Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6405
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6405, 606 aa
1>>>pF1KE6405 606 - 606 aa - 606 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2204+/-0.000973; mu= 19.6906+/- 0.058
mean_var=77.1319+/-15.499, 0's: 0 Z-trim(105.5): 63 B-trim: 4 in 1/50
Lambda= 0.146035
statistics sampled from 8420 (8483) to 8420 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.631), E-opt: 0.2 (0.261), width: 16
Scan time: 2.920
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9828.1 ABCD4 gene_id:5826|Hs108|chr14 ( 606) 3990 850.7 0
CCDS749.1 ABCD3 gene_id:5825|Hs108|chr1 ( 659) 731 164.1 5.2e-40
CCDS8734.1 ABCD2 gene_id:225|Hs108|chr12 ( 740) 524 120.5 7.6e-27
CCDS14728.1 ABCD1 gene_id:215|Hs108|chrX ( 745) 522 120.1 1e-26
>>CCDS9828.1 ABCD4 gene_id:5826|Hs108|chr14 (606 aa)
initn: 3990 init1: 3990 opt: 3990 Z-score: 4543.1 bits: 850.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3990; 99.7% identity (100.0% similar) in 606 aa overlap (1-606:1-606)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MAVAGPAPGAGARPRLDLQFLQRFLQILKVLFPSWSSQNALMFLTLLCLTLLEQFVIYQV
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CCDS98 MAVAGPAPGAGARPRLDLQFLQRFLQILKVLFPSWSSQNALMFLTLLCLTLLEQFVIYQV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 GLIPSQYYGVLGNKDLEGFKTLTFLAVMLIVLNSTLKSFDQFTCNLLYVSWRKDLTEHLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 GLIPSQYYGVLGNKDLEGFKTLTFLAVMLIVLNSTLKSFDQFTCNLLYVSWRKDLTEHLH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 RLYFRGRAYYTLNVLRDDIDNPDQRISQDVERFCRQLSSMASKLIISPFTLVYYTYQCFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 RLYFRGRAYYTLNVLRDDIDNPDQRISQDVERFCRQLSSMASKLIISPFTLVYYTYQCFQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 STGWLGPVSIFGYFILGTVVNKTLMGPIVMKLVHQEKLEGDFRFKHMQIRVNAEPAAFYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 STGWLGPVSIFGYFILGTVVNKTLMGPIVMKLVHQEKLEGDFRFKHMQIRVNAEPAAFYR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 AGHVEHMRTDRRLQRLLQTQRELMSKELWLYIGINTFDYLGSILSYVVIAIPIFSGVYGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 AGHVEHMRTDRRLQRLLQTQRELMSKELWLYIGINTFDYLGSILSYVVIAIPIFSGVYGD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 LSPTELSTLVSKNAFVCIYLISCFTQLIDLSTTLSDVAGYTHRIGQLRETLLDMSLKSQD
:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 LSPAELSTLVSKNAFVCIYLISCFTQLIDLSTTLSDVAGYTHRIGQLRETLLDMSLKSQD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 CEILGESKWGLDTPPGWPAAEPADTAFLLERVSISAPSSDKPLIKDLSLKISEGQSLLIT
:::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 CEILGESEWGLDTPPGWPAAEPADTAFLLERVSISAPSSDKPLIKDLSLKISEGQSLLIT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 GNTGTGKTSLLRVLGGLWTSTRGSVQMLTDFGPHGVLFLPQKPFFTDGTLREQVIYPLKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 GNTGTGKTSLLRVLGGLWTSTRGSVQMLTDFGPHGVLFLPQKPFFTDGTLREQVIYPLKE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 VYPDSGSADDERILRFLELAGLSNLVARTEGLDQQVDWNWYDVLSPGEMQRLSFARLFYL
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CCDS98 VYPDSGSADDERILRFLELAGLSNLVARTEGLDQQVDWNWYDVLSPGEMQRLSFARLFYL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 QPKYAVLDEATSALTEEVESELYRIGQQLGMTFISVGHRQSLEKFHSLVLKLCGGGRWEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 QPKYAVLDEATSALTEEVESELYRIGQQLGMTFISVGHRQSLEKFHSLVLKLCGGGRWEL
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 MRIKVE
::::::
CCDS98 MRIKVE
>>CCDS749.1 ABCD3 gene_id:5825|Hs108|chr1 (659 aa)
initn: 724 init1: 253 opt: 731 Z-score: 831.8 bits: 164.1 E(32554): 5.2e-40
Smith-Waterman score: 898; 29.7% identity (64.0% similar) in 617 aa overlap (9-603:52-650)
10 20 30
pF1KE6 MAVAGPAPGAGARPRLDLQFLQRFLQILKVLFP-SWSS
: : .: :..:..::::.. : .. .
CCDS74 LLCLLHKRRRALGLHGKKSGKPPLQNNEKEGKKERAVVDKVFFSRLIQILKIMVPRTFCK
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 QNALMFLTLLCL---TLLEQFVIYQVGLIPSQYYGVLGN--KDLEGFKTLTFLAVMLIVL
... . : . : : . ..: . :: : :..: ::.. . :.:.:.: ..
CCDS74 ETGYLVLIAVMLVSRTYCDVWMIQNGTLIES---GIIGRSRKDFKRY-LLNFIAAMPLI-
90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 NSTLKSFDQFTCNLLYVSWRKDLTEHLHRLYFRGRAYYTLNVLRDDIDNPDQRISQDVER
: ...: .. : : . .: ::..:.. :... .:: .. : . : :::: ..::::.
CCDS74 -SLVNNFLKYGLNELKLCFRVRLTKYLYEEYLQAFTYYKMGNLDNRIANPDQLLTQDVEK
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 FCRQLSSMASKLIISPFT-LVYYTYQCFQSTGWLGPVSIFGYFILGTVVNKTLMGPIVMK
:: .. .. :.: .:: .: : .. .. : ::.:...:.... . : ::
CCDS74 FCNSVVDLYSNLS-KPFLDIVLYIFKLTSAIGAQGPASMMAYLVVSGLFLTRLRRPIGKM
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KE6 LVHQEKLEGDFRFKHMQIRVNAEPAAFYRAGHVEHMRTDRRLQRLLQTQRELMSKELWL-
. ..: ::..:. . .. .:.: ::: ... :.. . ...:.. .... .. .
CCDS74 TITEQKYEGEYRYVNSRLITNSEEIAFYNGNKREKQTVHSVFRKLVEHLHNFILFRFSMG
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320
pF1KE6 YIGINTFDYLGSILSYVVIAIPIFSGVYGDLS-PTELSTLVS-------KNAFVCIYLIS
.: ::.....:.:.. :.. ::: : .:.. : ... . . . .
CCDS74 FIDSIIAKYLATVVGYLVVSRPFL-----DLSHPRHLKSTHSELLEDYYQSGRMLLRMSQ
320 330 340 350 360
330 340 350 360 370
pF1KE6 CFTQLIDLSTTLSDVAGYTHRIGQLRETLLDMSLKSQDCEILGESKWGLD----TP--PG
. ... . .. .::.: :: .: ..: :.. . . ...... :.. : ::
CCDS74 ALGRIVLAGREMTRLAGFTARITELMQVLKDLNHGKYERTMVSQQEKGIEGVQVIPLIPG
370 380 390 400 410 420
380 390 400 410 420 430
pF1KE6 WPAAEPADTAFLLERVSISAPSSDKPLIKDLSLKISEGQSLLITGNTGTGKTSLLRVLGG
::. . ...: ...:..: ::.::.... : ..:: : .: ::.::.::::
CCDS74 AGEIIIADNIIKFDHVPLATPNGDV-LIRDLNFEVRSGANVLICGPNGCGKSSLFRVLGE
430 440 450 460 470 480
440 450 460 470 480 490
pF1KE6 LWTSTRGSVQMLTDFGPHGVLFLPQKPFFTDGTLREQVIYPLKEVYPDSGSADDERILRF
:: : :: ....::.:..: ::::.::::: . . .: . ..
CCDS74 LWPLFGGR---LTKPERGKLFYVPQRPYMTLGTLRDQVIYPDGREDQKRKGISDLVLKEY
490 500 510 520 530 540
500 510 520 530 540 550
pF1KE6 LELAGLSNLVARTEGLDQQVDWNWYDVLSPGEMQRLSFARLFYLQPKYAVLDEATSALTE
:. . :.... : : :. :: .:::: :: ::...::::: .:..:.::: :::..
CCDS74 LDNVQLGHILEREGGWDSVQDW--MDVLSGGEKQRMAMARLFYHKPQFAILDECTSAVSV
550 560 570 580 590 600
560 570 580 590 600
pF1KE6 EVESELYRIGQQLGMTFISVGHRQSLEKFHSLVLKLCGGGRWELMRIKVE
.::. .: ...:.:...:.::.:: : : :.. : : .:. .:
CCDS74 DVEGYIYSHCRKVGITLFTVSHRKSLWKHHEYYLHMDGRGNYEFKQITEDTVEFGS
610 620 630 640 650
>>CCDS8734.1 ABCD2 gene_id:225|Hs108|chr12 (740 aa)
initn: 694 init1: 256 opt: 524 Z-score: 595.4 bits: 120.5 E(32554): 7.6e-27
Smith-Waterman score: 813; 29.4% identity (62.4% similar) in 633 aa overlap (6-603:76-688)
10 20 30
pF1KE6 MAVAGPAPGAGARPRLDLQFLQRFLQILKVLFPSW
:.::..: .:....:.. :.:::.
CCDS87 QSGHGKKKAAAYPAAENTEILHCTETICEKPSPGVNA------DFFKQLLELRKILFPKL
50 60 70 80 90
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 -SSQNALMFLTLLCLTLLEQFVIYQVGLIPSQYYGVLGNKD----LEGFKTLTFLAVMLI
..... . : . : . :: .:: . ... .: .. .: : ..:.
CCDS87 VTTETGWLCLHSVALISRTFLSIYVAGLDGKIVKSIVEKKPRTFIIKLIKWL-MIAIPAT
100 110 120 130 140 150
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 VLNSTLKSFDQFTCNLLYVSWRKDLTEHLHRLYFRGRAYYTLNVLRDDIDNPDQRISQDV
.::... .. :.: ...: :..: .. :: ...:: . . . :::: ...:.
CCDS87 FVNSAIRYLE---CKLA-LAFRTRLVDHAYETYFTNQTYYKVINMDGRLANPDQSLTEDI
160 170 180 190 200 210
160 170 180 190 200
pF1KE6 ERFCRQLSSMASKL---IISPFTLVYYTYQCFQSTGW--LGPVSIFGYFILGTVVNKTLM
: .... . :.: :.. . : : : : .::. . : . .:.
CCDS87 MMFSQSVAHLYSNLTKPILDVMLTSYTLIQTATSRGASPIGPTLLAGLVVYATAKVLKAC
220 230 240 250 260 270
210 220 230 240 250 260
pF1KE6 GPIVMKLVHQE-KLEGDFRFKHMQIRVNAEPAAFYRAGHVEHMRTDRRLQRLLQTQREL-
.: ::: .: . .: .:. : .: .:.: :::: :: .:. .. . : : .:
CCDS87 SPKFGKLVAEEAHRKGYLRYVHSRIIANVEEIAFYR-GHKVEMKQLQKSYKALADQMNLI
280 290 300 310 320 330
270 280 290 300 310
pF1KE6 MSKELWLYIGINTF--DYLGSILSYVVIAIPIFSGV-YGDLSPTELSTLVSK--NAFVCI
.::.:: :: :. : :. : . ...::::.... ..: . ...::. .::.
CCDS87 LSKRLW-YIMIEQFLMKYVWSSSGLIMVAIPIITATGFADGEDGQKQVMVSERTEAFTTA
340 350 360 370 380 390
320 330 340 350 360
pF1KE6 Y-LISCFTQLID--LST--TLSDVAGYTHRI-------GQLRETLLDMSLKSQDCEILGE
:.. .. :. .:. ....:::: :. .... . . :. : ..
CCDS87 RNLLASGADAIERIMSSYKEVTELAGYTARVYNMFWVFDEVKRGIYKRTAVIQESESHSK
400 410 420 430 440 450
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 SKWGLDTPPGWPAAEPA-----DTAFLLERVSISAPSSDKPLIKDLSLKISEGQSLLITG
. .. : . : . : ... : : : .:... . . :..:. ::. :::::
CCDS87 NGAKVELPLSDTLAIKGKVIDVDHGIICENVPIITPAGEV-VASRLNFKVEEGMHLLITG
460 470 480 490 500 510
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 NTGTGKTSLLRVLGGLWTSTRGSVQMLTDFGPHGVLFLPQKPFFTDGTLREQVIYPLK-E
.: ::.::.:.:.::: .: .: :. ....::.:... :.::.::::: . .
CCDS87 PNGCGKSSLFRILSGLWPVYEG---VLYKPPPQHMFYIPQRPYMSLGSLRDQVIYPDSVD
520 530 540 550 560
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 VYPDSGSADDERILRFLELAGLSNLVARTEGLDQQVDWNWYDVLSPGEMQRLSFARLFYL
. :.: .:.. . :.:. . : ..: : : : .::. :::: :: ::...::.::
CCDS87 DMHDKGYTDQD-LERILHNVHLYHIVQREGGWDAVMDWK--DVLSGGEKQRMGMARMFYH
570 580 590 600 610 620
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 QPKYAVLDEATSALTEEVESELYRIGQQLGMTFISVGHRQSLEKFHSLVLKLCGGGRWEL
.::::.::: :::.. .::..... .. :....:. :: :: :.:. .:.. : : :..
CCDS87 KPKYALLDECTSAVSIDVEGKIFQAAKGAGISLLSITHRPSLWKYHTHLLQFDGEGGWRF
630 640 650 660 670 680
pF1KE6 MRIKVE
..
CCDS87 EQLDTAIRLTLSEEKQKLESQLAGIPKMQQRLNELCKILGEDSVLKTIKNEDETS
690 700 710 720 730 740
>>CCDS14728.1 ABCD1 gene_id:215|Hs108|chrX (745 aa)
initn: 754 init1: 257 opt: 522 Z-score: 593.1 bits: 120.1 E(32554): 1e-26
Smith-Waterman score: 796; 28.9% identity (61.6% similar) in 640 aa overlap (10-603:61-684)
10 20 30
pF1KE6 MAVAGPAPGAGARPRLDLQFLQRFLQILKVLFPSWSSQN
:.:. .. ::::.: .:..::: ..
CCDS14 KVYPLVRQCLAPARGLQAPAGEPTQEASGVAAAKAGMNRVFLQRLLWLLRLLFPRVLCRE
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 ALMFLTLLCLTLLEQ-FVIYQVGLIPSQYYGVLGNKDLEGFKTLTFLAVMLIVLNSTL-K
. . :.: .:. . :. :. . .. . :: ..: .: .::.: .:. .
CCDS14 TGL-LALHSAALVSRTFLSVYVARLDGRLARCIVRKDPRAFG-WQLLQWLLIALPATFVN
100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 SFDQFTCNLLYVSWRKDLTEHLHRLYFRGRAYYTLNVLRDDIDNPDQRISQDVERFCRQL
: .. . : .:.:. :. : .:::: ..:: .. . . :::: ...:: : ..
CCDS14 SAIRYLEGQLALSFRSRLVAHAYRLYFSQQTYYRVSNMDGRLRNPDQSLTEDVVAFAASV
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 SSMASKLI-------ISPFTLVYYTYQCFQSTGWLGPVSIFGYFILGTVVNKTLMGPIVM
. . :.: .. .::. . . .:.: : .: : .. :. ..:
CCDS14 AHLYSNLTKPLLDVAVTSYTLLRAARSRGAGTAW--PSAIAGLVVFLTANVLRAFSPKFG
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260
pF1KE6 KLVHQE-KLEGDFRFKHMQIRVNAEPAAFYRAGHVEHMRTDRRLQRLLQTQRELMSKELW
.:: .: . .:..:. : .. .:.: ::: . .:: .: : : . .. ..::
CCDS14 ELVAEEARRKGELRYMHSRVVANSEEIAFYGGHEVELALLQRSYQDLASQINLILLERLW
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310
pF1KE6 LYIGINTF--DYLGSILSYVVIAIPIFSGVYGDLSPTEL----------STLVSK--NAF
:. .. : :. : . ...:.::.... . : .: :::. .::
CCDS14 -YVMLEQFLMKYVWSASGLLMVAVPIITATGYSESDAEAVKKAALEKKEEELVSERTEAF
330 340 350 360 370 380
320 330 340 350 360
pF1KE6 -VCIYLISCFTQLID--LST--TLSDVAGYTHRIGQLRETLLDMSLKSQDCEI-----LG
. :.. .. :. .:. ....:::: :. .. ... :. : :.. :
CCDS14 TIARNLLTAAADAIERIMSSYKEVTELAGYTARVHEMFQVFEDV----QRCHFKRPRELE
390 400 410 420 430 440
370 380 390 400 410
pF1KE6 ESKWGLDTP--PGWPAAEP---------ADTAFLLERVSISAPSSDKPLIKDLSLKISEG
... : : : . : .. ... : . : .::.. .. .:.... ::
CCDS14 DAQAGSGTIGRSGVRVEGPLKIRGQVVDVEQGIICENIPIVTPSGEV-VVASLNIRVEEG
450 460 470 480 490 500
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 QSLLITGNTGTGKTSLLRVLGGLWTSTRGSVQMLTDFGPHGVLFLPQKPFFTDGTLREQV
. ::::: .: ::.::.:.::::: : :.: : :. ....::.:... :.::.::
CCDS14 MHLLITGPNGCGKSSLFRILGGLWP-TYGGV--LYKPPPQRMFYIPQRPYMSVGSLRDQV
510 520 530 540 550
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 IYPLK-EVYPDSGSADDERILRFLELAGLSNLVARTEGLDQQVDWNWYDVLSPGEMQRLS
::: . : . .: .... . .:... : ... : : . . ::. :::: :: ::..
CCDS14 IYPDSVEDMQRKGYSEQD-LEAILDVVHLHHILQREGGWEAMCDWK--DVLSGGEKQRIG
560 570 580 590 600 610
540 550 560 570 580 590
pF1KE6 FARLFYLQPKYAVLDEATSALTEEVESELYRIGQQLGMTFISVGHRQSLEKFHSLVLKLC
.::.:: .::::.::: :::.. .::..... ... :....:. :: :: :.:. .:..
CCDS14 MARMFYHRPKYALLDECTSAVSIDVEGKIFQAAKDAGIALLSITHRPSLWKYHTHLLQFD
620 630 640 650 660 670
600
pF1KE6 GGGRWELMRIKVE
: : :.. ..
CCDS14 GEGGWKFEKLDSAARLSLTEEKQRLEQQLAGIPKMQRRLQELCQILGEAVAPAHVPAPSP
680 690 700 710 720 730
606 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 12:57:18 2016 done: Tue Nov 8 12:57:19 2016
Total Scan time: 2.920 Total Display time: 0.050
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]