGAAKALMRLQDTYRLDPGTISRGELPGTKYQAMLSVDDCFGMGRSAYNEG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 DYYHTVLWMEQVLKQLDAGEEATTTKSQVLDYLSYAVFQLGDLHRALELTRRLLSLDPSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DYYHTVLWMEQVLKQLDAGEEATTTKSQVLDYLSYAVFQLGDLHRALELTRRLLSLDPSH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 ERAGGNLRYFEQLLEEEREKTLTNQTEAELATPEGIYERPVDYLPERDVYESLCRGEGVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 ERAGGNLRYFEQLLEEEREKTLTNQTEAELATPEGIYERPVDYLPERDVYESLCRGEGVK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 LTPRRQKRLFCRYHHGNRAPQLLIAPFKEEDEWDSPHIVRYYDVMSDEEIERIKEIAKPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LTPRRQKRLFCRYHHGNRAPQLLIAPFKEEDEWDSPHIVRYYDVMSDEEIERIKEIAKPK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 LARATVRDPKTGVLTVASYRVSKSSWLEEDDDPVVARVNRRMQHITGLTVKTAELLQVAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LARATVRDPKTGVLTVASYRVSKSSWLEEDDDPVVARVNRRMQHITGLTVKTAELLQVAN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KE6 YGVGGQYEPHFDFSRRPFDSGLKT--EGNRLATFLNYMSDVEAGGATVFPDLGAAIWPKK
::::::::::::::: . .: :::.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 YGVGGQYEPHFDFSRNDERDTFKHLGTGNRVATFLNYMSDVEAGGATVFPDLGAAIWPKK
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 GTAVFWYNLLRSGEGDYRTRHAACPVLVGCKWVSNKWFHERGQEFLRPCGSTEVD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GTAVFWYNLLRSGEGDYRTRHAACPVLVGCKWVSNKWFHERGQEFLRPCGSTEVD
490 500 510 520 530
>>CCDS7320.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 (534 aa)
initn: 2281 init1: 1027 opt: 2297 Z-score: 2796.4 bits: 527.1 E(32554): 1.9e-149
Smith-Waterman score: 2297; 61.8% identity (84.4% similar) in 537 aa overlap (10-533:1-534)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MKLWVSALLMAWF----GVL---SCVQAEFFTSIGHMTDLIYAEKELVQSLKEYILVEEA
: :. :.: : .. ::::::.:::::..::.:: :::.:: .::
CCDS73 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEED
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 KLSKIKSWANKMEALTSKSAADAEGYLAHPVNAYKLVKRLNTDWPALEDLVLQDSAAGFI
:: .::.::.:.. ::: .. : ::...:::::.::.:::::.: ::.:::.: . :::
CCDS73 KLEQIKKWAEKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 ANLSVQRQFFPTDEDEIGAAKALMRLQDTYRLDPGTISRGELPGTKYQAMLSVDDCFGMG
.::..:::.::.:::..::::::.:::::: :: :::.:.:::.:....:...::: .:
CCDS73 SNLTIQRQYFPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 RSAYNEGDYYHTVLWMEQVLKQLDAGEEATTTKSQVLDYLSYAVFQLGDLHRALELTRRL
. ::.:.::::: :::::.:.::: :: .: : .:::::::::.: ::: .:: ::..:
CCDS73 KVAYTEADYYHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE6 LSLDPSHERAGGNLRYFEQLLEEERE--KTLTNQTEAELATPE--GIYERPVDYLPERDV
: ::: :.::.:::.::: .. .:.. :. ... . .::. :. :::::::.
CCDS73 LELDPEHQRANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGV---AVDYLPERQK
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 YESLCRGEGVKLTPRRQKRLFCRYHHGNRAPQLLIAPFKEEDEWDSPHIVRYYDVMSDEE
:: ::::::.:.::::::.:::::: ::: :....:: :.:::::.:.:.:..:..:: :
CCDS73 YEMLCRGEGIKMTPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAE
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE6 IERIKEIAKPKLARATVRDPKTGVLTVASYRVSKSSWLEEDDDPVVARVNRRMQHITGLT
:: .:..:::.:.::::.::.:: ::.:.::::::.:: ..:::.:.: :.: .:::
CCDS73 IEIVKDLAKPRLSRATVHDPETGKLTTAQYRVSKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLD
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE6 VKTAELLQVANYGVGGQYEPHFDFSRRPFDSGLKT--EGNRLATFLNYMSDVEAGGATVF
:.::: ::::::::::::::::::.:. ...: :::.::.: ::::: :::::::
CCDS73 VSTAEELQVANYGVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVF
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KE6 PDLGAAIWPKKGTAVFWYNLLRSGEGDYRTRHAACPVLVGCKWVSNKWFHERGQEFLRPC
:..::..:::::::::::::. :::::: ::::::::::: :::::::.::::::: :::
CCDS73 PEVGASVWPKKGTAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPC
470 480 490 500 510 520
530
pF1KE6 GSTEVD
.:..
CCDS73 TLSELE
530
>>CCDS41537.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 (534 aa)
initn: 2252 init1: 1027 opt: 2268 Z-score: 2761.0 bits: 520.6 E(32554): 1.8e-147
Smith-Waterman score: 2268; 60.9% identity (83.4% similar) in 537 aa overlap (10-533:1-534)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MKLWVSALLMAWF----GVL---SCVQAEFFTSIGHMTDLIYAEKELVQSLKEYILVEEA
: :. :.: : .. ::::::.:::::..::.:: :::.:: .::
CCDS41 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEED
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 KLSKIKSWANKMEALTSKSAADAEGYLAHPVNAYKLVKRLNTDWPALEDLVLQDSAAGFI
:: .::.::.:.. ::: .. : ::...:::::.::.:::::.: ::.:::.: . :::
CCDS41 KLEQIKKWAEKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 ANLSVQRQFFPTDEDEIGAAKALMRLQDTYRLDPGTISRGELPGTKYQAMLSVDDCFGMG
.::..:::.::.:::..::::::.:::::: :: :::.:.:::.:....:...::: .:
CCDS41 SNLTIQRQYFPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 RSAYNEGDYYHTVLWMEQVLKQLDAGEEATTTKSQVLDYLSYAVFQLGDLHRALELTRRL
. ::.:.::::: :::::.:.::: :: .: : .:::::::::.: ::: .:: ::..:
CCDS41 KVAYTEADYYHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE6 LSLDPSHERAGGNLRYFEQLLEEERE--KTLTNQTEAELATPE--GIYERPVDYLPERDV
: ::: :.::.:::.::: .. .:.. :. ... . .::. :. :::::::.
CCDS41 LELDPEHQRANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGV---AVDYLPERQK
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 YESLCRGEGVKLTPRRQKRLFCRYHHGNRAPQLLIAPFKEEDEWDSPHIVRYYDVMSDEE
:: ::::::.:.::::::.:::::: ::: :....:: :.:::::.:.:.:..:..:: :
CCDS41 YEMLCRGEGIKMTPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAE
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE6 IERIKEIAKPKLARATVRDPKTGVLTVASYRVSKSSWLEEDDDPVVARVNRRMQHITGLT
:: .:..:::.: :::. .: :: : .. ::.:::.:: ..:::.:.: :.: .:::
CCDS41 IEIVKDLAKPRLRRATISNPITGDLETVHYRISKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLD
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE6 VKTAELLQVANYGVGGQYEPHFDFSRRPFDSGLKT--EGNRLATFLNYMSDVEAGGATVF
:.::: ::::::::::::::::::.:. ...: :::.::.: ::::: :::::::
CCDS41 VSTAEELQVANYGVGGQYEPHFDFARKDEPDAFKELGTGNRIATWLFYMSDVSAGGATVF
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KE6 PDLGAAIWPKKGTAVFWYNLLRSGEGDYRTRHAACPVLVGCKWVSNKWFHERGQEFLRPC
:..::..:::::::::::::. :::::: ::::::::::: :::::::.::::::: :::
CCDS41 PEVGASVWPKKGTAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPC
470 480 490 500 510 520
530
pF1KE6 GSTEVD
.:..
CCDS41 TLSELE
530
>>CCDS44432.1 P4HA1 gene_id:5033|Hs108|chr10 (516 aa)
initn: 2151 init1: 1027 opt: 1673 Z-score: 2036.3 bits: 386.4 E(32554): 4.2e-107
Smith-Waterman score: 2137; 59.6% identity (81.9% similar) in 535 aa overlap (10-533:1-516)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MKLWVSALLMAWF----GVL---SCVQAEFFTSIGHMTDLIYAEKELVQSLKEYILVEEA
: :. :.: : .. ::::::.:::::..::.:: :::.:: .::
CCDS44 MIWYILIIGILLPQSLAHPGFFTSIGQMTDLIHTEKDLVTSLKDYIKAEED
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 KLSKIKSWANKMEALTSKSAADAEGYLAHPVNAYKLVKRLNTDWPALEDLVLQDSAAGFI
:: .::.::.:.. ::: .. : ::...:::::.::.:::::.: ::.:::.: . :::
CCDS44 KLEQIKKWAEKLDRLTSTATKDPEGFVGHPVNAFKLMKRLNTEWSELENLVLKDMSDGFI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 ANLSVQRQFFPTDEDEIGAAKALMRLQDTYRLDPGTISRGELPGTKYQAMLSVDDCFGMG
.::..:::.::.:::..::::::.:::::: :: :::.:.:::.:....:...::: .:
CCDS44 SNLTIQRQYFPNDEDQVGAAKALLRLQDTYNLDTDTISKGNLPGVKHKSFLTAEDCFELG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 RSAYNEGDYYHTVLWMEQVLKQLDAGEEATTTKSQVLDYLSYAVFQLGDLHRALELTRRL
. ::.:.::::: :::::.:.::: :: .: : .:::::::::.: ::: .:: ::..:
CCDS44 KVAYTEADYYHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE6 LSLDPSHERAGGNLRYFEQLLEEERE--KTLTNQTEAELATPE--GIYERPVDYLPERDV
: ::: :.::.:::.::: .. .:.. :. ... . .::. :. :::::::.
CCDS44 LELDPEHQRANGNLKYFEYIMAKEKDVNKSASDDQSDQKTTPKKKGV---AVDYLPERQK
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 YESLCRGEGVKLTPRRQKRLFCRYHHGNRAPQLLIAPFKEEDEWDSPHIVRYYDVMSDEE
:: ::::::.:.::::::.:::::: ::: :....:: :.:::::.:.:.:..:..:: :
CCDS44 YEMLCRGEGIKMTPRRQKKLFCRYHDGNRNPKFILAPAKQEDEWDKPRIIRFHDIISDAE
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE6 IERIKEIAKPKLARATVRDPKTGVLTVASYRVSKSSWLEEDDDPVVARVNRRMQHITGLT
:: .:..:::.:.::::.::.:: ::.:.::::::.:: ..:::.:.: :.: .:::
CCDS44 IEIVKDLAKPRLSRATVHDPETGKLTTAQYRVSKSAWLSGYENPVVSRINMRIQDLTGLD
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE6 VKTAELLQVANYGVGGQYEPHFDFSRRPFDSGLKTEGNRLATFLNYMSDVEAGGATVFPD
:.::: :: . :: : .. : : :::.::.: ::::: ::::::::.
CCDS44 VSTAEELQ--------KDEP--DAFKE-----LGT-GNRIATWLFYMSDVSAGGATVFPE
410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KE6 LGAAIWPKKGTAVFWYNLLRSGEGDYRTRHAACPVLVGCKWVSNKWFHERGQEFLRPCGS
.::..:::::::::::::. :::::: ::::::::::: :::::::.::::::: :::
CCDS44 VGASVWPKKGTAVFWYNLFASGEGDYSTRHAACPVLVGNKWVSNKWLHERGQEFRRPCTL
460 470 480 490 500 510
530
pF1KE6 TEVD
.:..
CCDS44 SELE
>>CCDS8230.1 P4HA3 gene_id:283208|Hs108|chr11 (544 aa)
initn: 914 init1: 369 opt: 1037 Z-score: 1261.0 bits: 243.1 E(32554): 6.4e-64
Smith-Waterman score: 1112; 37.6% identity (66.2% similar) in 535 aa overlap (20-533:27-544)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MKLWVSALLMAWFGVLSCVQAEFFTSIGHMTDLIYAEKELVQSLKEYILVEEA
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