FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE6393, 438 aa
  1>>>pF1KE6393 438 - 438 aa - 438 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1119+/-0.000734; mu= 14.8947+/- 0.044
 mean_var=106.5596+/-20.979, 0's: 0 Z-trim(112.7): 13  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.124245
 statistics sampled from 13437 (13443) to 13437 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.759), E-opt: 0.2 (0.413), width:  16
 Scan time:  2.320

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS61779.1 RHBDL1 gene_id:9028|Hs108|chr16        ( 373) 2484 455.5  4e-128
CCDS82103.1 RHBDL3 gene_id:162494|Hs108|chr17      ( 396) 1492 277.7 1.4e-74
CCDS32613.1 RHBDL3 gene_id:162494|Hs108|chr17      ( 404) 1491 277.6 1.6e-74
CCDS30680.1 RHBDL2 gene_id:54933|Hs108|chr1        ( 303)  632 123.5 2.9e-28


>>CCDS61779.1 RHBDL1 gene_id:9028|Hs108|chr16             (373 aa)
 initn: 2484 init1: 2484 opt: 2484  Z-score: 2413.7  bits: 455.5 E(32554): 4e-128
Smith-Waterman score: 2484; 100.0% identity (100.0% similar) in 361 aa overlap (78-438:13-373)

        50        60        70        80        90       100       
pF1KE6 PEPDAPSQPGPALWSRGRARTQALAGGSSLQQLDPENTGFIGADTFTGLVHSHELPLDPA
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61                   MDRSSLLQLIQEQQLDPENTGFIGADTFTGLVHSHELPLDPA
                                 10        20        30        40  

       110       120       130       140       150       160       
pF1KE6 KLDMLVALAQSNEQGQVCYQELVDLISSKRSSSFKRAIANGQRALPRDGPLDEPGLGVYK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 KLDMLVALAQSNEQGQVCYQELVDLISSKRSSSFKRAIANGQRALPRDGPLDEPGLGVYK
             50        60        70        80        90       100  

       170       180       190       200       210       220       
pF1KE6 RFVRYVAYEILPCEVDRRWYFYRHRSCPPPVFMASVTLAQIIVFLCYGARLNKWVLQTYH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 RFVRYVAYEILPCEVDRRWYFYRHRSCPPPVFMASVTLAQIIVFLCYGARLNKWVLQTYH
            110       120       130       140       150       160  

       230       240       250       260       270       280       
pF1KE6 PEYMKSPLVYHPGHRARAWRFLTYMFMHVGLEQLGFNALLQLMIGVPLEMVHGLLRISLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 PEYMKSPLVYHPGHRARAWRFLTYMFMHVGLEQLGFNALLQLMIGVPLEMVHGLLRISLL
            170       180       190       200       210       220  

       290       300       310       320       330       340       
pF1KE6 YLAGVLAGSLTVSITDMRAPVVGGSGGVYALCSAHLANVVMNWAGMRCPYKLLRMVLALV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 YLAGVLAGSLTVSITDMRAPVVGGSGGVYALCSAHLANVVMNWAGMRCPYKLLRMVLALV
            230       240       250       260       270       280  

       350       360       370       380       390       400       
pF1KE6 CMSSEVGRAVWLRFSPPLPASGPQPSFMAHLAGAVVGVSMGLTILRSYEERLRDQCGWWV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 CMSSEVGRAVWLRFSPPLPASGPQPSFMAHLAGAVVGVSMGLTILRSYEERLRDQCGWWV
            290       300       310       320       330       340  

       410       420       430        
pF1KE6 VLLAYGTFLLFAVFWNVFAYDLLGAHIPPPP
       :::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 VLLAYGTFLLFAVFWNVFAYDLLGAHIPPPP
            350       360       370   

>>CCDS82103.1 RHBDL3 gene_id:162494|Hs108|chr17           (396 aa)
 initn: 1485 init1: 1485 opt: 1492  Z-score: 1452.4  bits: 277.7 E(32554): 1.4e-74
Smith-Waterman score: 1492; 54.2% identity (80.7% similar) in 393 aa overlap (53-438:5-396)

             30        40        50        60         70           
pF1KE6 LPAPGIKQGPREQTGTGPLSQKCWEPEPDAPSQPGPALWSRGRA-RTQALAG------GS
                                     :: ::::. . ..: : . :         .
CCDS82                           MGEHPS-PGPAVAACAEAERIEELEPEAEERLPA
                                          10        20        30   

          80        90       100       110       120       130     
pF1KE6 SLQQLDPENTGFIGADTFTGLVHSHELPLDPAKLDMLVALAQSNEQGQVCYQELVDLISS
       . ...:: :::.:..  : .:..::   ::: : ..:.:::.:. .::. ::..:.:.:.
CCDS82 APEDFDPGNTGYISTGKFRSLLESHSSKLDPHKREVLLALADSHADGQIGYQDFVSLMSN
            40        50        60        70        80        90   

         140       150       160       170       180       190     
pF1KE6 KRSSSFKRAIANGQRALPRDGPLDEPGLGVYKRFVRYVAYEILPCEVDRRWYFYRHRSCP
       :::.::..:: .:.: :   . :.: ::.. .:..:.:::: :: :.::.::.  .  ::
CCDS82 KRSNSFRQAILQGNRRLSSKALLEEKGLSLSQRLIRHVAYETLPREIDRKWYYDSYTCCP
           100       110       120       130       140       150   

         200       210       220       230       240       250     
pF1KE6 PPVFMASVTLAQIIVFLCYGARLNKWVLQTYHPEYMKSPLVYHPGHRARAWRFLTYMFMH
       :: :: .::: ..  ::  :. :...:::. ::.:.:. :::::  ::..::.:::.:::
CCDS82 PPWFMITVTLLEVAFFLYNGVSLGQFVLQVTHPRYLKNSLVYHPQLRAQVWRYLTYIFMH
           160       170       180       190       200       210   

         260       270       280       290       300       310     
pF1KE6 VGLEQLGFNALLQLMIGVPLEMVHGLLRISLLYLAGVLAGSLTVSITDMRAPVVGGSGGV
       .:.:.::.:..:::..:::::::::  ::.:.:.:::.::::.::..:: :::::.::::
CCDS82 AGIEHLGLNVVLQLLVGVPLEMVHGATRIGLVYVAGVVAGSLAVSVADMTAPVVGSSGGV
           220       230       240       250       260       270   

         320       330       340       350       360       370     
pF1KE6 YALCSAHLANVVMNWAGMRCPYKLLRMVLALVCMSSEVGRAVWLRFSPPLPASGPQPSFM
       ::: ::::::.::::.::.: .:::::..::.::: : :::::::: :      :.:::.
CCDS82 YALVSAHLANIVMNWSGMKCQFKLLRMAVALICMSMEFGRAVWLRFHPSAYPPCPHPSFV
           280       290       300       310       320       330   

         380       390       400       410       420       430     
pF1KE6 AHLAGAVVGVSMGLTILRSYEERLRDQCGWWVVLLAYGTFLLFAVFWNVFAYDLLGAHIP
       :::.:..::...:...::.::.::.::  ::. .  : .:.:::::::.::: ::  ..:
CCDS82 AHLGGVAVGITLGVVVLRNYEQRLQDQSLWWIFVAMYTVFVLFAVFWNIFAYTLLDLKLP
           340       350       360       370       380       390   

          
pF1KE6 PPP
       :::
CCDS82 PPP
          

>>CCDS32613.1 RHBDL3 gene_id:162494|Hs108|chr17           (404 aa)
 initn: 1491 init1: 1491 opt: 1491  Z-score: 1451.3  bits: 277.6 E(32554): 1.6e-74
Smith-Waterman score: 1491; 56.6% identity (83.4% similar) in 362 aa overlap (77-438:43-404)

         50        60        70        80        90       100      
pF1KE6 EPEPDAPSQPGPALWSRGRARTQALAGGSSLQQLDPENTGFIGADTFTGLVHSHELPLDP
                                     ..:.:: :::.:..  : .:..::   :::
CCDS32 ACAEAERIEELEPEAEERLPAAPEDHWKVLFDQFDPGNTGYISTGKFRSLLESHSSKLDP
             20        30        40        50        60        70  

        110       120       130       140       150       160      
pF1KE6 AKLDMLVALAQSNEQGQVCYQELVDLISSKRSSSFKRAIANGQRALPRDGPLDEPGLGVY
        : ..:.:::.:. .::. ::..:.:.:.:::.::..:: .:.: :   . :.: ::.. 
CCDS32 HKREVLLALADSHADGQIGYQDFVSLMSNKRSNSFRQAILQGNRRLSSKALLEEKGLSLS
             80        90       100       110       120       130  

        170       180       190       200       210       220      
pF1KE6 KRFVRYVAYEILPCEVDRRWYFYRHRSCPPPVFMASVTLAQIIVFLCYGARLNKWVLQTY
       .:..:.:::: :: :.::.::.  .  :::: :: .::: ..  ::  :. :...:::. 
CCDS32 QRLIRHVAYETLPREIDRKWYYDSYTCCPPPWFMITVTLLEVAFFLYNGVSLGQFVLQVT
            140       150       160       170       180       190  

        230       240       250       260       270       280      
pF1KE6 HPEYMKSPLVYHPGHRARAWRFLTYMFMHVGLEQLGFNALLQLMIGVPLEMVHGLLRISL
       ::.:.:. :::::  ::..::.:::.:::.:.:.::.:..:::..:::::::::  ::.:
CCDS32 HPRYLKNSLVYHPQLRAQVWRYLTYIFMHAGIEHLGLNVVLQLLVGVPLEMVHGATRIGL
            200       210       220       230       240       250  

        290       300       310       320       330       340      
pF1KE6 LYLAGVLAGSLTVSITDMRAPVVGGSGGVYALCSAHLANVVMNWAGMRCPYKLLRMVLAL
       .:.:::.::::.::..:: :::::.::::::: ::::::.::::.::.: .:::::..::
CCDS32 VYVAGVVAGSLAVSVADMTAPVVGSSGGVYALVSAHLANIVMNWSGMKCQFKLLRMAVAL
            260       270       280       290       300       310  

        350       360       370       380       390       400      
pF1KE6 VCMSSEVGRAVWLRFSPPLPASGPQPSFMAHLAGAVVGVSMGLTILRSYEERLRDQCGWW
       .::: : :::::::: :      :.:::.:::.:..::...:...::.::.::.::  ::
CCDS32 ICMSMEFGRAVWLRFHPSAYPPCPHPSFVAHLGGVAVGITLGVVVLRNYEQRLQDQSLWW
            320       330       340       350       360       370  

        410       420       430        
pF1KE6 VVLLAYGTFLLFAVFWNVFAYDLLGAHIPPPP
       . .  : .:.:::::::.::: ::  ..::::
CCDS32 IFVAMYTVFVLFAVFWNIFAYTLLDLKLPPPP
            380       390       400    

>>CCDS30680.1 RHBDL2 gene_id:54933|Hs108|chr1             (303 aa)
 initn: 589 init1: 453 opt: 632  Z-score: 620.9  bits: 123.5 E(32554): 2.9e-28
Smith-Waterman score: 632; 38.7% identity (70.5% similar) in 261 aa overlap (167-425:43-298)

        140       150       160       170       180       190      
pF1KE6 RSSSFKRAIANGQRALPRDGPLDEPGLGVYKRFVRYVAYEILPCEVDRRWYFYRHRSCPP
                                     :.  : :.  .:: : .:  :. :    ::
CCDS30 NLNMGREMKEELEEEEKMREDGGGKDRAKSKKVHRIVSKWMLP-EKSRGTYLERANCFPP
             20        30        40        50         60        70 

        200       210         220       230       240       250    
pF1KE6 PVFMASVTLAQIIVFLCYGAR--LNKWVLQTYHPEYMKSPLVYHPGHRARAWRFLTYMFM
       :::. :..::.. ::. :..    ..:.  :     ..::..: : .: .::::..::..
CCDS30 PVFIISISLAELAVFIYYAVWKPQKQWI--TLDTGILESPFIYSPEKREEAWRFISYMLV
              80        90         100       110       120         

          260       270       280       290       300       310    
pF1KE6 HVGLEQLGFNALLQLMIGVPLEMVHGLLRISLLYLAGVLAGSLTVSITDMRAPVVGGSGG
       :.:....  :  .::..:.::::::  ::..:.:::::.::::. :: :    .::.:::
CCDS30 HAGVQHILGNLCMQLVLGIPLEMVHKGLRVGLVYLAGVIAGSLASSIFDPLRYLVGASGG
     130       140       150       160       170       180         

          320       330       340       350       360       370    
pF1KE6 VYALCSAHLANVVMNWAGMRCPYKLLRMVLALVCMSSEVGRAVWLRFSPPLPASGPQPSF
       :::: .... ::..:.  :   . ..:... .. .  ..: :.. ::   .: .:   ::
CCDS30 VYALMGGYFMNVLVNFQEMIPAFGIFRLLIIILIIVLDMGFALYRRFF--VPEDGSPVSF
     190       200       210       220       230         240       

          380       390       400       410       420       430    
pF1KE6 MAHLAGAVVGVSMGLTILRSYEERLRDQCGWWVVLLAYGTFLLFAVFWNVFAYDLLGAHI
        ::.::. .:.:.: :..  ... :  .  .:... :: . .:::::.:.:         
CCDS30 AAHIAGGFAGMSIGYTVFSCFDKALLKDPRFWIAIAAYLACVLFAVFFNIFLSPAN    
       250       260       270       280       290       300       

           
pF1KE6 PPPP




438 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Tue Nov  8 12:52:32 2016 done: Tue Nov  8 12:52:33 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]