Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6364
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6364, 354 aa
1>>>pF1KE6364 354 - 354 aa - 354 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2613+/-0.000918; mu= 16.3812+/- 0.056
mean_var=63.0269+/-12.500, 0's: 0 Z-trim(104.7): 38 B-trim: 17 in 1/49
Lambda= 0.161552
statistics sampled from 8020 (8055) to 8020 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.632), E-opt: 0.2 (0.247), width: 16
Scan time: 1.900
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6176.1 CLVS1 gene_id:157807|Hs108|chr8 ( 354) 2378 563.0 1.3e-160
CCDS34525.1 CLVS2 gene_id:134829|Hs108|chr6 ( 327) 1789 425.7 2.7e-119
CCDS32324.1 RLBP1 gene_id:6017|Hs108|chr15 ( 317) 689 169.3 3.9e-42
CCDS13332.2 TTPAL gene_id:79183|Hs108|chr20 ( 342) 624 154.2 1.5e-37
CCDS6178.1 TTPA gene_id:7274|Hs108|chr8 ( 278) 481 120.8 1.4e-27
CCDS13877.1 SEC14L3 gene_id:266629|Hs108|chr22 ( 400) 257 68.7 9.7e-12
CCDS54517.1 SEC14L4 gene_id:284904|Hs108|chr22 ( 360) 246 66.1 5.2e-11
CCDS13878.1 SEC14L4 gene_id:284904|Hs108|chr22 ( 406) 246 66.1 5.8e-11
>>CCDS6176.1 CLVS1 gene_id:157807|Hs108|chr8 (354 aa)
initn: 2378 init1: 2378 opt: 2378 Z-score: 2996.7 bits: 563.0 E(32554): 1.3e-160
Smith-Waterman score: 2378; 100.0% identity (100.0% similar) in 354 aa overlap (1-354:1-354)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MGPVSLLPKYQKLNTWNGDLAKMTHLQAGLSPETIEKARLELNENPDVLHQDIQQVRDMI
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CCDS61 MGPVSLLPKYQKLNTWNGDLAKMTHLQAGLSPETIEKARLELNENPDVLHQDIQQVRDMI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 ITRPDIGFLRTDDAFILRFLRARKFHQADAFRLLAQYFQYRQLNLDMFKNFKADDPGIKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 ITRPDIGFLRTDDAFILRFLRARKFHQADAFRLLAQYFQYRQLNLDMFKNFKADDPGIKR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 ALIDGFPGVLENRDHYGRKILLLFAANWDQSRNSFTDILRAILLSLEVLIEDPELQINGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 ALIDGFPGVLENRDHYGRKILLLFAANWDQSRNSFTDILRAILLSLEVLIEDPELQINGF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 ILIIDWSNFSFKQASKLTPSILKLAIEGLQDSFPARFGGVHFVNQPWYIHALYTLIKPFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 ILIIDWSNFSFKQASKLTPSILKLAIEGLQDSFPARFGGVHFVNQPWYIHALYTLIKPFL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 KDKTRKRIFLHGNNLNSLHQLIHPEFLPSEFGGTLPPYDMGTWARTLLGPDYSDENDYTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 KDKTRKRIFLHGNNLNSLHQLIHPEFLPSEFGGTLPPYDMGTWARTLLGPDYSDENDYTH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KE6 TSYNAMHVKHTSSNLERECSPKLMKRSQSVVEAGTLKHEEKGENENTQPLLALD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 TSYNAMHVKHTSSNLERECSPKLMKRSQSVVEAGTLKHEEKGENENTQPLLALD
310 320 330 340 350
>>CCDS34525.1 CLVS2 gene_id:134829|Hs108|chr6 (327 aa)
initn: 1649 init1: 1649 opt: 1789 Z-score: 2255.3 bits: 425.7 E(32554): 2.7e-119
Smith-Waterman score: 1789; 79.8% identity (92.5% similar) in 332 aa overlap (23-354:1-327)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MGPVSLLPKYQKLNTWNGDLAKMTHLQAGLSPETIEKARLELNENPDVLHQDIQQVRDMI
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CCDS34 MTHLQAGLSPETLEKARLELNENPDTLHQDIQEVRDMV
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 ITRPDIGFLRTDDAFILRFLRARKFHQADAFRLLAQYFQYRQLNLDMFKNFKADDPGIKR
::::::::::::::::::::::::::. .:::::::::.::: ::::::.::: :::::.
CCDS34 ITRPDIGFLRTDDAFILRFLRARKFHHFEAFRLLAQYFEYRQQNLDMFKSFKATDPGIKQ
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 ALIDGFPGVLENRDHYGRKILLLFAANWDQSRNSFTDILRAILLSLEVLIEDPELQINGF
:: ::::: : : ::::::::.:::::::::: ...:::::::::::..:::::::.:::
CCDS34 ALKDGFPGGLANLDHYGRKILVLFAANWDQSRYTLVDILRAILLSLEAMIEDPELQVNGF
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 ILIIDWSNFSFKQASKLTPSILKLAIEGLQDSFPARFGGVHFVNQPWYIHALYTLIKPFL
.::::::::.::::::::::.:.::::::::::::::::.::::::::::::::.:.:::
CCDS34 VLIIDWSNFTFKQASKLTPSMLRLAIEGLQDSFPARFGGIHFVNQPWYIHALYTVIRPFL
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 KDKTRKRIFLHGNNLNSLHQLIHPEFLPSEFGGTLPPYDMGTWARTLLGPDYSDENDYTH
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CCDS34 KEKTRKRIFLHGNNLNSLHQLIHPEILPSEFGGMLPPYDMGTWARTLLDHEYDDDSEYNV
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350
pF1KE6 TSYNAMHVKHTSSNLERECSPKLMKRSQSVVEAGTLKHEEKGENENTQPLLALD
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CCDS34 DSYS-MPVKE----VEKELSPKSMKRSQSVVDPTVLKRMDKNEEENMQPLLSLD
280 290 300 310 320
>>CCDS32324.1 RLBP1 gene_id:6017|Hs108|chr15 (317 aa)
initn: 704 init1: 569 opt: 689 Z-score: 870.0 bits: 169.3 E(32554): 3.9e-42
Smith-Waterman score: 689; 39.2% identity (71.6% similar) in 278 aa overlap (30-296:40-314)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MGPVSLLPKYQKLNTWNGDLAKMTHLQAGLSPETIEKARLELNENPDVLHQDIQQVRDM
: .:..::. :::: .. .. ......:
CCDS32 MVPEEEQELRAQLEQLTTKDHGPVFGPCSQLPRHTLQKAKDELNEREETREEAVRELQEM
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KE6 IITRPDIG----------FLRTDDAFILRFLRARKFHQADAFRLLAQYFQYRQLNLDMFK
. .. : . :..:.:::.:::::. . :..:: : ..: ..:
CCDS32 VQAQAASGEELAVAVAERVQEKDSGFFLRFIRARKFNVGRAYELLRGYVNFRLQYPELFD
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 NFKADDPGIKRALID-GFPGVLENRDHYGRKILLLFAANWDQSRNSFTDILRAILLSLEV
... : : :. :.:::: .::.::: ..:. ::.... .: .::.: . ::
CCDS32 SLS---PEAVRCTIEAGYPGVLSSRDKYGRVVMLFNIENWQSQEITFDEILQAYCFILEK
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 LIEDPELQINGFILIIDWSNFSFKQASKLTPSILKLAIEGLQDSFPARFGGVHFVNQPWY
:.:. : ::::: .: ....:...::..: : :. .. ::::::::: ..::..::::
CCDS32 LLENEETQINGFCIIENFKGFTMQQAASLRTSDLRKMVDMLQDSFPARFKAIHFIHQPWY
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 IHALYTLIKPFLKDKTRKRIFLHGNNLNSLHQLIHPEFLPSEFGGTLPPYDMGTWARTLL
. . :...:::::.: .:.:.::..:....: : ..:::.:::::: :: . :. :.
CCDS32 FTTTYNVVKPFLKSKLLERVFVHGDDLSGFYQEIDENILPSDFGGTLPKYDGKAVAEQLF
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 GPDYSDENDYTHTSYNAMHVKHTSSNLERECSPKLMKRSQSVVEAGTLKHEEKGENENTQ
::. . ::
CCDS32 GPQAQAENTAF
310
>>CCDS13332.2 TTPAL gene_id:79183|Hs108|chr20 (342 aa)
initn: 607 init1: 428 opt: 624 Z-score: 787.6 bits: 154.2 E(32554): 1.5e-37
Smith-Waterman score: 624; 40.2% identity (69.0% similar) in 271 aa overlap (30-298:35-297)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MGPVSLLPKYQKLNTWNGDLAKMTHLQAGLSPETIEKARLELNENPDVLHQDIQQVRDM
:. . . ::: ::.:.:. .:.: .:::
CCDS13 SDSLRTSPSVASLSENELPPPPEPPGYVCSLTEDLVTKAREELQEKPEWRLRDVQALRDM
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 IITRPDIGFLRT--DDAFILRFLRARKFHQADAFRLLAQYFQYRQLNLDMFKNFKADDPG
. : . : : ::::.::::::::: :..::..: . :. ..:.:.: . .
CCDS13 V--RKEYPNLSTSLDDAFLLRFLRARKFDYDRALQLLVNYHSCRRSWPEVFNNLKPS--A
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 IKRALIDGFPGVLENRDHYGRKILLLFAANWDQSRNSFTDILRAILLSLEVLIEDPELQI
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CCDS13 LKDVLASGFLTVLPHTDPRGCHVVCIRPDRWIPSNYPITENIRAIYLTLEKLIQSEETQV
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 NGFILIIDWSNFSFKQASKLTPSILKLAIEGLQDSFPARFGGVHFVNQPWYIHALYTLIK
::.... :... :...::.. : : : .: :::.:: :. .:: ::.: .......::
CCDS13 NGIVILADYKGVSLSKASHFGPFIAKKVIGILQDGFPIRIKAVHVVNEPRIFKGIFAIIK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 PFLKDKTRKRIFLHGNNLNSLHQLIHPEFLPSEFGGTLPPYDMGTWARTLLGPDYSDEND
::::.: .:.::::..::::: . .::.:.::: : .:: .:: ..:.:
CCDS13 PFLKEKIANRFFLHGSDLNSLHTNLPRSILPKEYGGTAGELDTATWNAVLL----ASEDD
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 YTHTSYNAMHVKHTSSNLERECSPKLMKRSQSVVEAGTLKHEEKGENENTQPLLALD
.
CCDS13 FVKEFCQPVPACDSILGQTLLPEGLTSDAQCDDSLRAVKSQLYSCY
300 310 320 330 340
>>CCDS6178.1 TTPA gene_id:7274|Hs108|chr8 (278 aa)
initn: 491 init1: 399 opt: 481 Z-score: 608.8 bits: 120.8 E(32554): 1.4e-27
Smith-Waterman score: 481; 38.4% identity (69.0% similar) in 203 aa overlap (73-273:49-247)
50 60 70 80 90 100
pF1KE6 NENPDVLHQDIQQVRDMIITRPDIGFLRTDDAFILRFLRARKFHQADAFRLLAQYFQYRQ
:.:.::::::: : :.::: .:...:
CCDS61 DHSPLLQPGLAALRRRAREAGVPLAPLPLTDSFLLRFLRARDFDLDLAWRLLKNYYKWRA
20 30 40 50 60 70
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 LNLDMFKNFKADDP-GIKRALIDGFPGVLENRDHYGRKILLLFAANWDQSRNSFTDILRA
.. ... . :. .: :. :::..:: : :.:. :.:: . . :..:.
CCDS61 ECPEISADLHPRSIIGLLKA---GYHGVLRSRDPTGSKVLIYRIAHWDPKVFTAYDVFRV
80 90 100 110 120 130
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 ILLSLEVLIEDPELQINGFILIIDWSNFSFKQASKLTPSILKLAIEGLQDSFPARFGGVH
:.. :..... : : ::. :.: ...:..: ..:::. : : :::: . :.:
CCDS61 SLITSELIVQEVETQRNGIKAIFDLEGWQFSHAFQITPSVAKKIAAVLTDSFPLKVRGIH
140 150 160 170 180 190
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 FVNQPWYIHALYTLIKPFLKDKTRKRIFLHGNNLN-SLHQLIHPEFLPSEFGGTLPPYDM
..:.: .::....::::: .: ..:: .:::: . :: : . :..:: :.::
CCDS61 LINEPVIFHAVFSMIKPFLTEKIKERIHMHGNNYKQSLLQHF-PDILPLEYGGEEFSMED
200 210 220 230 240 250
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 GTWARTLLGPDYSDENDYTHTSYNAMHVKHTSSNLERECSPKLMKRSQSVVEAGTLKHEE
CCDS61 ICQEWTNFIMKSEDYLSSISESIQ
260 270
>>CCDS13877.1 SEC14L3 gene_id:266629|Hs108|chr22 (400 aa)
initn: 180 init1: 101 opt: 257 Z-score: 324.3 bits: 68.7 E(32554): 9.7e-12
Smith-Waterman score: 262; 26.9% identity (59.7% similar) in 238 aa overlap (54-279:21-249)
30 40 50 60 70 80
pF1KE6 THLQAGLSPETIEKARLELNENPDVLHQDIQQVRDMIITRPDIGFLRTDDAFILRFLRAR
..:.:.. . :. :: :.::.::::
CCDS13 MSGRVGDLSPKQAETLAKFRENVQDVLPALPN-----PDDYFLLRWLRAR
10 20 30 40
90 100 110 120 130 140
pF1KE6 KFHQADAFRLLAQYFQYRQLNLDMFKNFKADDPGIKRALIDGFPGVLENRDHYGRKILLL
.: . :: .:...:. ..:. . . . : . . . :: : . :. : .
CCDS13 NFDLQKSEALLRKYMEFRK-TMDIDHILDWQPPEVIQKYM---PGGLCGYDRDGCPVWYD
50 60 70 80 90 100
150 160 170 180 190
pF1KE6 FAANWDQSRNSFT----DILRAILLSLEVLIEDPELQ-------INGFILIIDWSNFSFK
. . : . :. :.:.. . . : .... .:: :. ...:.: ....:
CCDS13 IIGPLDPKGLLFSVTKQDLLKTKMRDCERILHECDLQTERLGKKIETIVMIFDCEGLGLK
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KE6 QASKLTPSILKLAIEGLQDSFPARFGGVHFVNQPWYIHALYTLIKPFLKDKTRKRIFLHG
. : . . . :....: . . .:. . . :.:.::::.. ::..:.. :
CCDS13 HFWKPLVEVYQEFFGLLEENYPETLKFMLIVKATKLFPVGYNLMKPFLSEDTRRKIIVLG
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KE6 NNLN-SLHQLIHPEFLPSEFGGTLPPYDMGTWARTLLGPDYSDENDYTHTSYNAMHVKHT
:: . .: .:: :: ::..::::: :
CCDS13 NNWKEGLLKLISPEELPAQFGGTLTDPDGNPKCLTKINYGGEIPKSMYVRDQVKTQYEHS
230 240 250 260 270 280
>>CCDS54517.1 SEC14L4 gene_id:284904|Hs108|chr22 (360 aa)
initn: 157 init1: 87 opt: 246 Z-score: 311.1 bits: 66.1 E(32554): 5.2e-11
Smith-Waterman score: 249; 24.7% identity (57.1% similar) in 275 aa overlap (54-313:21-283)
30 40 50 60 70 80
pF1KE6 THLQAGLSPETIEKARLELNENPDVLHQDIQQVRDMIITRPDIGFLRTDDAFILRFLRAR
....:.. :. .:: :.::.::::
CCDS54 MSSRVGDLSPQQQEALARFRENLQDLLPILPN-----ADDYFLLRWLRAR
10 20 30 40
90 100 110 120 130 140
pF1KE6 KFHQADAFRLLAQYFQYR-QLNLDMFKNFKADDPGIKRALIDGFPGVLENRDHYGRKILL
.: . .: .....: : .:: . ... : . . : :. : : . :. : . .
CCDS54 NFDLQKSEDMLRRHMEFRKQQDLDNIVTWQP--PEVIQ-LYDS--GGLCGYDYEGCPVYF
50 60 70 80 90 100
150 160 170 180 190
pF1KE6 LFAANWDQS----RNSFTDILRAILLSLEVLIEDPELQ-------INGFILIIDWSNFSF
. .. : . : :..: . :.:... ::: :. ....: ..:.
CCDS54 NIIGSLDPKGLLLSASKQDMIRKRIKVCELLLHECELQTQKLGRKIEMALMVFDMEGLSL
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KE6 KQASKLTPSILKLAIEGLQDSFPARFGGVHFVNQPWYIHALYTLIKPFLKDKTRKRIFLH
:. : . . . . :. ..: . .. . : . . ..:.: :....::..: .
CCDS54 KHLWKPAVEVYQQFFSILEANYPETLKNLIVIRAPKLFPVAFNLVKSFMSEETRRKIVIL
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300
pF1KE6 GNNLNS-LHQLIHPEFLPSEFGGTLPPYDMGTWARTLLGPDYSDE--NDYTHTSYNAMHV
:.: .. : ..: :. :: :::::. : :. . : .:. : ..: ..
CCDS54 GDNWKQELTKFISPDQLPVEFGGTMTDPD-GN-PKCLTKINYGGEVPKSYYLCEQVRLQY
230 240 250 260 270
310 320 330 340 350
pF1KE6 KHTSSNLERECSPKLMKRSQSVVEAGTLKHEEKGENENTQPLLALD
.:: :
CCDS54 EHTRSVGRGSSLQVENEILFPGCVLRWQFASDGGDIGFGVFLKTKMGEQQSAREMTEVLP
280 290 300 310 320 330
>>CCDS13878.1 SEC14L4 gene_id:284904|Hs108|chr22 (406 aa)
initn: 157 init1: 87 opt: 246 Z-score: 310.3 bits: 66.1 E(32554): 5.8e-11
Smith-Waterman score: 249; 24.7% identity (57.1% similar) in 275 aa overlap (54-313:21-283)
30 40 50 60 70 80
pF1KE6 THLQAGLSPETIEKARLELNENPDVLHQDIQQVRDMIITRPDIGFLRTDDAFILRFLRAR
....:.. :. .:: :.::.::::
CCDS13 MSSRVGDLSPQQQEALARFRENLQDLLPILPN-----ADDYFLLRWLRAR
10 20 30 40
90 100 110 120 130 140
pF1KE6 KFHQADAFRLLAQYFQYR-QLNLDMFKNFKADDPGIKRALIDGFPGVLENRDHYGRKILL
.: . .: .....: : .:: . ... : . . : :. : : . :. : . .
CCDS13 NFDLQKSEDMLRRHMEFRKQQDLDNIVTWQP--PEVIQ-LYDS--GGLCGYDYEGCPVYF
50 60 70 80 90 100
150 160 170 180 190
pF1KE6 LFAANWDQS----RNSFTDILRAILLSLEVLIEDPELQ-------INGFILIIDWSNFSF
. .. : . : :..: . :.:... ::: :. ....: ..:.
CCDS13 NIIGSLDPKGLLLSASKQDMIRKRIKVCELLLHECELQTQKLGRKIEMALMVFDMEGLSL
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KE6 KQASKLTPSILKLAIEGLQDSFPARFGGVHFVNQPWYIHALYTLIKPFLKDKTRKRIFLH
:. : . . . . :. ..: . .. . : . . ..:.: :....::..: .
CCDS13 KHLWKPAVEVYQQFFSILEANYPETLKNLIVIRAPKLFPVAFNLVKSFMSEETRRKIVIL
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300
pF1KE6 GNNLNS-LHQLIHPEFLPSEFGGTLPPYDMGTWARTLLGPDYSDE--NDYTHTSYNAMHV
:.: .. : ..: :. :: :::::. : :. . : .:. : ..: ..
CCDS13 GDNWKQELTKFISPDQLPVEFGGTMTDPD-GN-PKCLTKINYGGEVPKSYYLCEQVRLQY
230 240 250 260 270
310 320 330 340 350
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